GEN TERINTERUPSI DALAM EUKARIOTA: EKSON DAN INTRON

 Intron: Urutan intervensi basa DNA dalam gen eukariotik yang tidak terwakili dalam
transkrip RNA dewasa karena mereka disambungkan keluar dari transkrip RNA primer.
 Ekson: Segmen gen eukariotik yang sesuai dengan urutan dalam transkrip RNA akhir dari
gen tersebut.
 Gen prokariota terdiri dari urutan kontinu pasangan nukleotida, yang menentukan urutan
kolinear asam amino dalam produk gen polipeptida.
 Gen tikus dan kelinci β-Globin (salah satu dari dua protein berbeda dalam hemoglobin)
dan gen ayam ovalbumin (protein penyimpanan telur) mengungkapkan bahwa mereka
mengandung sekuens nonkode yang mengintervensi antara sekuens pengkodean
ditemukan di daerah yang tidak diterjemahkan dari beberapa gen, intron.
 Urutan yang tetap ada dalam molekul mRNA matang (baik urutan pengkodean dan
nonkode) disebut ekson (untuk urutan yang diekspresikan).
 Intron pada gen mamalia β-Globin dihasilkan dari visualisasi hibrida DNA-mRNA genom
dengan mikroskop elektron. Karena dupleks DNA-RNA lebih stabil daripada heliks ganda
DNA, ketika heliks ganda DNA terdenaturasi diinkubasi dengan molekul RNA homolog
di bawah kondisi yang sesuai, untaian RNA akan berhibridisasi dengan untai DNA
komplementer, menggantikan untaian DNA ekivalen. Struktur hibrid DNA-RNA yang
dihasilkan akan berisi daerah beruntai tunggal DNA yang disebut R-loop, di mana molekul
RNA telah menggeser untaian DNA untuk membentuk daerah duplex DNA-RNA. R-loop
ini dapat divisualisasikan secara langsung dengan mikroskop elektron.
 Ketika Shirley Tilghman, Philip Leder, dan rekannya memibridisasi mRNA tikus b-globin
yang dimurnikan menjadi molekul DNA yang mengandung gen b-globin tikus, mereka
mengamati dua loop-R yang dipisahkan oleh satu lingkaran DNA untai ganda (Gb.
11.19b) menunjukkan adanya urutan pasangan nukleotida di tengah gen β-Globin yang
tidak ada dalam β-Globin mRNA dan tidak mengkodekan asam amino dalam polipeptida
β-Globin.
 Ketika Tilghman dan rekan kerjanya mengulangi percobaan R-loop menggunakan
transkrip gen globin dimurnikan yang diisolasi dari nuklei dan diyakini sebagai transkrip
gen primer atau molekul pra-mRNA, sebagai pengganti mRNA sitoplasma β-Globin,
mereka mengamati hanya satu R-loop (Gb. 11.19c). Hasil ini menunjukkan bahwa
transkrip primer berisi urutan gen struktural lengkap, termasuk ekson dan intron. Bersama-
sama, hasil R-loop yang diperoleh dengan mRNA sitoplasma dan pra-mRNA nuklir
 menunjukkan bahwa sekuens intron dieksisi dan sekuens ekson disambungkan bersama
selama peristiwa pemrosesan yang mengubah transkrip primer ke mRNA matang.
 Tilghman dan rekannya mengkonfirmasi interpretasi mereka tentang hasil R-loop dengan
membandingkan urutan gen tikus β-Globin dengan urutan asam amino yang diprediksi
dari polipeptida β-Globin. Hasilnya menunjukkan bahwa gen tersebut mengandung intron
nonkoding pada posisi ini dalam gen. Penelitian selanjutnya menunjukkan bahwa gen
tikus -globin sebenarnya mengandung dua intron.

 GAMBAR 11.19 Bukti R-loop untuk intron pada gen tikus β-Globin. (a) Hibridisasi loop-
R. (b) Ketika gen-gen globin dan mRNA tikus? di-hibridisasi dalam kondisi R-loop, dua
loop-R diamati pada hibrida DNA-RNA yang dihasilkan. (c) Ketika transkrip primer atau
pra-mRNA dari gen tikus β-Globin digunakan dalam percobaan R-loop, satu R-loop
diamati. Hasil ini menunjukkan bahwa urutan intron hadir dalam transkrip primer tetapi
dihapus selama pemrosesan transkrip primer untuk menghasilkan mRNA matang.

BEBERAPA GEN EUKARYOTIK SANGAT BESAR

 Intron nonkode telah ditunjukkan dalam sejumlah besar gen eukariotik. Gen Xenopus
laevis yang mengkode vitellogenin A2 (yang berakhir sebagai protein kuning telur)
mengandung 33 intron, dan gen kolagen ayam 1α2 mengandung setidaknya 50 intron. Gen
kolagen membentang 37.000 pasangan nukleotida tetapi memunculkan molekul mRNA
hanya sekitar 4600 nukleotida.
 Gen lain mengandung relatif sedikit intron, tetapi beberapa intron sangat besar. Gen
Ultrabithorax (Ubx) dari Drosophila mengandung intron yang panjangnya sekitar 70.000
pasangan nukleotida. Gen terbesar yang dikarakterisasi hingga saat ini adalah gen DMD
 manusia, yang menyebabkan distrofi otot Duchenne ketika dibuat tidak berfungsi oleh
mutasi. Gen DMD mencakup 2,5 juta pasangan nukleotida dan mengandung 78 intron.
 Gen yang kekurngan intron tidaklah penting.

INTRON: SIGNIFIKANSI BIOLOGIS?

 Intron sangat bervariasi ukurannya, mulai dari sekitar 50 pasangan nukleotida hingga
ribuan pasangan nukleotida. Intron mungkin berperan dalam mengatur ekspresi gen,
namun belum jelas bagaimana intron mengatur ekspresi gen. Beberapa intron mengandung
urutan yang dapat mengatur ekspresi gen baik secara positif maupun negatif. Intron lain
mengandung promotor spesifik jaringan alternatif; yang lain berisi urutan yang
meningkatkan akumulasi transkrip.
 Fakta bahwa intron mengakumulasi mutasi baru jauh lebih cepat daripada ekson
menunjukkan bahwa banyak dari sekuens inti pasangan nukleotida tertentu, tidak termasuk
ujungnya, tidak terlalu penting. Dalam beberapa kasus, ekson gen yang berbeda
mengkodekan domain fungsional yang berbeda dari produk gen protein. Ini paling jelas
dalam kasus gen yang mengkode rantai antibodi berat dan ringan. Dalam kasus gen globin
mamalia, ekson tengah mengkodekan domain pengikat protein.
 Cara alternatif penyambungan transkrip menghasilkan keluarga protein terkait. Dalam
kasus ini, intron menghasilkan banyak produk dari satu gen. Penyambungan alternatif dari
transkrip tikus troponin T.
 Dalam kasus gen mitokondria dari sitokrom b pengkode ragi, intron mengandung ekson
gen penyandi enzim yang terlibat dalam pemrosesan transkrip primer gen. Jadi, intron
yang berbeda mungkin memang memainkan peran yang berbeda, dan banyak intron
mungkin tidak memiliki signifikansi biologis. Karena banyak gen eukariotik tidak
mengandung intron, daerah nonkode ini tidak diperlukan untuk ekspresi gen normal.

PENGHAPUSAN URUTAN INTRON OLEH RNA SPLICING

 Gb. 11.20 Eksisi urutan intron dari transkrip primer oleh penyambungan RNA. Mekanisme
penyambungan harus akurat pada nukleotida tunggal untuk memastikan bahwa kodon
dalam ekson hilir diterjemahkan dengan benar untuk menghasilkan urutan asam amino
yang tepat dalam produk polipeptida.
 Sebagian besar gen nuklear yang menyandikan protein dalam eukariota multiseluler
mengandung intron.
 Dalam kasus gen "split" ini, transkrip primer berisi seluruh urutan gen, dan urutan intron
dikeluarkan selama pemrosesan RNA. Untuk gen yang menyandikan protein, mekanisme
penyambungan harus tepat; gen harus bergabung dengan urutan ekson dengan akurasi ke
nukleotida tunggal untuk memastikan bahwa kodon di ekson jauh dari intron dibaca
dengan benar.

 Urutan nukleotida dalam intron dan di persimpangan ekson-

intron membutuhkan sinyal splicing yang tepat. Namun, dalam transkrip utama gen nuklir,
satu-satunya sekuens yang benar-benar terlestarikan dari intron yang berbeda adalah
sekuens dinukleotida di ujung intron.
 Urutan yang ditunjukkan di sini adalah untuk untai nontemplate DNA (setara dengan
transkrip RNA, tetapi dengan T daripada U). Selain itu, ada urutan konsensus pendek di
persimpangan ekson-intron. Untuk gen nuklir, persimpangan konsensus adalah
 Subskrip numerik menunjukkan frekuensi frekuensi basis konsensus di setiap posisi;
dengan demikian, 100 subskrip menunjukkan bahwa basis selalu ada di posisi itu. N dan
Py menunjukkan bahwa masing-masing dari empat nukleotida standar atau pirimidin,
masing-masing, dapat hadir pada posisi yang ditunjukkan. Persimpangan ekson-intron
berbeda untuk gen tRNA dan gen struktural dalam mitokondria dan kloroplas, yang
menggunakan mekanisme penyambungan RNA yang berbeda. Namun, spesies yang
berbeda menunjukkan beberapa konservasi urutan di persimpangan ekson-intron.
 Penelitian terbaru menunjukkan bahwa urutan splicing dan intron dapat memengaruhi
ekspresi gen. Bukti langsung untuk kepentingannya telah disediakan oleh mutasi pada
situs-situs ini yang menyebabkan fenotipe mutan pada banyak eukariota yang berbeda.
Memang, mutasi semacam itu terkadang bertanggung jawab atas penyakit bawaan pada
manusia, seperti kelainan hemoglobin.
Tiga tipe berbeda dari penyambungan RNA

Penemuan dari noncoding introns dalam gen distimulasi dalam mekanisme oleh
sekuen intron yang ikut berpindah selama pengekspresian gen. Bukti awal bahwa sekuen
intron dalam gen eukariot ter transkripsi bersama dengan sekuen exon fokus penelitian
terhadap pengolahan gen utama transkripsi. Ketika dikeluarkan, ada tiga tipe berbeda
dalam pemotongan intron dari RNA transkripsi. Intron kelas ketiga adalah yang paling
umum dan yang paling penting dalam pengekspresian gen pada eukariot.

1. Intron tRNA prekusor dipotong ketika pembelahan endonukleotik dan katalis reaksi
ligalisi oleh endonuklease dan aktivitas ligase.
2. Intron dari pekusor tRNA Tetrahymena adalah perpindahan otomatis dalam reaksi
unik yang diperantarai oleh molekul RNA itu sendiri (tidak ada protein atau enzim
yang terlibat).
 3. Intron dari Pre-mRNA nuclear (hnRNA) transkripsi adalah penyambungan dalam dua
tahap yang dilakukan oleh partikel kompleks ribonukleoprotein yang disebut
spliseosom.

Untuk beberapa gen yang telah diketahui, intron dibuang tidak diperbaiki. Intron
lainnya telah ditemukan melalui jalur alternatif dari penggabungan mRNA yang
memproduksi protein berbeda (dengan beberapa sekuen asam amino sama dan beberapa
sekuen asam amino yang berbeda). Akhirnya ditemukan bahwa satu intron dalam gen
cytokrom b dari mitokondria yeast masuk dalam bagian dari sekuen yang mengkode
protein, RNA-maturase yang bertanggung jawab untuk pemotongan intron kedua dari
transkripsi gen.

Penggabungan tRNA prekusor: Nuklease unik dan Ligase

Reaksi penggabungan tRNA prekusor telah terjadi di dalam yeast. Semua mutan
sistem penggabungan dan sensitif suhu telah digunakan untk memotong mekanisme
penggabungan tRNA. Pemotongan dari intron yeast tRNA prekusor terjadi dalam 2 tahap.
Pertama membrane nuklear menghubungkan penyambungan endonuklease yang
menjadikan intron terpotong tepat di dua bagian akhir dari intron. Lalu ligase splicing
bergabung untuk menggabungkan bagian tRNA yang kehilangan intron buat bentuk
tRNA sebenarnya.

Dalam teori menjelaskan ada 2 tahap dalam pemotongan intron dari tRNA prekusor.
Tahap pertama melibatkan pengenalan dari pemotongan 2 bagian akhir dari intron,
pemotongan ini dikatalis oleh nuklear envelope-bound splicing endonuklease. Pasang
basa dari intramolekul memerintah atau menginduksi pembentukan dari bentuk mature 3
dimensi setelah sekuen intron dipotong dari tahap 1. Tahap 2 melibatkan ligasi dari
pembentukan baru akhir exon untuk produksi mature molekul tRNA. Penyambungan ini
sebenarnya melibatkan 3 reaksi yang berbeda, semua dikatalis oleh 90.000 dalton ligase
splicing. Enzim ini ternyata mengandung phospodiesterase, kinase, dan aktivitas katalis
ligase.

Pertanyaan:

1. Sebut dan jelaskan intron apa saja yang berperan dalam transkripsi RNA? (Fatma)

Jawab:
a. Intron tRNA prekusor dipotong ketika pembelahan endonukleotik dan katalis reaksi
ligalisi oleh endonuklease dan aktivitas ligase.
b. Intron dari pekusor tRNA Tetrahymena adalah perpindahan otomatis dalam reaksi
unik yang diperantarai oleh molekul RNA itu sendiri (tidak ada protein atau enzim
yang terlibat).
c. Intron dari Pre-mRNA nuclear (hnRNA) transkripsi adalah penyambungan dalam dua
tahap yang dilakukan oleh partikel kompleks ribonukleoprotein yang disebut
spliseosom.
2. Jelaskan prinsip tentang pemotongan intron dalam pembentukan tRNA! (Fatma)
Jawab: Tahap pertama melibatkan pengenalan dari pemotongan 2 bagian akhir dari
intron, pemotongan ini dikatalis oleh nuklear envelope-bound splicing endonuklease.
Pasang basa dari intramolekul memerintah atau menginduksi pembentukan dari
bentuk mature 3 dimensi setelah sekuen intron dipotong dari tahap 1. Tahap 2
melibatkan ligasi dari pembentukan baru akhir exon untuk produksi mature molekul
tRNA.
3. Apakah modifikasi posttranskripsional memiliki pengaruh dalam splicosome? (putri)
Jawab: Ya ada, modifikasi posttranskripsional memiliki potensi untuk mempengaruhi
berbagai aspek penyambungan pra-mRNA, termasuk (1) interaksi RNA-RNA, (2)
interaksi splicosome snRNA dengan protein spliceosom, dan (3) berpartisipasi
langsung dalam reaksi katalitik. Sampai saat ini, tidak banyak data yang dihasilkan
mengenai dua yang terakhir. Dengan demikian, kami terutama akan fokus pada peran
nukleotida termodifikasi yang terlibat dalam interaksi RNA-RNA.