KELOMPOK 7 : (HALIMAH & SRI LESTARI)

T.BIOLOGI 4/ SEMESTER 5

KODE GENETIK

Kode genetik adalah kode yang tidak tumpang tindih, dengan masing-masing asam amino
plus inisiasi dan penghentian polipeptida ditentukan oleh kodon RNA yang terdiri dari tiga
nukleotida.

Sifat kode genetic:

1. Kode genetik terdiri dari triplet nukleotida.

2. Kode genetik tidak tumpang tindih. Setiap nukleotida dalam mRNA hanya dimiliki satu
kodon kecuali dalam kasus yang jarang terjadi di mana gen tumpang tindih dan urutan
nukleotida terbaca dua kerangka bacaan yang berbeda
3. Kode genetik bebas koma. Tidak ada koma atau bentuk tanda baca lainnya dalam daerah
pengkodean molekul mRNA. Selama penerjemahan, kodon adalah baca secara berurutan.
4. Kode genetik merosot. Semua kecuali dua asam amino ditentukan lebih banyak dari satu
kodon
5. Kode genetik dipesan. Beberapa kodon untuk asam amino tertentu dan kodon untuk asam
amino dengan sifat kimia yang mirip berhubungan erat, biasanya berbeda oleh satu
nukleotida.
6. Kode genetik mengandung kodon start dan stop. Kodon khusus digunakan untuk
memulai dan untuk mengakhiri rantai polipeptida.
7. Kode genetik hampir universal. Dengan pengecualian kecil, kodon memiliki yang sama
artinya di semua organisme hidup, dari virus hingga manusia.
TIGA NUKLEOTID PER CODON

Pada tahun 1961, Francis Crick dan rekannya menerbitkan bukti kuat pertama yang
mendukung dari kode triplet (tiga nukleotida per kodon). Crick dan rekan kerja dilakukan
analisis genetik dari mutasi yang diinduksi pada lokus rII dari bakteriofag T4 oleh kimia profl
avin. Profl avin adalah agen mutagenik yang menyebabkan penambahan pasangan basa tunggal
dan penghapusan.Mutan Phage T4 rII tidak dapat tumbuh dalam sel E. coli strain K12, tetapi
tumbuh seperti fag tipe liar dalam sel E. coli strain B. Wild-type T4 tumbuh dengan baik pada
kedua strain. Crick dan rekan kerja mengisolasi profl avin-induced Crick dan rekannya beralasan
bahwa jika mutasi asli adalah pasangan basa tunggal penambahan atau penghapusan, maka
mutasi penekan harus berupa penghapusan pasangan basa tunggal atau penambahan, masing-
masing, terjadi di situs atau situs yang dekat dengan mutasi asli.Jika triplet nukleotida sekuensial
dalam mRNA menentukan asam amino, maka setiap nukleotida urutan dapat dikenali atau dibaca
selama terjemahan dalam tiga cara berbeda.
Misalnya, urutan AAAGGGCCCTTT dapat dibaca (1) AAA, GGG, CCC, TTT, (2) A,
AAG, GGC, CCT, TT, atau (3) AA, AGG, GCC, CTT, T. Pembacaan bingkai mRNA adalah
rangkaian triplet nukleotida yang dibaca (diposisikan di Situs ribosom) selama penerjemahan.
Penambahan atau penghapusan pasangan basa tunggal akan mengubah kerangka pembacaan gen
dan mRNA untuk bagian distal gen tersebut untuk mutasi.
Crick dan rekannya kemudian mengklasifikasikan semua mutasi yang terisolasi menjadi
dua kelompok, plus (+) dan minus (-) (untuk penambahan dan penghapusan, meskipun mereka
tidak tahu grup mana was which), berdasarkan alasan bahwa (+) mutasi akan menekan (-) mutasi
tetapi bukan mutasi lain (+), dan sebaliknya Lalu, Crick dan rekan kerja membangun rekombinan
yang membawa berbagai kombinasi dari (+) dan (-) mutasi. Seperti mutan tunggal, rekombinan
dengan dua (+) mutasi atau dua (-) mutasi selalu memiliki fenotipe mutan. Hasil kritisnya adalah
rekombinan dengan tiga (+) mutasi atau tiga (-) mutasi yang sering menunjukkan fenotipe tipe
liar.
 Gambar Bukti awal bahwa kode genetik adalah kode triplet.

Hasil ini diharapkan hanya jika setiap kodon mengandung tiga nukleotida

Bukti menjelaskan studi terjemahan in vitro mendukung mengenai sifat tiga kode.Hasilnya yaitu:

1. Trinukleotida cukup untuk merangsang spesi k pengikatan aminoasil-tRNA ke ribosom.

2. mRNA yang disintesis secara kimiawi molekul yang mengandung urutan dinukleotida
berulang mengarahkan sintesis kopolimer (molekul mirip rantai besar yang terdiri dari
dua subunit berbeda) dengan urutan asam amino bergantian.
3. Sebaliknya, mRNA dengan trinukleotida berulang urutan mengarahkan sintesis campuran
tiga homopolimer (inisiasi menjadi acak pada mRNA tersebut dalam sistem in vitro)
MENIPU KODE

Pemecahan kode genetik pada 1960-an memakan waktu beberapa tahun dan melibatkan
persaingan yang ketat antara banyak laboratorium penelitian yang berbeda.

Hasil tes pengikatan ribosom yang diaktifkan trinukleotida ini membantu para ilmuwan
memecahkan kode genetik. jenis percobaan pertama yang terlibat menerjemahkan molekul
mRNA artifisial secara in vitro dan menentukan yang mana dari 20 amino tersebut asam
dimasukkan ke dalam protein. Pada jenis percobaan kedua, ribosom diaktifkan dengan mini-
mRNA yang panjangnya hanya tiga nukleotida. Kemudian, peneliti menentukan aminoasil-tRNA
yang dirangsang untuk mengikat ribosom yang diaktifkan dengan masing-masing pesan
trinukleotida

KODE INISIASI DAN PENGHENTIAN

Kode genetik juga memberikan tanda baca informasi genetik di tingkat terjemahan Dalam
kasus yang jarang terjadi, GUG digunakan sebagai kodon inisiasi.Dalam kedua kasus, kodon
inisiasi dikenali oleh tRNA inisiator, tRNAf Bertemu prokariota dan tRNAi Bertemu di
eukariota. Pada prokariota, kodon AUG harus mengikuti urutan nukleotida yang sesuai, urutan
Shine-Delgarno, dalam 5 nontranslated segmen molekul mRNA untuk berfungsi sebagai kodon
inisiasi translasi.Pada eukariota, kodon harus menjadi AUG pertama yang ditemui oleh ribosom
memindai dari 5 ujung molekul mRNA. Di posisi internal, AUG diakui oleh tRNAMet, dan
GUG dikenali oleh tRNA valin. Tiga kodon — UAG, UAA, dan UGA — menentukan
penghentian rantai polipeptida.Kodon ini dikenali oleh faktor pelepasan protein, bukan oleh
tRNA. Prokariota mengandung dua faktor pelepasan, RF-1 dan RF-2. RF-1 berakhir polipeptida
sebagai respons terhadap kodon UAA dan UAG, sedangkan RF-2 menyebabkan penghentian di
kodon UAA dan UGA. Eukariota mengandung faktor pelepasan tunggal yang mengenali ketiga
kodon terminasi.

Setiap urutan nukleotida triplet atau kodon mengacu pada urutan nukleotida dalam
mRNA (bukan DNA) yang menentukan penggabungan asam amino yang ditunjukkan atau
pemutusan rantai polipeptida. Satu huruf simbol untuk asam amino diberikan dalam tanda
kurung setelah singkatan tiga huruf standar.
 DEGENERASI KODE
Degenerasi kode genetik mengacu pada redundansi kode genetik. Jadi, ada banyak
kombinasi pasangan basa yang menetapkan satu asam amino. Umumnya, kodon organisme
terdiri dari tiga basa nukleotida. Dalam konsep degenerasi, ketiga kombinasi basa ini dapat
berubah meskipun menghasilkan asam amino yang sama. Selain itu terdapat lebih dari 20 kodon
padahal di alam hanya terdapat 20 asam amino. Oleh karena itu, degenerasi menjelaskan
keberadaan banyak kodon untuk asam amino tertentu.
Beberapa kodon seringkali terdiri atas asam amino yang sama. Ini disebut code
degeneracy. Hal ini sudah diduga sebelumnya mengingat bahwa terdapat 64 kodon untuk 20
asam amino. Contoh yang mencolok adalah adanya 6 kodon untuk leusin, 6 kodon untuk serin,
dan 6 kodon untuk arginin. Fourfold degeneracy dapat ditemukan pada beberapa asam amino
(seperti : valin) dimana basa ketiga pada kodon dapat dilupakan. Two-fold degeneracy dapat
ditemukan pada banyak asam amino lain, disini basa ketiga adalah antara 2 pirimidin (U atau C)
atau antara 2 purin (A atau G). Code degeneracy ini umumnya melibatkan basa ketiga. Makin
banyak jumlah kodon yang sama untuk sebuah asam amino, makin sering ditemukan asam
aminonya pada protein.
Dalam kasus degenerasi sempurna, salah satu dari empat basa dapat berada pada posisi
ketiga dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino yang sama. Misalnya,
valine dikodekan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG
Para ilmuwan berspekulasi bahwa urutan kode genetik telah berevolusi sebagai suatu cara
meminimalkan kematian mutasi. Banyak substitusi dasar di posisi ketiga kodon tidak mengubah
asam amino yang ditentukan oleh kodon. Selain itu, asam amino dengan sifat kimia yang serupa
(seperti leusin, isoleusin, dan valin) memiliki kodon yang berbeda satu sama lain hanya dengan
satu basis. Jadi, banyak substitusi pasangan basa tunggal akan menghasilkan substitusi satu asam
amino dengan asam amino lain yang sangat mirip sifat kimiawi (misalnya, valin untuk isoleusin).
Dalam banyak kasus, konservatif substitusi jenis ini akan menghasilkan produk gen aktif, yang
meminimalkan efek mutasi.
 KODE GENETIK BERSIFAT UNIVERSAL

Sejumlah besar informasi sekarang tersedia dari studi in vitro, dari amino penggantian
asam karena mutasi, dan dari asam nukleat dan polipeptida yang berkorelasi sekuensing, yang
memungkinkan perbandingan arti dari 64 kodon yang berbeda jenis. Tiga dari 64 kodon tidak
mengkode asam amino. Para peneliti menemukan bahwa kodon UAA, UAG, dan UGA gagal
membentuk asam amino. Sekuens ini kadang-kadang disebut nonsense codon karena mereka
tidak mengkode asam amino. Istilah chain termination codon lebih tepat untuk kodon ini karena
UAA, UAG, dan UGA menghentikan proses translasi. Bukti untuk ini berasal dari strain mutan
mikroorganisme yang mengalami penghentian sintesis polipeptida secara prematur. Ini dapat
terjadi bila, misalnya, basa ketiga mRNA yang mengkode tyrosin dirubah menjadi A atau G.

CODON-tRNA INTERACTIONS

RECOGNITION OF CODONS BY tRNAs: THE WOBBLE HYPOTHESIS

Setiap codon memerlukan tRNA tersendiri, maka diperlukan banyak tRNA untuk
mentranslasi kode-kode genetik. Oleh karena itu Francis Crick melahirkan hipotesis wobble
untuk menunjukkan bahwa tRNA yang diperlukan tidak sebanyak jumlah kodon yang ada.
Kedua basa pertama dalam setiap kodon berpasangan dengan anticodon yang sesuai, sedangkan
basa ketiga dapat bepasangan dengan basa yang tidak biasa. G dapat berpasangan tidak hanya
dengan C pada posisi ketiga kodon, tetapi juga dapat berpasangan dengan Urasil U sehingga
menghasilkan pasangan basa wobble G-U .
Pengenalan codon dihambat oleh pengaruh wobble. Berbeda dengan prinsip awal
ekspresi gen. Karena anticodon di lengkungan RNA, ketiga nucleotides tidak bisa membuat
posisi yang seragam sama sekali dengan codon. Akibatnya, pasangan basa yang tidak standar
dapat dibentuk diantara ketiga codon nukleotida dan nukleotida pertama dari anticodon. Ini
disebut ‘wobble. Jenis pasangan-pasangan yang memungkinkan, khususnya jika nukleotida di
posisi 34 diubah.
Satu basa yang tidak biasa dalam tRNA yaitu I yang strukturnya mirip dengan G. Basa
inosine dapat berpasangan dengan C atau dengan U pada posisi ketiga kodon (posisi wobble).
Selain itu, inosine juga dapat berpasangan dengan A. dengan demikian, anticodon yang
mengandung inosine pada posisi pertama dapat berpasangan dengan tiga macam kodon berbeda
yang mempunyai basa pada posisi ketiga berupa C, U, atau A. fenomena wobble semacam ini
dapat mengurangi jumlah tRNA yang dibutuhkan untuk mentranslasi kode-kode genetik.
Fenomena wobble mengurangi jumlah tRNA yang diperlukan untuk mentranslasi kode-kode
genetik. Codon untuk fenilalanin, yaitu UUU dan UUC, dapat berpasangan dengan anticodon 3’-
AAG-5’ yang ada pada satu tRNA yang sama. Basa pertama pada anticodon (G) dapat
berpasangan dengan U maupun C pada basa ketiga codon, yaitu dengan pasangan G-C atau
pasangan wobble G-U.
MUTASI SUPRESOR MEMPRODUKSI TRNA DENGAN PENGENAL KODON
YANG DIUBAH
Mutasi supresor telah terbukti dapat terjadi pada gen tRNA, yang dapat mengubah
antikodon dari tRNA. Contoh yang paling umum dari mutasi supresor yang mengubah
kespesifikan tRNA adalah yang menekan mutasi rantai terminasi UAG dengan pengkodean
sekuen gen. Mutasi ini disebut amber mutations, yang mengakibatkan sintesis polipeptida
terpotong. Mutasi yang memproduksi triplet rantai terminasi dalam gen disebut mutasi nonsense,
sedangkan mutasi yang mengubah triplet sehingga menentukan asam amino yang berbeda
disebut mutasi missense. Mutasi nonsense seringkali merupakan hasil dari substitusi pasangan
basa tunggal. Fragmen polipeptida yang dihasilkan dari gen yang mengandung mutasi nonsense
sering benar-benar nonfungsional. Penekanan mutasi nonsense telah menunjukkan hasil dari
mutasi pada gen tRNA yang menyebabkan tRNA mutan mampu mengenali terminasi atau
penghentian kodon (UAG, UAA, atau UGA), meskipun dengan efisiensi yang berbeda-beda.
Mutan tRNA ini disebut sebagai suppressor tRNA.
 PERTANYAAN:
1. Bagaimana penghitungan secara sistematis sehingga diperoleh 20 asam amino yang
dibentuk oleh tiga basa?
JAWAB: Perhitungan sistematisnya menggunakan rumus 43 yang menghasilkan 64 kode
yang berbeda sehingga akan mampu mengkodekan kedua puluh asam amino. Sehingga kode
yang mengkodekan asam amino terdiri dari tiga buah basa. Penghitungan ini juga membuktikan
bahwa asam amino terdiri dari tiga buah basa.
2. Jelaskan perbedaan antara mutasi nonsense dan mutasi missense!
JAWAB:
a Mutasi nonsense ialah mutasi yang memproduksi triplet rantai terminasi dalam gen.
Mutasi nonsense menghasilkan polipeptida yang terpotong dengan panjang rantai
bergantung pada posisi mutasi yang terjadi di dalam gen.
b Mutasi missense adalah mutasi yang mengubah triplet sehingga menentukan asam
amino yang berbeda. Sebuah gen yang berisi mutasi missense mengkode polipeptida
lengkap, namun dengan substitusi asam amino dalam produk gen polipeptida. Mutasi
nonsense seringkali merupakan hasil dari substitusi pasangan basa tunggal.
3. Bagaimanakah ikatan tRNA dengan asam amino?
JAWAB: Asam amino terikat pada tRNA dengan ikatan energi tinggi dari grup karboksil asam
amino dan 3-hidroksiltermini tRNA. Aminoasil tRNA reaktif terbentuk dari 2 langkah, keduanya
dikatalisis oleh enzim aktivasi atau aminoasil-tRNA sintetase. Setidaknya terdapat 1 aminoasil-
tRNA sintetase untuk 20 asam amino. Langkah pertama yaitu aminoasil-tRNA melibatkan
aktivasi asam amino menggunakan energi ATP. Ikatan asam amino-AMP secara normal tidak
terlepas sebelum ada langkah kedua, yaitu reaksi yang sesuai dengan tRNA. Ikatan
aminoasiltRNAs merupakan prekusor sintesis polipeptida pada ribosom, masing-masing tRNA
diaktivasi oleh kodon mRNA dan mempresentasikan konfigurasi asam amino.