Hubungan kodon dan antikodon

1. Jelaskan aturan pasangan basa DNA (Watson-Crick)

Molekul DNA terdiri dari dua untaian pita yang saling berhadapan dan berputar,
seperti tangga yang melengkung atau bengkok. Untaian ini tersusun atas molekul
linear panjang, yang dibuat dari unit yang lebih kecil yang disebut nukleotida.
Nukleotida ini saling mengikat hingga membentuk rantai atau pita yang panjang.
Setiap nukleotida di untaian pita terbuat dari gugus gula (deoksiribosa) dan gugus
fosfat yang berselang-seling. Pada masing-masing nukleotida di bagian gugus gula
Ribosa, terikat satu dari empat jenis basa nitrogen: adenin (A), sitosin (C), guanin
(G), atau timin (T). Basa nitrogen ini akan mengikatkan nukleotida dengan nukleotida
pasangannya. Dalam ikatan basa nitrogen ini, adenin (A) membentuk pasangan basa
dengan timin (T), sementara guanin (G) dengan sitosin (C) dalam DNA. Pada RNA,
timin (T) digantikan dengan uracil (U). Ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen
disebut nukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu :
 Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida (deoksiadenosin)
 Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida (deoksiguanosin)
 Ikatan C-gula disebut sitidin deoksiribonukleosida (deoksisitidin)
 Ikatan T-gula disebut timidin deoksiribonukleosida (deoksitimidin)
2. Apakah aturan pasangan basa tersebut berlaku pada pasangan antara kodon-
antikodon ? mengapa demikian dan jelaskan akibatnya ?
Aturan Watson-Crick berlaku pada pasangan antara kodon-antikodon, karena dilihat
sebagai fungsinya kodon merupakan kombinasi dari tiga nukleotida yang berurutan
dalam untai DNA atau RNA. Semua asam nukleat, DNA dan RNA, memiliki
nukleotida diurutkan sebagai satu set kodon.

Setiap nukleotida terdiri dari basa nitrogen, salah satu A, C, T / U, atau G. Oleh
karena itu, tiga nukleotida berurutan memiliki urutan basa nitrogen, yang pada
akhirnya menentukan asam amino yang kompatibel dalam sintesis protein.

Itu terjadi karena masing-masing asam amino memiliki unit, yang menentukan triplet
basa nitrogen, dan yang menunggu panggilan dari salah satu langkah dalam sintesis
 protein untuk mengikat ke untai sintesis protein pada waktu yang tepat. Sedangkan
antikodon urutan nukleotida yang sesuai dengan kodon dalam RNA, alias mRNA.
Antikodon melekat pada asam amino, yang merupakan apa yang disebut basa triplet
yang menentukan asam amino yang harus berikatan dengan sintesis protein untai
berikutnya. Setelah asam amino terikat ke untai protein, molekul tRNA dengan
antikodon adalah gudang dari asam amino. Antikodon tRNA di identik dengan kodon
dari untai DNA, kecuali T pada DNA hadir sebagai U pada antikodon.
3. Apa yang di maksud: “sandi genetik terdegenerasi”? jelaskan makna
biologisnya
Terjadinya perubahan secara sifat fisika dan kimianya dalam gen yang bersifat
menurunkan efisiensinya.
4. Diskusikan tentang hipotesis wobble
Setiap codon memerlukan tRNA tersendiri, maka diperlukan banyak
tRNA untuk mentranslasi kode-kode genetik. Oleh karena itu Francis Crick
melahirkan hipotesis wobble untuk menunjukkan bahwa tRNA yang diperlukan
tidak sebanyak jumlah kodon yang ada. Kedua basa pertama dalam setiap kodon
berpasangan dengan anticodon yang sesuai, sedangkan basa ketiga dapat
bepasangan dengan basa yang tidak biasa. G dapat berpasangan tidak hanya
dengan C pada posisi ketiga kodon, tetapi juga dapat berpasangan dengan Urasil
U sehingga menghasilkan pasangan basa wobble G-U . Pengenalan codon dihambat
oleh pengaruh wobble. Berbeda dengan prinsip awal ekspresi gen. Karena anticodon
di lengkungan RNA, ketiga nucleotides tidak bisa membuat posisi yang seragam
sama sekali dengan codon. Akibatnya, pasangan basa yang tidak standar dapat
dibentuk diantara ketiga codon nukleotida dan nukleotida pertama dari anticodon. Ini
disebut ‘wobble. Jenis pasangan-pasangan yang memungkinkan, khususnya jika
nukleotida di posisi 34 diubah.
5. Apakah yang dimaksud dengan ORF?
Translasi dapat berlangsung memerlukan 3 komponen:
  Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun
suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka),
didalamnya terdapat rangkaian kodon-kodon yang akan diterjemahkan.
 Molekul tRNA merupakan pembawa asam-asam amino yang akan
disambungkan menjadi rantai polipeptida, tRNA sebagai penterjemah, yang
membawa antikodon.
 Ribosom merupakan tempat penterjemahan berlangsung/proses translasi,
disusun oleh molekul rRNA dan beberapa macam protein, ribosom tersebar
diseluruh bagian sel.
ORF dicirikan oleh:
 Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau AUG (pada
mRNA).
 Terdapat serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon yang
dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan
pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG
pada mRNA).
 Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA), TAG (UAG pada
mRNA), atau TGA (UGA pada mRNA).
6. Sebutkan dan jelaskan jenis mutasi yang tidak maupun yang berakibat pada
perubahan fenotip
Mutasi adalah perubahan yang terjadi pada bahan genetik (DNA maupun RNA), baik
pada taraf urutan gen maupun pada taraf kromosom. Mutasi pada tingkat kromosom
disebut aberasi. Mutasi pada gen dapat mengarah pada munculnya alel baru dan
menjadi dasar bagi kalangan pendukung evolusi mengenai munculnya variasi-variasi
baru pada spesies. Perubahan pada sekuens basa DNA akan menyebabkan perubahan
pada protein yang dikode oleh gen. Contohnya, bila gen yang mengkode suatu enzim
mengalami mutasi, maka enzim yang dikode oleh gen mutan tersebut akan menjadi
inaktif atau berkurang keaktifannya akibat perubahan sekuens asam amino. Namun
mutasi dapat pula menjadi menguntungkan bila enzim yang berubah oleh gen mutan
tersebut justru meningkat aktivitasnya dan menguntungkan bagi sel. Istilah mutasi
petama kali digunakan oleh Hugo de Vries, untuk mengemukakan adanya perubahan
fenotipe yang mendadak pada bunga Oenothera lamarckiana dan bersifat menurun.
Ternyata perubahan tersebut terjadi karena adanya penyimpangan dari kromosomnya.
Jenis-jenis mutasi gen adalah sebagai berikut:
 Mutasi salah arti (missense mutation), yaitu perubahan suatu kode genetik
(umumnya pada posisi 1 dan 2 pada kodon) sehingga menyebabkan asam
amino yang terkait pada rantai polipeptida berubah. Perubahan pada asam
amino dapat menghasilkan fenotip mutan apabila asam amino yang berubah
merupakan asam amino esensial bagi protein tersebut. Jenis mutasi ini dapat
disebabkan oleh peristiwa transisi dan tranversi.
Contoh missense mutation
TACAACGTCACCATT
Untai sense mRNA
AUGUUGCAGUGGUAA
Metionin-fenilalanin-glisin-triptofan
TACAACtTCACCATT
AUGUUGaAGUGGUAA
Metionin-fenilalanin-lisin- triptofan

 Mutasi diam (silent mutation), yaitu perubahan suatu pasangan basa dalam
gen (pada posisi 3 kodon) yang menimbulkan perubahan satu kode genetik
tetapi tidak mengakibatkan perubahan atau pergantian asam amino yang
dikode. Mutasi diam biasanya disebabkan karena terjadinya mutasi transisi
dan tranversi.
Contoh Silent mutation :
TACAACGTCACCATT
Untai sense mRNA
AUGUUGCAGUGGUAA
Metionin-fenilalanin-glisin-triptofan
TACAAgGTCACCATT
Untai sense mRNA
AUGUUcCAGUGGUAA
 Metionin-fenilalanin-glisin-triptofan

 Mutasi tanpa arti (nonsense mutation), yaitu perubahan kodon asam amino
tertentu menjadi kodon stop, yang mengakhiri rantai, mengakibatkan
berakhirnya pembentukan protein sebelum waktunya selama translasi.
Hasilnya adalah suatu polipoptida tak lengkap yang tidak berfungsi Hampir
semua mutasi tanpa arti mengarah pada inaktifnya suatu protein sehingga
menghasilkan fenotip mutan. Mutasi ini dapat terjadi baik oleh tranversi,
transisi, delesi, maupun insersi.
 Mutasi Pergeseran Kerangka/perubahan rangka baca (frameshift mutation).
Mutasi ini merupakan akibat penambahan atau kehilangan satu atau lebih
nukleotida di dalam suatu gen. Hal ini mengakibatkan bergesernya kerangka
pembacaan. Selama berlangsungnya sintesis protein, pembacaan sandi genetis
dimulai dari satu ujung acuan protein yaitu mRNA, dan dibaca sebagai satuan
tiga basa secara berurutan. Karena itu mutasi pergeseran kerangka pada
umumnya menyebabkan terbentuknya protein yang tidak berfungsi sebagai
akibat disintesisnya rangkaian asam amino yang sama sekali baru dari
pembacaan rangkaian nukleotida mRNA yang telah bergeser kerangkanya
(yang ditranskripsikan dari mutasi pada DNA sel). Penyisipan satu nukleotida
pada suatu gen mengakibatkan transkripsi satu nukleotida tambahan pada
mRNA. Ini mengakibatkan pergeseran kerangka ketika kodon-kodon dibaca
selama berlangsungnya translasi sehingga semua kodon setelah penyisipan
menjadi berubah dan semua asam amino yang disandikan menjadi berubah
pula. Mutasi pergeseran kerangka sebagai akibat delesi satu nukleotida pada
pokoknya akan mempunyai efek yang sama.