Transkripsi berpasangan dan translasi pada Prokariotik

Pada prokariotik translasi dari molekul mRNA sering mulai sebelum sintesisnya
(transkripsi) selesai. Ini mungkin terjadi karena molekul mRNA keduanya disintesis dan
ditranslasi pada ara 5’ dan 3’, karena tidak ada membrane inti yang memisahkan transkripsi
dari translasi seperti di eukariotik. Pasangan antara transkripsi dan translasi memudahkan
dengan sangat cepat dan efisien “menghidupkan” dan “mematikan” ekspresi gen yang diteliti
pada prokariotik.
Transkripsi, Processing RNA dan Transportasi, dan Translasi pada Eukariotik
Pada eukariotik, transkripsi dan translasi tidak dapat dipasangkan. Transkripsi terjadi
dalam nucleus dan translasi terjadi dalam sitoplasma. Proses transkripsi dan translasi pada
eukariotik lebih kompleks dari prokariotik.
mRNA eukariotik diperoleh dari transkripsi gen primer oleh beberapa tipe prosesing
kodon dan sekuensi nonkoding (disebut sekuensi campuran atau intron) yang diletakkan
diantara sekuensi koding. Hal ini meliputi 1). pembelahan dari prekursor mRNA yang besar
menjadi molekul mRNA yang lebih kecil. 2). Penambahan 7-methyl guanosine groups
(mRNA “caps”) pada ujung 5’ molekul. 3). Penambahan 200 sekuen nukleotida panjang dari
nukleotida adenil. 4). Bentukan kompleks suatu protein spesifik.
Kebanyakan RNAs mensintesis non ribosomonal pada eukaryote yang terdiri dari
besar molekul dan tingginya ukuran (10s-200s atau 1000-50000 nukleotida). RNA ini disebut
dengan inti RNA heterogen, yang disingkat hnRNA. Proses transkripsi dari molekul hnRNA
besar atau pre-mRNA di inti merupakan hasil dari: 1. Sebagian besar sintesis RNA
nonribosomal di inti cepat terdegradasi. 2. Urutan dari molekul mRNA terkecil yang
ditransportasikan ke sitoplasma. Tetapi ini belum jelas seluruhnya, atau hanya sebagian
molekul hnRNA yang disintesis di inti eukaryote.
Bukti yang menunjukkan proses pra-mRNA dalam formasi eukaryot telah diperoleh
dalam kasus transkripsi gene 𝛽-globin pada tikus. Dalam kasus ini, 15s hnRNA diolah
menjadi 9s 𝛽-globin mRNA. Bukti lain yang mirip dengan pengolahan hnRNA atau pre-
mRNA pada formasi kematangan molekul mRNA sekarang banyak ditemukan pada
transkripsi gen eukaryot lain. Proses ini sering melibatkan potongan urutan intervensi
nonkodon atau introns yang letaknya diantara urutan pengkode (exons).
Penambahan pada mRNA beberapa virus eukariyotik diketahui terdiri dari sekuensi
awal yang ditranskripsikan dari sekuensi DNA yang tidak bersebelahan dengan gen
struktural. Beberapa perbedaan mRNA faktanya terdiri dari sekuensi utama yang identik.
Sekuensi utama rupanya disambungkan ke ujung 5’ dari transkripsi gen selama pemrosesan.
Sekuensi utama harus diliputi dalam regulasi translasi. Translasi eukariotik dapat
dianalogikan dengan prokariotik kecuali beberapa hal berikut 1) kelompok asam amino dari
eukariotik tRNA tidak membentuk gugus formil. 2) kebanyakan eukariotik mRNA menjadi
monogenic hanya ada satu jenis polipeptida ditranslasi dari masing-masing mRNA. Dalam
prokariotik banyak mRNA poligenik yang dua atau lebih polipeptidanya disintesis dari
segmen yang tidak tumpang tindih dari single mRNA.

Penghapusan sekuensi intron oleh penyambungan RNA

Kebanyakan, tetapi tidak semua gen dari eukariotik yang lebih tinggi terdiri dari intron
memisahkan exson. Pada kasus ini gen mosaic, transkripsi utama terdiri dari sekuensi
keseluruhan gen dan sekuen nonkoding yang disambung selama pemrosesan. Mekanisme
penyambungan harus tepat, itu dimulai dari sekuensi exon dengan ketepatan pada single
nukleotida menjamin kodon dalam distal exon ke intron dibaca dengan benardi kerangka
baca. Tingkatan ini membutuhkan akurasi yang sangat tepat untuk sinyal penyambungan
dapat diduga dapat diduga sekuensi nukleotida dengan inron dan jarak axon-intron. Namun
transkripsi utama dari gen nucleus pada hewan tinggi hanya melengkapi sekuensi yang sudah
ada dari perbedaan intron sekuensi dinukleotida pada ujung intron. Hanya ada sekuensi
conserved pendek dengan intron dari gen nucleus yang disebut “TACTAAC box”. Sisa
adenine pada posisi 6 “TACTAAC box” mempunyai peran dalam reaksi penyambungan.
Tiga Tipe Pemotongan RNA yang Berbeda
Sequen/urutan intron dalam gen eukariotik ditranskrip bersama dengan sequen/urutan
ekson yang terfokus pada proses transkripsi gen primer. Sebagaimana sistem transkripsi dan
translasi in vitro berperan dalam menjelaskan proses-proses tersebut, kunci untuk
memecahkan peristiwa pemotongan RNA adalah pengembangan pemotongan/splicing in
vitro. Ada tiga jenis yang sangat berbeda dari intron pemotong pada transkrip RNA.
1. Prekursor intron tRNA yang dipotong tepat pada pembelahan endonucleolytic dan
reaksi ligasi dikatalisis oleh endonuklease dan ligase
2. Prekursor intronrRNA dari Tetrahymena dikeluarkan secara autokatalitik dalam reaksi
yang khas dan dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri (tidak ada aktivitas enzimatik
protein yang terlibat)
3. Transkripintron nuklear pr- mRNA (hnRNA) yang disambung dalam dua tahap reaksi
dilakukan oleh partikel ribonucleoprotein kompleks yang disebut spliceosome
Banyak gen mengandung sejumlah besar intron (contoh: gen kolagen ayam ∝2
mengandung lebih dari 50 intron). Intron lainnya telah ditemukan dapat menghasilkan protein
yang berbeda (dengan beberapa umum dan beberapa sequeces asam amino yang berbeda).
Ditemukan bahwa salah satu intron dalam gen sitokrom b mitokondria ragi termasuk bagian
dari urutan codding dari protein "RNA maturase", yang bertanggung jawab untuk memotong
intron kedua dari transkrip gen itu.
Penyambungan Prekursor tRNA: Nuclease dan Ligase yang Khas
Reaksipenyambunganprekursor tRNA telah bekerja secara rinci dalam
Saccharomyces cerevisiae(ragi). Keduanya enzim diperlakukan dalam sistem pemotongan in
vitro dan suhu pemotongan mutans yangsensitif. Pemotongan intron dariprekursortRNA ragi
terjadi dalam dua tahap.
Pertama, membran nuklear terikat endonuklease membuat dua luka tepatnya di ujung
intron tersebut. Kemudian sebuah ligase penyambung bergabung dengan dua bagian dari
tRNA untuk menghasilkan bentuk molekul tRNA utuh. Kekhususan untuk reaksi-reaksi ini
berada dalam hal struktural tiga dimensi dari prekursor tRNA, tidak dalam urutan nukleotida
per se.
Hasil pembelahan prekursortRNA adalah terminal 5'-OH dan 'kelompok fosfat siklik
2'-3’ pada terminal 3’. Tahap 2 Proses ligasi sebenarnya melibatkan empat reaksi terpisah. (1)
reaksi pertama adalah penambahan kelompok fosfat ke ujung 5'-OH; Reaksi ini
membutuhkan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP). (2) Kemudian, kelompok fosfat 5’
diaktifkan dengan mentransfer suatu ligase AMP tengah menuju kelompok AMP ujung
(AMP yang diturunkan dari ATP). (3) 2'-3 'siklik fosfat dibuka oleh aktivitas
phosphodiesterase siklik yang menghasilkan 2'phosphate dan 3'hydroxyl. (4) Terakhir, reaksi
ligasi terjadi dengan pembentukan AMP. Keempat reaksi ini dikatalisis oleh ligase. Akhirnya,
2'gugus fosfat (sisa dari 2'-3' 2 fosfat siklik dihasilkan oleh reaksi pembelahan asli) dihapus
oleh aktivitas fosfat untuk menghasilkan molekul tRNA utuh.
Mode eksisi/pemotongan intron tRNA dalam dua tahap tampaknya terjadi pada
organisme lain juga. Bahkan, mekanisme mungkin melibatkan reaksi yang sama pada
tanaman. Namun, dalam mamalia reaksi yang terjadi tidak sama. Penyambungan masih
terjadi dalam dua tahap, tetapi reaksi ligasi tampaknya langsung menggabungkan terminal
fosfat siklik 2'-3 'ke ujung 5'-OH.
Pemotongan Autokatalitik dari Prekursor Tetrahymena
Pada dasarnya metabolisme terjadi melalui urutan reaksi enzim-dikatalisasi. Enzim
yang sangat penting umumnya protein, meskipun kadang-kadang polipeptida tunggal dan
heteromultimers kadang-kadang cukup kompleks dan memerlukan kofaktor nonprotein untuk
menjalankan fungsi mereka. Karena itu, ketika ikatan kovalen sedang diubah (dihapus,
ditransfer, atau dibentuk) diduga bahwa reaksi sedang dikatalisasi oleh enzim. Dengan
demikian, penemuan bahwa intron dalam prekursor rRNA dari Tetrahymena thremophila itu
dipotong tanpa keterlibatan protein cukup mengejutkan bagi sebagian besar ahli biologi.
Namun, sekarang jelas menetapkan bahwa aktivitas pemotongan intron dari prekursor rRNA
melibatkan molekul RNA itu sendiri. Self-splicing juga dilakukan oleh beberapa eukariota
yang lebih rendah dan pada sejumlah besar prekursor rRNA, tRNA, dan mRNA dalam
mitokondria dan kloroplas dari banyak spesies yang berbeda. Pada kelompok intronI dalam
mekanisme self-splicing adalah sama atau sangat mirip dengan yang dialami Tetrahymena.
Kelompok intronII, mekanisme self-splicing mirip dengan mekanisme splicing dengan
prekursor mRNA nuklear tetapi tidak memerlukan aktivitas"spliceosome”.
Pemotongan autokatalitik dari intron dalam prekursor rRNA tidak memerlukan
sumber energi (Tidak membutuhkan ATP) dan tidak ada protein. Sebaliknya, melibatkan
serangkaian transfer obligasi phosphoester, tanpa ikatan yang hilang atau diperoleh dalam
proses. Reaksi ini membutuhkan nucleoside guanin atau nukleotida dengan 3'-OHbebas
(GTP, PDB, GMP, atau guanosin yang harus ada pada proses ini) sebagai kofaktor dan
ditambah kation monovalen dan kation divalen
Poin terpenting dalam proses ini adalah reaksi pemotongan/splicing autokatalitik
bersifat intramolekuler. Selain itu, prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif di
mana guanosin 3'-OH dapat mengikatkofaktor.
Pemotongan Pre-mRNA: snRNAs, snRNPs, dan spliceosome
Intron dari prekursor mRNA nuklear yang dipotong dalam dua langkah seperti intron
dalam ragi pra-tRNA dan tethrahymena pra-rRNA dibahas dalam dua bagian sebelumnya.
Namun, intron tidak dipotong oleh nukleases splicing sederhana dan ligase atau bersifat
autokatalitik. Sebaliknya, splicing pre-mRNA nuklearmelibatkan kompleks struktur RNA /
protein yang disebut spliceosome. Spliceosome menyerupai ribosom kecil. Berisi satu set
molekul RNA kecil yang disebut snRNAs (RNA nuklir kecil) dan satu set protein yang masih
belum sepenuhnya diketahui.
Lima snRNAs disebut U1, U2, U3, U4, U5 dan U6 terlibat dalam splicing pre-mRNA
nuklear sebagai komponen spliceosome. (snRNA U3 berada di nucleolus dan mungkin
terlibat dalam pembentukan ribosom). Pada mamalia, snRNAs ini terdapat dalam berbagai
ukuran diantaranya 100 nukleotida (untuk U6) dan 215 nukleotida ( untuk U3). Beberapa
snRNAs ragi (S. Cerevisiae) jauh lebih besar. snRNAs ini tidak memiliki molekul RNA
bebas. Sebaliknya, terdapat kompleks protein RNA nuklear kecil yang disebut snRNPs
(Small nuclear ribonucleoproteins). Karakterisasi snRNPs telah diketahuidari penemuan
bahwa beberapa pasien dengan penyakit yang disebut lupus sistemik erythrematosus
menghasilkan antibodi yang bereaksi dengan protein snRNP. Antibodi ini disebut
autoantibodi karena mereka bereaksi dengan protein pasien sendiri; biasanya hanya antibodi
yang bereaksi dengan protein asing yang akan diproduksi oleh sistem kekebalan tubuh.
Antibodi ini dapat digunakan untuk mengendapkan snRNPs; sehingga mereka memudahkan
pemurnian snRNPs untuk studi struktural dan fungsional.
snRNAs U1, U2, dan U5 berupa tiga partikel snRNP yang berbeda, masing-masing
berisi satu snRNA tunggal. SnRNAs U4 dan U6 dipasangkan dengan snRNP U4 dan U6.
Langkah pertama dalam splicingpre-mRNA nuklear melibatkan pembelahan di situs5 'intron
dan pembentukan fosfodiester intramolekul yang terpaut dengan 5' karbon dari G di tempat
pembelahan dan karbon 2 'dari residu A yang tersimpan dekat 3' intron ujung.Proses ini
terjadi dengan melibatkan splicoesome yang lengkap dan membutuhkan hidrolisis ATP.
snRNP kedua yang akan ditambahkan ke splicing kompleks tampaknya menjadi U2
snRNP; ia mengikat pada urutan konsensus yang berisi 100% residu yang tersimpan
membentuk titik cabang dalam untuk menjerat intron yang akan disambung. Kemudian,
snRNP U5 ditambahkan ke kompleks untuk menghasilkan spliceosome lengkap. Ketika situs
5 'intron dibelah pada langkah 1, U4 snRNA dilepaskan dari spliceosome. Pada langkah 2
dari reaksi splicing, pada situs pemotongan3' dari intron merupakan proses pembelahan dan
dua ekson bergabung olehpautan fosfodiester 5' ke 3’ normal. mRNA yang telah disambung
sekarang siap untuk ditransfer ke sitoplasma dan diterjemahkan oleh ribosom.

Pertanyaan:
Mengapa antara transkripsi dan translasi dikatakan tidak berhubungan? Benarkah seperti itu?
Jawab:
Karena transkripsi berlangsung di dalam nukleus, sementara translasi berlangsung di
sitoplasma. Meskipun begitu antara transkripsi dengan translasi masih ada hubungannya,
seperti pada pembentukan protein ribosom. Di dalam nukleus terjadi transkripsi mRNA,
kemudian hasil transkripsi tadi ada yang dikeluarkan dari inti dan ada yang masih ditahan di
dalam inti. mRNA yang dikeluarkan akan ditranslasikan dan kemudian akan disintesis oleh
protein, setelah akan dikembalikan lagi ke inti untuk bergabung dengan mRNA yang ada di
dalam inti dan nantinya akan membentuk protein ribosom yang akan dikeluarkan kembali.
Jadi antara transkripsi dan translasi ada hubungannya.
Pertanyaan:
Apa peranan modifikasi pasca transkripsi?
Jawab: modifikasi pasca transkripsi disebut juga Pemrosesan RNA
Transkripsi gen pengkodean protein menciptakan transkrip primer RNA di tempat di
mana gen itu berada. Transkrip ini dapat diubah sebelum diterjemahkan, hal ini sangat umum
pada eukariota. Pengolahan RNA yang paling umum adalah untuk menghapus intron
splicing.