RQA (Reading Questioning Answering)

TRANSLASI DAN RNA SPLICING

Untuk memenuhi tugas mata kuliah

Genetika

Yang dibimbing oleh Prof. Dr. Duran Corebima Aloysius, M.Pd

Oleh:

Kelompok 13 Offering A 2016

Dewi Safitri (160341606086)

Dliya Amalia (160341606103)

UNIVERITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
 MARET 2018
Sebagian besar RNA non ribosom yang disintesis di dalam nucleus sel eukariotik terdiri
dari molekul yang sangan besar yang disebut RNA nuklir heterogen atau disingkat hnRNA yang
merupakan pra-mRNA. Aliran proses dari molekul hnRNA raksasa atau pra-mRNA ini
menghasilkan:
1. Sebagian besar RNA ribosomal yang disintesis di nucleus terdegradasi dengan cepat
2. Pembentukan molekul mRNA yang lebih kecil dibawa ke sitoplasma.
Penelitian definitive untuk pemrosesan pra m-RNA dalam pembentukan eukariotik
ditemukan pada kasus transkripsi gen β-globin pada tikus. Dalam transkrip kasus ini, nukleotida
15S hnRNA (atau pra-mRNA; 1200-1500 panjang nukleotida) di proses menjadi 9S (sekitar 600
panjang nukleotida) mRNA β-globin. Bukti serupa untuk hnRNA atau pra-mRNA di proses
dalam pembentukan molekul mRNA dewasa sekarang tersedia untuk transkripsi gen eukariotik
lainnya. Pengolahan ini melibatkan eksisi urutan interkoneksi noncoding atau intron yang berada
di antara urutan pengkodean (disebut ekson untuk ekspresi). Selain itu, mRNA dari beberapa
virus eukariotik diketahui mengandung urutan pemimpin (urutan dari ujung 5’ pada translasi-
inisiasi kodon dari mRNA) yang ditranskripsi dari sekuens DNA yang tidak bersebelahan dengan
gen structural. Beberapa mRNA yang berbeda memiliki urutan pemimpin yang identic yang
tampaknya disambung ke ujung 5’ dari gen transkripsi selama pemrosesan.
Translasi pada eukariot analog terhadap translasi pada prokariot kecuali bahwa (1)
kelompok amino pada methionyl t-RNA tidak terionisasi dan (2) kebanyakan mRNA pada
eukariotik yang dipelajari sampai saat ini nampaknya monogenic sehingga hanya satu spesies
polipeptida yang ditranslate dari masing-masing mRNA. Pada prokariotik, kebanyakan mRNA
adalah polygenic yang mana dua atau lebih polipeptida berbeda disintesis dari segmen
nonoverlapping dari mRNA tunggal. Sintesis dari satu protein eukariotik, serat sutra fibroin
dapat divisualikasikan dengan mikroelektron menggunakan teknik yang dikembangkan oleh O. L
Miller, B. A Hamkalo dan rekannya. Fibroin tidak melipat di permukaan ribosom seperti
polipeptida lain pada kondisi yang kurang baik. Akibatnya, rantai polipeptida yang baru
terbentuk dengan panjang yang meningkat dapat dilihat pada ribosom sebagai salah satu
pemindaian dari satu (ujung 5’ mRNA) dari polysom raksasa (mengandung 50-80 ribosom;
fibroin memiliki berat molekul lebih dari 200.000) sampai ujung yang lain.

Penghapusan Rantai Intron melalui RNA Splicing

Sebagian besar dari gen eukariotik memiliki rantai intervensi noncoding atau pemisahan
intron rantai kode atau ekson. Gen langka dari beberapa virus eukariot misalnya E. coli dan B.
subtilis bacteriophage SP01 dan archaebacterial juga ditemukan mengandung intron. Dalam
kasus gen ‘split’ atau ‘mozaik’ (urutan pengkodean rantai yang terpisah dari unrutan noncoding),
transkrip primer berisi keseluruhan urutan gen dan persamaan noncoding yang disambung
selama proses. Urutan penyambungan harus mengikuti urutan ekson dengan akurat ke rantai
tunggal untuk meyakinkan bahwa kodon di ekson distal ke intron dibaca dengan benar.
Keakuratan ini memerlukan sinyal splicing yang sangat tepat, kemungkinan urutan nukleotida
dalam intron dan pada sambungan ekson-intron. Satu-satunya rangkaian yang dikonservasi
secara penuh adalah urutan rantai dinukleotida pada ujung intron yaitu urutan yang ditunjukkan
untuk untai DNA yang setara dengan transkrip RNA. Selain itu, ada beberapa rekonsiliasi
singkat di persimpangan ekson-intron.
Bilangan subscript menunjukkan persentase frekuensi dari consensus basa pada setiap
posisi. N menunjukkan bahwa setiap empat nukleotida standar yang ada menunjukkan posisi.
Persimpangan ekso-intron berbeda pada kasus gen tRNA dan struktur gen pada mitokondria dan
kloroplas yang menunjukkan mekanisme splicing DNA yang berbeda. Hanya ada satu rantai
pendek yang dikonservasi dalam intron dari gen nucleus yang disebut ‘TACTAAC box’ dan
yang lainnya yang kurang dilestarikan. ‘TACTAAC box’ menunjukkan prefensi yang kuat baik
untuk purin atau pirimidin sebagai berikut :
Py80 N Py 80 Py87 Pu75 A100 Py95
Residu adenine pada posisi enam dati ‘TACTAAC box’ dilestarikan dan diketahui
memiliki peran peran penting dalam reaksi splicing. Urutan yang tersisa dari intron gen nucleus
sangat berbeda dan Nampak sama acaknya. Intron dari gen mitokondria dan kloroplas
mengandung rantai yang dikonservasi yang berbeda dari gen nucleus.

Tiga jenis RNA Splicing yang spesifik

Demonstrasi awal yang menunjukkan bahwa ranta intron pada eukariot ditranskripsi
bersama rantai ekson memfokuskan penelitian pada proses transkripsi gen primer. Seperti pada
system transkripsi dan translasi invitro yang penting pada proses penguraian RNA splicing.
Terdapat tiga jenis yang spesifik dari intron dari transkripsi RNA, yaitu:
1. Intron precursor RNA yang dieksisi oleh reaksi pembelahan endonukleotik dan ligase
tepat yang dilapisi oleh endonuclease splicing khusus dan aktivitas ligase.
2. Intron dari prekursor Tetrahymena rRNA yang dilepaskan secara otomatis dalam
reaksi unik yang dimediasi oleh molekul RNA sendiri tanpa melibatkan protein
enzimatis.
3. Intron dari transkripsi pre-mRNA nucleus (hnRNA) yang di sambung dalam dua
langkah reaksi oleh partikel ribonukleus kompleks yag disebut spliceosome.
Mekanisme RNA splicing focus kepada pertimbangan penelitian saat ini. Untuk beberapa
gen yang telah dipelajari, intron memotong bagian yang lebih disukai namun tidak
menyelesaikan permintaan. Intron lain telah ditemukan sebagai alternative cara penyambungan
yang mengarah ke mRNA yang memproduksi protein berbeda. Akhirnya, satu intron dalam gen
sitokrom b dari mitokondria ragi mencakup bagian dari rantai koding untuk protein ‘RNA
maturase’ yang bertanggung jawab untuk menentukan intron kedua dari transkripsi gen tersebut.
Hal ini menunjukkan mekanisme dari pengaturan ekspresi gen apada tingkat pemrosesan intron.
Kemudian ketertarikan terhadap variasi, struktur dan urutan intron ada di alam dan struktur
intron baru akan ditemukan di masa depan.

Precursor splicing tRNA: Nuklease dan Ligase yang unik

 Reaksi precursor tRNA splicing pada ragi Saccaromyces cereviceae baik system splicing
in vitro dan mutan temperature-sensitive splicing teah digunakan untuk mengentahu mekanisme
penyambungan tRNA pada S. cereviceae. Eksisi intron dari precursor terjadi dalam dua tahap.
Pertama, membrane endonuclease membuat dua potongan pada ujung intron. Kemudian dalam
rangkaian yang cukup kompleks dari reaksi ligase, ligase splicing bergabung dalam dua bagian
dart RNA untuk memproduksi labu tRNA yang matang. Kekhususan dari reaksi ini terletak pada
tiga dimensional struktur yang dilestarikan dari precursor tRNA.
Pembelahan precursor tRNA menghasilkan stasiun 5’-OH dan 2-3 kelompok fosfat siklis
pada stasiun 3’. Proses ligase tahap II melibatkan empat reaksi terpisah, yaitu:
1. Reaksi pertama dari penambahan kelompok fosfat ke stasiun 5’OH, reaksi ini
membutuhkan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP).
2. Kemudian grup fosfat 5’ diaktivkan dengan transfer kelompok AMP ke stasiun dari
AMP-ligase intermediate.
3. 2’-3’ fosfat siklis dibuka oleh aktivitas fosfatdiesterase yang menghasilkan 2’ fosfat dan
3’ hidroksil bebas.
4. Reaksi final ligase terjadi melalui serangan nucleophilic dari 3’OH bebas pada interior 5’
fosfat dengan melepaskan AMP.
Keempat reaksi ini dikatalisis oleh ligase splicing. Akhirnya, kelompok 2’ fosfat terlepas
melalui aktivitas fosfatase untuk menghasilkan molekul tRNA alami.

Autocatalytic splicing of Tetrahymena tRNA precursor

Metabolism terjadi melalui rantai dari enzim yang mengkatalisis reaksi. Semua enzim
umumnya dalah protein yang mengandung polipeptida tunggal maupun kompleks yang
membutuhkan kofaktor non protein untuk melakukan fungsinya. Oleh karena itu, ketika ikatan
kovalen dipindahkan, diperkirakan reksi tersebut dikatalisis oleh enzim. Sehingga penemuan
bahwa intron pada prekurson rRNA Tetrahymena termophila dikeluarkan tanpa melibatkan
protein apapun. Saat ini telah diketahui bahwa aktivitas splicing yang terjadi pada intron dari
precursor rRNA intrinsic kepada molekul RNA sendiri. Selain itu, self-splicing atau aktivitas
autocatalytic telah ditunjukkan terjadi pada precursor rRNA dari beberapa eukariotik tingkat
rendah dan sejumlah besar precursor rRNA, tRNA dan mRNA dalam mitokondria dan kloroplas
pada berbagai spesies. Dalam kaitannya dengan banyak intron (kelompok I intron) pada molekul
precursor RNA, mekanisme self-splicing sama dengan precursor rRNA Tetrahymena.
Mekanisme lain (kelompok II intron) mirip dengan mekanisme splicing yang diobservasi dengan
precursor mRNA nucleus kecuali jika tidak memerlukan aktivitas spliceosome.
Eksisi autokatalitik dari intron pada Tetrahymena precursor rRNA tidak memerlukan
sumber energy seperti ATP dan protein melainkan melibatkan rangkaian transfer ikatan
fosfoester tanpa ikatan yang hilang dalam proses. Reaksi ini memerlukan guanine nucleoside
atau nukleotida dengan 3’-OH bebas (GTP, GDP, GMP atau guanosine) sebagai kofaktor
ditambah kation monovalent dan kation divalent. Persyaratan untuk G-3;-OH adalah mutlak
karena tidak ada basa lain yang dapat disubstitusi ke dalam nukleosida atau kofaktor nukleotida.
Intron dilepas dengan cara transfer dua ikatan fosfoester sehingga dapat dedarkan dengan
menggunakan transfer ikatan fosfoester lain. Diduga aktivitas autokatalitik bergantung pada
struktur sekunder dari molekul precursor RNA yang membawa kelompok reaktif untuk menjadi
penjajaran tertutup yang memunkinkan transfer ikatan phosphoester terjadi. Karena transfer
ikatan phosphoester terjadi karena reversible, degradasi yang cepat dari intron yang dipotong
atau ekspor sambungan rRNA ke sitoplasma dapat mendorong splicing ke arah depan.
Kunci penting dari reaksi splicing autokatalitik adalah intramolekuler dan tidak
bergantung pada konsentrasi.prekursor RNA memungkinkan pembentukan pusat aktif degan
gaunosin-3’-OH ikatan kofaktor. Sehingga tempat katalitik tidak dibatasi oleh protein tetapi juga
tidak ada aktivitas trans katalitik untuk enzim, hanya aktivitas katalitik cis.

Pre-mRNA Splicing: snRNAs, snRNPs and the Spliceosome

Intron pada precursor mRNA nucleus (nucler pre-mRNA) dipotong dalam dua tahap
seperti pada ragi dan Tetrahymena. Intron tidak dipotong dengan nuclease splicing sederhana
dan ligase atau autokatalitik.nuclear pre-mRNA splicing dikeluarkan oleh struktur kompleks
RNA/protein yang disebut spliceosome. Spliceosome yang mengandung set molekul RNA kecil
disebut snRNA dan set protein yang belum didefinisikan sepenuhnya.
Lima jenis snRNA yang disebut U1, U2, U4, U5 dan U6 terlibat dalam splicing pre-
mRNA nucleus sebagai komponen spliceosome. snRNA bukan sebagai molekul RNA bebas,
namun muncul sebagai protein RNA nucleus kecil yang kompleks yang disebut snRNP (small
nuclear ribonucleopreotein). snRnp mampu menghasilkan antibody yang disebut autoantibodi
karena dapat bereaksi dengan protein milik pasien. Antibody ini digunakan untuk menimbulkan
snRNP sehingga dapat memfasilitasi pemurnian snRNP untuk penelitian struktur dan fungsi.
Langkah pertama salam splicing pre-mRNA nucleus termasuk pemotongan pada intron
splice site 5’ (intron IGT) dan bentuk dari hubungan phosphoester intramolecular antara karbon
5’ di lokasi pembelahan dan karbon 2’ dari residu dekat ujung 3’ dari intron. Proses ini terjadi
pada spliceosome lengkap dan membutuhkan hidrolisis ATP. Fakta yang menunjukkan bahwa
U1 sNRP harus mengikat daerah penyisipan 5’ untuk memulai reaksi pembelahan.

Pertanyaan
1. Mengapa sequence intron harus dibuang?
2. Bagaimanakah intron dan ekson terbentuk?