Regulasi Ekspresi Gen

Luluk Hermawati

Bagian Biologi Medik FKUIN

Aktifitas kehidupan pada tingkat sel/organisme diatur & dikontrol
melalui sistem distribusi informasi yang ada dalam sel.
Informasi tersebut ada dalam
bentuk materi → materi genetik.
Genome
Keseluruhan informasi genetik dalam suatu organisme
◦ Informasi genetik inti: terletak di kromosom
◦ Informasi genetik organel: mitokondria, plastida (kloroplast)
Sistem distribusi informasi dalam materi genetik :

- Dari sel generasi satu ke sel generasi berikutnya pada

waktu pembelahan sel ⎯ mitosis & meiosis.

- Diterjemahkan menjadi informasi bentuk lain dan

didistribusikan ke bagian-bagian sel atau lingkungan sel
→ diekspresikan ⎯> tampak/terdeteksi sebagai fenotip.
DNA component
Basa
Dua macam basa
Purin
◦ Adenine A DNA RNA
◦ Guanine G DNA RNA

Pyrimidines
◦ Cytosine C DNA RNA
◦ Thymine T DNA
◦ Uracil U RNA
Struktur nukleotida
Nukleotida terdiri dari:
Gula pentosa
Yaitu gula dengan 5 karbon
Pada DNA gula ini adalah
deoksiribosa.
Pada RNA gula beruba gula ribosa.
Sebuah group fosfat
Fosfat ini menghubungkan gula pada satu
nukleotida ke fosfat pada nukleotida
berikutnya untuk membentuk
polinukleotida
Basa nitrogen

DNA :
◦ Timin (T)
◦ Adenine (A)
◦ Sitosin (C)
◦ Guanin (G)

RNA :
◦ Urasil (U)
◦ Adenin (A)
◦ Sitosin (C)
◦ Guanin (G)
Perpasangan basa
 DNA - Gen

Gen dapat digambarkan sebagai segmen molekul DNA yang

berisi kode untuk sekuens asam amino dari suatu rantai
polipeptida (protein)
RNA : Macromolecule that functions as a genetic
information storage or as a messenger
Ada 3 tipe RNA:
RNAd → carries genetic code from
chromosome to ribosome
RNAr → Main structural of ribosomes
RNAt → carries amino acids to ribosome

Rantai RNAd.
Struktur kimia urasil dan Struktur RNAt.
ribosa pada RNA.
The Structure of RNA :

1. 5-carbon ribose
2. Nitrogen base
- form purine group:
Adenine (A) and Guanine (G)
- form Pyrimidine group:
Cytosine (C) and Uracil (U)
3. Phosphate group

18
Perbedaan DNA dan RNA

:
:
Dogma central of Genetic Material

DNA

Transcription

rRNA mRNA tRNA

ribosome

Translation

Protein
Ekspresi Gen : Prokariot & Eukariot
Materi genetik pada sel manusia dan hewan
disimpan di dalam inti sel
 DNA replication

• DNA replication is the process by which the

genetic material is copied
– The original DNA strands are used as
templates for the synthesis of new strands

• It occurs very quickly, very accurately and at

the appropriate time in the life of the cell
Replikasi dalam Siklus Sel

Terdapat 4 Fase
1. G1, Fase pertumbuhan
2. S, Fase sintesis DNA
3. G2, Fase persiapan pembelahan sel
4. M, Fase Mitosis/pembelahan sel
 Teori Model Replikasi DNA
1. Model Konservatif
▪ Kedua untai induk tetap bersama setelah proses replikasi berlangsung

2. Model Semikonservatif
▪ Untai ganda yang terbentuk setelah proses replikasi terdiri dari untai induk
dan untai anak

3. Model Dispersif
▪ Untai induk dan anak tercampur dalam masing-masing untaian setelah
proses replikasi
Teori Model Replikasi DNA
STRUCTURAL OVERVIEW OF
DNA REPLICATION
DNA replication relies on the complementarity of
DNA strands
◦ The AT/GC rule or Chargaff’s rule

The process can be summarized as such

◦ The two DNA strands come apart
◦ Each serves as a template strand for the synthesis of new
strands

◦ The two newly-made strands = daughter strands

◦ The two original ones = parental strands

11-3
 Identical
base sequences

Figure 11.1
11-4
DNA replication is “semi-conservative”

DNA replication:

1) Separation of the two strands

2) Complete replication using each strand

as a template for the synthesis of a new
“daughter” strand
 DNA replication is also bi-directional

• Replication starts at “origins of replication” or “replication fork”

Garpu replikasi/Growing Fork
Leading strand: sintesis DNA terjadi secara
kontin
Lagging strand: sintesis DNA terjadi melalui
pembentukan utas-utas pendek
 Replikasi DNA melibatkan :

1.Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi

nukleotida-nukleotida
2.Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA
utas lagging
3.Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai
polimerisasi DNA pada lagging strand
4.Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan
DNA double heliks
5.Single strand DNA-binding protein : menstabilkan DNA
induk yang terbuka
 Process of DNA replicatiton

1. Inisiasi (Pemrakarsa/Permulaan)
2. Elongasi (Pemanjangan)
3. Terminasi (Penghentian/Pengakhiran)
Semidiscontinuous DNA Replication
Replication Causes DNA to Supercoil
Rubber Band Model
of Supercoiling DNA

DNA Gyrase relaxes positive

supercoils by breaking and
rejoining both DNA strands.
 Gen Transcription

LU LU K H E R M AWAT I
PMIB-FKUI
A Gene is a Transcription Unit
Promoter Terminator
Regulatory
sequence

DNA

Transcription

mRNA 5 3

Many
Start codons Stop
codon codon

Ribosomal-
binding site
 Gene Expression
There are 4 major events that occur durin the process of gene
expression
◦ Transcription
◦ RNA processing
◦ Translation
◦ Protein processing
The Central Dogma
Prinsip yang harus dipegang
1. adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida
trifosfat (ribosa, ATP, GTP, CTP, dan UTP). (tidak ada
Timin pada RNA). Bedakan dg replikasi !!
2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama
dengan replikasi DNA yaitu dengan arah 5′ 3′ (5’-PO4 ke
3’-OH).
3. Enzim yang bekerja adalah RNA polimerase yang
mampu melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya
molekul primer
4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah
satu untai.
5. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.
 Defined regions are transcribed
upstream transcribed downstream
region region region

gene dsDNA

promoter transcription termination

start site site
(RNA polymerase
binding site)
TB
 Transcription

Coding
(sense) strand
5’ 3’
3’ 5’
Template
(antisense) strand
 Transcription

Coding
(sense) strand
5’ 3’
3’ 5’
RNA Template
Pol. (antisense) strand
5’
RNA
 Transcription

Coding
(sense) strand
5’ 3’
3’ 5’
Template
RNA
(antisense) strand Pol.
5’
 RNA Polymerase
RNA Polymerase merupakan enzim spektakuler, mempunyai fungsi:

•Mengenali promoter region

•RNA Polymerization
•Mengenali urutan terminator
 Start Codon Stop Codon
Eukaryotic
Cis- Gene Structure
ATG TAA, TAG, TGA
Regulatory
Elements
Exon1 Exon2 Exon3
Promoter/
Enhancer 5’ UTR 3’ UTR

Exon1 Exon2 Exon3

Start Codon Stop Codon

polyA tail
Exon1 Exon2 Exon3 AAAAAAAA
5’ UTR 3’ UTR
Transcription Proceeds Through 3 Steps
Initiation
Transcription factors & RNA polymerase
recognize & bind the promoter

DNA adjacent to the promoter is

denatured forming the open promoter
complex

Elongation

• RNA polymerase moves along the

DNA in synthesizing a RNA transcript.
Synthesis is 5’→3’ – Only 1 strand of
DNA is read as a template.

Termination

• A termination signal is reached

causing RNA polymerase to
dissociated from the DNA
Figure 12.2
Translasi
 Translasi
Translasi => proses sintesis
polipeptida sesuai dengan urutan
triplet basa pada mRNA (kodon)
yang berpasangan dengan triplet
pada tRNA (anti kodon)
Komponen translasi :
◦ mRNA
◦ tRNA
◦ Ribosom
Interaksi ribosom, tRNA dan mRNA
 Copyright © The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required for reproduction or display.

Interaksi kodon - anti kodon

Leucine

fMet 2

1
A
P
E 2
1

G AC G
Anticodon U AC C UG CCG
A UG
mRNA

Codon
UAG

(a) Entrance of tRNAs 1 and 2

Kodon dan Anti-kodon
Kodon: unit dasat kode genetik; terdiri atas tiga basa nitrogen pada mRNA
Anti-kodon: tiga basa nuleotida pada tRNA yang berkomplemen dengan
kodon
Proses Translasi.