KODE GENETIK

Resuming, questioning, and answering

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I

yang Dibina oleh Prof. Dr. agr. Moh. Amin, S.Pd, M. Si.

Kelompok 6 :
Moch. Sholeh (170342615546)
Rizqi Layli Khusufi (170342615601)

Offering I 2017

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Maret 2019
KODE GENETIK
Kode genetik adalah kode yang tidak tumpang tindih dengan masing-masing asam amino
ditambah inisiasi dan terminasi polipeptida yang ditentukan oleh kodon RNA yang terdiri dari
tiga nukleotida.
Sifat-Sifat Kode Genetik: Sebuah Gambaran Umum
Ciri-ciri utama dari kode genetik:
1. Kode genetik terdiri dari triplet nukleotida. Tiga nukleotida dalam mRNA menentukan
satu asam amino dalam produk polipeptida, sehingga setiap kodon mengandung tiga
nukleotida.
2. Kode genetik tidak tumpang tindih. Setiap nukleotida dalam mRNA hanya milik satu
kodon kecuali dalam kasus yang jarang terjadi di mana gen tumpang tindih dan urutan
nukleotida dibaca dalam dua kerangka pembacaan yang berbeda.
3. Kode genetik bebas koma. Tidak ada koma atau bentuk tanda baca lain di dalam
wilayah pengkodean molekul mRNA. Selama translasi, kodon dibaca secara berurutan.
4. Kode genetik mengalami degenerasi. Semua kecuali dua asam amino ditentukan oleh
lebih dari satu kodon.
5. Kode genetik dipesan. Banyak kodon untuk asam amino yang diberikan dan kodon
untuk asam amino dengan sifat kimia yang mirip terkait erat, biasanya berbeda dengan
nukleotida tunggal.
6. Kode genetik berisi kode start dan stop. Kodon khusus digunakan untuk memulai dan
menghentikan rantai polipeptida.
7. Kode genetik hampir universal. Dengan pengecualian kecil, kodon memiliki arti yang
sama di semua organisme hidup, dari virus hingga manusia.
Tiga Nucleotida Per Kodon
Dua puluh asam amino yang berbeda dimasukkan ke dalam polipeptida selama
translasi. Jadi, setidaknya 20 kodon yang berbeda harus dibentuk dengan empat basis yang
tersedia dalam mRNA. Dua basis per kodon akan menghasilkan hanya 42 atau 16 kodon yang
mungkin jelas tidak cukup. Tiga basis per kodon menghasilkan 43 atau 64 kemungkinan kodon
kelebihan yang jelas. Pada tahun 1961 Crick dkk melakukan analisis genetik mutasi yang
diinduksi di lokus bakteriofage T4 rII oleh proflavin kimia. Proflavin adalah agen mutagenik
yang menyebabkan penambahan dan penghapusan pasangan basa tunggal.
Mutan fag T4 rII tidak dapat tumbuh dalam sel galur E. coli K12, tetapi tumbuh seperti
fag tipe liar dalam sel galur E. coli B. T4 tipe liar tumbuh sama baiknya pada kedua galur.
Crick dan rekan kerjanya mengisolasi revertants yang diinduksi profl avin dari mutasi rII profl
yang diinduksi profl. Revertant ini terbukti sebagai hasil dari terjadinya mutasi tambahan di
lokasi terdekat daripada pembalikan mutasi asli. Mutasi situs kedua yang mengembalikan
fenotip tipe liar dalam organisme mutan disebut mutasi penekan karena mereka membatalkan,
atau menekan, efek (s) dari mutasi asli.
Crick dkk beralasan bahwa jika mutasi asli adalah penambahan atau penghapusan
pasangan basa tunggal, maka mutasi penekan harus masing-masing penghapusan atau
penambahan pasangan basa tunggal, yang terjadi di situs atau situs di dekat mutasi asli. Jika
kembar tiga nukleotida berurutan dalam mRNA menentukan asam amino, maka setiap urutan
nukleotida dapat dikenali atau dibaca selama penerjemahan dengan tiga cara berbeda.
Misalnya, urutan AAAGGGCCCTTT dapat dibaca (1) AAA, GGG, CCC, TTT, (2) A, AAG,
GGC, CCT, TT, atau (3) AA, AGG, GCC, CTT, T. Bingkai bacaan dari mRNA adalah
serangkaian triplet nukleotida yang dibaca (diposisikan di situs A dari ribosom) selama
terjemahan. Penambahan atau penghapusan pasangan basa tunggal akan mengubah kerangka
pembacaan gen dan mRNA untuk bagian gen yang distal terhadap mutasi.
Efek ini diilustrasikan pada Gambar 1a. Mutasi penekan kemudian diisolasi sebagai
mutan tunggal dengan menyaring keturunan backcrosses ke tipe liar. Seperti mutasi asli, mutasi
penekan ditemukan untuk menghasilkan fenotipe mutan rII. Crick dan rekan selanjutnya
mengisolasi mutasi supresor yang diinduksi proflavin dari mutasi supresor asli, dan seterusnya.
Crick dan rekan kemudian mengklasifikasikan semua mutasi yang terisolasi menjadi dua
kelompok, plus (+) dan minus (-) (untuk penambahan dan penghapusan, meskipun mereka
tidak tahu kelompok mana yang mana), berdasarkan pada alasan bahwa ((+) mutasi akan
menekan suatu (-) mutasi tetapi bukan mutasi lain (+), dan sebaliknya (Gambar 1). Kemudian,
Crick dan rekan kerja membangun rekombinan yang membawa berbagai kombinasi mutasi (+)
dan (-). Seperti mutan tunggal, rekombinan dengan dua (+) mutasi atau dua (-) mutasi selalu
memiliki fenotipe mutan. Hasil penting adalah bahwa rekombinan dengan tiga (+) mutasi
(Gambar 1b) atau tiga (-) mutasi sering menunjukkan fenotip tipe liar. Ini menunjukkan bahwa
penambahan tiga pasangan basa atau penghapusan tiga pasangan basa meninggalkan bagian
distal gen dengan kerangka pembacaan tipe liar. Hasil ini diharapkan hanya jika setiap kodon
mengandung tiga nukleotida.
Bukti dari studi translasi in vitro segera mendukung hasil Crick dkk dan akhirnya
menetapkan sifat triplet dari kode. Beberapa hasil yang lebih penting berikut: (1) Trinukleotida
cukup untuk merangsang pengikatan spesifik aminoasil-tRNA dengan ribosom. Sebagai
contoh, 5 -UUU-3 merangsang pengikatan phenylalanyl-tRNAPa dengan ribosom. (2) Molekul
mRNA yang disintesis secara kimiawi yang mengandung urutan dinukleotida berulang
mengarahkan sintesis kopolimer (molekul mirip rantai besar yang terdiri dari dua subunit
berbeda) dengan urutan asam amino bolak-balik. Misalnya, ketika poli (UG) n digunakan
sebagai mRNA buatan dalam sistem terjemahan in vitro, kopolimer berulang (cys-val) m
disintesis. (Subskrip n dan m merujuk pada jumlah nukleotida dan asam amino dalam masing-
masing polimer.) (3) Sebaliknya, mRNA dengan pengulangan urutan trinukleotida
mengarahkan sintesis campuran tiga homopolimer (inisiasi dilakukan secara acak pada mRNA
seperti pada sistem in vitro). Misalnya, poli (UUG) n mengarahkan sintesis campuran
polyleucine, polycysteine, dan polyvaline. Hasil ini hanya konsisten dengan kode triplet,
dengan tiga kerangka bacaan yang berbeda. Ketika poli (UUG) n diterjemahkan dalam bingkai
membaca 1, UUG, UUG, polyleucine diproduksi, sedangkan terjemahan dalam frame
membaca 2, UGU, UGU, menghasilkan polycysteine, dan terjemahan dalam frame membaca
3, GUU, GUU, menghasilkan polyvaline. Pada akhirnya, sifat triplet dari kode ditentukan
secara pasti dengan membandingkan sekuens nukleotida gen dan mRNA dengan sekuens asam
amino dari produk polipeptida mereka.
Pertanyaan dan Jawaban
1. Melalu percobaan apa yang membuktikan bahwa kodon terdiri dari 3 nukleotida dan
bagaimana kerjanya?
Pada percobaan Crick 1961,perlakuan dimana proflavin(merupakan senyawa yang dapat
addition dan deletion) di induced kepada bakteriophage T4 rII locus, hasil recombinant
membawa 3 mutasi +/-.
2. Mengapa kode genetik disebut sebagai universalitas?
Karena pada kode genetik, semua jenis kodon pada semua makhluk hidup memiliki fungsi yang
sama dalam pengecualian kecil saja, contohnya pada kodon UGA yang memiliki fungsi chain
termination pada semua makhluk hidup
3. Bagaimana jika kode genetik bukan merupakan kode triplet? Dan apakah ada kode yang
bukan kode triplet? Jelaskan!
Jawab: Ada, kode dengan yakni 2 basa pada tiap kodon. Merupakan kodon yang mungkin saja
terjadi, namun kodon ini jelas tidak cukup. Susunannya adalah 42 atau 16, adalah jumlah yang
sedikit. Maka dari itu, kodon kebanyakan dan umumnya tersusun atas 3 basa 43 atau 64,
merupakan kodon yang possible dan kodon yang sangat cukup.
4. Bagaimana akibat dari adanya degenerasi kode genetik?
Jawab: Karena adanya degenerasi kode genetik, maka harus ada beberapa tRNA berbeda yang
mengenali kodon berbeda yang menentukan asam amino, atau antikodon dari tRNA harus
sesuai dengan pasangan basa dari beberapa kodon yang berbeda. Beberapa tRNA ada untuk
asam amino tertentu, dan beberapa tRNA mengenali lebih dari satu kodon. Ikatan hidrogen
antarabasa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA muncul untuk mengikuti pasangan basa
yang hanya untuk mengikat dua pasang basa pada awal kodon.

(a)
 Gambar 1 Bukti awal bahwa kode genetik adalah kode triplet.

Kode Inisiasi dan Terminasi

Kode genetik juga menyediakan tanda baca informasi genetik pada tingkat translasi.
Pada prokariota dan eukariota, kodon AUG digunakan untuk memulai rantai. Dalam kasus
yang jarang terjadi, GUG digunakan sebagai kodon inisiasi. Dalam kedua kasus tersebut, kodon
inisiasi dikenali oleh inisiator tRNA, tRNAf Met pada prokariota dan tRNAi Met pada
eukariota. Dalam prokariota, kodon AUG harus mengikuti urutan nukleotida yang sesuai,
urutan Shine-Delgarno, dalam 5 segmen molekul mRNA yang tidak diterjemahkan untuk
melayani sebagai kodon inisiasi terjemahan. Pada eukariota, kodon harus merupakan AUG
pertama yang ditemui oleh ribosom saat memindai dari ujung 5 molekul mRNA. Pada posisi
internal, AUG dikenali oleh tRNAMet, dan GUG dikenali oleh valin tRNA.
Tiga kodon — UAG, UAA, dan UGA — menentukan pemutusan rantai polipeptida.
Kodon ini dikenali oleh faktor pelepasan protein, bukan oleh tRNA. Prokariota mengandung
dua faktor pelepasan, RF-1 dan RF-2. RF-1 mengakhiri polipeptida sebagai respons terhadap
kodon UAA dan UAG, sedangkan RF-2 menyebabkan penghentian pada kodon UAA dan
UGA. Eukariota mengandung faktor pelepasan tunggal yang mengenali ketiga kodon
terminasi.
Kode Degenerasi dan Pesan
Semua asam amino kecuali metionin dan triptofan ditentukan oleh lebih dari satu
kodon. Tiga asam amino — leusin, serin, dan arginin — masing-masing ditentukan oleh enam
kodon berbeda. Isoleusin memiliki tiga kodon. Asam amino lainnya masing-masing memiliki
dua atau empat kodon. Terjadinya lebih dari satu kodon per asam amino disebut degenerasi
(walaupun konotasi istilah yang umum hampir tidak tepat). Dalam kebanyakan kasus, banyak
kodon yang menentukan asam amino yang diberikan berbeda hanya dengan satu basa, basa
ketiga atau 3 kodon. Kemunduran terutama dari dua jenis. (1) Degenerasi parsial terjadi ketika
basa ketiga dapat berupa salah satu dari dua pirimidin (U atau C) atau, sebagai alternatif, salah
satu dari dua purin (A atau G). Dengan degenerasi parsial, mengubah basa ketiga dari purin
menjadi pirimidin, atau sebaliknya, akan mengubah asam amino yang ditentukan oleh kodon.
(2) Dalam kasus degenerasi total, salah satu dari empat basa dapat berada pada posisi ketiga
dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino yang sama. Sebagai contoh,
valine dikodekan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG.
Asam amino dengan sifat kimia yang serupa (seperti leusin, isoleusin, dan valin)
memiliki kodon yang berbeda satu sama lain hanya dengan satu basa. Dengan demikian,
banyak substitusi pasangan basa tunggal akan menghasilkan substitusi satu asam amino untuk
asam amino lain dengan sifat kimia yang sangat mirip (misalnya, valin untuk isoleusin). Dalam
kebanyakan kasus, substitusi konservatif jenis ini akan menghasilkan produk gen aktif, yang
meminimalkan efek mutasi.

Kode Universal Dekat

Kode genetik hampir bersifat universal, yaitu kodon memiliki arti yang sama, dengan
pengecualian kecil, pada semua spesies. Pengecualian paling penting terhadap universalitas
kode ini terjadi pada mitokondria mamalia, yeast, dan beberapa spesies lainnya. Mitokondria
memiliki kromosom dan mesin sintesis protein sendiri. Meskipun sistem mitokondria dan
sitoplasmik serupa, ada beberapa perbedaan. Dalam mitokondria manusia dan mamalia
lainnya, (1) UGA menentukan tryptophan daripada pemutusan rantai, (2) AUA adalah kodon
metionin, bukan kodon isoleusin, dan (3) AGA dan AGG adalah kodon pemutusan rantai
daripada kodon arginin . 60 kodon lainnya memiliki arti yang sama dalam mitokondria
mamalia seperti pada mRNA nuklir (Tabel 12.1). Ada juga perbedaan langka dalam arti kodon
dalam mitokondria spesies lain dan dalam transkrip nuklir beberapa protozoa. Namun, karena
pengecualian ini jarang terjadi, kode genetik harus dianggap hampir universal.
Interaksi Codon-tRNA
Penerjemahan urutan nukleotida dalam mRNA ke dalam urutan asam amino yang tepat dalam
produk polipeptida membutuhkan pengenalan kodon yang akurat oleh aminoasil-tRNA.
Karena degenerasi kode genetik, beberapa tRNA yang berbeda harus mengenali kodon yang
berbeda yang menentukan asam amino yang diberikan atau antikodon dari tRNA yang
diberikan harus dapat dipasangkan dengan beberapa kodon yang berbeda. Sebenarnya, kedua
fenomena ini terjadi. Beberapa tRNA ada untuk asam amino tertentu, dan beberapa tRNA
mengenali lebih dari satu kodon.
Pengenalan Dari Kodon oleh tRNA
Ikatan hidrogen antara basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA mengikuti aturan
pasangan berpasangan yang ketat hanya untuk dua pangkalan pertama kodon. Pasangan-
pasangan yang melibatkan bagian ketiga dari kodon itu kurang ketat, memungkinkan apa yang
disebut hipotesis Crick di situs ini. Atas dasar jarak molekuler dan pertimbangan sterik
(struktur tiga dimensi),
Hipotesis menyatakan keberadaan setidaknya dua tRNA untuk setiap asam amino
dengan kodon yang menunjukkan degenerasi total, dan ini telah terbukti benar. Hipotesis goyah
juga meramalkan terjadinya tiga tRNA untuk enam kodon serin. Tiga serine tRNA telah
dikarakterisasi: (1) tRNASer1 (antikodon AGG) mengikat kodon UCU dan UCC, (2)
tRNASer2 (anticodon AGU) mengikat kodon UCA dan UCG, dan (3) tRNASer3 (antikodon
UCG) mengikat ke kodon AGU dan AGC. Spesifisitas ini diverifikasi oleh ikatan trinucleotide-
stimulasi aminoacyl-tRNA yang dimurnikan dengan ribosom in vitro. Beberapa tRNA
mengandung inosin basa, yang dibuat dari purin hipoksantin. Inosine diproduksi oleh
modifikasi adenosin posttranskripsi. Hipotesa Crick menjelaskan bahwa ketika inosin hadir
pada ujung 5 dari antikodon (posisi goyangan), ia akan mendasarkan pasangan dengan urasil,
sitosin, atau adenin dalam kodon. Faktanya, alanyl-tRNA murni yang mengandung inosine (I)
pada posisi 5 antikodon berikatan dengan ribosom yang diaktifkan dengan GCU, GCC, atau
trinukleotida GCA. Hasil yang sama telah diperoleh dengan tRNA murni lainnya dengan inosin
pada posisi 5 antikodon. Dengan demikian, hipotesis goyangan Crick dengan baik menjelaskan
hubungan antara tRNA dan kodon yang diberikan kode genetik yang terdegenerasi, tetapi
tertata.

Mutasi Suppresor yang Menghasilkan tRNA dengan Pengenalan Kodon yang diubah
Pada E. coli dan ragi, misalnya, beberapa mutasi pada gen tRNA mengubah antikodon dan
dengan demikian kodon dikenali oleh tRNA mutan. Mutasi-mutasi ini awalnya dideteksi
sebagai mutasi penekan, substitusi nukleotida yang menekan efek mutasi lainnya. Mutasi
penekan kemudian terbukti terjadi pada gen tRNA. Banyak dari mutasi penekan ini mengubah
antikodon dari tRNA yang diubah.
Contoh-contoh mutasi penekan yang paling terkenal yang mengubah spesifik tRNA
adalah contoh-contoh yang menekan mutasi pemutusan rantai UAG dalam urutan kode gen.
Mutasi seperti itu, disebut mutasi kuning menghasilkan sintesis polipeptida terpotong. Mutasi
yang menghasilkan triplet pemutusan rantai dalam gen kemudian dikenal sebagai mutasi
nonsense, berbeda dengan mutasi missense, yang mengubah triplet sehingga menentukan asam
amino yang berbeda. Gen yang mengandung mutasi missense mengkodekan polipeptida
lengkap, tetapi dengan substitusi asam amino dalam produk gen polipeptida. Mutasi nonsense
menghasilkan polipeptida terpotong, dengan panjang rantai tergantung pada posisi mutasi
dalam gen. Mutasi yang tidak masuk akal sering dihasilkan dari pergantian pasangan basa
tunggal, seperti yang diilustrasikan dalam Gambar 2a. Fragmen polipeptida yang dihasilkan
dari gen yang mengandung mutasi nonsense (Gambar 2b) seringkali tidak berfungsi sama
sekali. Lihat Memecahkannya: Efek Pergantian Pasangan Basis di Wilayah Pengkodean HBB
Gen.
Mutasi nonsense telah terbukti hasil dari mutasi pada gen tRNA yang menyebabkan
tRNA mutan untuk mengenali kodon terminasi (UAG, UAA, atau UGA), meskipun dengan
berbagai efisiensi efisiensi. TRNA mutan ini disebut sebagai tRNA penekan. Ketika tRNA
penekan amber (UAG) yang diproduksi oleh mutasi su3 kuning di E. coli diurutkan, ditemukan
memiliki antikodon yang berubah. Mutasi penekan amber khusus ini terjadi pada gen
tRNATyr2 (salah satu dari dua gen tRNA tirosin dalam E. coli). Anticodon dari tipe liar
(nonsuppressor) tRNATyr2 terbukti 5’ –G’ UA-3’ (di mana G adalah turunan dari guanin).
Antikodon dari mutan (penekan) tRNATyr2 adalah 5’ -CUA-3’. Karena substitusi basa tunggal,
antikodon penekan basa-tRNATyr2 berpasangan dengan kodon ambar 5 -UAG-3 (ingat bahwa
pemasangan pasangan selalu melibatkan untaian polaritas yang berlawanan), yaitu:
mRNA: 5_-UAG-3_ (codon)
tRNA: 3_-AUC-5_ (anticodon)
Dengan demikian, tRNA penekan memungkinkan polipeptida lengkap untuk disintesis
dari mRNA yang mengandung kodon terminasi dalam gen (Gambar 2c). Polipeptida semacam
itu akan berfungsi jika asam amino yang dimasukkan oleh penekan tRNA tidak secara
signifikan mengubah sifat kimia protein.
Gambar 2 (a) Pembentukan mutasi pemutusan rantai amber (UAG). (B) Efeknya pada produk
gen polipeptida tanpa adanya penekan tRNA, dan (c) di hadapan penekan tRNA. Mutasi kuning
yang ditampilkan di sini mengubah kodon glutamin (Gln) CAG menjadi kodon pemutusan
rantai UAG. Polipeptida yang mengandung tirosin yang dimasukkan oleh penekan tRNA
mungkin atau mungkin tidak berfungsi; Namun, penekanan fenotipe mutan hanya akan terjadi
ketika polipeptida berfungsi.