1

Kuliah 5 - 6

EKSPRESI DAN
REGULASI GEN

FFS-UHAMKA Tim Dosen Biologi Molekuler

 Questions?
2

 Apakah itu Gen?

 Apa pengertian dari ekspresi Gen dan kapan Gen harus

diekspresikan?

 Bagaimana Gen diekspresikan?

 Bagaimana Gen harus dikendalikan?

3

GEN
 Pendahuluan: Prokariot dan eukariot
4

Materi inti (DNA) eukariot

Materi inti (DNA) prokariot
terkumpul di dalam inti sel
tersebar di sitoplasma
yang bermembran (membran
 Pendahuluan : Gen pada Prokariot

Protein
 Pendahuluan : Gen

Protein
 Pendahuluan: Kromosom, DNA dan
Gen
7

 Kromosom mengandung DNA.

 Total informasi genetik yang disimpan di dalam DNA suatu sel
disebut Genom.
 Genom DNA tersusun atas gen-gen.
 Satu gen dapat mengkode satu protein tertentu.
 Gen merupakan fragmen DNA di dalam kromosom.
 Pendahuluan: Aliran Informasi Genetik
8
 Pendahuluan : DOGMA MOLEKULER
9
 DOGMA MOLEKULER (2)
10

Gene expression?
- Transkripsi:
sintesis RNA dari
DNA template

- Translasi: formasi
sebuah protein
(rangkaian asam
amino) dari RNA
 Dogma molekuler: Gene expression dari Gen ke
Protein (Gen – mRNA - Protein)
11

Berlaku di
semua sel baik
prokariot
maupun
eukariot
12

EKSPRESI GEN
 Ekspresi Gen di Prokariot vs Eukariot
13

1 tempat: semua 2 tempat:

berlangsung di Nukleus
sitoplasma Sitoplasma
 Ekspresi Gen
14

 Ekspresi gen dimulai dengan proses transkripsi dan diakhiri dengan

proses translasi
 Transkripsi: perubahan gen (DNA) menjadi mRNA ---- RNA
polymerase
 Translasi: perubahan dari mRNA ke protein ---- Ribosom
 A. Ekspresi Gen pada Prokariot
15

 Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur Operon.

 Operon adalah organisasi beberapa gen yang ekspresinya
dikendalikan oleh satu promotor.
 Ekspresi gen pada Prokariot (Cont.)
16

 Operan lac merupakan salah satu organisasi gen pada prokariot untuk
menghasilkan enzim β-galaktosidase.
 Operon lac terdiri dari 3 gen struktural: lac Z, lac Y, lac A.
 Proses transkripsi pada prokariot akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode genetik untuk polipeptida yang berbeda beda, disebut
mRNA polisistik.
 Ekspresi gen pada Prokariot (Cont.)
17

 Struktur gen prokariot: regulatory sekuens (promotor +

operator) dan struktural sekuens (coding region).
 Promotor
18

 Promotor adalah urutan DNA

spesifik yang berperan dalam
mengendalikan transkripsi gen
struktural
 Berada pada bagian upstream.
 Fungsi promotor? Tempat awal
pelekatan RNA polimerase
 Pada prokariot, bagian penting
promotor disebut Pribnow box
pada urutan nukleotida -10 dan -
35. Biasanya berupa TATA box.
 Operator
19

 Operator merupakan urutan nukleotida yang terletak di antara

promotor dan bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan
protein represor (penekan atau penghambat ekspresi gen). Jika ada
represor yang melekat di operator maka RNA polimerase tidak bisa
melakukan transkripsi sehingga ekspresi gen tidak berlangsung.
 Coding region
20

 Gen struktural merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida

RNA.
 Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi ATG sampai kodon stop
(TAA/ TGA/ TAG).
 Pada prokariot tidak ada sekuens intron sehingga semuanya adalah
sekuen ekson
 Terminator dan RNA polimerase
21

 Terminator dicirikan sebagai struktur hairpin dan lengkungan yang

kaya akan urutan GC yang terbentuk pada molekul RNA hasil
transkripsi.

• RNA polimerase merupakan enzim yang mengkatalisis proses

transkripsi
 B. Ekspresi Gen pada Eukariot
22

 Perbedaan paling mencolok dengan prokariot adalah produk mRNA

pada transkripsi gen eukariot umumnya mengkode satu macam protein
(disebut mRNA monosistik).
 Ekspresi Gen pada Eukariot Overview
23

 Gen pada eukariot terdiri dari: enhancer – promotor – transcribed

region - terminator
 Ekspresi Gen pada Eukariot Overview
24

1. Proses transkripsi dimulai dengan

menempelnya RNA polimerase II
kepada promotor
2. mRNA terbentuk masih
mengandung intron
3. Pemrosesan mRNA dengan
capping dan polyadenylation
4. Splicing intron
5. mRNA terbentuk dan baru bisa
tertransport dari nukleus ke
ribosom
 Promotor eukariot
25

 Sama seperti prokariot, promotor gen eukariot umumnya adalah

TATA box yang terletak antara -35 sampai -10.
 Enhancer
26

 Enhancer adalah sekuens nukleotida tempat faktor transkripsi (TF)

berikatan, dan menyebabkan transkripsi dari gen menjadi meningkat.
 Enhancer bisa terletak di arah upstream atau downstream, sebagian besar
upsteam.
 Enhancer pada eukariot terletak jauh dari promotor, sementara enhancer
dari prokariot umumnya terletak sangat dekat.
 Silencer
27

 Elemen yang mirip seperti enhancer kecuali dari fungsinya

yang mengikat protein dan menghambat transkripsi.
 1. Inisiasi proses transkripsi
28

 RNA polymerase akan mengenali sekuens awal transkripsi, dengan

menempel pada daerah promotor.
 Pada tahapan ini RNA polymerase mulai membentuk basa RNA
pertama pada titik awal (start site) sesuai jarak yang ditetapkan dari
sekuens promotor.
 2. Pemanjangan RNA (Elongasi)
29

 Pada tahap ini RNA Polymerase bergerak sepanjang utas ganda

DNA, sambil melanjutkan sintesis RNA, sesuai dengan utas
template, sehingga mencapai titik terminasi.
 Daerah tempat DNA dikode menjadi RNA disebut sebagai
transcribed region
 3. Terminasi (Termination)
30

 Pengenalan titik akhir transcribed region, dimana setelah itu tidak ada
lagi penambahan basa pada utas RNA yang terbentuk.
 Terminasi ditandai dengan pembentukan loop pada mRNA, signal ini
akan dikenali oleh RNA polimerase. Sehingga mRNA akan terlepas.
 Where do Gen Start and Stop?

31

Sama halnya dengan prokariot, terminasi gen

eukariot terjadi ketika proses transkripsi
membentuk pola hairpin
 4. Pemrosesan RNA
32

a. Penambahan Cap pada ujung 5’ (Capping)

b. Penambahan basa Adenin (Polyadenilation)
c. Pemotongan intron (Splicing)
 a. Penambahan Cap pada ujung 5’ (Capping)
33

 Pada tahapan ini dilakukan penambahan basa G yang sudah

mengalami metilasi (penambahan CH3 pada unsur N) pada ujung 5’
untuk menghambat perusakan RNA oleh RNAse (enzim pengurai
RNA).
 b. Penambahan basa Adenine (Polyadenilate)
34

 Pada tahapan ini dilakukan penambahan banyak basa (10-30)

Adenine pada ujung 3’, yang dimaksudkan untuk meningkatkan
stabilitas RNA
 c. Pemotongan intron (Splicing)
35

 Pada tahap ini enzim restriksi memotong bagian

intron, selanjutnya bagian exon disatukan dengan
enzim ligasi menjadi messenger RNA.
 Intron yang sudah dipotong diurai lagi menjadi basa,

dan digunakan untuk pembentukan RNA berikutnya.

 Pemrosesan RNA Overview
36
 Sintesis Protein/Translasi
37

 Tahapan Ekspresi Gen yang terakhir: Sintesa protein

 mRNA akan diproses menjadi protein
 Perbandingan mRNA Prokariot dan Eukariot
38

 mRNA mengandung untranslated region (UTRs 5’, 3’)

 mRNA Eukariot umumnya mengkode satu protein (one polypeptide)
– Monocistronic
 mRNA Prokariot dapat mengkode beberapa macam protein (many
polypeptide) -- Polycstronic
 Penerjemahan mRNA (Translasi mRNA)
39

 Satu asam amino dikode oleh 3 basa, disebut sebagai kodon.

 Jumlah asam amino adalah 20, sehingga ada beberapa asam amino
dikode oleh lebih dari 1 codon.

 Ujung awal rantai asam amino (M) disebut ujung Nitrogen (N-
terminal), sedangkan ujung asam amino oleh stop kodon (S) disebut
ujung karboksil (C-terminal).
 KODON
40
41

 mRNA yang berikatan dengan ribosome, memulai dengan penempelan

tRNA pembawa methionine (M-tRNA) dari 3 basa pembawa kodon
AUG
 Translasi berlangsung sepanjang ORF hingga berhenti pada kodon
Stop
 Daerah yang tidak diterjemahkan disebut sebagai UTR
UTR ORF UTR
AUG UGA, UAA, UAG
M-tRNA
42

REGULASI
GEN
43

Regulasi Prokariot
 Regulasi Gen pada Bakteri
44

 Bakteri mempunyai beribu-ribu gen

 Tidak semua ditranskripsi pada waktu yang sama
 Bila itu dilakukan maka akan membuang energi yang banyak
 Namun beberapa gen ditranskripsi sepanjang waktu  Siapa dia ?
 “housekeeping” genes
 Gen lain diekspresikan sebagai tanggapan (respon) akibat terjadinya
perubahan lingkungan
 Regulasi Gen pada Bakteri
45

 Regulasi transkripsi
 Jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) diperlukan, maka
gen akan ditranskripsi
 Jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) Tidak diperlukan,
maka gen akan Tidak akan ditranskripsi
 Unit Transkripsi pada Bakteri
46

Operon

promoter
operator

-35 TTGACA
-10 TATAAT (Pribnow box)
 Regulasi Gen pada Bakteri
47

 Regulasi transkripsi
 Regulasi translasi

 Regulasi post translasi (protein modification)

Regulasi transkripsi
Jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen)
diperlukan, maka gen akan ditranskripsi
Jika suatu protein (yang dikodekan oleh gen) Tidak
diperlukan, maka gen Tidak akan ditranskripsi
 Regulasi pada Transkripsi
48

 Kontrol Positif atau Negatif

 Positif - membutuhkan suatu protein untuk
terjadinya transkripsi
 Negatif - protein dibutuhkan untuk mem block

transkripsi

 Model operon pada bakteri

 Lac operon
 Trp operon
 Regulasi Lac operon
49

 Merupakan Kontrol Negatif

 Repressor protein (lac I gene product)

 Berikatan pada operator region dari Lac operon

 Mencegah terjadinya proses transkripsi

 Induksi repressed operon
50

(allolactose)
(lac repressor) (can’t bind)

o
 Regulasi Lac operon
51

 Repressor berikatan pada operator

 TIDAK terjadi transkripsi
 Effector berikatan pada Repressor
 Repressor tidak dapat berikatan dengan operator
 Terjadi Transkripsi
 Berkurangnya konsentrasi Effector
 Repressor akan bebas untuk berikatan dengan operator
 TIDAK terjadi transkripsi
 Repressi Operon Bakteri
52

Repressor co-repressor (tryptophan)

Biosynthetic
complex Operons
(Trp Operon)
 Aktivasi & Deaktivasi Operon
53

effector
inactive
Activator
complex
 Lac Operon
54

Regulation
Regulation Gene

Operon Lac
 Trp Operon
55
56

Regulasi Eukariot
 Regulasi Transkripsi Eukariotik
57

 Lebih kompleks dibanding bakteri

 Pengendalian dimediasi oleh protein-protein yang diklasifikasikan
sebagai Transcription Factors - TF :
 Basal TF - diperlukan oleh semua gen
 Specific TF - menentukan spesifitas ekspresi
 Activator - meningkatkan ekspresi
 Repressor - menurunkan ekspresi
58
 Model for Enhancer/ Silencer action (Regulasi Eukariot)
59
 Regulasi eukariot: aktivasi (TF + aktivator)
60
 Regulasi eukariot: aktivasi (TF +
aktivator)
61
62
 Silencer
63
 Penerapan
64

 Merekayasa promoter yang berbeda di depan coding

sequences yang diinginkan, dapat menghasilkan:

a. Regulasi yang berbeda

b. Meningkatkan laju ekspresi
c. Mengubah waktu ekspresi
d. Ekspresi terjadi di jaringan yang berbeda
e. Ekspresi pada organisme yang berbeda
 Regulasi Transkripsi Eukariotik
65

 Beberapa gen ditranskripsi pada hampir semua sel

 “housekeeping” genes

 Sifat unik dari sel itu disebabkan oleh ekspresi gen-gen

spesifik yang terkandung dalam sel tersebut
 cell-specific expression
 tissue-specific expression
 Tahapan Regulasi Ekspresi Gen Eukariot
66

1.Prokaryotes respond quickly to their environments mainly by

transcriptional (regulatory proteins bind DNA) control.
Translational control also occurs, mediated by stability of the
mRNAs.
2.Eukaryotes have more complex means to regulate gene expression,
because they have compartments (e.g., nucleus) within cells, and
often multicellular structures that require differentiation of cells.
3.Levels at which expression of protein-coding genes is regulated in
eukaryotes:
a. Transcription.
b.mRNA processing and transport.
c. Translation.
d.Degradation of mRNA.
e. Protein processing.
67
68
 Regulasi Gen Eukariot
69
 How is gene expression regulated? (p. 180)
70

 Control can happen at several

points in the process

 Control to turn on/turn off protein

production

 Control amount of protein

production
 Cells can control
the frequency of
DNA transcription.
11 transcription
transcription

pre-mRNA Different mRNAs

22 mRNA
mRNA
processing
processing
may be produced
from a single gene.

mRNA
Cells can control the
rate of translation of
particular mRNAs.
Cells can 3 translation

regulate the inactive

activity of
protein
Cells can regulate
enzymes.
44 modification
modification a protein’s activity
substrate
active
by modifying it.
protein
product 55 degradation
degradation Cells can regulate
amino a protein’s activity
acids
71
by degrading it.
Figure 10-11 Biology: Life on Earth 8/e ©2008 Pearson Prentice Hall, Inc.
 How are genes controlled in eukaryotes?
72

1) Regulation of Chromatin Structure

2) Pre and post Transcriptional Regulation
3) Pre and Post Translational Regulation
 Regulation of Chromatin Structure
73
 Regulation of Chromatin Structure
74

N-terminus (amino group) of

histone proteins face
outwards from nucleosome
Tails are thus able to be
modified chemically
 Regulation of Chromatin Structure
75

• Histone
 Acetylation
Methylation – neutralizes
 Promotes (+) charges on tails,
condensation
• which prevents binding
Phosphorylation  cantoprevent
adjacent nucleosome if
condensation,
loose chromatin structure
phosphorylation results,
is adjacent allowing
to methyl for
group
increased transcription
 Pre-Transcriptional Regulation
76

 Similar to methods used in bacterial operons, using proteins that inhibit

or promote binding of RNA pol.
 Distal and Proximal Control Elements
 Proteins involved include:
 Transcription factors
 Activators
 Mediator Proteins
77
 Post-Transcriptional Regulation
78

RNA Processing
– differential/alternative splicing can produce different 20 mRNA
transcript

Differential splicing redefines

which RNA segments are
considered introns and which
are exons
 Post-Transcriptional Regulation
79

 Time of mRNA degradation can vary

 Pre-Translational Regulation
80

Initiation of Translation
- can be blocked by regulatory proteins that prevent ribosome
binding
- shortened polyA tails in mRNA prevents translation (polyA tails
can be added during appropriate time)
- global regulatory control of all mRNAs in cell
 Post-Translational Regulation
81

 During protein processing, folding

 Timing of protein degredation can vary
 Proteasomes degrade proteins that are tagged by ubiquitine
molecules
82