MAKALAH BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

Struktur Fungsi Makromolekul Penyusun Sel

Disusun oleh:

Damar Milani 15304241001

Lexi Jalu Aji 15304241026
Istiqomah Nuraini 15304241028
Mira 15304241040
Diqna Nur Annisa 15304241045
Lintang Faradhiba 15304244014
Pendidikan Biologi I

JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2017
 BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Makhluk hidup merupakan kesatuan sistem yang terdiri dari organ-organ yang
saling berkoordinasi dan bekerja sama dalam menjalankan suatu fungsi. Organ-
organ tersebut tersusun atas berbagai macam jaringan untuk melaksanakan suatu
fungsi yang spesifik. Tiap jaringan tersusun atas sekumpulan sel-sel sejenis baik
bentuk dan funsginya dalam tempat yang sama dalam melaksanakan suatu fungsi
tertentu. Pada sel terdapat organel-organel yang tersusun atas molekul-molekul.
Berdasarkan ukuran molekul dalam sel makhluk hidup terbagi atas dua kelompok
yaitu molekul kecil dan makromolekul. Yang termasuk ke dalam molekul kecil
diantaranya adalah asam amino (leusin) dan nukleotida (ATP) . Makromolekul
yang penting diantaranya adalah protein, asam, nukleat, karbohidrat dan lipid.
Makromolekul adalah molekul yang menyerupai rantai yang disebut dengan
polimer. Polimer adalah suatu molekul panjang yang terdiri atas banyak blok
penyusun yang identik atau serupa yang dihubungkan dengan ikatan kovalen,
mirip seperti kereta api yang terdiri atas rangkaian gerbong. Unit-unit yang
disusun berulang-ulang yang berfungsi sebagai blok penyusun suatu polimer
adalah molekul-molekul kecil yang disebut monomer.
Monomer-monomer tersebut dihubungkan melalui suatu reaksi dimana dua
molekul berikatan secara kovalen satu sama lain melalui pelepasan satu molekul
air; reaksi ini kita kenal dengan reaksi kondensasi atau reaksi dehidrasi. Polimer
akan diuraikan menjadi monomernya melalui reaksi hidrolisis. Ketika terjadi
reaksi hidrolisis, ikatan monomernya akan diputus dengan penambahan air.
Hidrogen dari molekul air terikat dengan satu monomer dan gugus hidroksil
terikat dengan monomer di dekatnya. Contoh terjadinya reaksi hidrolisis dalam
tubuh manusia adalah proses pencernaan. Sejumlah materi organik yang terlalu
besar dalam makanan kita berbentuk polimer yang terlalu besar untuk masuk ke
dalam sel. Dalam pencernaan berbagai enzim menghancurkan polimer itu,
sehingga mempercepat reaksi hidrolisi. Monomer yang dibebaskan kemudian
diserap dalam aliran darah untuk didistribusikan ke seluruh sel-sel tubuh.
 Makromolekul mempunyai peranan khusus dan sangat penting bagi makhluk
hidup. sifat-sifat genetik makhluk hidup tersimpan di dalam untaian DNA yang
merupakan polimer nukleotida. Sebagian energi yang diperlukan oleh makhluk
hidup tersimpan dalam molekul karbohidrat dan juga merupakan penyusun
dinding sel tanaman dan jasad renik. Protein merupakan makromolekul yang
mempunyai fungsi sangat penting, misalnya sebagai biokatalisator atau enzim,
reaksi-reaksi fisiologis, sebagai bagian dari system pengaturan ekspresi genetik
atau protein regulator, serta sebagai komponen penyusun sel.
Dalam makalah ini akan dipaparkan lebih lanjut terkait makromolekul penting
bagi tubuh yaitu karbohidrat, protein, lemak dan asam nukleat. Makromolekul
tersebut memiliki struktur dan fungsi yang berperan dalam menyusun sel makhluk
hidup.

B. Tujuan
Tujuan dari makalah ini adalah mendeskripsikan struktur dan fungsi
makromolekul penyusun sel (karbohidrat, protein, lipid, dan asam nukleat).
 BAB II
PEMBAHASAN
A. Karbohidrat
1) Pengertian
Dalam pengertian secara kimia, karbohidrat adalah polihidroksi aldehida atau
polihidroksi keton, yang mempunyai rumus molekul umum (CH2O)n yang
pertama lebih dikenal sebagai golongan aldosa yang kedua adalah ketosa
(Martoharsono, 2006: 23). Dari pengertian di atas dapat diketahui bahwa
karbohidrat merupakan polymer yang tersusun dari monomer-monomer
monosakarida, seperti glukosa, fruktosa dan galaktosa.

Gambar 1. Rumus umum karbohidrat

2) Penggolongan Karbohidrat
Karbohidrat digolongkan menjadi 3 macam karbohidrat berdasarkan banyak
sedikitnya jumlah unit gula, yaitu monosakarida, disakarida, dan polisakarida.
Monosakarida
Monosakarida berasal dari kata mono yang artinya satu, dan sakarida
yang artinya gula.Jadi secara etimologis, monosakarida dapat diartikan sebagai
molekul yang hanya terdiri dari satu unit gula.(Aisyah Girindra,
1986).Monosakarida disebut juga karbohidrat yang paling sederhana. Struktur
karbohidrat adalah aldehida atau keton yang mempunyai 2 atau lebih gugus
hidroksil, dapat ditulis formula empiris umumnya yaitu (CH2O)n. (Stryer, 2000:
464).
Monosakarida bersifat tidak berwarna, merupakan kristal padat yang larut
dalam air, tetapi tidak larut dalam pelarut nonpolar. Kebanyakan mempunyai rasa
manis.Kerangka monosakarida adalah rantai karbon berikatan tunggal yang tidak
bercabang.Satu diantara atom karbon berikatan ganda terhadap suatu atom
oksigen, membentuk ugus karbonil; masing-masing atom karbon lainnya
berikatan dengan gugus hidroksil.Jika gugus karbonil berada pada ujung rantai
karbon, monosakarida tersebut adalah suatu aldehida dan disebut suatu aldose.
Jika gugus karbonil berada pada posisi lain, monosakarida tersebut adalah keton
dan disebut suatu ketosa. Moonosakarida yang paling sederhana adalah triosa 3-
karbon: gliseraldehida, suatu aldose, dan dihidroksi aseton, suatu ketosa (Albert
Lehninger, 1982).)

Gambar 2. D-Gliseraldehida dan Dihidroxyacetone

Berdasarkan letak gugus karbonilnya, monosakarida dibagi menjadi dua,
yaitu aldose dan ketosa.Aldose merupakan monosakarida dengan gugus karbonil
yang berada pada ujung rantai. Sedangkan ketosa merupakan monosakarida
dengan gugus karbonilnya berada di posisi lain selain ujung rantai. Gugus
karbonil adalah gugus yang terbentuk dari salah satu atom karbon yang berikatan
ganda dengan suatu atom oksigen (Albert Lehninger, 1982).
Monosakarida yang kita kenal berbentuk cincin. Aldose dan ketosa
berbentuk rantai lururs karena tergolong dalam triosa (memiliki 3 atom C) dan
tetrosa (memiliki 4 atom C), monosakrida dengan 5 atom C atau lebih akan
membentuk siklik dengan ugus karbonil berikatan kovalen dengan satu diantasa
gugus hidroksil pada rantai.Struktur siklik dengan 5 atom karbon disebut dengan
furan sedangkan struktur siklik yang terdiri atas 6 atom karbon disebut puran
(Albert Lehninger, 1982).
 Gambar 3. Cincin Furan dan Piran

(garam puran, furan, glukosa, fruktosa galaktosa)

Gambar 4. Macam-macam monosakarida

Disakarida
Disakarida terdiri dari kata di yang artinya dua dan juga sakarida yang
artinya gula.Jadi secara keseluruhan, ditinjau dari segi etimologisnya, disakarida
merupakan dua unit gula (sakarida).Disakarida dapat terbentuk dari dua
monosakarida yang sejenis, maupun tidak sejenis (Anna Poedjiadi, 1994).
Disakarida terdiri dari dua monosakarida yang berikatan kovalen terhadap
sesamanya.Pada kebanyakan disakarida, ikatan kimia yang menggabungkan kedua
unit monosakarida disebut ikatan glikosida.Ikatan glikosida dibentuk jika gugus
hidroksil pada salah satu gula bereaksi dengan karbon anomer pada gula yang
kedua.Di alam, disakarida yang paling kerap dijumpai yakni maltosa, laktosa, dan
sukrosa (Albert Lehninger, 1982).

Gambar 5. Macam-macam Disakarida

a. Maltosa
 Maltosa adalah suatu disakaridayang paling sederhana, terbentuk dari 2 molekul
glukosa.Ikatan yang terjadi ialah antara atom karbon nomor 1 dan atom karbon
nomor 4 sehingga maltosa masih mempunyai gugus OH Glikosidik dan sifat
mereduksi (Poedjiadi, 2009: 32).

Maltosa merupakan disakarida yang tergolong gula pereduksi, karena gula

ini memiliki gugus karbonil yang berpotensi bebas.Gugus C nya bebas karena
meski semua mengikat gugus, namun gugus OH nya reaktif yaitu mudah lepas
dan mudah larut dalam air.Ujung pereduksi dari suatu gula adalah ujung yang
mengandung gugus aldehida atau keton bebas.Pada atom C 1 terlihat gugus OH
yang masih bebas dan tidak berikatan, hal ini memiliki arti bahwa maltosa
merupakan gula pereduksi (Fessenden, R.J., and Fessenden, J.S. 1986).
b. Laktosa
Disakarida ini jika dihidrolisis akan menghasilkan monosakarida
penyusunnya berupa D-Glukosa dan D-Galaktosa (Aisyah Girindra, 1986).

Ikatan galaktosa dan glukosa terjadi antara atom karbon nomor 1 pada galaktosa
dan atom karbon nomor 4 pada glukosa sehingga molekul laktosa masih
mempunyai gugus OH glikosidik.Dengan demikian laktosa mempunyai sifat
mereduksi dan mutarotasi (Poedjiadi, 2009: 31).
c. Sukrosa
Sukrosa atau gula tebu adalah disakarida dari glukosa dan fruktosa.Sukrosa
dibentuk oleh banyak tanaman, tetapi tidak terdapat pada hewan tingkat tinggi.

-D-glukopiranosil-(12)--D-fruktofuranosida
Berbeda dengan maltosa dan laktosa, sukrosa bukan merupakan gula
pereduksi.Hal ini disebabkan karena gugus OH pada atom karbonnya sudah
berikatan, bukan merupakan OH bebas sehingga tidak mudah lepas. Sukrosa
disebut juga sebagai gula non-reduksi karena disakarida ini tidak mengandung
atom karbon anomer bebas, karbon anomer kedua komponen unit monosakarida
pada sukrosa berikatan satu dengan yang lain. Atau dengan kata lain ujungnya
tidak mengandung agugus aldehida atau keton bebas (Aisyah Girindra, 1986).
Polisakarida
Polisakarida merupakan karbohidrat dengan banyak
monosakarida.Monosakarida yang menyusun polisakarida dapat berjumlah
puluhan hingga ribuan.Berdasarkan penyusunnya, terdapat dua macam
polisakarida, yakni homopolisakarida dan heteropolisakarida.Homopolisakarida
jika polisakarida tersusun atas satu jenis monosakarida.Sedangkan
heteropolisakarida merupakan polisakarida yang tersusun atas berbagai jenis
monosakarida (Lubert Stryer, 1995).
Berdasarkan fungsinya, polisakarida dibedakan menjadi polisakarida
sebagai penyimpan energy, dan juga polisakarida sebagai penyusun struktur
tubuh.Polisakarida yang tergolong sebagai penyimpan energy ialah pati/ amilum
dan juga glikogen.Sedangkan polisakarida yang termasuk ke dalam golongan
penyusun struktur tubuh ialah selulosa dan juga kitin (Prof. Dr. Kurnia
Kusnawidjaja, 1987).
3) Fungsi Karbohidrat
 Sumber Makanan Sel
Sel dapat menggunakan karbohidrat dalam bentuk yang paling sederhana yakni
golongan monoskarida.Golongan karbohidrat ini sebagai sumber makanan bagi
sel untuk tetap hidup.Selain itu karbohidrat sebagai penyumbang atom karbon
yang merupakan komponen utama dalam sel makhluk hidup.Monosakarida dapat
juga diperoleh dari karbohidrat golongan disakarida setelah mengalami hidrolisis.
Penyimpan Energi
Golongan karbohidrat yang berfungsi dalam penyimpanan energi adalah golongan
polisakarida.Polisakarida penyimpan yang paling penting di alam adalah pati,
yang khas bagi sel tanaman, dan glikogen pada sel hewan.Pati dan glikogen yang
terdapat di dalam sel dalam bentuk gumpalan besar atau granula.
a. Pati
Pati mengandung dua jenis polimer glukosa, -amilasi dan amilopektin.-
amilasi terdiri dari rantai unit-unit D-glukosa yang panjang dan tidak bercabang,
digabungkan oleh ikatan (14), rantai ini beragam berat molekulnya, dari
beberapa ribu sampai 500.000. Sedangkan amilopektin merupakan
polisakaridayang tersusun dari monomer -glukosa.Amilopektin merupakan
molekul raksasa karena menjadi satu dari dua senyawa penyusun pati, bersama-
sama dengan amilosa sehingga memiliki cabang. Ikatan glikosidik yang
menggabungkan glukosa adalah ikatan (14) dan titik percabangan amilopektin
merupakan ikatan (16) (Albert Lehninger, 1982).

Gambar 6. Struktur Kimia Amylopectin

 Gambar 7. Struktur Kimia Amylose
Pati dalam sel tanaman disimpan dalam amiloplast.Amiloplast adalah
plastid yang berfungsi untuk memproduksi dan menyimpan pati.Amiloplast
merupakan derivate dari leucoplast yang biasanya ditemukan pada jaringan yang
tidak mengalami fotosintesis yakni pada akar dan biji. (www.thoughtco.com)

Gambar 8. Pati dalam Amiloplast

b. Glikogen
Glikogen merupakan sumber polisakarida utama pada sel hewan, seperti
pati pada sel tumbuhan. Seperti amilopektin, glikogen merupakan polisakarida
bercabang dari D-glukosa dalam ikatan(14), tetapi pada glikogen lebih banyak
cabang dan strukturnya lebih kompak. Ikatan pada percabangan adalah (16).
Glikogen terdapat pada sel hati dan otot kerangka.Glikogen ini berbentuk seperti
pati yakni granula (Albert Lehninger, 1982).
 Gambar 9. Gambaran molekul glikogen
Penyusun Struktural
Banyak polisakarida yang berfungsi sebagai unsur structural ekstra-selular
pada dinding sel mikroorganisme bersel tungal dan tumbuhan tingkat tinggi, dan
pada permukaan sebelah luar sel hewan. Polisakarida lain merupakan komponen
jaringan pengikat vertebrata dan ekso-skeleton arthropoda. Polisakarida struktural
memberikan perlindungan, bentuk, dan daya penyangga terhadap sel, jaringan
atau organ (Albert Lehninger, 1982).
a. Sel Tumbuhan
Pada sel tumbuhan, polisakarida menyusun bagian dinding sel. Terdapat
polisakarida jenis selulosa, hemiselulosa, pectin, dan lignin.
1. Selulosa
Selulosa adalah senyawa seperti serabut, liat, tidak larut dalam air, dan
ditemukan dalam dinding sel pelindung tumbuhan, terutama pada tangkai, batang,
daun dan semua bagian berkayu dari jaringan tumbuhan. Kayu terutama terbuat
dari selulosa dan senyawa polimer lain; katun merupakan selulosa hampir semua
murni. Selulosa pada dinding sel tumbuhan memiliki struktur berlapis-lapis,
panjang, melebar, saling bersimpangan, yang memiliki sifat lebih kuat dari pada
kawat baja dengan diameter yang sama (Albert Lehninger, 1982).
Selulosa termasuk dalam homopolisakarida linear tidak bercabang, terdiri
dari 10.000 atau lebih unit D-glukosa yang dihubungkan oleh ikatan 14
glikosida, senyawa ini terlihat seperti amilosa, dan rantai utama glikogen. Tetapi
 terdapat perbedaan yang amat penting yakni pada selulosa ikatan 14 pada
konfigurasi sedangkan amilosa dan rantai utama glikogen pada ikatan 14 pada
konfigurasi . Hal ini menyebabkan perbedaan struktur polimernya. Sifat
geometris dari ikatan (14) pada rantai utama glikogen dan pati mebentuk suatu
konformasi heliks yang berpilin, yang menyebabkan pembentukan granula yang
tebal. sebaliknya, ikatan (14), rantai D-glukosa pada selulosa membentuk
konformasi yang melebar dan mengalami pengelompokan antar sisi menjadi serat
yang tidak larut (Albert Lehninger, 1982).

Gambar 10. Struktur Kimia Selulosa

Gambar 11. Molekul Selulosa dalam Dinding Sel

2. Hemiselulosa
Hemiselulosa merupakan polisakarida yang tersusun atas glukosa, xilosa,
manosa dan asam glukoronat.Di dalam dinding sel, hemiselulosa berfungsi
sebagai perekat antar mikrofibril selulosa.
3. Pektin
 Pektin merupakan polisakarida yang tersusun atas galaktosa, arabinosa,
dan asam galakturonat.Berfungsi sebagai perekat antara dinding sel satu dengan
yang lainnya.Diklasifikaskan mendaji 3 senyawa yaitu asam pektat, asam pektinat
(pektin) dan protopektin. Nama pektin berasal dari kata pectos yang artinya dapat
mengental atau menjadi padat
4. Lignin
Lignin hanya dijumpai pada dinding sel yang dewasa dan berfungsi untuk
melindungi sel tumbuhan terhadap lingkungan yang tidak menguntungkan.

Gambar 12. Dinding Sel Tumbuhan

b. Sel Hewan
Polisakarida yang sering ditemukan pada sel hewan yaitu kitin,
peptidoglikan, glikolipid, dan glikoprotein.
1. Kitin
Kitin merupakan polisakarida yang memiliki unsur nitrogen.Kitin juga
termasuk penyusun rangka luar arthropoda dan serangga. Kitin tersusun oleh
rantai lurus panjang dengan ikatan glikosidik (1-4) yang menyerupai selulosa
kecuali bahwa substituen pada C-2 adalah gugus amino terasetilasi pengganti
gugus hidroksil (Anna Poedjiadi, 1994).
 Gambar 13. Struktur Kimia Kitin
2. Peptidoglikan
Peptidoglikan adalah polisakarida yang terdiri dari dua gula turunan yaitu
asam-N-asetil glukosamin serta asam-N-asetil muramat yang dihubungkan ikatan
-1,4, dan sebuah rantai peptida pendek atau asam diaminopimelik (DAP)-asam
amino langka yang hanya ditemukan pada dinding sel prokariot (Albert
Lehninger, 1982).
Struktur dasar peptidoglikan adalah sebuah selubung yang menyelimuti sel
yang tersusun dari utas-utas peptidoglikan yang berdampingan satu sama lain dan
dihubungkan dengan ikatan silang tetrapeptida yang terbuat dari asam amino
(Albert Lehninger, 1982).
Peptidoglikan hanya ditemukan pada spesies bakteri, namun tidak semua
bakteri.Peptidoglikan ditemukan baik pada bakteri gram positif maupun bakteri
gram negatif, tetapi dengan struktur yang sedikit berbeda.Bakteri gram positif
memiliki dinding sel yang tersusun dari lapisan peptidoglikan yang lebih tebal,
sedangkan bakteri gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang lebih
tipis.Dengan adanya peptidoglikan tersebut, dinding sel lebih kokoh dan bakteri
bisa hidup di kondisi yang tekanan osmosisnya tidak sesuai dengan kondisi di
dalam sel (Prof. Dr. Kurnia Kusnawidjaja, 1987).
 Gambar 14. Struktur Peptidoglikan

Gambar 15. Struktur Peptidoglikan pada Sel Bakteri Gram Positif dan Gram
Negatif

Membrane sel
Karbohidrat pada membrane sel ini terdiri dari dua jenis, yaitu yang
berikatan dengan lipid atau disebut glikolipid, dan karbohidrat yang berikatan
dengan protein atau glikoprotein. Kedua karbohidrat dalam membrane sel tersebut
berfungsi sebagai sensor atau pendeteksi zat asing yang akan masuk ke dalam sel.
Contohnya ialah pada sel darah putih (leukosit) (Lubert Stryer, 1995).
 Gambar 16. Membran Sel
c. Fungi
Susunan dinding sel fungi berbeda dengan dengan dinding sel tumbuhan.
Susunan dinding sel fungi dari luar ke dalam yaitu glycocalyx, kumpulan
polisakarida, glikoprotein, kitin dan membrane sell atau membrane sitoplasma.
Sebagian besar sel eukariotik memiliki glikokaliks, lapisan terluar yang
bersentuhan langsung dengan lingkungan. Struktur ini, yang kadang-kadang
disebut matriks ekstraselular, biasanya terdiri dari polisakarida dan muncul
sebagai jaringan serat, lapisan lendir, atau kapsul seperti glikokaliks dari
prokariota. (Majorie Kelly Cowan, 2016)

Penyusun struktur asam nukleat (pentose)

 Tidak semua pentosa menjadi unit atau komponen penyusun sel. Ribosa
merupakan penyusun RNA dan 2- deoksiribosa merupakan unit penyusun DNA
(Fessenden, R.J., and Fessenden, J.S. 1986).
B. Protein

1) Pengertian Protein

Komponen protoplasma yang sangat penting, di samping air yaitu protein.

Protein, yang namanya berarti pertama atau utama adalah makromolekul
yang paling berlimpah di dalam sel hidup dan merupakan 50 persen atau lebih
berat kering sel. Protein ditemukan di dalam semua sel dan semua bagian sel.
Protein juga amat bervariasi; ratusan jenis yang berbeda dapat ditemukan dalam
satu sel. Tambahan lagi, protein mempunyai berbagai peranan biologis, karena
protein merupakan instrumen molekuler yang mengekspresikan informasi
genetik(Lehninger, 1982). Senyawa ini terdiri dari unsur-unsur: karbon, hidrogen,
oksigen, dan nitrogen(Reksoatmodjo, 1993).

Kunci struktur ribuan protein yang berbeda-beda adalah gugus pada unit
pembangun protein yang relatif sederhana. Semua protein, baik yang berasal dari
bakteri yang paling tua atau yang berasal dari bentuk kehidupan tinggi, dibangun
dari rangkaian dasar yang sama dari 20 asam amino yang berikatan kovalen
dalam urutan yang khas. Karena masing-masing asam amino mempunyai rantai
samping yang khusus, yang memberikan sifat kimia masing-masing individu,
kelompok 20 molekul unit pembangun ini dapat dianggap sebagai abjad struktur
protein. Ke-20 asam amino ini dirangkai dalam berbagai kombinasi dan urutan,
menghasilkan peptida dan protein yang memiliki sifat dan aktivitas berbeda.
Peptida adalah rantai pendek dari dua atau lebih asam amino yang dihubungkan
oleh ikatan kovalen. Dari unit pembangun ini organisme yang berbeda dapat
membuat produk-produk yang demikian bervariasi, seperti enzim, hormon, lensa
protein pada mata,bulu burung/ayam, jaringan laba-laba, kulit kura-kura, protein
susu bergizi, enkefalin (senyawa obat bius tubuh), antibiotika, racun jamur,dan
senyawa biologi lain yang memiliki aktivitas spesifik(Lehninger, 1982).

2 ) Struktur Asam Amino

Jika protein dimasak dengan asam atau basa kuat, asam amino unit
pembangunnya dibebaskan dari ikatan kovalen yang menghubungkan molekul-
molekul ini menjadi rantai. Seperti diisyaratkan oleh namanya, suatu asam amino
mengandung sebuah gugus amino dan sebuah gugus asam karboksilat. Asam
amino yang terbebas merupakan molekul yang relatif kecil dengan struktur
sebagai berikut:

GambarStruktur UmumAsam Amino

Pada semua asam amino yang digunakan untuk sintesis protein, gugus ini
melekat ke atom -karbon (karbon 2). Selain gugus amino dan karboksil, masing-
masing asam amino memiliki sebuah rantai sisi, yang disebut gugus R, yang juga
melekat ke -karbon. Keduapuluh asam amino yang sering digunakan dalam
sintesis protein masing-masing memiliki rantai sisi yang berbeda. Untuk 19 dari
asam amino tersebut, -karbon memiliki empat subtituen yang berbeda, gugus
amino, gugus karboksil, rantai sisi, dan sebuah atom hidrogen. Dengan demikian
-karbon bersifat asimetrik, dan asam amino mungkin terdapat dalam konfigurasi
D atau L. Bentuk D dan L tidak dapat ditumpangtindihkan denganmemutar
molekul karena keduanya adalah bayangan satu sama lain (Marks, 2000).

Gambar Asam -L-amino dan Asam -D-amino

 Bentuk L adalah satu-satunya bentuk yang secara alami dijumpai pada
manusia. Semua asam amino yang ditemukan dalam tubuh, kecuali glisin,
memiliki konfigurasi L. -karbon pada glisin tidak asimetrik karena karbon ini
memiliki dua gugus yang identik: dua atom hidrogen, yang satu berfungsi sebagai
rantai sisi. Oleh karena itu, glisin tidak termasuk ke dalam kofigurasi D ataupun L.
Asam D-amino jarang dijumpai dalam makhluk hidup. Asam tersebut memiliki
peran penting bagi dunia medis, terletak di dinding bakteri dan pada beberapa
antibiotik yang dihasilkan oleh bakteri(Marks, 2000).

Fungsi masing-masing asam amino dan perannya dalam struktur protein

terutama berkaitan dengan sifat kimia rantai sisi asam amino. Oleh karena itu,
asam amino biasanya dibagi menjadi gugus berdasarkan polaritas relatif rantai
tersebut, yang menunjukkan kecenderungannya untuk bereaksi. Secara
keseluruhan, rantai sisi berkisar melalui suatu spektrum dari sangat nonpolar
sampai sangat polar. Polaritas,yaknikecenderunganmolekuluntuk berinteraksi
dengan air padapH biologi (dekat pH7,0). Sebagian besar asam amino memiliki
rantai sisi yang sangat hidrofobik (nonpolar). Yang lain bersifat lebih hidrofilik,
memiliki gugus R yang polar tetapi tidak bermuatan (Marks, 2000).

Terdapat 4 golongan asam amino (1) golongan dengan gugus R nonpolar atau
hidrofobik, (2) golongan dengan gugus R polar tetapi tidak bermuatan, (3)
golongan dengan gugus R bermuatan negatif, (4) golongan dengan gugus R
bermuatan positif.

a. Asam Amino dengan Gugus RNonpolar(Hidrofobik)

Gugus R di dalam golongan asam amino ini merupakan hidrokarbon dan

bersifat hidrofobik. Gugus amino pada prolin tidak bersifat bebas, tetapi
disubsitusi oleh sebagian gugus R-nya menghasilkan struktur melingkar
(Lehninger, 1982). Golongan ini meliputi:
Asam amino dengangugus Ralifatik

Asam amino dengan lingkaran aromatik

Asam amino dengan sulfur

c. Asam Amino dengan Gugus R Polar tetapi Tidak Bermuatan

Gugus R dari asam amino polar lebih larut di dalam air atau lebih hidrofilik,
dibandingkan dengan asam amino nonpolar Karena golongan ini mengandung
gugus fungsional yang membentuk ikatan hydrogen dengan air. Golongan ini
meliputi glisin, serin, treonin, sistein, tirosin, asparagin, dan glutamin
(Lehninger, 1982).

d. Asam Amino dengan Gugus R Bermuatan Negatif (Asam)

Dua asam amino yang mengandung gugus R yang bermuatan total negatif
pada pH 7.0 adalah asam aspartat dan asam glutamat, masing-masing mempunyai
tambahan gugus karboksil. Asam amino ini merupakan senyawa induk dari
asparagin danglutamin (Lehninger, 1982).
e. Asam Amino dengan Gugus R Bermuatan Positif (Basa)

Asam amino yang mempunyai gugus R dengan muatan total positif pada
pH7,0 adalah lisin yang mengandung tambahan gugus amino (kedua) pada posisi e
di rantai alfatiknya, arginin yang mengandung gugus guanidine bermuatan positif;
dan histidin yang mengandung gugus imidazol yang mengion sedikit (Lehninger,
1982).

3. Macam-macam Asam Amino

Asam amino baku dapat dinyatakan dengan singkatan 3 huruf atau lambang
satu huruf, yang digunakan sebagai cara ringkas untuk menunjukkan komposisi
dan urutan asam amino di dalam rantai polipeptida (Lehninger, 1982).

Asamamino Three-LetterAbbreviation One-LetterAbbreviation

Alanin Ala A
Arginin Arg R
Asparagine Asn N
Aspartic acid Asp D
Cystein Cys C
Glutamic acid Glu E
Glutamine Gln Q
Glycine Gly G
Histidine His H
Isoleucine Ile I
Leucine Leu L
Lysine Lys K
Methionine Met M
Phenylalanine Phe F
Proline Pro P
Serine Ser S
Threonine Thr T
Tryptophan Trp W
Tyrosine Tyr Y
Valine Val V

4. Ikatan Peptida

Dua molekul asam amino dapat diikat secara kovalen melalui suatu ikatan
amida subtitusi yang disebut ikatan peptida menghasilkan suatu dipeptida. Ikatan
ini dibentuk dengan menarik unsur H2O dari gugus karboksil suatu asam amino
dan gugus -amino dari molekul lain dengan reaksi kondensasi yang kuat
(Lehninger, 1982).

Gambar Pembentukan suatu dipeptida

 Tiga asam amino atau lebih dapat disatukan oleh dua ikatan peptida
dengan cara yang sama untuk membentuk suatu tripeptida; tetrapeptida;
pentapeptida dan seterusnya. Jika terdapat banyak asam amino yang bergabung
dengan cara demikian, struktur yang dihasilkan dinamakan polipeptida. Peptida
dengan panjang yang bermacam-macam dibentuk oleh hidrolisa sebagian dari
rantai polipeptida yang panjang dari protein, yang dapat mengandung ratusan
asam amino (Lehninger, 1982).

Unit asam amino di dalam peptida biasanya disebut residu, rantai ini bukan
lagi merupakan asam amino karena telah kehilangan atom hidrogen dari gugus
amino dan sebagian gugus karboksilnya. Residu asam amino pada ujung suatu
peptida yang mempunyai gugus -amino bebas disebut residu terminal amino atau
residu terminal-N; residu pada ujung yang satu lagi, yang mempunyai gugus
karboksil bebas disebut terminal-karboksil atau residu terminal-C. Peptida hanya
mengandung satu gugus -amnio bebas dan satu gugus -karboksil bebas. Peptida
dinamakan dari deret kandungan asam amino, dimulai dari residu terminal-N
sampai residu terminal-C (Lehninger, 1982).
5. Penggolongan Protein
Jenis protein sangat beragam, berdasarkan susunan molekulnya, protein
diklasifikasikan sebagai berikut:

a. Protein fibrosa/serat
Protein serat merupakan susunan rantai polipeptida dalam suatu lembaran
yang panjang. Protein serat menjalankan fungsi pertahanan luar karena
merupakan komponen utama dari lapisan kulit luar, rambut, bulu, kuku, dan
tanduk. Protein serat juga berfungsi sebagai penyangga kekuatan dan pemberi
bentuk, seperti pada tulang, urat, dan lapisan kulit sebelah dalam. Contoh: fibrin,
kolagen, aktin, dan miosin (Reksoatmodjo, 1993).
b. Protein globular
Protein globular merupakan rantai polipeptida yang berlipat dengan rapat
sehingg menjadi bentuk bulat atau globular yang kompak. Protein globular dapat
berupa enzim, protein dalam darah, antibodi, hormon, komponen membran, dan
ribosom (Reksoatmodjo, 1993).

Gambar Protein globular dan protein serabut

Selain itu, protein juga digolongkan pula menjadi protein struktural
dan protein dinamis/fungsional.
c. Protein struktural
 Protein struktural berperan sebagai penunjang atau penyokong. Protein ini
terdapat di dalam sel. Yang terdapat di dalam sel disebut protein struktural
intrasel. Protein-protein ini membentuk kerangka mekanik sel dan disebut
kerangka sel atau sitoskelet. Mereka terdiri dari protein tubulin, aktin, spektrin,
dan lain-lain. Protein struktural yang terdapat di luar sel disebut dengan protein
struktural ekstrasel, dijumpai pada organisme multisel. Beberapa contoh dari
protein ini adalah: kolagen pada kulit, tulang rawan, dan tulang, serta keratin
pada kuku, dan rambut (Reksoatmodjo, 1993).
d. Protein fungsional
Protein fungsional merupakan protein yang terlibat langsung dalam
metabolisme sel, mudah terurai dan terkait kembali. Protein ini mencakup enzim-
enzim yang merupakan katalisator pada metabolisme intrasel maupun ekstrasel,
hormon: insulin, FSH, LH, tirosin, dan sebagainya, serta pigmen darah:
hemoglobin dan hemosianin (Reksoatmodjo, 1993).
Berdasarkan fungsi biologinya, protein diidentifikasi menjadi beberapa
golongan utama, diantaranya:
a. Enzim
Enzim merupakan protein yang paling bervariasi, mempunyai kekhususan
tinggi dan mempunyai aktivitas katalisa. Hampir semua reaksi kimia biomolekul
organik dalam sel dikatalisa oleh enzim. Lebih dari 2000 jenis enzim, dan
masing-masing dapat mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda telah ditemukan di
dalam berbagai bentuk kehidupan (Lehninger, 1982).
b. Protein transport
Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul
atau ion spesifik dari satu organ ke organ lain. Hemoglobin pada sel darah merah
mengikat oksigen ketika darah melalui paru-paru, dan membawa oksigen ini ke
jaringan periferi. Di sini oksigen dilepaskan untuk melangsungkan oksidasi
nutrien yang mengahsilkan energi. Plasma darah mengandung lipoprotein, yang
membawa lipid dari hati ke organ lain. Protein transport lain terdapat di dalam
membran sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan membawa
glukosa, asam amino, dan nutrien lain melalui membran menuju ke dalam sel
(Lehninger, 1982).
c. Protein nutrien dan penyimpanan
Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan
untuk pertumbuhan embrio tanaman. Terutama, contoh yang telah dikenal adalah
biji dari gandum, jagung, dan beras. Ovalbumin protein utama putuh telur, dan
kasein, protein utama susu merupakan contoh lain dari protrin nutrien. Ferritin
jaringan hewan merupakan protein penyimpan besi (Lehninger, 1982)
d. Protein kontraktil atau motil
Beberapa protein memberikan kemampuan kepada sel dan organisme
untuk berkontraksi, mengubah bentuk, atau bergerak. Aktin dan miosin adalah
protein filamen yang berfungsi di dalam sel kontraktil otot kerangka dan juga di
dalam banyak sel bukan otot. Contoh lain adalah tubulin, protein pembentuk
mikrotubul. Mikrotubul merupakan komponen penting dari flagel dan silia, yang
dapat menggerakan sel (Lehninger, 1982).
e. Protein struktural
Banyak protein yang berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran
penyanggah untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau proteksi.
Komponen utama dari urat dan tulang rawan adalah protein serabut kolagen,
yang mempunyai daya tenggang yang amat tinggi. Hampir semua komponen
kulit adalah kolagen murni. Persendian mengandung elastin, suatu protein
struktural yang mampu merenggang ke dua dimensi. Rambut, kuku, dan bulu
burung/ayam terdiri terutama dari protein tidak larut, yang liat, keratin.
Komponen utama dari serat sutra dan jaringan laba-laba adalah protein
fibroin(Lehninger, 1982).
f. Protein pertahanan
Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan
oleh spesies lain atau melindungi organisme tersebut dari luka. Immunoglobulin
atau antibodi pada vertebrata adalah protein khusus yang dibuat oleh limposit
yang dapat mengenali dan mengendapkan/menetralkan serangan bakteri, virus,
atau protein asing dari spesies lain. Fibrinogen dan trombin merupakan protein
penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jika sistem pembuluh terluka.
Bisa ular, toksin bakteri, dan protein tumbuhan beracun, seperti risin, juga
tampaknya berfungsi di dalam pertahanan tubuh (Lehninger, 1982).
g. Protein pengatur
Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Di
antara jenis ini terdapat sejumlah hormon, seperti insulin, yang mengatur
metabolisme gula, dan kekurangannya menyebabkan penyakit diabetes. Hormon
pertumbuhan dari pituitary dan hormon paratiroid, yang mengatur transport Ca 2+
dan fosfat. Protein pengatur lain, yang disebut represor mengatur biosintesa
enzim oleh sel bakteri(Lehninger, 1982).
6 . Struktur protein

Pada protein terdapat empat tingkat struktur yang berbeda. Struktur primer
suatu protein adalah urutan linear asam amino dalam rantai polipeptida. Struktur
sekunder (yang mencakup heliks- dan lembar-) terdiri dari daerah-daerah lokal
rantai polipeptida yang memiliki konformasi reguler yang distabilkan oleh ikatan
hidrogen. Konformasi tiga dimensi total dari keseluruhan suatu rantai polipeptida
disebut struktur tersier, yang mencakup heliks-, lembar-, dan daerah berbentuk
globular (atau sferis). Sebagian protein memperlihatkan struktur kuarterner:
konformasi tiga dimensi suatu protein multisubunit yang terdiri dari sejumlah
rantai polipeptida (atau subunit) disatukan oleh interaksi nonkovalen(Marks,
2000).

Protein di dalam sel berada dalam keadaan asli (native state). Panas,
asam, dan bahan-bahan lain menyebabkan protein mengalami denaturasi, yaitu
konformasi tiga dimensinya terbuka dan hilang. Dalam keadaan asli alami di
dalam sel, banyak protein berikatan dengan substansi lain dari ion sampai
molekul yang kompleks misalnya koenzim. Hal ini berkaitan dengan fungsi
protein itu sendiri(Marks, 2000).

Berbagai protein yang berbeda dapat diciptakan dari hanya 20 asam amino
yang umum, karena asam-asam amino ini dapat saling berkaitan dalam banyak
kombinasi yang berbeda. Perbedaan dalam urutan asam amino di sepanjang rantai
polipeptida menyebabkan pembentukan struktur tiga dimensi yang berbeda
sehingga fungsinya pun berbeda pula(Marks, 2000).

a. Struktur Primer

Struktur primer merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-urutan

asam amino yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam
sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai (Lehninger, 1982). Struktur ini
dapat menentukan urutan suatu asam amino dari suatu polipeptida.

GambarStruktur primer dari protein

b. Struktur Sekunder

Struktur sekunder merupakan kombinasi antara struktur primer yang linear

distabilkan oleh ikatan hydrogen antara masing-masing atom oksigen karbonil
dengan hidrogen yang melekat ke atom nitrogen amida disepanjang tulang
belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah -heliks dan -
pleated. Struktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida yang terlilit atau
terlipat secara berulang (Campbell, 2002).
 Pada suatu -heliks, terbentuk ikatan hidrogen antara masing-masing atom
oksigen karbonil pada sebuah ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat ke
atom nitrogen amida pada suatu ikatan peptida 4 residu asam amino di sepanjang
rantai polipeptida. Dengan demikian, terbentuk struktur kumparan (ulir) reguler di
mana masing-masing ikatan peptida dihubungkan oleh ikatan hidrogen ke ikatan
peptida 4 residu asam amino di depannya dan 4 asam amino di belakangnya dalam
urutan primer (Marks, 2000).

Rantai sisi asam amino pada -heliks mengarah ke luar dari sumbu sentral.
Rantai sisi yang berukuran besar atau rantai sisi dengan muatan yang saling tolak-
menolak dapat mencegah terbentuknya -heliks. Residu prolin menghambat
struktur -heliks pada protein karena residu prolin menimbulkan hambatan
geometrik akibat adanya struktur cincin dan karena pada ikatan peptida, nitrogen
tidak mengandung atom hidrogen yang diperlukan untuk membentuk ikatan
hidrogen (Marks, 2000).

Berbeda dengan struktur -heliks, struktur -pleated terbentuk melalui

ikatan hidrogen antara daerah linear rantai polipeptida seperti diperlihatkan dalam
gambar di atas. Ikatan hidrogen ini terjadi antara oksigen karbonil dari satu ikatan
peptida dan nitrogen dari ikatan peptida lainnya. Ikatan hidrogen dapat terbentuk
antara dua rantai polipeptida yang terpisah atau antara dua daerah pada sebuah
rantai tunggal yang melipat sendiri. Pelipatan ini sering melibatkan 4 struktur
asam amino yang dikenal sebagai belokan- (-turn) atau juga disebut dengan
hairpin loop. Sehingga, dalam struktur -pleated rantai atau bagian rantai yang
berinteraksi satu sama lain dapat bersifat sejajar atau anti-sejajar (antiparalel)
(Marks, 2000).

Gambar -turn

-pleated anti pararel dan pararel berbeda dalam hal pola ikatan
hidrogennya. Pada bentuk konformasi anti pararel memiliki konformasi ikatan
sebesar 7, sementara konformasi pada bentuk pararel lebih pendek yaitu 6,5
(Lehninger, 1982).

c. Struktur Tersier

Struktur tersier suatu protein adalah konformasi tiga dimensi

keseluruhannya. Bentuk protein globular melibatkan interaksi antara residu asam
amino yang mungkin terletak sangat jauh satu sama lain pada urutan primer
rantai polipeptida dan melibatkan -heliks dan -pleated (Marks, 2000).
 Gambar Struktur tersier protein

Interaksi nonkovalen antara rantai sisi residu asam amino penting untuk
menstabilkan struktur tersier dan terdiri dari interaksi hidrofobik dan elektrostatik
serta ikatan hidrogen. Selain itu, ikatan kovalen dapat terjadi yang melibatkan
pembentukan ikatan disulfida antara residu sistein(Marks, 2000).

Gambar Interaksi nonkovalen antara rantai sisi residu asam amino dalam
protein a. Interaksi elektrostatik; b. Ikatan hidrogen; c.Interaksi hidrofobik; d.
Interaksi hidrofilik; e. Interaksi disulfida

Dalam struktur ini, ikatan hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam
amino yang memiliki sifat hidrofobik akan berikatan di bagian dalam protein
globuler yang tidak berikatan dengan air, sementara asam amino yang bersifat
hidrofilik secara umum akan berada di sisi permukaan luar yang berikatan dengan
air disekelilingnya (Lehninger, 1982).

d. Struktur Kuarterner

Struktur kuarterner adalah struktur tiga dimensi suatu protein yang terdiri
dari sub-unit. Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub-unit protein dengan
struktur tersier yang akan membentuk protein kompleks yang fungsional (Murray,
2012).

Gambar Struktur kuarterner protein

Sub-unit tersebut disatukan oleh jenis interaksi nonkovalen yang sama

yang berperan pada struktur tersier, yaitu interaksi elektrostatik dan hidrofobik
serta ikatan hidrogen. Padahemoglobin, subunit yang ada serupa, keempatnya
mengandung hem dan mengikat oksigen. Namun, kompleks piruvat
dehidrogenase memiliki beberapa subunit yang berbeda. Kompleks ini
mengandung sejumlah besar protein yang mencakup enzim yang mengkatalisis
reaksi keseluruhan, memperbaharui kofaktor, dan mengatur aktivitas(Marks,
2000).

Protein dengan struktur kuarterner sering disebut juga dengan protein

multimerik. Jika protein yang tersusun dari dua sub-unit disebut dengan protein
dimerik dan jika tersusun dari empat sub-unit disebut dengan protein tetramerik
(Murray, 2012).

7. Fungsi Protein

a. Protein Struktural
1) Protein Histon

Protein histon terdiri dari lima macam yaitu H1, H2A, H2B, H3, dan H4.
Protein histon digunakan untuk menggulung molekul DNA. Sekitar200 bp
molekul DNA digulung pada satu kompleks histon yang tersusun atas masing-
masing-masing molekul H2A, H2B, H3 H4 dan satu molekul H1. Histon ini akan
bereaksi dengan asam deoksiribonukleat melalui interaksi antara protein yang
bermuatan positif dengan fosfodiester dari asam deoksiribonukleat yang
bermuatan negatif. Asosiasi antara satu histon dengan satu segmen asam
deoksiribo nuleat disebut nukleosom. Asosiasi nukleosom merupakan tahap awal
pengemasan asam deoksiribonukleat ke dalam bentuk yang padat. Tiap inti
nukleosom terdiri atas suatu kompleks dari delapan protein histon
(histonoktamer) dan DNA rantai ganda dengan panjang 147 pasang nukleotida.
2) Aktin dan Miosin

Setiap serat penyusun otot kita adalah satu sel besar, yang terbentuk dari
penyatuan (fusi) sel-sel yang lebih kecil selama perkembangannya. Unit
kontraktilnya sendiri sangat pendek, tetapi sangat banyak dan berjajar di sepanjang
otot. Unit ini terbuat dari protein dan filamen protein (miosin dan aktin). Di setiap
unit, miosin dan aktin disusun dalam berkas-berkas paralel sedemikian rupa
sehingga filamen aktin terletak di antara filamen miosin (Wolpert, 2011).

Kontraksi dihasilkan dengan menggeser filamen aktin dan miosin melewati

satu sama lain, yang membuat unit kontraktil memendek-ini seperti menggeser jari-
jari pada satu tangan di antara jari-jari tangan yang satunya. Daerah khusus filamen
miosin menarik aktin, yang membuatnya bergeser melewati miosin, dan ini
memerlukan ATP. Karena kemampuan untuk menghasilkan gerakan ini, miosin
disebut motor protein. Tidak ada pemendekan filamen aktin dan miosin saat otot
berkontraksi, hanya pergeseran(Wolpert, 2011).

Aktin adalah protein serba guna, dan bisa dirangkai dengan mudah
menjadi filamen, kemudian dipecah lagi menjadi subunit dasarnya. Aktin bisa
membentuk struktur yang kaku dan juga berkas kontraktil bersama miosin, yang
merupakan bagian cincin kontraktil yang membelah sel hewan menjadi dua saat
pembelahan sel. Aktin memungkinkan sel merayap di atas suatu permukaan,
yang dapat dilihat dalam gerakan sel darah putih ketika mereka memasuki
jaringan untuk menghancurkan bakteri penyerang (Wolpert, 2011).

Motor protein juga bertanggung jawab atas gerakan silia. Banyak sel
tubuh memiliki struktur seperti rambut yang menjulur dari permukaan sel, silia.
Silia membengkok dan berputar-putar seperti tongkat yang fleksibel untuk
menggerakkan cairan melewati sel. Silia juga terlibat dalam menjaga kebersihan
dinding paru-paru kita.Struktur utama dalam silia adalah sembilan pasang
mikrotubulus yang disusun membentuk cincin. Cincin ini, meskipun cukup
kaku, bisa dibengkokkan dengan cara menggeser mikrotubulus melewati satu
sama lain. Penggeseran ini dilakukan oleh motor protein (Wolpert, 2011).

3) Protein Sitoskeleton

Sitoskeleton atau kerangka sel adalah jaring berkas-berkas protein yang

menyusunsitoplasma dalam sel. Setelah lama dianggap hanyaterdapatdi
seleukariota,sitoskeletonternyatajugadapatditemukanpadaselprokariota.Sitoskeleto
n tidak hanya menjadi kerangka sel, tetapi juga memberikan kekuatan mekanik
pada sel dan membantu gerakan substansi dari satu bagian sel ke bagian lain
(Sumardjo, 2009).

Sitoskeleton atau rangka sel tersusun atas tiga jenis serabut yang berbeda,
yaitu mikrofilamen, mikrotubula, dan filamen intermedietbersama sejumlah
protein tambahan (Fried & Hademenos, 2006)
a) Mikrofilamen

Mikrofilamen terbentuk dari protein aktin. Subunit aktin dipolimerisasi

menjadi seutas untaian panjang, dan dua untaian bersatu dalam sebuah heliks
ganda (double helix) untuk membentuk mikrofilamen. Mikrofilamen memencar ke
seluruh bagian sitoplasma dan dengan demikian menjaga bentuk sel. Kombinasi
mikrofilamen dengan protein miosin membentuk filamen peluncuran yang
dikaitkan dengan kontraksi otot dan perubahan bentuk sel (Fried & Hademenos,
2006).

b) Mikrotubulus

Mikrotubula berbentuk benang silindris, kaku berfungsi untuk

mempertahankan bentuk sel dan sebagai rangka sel. Selain merupakan
komponen penyusun silia, badan basal, dan aparatus gelendong, miktotubulus
membentuk jaringan struktural di sekitar bagian tepi dari banyak protozoa(Fried &
Hademenos, 2006)

c) Filamen intermediet

Filamen intermediet adalah rantai molekul protein yang berbentuk

untaian yang saling melilit. Dinamai demikian karena diameternya berada di
antara kedua filamen struktural lainnya, lebih tahan lama daripada kedua filamen
lain dan ditemukan pada jaringan epitel untuk memberikan kekuatan yang
fleksibel bagi lembar-lembar jaringan epitel(Fried & Hademenos, 2006).

Serabut ini tersusun atas protein yang disebut vimentin. Akan tetapi, tidak
semua seltersusun atas vimentin, contohnya sel kulit tersusun oleh protein keratin.
 Gambar Mikrotubulus, Mikrofilament, dan Filamen intermediet

b. Protein Fungsional
1) Enzim

Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah

protein yang mempunyai aktivitas katalisa yakni, enzim. Enzim berfungsi
sebagaibiokatalisator. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik di dalam
sel dikatalisa oleh enzim. Lebih dari2000 jenis enzim, masing masing
dapatmengkatalisareaksikimiayang berbeda,telahditemukan di berbagai bentuk
kehidupan. (Lehninger, 1982).

2) Hemoglobin

Hemoglobin merupakanprotein pengikat oksigen dalam sel darah

merah. Hemoglobin yang mengangkut oksigen dari paru-paru ke jaringan
sehingga oksigen tersedia untuk oksidasi bahan bakar. Hemoglobin terdiri dari
empat sub unit polipeptida, dua dari jenis rantai sedangkan dua lagi dari
jenisrantai (Marks, 2000). Sub unit maupun terutama terdiri dari struktur
sekunder heliks . Setiap sub unit memiliki komponen non polipeptida, yang
disebut hem(heme), dengan satu ion pengikat oksigen.

3) Mioglobin

Sama halnya dengan hemoglobin, mioglobin merupakan protein utama

pengikat oksigen dalam tubuh. Ditemukan dalam konsentrasi yang besar pada
tulang dan otot jantung. Mioglobin menyimpan oksigen di dalam sel otot
sehingga oksigen tersedia untuk oksidasi bahan bakar yang menghasilkan energi
bagi kontraksi otot. Hem berfungsi sebagai gugus prostetiknya(Marks, 2000).

Protein seperti mioglobin juga banyak ditemukan pada organisme sel

tunggal. Mioglobin merupakan polipeptida tunggal dengan 153 residu asam amino
dan satu molekul heme. Komponen protein dari mioglobin yang disebut globin,
merupakan rantai polipeptida tunggal yang berisi delapan -heliks. Sekitar 78%
residu asam amino dari protein ditemukan dalam -heliks ini.

Perbedaan fungsi antara mioglobin dan hemoglobin ini berasal dari

perbedaan struktur. Molekul oksigen berikatan secara bebas satu sama lain dengan
rantai polipeptida tunggal dari mioglobin. Di pihak lain, keempat subunit
hemoglobin dapat bekerja sama mengikat oksigen(Marks, 2000).

4) Protein Membran

a) Protein integral

Protein integral berdasarkan lokasi di membran terbenam pada

membrane dalam yang hydrophobic. Yang diperlukan untuk bebas dari membrane
yaitu hanya dapat dibebaskan oleh agen yang merusak membran bilayer seperti
detergen atau pelarut non polar. Biasanya mampu bergabung dengan lipid. Selain
itu protein ini tidak larut pada media yang berair.

b) Protein perifer

Lokasi protein perifer pada membrane yaitu terikat pada permukaan

membran.Yang diperlukan untuk bebas dari membrane yaitu dengan cara
dibebaskan melalui perlakuan yang menyebabkan kerusakan bilayer seperti
kenaikan konsentrasi garam.Tidak mampu bergabung dengan lipid. Protein perifer
biasanya larut pada media yang berair (Suryani, 2004).

Fungsidari protein integral dan perifer dalam membran plasma sangat

bervariasi, diantaranya:

Sebagai enzim yang melekat membran

Contoh enzim beta glukosidase untuk membebaskan auksin pada sel-sel

saat perkecambahan dan protein integral pada membran mitokondria atau
kloroplas yang berfungsi untuk enzim-enzim transpor electron (peristiwa oksidasi
dan reduksi molekul pembawa protin dan elektron sambil membentuk ATP secara
bersamaan).

Sebagai mediatortranspor aktin

5) Imunoglobulin
Imunoglobulin (atau antibodi) adalah protein garis pertahanan terhadap
invasi organisme asing ke dalam tubuh. Imunoglobulin berfungsi mengikat
antigen pada organisme penginvasi, dan mencetuskan proses di mana organisme
tersebut kemudian dibuat menjadi tidak aktif atau dihancurkan. Antigen adalah
molekul yang mencetuskan pembentukan antibodi yang mampu berikatan dengan
antigen spesifik tersebut. Antibodi memberi tanda pada benda/organisme asing
sehingga dapat dihancurkan oleh sel fagositik(Marks, 2000).

Terdapat lima kelas imunoglobin dalam tubuh (IgG, IgA, IgM, IgD, dan
IgE). Protein ini memiliki struktur serupa, masing-masing molekul antibodi
mengandung empat rantai polipeptida: dua rantai kecil identik yang dikenal
sebagai rantai ringan (L) dan dua rantai besar identik yang dikenal sebagai rantai
berat (H). Ikatan disulfida menyatukan sebuah rantai L ke sebuah rantai H, dan
dua rantai H (masing-masing terikat ke rantai L) disatukan oleh ikatan
sulfida(Marks, 2000).

Imunoglobin yang paling banyak ditemukan dalam darah manusia adalah

kelas IgG. Protein ini, yang juga dikenal sebagai globulin-, memiliki sekitar 220
asam amino pada rantai ringan dan 440 asam amino pada rantai berat.
Karbohidrat melekat ke rantai berat. Baik rantai ringan maupun rantai berat
terdiri dari regio variabel (V) dan regio konstant (C). regio variabel rantai L dan
H berinteraksi, menghasilkan dua regio di ujung molekul di mana masing-masing
dapat berikatan dengan satu molekul antigen. Dengan demikian, setiap molekul
imunoglobulin dapat mengikat dua molekul antigen(Marks, 2000).

6) Kolagen

Kolagen adalah protein fibrosa yang merupakan komponen utama

jaringan ikat dan merupakan protein paling banyak jumlahnya dalam mamalia.
Kolagen dijumpai di tulang, tendon, kulit, pembuluh darah, dan kornea mata.
Kolagen mengandung sekitar 33% glisin dan 21% prolin serta hidroksiprolin,
suatu asam amino yang dihasilkan melalui modifikasi pascatranslasi residu
prolin(Marks, 2000).
7) Insulin

Insulin, salah satu hormon utama yang mengatur metabolisme zat gizi
adalah suatu protein kecil yang mengandung 51 asam amino. Protein ini terdiri
dari dua rantai polipeptida, rantai A yang mengandung 21 asam amino dan rantai
B yang mengandung 30 asam amino. Rantai-tantai tersebut disatukan oleh dua
ikatan disulfida. Selain itu, rantai A mengandung sebuah rantai disulfida
intrarantai(Marks, 2000).

8) Heksokinase
 Heksokinase adalah enzim yang sangat penting dalam metabolisme.
Enzim ini mengkatalisis fosforilasi glukosa untuk membentuk glukosa-6fosfat.
Molekul heksokinase mengandung dua ranah yang dihubungkan oleh sebuah
regio engsel. Diketahui terdapat dua konformasi molekul yang berbeda, yaitu
struktur terbuka dan tertutup. Sewaktu mengikat glukosa, konformasi enzim
berubah dari terbuka menjadi tertutup. Pada keadaan tertutup ini, enzim aktif
melakukan katalisis(Marks, 2000).

Perubahan konformasi heksokinase yang ditimbulkan oleh pengikatan

dengan glukosa memperlihatkan bahwa struktur protein tidaklah statis: protein
memiliki fleksibelitas struktur yang cukup sehingga dapat terjadi perubahan
konformasi yang mengubah aktivitas fungsional protein(Marks, 2000).

8. Denaturasi Protein

Protein mengalami perubahan struktural yang disebut denaturasi.

Jika suatu larutan protein seperti albumin telur secara perlahan-lahan dipanaskan
sampai kira-kira 60C atau 70C, larutan tersebut lambat laun akan menjadi keruh
dan membentuk koagulasi berbentuk seperti tali. Putih telur yang mengandung
albumin berkoagulasi menjadi padatan putih dengan pemanasan. Setelah putih
telur terkoagulasi oleh panas dengan cara ini, produk yang terjadi tidak akan
melarut lagi dengan pendinginan dan tidak dapat membentuk larutan jernih
seperti putih telur semula sebelum dipanaskan. Pemanasan albumin telur, telah
mengubah sifat-sifatnya secara tidak dapat balik. Pengaruh panas terjadi pada
semua protein globular, tanpa memandang ukuran atau fungsi biologinya,
walaupun suhu yang tepat bagi fenomena ini mungkin bervariasi. Perubahan pada
suatu protein yang ditimbulkan oleh panas dikenal sebagai denaturasi. Protein
dalam keadaan alaminya disebut protein asli (native); setelah perubahan menjadi
protein denaturasi (Lehninger, 1982).

Terdapat akibat kedua yang penting dari denaturasi protein: protein

yang bersangkutan hampir selalu kehilangan aktivitas biologi khususnya. Jadi,
jika suatu larutan enzim dipanaskan sampai titik didih selama beberapa menit dan
didinginkan, molekul ini biasanya akan menjadi tidak larut, dan yang paling
penting protein enzim tidak lagi akan aktif mengkatalisa. Denaturasi protein dapat
diakibatkan bukan hanya oleh panas, tetapi juga oleh pH ekstrim; oleh beberapa
pelarut organik seperti alkohol atau aseton; oleh zat terlarut tertentu seperti urea;
oleh detergen; atau hanya dengan pengguncangan intensif larutan protein dan
bersinggungan langsung dengan udara sehingga terbentuk busa (Lehninger, 1982).

Uji langsung memperlihatkan bahwa jika protein mengalami

denaturasi, tidak ada ikatan kovalen pada kerangka rantai polipeptida yang rusak.
Jadi, deret asam amino khas protein tersebut tetap utuh setelah denaturasi; namun
demikian, aktivitas biologi hampir semua protein ini menjadi rusak. Dapat
disimpulkan bahwa, aktivitas biologi protein tergantung pada sesuatu yang lebih
dari hanya deret asam amino(Lehninger, 1982).

Protein mempunyai struktur lebih tinggi, di atas dan lebih jauh dari
struktur kerangka primernya. Secara singkat, rantai polipeptida yang berikatan
kovalen pada protein asli (native) melipat dalam tiga dimensi dengan suatu pola
yang khas bagi tiap jenis protein. Pola spesifik bagi rantai untuk melipat
memberikan tiap-tiap protein aktivitas biologi khasnya. Jika suatu protein
terdenaturasi, susuna tiga dimensi khas dari rantai polipeptida terganggu dan
molekul ini terbuka menjadi struktur acak, tanpa adanya kerusakan pada struktur
kerangka kovalen (Lehninger, 1982).
C. LIPID
Lipid merupakan molekul-molekul biologis yang tidak larut di dalam air tetapi
larut dalam pelarut-pelarut organik non polar seperti n-heksan, kloroform, dan
dietil eter. Lipid meurpakan senyawa organic kedua yang menjadi sumber
makanan, merupakan kira-kira 40% dari maknana yang setiap hari dimakan dan
meupakan bahan baku bagi banyak komiditi penting, seperti sabun.

1. Struktur Lipid
Lipid merupakan senyawa organic yang mengandung banyak hidrokarbon.
Hidrokarbon ini merupakan struktur dan fungsi dasar yang terdapat dalam sel
makhluk hidup.
Jika dilihat dari strukturnya, lipid merupakan senyawa tersier yang dbentuk
dari senyawa gliserol dan berbagai asam karboksilat rantai panjang (asam lemak).
Di bawah ini merupakan gambaran struktur lipid secara umum.

a. Gliserol
Gliserol atau 1,2,3-propanatriol adalah alcohol jenuh bervalensi tiga, alcohol
primer atau alcohol sekunder. Pada suhu kamar berupa zat cair yang tidak
berwarna, kental, netral terhadap lakmus, dan rasanya manis. Dalam keadaan
murni, mempunyai sifat higroskopis. Dapat bercampur dengan air, tetapi tidak
laurt dalam karbon tetraklorida, kloroform, dietil eter, karbon disulfide, dan
benzena.

a. Struktur kimia Gliserol b. Wujud Gliserol

Gliserol dihasilkan sebagai by product dalam proses transesterifikasi minyak

menjadi metil ester (biodiesel). Cara memperolehnya dapat melalui penguapan
dengna hati-hati, kemudian dimurnikan dengan distilasi pada tekanan rendah.
Pada umumnya lemak apabila dibiarkan lama di udara akan menimbulkan rasa
dan bau yang tidak enak. Hal ini disebabkan oleh proses hidrolisis yang
menghasilkan asam lemak bebas. Disamping itu dapat pula terjadi proses oksidasi
terhadap asam lemak tidak jenuh yang hasilnya akan menambah bau dan rasa
yang tidak sedap. Oksidasi asam lemak tidak jenuh akan menghasilkan peroksida
dan selanjutnya akan terbentuk aldehida. Inilah yang menyebabkan terjadinya bau
dan rasa yang tidak enak atau tengik.

Berikut adalah reaksi pembentukkan gliserol.

Istilah gliserol dan gliserin seringkali digunakan secara tertukar. Walapun

demikian, keduanya memiliki perbedaan yang mencolok. Gliserol merupakan
istilah yang digunakan untuk campuran murni, sedangkan gliserin berhubungan
kepada tingkat komersialnya, terlepas dari kemurniannya.
 Beberapa fungsi gliserol dalam kehidupan manusia di antaranya yaitu dapat
digunakan dalam industri farmasi dan kosmetik sebagai bahan dalam preparat
yang dihasilkan, berfungsi sebagai bioetanol, berfungsi juga dalam tubuh manusia
dalam proses sintesis lemak tubuh.

b. Asam Lemak
Asam lemak merupakan asam monokarboksilat yang sering ditemukan
berantai panjang, baik jenuh maupun tak jenuh. Ketika asam lemak jenuh berarti
mengindikasikan bahwa tidak ada ikatan ganda di antara karbon-karbon. Berikut
merupakan struktur asam lemak.

Pada gambar di atas Nampak bahwa struktur umum asam lemak terbagi
menjadi dua, yaitu kepala (gugus asam karboksilat) dan ekor (ekor hidrokarbon
yan gpanjang). Kepala bersifat hidrofobik sedangkan ekor bersifat hidrofilik.
Asam lemak merupakan senyawa pembangun berbagai lipida, termasuk lipida
sederhana, fosfolipid, glikolipid, ester kolesterol, lilin, dan lain-lain.
Berdasarkan struktur dan sifatnya, asam lemak digolongkan menjadi dua
kelompok besar, yaitu asam lemak jenuh dan asam lemak tidak jenuh.
1) Asam Lemak Jenuh
Struktur asam lemak jenuh yaitu tidak terdapat ikatan rangkap di antara
karbon-karbon penyusun asam lemak. Hal ini memungkinkan ujung rantai
hidrokarbon berkonformasi tidak terbatas karena tiap tilang karbonnya dapat
dengan bebas berotasi.
2) Asam Lemak Tak Jenuh
Struktur asam lemak tak jenuh yaitu terdapat ikatan rangkat di beberapa ikatan
karbonnya. Ujung rantai hidrokarbon berotasi kaku karena adanya ikatan rantai
rangkatp. Konfigurasi cis pada rantai hidrokarbon menyebabkan rantai tersebut
membengkok sehingga rantainya lebih pendek.
2. Penggolongan Lipid
a. Lipid Sederhana
1) Lemak dan Minyak
Lemak dan minyak adalah salah satu kelompok yang termasuk pada golongan
lipid. Lemak dan minyak merupakan senyawaan trigliserida yang berarti triester
dan gliserol. Semua lemak yang terdapat dalam tubuh terdiri dari sel-sel lemak
atau adiposit. Lemak dan minyak seringkali dianggap sama, padahal terdapat
beberapa perbedaan antara keduanya, yaitu sebagai berikut.
-Pada temperature kamar, lemak berwujud pada dan minyak berwujud cair
-Gliserida pada hewan berupa lemak (lemak hewani) dan gliserida pada
tumbuhan berupa minyak (minyak nabati).

2) Lilin (Wax)
Pada sarang lebah madu, terdapat lilin (beeswax) yang sering dimanfaatkan
oleh manusia, sedangkan pada beberapa organisme lain, lilin yang dihasilkan dari
tubuhnya berfungsi sebagai cadangan energy.
 Lilin tidak larut dalam air, tetapi larut dalam pelarut lemak. Oleh karena itu
lilin dalam tubuh makhluk hidup memiliki fungsi sebagai pelindung terhadap air.
Pada tumbuhan, lapisan lilin berfungsi untuk melindungi dari dehidrasi atau
serangan binatang pengganggu. Pada binatang, lapisan lilin digunakan sebagai
pelindung atau pelapis kulit dan bulu-bulunya.
b. Lipid Kompleks
1) Fosfolipid
Fosfolipid merupakan struktur utama penyusun membrane sel makhluk hidup
sering disebut juga sebagai Fosfogliserida. Fosfolipid sendiri sebutan yang
menunjukkan struktur penyusunnya, yaitu lipid yang mengandung gugus fosfat.
Senyawa induk fosfolipid adalah asam fosfatidat. Senyawa ini terdiri dari ekor
yang tidak bermuatan dan kepala. Fosfogliserida mempunyai kepala polar yang
disebabkan karena muatan yang ada pada unsure N dan unsure O.
Pada umumnya, fosfogliserida berwarna putih padat seperti lilin. Bilamana
dibiarkan dalam udara bisa menjadi berwarna gelap karena bagian asam lemak
yang tidak jenuh teroksidasi oleh udara.
Fosfolipid memiliki fungsi utama dalam biologi yaitu perannya sebagai
membrane sel.
Berikut merupakan komponen penyusun fosfolipid,
2) Sfingolipid
Sfingolipid merupakan lemak yang mengandugn sfingosin, suatu alcohol
amino dengan rantai hidrokarbon tidak jenuh yang panjang dibandingkan gliserol.
Sfingolipid ditemukan dalam tumbuh-tumbuhan dan hewan, dan ditemukan
dalam jumlah yang besar pada jaringan saraf dan otak. Sfingolipid merupakan
komponen utama dari membrane myelin pada sel saraf.

gambar struktur sfingomyelin

3. Derivat Lipid
Steroid adalah senyawa organic lemak sterol tidak terhidrolisis yang didapat
dari hasil reaksi penurunan dari terpena atau skualena. Steroid banyak terdapat
di alam. Di antaranya dalam jumlah yang terbatas tetapi memiliki aktivitas
biologis yang penting yakni asam empedu, hormone seks betina dan jantan,
homon.

4. Fungsi Lipid
Menurut Montgomery (1993:687) secara umum fungdi lipid yaitu sebagai
berikut.
a. Sebagai komponen structural membrane sel
b. Sebaai bentuk penyimpanan energy dalam tubuh
c. Sebagai bahan bakar metabolic
d. Sebagai agen bahan pengemulsi

D. Asam Nukleat
Asam nukleat adalah makromolekul berupa polimer yang disebut
polinukleotida. Polinukleotida terdiri atas monomer-monomer nukleotida yang
berikatan melalui ikatan fosfodiester. Setiap nukleotida tersusun dari 3 bagian,
yaitu basa nitrogen, gula berkarbon lima (pentosa), dan gugus fosfat. Ada dua
macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid
(DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA) (Campbell, dkk., 2010:
93). Asam nukleat berfungsi menyimpan dan meneruskan informasi genetik,
menyimpan energi, dan beberapa diantaranya bekerja sebagai koenzim
(Martoharsono, 2006: 70; Campbell, dkk., 2010: 93). Berikut adalah gambaran
struktur asam nukleat:

Gambar 4.1 struktur asam nukleat

1. Komponen-Komponen Asam Nukleat

Asam nukleat terdiri atas monomer-monomer nukleotida yang tersusun dari 3
bagian, yaitu basa nitrogen, gula berkarbon lima (pentosa), dan gugus fosfat.

a. Basa Nitrogen
Basa-basa nitrogen tersebut di dalam larutan tidak melepaskan OH- .
Pemberian nama basa diberikan atas dasar sifatnya yang lain, yaitu dapat
mengikat H+. Basa-basa nitrogen yang terdapat dalam asam nukleat ada 2
golongan, yaitu: basa pirimidin dan basa purin. Basa pirimidin ada 3 jenis,
yaitu sitosin, timin, dan urasil. Basa purin ada 2 jenis, yaitu adenin dan
guanin (Bawa, 1988: 78).
 Gambar 4.2 struktur kimia: Adenin, Guanin, Sitosin, Timin, dan Urasil.
b. Gula Pentosa
Gula pentosa adalah gula yang mengandung 5 atom C. Gula pentosa pada
asam nukleat ada 2 macam yaitu ribosa (dalam nukleotida RNA) dan
deoksiribosa (dalam nukleotida RNA). Perbedaan antara kedua gula ini
adalah deoksiribosa tidak memiliki atom oksigen pada karbon kedua
dalam cincinnya (Campbell, dkk., 2010: 94).
c. Gugus Fosfat
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat
bermuatan negatif karena melepaskan ion H+. Sifat asam pada gugus
fosfatnya lebih kuat daripada sifat basa pada basa nitrogennya. Hal
tersebut menjadi alasan pemberian nama asam kepada molekul
polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat basa N (Bawa, 1988:
78).
Penomoran atom dalam gula dibubuhi tanda apostrof (1, 2, dan seterusnya)
untuk membedakannya dengan atom dalam basa nitrogen (Campbell, dkk., 2010:
94). Atom C nomor satu pada pentosa berikatan dengan atom N nomor satu pada
basa pirimidin dan berikatan dengan atom N nomor sembilan pada basa purin
melalui ikatan glikosidik (Bawa, 1988: 78; Martoharsono, 2006: 73).

Gambar 4.3 Contoh penomoran pada nukleotida dengan basa pirimidin maupun purin.
Nukleotida-nukleotida yang bersebelahan digabungkan oleh ikatan fosfodieter,
yang terdiri dari gugus fosfat yang menghubungkan gula-gula pada kedua
nukleotida. Ikatan ini menghasilkan tulang punggung dengan pola berulang
berupa unit-unit gula-fosfat. Kedua ujung-bebas polimer berbeda satu sama lain.
Salah satu ujung memiliki fosfat yang melekat pada karbon 5 (ujung 5),
sedangkan ujung yang satu lagi memiliki gugus hidroksil pada karbon 3 (ujung
3). Dapat dikatakan bahwa seuntai DNA memiliki arah bawaan di sepanjang
tulang punggung gula fosfatnya dari 5 ke 3, mirip dengan jalan satu arah. Di
sepanjang tulang punggung gula-fosfat ini, terdapat embelan-embelan berupa
basa-basa bernitrogen (Campbell, dkk., 2010: 94).
 Gambar 4.4 Gambar polinukleotida

2. Nukleosida dan Nukleotida

Persenyawaan gula pentosa dengan basa purin atau pirimidin disebut
nukleosida. Suatu nukleosida diberi nama menurut jenis basa nitrogennya; derivat
pirimidin diberi nama dengan akhiran idin, sedangkan derivat purin diberi
akhiran osin. Nama-nama nukleosida yang mengandung gula deoksiribosa diberi
awalan deoksi (Bawa, 1988: 78-81). Berikut adalah tabel tatanama nukleosida:
Jenis Basa Nitrogen Nama Nukleosida
Gula Ribosa Gula Deoksiribosa
Pirimidin Timin Timidin Deoksitimidin
Sitosin Sitidin Deoksisitidin
Urasil Uridin
Purin Adenin Adenosin Deoksiadenosin
Guanin Guanosin Deoksiguanosin
Persenyawaan yang terdiri atas gula pentosa, basa pirimidin atau basa purin,
dan asam fosfat dinamai nukleotida. Jadi:
basa nitrogen + pentosa = nukleosida
basa nitrogen + pentosa + asam fosfat = nukleotida.
 Gambar 4.5 Gambar nukleosida dan nukleotida

Nama-nama nukleotida berakhiran ilat. Jika pentosanya nukleosida

deoksiribosa, maka namanya diberi awalan deoksi (Bawa, 1988: 82).
Jenis Basa Nitrogen Nama Nukleotida
Gula Ribosa Gula Deoksiribosa
Pirimidin Timin Timidilat Deoksitimidilat
Sitosin Sitidilat Deoksisitidilat
Urasil Uridilat
Purin Adenin Adenilat Deoksiadenilat
Guanin Guanilat Deoksiguanilat

Sebuah molekul nukleotida dapat juga mempunyai lebih dari satu gugusan
fosfat, misalnya adenosin difosfat (ADP) dan adenosin trifosfat (ATP). Komponen
asam fosfat dalam suatu nukleotida sering disingkat dengan huruf P yang
dilingkari (P) (Bawa, 1988: 82).
Adenosin trifosfat (ATP) memegang peranan penting dalam penyimpanan dan
pengelepasan energi dalam sel. Kedua ikatan fosfat yang ada di ujung molekul
ATP banyak mengandung energi. Jika ikatan tersebut lepas, maka energinya dapat
digunakan untuk melaksanakan kegiatan-kegiatan dalam sel (Bawa, 1988: 82).

Gambar 4.6 Struktur ATP

Selain ATP dalam sel juga terdapat UTP, STP, GTP, d-ATP, d-TTP, d-STP,
dan d-GTP (d- singkatan dari deoksi) yang energinya dapat digunakan untuk
berbagai kegiatan antara lain seperti berikut (Bawa, 1988: 82 dan 85):
UTP : Pembentukan polisakarida
GTP dan ATP : Pembentukan selulosa dan pembentukan protein
STP: Pembentukan lipid
ATP, GTP, UTP, dan STP: pembentukan RNA
d-ATP, d-GTP, d-UTP, dan d-STP: pembentukan DNA

3. Macam Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA)
(Campbell, dkk., 2010: 93). Struktur, reaksi, dan peranan DNA dan RNA dalam
sel diikhtisarkan dalam tabel berikut ini (Bawa, 1988: 87):
 Sifat dan Komponen DNA RNA
Lokasi Terutama di dalam Di dalam sitoplasma,
nukleus dan juga di nukleolus, dan kromosom
dalam mitokondria dan
kroloplas
Basa Pirimidin Timin Urasil
Sitosin Sitosin
Basa Purin Adenin Adenin
Guanin Guanin
Gula Pentosa Deoksiribosa Ribosa
Reaksi Sitokimia Feulgen Zat warna basofil dengan
perlakuan ribonuklease
Enzim yang dapat Deoksiribonuklease (DN- Ribonuklease (RN-ase)
menguraikan (hidrolisis) ase)
Peranannya di dalam sel Pembawa informasi Terlibat dalam sintesis
genetik protein

a. DNA
Seluruh informasi genetik dalam sel disimpan pada molekul DNA dalam
kromosom. Jadi, apa yang selama ini disebut gen tidak lain daripada DNA.
Sebagai perkecualian, gen pada beberapa partikel virus berupa RNA. Jika
direntangkan molekul DNA pada Escherichia coli ada sekitar 1,4 mm, sedangkan
pada seluruh sel diploid tubuh manusia panjang molekul DNA dapat mencapai 1,7
m (Bawa, 1988: 89).
Molekul DNA panjang dan tidak bercabang. Pada sel-sel eukariotik molekul
DNA bentuknya linier dan bersenyawa dengan protein; pada sel prokariotik
molekul DNA tidak bersenyawa dengan protein dan bentuknya melingkar
(circular). Molekul DNA adalah asam nukleat yang terdiri dari empat jenis
nukleotida, yang dapat dibedakan menurut jenis basa nitrogennya, yaitu: adenin
(A), timin (T), sitosin (S), dan guanin (G) (Bawa, 1988: 89).
 Di antara tahun 1949 dan 1955 Erwin Chargaff meneliti susunan kimia
molekul DNA dengan analisis kimia yang cermat dan ia menemukan bahwa
(Bawa, 1988: 101):
1. Dalam setiap molekul DNA jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah
timin (T), dan jumlah guanin (G) selalu sama dengan jumlah sitosin (S).
2. Jumlah seluruh purin selalu sama dengan jumlah seluruh pirimidin (A + G
= T + S).
Kesimpulan tersebut dinamai hukum ekivalen Chargaff.
Sebaliknya, perbandingan (ratio) ikatan A-T dengan ikatan G-S (AT : GS)
pada sebuah sel-sel tubuh organisme yang spesiesnya berlainan, sangat bervariasi.
Pada manusia ratio tersebut 1,52 : 1, pada bakteri Escherichia coli 0,93 : 1, dan
pada Mycobacterium tuberculosis 0,60 : 1 (Bawa, 1988: 89).
Berdasarkan data difraksi sinar-X yang ditemukan oleh Wilkins dan Franklin,
dalam tahun 1953 Watson dan Crick menarik kesimpulan bahwa struktur molekul
DNA berupa heliks kembar (double helix). Kesimpulan mereka pada garis
besarnya adalah sebagai berikut (Bawa, 1988: 90):
1. Setiap molekul DNA terdiri atas dua rantai (strand) polinukleotida yang
membentuk heliks kembar (double helix) yang mengelilingi sumbu pusat;
rantai tersebut sering juga disebut DNA dupleks. Diameter heliks = 20
Angstrom.
2. Kedua rantai berjalan anti-paralel, artinya ikatan ester fosfat pada atom C
nomor (5) dan pada atom C nomor (3) (dengan singkatan 5- 3) berjalan
ke arah yang berlawanan.
3. Basa-basa nitrogen pada rantai tersebut terletak di sebelah dalam heliks
dan letaknya tegak lurus pada sumbu pusat. Rantai bagian luar terdiri atas
rangkaian deoksiribosa dan fosfat, yang terletak berselang-seling (sugar-
phosphate backbone).
4. Kedua rantai polinukleotida satu sama lain dihubungkan oleh ikatan
hidrogen dengan perantaraan basa-basanya. Pasangan basa nitrogen yang
dapat dihubungkan oleh ikatan hidrogen bersifat khusus, artinya basa
pirimidin hanya dapat dihubungkan dengan basa purin. Ikatan hidrogen
 hanya mungkin menghubungkan adenin dengan timin (A-T) dan sitosin
dengan guanosin (S-G). Hubungan A-T dilaksanakan dengan 2 ikatan
hidrogen, sedangkan S-G oleh tiga ikatan hidrogen. Basa purin dengan
basa pirimidin yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang demikian
disebut komplementer dan kedua rantai polinukleotida yang bersangkutan
pun komplementer pula. Konsep komplementer tersebut sangat penting
artinya karena dapat digunakan untuk menerangkan apa sebabnya molekul
DNA yang panjang dapat mengadakan replikasi dengan cara yang tepat.
5. Di dalam suatu molekul DNA urutan nukleotida pada rantai yang satu
tidak dapat ditentukan, tetapi harus komplementer dengan urutan
nukleotida pada rantai pasangannya.
Contoh:
Rantai I (5) TGSAGTATTG (3)
Rantai II (3) ASGTSATAAS (5)
6. Dalam setiap jarak 34 angstrom, heliks kembar (double helix) membuat
satu putaran lengkap. Karena jarak antara dua monomer nukleotida 3,4
angstrom, maka setiap putaran lengkap terdiri atas 10 nukleotida.

Gambar 4.7 Struktur DNA

DNA memiliki beberapa fungsi yaitu (Bawa, 1988: 88):
1. Sebagai pembawa informasi genetik untuk mengatur fenotipe sel;
informasi genetik yang terdapat di dalam molekul DNA mula-mula
ditranskripsikan ke dalam molekul RNA dan selanjutnya RNA
menerjemahkannya menjadi asam amino. Seperti telah diketahui asam
amino adalah penyusun protein. Secara singkat dapat dirumuskan bahwa
informasi genetik ditransfer dari asam nukleat ke protein.
2. Melaksanakan reflikasi sendiri. Karena setiap kromosom mengandung
sebuah molekul DNA, maka dalam menggandakan fenotipe sel DNA
berfungsi untuk menyelenggarakan pembelahan kromosom, dari sebuah
kromosom menjadi dua buah kromosom yang identik.

b. RNA
Pada dasarnya struktur molekul RNA serupa dengan molekul DNA, hanya
saja pada molekul RNA gula pentosanya berupa ribosa, sedangkan timin diganti
oleh urasil. Komposisi basa pada molekul RNA tidak mengikuti hukum ekivalen
Chargaff karena molekul RNA hanya terdiri dari satu rantai polinukleotida (Bawa,
1988: 101).
Molekul RNA ada tiga jenis yaitu: RNA-duta (m-RNA), RNA-pemindah (t-
RNA), dan RNA-ribosom (r-RNA); ketiga jenis RNA tersebut terlibat dalam
sintesis protein, dengan tugas pokok sebagai berikut (Bawa, 1988: 101):
1. RNA-duta (m-RNA) membawa informasi genetik ke ribosom dalam
bentuk kodon untuk memerinci urutan asam amino dalam rantai
polipeptida (protein) yang akan dibentuk.
2. RNA-pemindah (t-RNA) mengidentifikasikan asam amino sesuai dengan
informasi genetik yang dibawa oleh RNA-duta dan kemudian mengangkut
(memindahkan) ke ribosom.
3. RNA-ribosom (r-RNA) merupakan komponen unit-unit ribosom; jumlah
massanya ada 50% dari massa ribosom.
 Walaupun molekul RNA terdiri atas rantai polinukleotida tunggal, namun
strukturnya tidak linier dan tidak sederhana. Misalnya RNA-pemindah (t-RNA)
mempunyai pasangan basa nitrogen A-U dan G-S yang dihubungkan oleh ikatan
hidrogen (Bawa, 1988: 101).

Gambar 4.8 Struktur t-RNA

Gambar 4.9 Struktur m-RNA

Gambar 4.10 Struktur r-RNA
 Kesimpulan

Karbohidrat adalah polihidroksi aldehida atau polihidroksi keton, yang mempunyai rumus
molekul umum (CH2O)n. berdasarkan jumlah gula penyusunnya, karbohidrat dibedakan
menjadi :

1. monosakarida merupakan karbohidrat paling sederhana. Macam-macam monosakarida yaitu

glukosa, alaktosa dan fruktosa
2. Disakarida merupakan karbohidrat yang tersusun atas 2 molekul monosakarida. Macam-
macam disakarida yaitu, maltose, laktosa dan sukrosa
3. Polisakarida merupakan karbohidrat kompleks yang terseusun baik satu jenis monosakarida
yang disebut homopolisakarida dan polisakarida yang tersusun macam-macam monosakarida
yang disebut heteropolisakarida.

Fungsi karbohidrat bermacam-macam, diantaranya :

1. Sumber makanan sel

Sel memerlukan makanan untuk menghasilkan eneri dan jenis karbohidrat yang digunakan
sebagai sumber makanan sel adalah golongan monosakarida.
2. Penyimpan energy
Golongan karbohidrat yang berfungsi dalam penyimpanan energi adalah golongan
polisakarida.Sel tumbuhan menyimpan energy dalam bentuk polisakarida jenis pati,
sedangkan sel hewan menyimpan energy dalam bentuk polisakarida jenis glikogen.
3. Penyusun structural
Karbohidrat yang berfungsi sebaga penyusun structural ekstraseluler adalah jenis
polisakarida.Pada dinding sel tumbuhan ditemukan polisakarida jenis selulosa, hemiselulosa,
lignin dan pectin.Pada dinding sel fungi ditemukan glycocalyx, kumpulan polisakarida,
glikoprotein, dan kitin.Sedangkan sel hewan ditemukan polisakarida pada membrane sel yang
dapat ditemukan juga pada sel tumbuhan dan fungi.Pada membrane sel sering ditemukan
polisakarida jenis glikoprotein dan likolipid.
4. Penyusun struktur asam nukleat
Karbohidrat penyusun struktur asam nukelat yaitu jenis karbohidrat pentosa (memiliki 5 atom
karbon)
 DAFTAR PUSTAKA

Bawa, Wayan. 1988. Dasar-Dasar Biologi Sel. Jakarta: Departemen Pendidikan dan
Kebudayaan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Proyek Pembangunan Lembaga
Pendidikan Tenaga Kependidikan.

Campbell, dkk. 2010. Biologi Edisi Kedelapan Jilid 1. Jakarta: Erlangga.

Campbell, N. A. 2002. Biologi Edisi Kelima Jilid 1. Jakarta: Erlangga.

Fessenden, R.J., and Fessenden, J.S. 1986. Organic Chemistry 1 Sixth Edition. Erlangga:
Jakarta.

Fried, G. H., & Hademenos, G. J. (2006). Schaum's Outlines Biologi Edisi Kedua. Jakarta: PT
Gelora Aksara Pratama

Girindra, Aisjah. 1986. Biokimia 1. Jakarta: Penerbit PT Gramedia.

Hambali, Erliza, dkk. 2007. Teknologi Bioenergi. Jakarta: Agromedia Pustaka

https://www.thoughtco.com/amyloplast-definition-4142136 diakses pada tanggal 12

September 2017, pukul 22:39 WIB.

Kelly Cowan, Marjorie. 2016. Microbioloy Fundamentals: A clinical Approach. New York:
McGraw-Hill Education.

Kusnawidjaja, Kurnia, Prof. Dr. 1987.Biokimia. Bandung: PT Alumni.

Lehninger, Albert. 1982. Dasar-Dasar Biokimia Jilid 1. Jakarta: Erlangga.

Marks, D. B. (2000). Biokimia Kedikteran Dasar: Sebuah Pendekatan Klinis. Jakarta: EGC.

Martoharsono, Soeharsono. 2006. Biokimia I. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.

Murray, R. K. (2012). Biokimia Harper Edisi 27. Jakarta: EGC.

Poedjadi, Anna. 2005. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta : UI Press.

Reksoatmodjo, I. (1993). Biologi Sel . Yogyakarta: Departemen Pendidikan dan Kebudayaan

Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi.

Stryer, Lubert. 1995. Biokimia Volume 2 Edisi 4. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.

Sumardjo, D. (2009). Pengantar Kimia: Buku Panduan Kuliah Mahasiswa Kedokteran dan
Program Strata 1 Fakultas Bioeksakta. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.

Suryani, Y. (2004). Biologi Sel dan Molekuler. Yogyakarta: Universitas Negeri Yogyakarta.

Wolpert, L. (2011). The Miracle Of Cell: Rahasia Kehidupan dan Kecerdikan Sel. Bandung:
Qanita.