TUGAS BIOKIMIA

NAMA : MERLY MIRA MANGIRANG

NIM : 17 506 005

KELAS : PENDIDIKAN KIMIA/A

PERBEDAAN ATG dan AUG

Kodon (kode genetic) adalah deret nukleotida pada mRNA yang terdiri atas kombinasi
tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu sehingga sering disebut
sebagai kodon triplet. Asam amino yang disandikan misalnya metionin oleh urutan nukleotida
ATG (AUG pada RNA). Banyak asam amino yang disandikan oleh lebih dari satu jenis kodon.
Kodon berada pada molekul mRNA. Penerjemah menjadi protein dilakukan pada ruas penyandi
yang diapit oleh kodon awal (AUG) dan kodon akhir (UAA, UAG, UGA), ruas ini disebut gen.

kodon pada molekul mRNA dapat menyandi asam-asam amino dengan bantuan
interpretasi kodon oleh tRNA. Setiap tRNA membawa satu jenis asam amino sesuai dengan tiga
urutan nukleotida atau triplet yang disebut dengan antikodon yang berada pada simpul antikodon
tRNA. Antikodon mengaitkan diri secara komplementer pada kodon di mRNA, sehingga asam
amino yang dibawah oleh tRNA sesuai dengan kodon yang ada pada mRNA.

Pesan genetic transalsi kodon demi kodon dengan cara tRNA membawa asam-asam
amino sesuai antikodon yang komplementer dengan kodon dari ribosom menyambungkan asam-
asam amino tersebut menjadi suatu rantai polipeptida. Ribosom menambah tiap asam amino
yang dibawah oleh tRNA ke ujung rantai polipeptida yang sedang tumbuh.
 Gambar kodon RNA

Kodon awal merupakan kodon pertama yang diterjemahkan pada translasi atau disebut juga
kodon inisiasi (AUG yang menyandikan metionin). Selain kodon inisiasi, untuk memulai
translasi diperlukan juga sekuen atau situs yang disebut shine-dalgarno untuk pengenalan oleh
ribosom yang juga dibantu oleh factor inisiasi (berupa tiga jenis protein).

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida/kode-kode genetik yang ada pada
molekul mRNA menjadi urutan rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida
atau protein, (Yuwono, T. 2005).

Pada proses translasi hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi, yaitu dilakukan secara hampir serentak dengan proses transkripsi, artinya sebelum
transkripsi selesai maka proses translasi sudah dimulai. Hal ini disebabkan oleh perbedaan dalam
hal struktur sel prokaryot sangat sederhana dan belum ada pembagian ruang sehingga molekul
DNA genom berada di dalam sitoplasma bersama-sama dengan komponen sel yang lain. Dengan
demikian, molekul mRNA hasil transkripsi dapat langsung melakukan kontak dengan ribosom
sebelum untaian mRNA tersebut selesai disintesis.

Translasi dapat berlangsung memerlukan 3 komponen:

Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam
bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka), didalamnya terdapat rangkaian
kodon-kodon yang akan diterjemahkan.

Molekul tRNA merupakan pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai
polipeptida, tRNA sebagai penterjemah, yang membawa antikodon.

Ribosom merupakan tempat penterjemahan berlangsung/proses translasi, disusun oleh molekul

rRNA dan beberapa macam protein, ribosom tersebar diseluruh bagian sel.

ORF dicirikan oleh:

Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA).

Terdapat serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon yang dibaca tiap tiga
nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon
metionin (ATG pada DNA atau AUG pada mRNA).

Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada mRNA), atau TGA
(UGA pada mRNA).

Translasi, atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam ribosom, suatu struktur
organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri atas dua subunit, besar dan
kecil, yang akan menyatu selama inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai.
Ukuran ribosom sering dinyatakan atas dasar laju pengendapannya selama sentrifugasi sebagai
satuan yang disebut satuan Svedberg (S). Pada jasad prokaryot, subunit kecil mempunyai
koefisien sedimentasi sebesar 30S sedangkan subunit besar berukuran 50S, tetapi pada saat
kedua unit tersebut bergabung koefisien sedimentasinya adalah 70S, sedangkan pada jasad
eukaryot, subunit kecil berukuran 40S, sedangkan subunit besar berukuran 60S, tetapi pada saat
kedua unit tersebut bergabung koefisien sedimentasinya adalah 80S. Tiap ribosom mempunyai
dua tempat pengikatan tRNA, yang masing-masing dinamakan tapak aminoasil (tapak A) dan
tapak peptidil (tapak P). Molekul aminoasil-tRNA yang baru memasuki ribosom akan terikat di
tapak A, sedangkan molekul tRNA yang membawa rantai polipeptida yang sedang diperpanjang
terikat di tapak P. Gambaran penting sintesis protein adalah bahwa proses ini berlangsung
dengan arah tertentu sebagai berikut.

Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5’→ 3’, tetapi tidak dari ujung 5’ hingga ujung 3’.
Polipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan menambahkan asam-asam
amino satu demi satu ke ujung karboksil. Sebagai contoh, sintesis protein yang mempunyai
urutan NH2-Met-Pro-Gly-Ser-COOH pasti dimulai dengan metionin dan diakhiri dengan serin

1. Inisiasi (initiation)
Tahap pertama pada inisiasi dimulai dengan disosiasi/pemisahan ribosom 70S menjadi subunit
besar (50S) dan subunit kecil (30S) dengan menggunakan faktor IF-1, kemudia pada tahapan
inisiasi ini subunit ribosom 30S terbebas dari ikatan dengan subunit 50S melalui interaksinya
dengan protein IF-3, kemudian terjadinya penggabungan mRNA, subunit 30S, dan
formilmetionil-tRNAf (fMet-tRNAf) membentuk kompleks inisiasi 30S dengan membutuhkan
GTP (guanosin triphosphat) dan beberapa protein/faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3) yang
dilakukan oleh IF-2, IF-3. IF-3 tersebut akan mengikat pada subunit 30S (ribosom kecil), setelah
kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S (ribosom besar) bergabung dan
membentuk kompleks inisiasi 70S dengan menggunakan energi hasil hidrolisis GTP yang terjadi
pada waktu IF-1, IF-2 dan IF-3 terlepas dari kompleks, kompleks inisiasi 70S inilah yang siap
melakukan proses pemanjangan polipeptida.

kompleks, kompleks inisiasi 70S inilah yang siap melakukan proses pemanjangan polipeptida

2. Pemanjangan (elongation)

Proses pemanjangan polipeptida secara umum mempunyai mekanisme 3 tahapan:

1) pengikatan aminoasil –tRNA pada sisi A yang ada di ribosom,

2) pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A
dengan membentuk ikatan peptide,

3) translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di sisi A.

Di dalam kompleks ribosom, molekul fMet-tRNAf Met menempati sisi P (peptidil), sisi yang
lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong pada saat awal sintesis protein.
Berpasangannya triplet kodon inisiasi (AUG/GUG) pada mRNA dengan antikodon pada
metionil-tRNAfMet di tapak P menentukan urutan triplet kodon dan aminoasil-tRNAfMet
berikutnya yang akan masuk ke tapak A. Pengikatan aminoasil-tRNAfMet berikutnya, misalnya
alanil- tRNAala, ke tapak A memerlukan protein-protein elongasi EF-Ts dan EF-Tu.
Pembentukan ikatan peptida antara gugus karboksil pada metionil-tRNAfMet di tapak P dan
gugus amino pada alanil-tRNAala di tapak A dikatalisis oleh enzim peptidil transferase, suatu
enzim yang terikat pada subunit ribosom 50S. Reaksi ini menghasilkan dipeptida yang terdiri
atas f-metionin dan alanin yang terikat pada tRNAala di tapak A. Langkah berikutnya adalah
translokasi, yang melibatkan (1) perpindahan f-met-ala- tRNAala dari tapak A ke tapak P dan (2)
pergeseran posisi mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang semula
berada di tapak A masuk ke tapak P. Dalam contoh ini triplet kodon yang bergeser dari tapak A
ke P tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. Triplet kodon berikutnya, misalnya penyandi
serin, akan masuk ke tapak A dan proses seperti di atas hingga translokasi akan terulang kembali.
Translokasi memerlukan aktivitas faktor elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan dengan
EF-G. Pemanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan terus berlangsung hingga suatu tripet
kodon yang menyandi terminasi memasuki tapak A, Sebelum suatu rantai polipeptida selesai
disintesis terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada f-metionin menjadi metionin. yang kemudia
berlanjut pada proses terminasi.
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga
kodon terminasi (UAA,UGA,UAG) yang ada pada mRNA
mencapai posisi A pada ribosom. Dimana RF1 yang mengenali
kodon UAA atau UAG sehingga rantai kodon tersebut akan
terlepas, kemudian RF2 akan mengenali kodon UAA atau
UGA sehingga rantai kodon tersebut terlepas. Proses terminasi
ditandai oleh terlepasnya mRNA, tRNA di tapak P, dan rantai
polipeptida dari ribosom. Selain itu kedua subunit ribosompun
memisah, pada terminasi diperlukan aktivitas dua protein yang
berperan sebagai faktor pelepas atau releasing factors, yaitu
RF-1 dan RF-2 yang bekerja sama dengan RF-3