Tugas Resume

Nuzula Hidayatun Nufus - 1711015120016

Proses Transkripsi dan Translasi
Transkripsi
Transkripsi
Proses sintesis RNA dari template DNA. Proses ini terjadi di nucleus.
Tahapan yang terjadi adalah:
1. Inisiasi
RNA polymerase berikatan pada bagian promoter
2. Elongasi
Dua untaian DNA terbuka atau terpisah  RNA polymerase menggunakan
salah satu untai sebagai template  RNA polymerase menempelkan
basa-basa nukleotida komplementer pada template DNA dari 5’ ke 3’
3. Terminasi
Elongasi akan berhenti saat RNA polymerase mencapai terminator 
dihasilkan mRNA

Pasca-transkripsi
Proses ini biasanya hanya terjadi di sel eukariot. Proses ini juga disebut
RNA splicing dimana intron dipotong dari pre-mRNA oleh spliceosome dan
dilakukan penambahan cap pada ujung 5 dan ekor poli-A pada ujung 3
mRNA memasuki sitoplasma
Proses Transkripsi dan Translasi
Translasi
Translasi
Translasi adalah proses pembentukan polipeptida yang didapatkan dari
penerjemahan kodon pada sekuens mRNA. Tahapan yang terjadi adalah:
1. Inisiasi
mRNA berikatan dengan ribosom  tRNA berikatan pada start codon
mRNA di daerah P
2. Elongasi
Antikodon tRNA yang terikat dengan asam amino berikatan pada kodon
mRNA  tRNA berikatan di daerah A  asam amino pada tRNA di daerah
P berikatan dengan asam amino pada tRNA di daerah A  kompleks
tersebut bergeser kearah kiri, tRNA yang tadi berada pada daerah P
berada di daerah E dan meninggalkan ribosom  tRNA yang baru berada
di daerah A  polipeptida terbentuk dari rantai asam amino
3. Terminasi
Ribosom berikatan dengan stop kodon  proses translasi berhenti 
polipeptida dilepaskan  polipeptida memasuki organel sel untuk
modifikasi
Pasca-translasi
Polipeptida bisa mengalami modifikasi yang berpengaruh pada lokalisasi,
struktur, atau aktivitas protein.
Alur Ekspresi Genetik (Gene Expression Patterns)
Alur Ekspresi Gen Ekspresi Gen?
Ekspresi gen adalah proses dimana sekuens nukleotida
dalam suatu gen digunakan untuk sintesis produk
fungsional, contohnya protein.

Alur Ekspresi Gen

1. Transkripsi : DNA  pre-mRNA/rRNA/tRNA
2. Pasca-transkripsi: pre-mRNA/rRNA/tRNA 
pemotongan intron, penambahan pada ujung 3 dan 5 
RNA/rRNA/tRNA
3. Translasi: Ribosom + tRNA  mRNA  asam amino 
polipeptida
4. Pasca-translasi: Polipeptida (protein) dimodifikasi 
lokalisasi, aktivasi, struktur
 Alur Ekspresi Genetik (Gene Expression Patterns)
Pattern/Pola dari Ekspresi Gen

Ekspresi gen - random dan unik

Pola ekspresi gen  menggambarkan level ekspresi gen

yang berbeda-beda pada waktu atau kondisi dan sel atau
jaringan yang berbeda-beda pula.

Pola ekspresi gen dapat menggambarkan:

1. Gen yang aktif dan yang tidak saat ekspresi gen
2. Jenis gen yang terlibat (konstitutif, housekeeping,
fakultatif, inducible (dapat diinduksi)
3. Fungsi sel
 Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase Chain Reaction atau PCR adalah teknik amplifikasi
atau perbanyakan DNA secara enzimatik dengan pemanasan,
beberapa reagen, dan secara in vitro
Aplikasi: forensik, diagnosis, monitoring penyakit, deteksi penyakit
Tahap:
1. Denaturasi
Denaturasi dilakukan pada suhu >90oC untuk memisahkan dua
untai DNA dengan cara memutuskan ikatan hidrogen antar basa
komplementer sehingga menjadi untai tunggal. Untai tunggal
tersebut digunakan sebagai template.
2. Annealing
Annealing dilakukan pada suhu 40-65oC. Primer menempel pada
sekuens target template dan menjadi marker untuk penempelan
DNA polymerase.
3. Ekstensi
Ekstensi dilakukan pada suhu 72oC. DNA polymerase akan
memperpanjang primer dengan menempelkan basa nukleotida
yang akan menempel pada template dari ujung 3’ ke ujung 5’.
Proses berulang 25-30 siklus.
 Prinsip Kerja DNA Microarray
• DNA microarray atau DNA chip  alat yang menggunakan ribuan gen untuk melihat ekspresi gen dengan prinsip hibridisasi
antara mRNA dan DNA template. DNA microarray digunakan saat ingin mengetahui level ekspresi gen yang berbeda pada
lingkungan, jaringan, sel, atau waktu yang spesifik. DNA microarray juga digunakan saat ingin mengetahui gen mana yang
teraktivasi atau terinaktivasi pada jaringan, waktu, atau kondisi tertentu.
• Seluruh proses terjadi pada chip yang mengandung berbagai fragmen DNA. Chip berupa resin atau kaca
• DNA microarray sering digunakan karena skrining atau deteksi beribu-ribu sampel DNA dan protein dapat dilakukan secara
simultan atau bersamaan sehingga merupakan teknik yang sangat cepat.

Prinsip kerja utama:

• Hibridisasi antara dua untai DNA tunggal yang komplementer. Kedua untai tersebut membentuk ikatan
hidrogen pada basa nukleotidanya. Hibridisasi penting  mengetahui jenis gen target yang terikat pada jenis
gen yang sudah diketahui
• Pasangan basa komplementer dalam jumlah yang tinggi  ikatan non-kovalen yang lebih kuat
• Setelah sekuens nonspesifik dicuci  cDNA yang tidak berikatan bisa diabung & tidak mengganggu  untaian
DNA yang berikatan kuat masih terhibridisasi
• Substrat yang berfluorosensi dan terikat pada sampel agar mudah dideteksi berikatan dengan kontrol
sinyal yang tergantung pada kekuatan hibridisasi, kondisi hibridisasi, dan pencucian setelah hibridisasi
• Kekuatan sinyal  hibridisasi sampel target dengan kontrol pada chip
• Intensitas sinyal dibandingkan dengan intensitas sampel yang sama namun dengan kondisi berbeda 
mengetahui adanya perbedaan atau abnormalitas
• Analisis kualitatif maupun kuantitatif menggunakan autoradiografi, scanning laser, alat deteksi fluorosensi,
sistem deteksi enzim  membaca sinyal
 Prinsip Kerja DNA Microarray
Tahapan:
1. Sampel dikulturkan
2. Isolasi mRNA dengan purifikasi menggunakan
fenol. Fase yang mengadung mRNA diambil.
3. Penambahan enzim reverse transcriptase sehingga
mRNA  cDNA
4. cDNA ditambah pewarna (dye) berfluorosensi
5. cDNA ditambahkan pada DNA chip sehingga terjadi
hibridisasi.
6. Cuci cDNA yang tidak atau kurang terikat pada
DNA template (nonspesifik)
7. Visualisasi dengan scanner
8. Normalisasi dan analisis hasil
 Aplikasi DNA Microarray di Bidang Medis
1. Profil ekspresi gen
Profil dari ekspresi gen dapat menggambarkan adanya penyakit, tahap perkembangan, ataupun
terapi yang mempengaruhi ekspresi gen tersebut. Contohnya, identifikasi gen yang ekspresinya
berubah karena adanya pathogen dengan membandingkannya pada sel yang tidak terinfeksi
pathogen tersebut. Selain itu, identifikasi gen  pengobatan, penyakit, dan tahap perkembangan.
2. GeneID
Microarray yang digunakan untuk mendeteksi penyakit dengan proses pengecekan identitas
organisme dalam makanan, mikoplasma di kultur sel, atau pathogen untuk deteksi penyakit.
Biasanya dilakukan penggabungan teknologi PCR dan microarray.
3. Immunopresipitasi Kromatin pada Chip
Sekuens DNA yang terikat pada protein khusus dapat diisolasi dengan cara mengimunopresipitasi
protein tersebut lalu dihibridisasi pada microarray untuk mengetahui situs pengikatan protein pada
genome.
4. DamID
Daerah genom yang terikat pada protein target dapat diisolasi untuk mengetahui situs pengikatan
DNA. Protein yang terikat DNA  lokalisasi methyltransferase pada situs pengikatan
 Aplikasi DNA Microarray di Bidang Medis
4. Deteksi SNP
Identifikasi polimorfisme (perubahan sekuens DNA) untuk nukleotida tunggal sehingga dapat
digunakan untuk mengidentifikasi kandidat obat yang akan digunakan, mutas pada sel kelamin dan
sel kanker, analisis forensic, dsb.
5. Deteksi pemotongan alternatif
Penanda yang digunakan untuk mengetahui situs pemotongan exon suatu gen. Deteksi ini dapat
digunakan untuk deteksi penyakit yang disebabkan oleh kesalahan situs pemotongan.
6. Gen fusi
Microarray jenis ini dapat digunakan untuk mendeteksi hasil transkripsi yang berfusi atau
bergabung misalnya untuk sel kanker.
8. Tilling array
Tilling array digunakan untuk karakterisasi gen yang bermutasi dimana dapat diketahui delesi,
insersi, atau subtitusi yang menyebabkan mutasi tersebut. Tilling array menggunakan probe yang
berikatan pada seluruh bagian gen Tilling array juga dapat digunakan untuk perbedaan pola
ekspresi karena kondisi lingkungan pada gen tanaman.