KELOMPOK 5 : GISSA ADELA P.

M. HISAM BAIDLOWI

TRANSKRIPSI

A.TRANSKRIPSI PADA PROKARIOTIK

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin
menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA
bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi identik dengan
urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand).
Pada E. coli subunit-subunit protein menyusun holoenzim dan factor-faktor yang termasuk
dalam holoenzim,yaitu enzim inti dan factor sigma.Enzim inti disusun oleh lima subunit yaitu
,,,dan 2 subunit .
 Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter); bagian
struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm
mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5. Promoter pada prokariot juga
terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir
(downstream) dari promoter. Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode
genetik) yg akan ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari
bagian struktural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi
terminator adalah memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses
transkripsi. Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas,
yaitu terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan diatur
oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.

Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac (operon
yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia coli). Adanya
sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. Saat ditranskripsi,
operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode genetik untuk 3 macam
polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung
lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan demikian,
masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg
sama.

Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, jika gen
struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino
karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada
prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu. Pada
prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa
melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot). Pada
prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya
sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai. Urutan nukleotida RNA
hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG
pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah
untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya. Tahapan
transkripsi pada prokariot meliputi: Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
Pemanjangan, Terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho).

B. TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK

Transkripsi pada eukariotik lebih kompleks dari pada transkripsi pada prokariotik. Sintesis
RNA terjadi di nukleus, dan RNA harus ditranspor menuju sitoplasma melalui translasi
ribosom. Transkripsi eukariotik mengandung kode gen tunggal (monogenic) atau multigenic
(pada Caenorhabditis elegans).

Satu untai DNA disebut sense yang digunakan sebagai template sintesis mRNA dalam proses
transkripsi. Transkripsi hanya terjadi pada satu untai DNA. mRNA membawa materi genetik
dari nukleus ke ribosom untuk sintesis protein. Sintesis mRNA di nukleus dan transpor ke
sitoplasma dapat didokumentasikan oleh pelabelan pulse eksperimen, pelabelan pulse-chase
eksperimen, dan autoradiografi.

Sel yang terkena radioaktif prekursor RNA ([3H]uridin atau [3H] sitidin), akan nampak di
nukleus ketika di-autoradiografi. Di satu sisi, sedikit pencahayaan untuk pelebelan prekursor
RNA yang diikuti oleh periode pertumbuhan di medium nonradioaktif. Sebelum melakukan
autoradiografi, kebanyakan radioaktif ditarnspor ke sitoplasma.

RNA intermediary dalam sintesis protein dihasilkan dari studi phage T2 yang menginfeksi sel
E.coli. DNA tergantung RNA polimerase dalam katalis transkripsi kompleks dan multimerik
protein. RNA polimerase memiliki enzim yang mengadung 5 peptida. Satu di antaranya
sigma faktor yang hanya terlibat dalam memulai transkripsi tidak memiliki fungsi katalisis.
Molekul RNA polimerase lengkap disebut holoenzim yang mengandung 2 -polipeptida dan
satu polipeptida (masing-masing bertipe , , , ). Setelah sintesis RNA dimulai faktor
melepas dan mengkatalisis elongasi sehingga disebut core enzim. Fungsi sigma untuk
mengikat RNA polimerase di tempat inisiasi yang benar di DNA. RNA core polymerase
(sigma absen) akan mengkatalisis sintesis RNA dari template DNA.

Di eukariot RNA polimerase I berada di nukleolus dan mengkatalisis sintesis rRNA. RNA
polimerase II dan III berada di nucleoplasma. RNA polimerase III metranskrip gen dari
nuklear RNAs dan tRNAs. RNA polimerase II menstranskrip sebagian besar struktur gen
nuklear dan bertanggungjawab dalam sintesis pre-mRNA.
Promotor yang diakui oleh RNA polimerase II megandung elemen pelindung pendek
(module) yang terletak di hulu dimulainya transkripsi. Komponen promotor gen thymidine
kinas pada tikus sebagai berikut.

(Snustad, 2012)

Elemen pelindung dekat tempat diawalinya transkripsi (posisi +1) disebut TATA box
(TATAAAA) dan berpusat pada posisi -30. TATA boks berperan dalam posisi awal
transkripsi. Elemen pelindung ke dua disebut CAAT boks (dekat posisi -80) dengan urutan
GGCCAATCT. Dua elemen pelindung yang lain, GC boks (GGGCGG) dan octamer boks
(ATTTGCAT) yang mempengaruhi efisiensi promot dalam mengawali transkripsi. Di
manusia inisiasi transkripsi oleh RNA polimerase II dapat dilihat pada gen HBB (-globulin).

Transkripsi oleh RNA polymerase II memerlukan faktor transkripsi basal. Faktor transkripsi
basal harus berinteraksi dengan promotor untuk mengawali transkripsi dengan efektif. Setiap
faktor transkripsi basal mendonasikan TFIIX (faktor transkripsi X untuk RNA polimerase II,
ketika X teridentifikasi faktor). Berikut adalah skematis proses mengawali transkripsi oleh
RNA polimerase II.

TFIID adalah basal faktor transkripsi yang berinteraksi dengan promotor mengandung TATA
yang mengikat protein (TBP). Selanjutnya TFIIA diikuti oleh TFIIB. Pertama TFIIF
berasosiasi dengan RNA polimerase II dan kemudian TFIIF (mengandung dua unit dengan
salah satu memiliki DNA unwinding aktivity) dan RNA polimerase II bergabung kompleks
inisisasi transkripsi kompleks. TFIIF dikatalisis pada unwinding DNA double helix untuk
mengawali transkripsi. TFIIE kemudian bergabung dengan kompleks inisiasi. TFIIH dan
TFIIJ bergabung dengan kompleks setelah TFIIE, tetapi lokasi kompleksnya tidak diketahui.
TFIIH memiliki aktivitas dan travel helicase dengan RNA polimerase II selama elongasi.
RNA polimerase I dan III mengawali transkripsi oleh proses yang sama kemudian salah satu
menggunakan polimerase II. Promotor gen tditranskripsikan oleh polimerase I dan III
berbeda dari pemanfaatan oleh polimerase II. RNA polimerase I promotornya bipartit,
dengan sebuah urutan memanjang dari sekitar -45 sampai -20, dan sebuah hulu pengontrol
elemen memanjang dari -180 sampai sekitar -105.

1. TFIID diikat TATA boks.

2. TFIIA bergabung dengan kompleks inisiasi.
3. TFIIB mengikat kompleks inisiasi.
4. TFIIF yang memiliki unwinding aktivity bergabung dengan kompleks inisiasi,
polimerase II juga mengikat di sini.

5.TFIIE mengikat kompleks inisiasi.

Mekanisme sintesis RNA dianalogikan sintesis DNA,

kecuali:

1. Prekursor adalah ribunocleoside triphosphate.

2.Hanya menyalin segmen terbatas pada untai

tunggal.
3.Komplementar RNA dilepas dari template sintesis.

4.Pada eukariot transkripsi RNA dibungkus oleh

RNA yang mengikat protein selama atau setelah
sintesis. Protein berfungsi untuk melindungi
transkripsi gen dari degradasi oleh ribonuklease
(enzim yang mendegradasi molekul RNA setelah
proses dan transpor ke sitoplasma).

5. Penghentian transkripsi terjadi di urutan terminator

spesifik di DNA. Beberapa signal penghentian
transkripsi memerlukan protein yang disebut rho.

(Snustad, 2012)
C. PERBEDAAN TRANSKRIPSI PADA PROKARIOTIK dan EUKARIOTIK

Prokariot

Pada prokariot, materi genetik dalam hal ini terdiri atas 3 bagian utama yaitu promoter,
bagian struktural dan terminator.

Gen ini kemudian akan diorganisasikan dalam suatu srtuktur yang disebut dengan struktur
operan. Hal ini dapat dilihat dari operan lac yang merupakan operan yang mengendalikan
kemampuan metabolisme laktosa pada E. coli yang memiliki 3 macam gen yaitu gen Z, gen
Y dan gen A. Adanya sistem ini merupakan akibat adanya satu promotor yang
mengendalikan seluruh gen struktural. Operan lac ini akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yang berbeda-beda saat tramskripsi
berlangsung.

Pada prokariot bagian struktural dimulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon
terakhir sebelum titik akhir translasi kodon stop yaitu TAA/TAG/TGA) yang diterjemahkan
menjadi rangkaian asam amino. Selain itu, RNA polimerase menempel secara langsung pada
DNA di daerah promoter tanpa melalui ikatan protein lain. Hal ini merupakan indikator yang
membedakan dengan eukariot. Hal ini ditambah dengan pada prokariot, proses transkripsi
dan translasi berlangsung hampir serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan,
translasi sudah dapat dimulai. Hal ini terjadi karena pada prokariot molekul mRNA
ditranslasikan berdasarkan arah dari 5 ke ujung 3. Selain itu, pada prokariot tidak terdapat
membran inti, sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi sebagaimana
yang terjadi pada eukariot sehingga translasi dapat segera dilakukan..
Eukariot

Gen eukariot dibedakan menjadi 3 kelas yaitu gen kelas I, gen kelas II dan gne kelas III.
Tidak ada sistem operan sebagaimana pada prokariot. Satu mRNA hanya membawa satu
macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida (monosistronik).

PERTANYAAN

1. Sebutkan karakteristik dari ke lima RNA polimerase pada eukariot!

Jawaban:

2. Mengapa inisiasi harus dengan bantuan faktor transkripsi?

Jawaban:
Faktor transkripsi ialah RNA polimerase, yang memiliki fungsi membaca DNA
template dan mengikat nukleotida yang komplementer. Jika tidak menggunakan
faktor transkripsi, inisiasi tidak akan berlangsung.
3. Apakah fungsi tudung mRNA yang berupa molekul 7-metilguanosin?
Jawaban:
Melindungi mRNA dari degradasi, meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukleus ke sitoplasma, dan meningkatkan
efisiensi proses splicing.
4. Apa fungsi dari promoter pada prokariotik ?
Jawaban:
Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm mengendalikan proses
transkripsi dan terletak pada ujung 5. Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator.
Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari
promoter. Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg
akan ditranskripsi.
5. Apa fungsi dari terminator pada prokariotik ?
Jawaban :
Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg
berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator adalah
memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi.
Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu
terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan diatur
oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.