MAKALAH

MENGANALISIS REPRODUKSI MATERI GENETIK:REPLIKASI

DNA PADA PLASMID BAKTERI: Rolling Circle Replication.
Untuk Memenuhi Tugas Akhir Mata Kuliah Genetika
Yang dibina oleh ibu Erti Hamimi, S.Pd., M.Sc. dan bapak Prof. Dr. Agr.
Mohamad Amin, SPd., M.Si

Oleh:
NAMA KELOMPOK
ALIFIA ASTERINA (16035106469)
AULIA ROSIDATUL ILMA (16035106475)
OKTAVIANI DINA P. (16035106431)
RAHMATIN WARDA NAFISA (16035106406 )
ZARO’UL MUFIDA (16035106453)
Kelompok 3
Offering B

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN IPA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
Maret 2019
REPLIKASI DUA ARAH

Replikasi dua arah pertama kali secara meyakinkan ditunjukkan oleh

percobaan dengan beberapa virus bakteri kecil yang menginfeksi E. coli.
Bacteriophage lambda mengandung molekul linear tunggal dari DNA yang
panjangnya hanya 17,5 µm. Kromosom fag sedikit tidak biasa karena memiliki
daerah beruntai tunggal, panjang 12 nukleotida, pada 5 ujung setiap untai
komplementer (Gambar 10.8). Ujung beruntai tunggal ini, yang disebut ujung
"kohesif" atau "lengket", saling melengkapi satu sama lain. Dengan demikian,
ujung kromosom lambda yang kohesif dapat berpasangan membentuk struktur
melingkar yang terikat hidrogen. Salah satu peristiwa pertama yang terjadi setelah
kromosom lambda disuntikkan ke dalam sel inang adalah konversi ke molekul
melingkar yang tertutup secara kovalen (Gambar 10.8). Konversi dari bentuk
melingkar yang terikat hidrogen ini menjadi bentuk melingkar yang tertutup
secara kovalen yang dikatalisis oleh DNA ligase, suatu enzim penting yang
menyegel kerusakan untai tunggal dalam heliks ganda DNA. Diperlukan ligase
DNA di semua organisme untuk replikasi DNA, perbaikan DNA, dan rekombinasi
antara molekul DNA. Seperti kromosom E. coli, kromosom lambda bereplikasi
dalam bentuk lingkarannya melalui perantara.Fitur dari kromosom lambda yang
memfasilitasi demonstrasi replikasi dua arah adalah diferensiasinya menjadi
daerah yang mengandung konsentrasi tinggi adenin dan timin (daerah kaya AT)
dan daerah dengan jumlah besar guanin dan sitosin (daerah kaya GC). Secara
khusus, ini berisi beberapa segmen dengan konten AT tinggi (daerah kaya AT).
Pada akhir 1960-an, Maria Schnös dan Ross Inman menggunakan kelompok kaya
AT ini sebagai penanda fisik sebagai petunjuk, melalui teknik yang disebut
pemetaan denaturasi, bahwa replikasi kromosom lambda dimulai pada asal yang
unik dan menghasilkan dua arah daripada secara searah. Ketika molekul DNA
terpapar pada suhu tinggi (100º C) atau pH tinggi (11,4), ikatan hidrogen dan
hidrofobik yang menahan untaian komplementer bersama dalam konfigurasi
heliks ganda terputus, dan dua untai terpisah dengan proses yang disebut
denaturasi.

GAMBAR 10.9
Karena pasangan basa AT disatukan oleh hanya dua ikatan hidrogen,
dibandingkan dengan tiga ikatan hidrogen pada pasangan basa GC, molekul kaya
AT mendenaturasi lebih mudah (pada pH atau suhu lebih rendah) daripada
molekul kaya GC. Ketika kromosom lambda terpapar pH 11,05 selama 10 menit
dalam kondisi yang sesuai, gugus yang kaya AT mendenaturasi untuk membentuk
gelembung denaturasi, yang dapat dideteksi dengan mikroskop elektron,
sedangkan daerah yang kaya GC tetap dalam keadaan dupleks (Gambar 10.9).
Gelembung denaturasi ini bisa digunakan sebagai penanda fisik apakah
kromosom lambda dalam bentuk linier yang matang, bentuk lingkarannya, atau
intermediet replikasinya. Dengan memeriksa posisi titik cabang (struktur
berbentuk Y) relatif terhadap posisi
GAMBAR 10.10. Dasar pemikiran prosedur pemetaan denaturasi yang digunakan oleh
Schnös dan Inman untuk membedakan antara (a) mode searah dan (b) dua arah
kromosom
replikasi.gelembung denaturasi dalam sejumlah besar perantara replikatif
berbentuk, Schnös dan Inman menunjukkan bahwa kedua titik cabang merupakan
cabang replikasi yang bergerak berlawanan arah di sekitar kromosom melingkar.
(Gambar 10.10) menunjukkan hasil yang diharapkan dalam eksperimen Schnös
dan Inman jika replikasi adalah (a) searah atau (b) dua arah. Hasilnya jelas
menunjukkan bahwa replikasi kromosom lambda adalah dua arah.
Replikasi dua arah dari asal yang tetap juga telah ditunjukkan untuk
beberapa organisme dengan kromosom yang mereplikasi sebagai struktur linear.
Replikasi kromosom fag T7, bakteriofag kecil lainnya, dimulai di lokasi yang
unik di dekat salah satu ujung untuk membentuk struktur "mata" dan kemudian
melanjutkan secara dua arah hingga satu cabang mencapai ujung terdekat.
Replikasi struktur berbentuk Y berlanjut hingga kedua cabang mencapai ujung
molekul, menghasilkan dua kromosom progeni.
Replikasi DNA kromosom pada eukariota juga dua arah dalam kasus-kasus
di mana telah diselidiki. Namun, replikasi dua arah tidak universal. Kromosom P2
coliphage, yang bereplikasi seperti struktur berbentuk seperti kromosom lambda,
mereplikasi secara tidak langsung dari asal yang unik.
THE PRIMOSOME AND THE REPLISOME
Inisiasi fragmen Okazaki pada untaian lagging dilakukan oleh
primosome, protein yang mengandung kompleks DNA primase dan DNA
helicase. Primosome bergerak sepanjang molekul DNA, ditenagai oleh energi
ATP. Seperti hasil, DNA helicase melepaskan ikatan ganda orangtua, dan DNA
primase mensintesis primer RNA yang diperlukan memulai fragmen Okazaki
berturut-turut. Primer RNA adalah diperpanjang secara kovalen dengan
penambahan deoksiribonukleotida oleh DNA polimerase III. Topoisomerase DNA
menyediakan istirahat sementara dalam DNA yang berfungsi sebagai putar untuk
DNA membuka gulungan dan menjaga DNA tidak terurai. DNA untai tunggal
pengikat protein melapisi DNA prereplikatif yang tidak terurai dan
menyimpannya dalam keadaan diperpanjang untuk DNA polimerase III. Itu
Primer RNA diganti dengan DNA oleh DNA polimerase I, dan torehan untai
tunggal yang ditinggalkan oleh polimerase I disegel oleh Ligase DNA. Urutan
peristiwa ini terjadi pada setiap replikasi garpu selama replikasi semikonservatif
dari E. Coli kromosom diilustrasikan dalam? Gambar 10.28.

GAMBAR 10.28 Diagram garpu replikasi dalam E. coli menunjukkan komponen

utama dari alat replikasi. rNMP ribonukleosida monofosfat.
 Sebagai garpu replikasi bergerak di sepanjang heliks ganda orangtua,dua
untai DNA (untai utama dan untai lagging) adalah direplikasi dalam serangkaian
reaksi terkoordinasi yang dijelaskan atas. Alat replikasi lengkap bergerak
sepanjang Molekul DNA pada garpu replikasi disebut replisome. Replisom
mengandung DNA polimeraseIII holoenzim; satu inti katalitik mereplikasi untai
terkemuka,inti katalitik kedua mereplikasi untai lagging, danprimosom
melepaskan molekul DNA orangtua dan mensintesis primer RNA yang
dibutuhkan untuk sintesis terputus lagginguntai. Agar dua inti katalitik holoenzim
polimerase IIIuntuk mensintesis kedua untai yang baru lahir dan terkemuka,
lagginguntai dianggap membentuk lingkaran dari primosome ke yang keduainti
katalitik dari DNA polimerase III

GAMBAR 10.29 Diagram E. Coli replisome, menunjukkan dua inti katalitik dari
DNA polimerase III mereplikasi terkemuka dan helai yang tertinggal dan
primosome yang be heliks ganda orangtua dan memulai sintesis rantai baru
dengan primer RNA. Seluruh replisome bergerak di sepanjang orangtua double
helix, dengan kinerja masing-masing komponen fungsinya masing-masing secara
terpadu. Sebenarnya, replikasi yang kompleks mungkin dilakukan tidak bergerak.
Sebagai gantinya, DNA ditarik melalui replisome. Replikasi sedang berlangsung
dari kiri ke kanan
ROLLING CIRCLE REPLICATION

Di bagian sebelumnya dari bab ini, kami telah mempertimbangkan bentuk,

mereplikasi DNA berbentuk mata, dan berbentuk Y. Kami sekarang akan
memeriksa jenis penting lain dari replikasi DNA yang disebut replikasi
lingkaranbergulir. Rollingcircle Replication digunakan (1) oleh banyak virus
untuk menggandakannya genom, (2) pada bakteri untuk mentransfer DNA dari sel
donor ke penerima sel selama satu jenis pertukaran genetik , dan (3) pada amfibi
untuk memperkuat DNA ekstrachromosomal yang membawa kelompok ribosom
Gen RNA selama oogenesis.
Seperti namanya, replikasi rolling-circle adalah mekanisme untuk
mereplikasi molekul DNA sirkular. Aspek unik dari lingkaran bergulir replikasi
adalah bahwa satu untai DNA melingkar orangtua tetap utuh dan gulungan
(dengan demikian nama lingkaran bergulir) atau berputar sambil berfungsi
sebagai templat untuk sintesis untai komplementer baru
(Gambar 10.30). Replikasi dimulai ketika endonuclease khusus-urutan
memotong satu untai didaerah asal, menghasilkan 3’-OH dan 5’-fosfat termini. 5
terminal dipindahkan dari lingkaran saat untai templat utuh berputar pada
sumbunya. Ekstensi kovalen terjadi pada 3’ -OH dari untai yang terpotong.
Karena DNA templat lingkaran mungkin hidupkan 360 kali, dengan sintesis satu
untai DNA lengkap atau satuan panjang selama setiap belokan, replikasi
lingkaran-lingkaran menghasilkan ekor beruntai tunggal lebih lama dari panjang
kontur kromosom sirkular (Gambar 10.30). Replikasi lingkaran bergulir dapat
menghasilkan DNA progeni untai tunggal atau untai ganda. Bundar molekul
progeni beruntai tunggal dihasilkan oleh pembelahan spesifik-lokasi ekor beruntai
tunggal di asal replikasi dan resirkularisasi yang dihasilkan molekul satuan
panjang. Untuk menghasilkan molekul progeni untai ganda, singlestranded Ekor
digunakan sebagai templat untuk sintesis terputus-putus komplementer helai
sebelum pembelahan dan sirkulasi. Enzim yang terlibat dalam lingkaran bergulir
replikasi dan reaksi yang dikatalisasi oleh enzim ini pada dasarnya sama dengan
mereka yang bertanggung jawab untuk replikasi DNA yang melibatkan
intermediet-jenis.
GAMBAR 10.30 Mekanisme bergulir-lingkaran replikasi DNA. Bahan untuk
kromosom progeni (dalam hal ini, untai DNA tunggal untuk virus X174)
diproduksi dengan menyalin terus menerus di sekitar DNA, untai ganda lingkaran,
dengan untai utuh yang berfungsi sebagai templat. Kesopanan mikrograf elektron
David Dressler, Universitas Harvard.

Langkah DNA parental melingkar heliks ganda

1. Endonuclease khususurutan menghasilkan nick di asalnya.
2. 5'– P end dipindahkan, dan ekstensi kovalen dimulai pada 3'-OH.
3. Untai templat lingkaran berlanjut untuk "menggulung" dengan ekstensi kovalen
pada 3'– OH.
4. DNA progeni untai tunggal diproduksi oleh pembelahan dan resirkularisasi
5. DNA progeni untai ganda adalah diproduksi oleh sintesis terputus-putus dari
untaian komplementer dengan ekor beruntai tunggal sebagai templat, diikuti oleh
belahan dada dan resirkularisasi.

DAFTAR PUSTKA

Snustad, D. P. and Simmons, M. J.2012. Principles of Genetics Sixth Edition.

New York : John Wiley & Sons