Sintesis Protein

Finna Piska
 Biokimia memberikan banyak
penjelasan pada banyak aspek
kesehatan dan penyakit.
Bio = hidup, bergerak, makhluk
hidup; kimia = reaksi, zat-zat,
proses.
Biokimia adalah ilmu atau studi ilmiah yang
mempelajari proses, reaksi zat-zat kimia
penyusun tubuh, hingga dalam sel makhluk
hidup.
E.g:
• Asam nukleat = penyakit genetik.
• Protein = kelainan pada bentuk sel darah (hemoglobin).
etc.
 Sintesis Protein

Apa itu protein?

Perlukah sintesis protein?

Apa fungsi bagi makhluk hidup?

Apakah ada hubungan antara sintesis

protein dengan warna dan bentuk rambut
dari seseorang?
Protein
Protein adalah makromolekul
yang terbentuk dari 2 – 3 ribu
polipeptida yang terdiri dari asam
amino – asam amino yang
terangkai melalui ikatan peptida
Protein Peptida Asam amino

Puluhan asam amino

Terdiri dari gugus amino, karboksil, dan R

(berbeda berdasarkan ukuran, struktur,
muatan elektron, kelarutan dalam air)
Sintesis protein diawali atau diatur oleh DNA, terjadi
di ribosom dalam sitoplasma di dalam sel, melibatkan
retikulum endoplasma untuk modifikasi protein.

DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) merupakan double

helix yang terdiri dari unit-unit nukleotida, dimana
ikatan ganda terbentuk dengan ikatan hidrogen,
sementara unit-unit nukleotida di setiap rantai
berikatan antara gugus pospat dari 5’ ribosa dengan
gugus hidroksil dari 3’ ribosa. Rantai ganda berbentuk
antiparalel, yaitu berbeda arah 5’ ke 3’ dan 3’ ke 5’.
 Di dalam DNA
terdapat gen yang
merupakan pembawa
sifat. Untaian dari
gen tersebut disebut
kode genetik, dimana
dari daerah kode
genetik ini akan
diturunkan sifat dari
produk protein yang
akan dihasilkan
 Nukleotida adalah unit gabungan dari basa heterosiklik (purin atau
pirimidin) dan gula ribosa atau deoksiribosa yang diikat dengan ikatan
N-beta-glikosidik, dan terdapat gugus pospat yang terdapat di 5’ gula
pentosa (ribosa/deoksiribosa).
Pembentukan protein baru dalam
sel tubuh makhluk hidup dimulai
dari proses yang disebut “Dogma
sentral”. Dogma sentral dimulai
dari replikasi DNA pengkode
genetik menjadi RNA lalu
menjadi Protein. RNA yang
komplementer yang membawa
sifat gen dari DNA yang akan
meneruskan menjadi protein.

DNA template (cetakan) yang

akan diteruskan ke DNA turunan
Replikasi DNA terjadi karena untaian double
helix yang terkuak (unwinding), lalu masing-
masing 1 rantai DNA akan menjadi DNA
template (cetakan) untuk sintesis 1 rantai
DNA yang baru (1 untaian turunan). Cetakan
akan menghasilkan Kode Komplementer dari
nukleotida 1 rantai DNA melalui ikatan
hidrogen (seperti pada gambar)
Setelah rantai ganda DNA terkuak, maka terjadi proses
sintesis RNA berdasarkan DNA template (1 rantai
DNA induk), dimana terdapat gen pengkode sintesis
protein. RNA pada proses ini adalah mRNA. mRNA
merupakan untaian RNA yang komplementer dengan
1 untaian DNA induk, membawa kode genetik untuk
sintesis protein sebagai produk akhir.
Proses ini disebut translasi.
Pada ribosom 30S subunit, terdapat RNA, sehingga terbentuk
kompleks antara protein dari ribosom dengan RNA. Protein
yang berikatan dengan RNA tersebut berukuran 16S, jadi 16S-
rRNA. 16S-rRNA tersebut umumnya terdiri dari 3 nukleotida
yaitu Adenin 1492, Adenin 1493, dan Guanin 530. RNA ini
disebut rRNA (RNA ribosom), berfungsi untuk menstabilkan
ikatan nukleotida dari antikodon (tRNA) dengan nukleotida
dari kodon (mRNA).
 tRNA merupakan untaian RNA yang berfungsi
menterjemahkan untaian kode genetik dari mRNA, membaca
susunan nukleotida pada mRNA dari 3’ ke 5’ dan memberi
sinyal ke enzim aminoasil-tRNA-sintetase untuk
menghasilkan asam amino sesuai kode. Proses ini disebut
transkripsi. Di dalam untaian trna terdapat antikodon yang
membaca atau mengartikan nukleotida yang ada pada mrna.
(A) Tiga situs ribosom yang terikat dengan tRNA. A site untuk
mengikat aminoasil, P site untuk mengikat peptida yang
terbentuk, E site untuk melepas peptida-peptida yang sudah
disintesis. (B) Pada A site dan P site terdapat mRNA, di kedua
situs ini terjadi pengikatan kodon yang ada pada mRNA dan
antikodon pada tRNA.
 Kodon adalah 3
nukleotida yang
merupakan
pengkode untuk
mengsintesis asam
amino. Kodon
terdapat pada
mRNA.
Jika sudah membaca 3
kodon awal (AUG)
maka tRNA enzim
aminoasil-tRNA-
sintetase akan
meriliskan asam
amino awal (metionin)
sebagai awal
mengsintesis peptida.
 Proses translasi terjadi di ribosom 30S (atau
subunit kecil dari ribosom). Pada 30S ini
terdapat 3 protein yang disebut Initiation factors
yaitu IF1, IF2, dan IF3.
IF1 dan IF3 akan membentuk kompleks dengan
30S ribosom. Kompleks tersebut menjadi awal
dibawanya mRNA dan tRNA inisiator
(formilmetionil-tRNA) dan mencegah 30S
subunit berikatan dengan 50S subunit ribosom.
IF1 akan mengarahkan tRNA inisiator ke P site.
Setelah terbentuk kompleks, IF2 berikatan
dengan GTP, lalu kedua kompleks tersebut
secara keseluruhan berikatan dengan rRNA
(30S initiator complex), dimana secara
keseluruhan IF2 membantu kinerja dari rrna
untuk menstabilkan koneksi antara kodon dan
antikodon.
Setelah itu IF1 dan IF3 lepas, dan IF2
menstimulasi 50S subunit untuk bergabung
dengan 30S subunit membentuk kompleks 70S.
Fase inisiasi Kemudian GTP terhidrolisis saat kompleks 30S-
50S terbentuk. Setelah kompleks terbentuk IF2
 Kompleks 70S yang terbentuk mengawali
fase elongasi. tRNA inisiator (tRNA awal)
yang sudah di posisi P site maka itu
menunjukkan bahwa antikodon pada tRNA
sudah berikatan dengan mRNA, kodon
inisiator (kodon awal) sudah ditemukan, yaitu
AUG, dan asam amino awal terbentuk
metionin. Pada proses ini A dan E site pada
ribosom akan kosong. A site akan diisi
dengan asam amino yang sesuai dengan kode
dari kodon dari mRNA. Untuk membuat
ikatan peptida antar asam amino yang
dihasilkan di P site, maka asam amino yang
ada di A site harus dilepaskan dahulu dari
aminoasil-tRNA-sintetase dengan bantuan
EF-Tu. EF-Tu yaitu Elongation Factor-Tu
merupakan protein yang berasosiasi di rRNA
(16 RNA) di ribosom 30S subunit. Proses ini
akan berkelanjutan jika ditemukan kodon
pengkode asam amino pada untaian mRNA. Fase elongasi
tRNA inisiator pada P site berikatan dengan asam amino dari
A site secara konstan dikatalisis oleh situs (site) peptidyl
transferase center yang ada di 23 rRNA dari subunit 50S.
Enzim ini terletak di bagian dalam 50S subunit berdekatan
dengan jalur tempat peptida yang baru disintesis. Dengan
50S dan 30S yang sudah menjadi kompleks, maka ujung dari
tRNA dan peptida yang sudah terbentuk pada P site berada di
ribosom 50S.
Aminoasil yang sampai karena kode dari kodon langsung menempel di
A site (1).
Aminoasil yang baru tersebut berikatan dengan asam amino lainnya
membentuk ikatan peptida (2).
Sintesis protein tidak akan terjadi jika tidak adanya translokasi atau
pergeseran mRNA dan tRNAs yang ada di ribosom. Pergeseran ini
terjadi dengan adanya katalisis oleh Elongation factor G (EF-G).
Dengan adanya pergeseran ini maka A site akan berada di kodon
selanjutnya untuk mendatangkan aminoasil-tRNA yang baru (3).
Sementara itu trna yang sudah melepaskan asam amino ke P site akan
berpindah ke E site untuk dikeluarkan dari ribosom, untuk kemudian
melakukan siklus sintesis kembali (4).
Akhir dari fase elongasi adalah fase terminasi. Di dalam sel
normal, tidak ada antikodon yang komplementer dengan
kodon stop (UAA, UGA, atau UAG). Oleh karena itu untuk
mengenali kodon-kodon tersebut maka dikatalisis dengan
Release factors (RFs), terdapat RF1, RF2, dan RF3. RF1
untuk mengenali UAA atau UAG, sedangkan RF2 untuk
mengenali UAA atau UGA. Sementara RF3 untuk
mengeluarkan RF1 dan RF2 dari ribosom pada saat sintesis
protein yang baru dimulai.

Fase terminasi
 RF1 atau RF2 mengenali adanya kodon stop dan menstimulasi
melepaskan protein yang sudah komplit dari tRNA yang ada di P
site. RF merupakan protein padat, yang pada saat berada di
dalam ribosom maka lipatan dari proteinnya akan terbuka
(unfold) dan membentuk jembatan antara kodon stop dengan
peptidyl transferase center pada 50S subunit.
 RF akan berinteraksi dengan peptidyl
transferase center dan menyebabkan
molekul air memutus rantai ester dari
sehingga polipeptida menjadi bebas dan
keluar dari ribosom.
Peptida yang telah menjadi
untaian ribuan ikatan
peptida akan menjadi
protein primer, sekunder,
tersier, hingga
quarternerner. Dan pada
posttranskripsi akan
dihasilkan protein yang
akan berikatan dengan
senyawa lain yang tentunya
memiliki fungsi tertentu.
 Sintesis protein pada sel eukariot lebih rumit dan membutuhkan
protein yang lebih banyak dibandingkan pada proses sintesis protein
prokariot.

Ribosom pada eukariot lebih besar ukuran subunitnya dibandingkan

pada prokariot
 tRNA inisiator pada proses translasi yaitu metionin-tRNA.

Initiator factor pada sel eukariot yaitu eIF-2, yang berikatan dengan
kompleks dari 40S-Met-tRNA. Kompleks ini disebut 43S
preinitiation complex (PIC). Initiator factor Eif-4E berikatan pada 5’
cap pada mRNA dan menstimulasi agar PIC berikatan pada mRNA.
Pemindaian AUG hingga kodon lainnya dikatalisis oleh helikase yang
menelusuri mrna dan dibantu dengan adanya ATP yang dilepaskan
menjadi ADP+P1.

Translasi mRNA pada sel eukariot dimulai dengan cara ditransferkan

ke sitoplasma, sedangkan pada prokariot transkripsi hingga translasi
berada di ribosom.
 Bentuk struktur dari mRNA pada saat proses transkripsi yaitu
berbentuk sirkular, hal ini dikarenakan eIF-4G berikatan di 5’ cap
mRNA yang terdapat eIF-4E mengikat ujung dari mrna yaitu 3’
poly(A) tail.

Protein elongation factor pada fase elongasi berupa EF1α dan EF1βγ.
Terminasi dibantu oleh eRF1. Proses translasi ini terjadi dnegan
membentuk kompleks dengan organel sitoskeleton.
 Pada umumnya sintesis protein terjadi di ribosom, lalu ribosom
tersebut diarahkan ke retikulum endoplasma. Pada saat ribosom
menempel di RE, rantai panjang polipeptida dibawa ke lumen dari
RE. Proses tranfer ini terjadi di sitoplasma, setelah itu proses
translokasi terjadi di dalam lumen RE.

Translokasi ini terjadi dengan beberapa komponen.

• Sinyal sekuens. Yaitu biasanya terdiri dari 9 – 12 residu asam
amino yang bersifat hidrofobik. Terkadang juga terdapat residu
yang bermuatan positif. Sinyal ini menandakan untuk membentuk
protein baru, lalu sinyal peptidase akan memotong sekuens
tersebut.
• Signal-Recognition Particle (SRP). SRP ini akan mengenali sinyal
sekuens, dan mengikat sekuens tersebut dan ribosom selama itu
sekuens tersebut akan keluar dari RE. SRP akan mengelilingi
ribosom dan polipeptida yang baru ke membran RE.
• SRP Receptor. SR merupakan protein dalam membran protein integral
yang terdiri dari SRα dan SRβ. SR ini akan mengikat kompleks SRP-
ribosom pda saat berdifusi ke RE.
• Translocon. Kompleks SRP-SR membawa ribosom ke translocon,
berupa multisubunit gabungan dari integral dan periferal membran
protein. Translocon ini berupa protein yang berbentuk saluran.
Saluran ini akan terbuka saat translocon berikatan dengan ribosom.
Sintesis protein berlangsung saat rantai polipeptida yang dihasilkan
dari ribosom terus memanjang melewati saluran translocon masuk ke
lumen RE.
 Protein yang sudah disintesis
dan dimodifikasi menjadi
bentuk dimensinya di RE
dibawa oleh transport vesikel,
yaitu potongan bagian dari Re
yang berfungsi untuk membawa
dan mendepositkan protein ke
kompleks badan golgi. Selama
proses transfer oleh transport
vesikel modifikasi protein (ex:
dengan karbohidrat) terjadi.
Setelah di badan golgi maka
protein akan ditransfer ke
tempat tujuan akhir seperti:
• Lisosom
• Keluar sel
• Membran plasma