Aminoasil ~ tRNA adalah substrat untuk mensintesis polipeptida pada ribosom,

dimana tRNA yang diaktifkan akan mengenali kodon mRNA dengan benar serta penyajian
asam amino dalam konfigurasi sterik (struktur tiga dimensi) yang memfasilitasi peptida
pembentukan ikatan.

TRNA ditranskripsi dari gen. Seperti dalam kasus rRNA, tRNA yang dituliskan dalam bentuk
molekul prekursor yang lebih besar yang mengalami pasca transkripsi pengolahan
(pembelahan, pemangkasan, metilasi, dan sebagainya). Molekul-molekul tRNA matang
mengandung beberapa nukleosida yang tidak hadir dalam transkrip gen tRNA utama.
Nukleosida tersebut adalah inosin, pseudouridine, dihydrouridine, 1-metil guanosin, dan
lainnya, yang diproduksi oleh post transkripsional, kation dari enzim yang mengkatalis dari
empat nukleosida dimasukkan ke dalam RNA selama transkripsi.

Karena ukurannya yang kecil (kebanyakan 70-95 nukleotida yang panjang), tRNA
akan digantikan oleh molekul yang lebih besar dari RNA yang terlibat dalam sintesis protein.
Urutan lengkap nukleotida dan struktur daun semanggi yang diusulkan dari tRNA alanin ragi
yang diterbitkan oleh Robert W. Holley dan rekan pada tahun 1965. Struktur tiga dimensi dari
tRNA fenilalanin ragi ditentukan oleh studi difraksi sinar-X pada tahun 1974. Antikodon
setiap tRNA terjadi dalam loop (wilayah nonhidrogen-berikat yang dekat tengah molekul.

Sumber: (Snustad dan Simmons, 2012)

Molekul tRNA harus berisi banyak tempat spesifik meskipun ukuran mereka kecil. Dalam
melakukan Translasi tRNA harus: (1) memiliki urutan antikodon yang benar, sehingga dapat
menanggapi kodon yang tepat (2) diterima oleh sintetase aminoasil-tRNA yang benar,
sehingga dapat diaktifkan dengan asam amino yang benar, dan (3) mengikat ke situs yang
sesuai pada ribosom untuk melaksanakan fungsi adapter mereka.
Ada tiga macam tRNA mengikat situs di setiap ribosom:

Sumber: (Snustad dan Simmons, 2012)

1. A atau situs aminoasil yang mengikat masuk aminoasil-tRNA, tRNA akan membawa
asam amino berikutnya yang akan ditambahkan ke rantai polipeptida berkembang.
2. P atau peptidil yang mengikat tRNA dari polipeptida yang berkembang.
3. E atau keluar situs mengikat bermuatan tRNA berangkat.

Struktur kristal dari ribosom 70S bakteri Thermus thermophilus menunjukkan positus dari
tiga situs tRNA mengikat pada 50S-30S dan positus relatif dari rRNA dan protein ribosom.
Meskipun situs aminoasil-tRNA terletak mengikat sebagian besar pada subunit 50S dan
molekul mRNA terikat oleh subunit 30S, kota spesifik untuk aminoasil tRNA mengikat
dalam setiap situs yang disediakan oleh kodon mRNA yang membentuk bagian dari situs
pengikatan. Sebagai ribosom bergerak sepanjang mRNA (atau sebagai mRNA shuttled di
ribosom), tempat spesifik untuk mengikat aminoasil-tRNA dalam A, P, dan perubahan situs E
sebagai kodon mRNA yang berbeda akan bergerak memasuki ke situs yang mengikat.
Dengan demikian mampu mengikat setiap aminoasil-tRNA

Translasi dari urutan nukleotida dalam mRNA molekul ke dalam urutan asam amino
dalam produk polipeptida dapat dibagi menjadi tiga tahap: (1) inisiasi rantai polipeptida, (2)
perpanjangan rantai polipeptida, dan (3) terminasi rantai polipeptida.

1. Inisiasi Rantai Polipeptida

 Gugus amino akan diblok oleh kelompok . Sebuah metionin tRNA yang
Met
berbeda, yaitu tRNA akan merespon kodon metionin internal. Kedua tRNA metionin
memiliki antikodon yang sama, dan keduanya menanggapi kodon yang sama untuk metionin.
Namun, hanya methionyl-tRNAf Met yang akan berinteraksi dengan faktor inisiasi protein IF-
2 untuk memulai proses inisiasi. Dengan demikian, hanya methionyl-tRNA f Met yang akan
mengikat ribosom dalam menanggapi kodon AUG di mRNA dan meninggalkan methionyl-
tRNAMet untuk mengikat dalam menanggapi kodon AUG internal. Methionyl-tRNAf Met juga
mengikat ribosom dalam menanggapi kodon GUG (Kodon valin ketika hadir pada positus
internal), yang terjadi pada beberapa molekul mRNA.

Sumber: (Snustad dan Simmons, 2012)

Inisiasi rantai polipeptida diawali dengan pembentukan dua kompleks, yaitu: (1) satu
berisi faktor inisiasi IF-2 dan methionyl-tRNAf Met , dan (2) yang lain berisi molekul mRNA
yang merupakan sebuah subunit 30S ribosomal dan inisiasi faktor IF-3). Subunit 30S /
mRNA kompleks akan membentuk hanya pada IF-3. Dengan demikian, IF-3 mengontrol
kemampuan dari subunit 30S untuk memulai proses inisiasi. Pembentukan kompleks 30S
subunit / mRNA bergantung pada pasangan basa antara urutan nukleotida dekat 3 pada akhir
16S rRNA dan urutan dekat 5 pada akhir molekul mRNA. mRNA prokariotik mengandung
saluran polypurine yaitu AGGAGG, terletak di sekitar hulu dari tujuh nukleotida yang berasal
dari inisiasi kodon AUG.

IF-2 / methionyl-tRNAf Met kompleks dan mRNA / 30S subunit / IF-3 kompleks
kemudian menggabungkan dengan satu sama lain dan dengan faktor inisiasi IF-1 dan satu
molekul GTP untuk membentuk lengkap 30S inisiasi kompleks. Langkah terakhir inisiasi dari
translasi adalah penambahan subunit 50S untuk 30S inisiasi kompleks sehingga
menghasilkan 70S ribosom lengkap. Faktor inisiasi IF-3 harus dibebaskan dari kompleks
sebelum subunit 50S dapat bergabung dengan kompleks IF-3 dan subunit 50S tidak pernah
ditemukan terkait dengan subunit 30S pada saat yang sama. Penambahan subunit 50S
membutuhkan energi dari GTP dan pelepasan faktor inisiasi IF-1 dan IF-2.

Penambahan 50S subunit ribosom ke positus kompleks inisiator tRNA methionyl-

Met
tRNAf , di situs peptidil (P) dengan antikodon tRNA selaras dengan inisiasi kodon AUG
mRNA. methionyl-tRNAf Met adalah satu-satunya aminoasil-tRNA yang dapat masuk ke situs
P langsung tanpa pertama melewati aminoasil (A). Dengan inisiator AUG diposituskan di
situs P, kodon kedua dari mRNA dalam daftar dengan situs A akan mengikat spesifisitas
aminoasil-tRNA di situs tersebut dan mengatur untuk tahap kedua dalam sintesis polipeptida
yaitu perpanjangan (Elongasi) rantai polipeptida.

2. Pemanjangan rantai polipeptida

Proses Pemanjangan rantai polipeptida pada dasarnya sama antara prokariota

dan eukariota. Penambahan masing-masing asam amino ke polipeptida tumbuh terjadi dalam
tiga langkah: (1) pengikatan suatu aminoasil-tRNA ke situs A ribosom, (2) transfer rantai
polipeptida dari tRNA di situs P ke tRNA di situs A dengan pembentukan ikatan peptida baru,
dan (3) translokasi ribosom sepanjang mRNA ke positus kodon berikutnya dalam situs A.

Pada langkah pertama, sebuah aminoasil-tRNA masuk dan menjadi terikat pada situs A
dari ribosom, dengan tempat spesifik yang disediakan oleh kodon mRNA dalam situs A. Tiga
nukleotida dalam antikodon masuk dari aminoasil-tRNA harus berpasangan dengan
nukleotida dari kodon mRNA di lokasi A. Langkah ini membutuhkan faktor elongasi Tu
membawa molekul GTP (EF-Tu.GTP). GTP yang diperlukan untuk aminoasil-tRNA
mengikat di lokasi A tapi tidak dibelah sampai ikatan peptida terbentuk. Setelah pembelahan
GTP, EF-Tu.GDP dilepaskan dari ribosom. EF-Tu.GDP tidak aktif dan tidak akan mengikat
aminoasil-tRNA. EF-Tu.GDP dikonversi ke bentuk EF-Tu.GTP aktif oleh faktor elongasi Ts
(EF-Ts), yang menghidrolisis satu molekul GTP. EF-Tu berinteraksi dengan semua aminoasil-
Trna kecuali methionyl-tRNA.

Langkah kedua dalam perpanjangan rantai polipeptida adalah pembentukan ikatan

peptida antara gugus amino dari aminoasil-tRNA di situs A dan ujung karboksil rantai
polipeptida pada tRNA di situs P dengan melepaskan tRNA di situs P dan bergabung dengan
rantai ke tRNA di situs A. Reaksi kunci ini dikatalisis oleh transferase peptidil, kegiatan
enzimatik dibangun ke dalam subunit 50S ribosom. Aktivitas peptidil transferase berada
dalam molekul 23S rRNA bukan di protein ribosom.
 Selama langkah ketiga dalam rantai perpanjangan, peptidil-tRNA hadir di situs A
ribosom translokasi ke situs P, dan tRNA bermuatan di situs P akan bertranslokasi ke situs E,
sebagai ribosom bergerak tiga nukleotida terhadap akhir molekul 3mRNA. Langkah
translokasi membutuhkan GTP dan elongasi faktor G (EF-G). Ribosom mengalami
perubahan konformasi selama proses translokasi, hal itu menunjukkan bahwa mungkin terjadi
pergerakan maju-mundur sepanjang molekul mRNA. Energi untuk pergerakan ribosom
disediakan oleh hidrolisis GTP. Translokasi peptidil-tRNA dari situs A ke situs P akan
meninggalkan situs A dan ribosom siap untuk memulai siklus berikutnya perpanjangan.

3. Terminasi rantai polipeptida

Polipeptida perpanjangan rantai polipeptida mengalami pemutusan ketika salah satu

dari tiga kodon rantai-terminasi (UAA, UAG, atau UGA) memasuki situs A pada ribosom.
Ketiga kodon berhenti diakui oleh protein larut yang disebut faktor rilis (RFS). Pada E. coli,
ada dua faktor rilis, RF-1 dan RF-2. RF-1 mengakui kodon terminasi UAA dan UAG; RF-2
mengakui UAA dan UGA. Pada eukariota, faktor merilis single (eRF) mengakui ketiga kodon
terminasi. Kehadiran faktor rilis di situs A mengubah aktivitas peptidil transferase sehingga
hal itu menambah molekul air ke ujung karboksil dari polipeptida baru lahir. Reaksi ini
melepaskan polipeptida dari molekul tRNA di situs P dan memicu translokasi dari tRNA
gratis ke situs E. Pemutusan selesai dengan keluarnya molekul mRNA dari ribosom dan
disosiasi ribosom menjadi subunit nya. Subunit ribosom kemudian siap untuk memulai
putaran lain dari sintesis protein, seperti yang dijelaskan sebelumnya.

Daftar Pustaka

Snustad, D.P. dan Simmons, M.J. 2012. Principles of Genetics 6th edition. USA: John Wiley
and Sons.Inc. (ebook).

Pertanyaan:

Bagaimana inisiator Trna khusus pada Eukariot?

Jawaban: Seperti prokariota, eukariota mengandung tRNA inisiator khusus, tRNA iMet ("i"
untuk inisiator), tetapi kelompok amino dari methionyl-tRNAi Met tidak dirumuskan.
Inisiator methionyl- tRNAiMet berinteraksi dengan faktor inisiasi larut dan memasuki situs P
langsung selama proses inisiasi, seperti di E. coli. Pada eukariota, protein cap-binding (CBP)
berikatan dengan guanosin cap 7-metildi 5 terminus dari mRNA. Kemudian, faktor inisiasi
lainnya mengikat CBP-mRNA kompleks, diikuti oleh (40S) subunit kecil ribosom. Seluruh
kompleks inisiasi bergerak 5 3 sepanjang molekul mRNA untuk mencari kodon AUG.