JAWABAN UJIAN MID SEMESTER 2022/2023

Oleh
Kharisma Handayani

MBK2220010317

Program Studi Magister Ilmu Biomedik Fakultas Kedokteran

Universitas Islam Sultan Agung Semaran

UJIAN TENGAH SEMESTER TAHUN AKADEMIK PRODI MAGISTER ILMU BIOMEDIK FK
UNISSULA

===================================================================

Mata Kuliah Smt

Hari/ Tanggal Penguji

: Biochemestry and Basic Molecular Biology : I(Satu)

:
: Assoc. Prof. DR. dr. Agung Putra, MSi.Med

Seorang mahasiswa magister biomedik ingin melakukan penelitian terkait dengan pengaruh
secretome terhadap ekspresi gen. Sampel penelitian ini berupa sel eukariot dan prokariot.
Penelitian ini juga mencoba menganalasis siklus sel terutama pada fase sintesis dimana terjadi
replikasi DNA

Pertanyaan:
1. Sampel penelitian diatas adalah sel eukariot dan prokariot.

Pertanyaannya: Jelaskan pembedaan utama sel prokariot dengan sel eukariot secara detail? 2.
Target penelitian diatas adalah ekspresi gen.

Pertanyaannya:

2. Apa yang dimaksud dengan ekspresi gen, jelaskan pathway dan molekul yang terlibat.

3. Saat terjadi ekspresi gen di tingkat nukleus, mRNA yang dilepas harus melewati area tertentu
untuk sampai ribosom agar segera dilakukan proses tranlasi.

Pertanyaannya: Jelaskan area yang harus dilalui molekul mRNA dan apa yang terjadi.
4. Protein yang dihasilkan dari proses tranlasi adalah protein inaktif sehingga harus segera

dilakukan proses aktivasi.

Pertanyaannya: Jelaskan tempat dan bagaimana proses aktivasi protein tersebut.

5. Ketika phenotype yang dihasilkan berubah namun sekuen DNA tetap maka hal ini dapat
dijelaskan dengan teori epigentik..

Pertanyaaannya: Jelaskan mekanisme epigentik dalam merubah phenotip tersebut secara detail
Nama : Kharisma Handayani
Nim : MBK2220010317

Sampel penelitian diatas adalah sel eukariot dan prokariot.

1.Pertanyaannya: Jelaskan pembedaan utama sel prokariot dengan sel eukariot secara
detail?
Klaisfikasi seluler
 Organisme dengan satu sel bakteri
 Sering dikelompokkan sebagai mikroorganisme
 Mempunyai membran sel
 Dna berorganisasi dengan protein membentuk kromosom maupun plasmid
 Pada keadaaan aktif( sedang di akses) , DNA berpenampilan terurai rileks
 Dan pada keadaan tidak aktif ( tidak sedang di akses ) , DNA terkemas dengan baik
dan Berstruktur superhelix

Sel eukariotik
Klasifikasi seluler
 Organisme dengan lebih dari satu srl : tumbuhan dan hewan
 Tidak mempunyai membrane sel
 Sebagian kecil saja mengkode protein
 Dalam suatu gen, urutan pengkode protein ( ekson ) sering terdapat terpisah – pisah
oleh urutan yang tidak mengkode protein ( intron )

Atau di buat sebuah bagan menjadi perbedaan utama sel eukariot dan sel ptokario

Sel Eukariot Sel Prokariot

Multiseluler Uniseluler
Tanpa Dinding Sel Beberapa Memiliki Dinding Sel
Memiliki Membrane Inti Sel Tidak Bermembran
Tidak Berflagel Memiliki Flagel Sebagai Alat Gerak
Inti Sel Nukleus Inti Sel Nukleoid
Memiliki Mitokondria Tidak Punya Mitokondria
Memiliki Retikulum Endoplasma Tidak Punya Retikulum Endoplasma
Memiliki Badan Golgi Tidak Punya Badan Golgi
Dna Memiliki Protein(Double Helix) Dna Molekul Tunggal Tanpa Protein
Kromosom Banyak Kromosom Tunggal
Mitosis Amitosis
2. Target penelitian diatas adalah ekspresi gen.
Pertanyaannya: Apa yang dimaksud dengan ekspresi gen, jelaskan pathway dan
molekul yang terlibat.

Ekspresi gen merupakan mekanisme dari transkripsi gen dan translasi mRNA yang
berpengaruh terhadap protein yang diproduksi, transformasi atau perubahan materi genetik
menjadi protein. Ekspresi gen melibatkan pembentukan atau sintesis protein. Sintesis protein
melibatkan transkripsi dan translasi.

Pathway Ekspresi gen dilakukan melalui dua tahap: transkripsi dan translasi. Proses
transkripsi terjadi didalam inti sel, sedangkan translasi berlangsung di sitoplasma, sehingga
RNA harus dikeluarkan dari inti sel ke sitoplasma. Transkripsi

Proses ini adalah penyalinan DNA sebagai Salinan asli menjadi bentuk RNA,
Merupakan tahapan pembentukan/sintesis mRNA dari DNA template. Molekul yang terlibat
adalah enzim RNA Polimerase fungsinya untuk mensintesis/menyalin untaian rantai RNA
bekerja di antisense strand.

Tahapan Ekspresi transkripsi:

  Inisiasi : pada ujung 5’ gen, enzim RNA polymerase akan mengenali promotor,
pemutusan molekul DNA.
  Elongasi : pemanjangan nukleotida pada ujung 3’ rantai pemanjangan ( growing
chain), pemasangan basa (base pairing)
 Terminasi : pada daerah terminator, RNA polymerase tidak mampu lagi
menempelkan ribonukleotida pada RNA yang telah terbentuk.

Translasi
Proses pembacaan kodon dan menggabungkan asam amino melalui ikatan peptide. mRNA
dibaca pada ribosom, tRNA membawa asam amino ke ribosom, asam amino dikombinasi
untuk membentuk protein. Komponen proses translasi : mRNA (template), rRNA, tRNA,
Ribosom.

Proses translasi :

_ Initiation

  mRNA keluar dari nucleus ke sitoplasma untuk mencari subunit kecil

ribosom dengan bantuan protein initiation factor, subunit kecil mengikat

mRNA pada 5’ dan mencari start codon (5’-AUG-3’), ini mensinyalir tRNA
untuk mengambil metionin AA (complementary anticodon sequence UAC)
untuk mengikat mRNAsub unit besar datang bergabung
   Terbentuk kompleks translasi.

Elongation
 tRNA lain membawa AA ke A-site
 AA dari P-site dipindah ke A-site dan terbentuk ikatan peptide

 difasilitasi oleh peptidyl transferase.

   Ribosom pindah kekanan sehingga uncharged tRNA pindah dari P ke E site

dan kemudian keluar dari ribosom, sedangkan charged tRNA dari A-site

pindah ke P-site dan nantinya akan memindahkan polipeptida ke A-site.

   Proses ini berulang sepanjang mRNA hingga pembentukan polipeptida

selesai.

 Termination

   Terminasi terjadi ketika bertemu stop codon (UAA, UGA or UAG)

sebuah release factor protein masuk ke A-site untuk menghentikan

pembentukan polipeptida.

  Ribosom complex dissosiasi

 

Transkripsi adalah proses pembentukan mRNA yang berasal dari DNA sebagai
cetakannya. Pembentukan mRNA dilakukan dari ujung 5’ ke 3’. Sedangkan translasi adalah
proses penerjemahan kode genetik pada mRNA menjadi asam amino yang menyusun suatu
protein. Eukariotik adalah organisme yang memiliki membran inti sedangkan prokariotik
adalah organisme yang tidak memiliki membran inti sehingga pada prokariotik translasi dapat
terjadi sebelum transkripsi selesai. Pada eukariotik dan prokariotik Transkripsi dimulai saat
RNA polimerase menempel pada promoter. Rantai mRNA yang terbentuk akan komplemen
dengan rantai antisense DNA dan urutannya hampir mirip dengan rantai sense (utas
pendamping DNA) hanya saja basa nitrogen T diganti dengan U.

3. Saat terjadi ekspresi gen di tingkat nukleus, mRNA yang dilepas harus melewati area
tertentu untuk sampai ribosom agar segera dilakukan proses tranlasi.
Pertanyaannya: Jelaskan area yang harus dilalui molekul mRNA dan apa yang terjadi.
mRNA harus berpindah dari inti melalui pori‐pori inti ke sitoplasma agar dapat
ditranslasikan. Nuklease menguraikan mRNA, mencegah pembentukan protein yang dikode
oleh mRNA. Selama transportasi, mRNA terikat ke protein yang membantu mencegah
penguraiannya.

Pertama-tama mRNA keluar dari inti sel dan berikatan dengan rRNA pada ribosom.
Kemudian tRNA mencari start kodon (AUG) pada mRNA untuk memulai translasi.
Pada start kodon:
a. Unit ribosom kecil dan besar bergabung.
b. AUG mengkode metionin (Met), sehingga setiap protein pasti mengandung metionin.
Selama translasi:
a. tRNA mengenali kodon menggunakan antikodon (lawan kodon).
b. Asam amino yang dikode tRNA lalu
dibentuk oleh rRNA, lalu diikatkan dengan tRNA menggunakan aminoasiltRNA sintetase.
Peptidil transferase mengikat asam amino yang dihasilkan tiap triplet kodon menjadi rantai
polipeptida.
tRNA berhenti menerjemahkan setelah mencapai stop kodon (UAA/UAG/UGA).
Pada stop kodon:
a. Tidak ada asam amino yang dikode.
b. mRNA, unit ribosom kecil dan besar, tRNA terpisah-terpisah.
c. Rantai polipeptida lepas dari tRNA dan dibawa keluar ribosom, dan dimodifikasi di badan
Golgi untuk diubah menjadi enzim, hormon, protein struktural, atau organe baru sebagai
ekspresi gen

4. Protein yang dihasilkan dari proses tranlasi adalah protein inaktif sehingga harus
segera dilakukan proses aktivasi.
Pertanyaannya: Jelaskan tempat dan bagaimana proses aktivasi protein tersebut.

1. Protein folding (pelipatan protein) Protein folding menguji empat tingkat struktur
protein ( primer, sekunder,

terisier dan kuartaner). Protein folding dimediasi oleh protein lain, molekul protein
yang membantu proses folding adalah Chaperon molekuler yaitu mengikat dan
menstabilkan protein yang belum dilipat (unfolded protein), sehingga tidak beragregat
dengan protein lain.

Denaturasi dan naturasi kembali secara spontan dari suatu protein kecil. Ketika urea
itu dipindahkan dengan cara dialisis,protein kecil ini mengambil kembali konformasi
terlipat. Aktivitas protein meningkat kembali ketingkat aslinya. Pelipatan spontan ini
meliputi dua proses :

o   Motif struktual sekunder rantai polipeptida membentuk mili detik

selama denaturasi.
o   Motif structural sekunder saling berhubungan satu dengan yang lain dan
struktur tersier secara berangsur – berangsur terbentuk. Protein mengikuti
suatu tahapan pelipatan. Jika satu truktur yang salah tidak stabil
 menyebabkan strktur terbuka, menyebabkan protein kedua meneruskan
konfirmasi yang aktif.
2. Proteolytic cleavage ( pemotongan proteolitik)
Fungsinya : memindahkan potongan pendek dari daerah terminal N dan C
polipeptida, menyisakan molekul tunggal yang di pendekkan yang terlipat dalam
protein aktif dan memotong polyproteins kedalam segmen – segmen.
3. Modifikasi kimia
Melibatkan penambahan kelompok kimia kecil (asetil, metil atau pospat) pada
satu rantai asam amino di polipeptida.
4. Splicing protein (intein penyambung)
Sebuah posttranslational proses dimana sebuah intein, polipeptida urutan
dikodekan oleh suatu intervensi urutan gen, justru dipotong dari polipeptida yang
baru lahir. Segmen peptida yang di potong disebut intein, ikatan peptida yang
terbentuk menghubungkan C terminal, N terminal dan residu asam amino dari
peptida mengapit yang disambung bersama membentuk protein matang di sebut
extein . Protein splicing terjadi tanpa bantuan kofaktor, sumber energy metabolic,
atau penunjang enzim.
 proses modifikasi protein

5. Ketika phenotype yang dihasilkan berubah namun sekuen DNA tetap maka hal ini
dapat dijelaskan dengan teori epigentik..
Pertanyaaannya: Jelaskan mekanisme epigentik dalam merubah phenotip tersebut
secara detail

Epigenetik adalah perubahan ekspresi gen yang diwariskan (gen aktif versus gen tidak aktif)
yang tidak melibatkan perubahan pada urutan DNA yang mendasarinya perubahan fenotipe
tanpa perubahan genotipe, namun pada gilirannya memengaruhi cara sel membaca gen.

Epigenetik bekerja dengan memengaruhi bagaimana suatu gen dibaca oleh sel dan
membuktikan apakah sel harus menghasilkan protein yang relevan, misalnya, gen COL1A1
dalam DNA terdapat di semua jenis sel kemudian diekspresikan dalam sel kulit untuk
menghasilkan protein kolagen tipe 1. Di samping itu, terdapat tiga sistem yang dianggap
dapat memulai dan mempertahankan perubahan epigenetic, yaitu: 1) Metilasi DNA pada basa
nitrogen sitosin (C); 2) modifikasi molekul histon dengan penambahan gugus/senyawa metil,
asetil, fosfat, dan ubiquitin; 3) non coding RNA
1. Metilasi DNA

Metilasi DNA, yaitu modifikasi epigenetik yang saat ini paling banyak dikarakterisasi dengan
baik sehingga banyak dipelajari. Sehingga, metilasi DNA memiliki peranan penting dalam
fungsi aplikasi jangka panjang. Metilasi DNA merupakan proses biologis penambahan gugus
metil kedalam susunan molekul DNA. Proses metilasi ini, dapat mengubah aktivitas suatu
segmen DNA tanpa merubah sekuen dari DNA tersebut.  Jika metilasi DNA terletak didaerah
gen promoter maka metilasi DNA umumnya berperan sebagai penghambat transkripsi gen.
Proses ini, dapat terjadi karena saat metilasi DNA terjadi terdapat peranan protein inhibitor
yang berikatan pada daerah transcription factor pada sekuen DNA.

2. Modifikasi histon

Protein yang membungkus untaian DNA disebut dengan histon. Suatu gen tidak dapat
terekspresi/terbaca jika daerah sekuen gen tersebut terikat erat disekitar protein histon.
Dengan memodifikasi protein histon, peneliti dapat meregulasi sekuen gen target sehingga
mampu menonaktifkan gen tertentu sementara waktu. Modifikasi protein histon dapat
dilakukan dengan cara menambahkan atau menghilangkan gugus kimia pada protein histon,
sehingga akan meregulasi suatu gen apakah dapat terbuka atau tertutup.

3. Non Coding RNA

Kumpulan DNA (genome) seseorang dapat memiliki daerah RNA coding dan non coding.
RNA coding berfungsi untuk menghasilkan protein sedangkan RNA non coding berfungsi
untuk mengontrol ekspresi genetik dengan cara menempel pada daerah RNA coding.
Beberapa jenis non coding RNA yang berkaitan dengan epigenetik yaitu microRNA
(miRNA), short interfering RNA (siRNA), piwi-interacting RNA (piRNA), long non-coding
RNA (lncRNA). Keempat non coding RNA ini dapat berperan dalam menghambat proses
translasi dengan cara mendegradasi mRNA atau memodifikasi protein histon untuk
mengaktifkan atau menonaktifkan gen.
Representasi struktur kromatin, termasuk histon dan DNA yang akan tersedia menjadi tanda
epigenetik

1. Metilasi DNA

Metilasi DNA, yaitu modifikasi epigenetik yang saat ini paling banyak dikarakterisasi
dengan baik sehingga banyak dipelajari. Sehingga, metilasi DNA memiliki peranan
penting dalam fungsi aplikasi jangka panjang. Metilasi DNA merupakan proses
biologis penambahan gugus metil kedalam susunan molekul DNA. Proses metilasi ini,
dapat mengubah aktivitas suatu segmen DNA tanpa merubah sekuen dari DNA
tersebut. Jika metilasi DNA terletak didaerah gen promoter maka metilasi DNA
umumnya berperan sebagai penghambat transkripsi gen. Proses ini, dapat terjadi
karena saat metilasi DNA terjadi terdapat peranan protein inhibitor yang berikatan
pada daerahtranscriptionfactorpadasekuenDNA.
2. Modifikasi histon
Protein yang membungkus untaian DNA disebut dengan histon. Suatu gen tidak
dapat terekspresi/terbaca jika daerah sekuen gen tersebut terikat erat disekitar
protein histon. Dengan memodifikasi protein histon, peneliti dapat meregulasi
sekuen gen target sehingga mampu menonaktifkan gen tertentu sementara waktu.
Modifikasi protein histon dapat dilakukan dengan cara menambahkan atau
menghilangkan gugus kimia pada protein histon, sehingga akan meregulasi suatu gen
apakah dapat terbuka atau tertutup.
3. Non Coding RNA
Kumpulan DNA (genome) seseorang dapat memiliki daerah RNA coding dan non
coding. RNA coding berfungsi untuk menghasilkan protein sedangkan RNA non
coding berfungsi untuk mengontrol ekspresi genetik dengan cara menempel pada
daerah RNA coding. Beberapa jenis non coding RNA yang berkaitan dengan
epigenetik yaitu microRNA (miRNA), short interfering RNA (siRNA), piwi-interacting
RNA (piRNA), long non- coding RNA (lncRNA). Keempat non coding RNA ini dapat
berperan dalam menghambat proses translasi dengan cara mendegradasi mRNA
atau memodifikasi protein histon untuk mengaktifkan atau menonaktifkan gen.
4. Mikro – RNA
mRNA umumnya terikat pada target spesifik mRNA dengan suatu sekwen
komplementer sebagai penginduksi terhadap pemotongan/ degradasi atau blok dari
proses translasi protein. Hal ini merupakan mekanisme feedback yang melibatkan
metilasi kromosom.
5. Remodeling kromatin
Remodeling kromatin adalah modifikasi dinamik dari arsitektur kromatin sehingga
memungkinkan mengakses DNA yang terkondensasi terutama area regulasi
transkripsi sehingga mampu mengontrol ekspresi gen secara aktif. Secara prinsip
molekuler remodeling kromatin terjadi secara:

Covalent histone modification

Komplek remodeling kromatin ATP dependent