SINTESIS PROTEIN

Reading, questioning, and answering

Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I

yang Dibina oleh Prof. Dr. agr. Moh. Amin, S.Pd, M. Si.

Disusun oleh:

Kelompok 6 Offering I 2017

Moch. Sholeh (170342615546)

Rizqi Layli Khusufi (170342615601)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Maret 2019
SINTESIS PROTEIN: TRANSLASI
Proses dimana informasi genetik yang disimpan dalam urutan nukleotida dalam mRNA
diterjemahkan, sesuai dengan spesifikasi kode genetik, menjadi urutan asam amino dalam
produk gen polipeptida yang kompleks, yang membutuhkan fungsi sejumlah besar
makromolekul. Ini termasuk (1) lebih dari 50 polipeptida dan tiga hingga lima molekul RNA
hadir di setiap ribosom (komposisi yang tepat bervariasi dari spesies ke spesies), (2) setidaknya
20 enzim pengaktif asam amino, (3) 40 hingga 60 molekul tRNA berbeda , dan (4) banyak
protein larut yang terlibat dalam inisiasi, perpanjangan, dan pemutusan rantai polipeptida.
Karena banyak dari makromolekul ini, terutama komponen ribosom, terdapat dalam jumlah
besar di setiap sel, sistem penerjemahan merupakan bagian utama dari mesin metabolisme
setiap sel.

Gambaran Umum Sintesis Protein

Gambaran umum sintesis protein, menggambarkan kompleksitasnya dan makromolekul utama
yang terlibat (Gambar 1) Langkah pertama dalam ekspresi gen transkripsi melibatkan transfer
informasi yang disimpan dalam gen ke perantara messenger RNA (mRNA) yang membawa
informasi tersebut ke situs sintesis polipeptida dalam sitoplasma. Langkah kedua translasi,
melibatkan transfer informasi dalam molekul mRNA ke dalam urutan asam amino dalam
produk gen polipeptida.
Gambar 1 Tinjauan umum sintesis protein. Ukuran molekul rRNA yang ditunjukkan untuk
bakteri. rRNA yang lebih besar terdapat pada eukariota. Untuk mempermudah, semua spesies
RNA telah ditranskripsi dari segmen yang berdekatan dari satu molekul DNA.

Translasi terjadi pada ribosom, yang merupakan struktur makromolekul kompleks yang
terletak di sitoplasma. translasi melibatkan tiga jenis RNA yang semuanya ditranskripsi dari
template DNA (gen kromosom). Selain mRNA, tiga molekul RNA (molekul rRNA) juga hadir
sebagai bagian dari struktur masing-masing dan 40 hingga 60 molekul RNA kecil (molekul
tRNA) berfungsi sebagai adaptor dengan memediasi penggabungan asam amino yang tepat ke
dalam polipeptida sebagai respons. Urutan nukleotida spesifik dalam mRNA. Asam amino
melekat pada molekul tRNA yang benar oleh satu set enzim pengaktif yang disebut aminoacyl-
tRNA synthetases.
Urutan nukleotida dari molekul mRNA diterjemahkan ke dalam urutan asam amino
yang sesuai dengan kode genetik. Beberapa polipeptida yang baru terbentuk mengandung
sekuens asam amino pendek pada amino atau karboksil termini yang berfungsi sebagai sinyal
untuk transpornya ke kompartemen seluler tertentu seperti retikulum endoplasma, mitokondria,
kloroplas, atau nukleus. Protein sekretorik yang baru terbentuk, misalnya mengandung urutan
sinyal pendek pada terminal amino yang mengarahkan polipeptida yang muncul ke membran
retikulum endoplasma. Urutan penargetan yang serupa juga terdapat pada amino termini
protein yang ditujukan untuk impor ke mitokondria dan kloroplas. Beberapa protein nuclear
mengandung ekstensi penargetan di carboxyl termini. Dalam banyak kasus, peptida penargetan
dihilangkan secara enzimatik oleh peptidase spesifik setelah pengangkutan protein ke
kompartemen seluler yang sesuai.
Ribosom dapat dianggap sebagai meja kerja lengkap dengan mesin dan peralatan yang
diperlukan untuk membuat polipeptida. Ribosom tidak spesifik, ribosom dapat mensintesis
polipeptida (urutan asam amino apa pun) yang dikodekan oleh molekul mRNA tertentu, bahkan
mRNA dari spesies yang berbeda. Setiap molekul mRNA diterjemahkan secara simultan oleh
beberapa ribosom, menghasilkan pembentukan polyribosome atau polysome.

Komponen yang Diperlukan untuk Sintesis Protein: Ribosom

 Gambar 2 Komposisi makromolekul dari ribosom prokariotik dan eukariotik.

Ketika situs sintesis protein diberi label dalam sel yang ditanam untuk interval pendek
di hadapan asam amino radioaktif dan divisualisasikan dengan autoradiografi, hasilnya
menunjukkan bahwa protein disintesis pada ribosom. Pada prokariota, ribosom didistribusikan
ke seluruh sel, pada eukariota, ribosom terletak di sitoplasma, biasanya pada jaringan membran
intraseluler yang luas dari retikulum endoplasma.
Ribosom adalah sekitar setengah protein dan setengah RNA (Gambar 2). Ribosom
terdiri dari dua subunit, satu besar dan satu kecil yang berdisosiasi ketika translasi molekul
mRNA selesai dan bergabung kembali selama inisiasi translasi. Setiap subunit mengandung
molekul RNA besar yang dilipat tempat protein ribosom berkumpul. Ukuran ribosom paling
sering dinyatakan dalam hal laju sedimentasi selama sentrifugasi di unit Svedberg (S). Satu
unit Svedberg setara dengan koefisien sedimentasi (kecepatan / gaya sentrifugal) 10-13 detik.
Ribosom E. coli, seperti ribosom prokariota lainnya memiliki berat molekul 2,5 × 106, ukuran
70S, dan dimensi sekitar 20 nm × 25 nm. Ribosom eukariota lebih besar (biasanya sekitar 80-
an). Namun, ukuran bervariasi dari spesies ke spesies. Ribosom hadir dalam mitokondria dan
kloroplas sel eukariotik lebih kecil (biasanya sekitar 60S).
Walaupun ukuran dan komposisi makromolekul ribosom bervariasi, keseluruhan
struktur tiga dimensi ribosom pada dasarnya sama di semua organisme. Dalam E. coli, subunit
ribosom kecil (30S) mengandung molekul RNA 16S (berat sekitar 6 × 105) ditambah 21
polipeptida yang berbeda, dan subunit besar (50S) berisi dua molekul RNA (5S, berat molekul
sekitar 4 × 104) , dan 23S, berat molekul sekitar 1,2 × 106) ditambah 31 polipeptida. Dalam
ribosom mamalia, subunit kecil mengandung molekul RNA 18S ditambah 33 polipeptida, dan
subunit besar berisi tiga molekul RNA ukuran 5S, 5,8S, dan 28S plus 49 polipeptida. Dalam
organel, ukuran rRNA yang sesuai adalah 5S, 13S, dan 21S.
Molekul RNA ribosom, seperti molekul mRNA, ditranskripsi dari template DNA. Pada
eukariota, sintesis rRNA terjadi pada nukleolus dan dikatalisis oleh RNA polimerase I.
Nukleolus adalah komponen yang sangat khusus dari nukleus yang dikhususkan untuk sintesis
rRNA dan rakitannya menjadi ribosom. Gen RNA ribosom hadir dalam susunan duplikasi
secara bersamaan dipisahkan oleh daerah intergenik. Transkripsi rRNA ini dapat
divisualisasikan secara langsung dengan mikroskop elektron.
Transkripsi gen rRNA menghasilkan prekursor RNA yang jauh lebih besar daripada
molekul RNA yang ditemukan dalam ribosom. Prekursor rRNA ini menjalani pemrosesan
pasca transkripsional untuk menghasilkan molekul rRNA yang matang. Dalam E. coli,
transkrip gen rRNA adalah prekursor 30S yang mengalami pembelahan endonukleolitik untuk
menghasilkan rRNA 5S, 16S, dan 23S ditambah satu molekul RNA transfer 4S (Gambar 3 a).
Pada mamalia, rRNA 5.8S, 18S, dan 28S dibelah dari prekursor 45S (Gambar 3 b), sedangkan
rRNA 5S diproduksi oleh pemrosesan pasca transkripsi transkrip gen terpisah. Selain
pembelahan post transkripsional dari prekursor rRNA, banyak nukleotida dalam rRNA adalah
 post transcriptionally methylated. Metilasi dianggap melindungi molekul rRNA dari
degradasi oleh ribonucleases.

Gambar 3 Sintesis dan pemrosesan (a) prekursor 30S rRNA dalam E. coli dan (b) prekursor
45S rRNA pada mamalia.

Beberapa salinan gen untuk rRNA hadir dalam genom semua organisme. Dalam E. coli,
tujuh gen rRNA (rrnA — rrnE, rrnG, rrnH) didistribusikan di antara tiga situs berbeda pada
kromosom. Pada eukariota, gen rRNA hadir dalam ratusan hingga ribuan salinan. 5.8S-18S-
28S rRNA gen eukariota hadir dalam array tandem di daerah pengatur nukleolus kromosom.
Pada beberapa eukariota, seperti jagung, ada satu pasang pengatur nukleolar (pada kromosom
6 pada jagung). Di Drosophila dan kodok bercakar Afrika Selatan, Xenopus laevis, kromosom
seks membawa pengorganisasi nukleolar. Manusia memiliki lima pasang pengatur nukleolar
yang terletak di lengan pendek kromosom 13, 14, 15, 21, dan 22. Gen 5S rRNA pada eukariota
tidak terletak di daerah pengatur nukleol. Sebaliknya, mereka didistribusikan kromosom
overseveral. Namun, gen rRNA 5S sangat redundan, seperti halnya gen rRNA 5.8S-18S-28S.

Komponen yang Diperlukan untuk Sintesis Protein: RNA Transfer

Meskipun ribosom menyediakan banyak komponen yang diperlukan untuk sintesis

protein, dan spesifikasi untuk setiap polipeptida dikodekan dalam molekul mRNA, translasi
mRNA yang dikodekan ke dalam urutan asam amino dalam polipeptida membutuhkan satu
kelas tambahan molekul RNA, molekul transfer RNA (tRNA). Pertimbangan kimia
menunjukkan bahwa interaksi langsung antara asam amino dan kembar tiga nukleotida atau
kodon dalam mRNA tidak mungkin. Jadi, pada tahun 1958, Francis Crick mengusulkan bahwa
beberapa jenis molekul adaptor harus menengahi spesifikasi asam amino oleh kodon dalam
mRNA selama sintesis protein. Molekul adaptor segera diidentifikasi oleh peneliti lain dan
terbukti sebagai molekul RNA kecil (4S, 70-95 nukleotida). Molekul-molekul ini, pertama
disebut molekul RNA (sRNA) terlarut dan kemudian mentransfer molekul RNA (tRNA),
mengandung sekuens nukleotida triplet, antikodon yang komplemen dengan sekuen codon
pada mRNA selama translasi. terdapat satu hingga empat tRNA untuk masing-masing dari 20
asam amino.
 Asam amino melekat pada tRNA dengan ikatan berenergi tinggi (sangat reaktif)
(disimbolkan ~) antara gugus karboksil dari asam amino dan 3-hidroksiltermini dari tRNA.
tRNA diaktifkan atau diisi dengan asam amino dalam proses dua langkah dengan kedua reaksi
dikatalisis oleh enzim yang sama, aminoacyl-tRNA synthetase. Setidaknya ada satu aminoetil-
tRNA sintetase untuk masing-masing dari 20 asam amino. Langkah pertama dalam sintesis
aminoasil-tRNA melibatkan aktivasi asam amino menggunakan energi dari adenosin trifosfat
(ATP):

Asam amino ~ AMP intermediate biasanya tidak dilepaskan dari enzim sebelum
menjalani langkah kedua dalam sintesis aminoacyl-tRNA, yaitu reaksi dengan tRNA yang
sesuai:

Asam aminoasil ~ tRNA adalah substrat untuk sintesis polipeptida pada ribosom dengan
masing-masing tRNA teraktivasi mengenali kodon mRNA yang benar dan menyajikan asam
amino dalam konfigurasi sterik (struktur tiga dimensi) yang memfasilitasi pembentukan ikatan
peptida.
tRNA ditranskripsi dari gen. Seperti dalam kasus rRNA, tRNA ditranskripsikan dalam
bentuk molekul prekursor yang lebih besar yang menjalani proses posttranskripsi (pembelahan,
pemangkasan, metilasi, dan sebagainya). Molekul tRNA dewasa mengandung beberapa
nukleosida yang tidak ada dalam transkrip gen tRNA primer. Nukleosida yang tidak biasa ini,
seperti inosin, pseudouridin, dihidrouridin, 1-metil guanosin, dan beberapa lainnya, diproduksi
oleh modifikasi empat-nukleosida yang dikatalisis oleh enzim dari empat nukleosida yang
dimasukkan ke dalam RNA selama transkripsi.
 Karena ukurannya yang kecil (panjangnya paling
banyak 70 hingga 95 nukleotida), tRNA lebih cocok
untuk analisis struktural. Molekul RNA yang lebih
besar terlibat dalam sintesis protein. Urutan
nukleotida lengkap dan struktur semanggi yang
diusulkan dari alanine tRNA ragi (gambar 4)
diterbitkan oleh Robert W. Holley dan rekannya
pada tahun 1965. Struktur tiga dimensi dari tRNA
fenilalanin ragi ditentukan oleh studi difraksi sinar-
X pada tahun 1974 (Gambar 5 ). Antikodon dari
masing-masing tRNA terjadi dalam satu lingkaran
(daerah yang tidak terikat hidrogen) di dekat bagian
tengah molekul.
Molekul tRNA harus mengandung banyak
spesifisitas walaupun ukurannya kecil. Mereka
tidak hanya harus (1) memiliki urutan antikodon
Gambar 4 Urutan nukleotida dan yang benar, sehingga untuk menanggapi kodon
konfigurasi daun semanggi dari alanine yang tepat, tetapi mereka juga harus (2) dikenali
tRNA dari S. cerevisiae. Nama-nama oleh sintetase aminoasil-tRNA yang benar,
nukleosida yang dimodifikasi hadir sehingga mereka diaktifkan dengan asam amino
dalam tRNA ditunjukkan pada inset. yang benar, dan (3) mengikat ke situs yang sesuai
pada ribosom untuk menjalankan fungsi adaptor
mereka.
terdapat tiga situs pengikatan tRNA pada
masing-masing ribosom (Gambar 6). Situs A atau
aminoasil mengikat aminoasil-tRNA yang masuk,
tRNA yang membawa asam amino berikutnya
untuk ditambahkan ke rantai polipeptida yang
sedang tumbuh. Situs P atau peptidyl mengikat
tRNA yang melekat polipeptida tumbuh. Situs E
atau exit mengikat tRNA yang tidak diisi yang
berangkat.
Struktur tiga dimensi ribosom 70S dari
bakteri Thermus thermophilus telah dipecahkan
dengan resolusi 0,55 nm oleh kristalografi sinar-
Gambar 6 struktur ribosom pada E. coli
X. Struktur kristal menunjukkan posisi tiga situs
pengikatan tRNA pada antarmuka 50S-30S dan
posisi relatif rRNA dan protein ribosom. Meskipun situs pengikatan aminoasil-tRNA sebagian
besar terletak pada subunit 50S dan molekul mRNA terikat oleh subunit 30S, kekhususan untuk
pengikatan tRNA aminoasil di setiap situs disediakan oleh kodon mRNA yang membentuk
bagian dari situs pengikatan. Ketika ribosom bergerak di sepanjang mRNA (atau ketika mRNA
diangkut melintasi ribosom), kekhususan untuk ikatan aminoasil-tRNA di situs A, P, dan E
berubah ketika kodon mRNA yang berbeda berpindah ke register di situs pengikatan. Situs
pengikatan ribosom dengan sendirinya (minus mRNA) dengan demikian mampu mengikat
setiap aminoasil-tRNA.

Inisiasi
Tahap inisiasi dari translasi membawa bersama-sama mRNA, sebuah tRNA yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua unit ribosom. Pertama sub unit ribosom
kecil mengikatkan diri pada mRNA dan tRNA inisiator khusus. Sub unit ribosom kecil melekat
pada segmen leader pada ujung 5’ dari mRNA. Pada arah downstream dari mRNA terdapat
kodon inisiasi, AUG (daerah diantara 5 hingga ditemukan AUG merupakan daerah yang tidak
diterjemahkan), yang memberikan sinyal dimulainya proses translasi.
Penyatuan mRNA, tRNA inisiator, dan sub unit ribosom kecil diikuti oleh perekatan
sub unit ribosom besar. Faktor inisiasi dibutuhkan untuk membawa komponen tersebut
bersama-sama. Saat penyelesaian proses inisiasi, tRNA inisiator berada pada tempat P ribosom,
dan tempat A yang kosong siap untuk tRNA aminoasil berikutnya.
Sub-sub unit ribosom (30S dan 50S) biasanya saling memisah ketika tidak terlibat
dalam translasi. Untuk memulai translasi, sebuah senyawa inisiator akan terbentuk: sub-unit
ribosom 30S sebuah mRNA, N-formyl methionine tRNA bermuatan (fMET-tRNAtMet), dan
faktor-faktor inisiasi (IF1, IF2, IF3). Faktor-faktor inisiasi (dan juga elongasi serta terminasi)
merupakan protein yang terkait secara longgar dengan ribosom. Faktor-faktor ini ditemukan
ketika ribosom terisolir dan dicuci, sehingga kehilangan kemampuannya dalam melakukan
sintesis protein.Hidrolisis GTP menjadi GDP + Pi (phosfat inorganic, PO4-3 menghasilkan
perubahan-perubahan konformasional; perubahan-perubahan ini membuat senyawa inisiasitor
menggabungkan 50S sub-unit ribosomal untuk membentuk ribosom utuh, lalu membuat faktor-
faktor inisiasi dan GDP bisa dilepaskan. Seringkali hidrolisis dari sebuah nucleoside
triphosphate (misalnya, ATP, GTP) dalam sebuah sel muncul untuk melepaskan energi dalam
ikatan posfat yang digunakan dalam proses metabolis. Namun dalam proses translasi, hidrolisis
merubah bentuk GTP sehingga GTP dan faktor-faktor inisiasi dapat dilepaskan dari ribosom
setelah partikel 70S terbentuk. Sehingga hidrolisis GTP dalam translasi dimaksudkan untuk
perubahan konformasional, bukan untuk pembentukan ikatan kovalen.
 Inisiasi sintesis protein di
prokariot
Pada sel-sel bakteri dan pada
mitokondria, formilmetionil-tRNAF
memulai sintesis setiap rantai-rantai
protein. Pada E coli Terjadi
transformilase dari E coli. Di
samping fMet-tRNAF, inisiasi
sintesis protein pada sel-sel bakteri
juga membutuhkan tiga protein yang
diikat pada ribosom, tetapi bukan
merupakan bagian struktural ribo-
som sendiri. Satu faktor, faktor
inisiasi 3 (IF-3) diperlukan untuk
pengenalan mRNA, IF-1 dan IF-2
diperlukan untuk menempatkan
mRNA dan fMet-tRNA pada ribosom-ribosom. Sampai sejauh eksperimen analog yang telah
dilakukan, dalam hal fungsional IF-IF dari sel-sel mamalia menyerupai bakteri.
Banyak eksperimen, namun sedikit yang diketahui dari langkah-langkah dini pada
inisiasi sintesis protein. bahwa mRNA pertama mengikat ke subunit ribosomal terkecil. Pada
skema ini subunit 30S membawa IF-3. Pada penambahan berikutnya dari IF-2 dan GTP, fMet-
tRNA mengikat urutan AUG pada mRNA, membentuk kompleks yang mantap. Eksperimen
lain menyatakan bahwa ribosom 30S pertama berinteraksi dengan fMet-tRNA. Pada langkah
berikutnya mRNA mengikat. mRNA diikat dengan cara fungsional pada reaksi yang juga
membutuhkan dua faktor inisiasi lain. Subunit yang lebih besar ditambahkan pada suatu reaksi
di mana GTP dipecah memberikan GDP dan fosfat anorganik; IF-2 bekerja sebagai GTPase
pada reaksi ini. Hidrolisis GTP pada proses ini menghasilkan perubahan bangunan pada
partikel 50S sehingga kompleks inisiasi menyesuaikan diri untuk menerima pencantelan
aminoasil-tRNA yang berikutnya yang diprogramkan oleh pesuruh.

Inisiasi sintesis protein di eukariot

Proses dalam eukariot umumnya sama, tapi lebih rumit. Singkatan dari faktor inisiasitor
atau pembentukan eukariotik dilambangkan dengan “e”, yang menunjukkan eukariotik (eIF1,
eIF2, dsb). Setidaknya, 9 faktor inisiasitor dilibatkan, yaitu eIF1, eIF2, eIF3, eIF4A, eIF4B,
eIF4C, eIF4D, eIF4E, eIF5 dan sebuah protein ikatan penutup khusus, eIF4E. Salah satu faktor-
faktor ini sangat besar, mempunyai beberapa subunit dan berat molekul lebih besar dari
300.000. Di antara faktor-faktor ini yang lebih menarik ialah eIF-2.
Untuk pembentukan kompleks pemula pada eukariotik Faktor ini mengikat GTP dan
Met-tRNAf, membawa bahan-bahan ini ke ribosom. Aktivitas eIF-2 dihambat sebagai akibat
difosforilasinya oleh kinase protein bergantung-cAMP. Biasanya kinase protein ini
dipertahankan dalam pengendalian sebagai protein tidak aktif. Kinase eIF-2 menjadi diaktifkan
oleh sejumlah senyawa yang dikenal menghambat sintesis protein in vitro. Misalnya, kadar-
kadar rendah glutation atau pengambilan hem dari lisat retikulo-sit akibat aktivasi kinase eIF-
2. Pada sel-sel yang diperlakukan dengan interferon, dibuat kinase eIF-2 khusus yang tidak
aktif sampai dipacu oleh RNA beruntai-ganda.

Perpanjangan rantai protein

Terdapat dua tapak untuk mencantelkan tRNA pada ribosom. Satu biasanya
mengandung peptidil tRNA; ia terdapat paling dekat dengan ujung 5' dari mRNA dan
dinamakan tapak "P". Sesudah reaksi inisiasi fMet-tRNA ada di tapak P (situs Peptidil). Tapak
yang lain, aminoasil-tRNA atau tapak A (situs aminoasil), terdapat pada sisi 3 tapak P.
Aminoasil tRNA berikutnya yang ditambahkan pada rantai yang tumbuh dicantelkan pada
tapak ini dengan pengaruh GTP dan EF-1, satu dari dua faktor perpanjangan protein yang
bekerja pada ribosom sewaktu langkah-langkah perpanjangan rantai polipeptid. Pada waktu
reaksi ini, GTP di belah menjadi GDP dan Pi.
Gugus formil-metionil dipindahkan pada gugus amino nukleofilik dari aminoasil-tRNA
pada tapak A. Pada langkah-langkah berikutnya gugus peptidil yang tumbuh dipindahkan dari
aminoasil tRNA berikutnya. Reaksi ini
dikatalisis oleh ribosom sendiri, khusus oleh
enzim dari subunit yang lebih besar.
Hasilnya ialah peptidil-tRNA, sekarang satu
asam amino lebih panjang, bersandar pada
tapak A sedang tapak P mengandung tRNA
deasilasi yang semula memegang rantai
peptidil. tRNA terdeasilasi ini dipindahkan
pada suatu reaksi yang membutuhkan EF-2
dan GTP dan itu bersamaan dengan
translokasi pada tapak P, peptidil tRNA
yang baru yang masih berikatan hidrogen
pada kodonnya pada mRNA. Daur sekarang
telah lengkap, dan suatu kodon baru
dibawa untuk penambahan pada tapak A.
Reaksi-reaksi ini di-tunjukkan diagramatik
pada Gambar di bawah ini.

Translokasi
Tahap selanjutnya dalam
pemanjangan adalah translokasi ribosom
dalam kaitannya dengan tRNA dan RNA
pembawa pesan. Faktor pemanjangan
yang pada awalnya disebut sebagai
translokasi ini akan mengkatalisis proses
translokasi. Ribosom harus dirubah dari
kondisi pratranslokasi menjadi kondisi
pasca-translokasi melalui aktifitas EF-G,
yang secara fisik menggerakkan RNA
pembawa pesan dan tRNA terkait.
Pergerakan ini dituntaskan melalui
hidrolisis sebuah GTP menjadi GDP
setelah EF-G memasuki ribosom pada area A. Setelah pascatranslokasi pertama tercapai, tRNA
yang telah dipakai dalam area E akan dilepaskan, sehingga akan menyisakan ribosom yang
siap menerima sebuah tRNA muatan baru dalam area A. Langkah translokasi membutuhkan
energi yang disediakan oleh hidrolisis GTP. mRNA bergerak melalui ribosom ke satu arah
mulai dari ujung 5’.

Penyambungan pre-mRNA: snRNAs, snRNPs dan Splicosome

Intron dalam prekusor mRNA nuclear dipotong dalam dua tahap seperti pada intron sel
ragi pre-tRNA dan pre-rRNA. Pada prekusor mRNA, intronnya tidak dibelah oleh nuclease da
ligase melainkan oleh struktur protein yang disebut spliceosome. Spliceosome mengandung
molekul RNA yang disebut snRNA. Lima snRNA yang berpengaruh dalam pemotongan pre-
mRNA nuclear sebagai komponen dari spliceosome yaitu U1, U2, U4, U5 dan U6. Tahap
pemotongan diabagi menjadi dua tahap:
1. Tahap pertama
pembelahan terjadi pada ujung 5’intron dan phosphodiester 2’-5’yang dibentuk diantara
posisi 5’G yang ditempatkan mendekati ujung 3’intron.
2. Tahap kedua, gen digabungkan oleh ikatan phosphodiester 3’-5’ dan intron yang telah
terbentuk dilepaskan.

Pertanyaan dan Jawaban

1. Bagaimana proses translokasi yang terjadi pada tahap elongasi rantai polipeptida?
Proses translokasi yang terjadi pada tahap elongasi rantai polipeptida ini melibatkan 2
peristiwa yaitu, (1) perpindahan f-met-ala- tRNAala dari tapak A ke tapak P dan (2)
pergeseran posisi mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang
semula berada di tapak A masuk ke tapak P. Misalnya, triplet kodon yang bergeser dari
tapak A ke P tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. Triplet kodon berikutnya akan
masuk ke tapak A dan proses seperti di atas hingga translokasi akan terulang kembali. Proses
translokasi ini membutuhkan aktivitas faktor elongasi berupa enzim yang biasa
dilambangkan dengan EF-G.
2. Bagaimana proses translasi dapat dihambat? Apa sajakah faktor- faktor yang menyebabkan
hal itu terjadi serta bagaimana mekanisme singkatnya?
3. Ribosom terdiri dari dua subunit, satu besar dan satu kecil yang berdisosiasi ketika translasi
molekul mRNA selesai dan bergabung kembali selama inisiasi translasi. Setiap subunit
mengandung molekul RNA besar yang dilipat tempat protein ribosom berkumpul. Ukuran
 ribosom paling sering dinyatakan dalam hal laju sedimentasi selama sentrifugasi di unit
Svedberg (S). Satu unit Svedberg setara dengan koefisien sedimentasi (kecepatan / gaya
sentrifugal) 10-13 detik. Ribosom E. coli, seperti ribosom prokariota lainnya memiliki berat
molekul 2,5 × 106, ukuran 70S, dan dimensi sekitar 20 nm × 25 nm. Ribosom eukariota
lebih besar (biasanya sekitar 80-an). Namun, ukuran bervariasi dari spesies ke spesies.
Ribosom hadir dalam mitokondria dan kloroplas sel eukariotik lebih kecil (biasanya sekitar
60S).
4. Bagaimana komponen makromolekul pada ribosom? Dan bagaimana perbedaan ribosom
pada prokariot dan eukariot?
Kemungkinan hambatan proses translasi dapat disebabkan oleh beberapa antibiotik
diantaranya :
Tetrasiklin
Tetrasiklin ke dalam ribosom bakteri gram negatif; pertama yang disebut difusi pasif
melalui kanal hidrofilik, kedua ialah sistem transportasi aktif. Setelah antibiotika Tetrasiklin
masuk ke dalam ribosom bakteri, maka antibiotika Tetrasiklin berikatan dengan ribosom
30s dan menghalangi masuknya komplek tRNA-asam amino pada lokasi asam amino
ribosome complex, sehingga menghambat pembentukan sintesa protein dan bakteri tidak
dapat berkembang biak.
Kloramfenikol
Masuk ke sel melalui diffusi terfasilitasi. Kloramfenikol berikatan dengan tRNA
dengan acceptorsite dari sub unit ribosom 50S tidak terjadi interaksi antara
peptidyltransferase dengan substrat asam amino dan pembentukan ikatan peptida tidak
terjadi sintesis protein.
Aminoglikosid
Aminoglikosid menghambat sintesis protein dengan mengganggu kompleks awal
pembentukan peptide, menginduksi salah baca mRNA, yang mengakibatkan penggabungan
asam amino yang salah ke dalam peptide, sehingga menyebabkan suatu keadaan nonfungsi
atau toksik protein.