BIOLOGI MOLEKULER
Ditulis oleh:
Stefan Martinus
183112620150085
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS NASIONAL
JAKARTA
2019
1. Jelaskan mengenai proses Translasi!
Protrein disintesis oleh ribosom di sitoplasma dalam suatu proses yang disebut
translasi. Translasi merupakan proses diterjemahkannya nukleotida pada mRNA menjadi asam
amino yang selanjutnya akan menyusun polipeptida atau protein (Yuwono, 2005). Sekuens
protein yang disintesis ditentukan oleh informasi genetik yang terdapat di dalam molekul-
molekul mRNA. Informasi genetik yang terdapat di dalam mRNA tersebut dinamakan kodon
triplet, karena tersusun oleh tiga buah nukleotida yang terletak bersisian. Kodon triplet dalam
untai mRNA dibaca dari ujung 5’ kea rah ujung 3’ dan polimerasi asam amino membentuk
protein (polipeptida) berlangsung dari unung N (amino) ke ujung C (karbonil).
Translasi diawali dengan pembacaan kodon mulai atau kodon start (AUG) yang
terdapat di ujung rantai 5’ mRNA dan diakhiri dengan kodon terminasi atau kodon stop (UAG,
UGA, atau UAA) yang terdapat di ujung 3’ untai mRNA. Kodon start AUG merupakan kodon
untuk asam amino metionin. Oleh sebab itu, protei hasil translasi (sebelum diproses lebuh
lanjut) selalu mengandung asam amino metionin pada ujung N-nya (Sinaga, 2012).
Pada saat translasi, setiap asam amino akan dibawa ke ribosom oleh tRNA (RNA
transfer). Paling tidak ada satu macam tRNA setiap asam amino, beberapa asam amino bahkan
memiliki lebih dari satu macam tRNA. Setiap tRNA memiliki sekuens khas yang disebut
anticodon, yaitu sekuens yang merupakan komplemen dari sekuens kodon pada mRNA.
Komplementasi basa dari sekuens kodon dan anticodon menjamin setiap asam amino akan
ditambah pada posisi yang tepat pada untai protein yang akan dibentuk.
2. Uraikan tahap-tahap translasi!
Secara umum, proses translasi dapat terbagi menjadi 3 tahap, yaitu inisiasi, elongasi,
dan terminasi. Pada saat inisiasi, keempat komponen translasi yaitu ribosom, protein-protein
faktor translasi, mRNA dan aminoasil-tRNA bergabung membentuk kompleks di posisi kodon
pertama atau kodon start dalam untai mRNA. Pada saat elongasi, yaitu selama pembentukan
polipeptida, kompleks ini bergerak, atau melakukan translokasi sepanjang untai mRNA dengan
arah 5’ ke 3’. Jadi kompleks translasi membaca mRNA dari arah 5’ ke 3’. Polipeptida baru
terbentuk dari ujung N (amino) kea rah ujung C (karboksil). Dan akhirnya pada terminasi
translasi, kompleks ini akan terurai kedua subunit ribosom, subunit besar dan subunit kecil
terpisah dan siap untuk berpartisipasi pada proses translasi berikutnya.
3. Jelaskan Fase inisiasi, elongasi dan terminasi disertai gambar!
A. Fase Inisiasi
Gugus amino akan diblok oleh kelompok ribosom, protein faktor translasi, mRNA dan
aminoasil-tRNA. Sebuah metionin tRNA yang berbeda, yaitu tRNAMet akan merespon kodon
metionin internal. Kedua tRNA metionin memiliki antikodon yang sama, dan keduanya
menanggapi kodon yang sama untuk metionin. Namun, hanya methionyl-tRNAf Met yang akan
berinteraksi dengan faktor inisiasi protein IF-2 untuk memulai proses inisiasi. Dengan demikian,
hanya methionyl-tRNAf Met yang akan mengikat ribosom dalam menanggapi kodon AUG di
mRNA dan meninggalkan methionyl-tRNAMet untuk mengikat dalam menanggapi kodon AUG
internal. Methionyl-tRNAf Met juga mengikat ribosom dalam menanggapi kodon GUG (Kodon
valin ketika hadir pada positus internal), yang terjadi pada beberapa molekul mRNA (Gambar 1).
Inisiasi rantai polipeptida diawali dengan pembentukan dua kompleks, yaitu: (1) satu
berisi faktor inisiasi IF-2 dan methionyl-tRNAf Met, dan (2) yang lain berisi molekul mRNA
yang merupakan sebuah subunit 30S ribosomal dan inisiasi faktor IF-3). Subunit 30S / mRNA
kompleks akan membentuk hanya pada IF-3. Dengan demikian, IF-3 mengontrol kemampuan
dari subunit 30S untuk memulai proses inisiasi. Pembentukan kompleks 30S subunit / mRNA
bergantung pada pasangan basa antara urutan nukleotida dekat 3’ pada akhir 16S rRNA dan
urutan dekat 5’ pada akhir molekul mRNA. mRNA prokariotik mengandung saluran
polypurine yaitu AGGAGG, terletak di sekitar hulu dari tujuh nukleotida yang berasal dari
inisiasi kodon AUG.
IF-2/methionyl-tRNAf Met kompleks dan mRNA/30S subunit/ IF-3 kompleks
kemudian menggabungkan dengan satu sama lain dan dengan faktor inisiasi IF-1 dan satu
molekul GTP untuk membentuk lengkap 30S inisiasi kompleks. Langkah terakhir inisiasi dari
translasi adalah penambahan subunit 50S untuk 30S inisiasi kompleks sehingga menghasilkan
70S ribosom lengkap. Faktor inisiasi IF-3 harus dibebaskan dari kompleks sebelum subunit
50S dapat bergabung dengan kompleks IF-3 dan subunit 50S tidak pernah ditemukan terkait
dengan subunit 30S pada saat yang sama. Penambahan subunit 50S membutuhkan energi dari
GTP dan pelepasan faktor inisiasi IF-1 dan IF-2.
Penambahan 50S subunit ribosom ke positus kompleks inisiator tRNA methionyl-
tRNAf Met, di situs peptidil (P) dengan antikodon tRNA selaras dengan inisiasi kodon AUG
mRNA. methionyl-tRNAf Met adalah satu-satunya aminoasil-tRNA yang dapat masuk ke situs
P langsung tanpa pertama melewati aminoasil (A). Dengan inisiator AUG diposituskan di situs
P, kodon kedua dari mRNA dalam daftar dengan situs A akan mengikat spesifisitas aminoasil-
tRNA di situs tersebut dan mengatur untuk tahap kedua dalam sintesis polipeptida yaitu
perpanjangan (Elongasi) rantai polipeptida.
B. Fase Elongasi
Proses Pemanjangan rantai polipeptida pada dasarnya sama antara prokariota dan
eukariota. Penambahan masing-masing asam amino ke polipeptida tumbuh terjadi dalam tiga
langkah: (1) pengikatan suatu aminoasil-tRNA ke situs A ribosom, (2) transfer rantai
polipeptida dari tRNA di situs P ke tRNA di situs A dengan pembentukan ikatan peptida baru,
dan (3) translokasi ribosom sepanjang mRNA ke positus kodon berikutnya dalam situs A
(Gambar 2).
Pada langkah pertama, sebuah aminoasil-tRNA masuk dan menjadi terikat pada situs
A dari ribosom, dengan tempat spesifik yang disediakan oleh kodon mRNA dalam situs A.
Tiga nukleotida dalam antikodon masuk dari aminoasil-tRNA harus berpasangan dengan
nukleotida dari kodon mRNA di lokasi A. Langkah ini membutuhkan faktor elongasi Tu
membawa molekul GTP (EF-Tu.GTP). GTP yang diperlukan untuk aminoasil-tRNA mengikat
di lokasi A tapi tidak dibelah sampai ikatan peptida terbentuk. Setelah pembelahan GTP, EF-
Tu.GDP dilepaskan dari ribosom. EF-Tu.GDP tidak aktif dan tidak akan mengikat aminoasil-
tRNA. EF-Tu.GDP dikonversi ke bentuk EF-Tu.GTP aktif oleh faktor elongasi Ts (EF-Ts),
yang menghidrolisis satu molekul GTP. EF-Tu berinteraksi dengan semua aminoasil-Trna
kecuali methionyl-tRNA.
Gambar 2. Elongasi Polipeptida
Pada gambar diatas dapat dijelaskan bahwa panah yang biru menunjukkan tahapan
lipatan yang benar, pita pada sebelah kiri mewakili lipatan protein yang salah dan sebelah
kanan merupakan protein yang aktif. Panah yang merah menunjukkan arah satu konformasi
lipatan yang salah tetapi konformasi ini tidak stabil dan protein mampu membentang secara
parsial, dan kembali ke lipatan tahapan yang benar, pada akhirnya dapat meneruskan
konformasi yang aktif.
b. Cleavageproteolitik (Pembelahan Proteolitik)
Pembelahan proteolitik mempunyai dua fungsi dalam proses translasi dari protein.
Yang pertama untuk memindahkan potongan pendek dari daerah terminal N dan C polypeptida,
menyisakan molekul tunggal dipendekkan yang terlipat dalam protein aktif. Kedua digunakan
untuk memotong polyproteins ke dalam segmen-segmen, sebagian atau seluruhnya merupakan
protein aktif. Peristiwa ini biasa terjadi pada eukariotik tetapi jarang terjadi pada bakteri
(Gambar 6).
Gambar 6. Pembelahan Proteolitik
Pengolahan protein dengan pembelahan proteolitik. Pada sisi kiri, protein diproses
dengan memindahkan segmen terminal N. Pada beberapa protein juga terjadi pada terminal C.
Pada sisi kanan, polyprotein diproses untuk menghasilkan tiga protein yang berbeda. Proses
proteolitik protein berupa protein matur tunggal. Poses proteolitik protein berupa protein matur
tunggal. Hal ini tidak selalu terjadi. Beberapa protein pada awalnya disintesis sebagai
poliprotein, polipeptida panjang yang terdiri dari rangkaian protein matur. Pembelahan
poliprotein menghasilkan protein tunggal yang memiliki fungsi yang berbeda satu sama lain.
c. Modifikasi Kimia
Modifikasi kimia sederhana melibatkan penambahan kelompok kimia kecil (asetil,
metil atau pospat) pada satu rantai asam amino atau gugus karboksil dari asam amino terminal
di polipeptida (contoh lihat Bradshaw et al.,1998). Modifikasi kimia mempunyai peran
regulator penting, sebagai contoh terjadinya posporilasi untuk mengaktifkan beberapa protein
yang terlibat dalam sinyal tranduksi. Berikut ini adalah contoh post translasional modifikasi
kimia dari anak Sapi.
Gambar diatas merupakan post translational modifikasi kimia dari anak sapi. Terdapat
lima modifikasi yang terjadi yaitu tiga metilasi dan dua asetilasi. Metilasi dan asetilasihiston
untuk menentukan struktur kromatin. Jenis lebih komplek dari modifikasi adalah glikosilasi.
Pemasangan dari sisi rantai karbohidrat besar dengan polipeptida (Drickamer and Taylor,
1998). Ada dua jenis umum glikosilasi (Gambar 8):
O-linked glycosylation: pemasangan dari suatu rantai samping gula lewat kelompok
hidroksil dari serin atau trionin asam amino.
N-linked glycosylation: melibatkan pemasangan melalui gugus amino pada rantai
samping asparagin.
(A) O-linked glycosylation. Struktur dihubungkan dengan asam amino serina atau treonina.
(B) glikosilasi N-linked glycosylation mengakibatkan struktur gula lebih besar dibanding O-
linked glikosilasi.
d. Splicing Protein (Intein penyambung)
Jenis terakhir dari proses post-translational yaitu intein penyambung (splicing
protein). Intein penyambung (splicing protein) adalah sebuah post translational proses di mana
sebuah intein, polipeptida urutan yang dikodekan oleh suatu intervensi urutan gen, justru
dipotong dari polipeptida yang baru lahir (Gambar 9).
Gambar 9. Intein Penyambung
Ikatan intramolekuler peptida reaksi terbentuk antara mengapit terminal amino dan
asam amino terminal karboksi residu. Segmen peptida yang di potong disebut intein, ikatan
peptida yang terbentuk menghubungkan C terminal, N terminal dan residu asam amino dari
peptida mengapit yang disambung bersama membentuk protein matang di sebut extein. Protein
splicing terjadi tanpa bantuan kofaktor, sumber energi metabolik, atau penunjang enzim.
PROTEIN DAN ASAM AMINO
1. Jelaskan apa yang dimaksud dengan asam amino dan tuliskan strukturnya!
Asam Amino adalah struktur pembangun atau monomer dari senyawa-senyawa
peptida dan protein. Ada lebih kurang 20 asam amino pembentuk peptida dan protein alami,
semuanya merupakan α-amino. Selain terikat sebagai peptida atau protein, beberapa asam
amino terdapat bebas atau menjadi precursor dari beberapa senyawa penting di dalam tubuh,
misalnya asam amino tirosin merupakan precursor dari hormon-hormon tiroid. Ada juga asam-
asam amino yang memiliki fungsi spesifik selain sebagai penyusun protein, misalnya asam
glutamate berperan sebagai neurotransmiter.