DARI RNA KE PROTEIN

Roga F. Kembaren, M.Si.

 TRANSLASI

 Proses sintesis protein berdasarkan

informasi yang ada pada mRNA

= konversi informasi genetik dari “bahasa”

asam nukleat ke “bahasa “ protein
KODE GENETIK / TABEL KODON
Kodon / Kode Genetik

• Protein disusun oleh 20 asam amino.

• Urutan 3 nukleotida digunakan sebagai kode untuk setiap
asam amino yang disebut sebagai kodon.
• Kodon pemula (start codon) AUG mengkode asam amino
metionin.
• Ada 3 kodon stop, UAA, UAG dan UGA.
• Terdapat 64 kode genetik; 43 = 64
• Beberapa kodon yang berbeda dapat mengkode asam
amino yang sama.
• Kodon selalu ditulis dalam bentuk transkrip mRNA dari
DNA asalnya.
• Kode genetik adalah universal; sama pada semua
organisme, dari bakteri sampai mamalia
 EUKARIOT

PROKARIOT
Komponen translasi:
• mRNA
• Ribosom
• Situs pengikatan ribosom (prokariot)
• Kodon pemula (start codon)
• Faktor inisiasi
• Faktor elongasi
• tRNA
• GTP, ATP
• Kodon stop
• Release factor
3 jenis RNA yang berperan dalam translasi:

• mRNA yang merupakan blueprint” untuk

membuat protein.

• rRNA (ribosomal RNA) yang merupakan

tempat membuat (construction site) protein.

• tRNA merupakan pembawa (truck) yang

membawa asam amino tertentu kepada
tempat berlangsungnya sintesis protein.
Messenger RNA (mRNA):
 membawa informasi genetik yang ditranskripsi dari
DNA dalam bentuk 3 urutan nukleotida (kodon),
setiap kodon mengkode asam amino tertentu.

 64 kodon = 61 mengkode asam amino

(termasuk kodon pemula) dan
3 kodon stop

Walaupun ada 64 kodon, hanya terdapat 35 - 45 tRNA, karena

beberapa antikodon berpasangan lebih dari satu kodon.

Sintesis protein pada prokariot dan eukariot dimulai

dengan asam amino metionin (AUG)
Pada mRNA prokariot (bakteri) terdapat:
- Ribosom Binding Site (RBS)
urutan: 5’-AGGAGG-3’ (urutan Shine-Dalgarno)
- berlokasi di hulu ujung 5’ kodon pemula.
- komplemen terhadap urutan nukleotida pendek
dekat ujung 3’ dari 16S rRNA
 RNA ribosom (rRNA)

 bersosiasi dengan sejumlah protein

 bergerak sepanjang molekul RNA, mengkatalisis
perangakaian asam amino menjadi rantai
polipeptida.
 berikatan dengan tRNA dan berbagai komponen
yang berperan pada sintesis protein.
 Ribosom tersusun dari subunit besar dan kecil.
 Ribosom memiliki situs pengikatan terhadap
mRNA dan tRNA.
Ribosom : terdiri dari rRNA dan protein

Prokariot : 70S Eukariot : 80S

5s rRNA
6s rRNA 5,8s rRNA
23s rRNA 28s rRNA
50S 34 protein 49 protein
60S

30S 16s rRNA 40S 18s rRNA

21 protein 33 protein

Susunan ribosom prokariot dan eukariot

S (unit Svedbergs) adalah ukuran sedimentasi

Ribosom yang aktif memiliki
3 situs pengikatan:
• Situs P (peptide site)
tempat aa-tRNA dan
rantai asam amino.
• Situs A (acceptor site)
tempat tRNA membawa
asam amino berikutnya
untuk ditambahkan pada
rantai polipeptida
• E (exit site),
yang melepaskan tRNA
(tRANtanpa aa) kembali ke
sitoplasma.
• Transfer RNA (tRNA):
 kunci pengurai kodon.
 setiap asam amino memiliki tRNA
sendiri.
 tRNA membawa antikodon yang
dapat berpasangan dengan
kodon yang komplemen yang
terdapat pada mRNA.
 Urutan antikodon ditulis dengan
arah 3’ → 5.
 Pada ujung 3’ tRNA terdapat
situs penempelan asam amino
tertentu yang dikode oleh kodon
pada mRNA.
David P.Clark and Nanette J. Pazdernik, 2013. Molecular Biology 2nd ed.
Sebelum translasi dimulai:

 asam amino spesifik berikatan pada tRNA yang

spesifik untuk asam amino tertentu.

 pengikatan asam amino pada tRNA-nya dibantu

oleh enzim aminoasil-tRNA sintetase (aaRS)
yang adalah enzim spesifik untuk asam amino
tertentu.
Masing-masing enzim aaRS secara spesifik
hanya mengenali 1 asam amino dan satu tRNA.
 Memuat tRNA dengan asam amino
aminoasil-tRNA
Asam amino + tRNA + ATP sintetase
Aminoasil-tRNA + AMP + PPi

• Pengikatan asam amino

pada adenosin monofosfat
(AMP) menghasilkan
aminoasil-AMP atau
aminoasil adenilat.

• Asam amino ditransfer ke

gugus hidroksil ribosa pada
ujung 3’ tRNA
menghasilkan AMP sebagai
produk samping.

David P.Clark and Nanette J. Pazdernik, 2013. Molecular Biology 2nd ed.
 Proses Translasi
1. mRNA berikatan dengan ribosom subunit kecil.
2. tRNA membawa asam amino ke ribosom dimana
antikodon pada tRNA berikatan dengan kodon pada
mRNA.
3. Asam amino berikatan dengan asam amino
sebelumnya membentuk rantai polipeptida.
4. tRNA tanpa asam amino dilepaskan dari ribosom.
5. tRNA yang membawa asam amino lainnya berikatan
dengan ribosom untuk pembentukan molekul protein.
Pada sel eukariot: mRNA terbentuk di dalam inti, tapi
proses translasi terjadi di sitoplasma sehingga mRNA
harus meninggalkan inti dan bermigrasi ke sitoplasma
untuk proses translasi.
 Proses translasi pada bakteri
A. tRNA yang membawa asam amino
membentuk kompleks dengan EF-Tu
dan GTP dan memasuki situs A
ribosom.

B. Peptidiltransferase (23sRNA yang

terdapat dalam ribosom 50S)
mengkatalisis pembentukan ikatan
peptida antara ujung karboksil
polipeptida yang ada pada situs P
dengan ujung amino dari asam amino
yang dibawa tRNA pada situs A.

C. EF-G mengkatalisis translokasi tRNA

dari situs A ke situs P sehingga ada
tempat pada situs A bagi aminoasil-
tRNA lainnya. Akhirnya, tRNA yang
berada pada situs P memutuskan
polipeptidanya dan berpindah ke situs
E sebelum meninggalkan ribosom.
Larry Snyder et al.2013. Molecular Genetics of Bacteria 4th ed.
Keseluruhan proses translasi terbagi ke
dalam 3 tahap:

•Inisiasi

•Elongasi

•Terminasi
 Tahap Inisiasi Translasi
 Terbentuk kompleks inisiasi yang terdiri dari:

Prokariot : Eukariot :
AUG (kodon start) AUG (kodon start)
faktor insiasi IF1,IF2, IF3 faktor inisiasi, IF1, IF2,
tRNA fMet (N-Formilmetionin) IF3, IF4, IF5
GTP tRNA Met (Metionin)
GTP dan ATP

30S 40S
 Pada bakteri: tRNA inisiator membawa N-Formil metionin
• Pasangan basa ACCA pada tRNA diperlukan untuk proses formilasi.
• tRNA inisiator harus langsung memasuki situs P, yang membutuhkan
tiga pasangan basa GC pada daerah antikodon.
• tRNA inisiator pertama-tama berikatan dengan metionin yang tidak
termodifikasi.
• Gugus formil yang berasal dari kofaktor tetrahidrofolat ditambahkan
pada metionin.

Clark and Pazdernik, 2013, Molecular Biology 2nd ed.

 Tahap Inisiasi Translasi pada Bakteri
INISIASI TRANSLASI PADA PROKARIOT
 Tahap Inisiasi Translasi pada Bakteri
INISIASI TRANSLASI PADA PROKARIOT

1. Faktor inisiasi IF3 berikatan pada subunit 30s.

2. IF1 berikatan pada situs A untuk memblok situs A.
3. Terbentuk kompleks antara fMet-tRNAfMet, IF2 dan
GTP.
4. Kompleks fMet-tRNAfmet-IF2-GTP berikatan pada
situs P dan daerah inisiasi pada mRNA.
5. IF1 dan IF3 dilepaskan. Pemutusan GTP dari IF2
memposisikan fMet-tRNAfmet pada inisiasi kodon
yang ada pada situs P kemudian berikatan dengan
subunit 50S.
IINISIASI TRANSLASI PADA EUKARIOT
Inisiasi translasi pada eukariot
1.Pembentukan kompleks pre-inisiasi.
2. Kompleks mRNA-eIF4 berasosiasi dengan
kompleks pre-inisiasi melalui interaksi subunit
eIF4G dan eIF3 membentuk kompleks inisiasi
3. Kompleks insiasi akan memindai (scanning)
mRNA dengan eIF4A yang memiliki aktivitas
helikase menggunkan energi dari hidrolisis
ATP untuk membuka struktur sekunder RNA.
Proses scanning akan berhenti ketika
antikodon tRNA1Met mengenali kodon inisiasi
AUG pada mRNA.
4. Ketika ribosom sub unit kecil yang berikatan
dengan Met-tRNA1Met telah berikatan dengan
kodon AUG, maka akan berasosiasi dengan
ribosom subunit besar membentuk ribosom
80S yang membutuhkan faktor inisiasi eIF5
dan hidrolisis GTP.
Lodish et al. 2008. Molecular Biology 6th ed
Pada awal translasi asam amino pertama (fMet / Met)
langsung masuk ke situs P

A = situs tRNA aminoasil

P = situs tRNA peptidil
TAHAP ELONGASI

• tRNA yang telah diaktivasi masuk ke

situs A.

• Terbentuk ikatan peptida (dikatalisa

oleh enzim peptidil transferase).

• Translokasi tRNA dari situs A ke P.

• Kodon baru terbuka pada situs A.

• Pelepasan tRNA yang sudah tidak

membawa asam amino.

Lodish et al. 2008. Molecular Cell Biology 6th ed

 Reaksi peptidil transferase
pada tahap elongasi translasi:

Ikatan peptida terbentuk antara

ujung karboksil dari rantai peptida
yang ada pada situs P dengan
gugus amino dari aa-tRNA yang
ada pada situs A.

Larry Snyder et al. 2013. Molecular Genetics of Bacteria 4th ed.

 TAHAP TERMINASI TRANSLASI
 Translasi berhenti pada saat ribosom mencapai kodon stop.

 Prokariot dan eukariot tidak memiliki tRNA dengan antikodon yang

komplemen dengan sinyal terminasi, tetapi memiliki faktor terminasi
(release factor, RF) yang mengenali sinyal terminasi sintesis protein.

 Prokariot memiliki dua faktor terminasi: RFI yang mengenali kodon UAA
dan UAG; dan RF2 yang mengenali kodon UGA dan UAA.

 Eukariot hanya memiliki satu faktor terminasi yaitu RF yang mengenali

ketiga kodon stop UAG, UAA dan UGA.

 RF berikatan dengan kodon terminasi pada situs A ribosom dan

menstimulasi hidrolisis ikatan tRNA dan rantai polipeptida pada situs P
yang menyebabkan rantai polipeptida lepas dari ribosom.

 tRNA dilepaskan serta subunit ribosom dan templat mRNA berdisosiasi.

• Terminasi translasi pada kodon stop.
• Release factor (RF) spesifik berinteraksi dengan ribosom yang
berhenti pada stop kodon, kemungkinan melalui pasangan spesifik
antara asam amino pada RF dan kodon stop.
• Translokasi oelh EF-G menyebabkan disosiasi ribosom dari mRNA
dengan bantuan ribosom release factor (RRF)
Larry Snyder et al. 2013. Molecular Genetics of Bacteria 4th ed.