Penghapusan segregasi intron dengan penyambungan RNA

Sebagian besar, tapi tidak semua, gen eukariota yang lebih tinggi mengandung urutan
intervensi noncoding memisahkan rangkaian pengkodean atau ekson pengkodean intron. Gen
eukariota rendah seperti ragi dan Neurospora mengandung intron noncoding. Gen langka dari
beberapa virus prokariota, misalnya bakteri E. coli bakteriofag T4 dan B. subtilis bacteriophage
SP01, dan bakteri arkeid (bakteri primitif) juga ditemukan mengandung intron. Dalam kasus gen
"split" atau "mosaik" (urutan pengkodean yang dipisahkan oleh urutan noncoding), transkrip
primer berisi keseluruhan urutan gen dan urutan noncoding "disambung" selama proses
berlangsung. (gambar 11.20)

satu-satunya rangkaian intron intron yang benar-benar murni adalah urutan dinukleotida di

ujung intron, yaitu

Urutan yang ditunjukkan di sini adalah untai DNA nontemplate (setara dengan transkrip RNA,
tapi dengan T bukan U). Selain itu, ada rangkaian konsensus singkat di persimpangan ekson-
intron. Untuk gen nuclear, persimpangan konsensus adalah
 Subskrip numerik menunjukkan persentase frekuensi dasar konsensus pada setiap posisi;
Dengan demikian, subskrip 100 menunjukkan bahwa basis selalu ada pada posisi itu. N dan Py
menunjukkan bahwa salah satu dari empat nukleotida standar atau pirimidin. Sambungan exon-
intron berbeda untuk gen tRNA dan gen struktural pada mitokondria dan kloroplas, yang
menggunakan mekanisme penyambungan RNA yang berbeda. Namun, spesies yang berbeda
menunjukkan beberapa pelestarian urutan pada sambungan exon-intron.

Tiga jenis penyambungan RNA yang berbeda

Penemuan intron noncoding pada gen merangsang kuat pada mekanisme yang digunakan
urutan intron saat ekspresi gen. Demonstrasi awal bahwa urutan intron pada gen eukariotik
ditranskripsikan bersamaan dengan urutan exon yang memfokuskan penelitian pada proses
transkrip gen primer. Sama seperti sistem in vitro memberikan informasi penting tentang
mekanisme transkripsi dan translai, kunci untuk memahami peristiwa penyambungan RNA
adalah pengembangan sistem splicing in vitro. Dengan menggunakan sistem ini, peneliti
telahmenunjukkan bahwa ada tiga jenis ekskresi intron yang berbeda dari transkrip RNA.

1. Prekursor Intron tRNA dieksisi oleh pembelahan endonukleolitik yang tepat dan reaksi
ligasi yang dikatalisis oleh aktivitas endonuklease dan ligase khusus.
2. Intron dari beberapa prekursor rRNA dikeluarkan secara autokatalitik dalam reaksi unik
yang diprantarai oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas enzimatik protein
yang terlibat.)
3. Intron transkrip pra-mRNA nuclear (hnRNA) disambung dalam dua tahap reaksi yang
dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein kompleks yang disebut spliceosomes.

Banyak gen mengandung banyak intron (misalnya, gen kolagen α2 ayam mengandung lebih dari
50 intron). Satu intron dalam gen sitokrom b mitokondria ragi mencakup bagian dari urutan
pengkodean protein, "RNA maturase" yang bertanggung jawab untuk mengeluarkan intron kedua
dari transkrip gen tersebut.
Penyambungaan precursor tRNA: Keunikan Nuklease dan Ligase

Eksisi intron dari prekursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap. Pertama, endonuclease spiral
yang terikat membran nuclear membuat dua luka tepat di ujung intron. Kemudian, dalam
serangkaian reaksi yang cukup kompleks, ligase splicing menggabungkan dua bagian tRNA
untuk menghasilkan bentuk molekul tRNA yang matang. Spesifisitas untuk reaksi ini berada
pada fitur struktural tiga dimensi dari prekursor tRNA, tidak dalam urutan nukleotida per se.
Pembelahan prekursor tRNA menghasilkan gugus fosfat siklis tipe 5-OH dan 2'-3 'pada 3'
termini. Proses ligase tahap II sebenarnya melibatkan empat reaksi terpisah.

1. Reaksi pertama adalah penambahan gugus fosfat ke ujung 5'-OH; Reaksi ini
membutuhkan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP).

2. kemudian, gugus fosfat 5 'digerakkan oleh pengalihan gugus AMP ke ujung dari
peralihan AMP-ligase (AMP awalnya diturunkan dari ATP juga).

3. Fosfat siklik 2'-3 'dibuka dengan aktivitas siklik fosfodiesterase yang menghasilkan
hidroksil 2' fosfat dan 3 'bebas.

4. Reaksi ligasi terakhir terjadi melalui serangan nukleofilik dari 3'-OH bebas pada fosfat
interior 5 'dengan pelepasan AMP.

Keempat reaksi ini dikatalisis oleh ligase splicing. Akhirnya, kelompok fosfat 2' (yang tersisa
dari fosfat siklik 2'-3' yang dihasilkan oleh reaksi pembelahan aslinya) dikeluarkan oleh aktivitas
fosfatase untuk menghasilkan molekul tRNA yang matang.

Autocatalytic Splicing dari prekursor rRNA Tetrahymena

Aktivitas spilicing yang mengeluarkan intron dari prekursor rRNA ini bersifat intrinsic
terhadap molekul RNA itu sendiri. Selain itu, aktivitas self-splicing atau autocatalytic semacam
itu telah terbukti terjadi pada prekursor rRNA beberapa eukariota yang lebih rendah dan
sejumlah besar rRNA, tRNA, dan prekursor mRNA pada mitokondria dan kloroplas dari
berbagai spesies. Dalam kasus banyak intron ini (yang disebut kelompok I intron) pada molekul
prekursor RNA, mekanisme splicing sendiri sama atau sangat mirip dengan mekanisme spicing
yang diamati dengan prekursor mRNA nuclear diharapkan bahwa hal itu tidak memerlukan
aktivitas "spliceosome".

Eksisi autocatalyic intron pada prekursor rRNA tetrahymena (dan kelompok I lainnya)
tidak memerlukan sumber energi eksternal (tidak ada ATP, dll) dan tidak ada protein. Sebagai
gantinya, ini melibatkan serangkaian transfer obligasi phosphoester, tanpa ikatan yang hilang
diperoleh dalam prosesnya. Reaksi memerlukan nukleotida guanin atau nukleosida dengan
kelompok 3 'OH gratis (GTP, GDP <GMP, atau guanosin semua pekerjaan) sebagai kofaktor
ditambah kation monovalen dan kation divalen. Persyaratan untuk G-3 'OH mutlak; tidak ada
basa lain yang dapat disubstitusi pada nukleosida atau nukleida kofaktor. Intron ini dipotong
dengan cara dua transfer ikatan fosfolester, dan intron yang dieksisi kemudian dapat diedarkan
dengan cara transfer ikatan fosfester lain. Reaksi ini ditunjukkan pada gambar 11.21

Sirkularisasi autokatalitik intron yang dieksisi menunjukkan bahwa penyambungan diri

prekursor rRNA ini terutama diulang, jika tidak seluruhnya, dalam struktur intron itu sendiri.
Aktivitas autocatalytic bergantung pada struktur sekunder dari RNA splicing yang membawa
kelompok reaktif yang berampingan sehingga memungkinkan transfer fosfolester terjadi. Karena
transfer ikatan fosfester self-splicing berpotensi menjadi reaksi reversibel, degradasi intron yang
dipotong atau ekspor rRNA yang disambung ke sitoplasma dapat mendorong penyambungan ke
arah depan. Poin utamanya adalah bahwa reaksi penyambungan autocatalytic bersifat
intramolekuler oleh karena itu, tidak bergantung pada konsentrasi. Selain itu, prekursor rNA
mampu membentuk pusat aktif di mana ikatan kopolimer 3 'OH girosine berikatan. Dengan
demikian, situs katalitik tidak terbatas pada protein, tetapi juga mencatat bahwa tidak ada
aktivitas katalitik trans seperti enzim, hanya aktivitas katalitik cis.

Penyambungan Pre-mRNA: snRNA, snRNP, dan Spliceosome

Intron pada prekursor mRNA nuclear (pra-mRNA nuclear) dieksisi dalam dua tahap
seperti intron pada ragi pra-tRNA dan pra-RNA Tetrahymena. dua detik. Namun, intron tidak
dipotong dengan nuclease splicing sederhana dan ligases atau secara autokatalitik. Sebagai
gantinya, spioning pra-mRNA nuklir dilakukan oleh struktur RNA/protein kompleks yang
disebut spliceosomes. Spliceosomes mengandung satu rangkai molekul RNA kecil yang disebut
snRNAs (RNA nuclear kecil) dan rangkaian protein masih belum sepenuhnya didefinisikan. Dua
langkah dalam penyambungan nV-nil nukleot diketahui (Gambar 10.27).

Gambar 10.27. Diagram of two-step pathway of excision of intron from nuclear pre-mRNAs

Lima snRNA yang disebut UI, U2 U4 Us, dan U6 terlibat dalam nuclear pra -mRNA
splicing sebagai komponen dari spliceosome (snRNA U3 dilokalisasi di dalam nukleolus dan
mungkin terlibat dalam pembentukan ribosom.) Pada mamalia, snRNA ini berkisar dari 100
nukleotida (U6) sampai 215 nukleotida (U3) Beberapa dari snRNA di ragi S. cerevisiae jauh
lebih besar SnRNA ini tidak ada sebagai molekul RNA bebas. Sebagai gantinya, mereka hadir di
kompleks probe RNA nuklir kecil yang disebut snRNPs (nukleoprotein ribo nuklir kecil).
Eritematosus sistemik menghasilkan antibodi yang bereaksi dengan protein snRNP. Antibodi ini
disebut autoantibodi karena mereka bereaksi dengan protein pasien sendiri. Antibodi ini dapat
digunakan untuk mengendapkan snRNPs: dengan demikian, mereka sangat memudahkan
pemurnian snRNP untuk studi struktural dan fungsional.

SnRNAS U1, U2, dan U5 hadir dalam tiga partikel SNRNP yang berbeda, masing-
masing berisi satu snRNA tunggal. snRNAS U4 dan U6 hadir bersama dalam snRN keempat:
snRNA U4 dan U6 mengandung dua daerah komplementaritas intermolekul yang mungkin
dipasangkan pada snRNP U4/U6. Masing-masing dari keempat jenis partikel snRNP
mengandung subset dari tujuh protein SNRNP yang ditandai dengan baik ditambah satu atau
lebih protein unik untuk jenis partikel snRNP tertentu.

Langkah pertama penyambungan mRNA nuclear melibatkan pembelahan di situs sambon

intronolek 5 intrinsik (GT.intron) dan pembentukan hubungan antimateri irtramolekuler di antara
5 'karbon G di lokasi pembelahan dan karbon 2' dari residu A yang dilestarikan di dekat ujung 3
intron. Langkah ini terjadi pada spliceosomes lengkap dan memerlukan hidrolisis ATP. Bukti
menunjukkan bahwa Ul snRNP harus mengikat pada situs splice 5 'sebelum reaksi pembelahan
awal. Pengakuan situs pembelahan di ujung 5 intron mungkin melibatkan pasangan dasar antara
urutan konsensus di situs ini dan urutan komplementer di dekat ujung 5 'dari snRNA UI. Namun,
spesifikasinya pengikatan sekurang-kurangnya beberapa snRNPs ke rangkaian konsensus intron
melibatkan snRNA dan protein snRNP tertentu; Dengan demikian, pasangan dasar antara urutan
konsonan intron 5 'dan urutan komplementer di snRNA U1 hanya dapat memberikan sebagian
kekhususan untuk pengikatan fungsional snrNP U1 ke molekul pra-mRNA.

SnRNP kedua ke ditambahkan ke kompleks splicing tampaknya adalah snRNP U2:

Berikat pada urutan yang berisi 100 persen dilestarikan Residu yang membentuk titik cabang
pada struktur penjepitan dari intron yang disambung. Setelah itu, snrNP U5 mengikat pada 3
'splice site, dan snRNP U4/U6 ditambahkan ke kompleks untuk menghasilkan spliceosome
lengkap. Ketika situs splitter intron 5 'dibelah pada langkah 1, snRNA U4 dilepaskan dari
spliceosome (setidaknya in vitro). Pada langkah 2 dari reaksi splicing, situs sambon 3 'dari intron
dibelah, dan kedua ekson tersebut bergabung dengan ikatan fosfonfer normal 5' sampai 3 '. The
mRNA spliced nkw siap untuk diekspor ke sitoplasma dan terjemahan pada ribosom.
Questions-Answer

1. Mengapa intron pada prekursor rRNA dari Tetrahymena thermophile dihilangkan

tanpa keterlibatan dari protein lain?
Jawab: Hal tersebut dikarenakan aktivitas pemotongan yang menghilangkan
intron dari precursor rRNA adalah intrinsik dari molekul RNA itu sendiri.
Pemotongan nuklear pre-mRNA dilaksanakan oleh struktur RNA atau protein
komplek yang disebut spliceosome. Spliceosome ini berada dalam jalur yang
berbeda seperti ribosom kecil. Spliceosomemengandung kumpulan molekul RNA
kecil yang disebut snRNAs (small nuclear RNAs)dan kumpulan protein yang
masih belum dikenal secara lengkap. Lima snRNAs yaitu U1,U2, U4, U5, dan U6
terlibat dalam pemotongan pre-mRNA nuclear sebagai komponen dari
spliceosome.
2. SnRNAS terdapat pada 3 partikel SNRNP, sebutkan masing-masing komponen
didalamnya!
Jawab : SnRNAS U1, U2, dan U5 hadir dalam tiga partikel SNRNP yang berbeda,
masing-masing berisi satu snRNA tunggal. snRNAS U4 dan U6 hadir bersama
dalam snRN keempat: snRNA U4 dan U6 mengandung dua daerah
komplementaritas intermolekul yang mungkin dipasangkan pada snRNP U4/U6.
Masing-masing dari keempat jenis partikel snRNP mengandung subset dari tujuh
protein SNRNP yang ditandai dengan baik ditambah satu atau lebih protein unik
untuk jenis partikel snRNP tertentu.
3. Bagaimana langah pembelahan situs splitter intron 5’?
Jawab : snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome (setidaknya in vitro), selanjutnya
dari reaksi splicing, situs sambon 3 'dari intron dibelah, dan kedua ekson tersebut
bergabung dengan ikatan fosfonfer normal 5' sampai 3 '. mRNA spliced nkw siap
untuk diekspor ke sitoplasma dan terjemahan pada ribosom.
 RESUME, QUESTIONS AND ANSWER

GENETIKA 1

MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

Untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika

Yang dibina oleh Prof.H. Dr.agr Mohamad Amin, S.Pd, M.Si dan Andik wijaya S.si, M.si

Oleh :

Faris Nizarghazi (160342606288)

Sendy Devi Rachmawati (160342606282)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

Maret 2018