Kode Genetik

Gen dikendalikan oleh struktur polipeptida. Urutan 4 pasang basa DNA dapat
mengotrol 20 asam amino pada protein. Molekul mRNA berperan untuk menentukan urutan
asam amino dari polipeptida. Dalam proses penentuan diperlukan kodon yang terdiri dari
triplet yang ikut menentukan asam amino yang akan terbentuk.
Tiga Nukleotida Per Kodon
 Saat translasi, 20 asam amino berbeda yang digabungkan. Hal ini berarti bahwa ada
20 kodon tersebut harus dibentuk dengan 4 simbol (basa) melalui mRNA. Fakta utama
mengenai kode genetika adalah fakta tentang kode triplet ( tiga nukleotida per kodon).
Penelitian Crick (1961) dan temannya membuktikan bahwa kode genetik terdiri atas kode
triplet yang diperolehnya dari penelitiannya tentang suatu penyebab mutasi pada suatu
mutasi yang terjadi pada suatu alel rII dari fage T4. Jika kita menengok kembali ulasan
mengenai hasil yang kejadian atas suppressor mutaions lebih cukup daripada back-
mutations yang berasal dari tempat aslinya. Penelitian Crick dan temannya beralasan jika
original mutation yang tunggal berdasarkan pasangan penjumlahan atau pengurangan maka
suppressor mutations harus menjadi pasangan tunggal baik dari pengurangan atau
penjumlahan berturut- turut dari kejadian tempat satu ke tempat yang lebih dekat dengan
mutasi. Pasangan yang tunggal dari penjumlahan atau pengurangan akan mengubah reading
frame pada gen dan mRNA untuk bagian dari gen distal pada mutasi.
Hal ini menandai bahwa penjumlahan dari tiga pasangan atau pengurangan dari tiga
pasangan bagian kiri distal yang ada di gen dengan memperbaiki reading frame. Hasil ini
dapatdijadikan harapan jika hanya masing-masing kodon yang mengandung tiga nukleotida.
Penerjemahan kode
Penerjemahan kode ditentukan oleh :
1. Kodon yang spesifik dengan asam amino
2. Jumlah dari kemungkinan 64 kodon yang digunakan
3. Bagaimana kode dijelaskan
4. Apakah spesies yang berbeda menggunakan kodon yang sama atau tidak
 Penemuan MW Nirenberg (penerima hadiah nobel 1968) dan JH Matthei dan
kemudian S. Ochoa (penerima hadiah nobel 1959) dan rekan kerjanya menunjukkan bahwa
sintesis molekul RNA dapat digunakan sebagai mRNA buatan untuk sintesis protein in vitro.
Ketika ribosom, tRNA aminoasil, dan faktor-faktor protein terlarut yang dibutuhkan untuk
penerjemahan yang dimurnikan dari mRNA alami, komponen ini dapat dikombinasikan in
vitro dan dirangsang untuk mensintesis polipeptida dengan penambahan molekul RNA
disintesis secara kimia. Jika komposisi sintesis molekul-molekul mRNA diketahui,
komposisi sintesis polipeptid dapat digunakan untuk menentukan kodon asam amino.
Penetapan kodon pertama (UUU untuk fenilalanin) dibuat ketika Nirenberg dan Mathaei
mendemonstrasikan bahwa Polyuridylic acid [poly U= (U)n] didahului oleh sintesis
fenilalanin [(fenilalanin) n]. Ochoa melanjutkan dengan menggunakan RNAs sintesis dengan
urutan acak dari komposisi nukleotda yang telah diketahui. Frekuensidari triplet yang
berbeda ini dapat dengan mudah di kalkulasi.
Degenerasi dan Ketidakstabilan
Semua asam amino kecuali metionin dan triptofan ditentukan oleh lebih dari satu
kodon. Khususnya tiga asam amino, leusin, serin, dan arginin, yang masing-masing
ditentukan oleh enam kodon yang berbeda. Isoleusin memiliki tiga kodon. Asam amino
lainnya masing-masing memiliki dua atau empat kodon. Terjadinya lebih dari satu kodon
per asam amino yang disebut degenerasi. Degenerasi dalam kode genetik tidak secara acak,
sebaliknya, hal ini terjadi dengan teratur. Beberapa kodon menentukan suatu asam amino
hanya dengan pola tertentu yaitu base ketiga atau 3 'dari kodon. Terdapat 2 jenis degenerasi
yaitu:
1. Degenerasi parsial terjadi ketika base ketiga dapat berupa salah satu dari dua
pyrymidines (U dan C) atau sebaliknya, salah satu dari dua purin (A dan G). Dengan
degenerasi parsial, mengubah base ketiga dari purin ke pirimidin, atau sebaliknya,
akan mengubah asam amino yang ditentukan oleh kodon.
2. Degenerasi lengkap terjadi ketika salah satu dari empat basa dapat hadir pada posisi
ketiga dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino yang sama.
Misalnya, valin ditentukan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG.
Kode genetik telah dipastikan memiliki peran dalam meminimalisir mutasi yang
bersifat letal. Adanya penambahan basa pada posisi kodon ketiga tidak mengubah asam
amino yang ditetapkan oleh kodon.
Oleh karena degenerasi kode gen, harus ada beberapa tRNA berbeda yang mengenali
kodon yang baru agar dapat menentukan asam aminonya atau antikodon dari tRNA yang
diberikan harus sesuai dengan beberapa kodon yang baru. Terdapat beberapa tRNA untuk
asam amino tertentu, dan beberapa tRNA mengenali lebih dari satu kodon. Ikatan hidrogen
antar basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA muncul untuk mengikuti aturan
pemasangan basa yang terikat kuat, hanya untuk dua basa kodon pertama. Pasangan basa
yang melibatkan ketiga kodon terbaik yang tampak kurang kuat , sering disebut dengan
goyah atau tidak stabil.
Berdasarkan jarak molekuler dan sterik ( tiga - struktur dimensi ) dipertimbangkan ,
ketidakstabilan tersebut akan menghasilkan beberapa jenis tertentu.,yaitu pasangan pada
dasar kodon ketiga dalam interaksi kodon-antikodon. Hal ini mengharuskan bahwa
setidaknya ada dua tRNA untuk setiap asam amino yang menunjukkan degenerasi kodon
lengkap di posisi ketiga. Hipotesis wobble memprediksi terjadinya tiga tRNA untuk kodon
enam serin. tRNA serin telah ditandai sebagai berikut.
1. tRNAser 1 (antikodon AGG) mengikat kodon UCU dan UCC
2. tRNAser 2 ( antikodon AGU ) mengikat kodon UCA dan UCG ,
3. tRNAser 3 ( antikodon UCG ) mengikat untuk kodon AGU dan AGC
 Inisiasi dan terminasi kodon
Kode genetik juga menmberikan tanda-tanda informasi genetik pada level translasi.
Tiga kodon UAA, UAG, dan UGA merupakan rantai polipeptida terminasi. Kodon-kodon
tersebut dikenali oleh protein Release factor (RF) dari pada tRNAs. Protein tersebut adalah
RF-1 yang mengenal UAA dan UAG dan RF-2 yang mengakbitkan terminasi pada kodon
UGA dan UAA. Kodon AUG dan GUG dikenali oleh initiator t RNA, t RNAi met, tapi hal
itu hanya ada saat mengikuti urutan nukleotida yang tepat saja pada leader segments molekul
m RNA. Pada posisi internal, AUG dikenali t RNA met dan GUG dikenali valine t RNA.
Universalitas Kode

Penggantian asam amino terjadi karena mutasi, asam nukleat dan urutan polipeptida
menunjukkan hubungan bahwa kode genetik itu hampir sama atau bahkan sama pada semua
organisme (universal). Pengecualian pada mitokondria manusia, ragi dan beberapa spesies
lain dimana UGA merupakan kodon triptofan. Sedangkan UGA merupakan kodon terminasi
dalam sistem non mitokondria. Dalam mitokondria ragi, CUA menentukan treonin bukan
leusin. Dalam mitokondria mamalia, AUA menentukan metionin bukan isoleusin.
Suppressor mutasi yang memproduksi tRNAs dengan mengubah kodon
pengenal
Kode genetic nonmitokondria tidak bersifat universal, hanya sebagian kecil dari
batas sense, karena adanya variasi minor pada kodon pengenal dan translasi. Pada bakteri
E.coli dan ragi, sebagai contoh terjadinya mutasi pada gen tRNA, yang mana mereka
menghasilkan pengubah codon pengenal dengan antikodon dari tRNAs. Mutasi tersebut
pada awalnya terdeteksi sebagai suppressor mutasi, yaitu mutasi yang muncul dari effek
mutasi lain. Mereka terlihat sebagai site pada gen tRNA yang dapat mengubah kekhususan
sifat pengenal kodon oleh tRNAs. Setelah itu mereka menunjukkan pada merekalah gen
tRNA mengubah kekhususan sifat pengenal kodon oleh tRNAs.
 Suppressor mutasi yang mengubah kekhususan tRNA adalah suppressor dari
mutasi yang memproduksi akhiran-rantai triplet UAG dalam mengkode rangkaian structural
gen. Mutasi tersebut disebut mutasi amber, yang terjadi akibat dari sintesis dari akhiran
fragmen asam amino yang menetapkan polipeptida sebagai gen.
Mutasi yang menghasilkan triplet rantai terminasi dengan gen disebut nonsense
mutasi, berkebalikan dengan mutasi missense yang mengubah sebuah triplet menjadi triplet
lain yang menghasilkan asam amino berbeda.
Tidak terlihatnya suatu mutasi pada nonsense menunjukkan efek mutasi pada gen
tRNA yang disebabkan adanya mutasi dari tRNAs untuk mengenali kodon nonsense
(antisense) (UAG, UAA, or UGA). Ketika salah satu dari supressor tRNA berupa UAG dari
mutasi su3 berada pada satu baris yang sama maka hal tersebut akan mengubah antikodon.
Pada amber penekan mutasi yang terjadi pada tRNAtyr2. Pada antikodon nonsuspensor
tRNAtyr2 menunjukkan 5-GUA-3 (dimana G merupakan derivat dari guanin). Sedangkan
pada antikodon dari mutasi (suppressor) tRNAtyr2 merupakan 5-CUA-3. Mutasi antikodon
ini dapat berpasangan dengan 5-UAG-3 kodon amber (Berpasangan dengan ujung yang
berlawanan) seperti:
3-AUC-5 (antikodon)
5- UAG-3 (kodon)
Suspensor tRNAs mengizinkan polipeptida yang telah lengkap untuk disintesis dari
mRNAs yang mengandung kodon antisense. Polipeptida akan berfungsi selama asam amino
disisipkan oleh suppressor tRNAs pada posisi yang tepat dan nantinya akan menghasilkan
gen-gen yang fungsional. Strain Escherichia colli yang mengandung gen supresor
menunjukkan tingkat pertumbuhan yang sebanding dengan strain tanpa gen supresor.
Penyebab mengapa strain penekan tidak menunjukkan efek merugikan seperti "read-
through" belum terungkap jalan keluarnya. Mungkin sebagian gen seperti fag MS2 mantel
gen yang berakhir dengan dua atau lebih kodon stop yang berbeda.

Pertanyaan :
1. Apakah yang dimaksud kode genetik, dan apakah perannya?
Jawab : Kode genetik adalah urutan basa nukleotida dalam asam nukleat (DNA dan RNA)
yang mengkode rantai asam amino dalam protein. DNA terdiri dari empat basa nukleotida:
adenin (A), guanin (G), sitosin (C) dan timin (T). RNA mengandung nukleotida adenin,
guanin, sitosin dan urasil (U). Ketika tiga kontinyu basa nukleotida kode untuk asam amino
atau menandakan awal atau akhir sintesis protein, set ini dikenal sebagai kodon. Ini set triplet
memberikan instruksi untuk produksi asam amino. Asam amino yang dihubungkan bersama
untuk membentuk protein.
2. Apakah perbedaan mutasi amber, mutasi suppressor, mutasi missense dan mutasi
nonsense?
Jawab: Suppressor mutation itu terjadi mutasi pada gen lain. Dalam hal ini, mutasi ini
menekan efek mutasi mula-mula sekalipun kejadiannya berlangsung pada gen lain. Yang
terjadi berupa penekanan/supresi suatu cacat akibat mutasi oleh satu mutasi pada gen lain.
Gen yang menyebabkan supresi mutasi pada gen lain disebut gen supressor. Sedangkan
mutasi amber adalah mutasi yang terjadi akibat dari sintesis dari akhiran fragmen asam
amino yang menetapkan polipeptida sebagai gen. Mutasi missens adalah mutasi yang terjadi
karena perubahan suatu pasangan basa (dalam gen) yang mengakibatkan terjadi perubahan
satu kode genetika, sehingga asam amino yang terkait (pada polipeptida) berubah. Mutasi
nonsense adalah suatu pergantian pasangan basa yang berakibat terjadinya perubahan suatu
kode genetika pengkode asam amino menjadi kode genetika pengkode terminasi

Daftar pustaka :
Gardner, dkk. 1991. Principles of Genetiks Eight Edition. Canada : John Wiley & Sons, Inc.