Transfer (pemindahan) Informasi

Genetik pada Tingkat Sel

Oleh :
Dr. Rudy Hidana, S.Pd., M.Pd.
Aktifitas kehidupan pada tingkat sel/organisme diatur &
dikontrol melalui sistem distribusi informasi yang ada dalam
sel.

Informasi tersebut ada dalam bentuk materi materi

genetik.

Sistem distribusi informasi dalam materi genetik :

- Dari sel generasi satu ke sel generasi berikutnya pada
waktu pembelahan sel mitosis & meiosis.
- Diterjemahkan menjadi informasi bentuk lain dan
didistribusikan ke bagian-bagian sel atau lingkungan sel
diekspresikan tampak/terdeteksi sebagai fenotip.
Materi genetik (gen) adalah DNA :

Dibuktikan dengan percobaan oleh Griffith (1928),

Yacob dan Monod (1966), Hershey dan Chase (1972)

Struktur molekul DNA diformulasikan oleh Watson & Crick

(1951) Nobel prize 1955.

Molekul DNA mempunyai variasi ditentukan oleh jumlah dan

komposisi nukleotida yang menyusunnya.
a. Replikasi DNA

Materi genetik (DNA) direplikasi setiap kali sel

bermitosis informasi dalam DNA ditransfer ke sel
generasi baru berikutnya dengan materi (content)
yang sama seperti sel mula-mula (induk).

Replikasi DNA berlangsung secara semikonservatif :

- kedua untai DNA berpisah (unwinding)
untai ganda (dsDNA) untai tunggal (ssDNA)
- kedua ssDNA berlaku sebagai template (cetakan) untuk
sintesis DNA baru komplemennya.
- DNA generasi baru adalah dsDNA terdiri dari satu untai
DNA asal dan satu untai DNA baru hasil sintesis
keduanya identik dengan DNA mula-mula (parent DNA).

Replikasi DNA secara semikonservatif dibuktikan

dengan experimen oleh Messelson dan Stahl (1958).
Mekanisme replikasi DNA

Di dalam sel (in vivo) replikasi DNA melibatkan beberapa enzim

dan protein spesifik :
1. DNA helicase membuka dsDNA, menghasilkan 2 ssDNA
yang membentang 5 3 (lagging strand) dan 3 5
(leading strand). Kedua ssDNA distabilkan oleh single
strand binding protein (SSB) ssDNA menjadi lurus
& tidak membengkok penting untuk kerja enzim yang
mensintesis untai DNA baru.
2. DNA polimerase mensintesis untai DNA baru dengan meng
inkorporasikan dNTP ke ujung OH 3 primer atau nascent
DNA membentuk ikatan diester fosfat antara hidroksil
3 polinukleotida yang sudah terbentuk (nascent DNA)
dengan fosfat 5 nukleotida yang diinkorporasikan
DNA polimerase mensintesis untai baru dari 5 3 &
membaca template dari 3 5.
Sintesis DNA pada lagging strand berlangsung
melawan arah pembukaan dsDNA dilakukan
dengan membuat segmen-segmen DNA 5 3
menggunakan primer RNA disebut
fragmen Okazaki.

Fragmen-fragmen Okazaki dihubungkan oleh DNA

ligase sehingga terbentuk ssDNA baru yang
komplementer dengan DNA template (lagging strand).
b. Transkripsi

Informasi yang dibawa DNA ditransfer ke RNA pada waktu

transkripsi.

Transkripsi : sintesis RNA dengan menggunakan informasi

pada DNA template membuat poliribonukleotida
yang basa-basa nukleotidanya berkomplementasi
dengan DNA template.

Struktur molekul RNA :

- untai tunggal
- komponen gula nukleotida ribosa
- basa purin T pada DNA disubstitusi U
- mempunyai 3P bebas pada ujung 5 dan OH bebas
pada ujung 3.
- dapat terjadi komplementasi basa N intramolekul
membentuk dsRNA dalam molekul sendiri.
Reaksi-reaksi yang terjadi selama transkripsi :

1. Pembukaan dsDNA oleh RNA polimerase hingga dihasilkan

ssDNA salah satu ssDNA (sense DNA) berfungsi
sebagai cetakan (template) untuk sintesis RNA. ssDNA
yang lain (komplemen) adalah nonsense DNA.

2. RNA polimerase menginkorporasikan ribonukleotida tri P

/NTP (A, U, C, G) ke OH 3 bebas dengan membaca sikuens
nukleotida pada template DNA. A ditranskripsi menjadi U.

3. Transkrip (RNA) akan diproses menjadi RNA matur

sebelum sampai ke situs translasi di dalam sitoplasma :
- splicing mengeliminasi noncoding sequence (intron)
di dalam nukleus.
- penambahan poli A pada ujung 3 di dalam sitoplasma
- modifikasi beberapa nukleotida di dalam sitoplasma.
Pada eukariota ada 3 macam RNA yang didistribusikan ke
sitoplasma :
r RNA disintesis RNA polimerase I
mRNA disintesis RNA polimerase II
tRNA disintesis RNA polimerase III

Kode genetik

RNA yang membawa informasi dari DNA untuk diterjemahkan

dalam proses translasi adalah mRNA.

Kode dalam mRNA didesain menjadi 64 frasa (kata), setiap

frasa terdiri dari 3 sikuens nukleotida, disebut kodon
triplet basa nukleotida RNA.

Setiap kodon mengkode satu asam amino yang akan dipolimeri

sasikan waktu translasi.
64 kodon : 61 kodon ditranslasi
3 kodon UAA, UAG & UGA berfungsi sebagai
kodon stop menghentikan translasi.

Sintesis protein menginkorporasikan 20 asam amino;

kode genetik untuk translasi ada 61 beberapa kodon
berfungsi/mengkode satu asam amino disebut kodon
degenerasi (degenerate codon).

GUG & AUG mengkode metionin pada kodon inisiasi.

Bila berada ditengah (tidak diawal) kode genetik
GUG ditranslasi menjadi val
AUG ditranslasi menjadi met

Kodon (triplet basa N) & asam amino determinannya telah

disusun dan disajikan dalam tabel.
c. Translasi

Pemindahan/penterjemahan informasi genetik pada mRNA

menjadi sikuens asam amino polipeptida (protein)
dideterminasi pada sintesis protein.

Semua aktifitas kehidupan pada tingkat sel/organisme

didukung oleh protein yang berfungsi sebagai katalisator &
komponen utama sel sintesis protein adalah penting untuk
pengaturan aktifitas kehidupan sel/organisme.

Tahap akhir expresi gen adalah translasi kode genetik

menjadi untai polipeptida pada proses sintesis protein.
Mekanisme sintesis protein :

Melibatkan komponen sel di dalam sitoplasma :

a. mRNA transkrip yang membawa kopi informasi genetik
pada DNA dan telah dideterminasi dalam bentuk
kodon
b. tRNA ssRNA yang membentuk beberapa dsRNA dengan
komplementasi basa-basa nukleotida didalam untai
RNA itu sendiri sehingga membentuk struktur
clover leaf.
- mempunyai P bebas pada ujung 5
- mempunyai antikodon pada salah satu terminal
dsRNA dapat berkomplementasi dengan kodon
pada mRNA sesuai dengan asam amino yang
dibawanya.
- mempunyai sikuens CCA nonkomplementer pada
ujung 3. Nukleotida A (adenilat) pada ujung 3
mempunyai OH bebas yang mengikat gugus
c. Ribosom : - merupakan tempat (situs) berlangsungnya
sintesis protein.
- terdiri dari subunit besar (60S) dan subunit
kecil (40S) yang saling berhubungan pada
daerah dimana mRNA berinteraksi dengan
ribosom pada proses translasi.
- disusun oleh molekul rRNA dan protein
dengan komposisi tertentu. Komposisi pada
bakteri berbeda dengan pada eukariota.
- mempunyai satu binding site untuk mRNA
(template) dan dua binding site untuk tRNA.
tRNA yang datang membawa asam amino
akan menempati aminoacyl site (situs A) &
tRNA yang telah membawa polipeptida hasil
sintesis menempati peptidyl site (situs P).
Tahap-tahap sintesis protein

1. Aktivasi
tRNA mengikat asam amino spesifik pada nukleotida adenilat
ujung 3, dikatalisa oleh aminoasil tRNA sintetase spesifik
tRNA mendeterminasi asam amino sesuai dengan antikodon
yang dibawanya.

2. Inisiasi
Sintesis protein dimulai dengan perlekatan (attachment)
met-tRNA ke kodon inisiasi (start kodon) AUG. Setelah
perlekatan met-tRNA membuat kompleks dengan ribosom
40S dan disusul bergabungnya ribosom 60S. Met-tRNA
menempati situs P pada ribosom 60S.
3. Elongasi
tRNA baru yang telah membawa asam amino (activated tRNA)
bergabung pada situs A terjadi transfer met. ke gugus
amino dari asam amino yang dibawa tRNA pada situs A
terbentuk ikatan peptida met. dan asam amino baru proses
ini dikatalisa oleh peptidil transferase.

Ribosom yang telah membawa peptida met-aa bergeser kearah

3 tRNA yang telah melepas asam amiano (uncharge tRNA)
meninggalkan ribosom, sedang peptida-tRNA bergeser ke
situs P & tRNA baru yang membawa asam amino sesuai dengan
kodon berikutnya bergabung ke situs A reaksi berulang
kembali seperti sebelumnya, dst.
4. Terminasi
Bila situs A bertemu kodon stop (UAA, UAG, UGA)
release factor (e-RF) bergabung ke situs A (bukan
activated tRNA). Peptidil transferase melepaskan
uncharge tRNA & protein-(e-RF) yang menginduksi
disosiasi ribosom.

Satu mRNA dapat ditranslasi oleh lebih dari satu ribosom

pada waktu yang sama membentuk mRNA besar yang
ditempati banyak sekali ribosom (multiple ribosome)
terangkai dari 5 3. Struktur ini disebut poliribosom atau
polisom.
Expresi Gen

Mekanisme (cara) gen mewujudkan fenotip baik pada

tingkat sel/virus maupun organisme.

- Setiap gen berexpresi secara spesifik berbeda

antara gen satu dengan yang lain.

- Semua gen dari organisme yang sama berkedudukan

pada tempat/lokus yang sama dan akan berekspresi
pada sel yang sama.
Pada tingkat sel / molekul ekspresi gen adalah alur
informasi dari DNA RNA Protein.

Protein mendistribusikan informasi dari gen (DNA)

ke seluruh bagian sel/organisme dengan cara yang
sangat bervariasi dan kompleks i.e berinteraksi
dengan faktor ekstrinsik (lingkungan).
Oganisasi dan pengaturan ekspresi gen

Virus

- Terdiri dari beberapa gen & terorganisasi dalam

satu DNA sederhana (sirkuler/linier).
- Aktifitas gen diatur secara efisien & tergantung
pada sel inang (host).
- Satu DNA dapat merepresentasikan lebih dari satu

gen i.e dengan mengoperasikan beberapa kodon

insiasi pada satu DNA satu gen dapat
mempunyai sikuen DNA yang overlap dengan
DNA gen yang lain.
Bakteri

Gen terorganisasi dalm unit-unit ekspresi yang

disebut operon.

Sistem operon terdiri dari :

- gen pengontrol : gen operator & gen promoter
- gen struktur : gen yang ditranskripsi &
ditranslasi utk
menghasilkan
protein sesuai dengan fungsi/
peran gen tsb.
Diluar operon ada gen regulator menghasilkan
protein represor utk mengatur aktifitas operon.
Contoh : Operon lac pada E. coli.

Gen regulator : menghasilkan represor yang dapat berinter

aksi dengan gen operator.
Gen operator : dapat diikat/ditempati represor RNA
polimerase tidak dapat bekerja/mencapai
gen struktur.
Gen promoter : tempat RNA polimerase memulai (start)
mentranskripsi gen struktur bila gen
operator tidak terikat/bebas dari represor.
Gen struktur : gen yang ditranskripsi dan ditranslasi,
terdiri dari :
gen a menghasilkan galaktosidase
gen y menghasilkan permease
gen z menghasilkan transasetilase
Gb.4. Sistem operon pd E.Coli (Reynold A.Genetics:from
Genes to Genomes.Mc Graw hill. University of washington.2000)
Eukariota

Terdiri dari :
- gen struktur membawa informasi genetik.
- gen promoter mengatur transkripsi.

Ditambah sistem yang memberi instruksi agar gen

berekspresi sesuai dengan waktu (tk. deferensiasi),
tempat (sel, jaringan) dll.
Gen struktur (S) terdiri dari DNA yang mengandung
kode genetik (exon) dan yang tidak mengandung
kode genetik (intron).

Jumlah dan ukuran intron bervariasi pada setiap gen

Contoh : - gen histon tidak mempunyai intron
- gen globin mempunyai 2 intron
- gen Ig dan TCR mempunyai intron lebih
banyak daripada exonnya.

Transkrip primer masih mengandung kopi exon dan

intron disebut hnRNA. Di dalam nukleus hnRNA
mengalami splicing (eliminasi kopi intron)
mRNA yg ditransfer ke sitoplasma utk ditranslasi.
Gen promoter identik dengan gen pengontrol pada
prokariota, merupakan 5 flanking region gen
struktur & mempunyai sikuen spesifik sangat
mirip pada semua gen eukariota yang berfungsi.

TATAA (TATA box) 25 30 bp arah 5 dari

kodon inisiasi.
CCAAT (CAT box)
GGCG (GC box) mempunyai posisi bervariasi
beberapa puluh bp dari TATA box arah 5.

Sikuen spesifik tsb diduga merupakan tempat

kontrol transkripsi, tempat RNA polimerase
memulai fungsinya.
Gen enhancer :
Sikuen DNA berfungsi sebagai regulator, dapat
terletak di dalam gen atau beberapa bp diluar gen,
berfungsi memacu ekspresi gen dan bersifat
tissue spcific satu gen hanya diekspresikan
pada sel tertentu.

Pseudogen :
Gen yang tidak berfungsi (nonfunctional), tetapi
mempunyai struktur (sikuen) sangat mirip dengan
gen yang berfungsi.
Contoh : 1 pada globin manusia, mempunyai
sikuen mirip globin yang berfungsi.