BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Dogma sentral genetika molekuler menerangkan bahwa informasi
yang terdapat pada DNA akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui
suatu proses yang disebut transkripsi, dan informasi yang terdapat pada sebagian
RNA digunakan untuk menghasilkan protein melalui suatu proses yang disebut
translasi. Transkripsi dilaksanakan oleh RNA polimerase, sedangkan translasi
dikatalisis oleh berbagai enzim yang bergabung dengan ribosom. Molekul molekul
RNA dan protein yang disintesis selama masa perkembangan dan/ atau pemeliharaan
suatu organisme menentukan karakteristik organisme tersebut. Informasi untuk
mensintesis suatu RNA tertentu terletak hanya pada salah satu dari kedua untai DNA.
Untai yang mengandung informasi untuk membuat sebuah molekul RNA dan
yang "dibaca" oleh RNA polimerase disebut sebagai untai cetakan (template) atau
untai sense. Untai yang merupakan komplemen cetakan kadang-kadang disebut untai
nonsense karena tidak mempunyai informasi untuk membuat RNA atau protein.
Namun demikian, tidak semua cetakan yang mengkodekan RNA terletak pada untai
DNA yang sama. RNA messenger yang menentukan sintesis protein disebut RNA
sense, sedangkan RNA komplementer bagi RNA sense disebut RNA
antisense.Sebagian besar gen, terutama gen yang mengkode protein, diregulasi
sehingga hanya diekspresikan pada waktu tertentu dan pada kadar yang di butuhkan
untuk mendukung kehidupan sel ataupun untuk mendorong pertumbuhan dan
pembelahan sel.
1.2 Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah dalam makalah ini adalah:
a. Bagaimana proses regulasi transkripsi?
b. Apa saja proses regulasi pasca transkripsi?
c. Bagaimana proses regulasi translasi?
d. Bagaimana stabilitas protein gen multi salinan?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dalam makalah ini adalah:
a. Untuk mengetahui regulasi transkripsi.
b. Untuk mengetahui regulasi pasca transkripsi.
c. Untuk mengetahui regulasi translasi.
d. Untuk mengetahui stabilitas protein gen multi salinan.
 BAB 2
LANDASAN TEORI

2.1 Regulasi Transkripsi Pada Eukariotik

Transkripsi gen pada eukariot dimulai dengan pengikatan RNA polimerase
pada sekuen yang berlokasi di bagian hulu gen yang bersangkutan. Proses inisiasi
transkripsi pada eukariot memerlukan sejumlah faktor transkripsi yang berikatan
dengan daerah promotor dan pada lokasi regulatorik lain untuk mengontrol
transkripsi. Molekul RNA polimerase sendiri tidak dapat memulai transkripi tanpa
bantuan faktor transkripsi yang berikatan terlebih dahulu dengan promotor dan
mendorong RNA polimerase untuk menangkap sisi pengikatannya. Ukuran promotor
bisa bervariasi, bergantung pada masing-masing gen. Promotor dengan ukuran lebih
panjang memungkinkan untuk melekatnya berbagai protein pengontrol transkripsi
dan untuk tingkat pengontrolan ekspresi gen yang berbeda pada gen berbeda. Inisiasi
transkripsi dimulai dengan pengikatan faktor transkripsi TFIID pada TATA box yang
selanjutnya mendorong faktor transkripsi lain, seperti TFIIB, TFIIE, TFIIF, dan
TFIIH untuk berikatan dengan TATA box. Pengikatan TFIIH (yang bekerja sebagai
helikase) dengan promotor membantu membuka struktur heliks ini. Dengan
terbentuknya kompleks, enzim RNA polimerase dapat berikatan dengan sekuen yang
terletak di bagian hilir, diikuti dengan reaksi fosforilasi. Selanjutnya, sebagian protein
dilepaskan dari DNA dan mengaktifkan kompleks inisiasi serta menempatkan RNA
polimerase pada orientasi yang tepat untuk menginisiasi proses transkripsi. Protein
yang melekukkan rantai DNA akan mendekatkan bagian enhancer (penguat) untuk
berinteraksi dengan faktor transkripsi
Pada gen eukariot, terdapat beberapa sekuen yang berfungsi membantu
meningkatkan transkripsi, yang disebut enhancer. Bagian ini tidak selalu berlokasi
berdekatan dengan gen yang dikendalikan, bahkan dapat terletak di bagian hulu gen
penyandi, di bagian hilir gen, bahkan berjarak/terpisah ribuan nukleotida. Enhancer
memiliki sekuen pengikatan untuk faktor transkripsi atau aktivator. Saat protein yang
melekukkan DNA ini bekerja, bentuk DNA akan berubah dan memungkinkan
interaksi aktivator yang melekat pada enhancer dengan faktor transkripsi yang terikat
pada promotor dan RNA polimerase.Seperti halnya dengan prokariot, sel eukariot
juga memiliki mekanisme penghambatan transkripsi. Molekul represor dapat
mengikat ke silencer sehingga terjadi penghambatan transkripsi. Lingkungan
memengaruhi sintesis represor dan dapat mengaktifkan atau menghambat faktor
transkripsi. Sama halnya dengan prokariot, pada bagian hulu sisi awal transkripsi di
eukariot terdapat daerah yang kaya dengan nukleotida timin dan adenin.

2.2 Regulasi Pasca Transkripsi

Pada bakteri proses transkripsi mRNA bersambung dengan proses translasi,
tanpa mengalami proses pasca transkripsi. Ribosom akan mulai menempel pada
mRNA dan mRNA masih dalam proses sintesis. Pada eukariot proses transaksi
terpisah dari tempatnya dari tranlasi, transkripsi berlangsung didalam inti, sedangkan
translasi berjalan dalam sitoplasma. Kemudian terbukti bahwa mRNA yang terdapat
pada sitoplasma berbeda dari RNA yang ditranskripsikan dalam inti. Berarti dalam
selang waktu antara transkripsi dengan translasi terjadi proses pasca transkripsi yang
mengubah RNA menjadi transkripsi menjadi mRNA matang. Perbedaan antara RNA
hasil transkripsi dengan mRNA menjadi gugus protein, yang satu khas pada jantan
dan yang lain pada betina. Kedua protein ini disandikan oleh gen yang sama, yang
berbeda hanya pada cara pemilihan intron dan aksonnya.
Proses ekspresi gen tidak hanya bergantung terhadap dua proses utama, yaitu
transkripsi dan translasi, melainkan juga bergantung pada regulasi pasca-transkripsi
yang menentukan bagaimana pemrosesan RNA selanjutnya. IncRNA memiliki peran
sebagai regulator pasca transkripsi melalui regulasi pemrosesan RNA. Dalam proses
pematangan pre-mRNA menjadi mRNA, proses awal yang terjadi adalah adanya
‘alternative splicing’, dimana intron akan dihilangkan dalam struktur mRNA dan
menyebabkan adanya celah (gap) diantara dua exon. Celah tersebut dapat
menimbulkan masalah pada ekspresi gen, sehingga IncRNA yang sebelumnya telah
membentuk duplex akan harus mengestimasi dan menandai titik-titik antara dua exon
tersebut melalui sekuens komplemennya (Wikantika K, 2017).

2.3 Regulasi Translasi

Translasi adalah proses penerjemahan untuk yang ada pada molekul mRNA
menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Perlu dipahami bahwa hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan urutan
DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka
baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni
organel tempat berlangsungnya sintesis protein, sedangkan tRNA adalah pembawa
asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida (Yuwono T,
2005).
Panjang pendeknya umur mRNA menentukan kuantitas protein yang
disintesis, mRNA yang berumur Panjang akan menghasilkan protein lebih banyak
daripada yang dihasilkan mRNA berumur pendek. Bakteri mempunyai mRNA yang
berumur sangat pendek, dalam beberapa menit akan didegradasi oleh enzim. Oleh
karena itu, bakteri sangat mudah mengubah proteinnya sehubungan dengan
penyesuaian diri dengan perubahan lingkungan. Berbeda dengan bakteri, mRNA
eukariot berumur Panjang, beberapa jam bahkan sampai beberapa minggu. Terdapat
sejumlah protein yang berfungsi mengatur jalannya translasi. Contohnya, sel darah
merah mempunyai protein yang berfungsi sebagai inhibitor terhadap inisiasi translasi
mRNA hemoglobin. Protein inhibitor ini akan menjadi tidak aktif bila ada senyawa
heme. Senyawa heme yaitu senyawa penyusun hemoglobin yang berfungsi untuk
mengikat Fe. Bila ada heme maka polipeptida penyusun hemoglobin dapat disintesis,
dan kemudian akan berasosasikan dengan heme membentuk molekul hemoglobin.
Sebelum menjadi protein aktif atau fungsional. Polipeptida hasil transkripsi akan
mengalami suatu pemrosesan agar dapat membentuk struktur fungsionalnya.
Pemrosesan ini melibatkan pemotongan rantai polipeptida atau penambahan asam
amino baru atau senyawa lain seperti karbohidrat pada rantai polipeptida. Translasi
menghasilkan prapreinsulin yang mengandung ruas signal dan ruas proinsulin. Insulin
akan di transport melewati membrane. Setelah melalui membrane ruas signal
dipotong sehingga menyisakan ruas proinsulin. Selanjutnya proinsulin dipotong
kembali menghasilkan dua rantai insulin fungsional.

2.4 Stabilitas protein dari gen multi salinan

Untuk bertahan hidup dan menjalankan fungsi fisiologisnya, sel manusia
harus mengekspresikan ribuan isoform gen pada tingkat yang sesuai sebagai respons
terhadap perubahan isyarat perkembangan dan lingkungan. Transkripsi,
penyambungan pra-mRNA, stabilitas mRNA, translasi, dan stabilitas protein
semuanya telah terbukti berkontribusi pada tingkat ekspresi gen individu dan
akhirnya fungsi seluler. Secara khusus, proses ini tidak terjadi isolasi; sebaliknya,
satu mekanisme dapat mengubah ekspresi protein yang mengatur banyak peristiwa
ekspresi gen lainnya melalui mekanisme tambahan. Kaskade regulasi gen seperti itu
berfungsi untuk memperkuat konsekuensi fungsional dari pemicu awal. Salah satu
contoh penting dari kaskade regulasi gen adalah alternatif spilcing terkoordinasi dari
gen yang terkait secara fungsional melalui aktivitas yang diubah dari protein pengatur
yang umum. Dimasukkannya ekson dalam mRNA pada akhir umumnya ditentukan
dengan mentransaksikan faktor-faktor yang mengikat seluruh pra-mRNA dan
memandu aktivitas spliceosome. Dalam sebagian besar kasus yang dijelaskan,
penyambungan alternatif dari gen tertentu dikendalikan oleh aktivitas kombinatorial
beberapa protein pengatur, dan protein pengatur individu mengikat sejumlah besar
transkrip yang berbeda. Oleh karena itu, regulasi tingkat protein pengatur
penyambungan tertentu dapat memengaruhi pola ekspresi ratusan gen (Mallory et al.,
2015).
Setiap intron harus dihapus dari Transkrip RNA dari suatu gen agar urutan
pengkodean diekspresikan dengan benar. Intron ini dapat dihilangkan secara terpisah
atau dalam kombinasi, tergantung tentang bagaimana mesin splicing berinteraksi
dengan RNA. Jika dua intron berurutan dihapus bersama-sama, ekson di antara
mereka juga akan ikut terhapus. Dengan demikian, mesin penyambungan memiliki
kesempatan untuk memodifikasi urutan pengkodean RNA dengan menghapus
beberapa eksonnya. Sebagai gganti dari menduplikasi gen, atau potongan gen,
alternate splicing dari yang ditranskrip memungkinkan gen tunggal untuk mengkode
polipeptida yang berbeda. Salah satu contoh splicing alternatif terjadi selama ekspresi
gen untuk troponin T, protein yang ditemukan di otot rangka vertebrata; ukuran ini
protein berkisar dari sekitar 150 hingga 250 asam amino (Gambar 1). Messenger
RNA diekspor dari nukleus ke sitoplasma, tempat mereka bekerja sebagai cetakan
untuk sintesis polipeptida. Sebuah mRNA berumur panjang dapat mendukung
beberapa putaran sintesis polipeptida, sedangkan mRNA berumur pendek tidak bisa.
Sebuah mRNA yang cepat terdegradasi harus diisi ulang dengan transkripsi
tambahan; jika tidak, polipeptida yang dikodekannya akan berhenti disintesis.
Penghentian sintesis polipeptida ini mungkin, tentu saja, menjadi bagian dari program
perkembangan. Apabila suatu polipeptida telah memiliki efeknya, dan mungkin tidak
lagi diperlukan; maka sebenarnya, jika sintesis berlanjutan mungkin akan berbahaya.
Dalam kasus seperti itu, degradasi mRNA yang cepat akan menjadi cara yang masuk
akal untuk mencegah sintesis polipeptida yang tidak diinginkan. Umur panjang
mRNA dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor. Ekor poli(A) yang ikatkan di ujung
3’ tampaknya menstabilkan mRNA. Ujung 3’ pada wilayah yang tidak diterjemahkan
(3’ UTR) yang mendahului ekor poli(A) juga tampaknya mempengaruhi stabilitas
mRNA. Beberapa mRNA yang berumur pendek memiliki urutan AUUUA yang
diulang beberapa kali dalam ujung 3’ daerah yang tidak diterjemahkan. Ketika urutan
ini secara artifisial ditransfer ke wilayang ujung 3’ yang tidak diterjemahkan pada
mRNA yang lebih stabil, mereka juga menjadi tidak stabil (Snustad et al., 2011).
 Gambar 1. Alternate splicing gen troponin T dari tikus
BAB 3
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
3.2 Saran
 DAFTAR PUSTAKA

Wikantika K. 2017. Bunga Rampai ForMIND 2017. Bandung. ITB

Pages : 15
Yuwono T. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga
Pages : 209
Snustad, D. P. 2012. Principles of Genetics. USA: John Wiley and Sons.
Pages: 533-534.
Mallory MJ, Allon SJ, Qiu J, Gazzara MR, Tapescu I, Martinez NM, Fu XD, Lynch
KW. 2015. Induced transcription and stability of CELF2 mRNAdrives
widespread alternative splicing duringT-cell signaling. PNAS PLUS.