BAB II

PEMBAHASAN
A. Definisi Transkripsi DNA
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan
DNA menjadi molekul RNA. Kata transkripsi berasal dari bahasa Inggris transcription yang
berarti penyalinan atau perekaman. Prosesnya berlangsung didalam inti. Transkripsi diatur
oleh enzim RNA polimerase. RNA polimerase dalam membuat RNA menggunakan DNA
untai tunggal. etiap gen hanya mengendalikan satu protein maka dianggap hanya satu untai
RNA yang dibuat.
e!ara "ungsional# transkripsi diartikan sebagai trans"er in"ormasi genetik yang
terdapat dalam urut-urutan nukleotida DNA menuju ke urut-urutan nukleotida RNA atau
penyalinan atau perekaman in"ormasi genetik yang ada pada DNA berupa urutan nukleotida
yang menghasilkan salinan atau rekaman berupa urutan nukleotida RNA dan menggunakan
DNA sebagai template $!etakannya%.
Penyalinan DNA merupakan proses sintesis RNA dengan menggunakan !etakan
DNA. Penyalinan DNA menghasilkan tidak hanya mRNA saja tetapi juga rRNA $RNA
ribosomal% dan tRNA $RNA trans"er%. &olekul-molekul RNA ini disintesis oleh enzim
polymerase RNA yang membuat turunan RNA dari urutan nukleotida DNA.
A. Komponen yang Terlibat dalam Transkripsi DNA
Terdapat beberapa komponen utama yang terlibat dalam transkripsi DNA yaitu '
(. Urutan DNA yang akan di transkripsi (Cetakan atau template)
)
atu urutan RNA merupakan hasil transkripsi dari satu ruas DNA pada
kromosom yaitu ruas yang dibatasi oleh promoter dan terminator. *aik promoter
maupun terminator merupakan sederetan basa yang menjadi tanda bagi enzim
polimerase RNA untuk menga+ali dan mengahiri proses transkripsi. ,en hanya
mengendalikan satu protein. Dari satu gen hanya satu RNA yang dihasilkan dan bila
ke dua urutan tersebut digunakan sebagai model !etakan maka akan ada dua RNA
yang dihasilkan oleh satu gen. -anya satu dari dua urutan DNA yang digunakan
sebagai model !etakan sedangkan urutan lain merupakan urutan pendamping.
ebenarnya semua urutan DNA tunggal dapat digunakan sebagai urutan
!etakan oleh polimerase RNA. Polimerase RNA mempunyai kemampuan untuk
membedakan kedua urutan DNA menjadi urutan !etakan dan urutan pendamping#
Kemampuan ini dipunyai oleh polimerase RNA yang dinyatakan sebagai "aktor sigma
yang dapat mengenali promoter. Promotor merupakan rangkaian nukleotida yang
tersusun sedemikian rupa sehingga dapat menjadi isyarat bag "aktor sigma untuk
memba+a polimerase RNA mulai bekerja mensintesis RNA.
2. Enzim RNA Polimerase
a. Pada Prokariotik
Pada bakteri subunit-subunit protein menyusun holoenzim dan "aktor yang
termasuk dalam holoenzim yaitu enzim inti dan "aktor sigma. .nzim inti disusun
oleh lima subunit yaitu /# /0# 1 dan 2 subunit 3. Polimerisasi atau sintesis RNA
dapat dilakukan oleh enzim inti tanpa "aktor sigma. Tetapi enzim ini tidak mampu
mengenali dengan tepat promoter dan untuk mengenalinya diperlukan "aktor
sigma. Protein nus A akan menempel pada enzim inti menggantikan "aktor sigma
dan kemungkinan ber"ungsi dalam sintesis perpanjangan rantai RNA.
b. Pada .ukariot
Terdapat tiga ma!am kompleks RNA polimerase# yang masing-masing
diperlukan untuk transkripsi tipe-tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga
ma!am RNA polimerase tersebut dapat diketahui melalui pemurnian menggunakan
4
teknik kromatogra"i dan elusi pada konsentrasi garam yang berbeda. &asing-
masing RNA polimerase mempunyai sensiti5itas yang berbeda terhadap toksin
jamur -amanitin dan hal ini dapat digunakan untuk membedakan akti5itasnya
satu sama lain.
RNA polimerase I $RNA Pol I% mentranskripsi sebagian besar gen rRNA.
.nzim ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensiti" terhadap 3-amanitin. RNA
polimerase II $RNA Pol II% mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear ke!il $snRNA%. .nzim ini terdapat di dalam
nukleoplasma dan sangat sensiti" terhadap 3-amanitin. RNA polimerase III $RNA
Pol III% mentranskripsi gen-gen tRNA# rRNA# snRNA dan beberapa RNA ke!il
lainnya. .nzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan agak sensiti" terhadap 3-
amanitin.
3. aktor!aktor "ranskripsi
"aktor transkripsi adalah sekelompok protein yang berperan serta dalam proses
transkripsi kode genetik menjadi mRNA. 6aktor transkripsi diketahui berperan penting
dalam pengendalian sejumlah 5ariasi "enotipe penting.
#. Prekursor untuk sintesis RNA
Prekursor merupakan bahan a+al untuk membentuk bahan de"initi".
B. Waktu dan Tempat Terjadinya Transkripsi DNA
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks pada mitokondria
dan plastid. Proses transkripsi dimulai ketika enzim RNA polimerase berkontak dengan
protei pada DNA yang disebut promoter. etelah tahap transkripsi dimulai dari proses yang
disebut inisiasi yaitu ketka enzim RNA polimerase bergabung dengan promoter.
Pada tiap gen# promoter hanya mengkode untuk mentranskripsikan satu untai DNA saja.
*agian yang ditranskripsikan berbeda antara satu gen dengan gen lainnya. Tahap
transkripsi berikutnya adalah pemanjangan RNA# RNA terpisah atau menjauh dari DNA
templatenya sehingga kedua untai DNA dapat bergabung lagi# dilanjutkan dengan tahap
7
ketiga. Tahap terminasi yaitu ketika RNA polimerase men!apai urutan basa tertentu yang
disebut terminator.
C. Proses Transkripsi DNA
(. &ekanisme dasar Transkripsi
*aik transkripsi di eukariot maupun prokariot melalui tahapan berikut yaitu '
a. Penempelan "aktor pengendali transkripsi di promotor# misalnya RNA polimerase
$Inisiasi%.
b. Pembentukan kompleks promotor terbuka $open promotor comple%. , seperti replikasi
dimana DNA dibuka pada transkripsi pilinan DNA dibuka namun masih tetep di dalam
RNA polimerase.
c. RNA polimerase memba!a DNA template dan melakukan pengikatan nukleotida yg
komplementer $.longasi%.
d. etelah pemanjangan untaian RNA# diikuti dengan terminasi yang ditandai dengan
lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi (Terminasi).
(. Mekanisme Transkripsi secara umum
Pemrakarsa (Inisiasi).
Pada inisiasi# enzim polimerase RNA harus menyalin gen# bukan sekedar
potongan DNA. Ini berarti bah+a pengikatan a+al dari enzim polimerase RNA ke
molekul DNA harus terjadi pada daerah tertentu yaitu tepat di depan atau sebelum gen
8
yang akan disalin. Titik temu antara polimerase RNA dengan DNA disebut promoter.
etelah terikat pada promoter# polimerase RNA membuka pilihan ganda DNA untuk
mendedahkan nukleotida-nukleotida pada setiap jalin pendek DNA. alah satu jalin DNA
yang terdedah berperan sebagai !etakan bagi pasangan basa komplemen dengan
monomer tri"os"at ribonukleosida# dua di antara ribosom nukleosida diikat satu dengan
yang lain oleh polimerase RNA untuk mulai membentuk rantai RNA.
Pada ..!oli urutan nukleotida promotor dibagi menjadi dua kelompok yaitu '
(. 70-TT,A9A-)0
2. 70-TATAAT-)0
Pada dasarnya urutan nukleotida pada promotor berbeda dari gen ke gen tapi semuanya
mirip dan dikenali oleh urutan persetujuan $!onsensus se:uen!es%. Promotor pada
eukaryot sedikit berbeda dari prokaryot. Perbedaan terletak pada urutan persetujuannya.
Pada eukaryot# nukleotida promoter juga dibagi menjadi 2 kelompok# namun dengan
urutan persetujuannya yang berbeda. ;rutan persetujuan pada eukaryot sebagai berikut '
a. 70-,,NN9AAT9T-)0
b. 70-TATAAAT-)0
N menunjukkan kedudukan yang mungkin dapat ditempati oleh A# T# , atau 9.
Pemanjanan (E!"nasi)
Proses pemanjangan penyalinan umumnya bergerak lurus ke depan. Kelompokan
enzim polimerase RNA bergerak sepanjang molekul DNA# bereaksi dan membuka
pilihan ganda DNA# sementara itu se!ara berturutan mengikatkan ribonukleotida-
<
ribonukleotida ke ujung )0 dari molekul RNA yang sedang tumbuh. Pada proses ini#
terdapat tiga hal yang patut mendapat perhatian yaitu bah+a salinan selalu lebih panjang
daripada gen yang disalin. etiap saat melakukan penyalinan# pilihan ganda DNA yang
terbuka atau terurai hanya sedikit dan laju perpanjangan tidak tetap.
Pen#entian (Terminasi)
eperti halnya tahap permulaan# tidak dapat terjadi di sembarang tempat namun#
harus terjadi di tempat yang tepat yaitu segera setelah gen terakhir dari jalin yang disalin.
*erbeda dengan tahap-tahap permulaan penyalinan# tahap penghentian ini tidak
diprakarsai oleh urutan khas seperti promoter# melainkan oleh isyarat yang lebih rumit.
Akhir penyalinan# ditandai dengan terdisosiasinya enzim polimerase RNA dari DNA dan
lepasnya salinan RNA.
=
&olekul-molekul RNA yang merupakan hasil penyalinan dilkelompokkan
berdasarkan "ungsinya. &olekul-molekul tersebut adalah rRNA# tRNA# dan mRNA.
rRNA dan tRNA merupakan hasil akhir dari proses ekspresi gen dan mereka di dalam sel
berperan sebgai molekul-molekul RNA. ebaliknya mRNA# masih melakukan ekspresi
gen sekali lagi yaitu penerjemahan atau translasi# dan hanya berperan sebagai perantara
antara gen dan hasil akhir ekspresinya yaitu polipeptida. rRNA dan tRNA sering disebut
RNA stabil# sedangkan mRNA !epat sekali berubah atau berumur pendek. rRNA dan
tRNA# kedua-duanya terlibat dalam proses sintesis protein# meskipun mereka sendiri
tidak diterjemahkan. Di bagian ini akan diuraikan sekilas tentang struktur dan !iri-!iri
khas molekul-molekul RNA ini.
emula dinyatakan bah+a hanya enzimlah yang mempunyai peranan
sebagai katalisator# sedangkan RNA tidak dapat berperan sebagai enzim. >leh karena itu#
semua kegiatan ribosoma selama sintesis polipeptida hanya merupakan kegiatan protein-
?
protein ribosomal saja. Namun# sekarang dinyatakan bah+a RNA pun mempunyai
kegiatan enzimatik. etiap ribosoma mengandung satu salinan dari setiap molekul rRNA
yang berbeda-beda. Tiga buah rRNA untuk organisme prokaryota dan empat buah untuk
eukaryote. uatu sel mensintesis jenis molekul-molekul rRNA dalam jumlah yang sam.
-asil penyalinan yaitu salinan pertama merupakan prazat $pre!ursor% RNA yang panjang
disebut pra-rRNA. Prazat ini terdiri dari molekul-molekul rRNA yang dipisahkan satu
dari yang lain oelh suatu jarak pendek. Pada perubahan dari pra-Rrna menjadi rRNA#
molekul-molekul jarak dilepas.
elain rRNA# molekul tRNA pun terlibat pula di dalam sintesis protein
namun# perannya sangat berbeda. tRNA merupakan molekul-molekul adaptor yang
memba!a urutan nukleotida pada mRNA dan mengubahnya meenjadi urutan asam amino.
Di dalam bagian ini hanya akan diuraikan sekilas tentang struktur dan !ara terbentuknya
molekul tRNA. &olekul tRNA sangat ber5ariasi jenisnya sesuai spesies organismenya.
;kruan relati" ke!il# hanya terdiri dari <4-=7 nukleotida. -ampir semua molekul-molekul
tRNA di dalam setiap organisme atau setiap sel merupakan pasangan-basa yang dapat di
lipat-lipat sehingga terbentuk daun semanggi. *entukan itu terdiri dari 7 komponen yaitu
@engan aseptor yang terdiri dari sekitar < pasangan basa pada ujung 70 dan )0. elama
sintesis protein# lengan ini merupakan daerah menempelnya asam amino# @engan D atau
D-; pada akhir ikatan lengan ini terdapat dihidrourasil primidin# @engan antikodon yang
berperan utama dalam menguraikan sandi yang diba+a oleh mRNA# @engan tambahan
(A
hanya terdiri dari sekitar ) sampai 7 buah nukleotida dan @engan T;; yang mengandung
urutan nukleotida T# ;# dan 9.
$kema tRNA yang menun%ukkan lengan daun semanggi
Pada prokaryota maupun eukaryota tRNA semual disalin sebagi prazat tRNA
untuk akhirnya dilepas sebagai tRNA masak. uatu molekul pra-tRNA dibuat oleh
gabunagan beberapa jenis enzim ribonuklease. RNAase P memotong pada daerah ikatan
70 sedangkan RNAase P pada molekul RNA memilki kegiatan enzimatis. .nzim di sini
disebut enzim RNA atau ribozim. ,en-gen tRNA pada sel-sel eukaryote juga
berkelompok dan di dalam sel terdapat beberapa buah salinan. Pada molekul-molekul
tRNA ini juga terdapat enzim-enzim RNAase P dan RNAase D.
((
Pada ujung )0 semua tRNA terdapat urutan nukleotida sebagai berikut 70-
99A-)0. ;rutan 99A ini tidak dijumpai pada molekul DNA yang disalin# melainkan
ditambahkan oleh enzim lain yang disebut trans"erase nukleotidil tRNA sesudah proses
transkripsi. ;rutan 99A ini sangat penting karena di tempat inilah asam amino
menempel pada tRNA selama sintesis protein. Pada uraian sebelumnya telah
dikemukakan bah+a rRNA dan tRNA merupakan molekul-molekul RNA yang berumur
panjang sedangkan mRNA berumur pendek.
mRNA berperan sebagai perantara antara gen dan polipeptida hasil
penerjemahan. &olekul-molekul mRNA pada umumnya berumur pendek. Pada sebagian
besar bakteri# mRNA mempunyai paruh umur hanya beberapa menit. Pada sel-sel
eukariota paruh umur mRNA sedikit lebih panjang. Pendeknya umur mRNA ini penting
karena dapat digunakan untuk memantau jumlah mRNA yang ada di dalam sel.
Pemantauan dilakukan dengan jalan menyesuaikan dengan ke!epatan penyalinan
$transkripsi%. Balaupun pada umumnya mRNA berumur pendek namun terdapat pula
mRNA yang berumur panjang yaitu mRNA globin yang terdapat di dalam retikulosit.
mRNA di dalam sel prokariota berbeda dengan mRNA sel-sel eukariota.
Pada bakteria molekul mRNA yang diterjemahkan merupakan salinan langsung dari gen.
edangkan pada eukariota mRNA mengalami serentetan modi"ikasi dan tahapan proses
yang rumit sebelum terjadi penerjemahan $translasi%. el-sel prokariota hanya terdiri dari
satu ruangan $kompartemen% sehingga proses penyalinan dan penerjemahan dapat
(2
berlangsung bersama-sama. Tentu saja dua proses tersebut perlu diatur sedemikian rupa
sehingga penerjemahan mRNA dapt mulai sebelum penyalinan selesai. -al seperti ini
tidak mungkin terjadi pada eukariota. &engingat bah+a perlu adanya selaput plasma
terlebih dahulu. elain itu# molekul prokariota mengalami beberapa modi"ikasi sebelum
diterjemahkan.
alinan mRNA yang baru terbentuk# ujung 70 berstruktur pppNpN
merupakan komponen basa gula dari nukleotida dan p merupakan gugus "os"at. mRNA
yang masak pada eukariota ternyata ujung 70 memiliki struktur yang rumit yaitu
<m,pppNpn C..# < m, merupakan nukleotida yang memba+a basa <n metil guanin.
Nukleotidan < m, ini ditambahkan ke molekul mRNA sesudah proses penyalinan.
Penambahan terjadi dalam dua tahap yaitu penambahan guanin kemudian diikuti proses
metilasi.
truktur < m,pppNpN C.. ini disebut tudung $!ap%. elain tambahan
pada ujung 70 pada eukariota# mRNA yang masak juga mendapat tambahan pada ujung )0
yang merupakan ekor panjang. .kor ini berstrukturC. pNpNpN $pA% n
pA
yang tidak
dijumpai pada transkripsi pertama. Pada perkembangan mRNA ekor poli $A% ini
ditambahkan dengan bantuan polimerase poli $A%. Panjang pendeknya ekor poli $A% ini
menentukan panjang pendeknya umur mRNA di dalam sitoplasma. Di antara mRNA
yang berekor ini terdapat suatu keke!ualian yaitu mRNA yang menyandi histon# mRNA
()
ini tidak berekor poli $A%. &atriks inti merupakan tempat terjadinya penggandaan#
penyalinan dan kegiatan pas!a penyalinan.
D. Kegiatan pasca penyalinan
-asil dari proses penyalinan merupakan suatu salinan yang tepat sama dengan
gen yang disalin. >leh karena itu# apabila pada untaian jalin DNA itu terkandung intron# maka
salinan pertamanya juga mengandung intron. Intron merupakan suatu segmen pada jalin DNA
yang tidak mengandung in"ormasi biologis. Namun bagimana pun juga# intron harus
dihilangkan. Dan daerah ekson merupakan daerah yang memba+a in"ormasi biologis yang
perlu dirangkaikan satu dengan yang lain sebelum penyalinan berlangsung. Proses
melenyapkan intron ini disebut pengikatan $pli!ing%. Proses ini merupakan proses yang
rumit.
(4
eperti halnya penggandaan dan penyalinan# pengikatan juga terjadi di nukleus.
alinan pertama selalu lebih panjang dari pada mRNA masak atau de+asa. alinan pertma ini
tetap berada di nukleus yang semula disebut RNA nuklear heterogen $huRNA%. Namun
sekarang !ukup disebut pra-mRNA. etelah pengikatan# mRNA tanpa intron di kirim ke
sitoplasma.
&ekanisme pengikatan pra-mRNA nuklear terdiri dari ) tahap yaitu pemutusan
terjadi di tempat pengikatan 70# ujung 70 yang bebas menempelkan diri pada suatu tempat di
intron sehingga terjadi suatu bentukan laso. ;ntuk membentuk laso ini diperlukan ikatan 70 D
20 "os"odiester dan tempat pemotongan di ujung )0 terputus sehingga 2 buah ekson di kiri
kanannya saling berikatan.
elain intron pada gen pra-mRNA yang mengikuti aturan ,T-A,# terdapat pula
intron lain yang terkandung dalam tRNA dan rRNA. Intron tRNA terdapat pada ikatan
antokodon. Pengikatan intron pada tRNA ini terjadi lebih langsung# hal ini mungkin karena
struktur dan semanggi tRNA berada di prazat yang tidak tersisih atau terikat. etelah molekul-
molekul RNA masak atau de+asa dengan melalui berbagai tahapan perkembangan# barulah
molekul itu dikirimkan ke sitoplasma.
(7
!. Perbedaan Transkripsi DNA Pada Prokariot Dan !ukariot
". &ekanisme "ranskripsi Pada Prokaryot
Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang
terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi# hanya salah satu untaian DNA yang
(8
disalin menjadi urutan nukleotida RNA $transkip RNA%. ;rutan nukleotida pada transkrip
RNA bersi"at komplementer dengan urutan DNA !etakan $DNA template% tetapi identik
dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode $!oding DNA strand atau
nontemplate strand%. -al ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut ini yaitu '
70-AT, ,T9 9TT TA9 TT, T9T ,TA TTT -)0
;ntaian DNA pengkode )0-TA9 9A, ,AA AT, AA9 A,A 9AT AAA -70 .
;ntaian DNA !etakan 70-A;, ,;9 9;; ;A9 ;;, ;9; ,;A ;;; -)0 RNA hasil
transkripsi.
a. 'rganisasi (en pada Prokaryot
Pada umumnya# gen yang mengkode protein pada prokaryot berupa gen dengan
kopi tunggal $single !opy%# sedangkan gen yang mengkode tRNA dan rRNA berupa gen
dengan jumlah kopi banyak $multiple !opies%. ,en-gen pada prokaryot yang bertanggung
ja+ab dalam jalur biokimia tertentu pada umumnya diorganisasikan dalam struktur
"per"n. uatu "per"n adalah organisasi beberapa gen stru!tural yang ekspresinya
dikendalikan oleh suatu promoter yang sama. ebagai !ontoh adalah operon la!# yaitu
operon yang mengendalikan kemampuan metabolism laktosa pada ba!teria ..!oli. dalam
operon la! terdapat tiga ma!am gen stru!tural yang mengkode protein yang berbeda#
yaitu gen E $mengkode /-galaktosidase%# gen F $mengkode permease% dan gen A
$mengkode trans-asetilase%. Pada +aktu transkripsi# operon la! akan mneghasilkan satu
mRNA yang memba+a kode-kode geneti! untuk tiga ma!am polipeptida yang berbeda
$oleh karena itu disebut mRNA polisistronik%.
b. $truktur (en Prokaryot
e!ara umum gen prokaryot tersusun atas beberapa bagian yang penting yaitu '
promoter# bagian struktural dan terminator. Transkripsi dia+ali dari nukleotida yang
terletak beberapa basa di sebelah hulu dari gen struktural. ;jung gen struktural berupa
kodon T>P $TAA# TA,# atau T,A%# tetapi tanskripsi dilakukan sampai beberapa basa di
sebelah hilir dari kdodn T>P yaitu sampai pada daerah terminator.
(<
c. $truktur Promoter Prokariot
Promotor
Promotor adalah urutan DNA spesi"ik yang berperan dalam
mengendalaikan transkripsi gen struktural dan terletak di daerah hulu dari bagian
struktural gen.
6ungsi promoter adalah sebagai tempat a+al pelekatan enzim RNA
polimerase yang nantinya melakukan transkripsi pada bagian struktural. Pada
prokariot bagian penting promotornya disebut sebagai Pribno# bo pada
urutan nukleotida -(A dan -)7. *iasanya berupa TATA boG.
Pribno+ boG merupakan daerah tempat pembukaan heliks DNA untuk
membentuk kompleks promotor terbuka. Hadi di TATA boG itulah DNA
dipisahkan dan kalo di luar TATA boG heliG DNAnya tetep berikatan.
>perator
>perator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promotor dan bagian
struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor $penekan atau penghambat ekspresi
gen%. Hika ada represor yang melekat di operator maka RNA polimerase tidak bisa melakukan
transkripsi.
(=
elain adanya supresor ada juga yg namanya enhan!er. kalo supresor untuk menghambat
nah enhan!er kebalikannya# dia malah meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah
RNA polimerase. Namun letaknya tidak pada lokasi yang spesi"ik seperti operator karena ada
yang jauh di upstream atau bahkan do#nstream dari titik a+al transkripsi.
9oding Region
,en struktural merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida RNA. Transkripsi
dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi $AT,% sampai kodon stop $TAA I T,A I TA,%. Pada
prokariot tidak ada sekuens intron yang tidak dapat di ekspresikan sehingga semuanya berupa
ekson. Namun kadang pada ar!haeba!teria dan bakterio"ag ada yg memiliki intron.
Attenuator
Attenuator adalah urutan nukleotida yang terdapat pada suatu kelompokan gen yang
umumnya terlibat dalam biosintesis asam amino# attenuator terletak pada daerah di antara bagian
promoter-promoter dengan titik a+al bagian stru!tural yang pertama dari suatu kelompokan gen.
.nhan!er
.nhan!er berperanan dalam peningkatan aras transkripsi dengan !ara meningkatkan
jumlah RNA polimerase yang melakukan proses transkripsi. .nhan!er tidak terletak pada lokasi
yang spesi"ik karena beberapa enhan!er terletak jauh di sebelah hulu atau sebelah hilir dari titik
a+al transkripsi.
d. $truktur terminator pada prokaryot
Terminator
Terminator adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari gen stru!tural. Terminator
ber"ungsi untuk memberikan sinyal pada enzim RNA polimerase agar menghentikan
proses transkripsi. Pada bakteri ..!oli# sinyal penghentian $terminasi% transkripsi biasanya
di!irikan oleh struktur jepit rambut atau $airpin dan lengkungan yang kaya yang akan
urutan ,9 yang terbentuk pada molekul RNA hasil transkripsi.
(?
a. $tuktur RNA polimerase pada prokaryot
RNA Polimerase
RNA polimerase merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi. Hika
susunannya lengkap 32# /# /0 dan J disebut holoenzim. Hika tidak ada J !uma 32# / dan /0
disebut !ore-enzyme.
6ungsi sub unit ini yaitu '
3 K Diduga ber"ungsi dalam penyusunan enzim
/ K *er"ungsi dalam pengikatan nukleotida
/0 K *er"ungsi dalam penempelan DNA
J K *er"ungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel pada promotor.
e. Proses "ranskripsi Pada Prokariot
Perlu diingat bah+a pada struktur RNA tidak ada nukleotida T $t$ymine%# karena struktur
T digantikan oleh ; $uracil%. Nukleotida T dan ; mempunyai !in!in yang serupa yaitu !in!in
pirimidin# tetapi pada basa T ada gugus metil $9-)% pada atom 9 nomor 7# sedangkan pada basa
; tidak ada gugus metil.
e!ara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi pada
eukaryot# meskipun ada beberapa rin!ian proses yang berbeda antara kedua system tersebut.
Pada prokaryot# transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada
bagian promoter suatu gen. pada a+al penempelan# RNA polimerase masih belum terikat se!ara
kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup $closed promoter comple%.
elanjutnya# RNA polimerase akan terikat se!ara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada
bagian promoter mulai terbuka $membentuk struktur open promoter comple%. Pada prokaryot#
RNA polimerase menempel se!ara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu
ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempelan promoter tersebut# subunit J berperan
dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel.
Diduga# proses pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase dia+ali dengan
penempelan enzim tersebut se!ara tidak spesi"ik pada molekul DNA. elanjutnya# RNA
polimerase akan men!ari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. truktur
khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hidrogen anatara kedua untaian DNA pada posisi -)7
2A
dan -(A. ke!epatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan men!apai (.AAA
pasangan basa per detik.
etelah RNA polimerase menempel pada promoter# subunit J melepaskan diri dari struktur
holoenzim. Pelepasan subunit J biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang =-?
nukleotida. RNA polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat
pada DNA sehingga tidak lepas. Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai.
f. )nisiasi "ranskripsi
Tahapan proses inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu pembentukan kompleks
promoter tertutup# pembentukan kompleks promoter terbuka# penggabungan beberapa nukleotida
a+al $sekiatar (A nukleotida% dan perubahan kon"irmasi RNA polimerase karena subunit J
dilepaskan dari kompleks holoenzim. ubunit J tersebut selanjutnya dapat digunakan lagi dalam
proses inisiasi transkripsi selanjutnya. *agian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase
menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -? sampai L) sehingga menjadi struktur untai
tunggal. *agian DNA yang berkaitan dengan RNA polimerase membentuk suatu struktur
gelembung transkripsi $trans!ription bubble% sepanjang kurang lebih (< pasang basa.
etelah struktur promoter terbuka se!ara stabil# maka selanjutnya RNA polimerase
melakukan proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA !etakan sebagai
panduannya. Dalam proses transkripsi# nukleotida RNA digabungkan sehingga membentuk
transkrip RNA. Nukleotida pertama yang digabungkan hampir selalu berupa molekul purin.
Kajian pada == promoter menunjukkan bah+a 7(M molekul RNA dia+ali dengan basa A# 42M
dia+ali dengan ,# 7M dia+ali dengan 9# dan 2M dia+ali dengan ;. pada a+alnya basa-basa
RNA yang digabungkan membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA !etakan# sehingga jika
urutan DNA !etakan adalah AT,# maka basa RNA yang digabungkan adalah ;A9.
ubunit J mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak
memper!epat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan prose yang
menentukan laju transkrpisi. Inisiasi transkripsi dapat dihambat oleh pemberian antibioti!
ri"ampisin# tetapi antibioti! ini tidak menghambat proses pemajangan transkrip. etelah proses
inisiasi transkripsi terjadi# selanjutnya subunit J terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan
oleh enzim inti RNA polimerase yang lain. -al ini menyebabkan inisiasi transkripsi berhenti.
Hika ke dalam sistem tersebut dimasukkan RNA polimerase inti yang baru maka# transkripsi
2(
kemudian berjalan kembali. Keadaan ini menunjukkan bah+a RNA polimerase inti yang baru
tersebut kemudian bergabung dengan subunit J yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim
RNA polimerase inti lainnya.
g. Proses Peman%angan "ranskripsi
Pada bagian gelembung transkripsi# basa-basa molekul RNA membentuk hibrid dengan
DNA !etakan sepanjang kurang lebih (2 nukleotida. -ibrid RNA-DNA ini bersi"at sementara
sebab setelah RNA polimerasenya berjalan# maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA
yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA polimerase akan berjalan memba!a
DNA !etakan untuk melakukan proses pemanjangan $elogation% untaian RNA. @aju
pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA sekitar anatara )A samapai 8A nukleotida
perdetik# meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah dari nilai ini. e!ara umum# berdasarkan
atas nilai laju sema!am ini# suatu gen yang mengkode protein akan disalin menjadi RNA dalam
+aktu sekitar satu menit.
&eskipun demikian# laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah $sekitar A#(
nekleotida perdetik% jika RNA polimerase mele+ati sisi jeda $pause site% yang biasanya
mengandung banyak basa ,9. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh antibioti!
streptoligin. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh subunit / pada
RNA polimerase.
Dalam pemanjangan transkrip# nukleotida ditambahkan se!ara ko5alen pada ujung )0
molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut bersi"at
komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA !etakan. ebagai !ontoh# jika nukleotida
pada DNA !etakan adalah A# maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah ;.
Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan
topologi DNA. -ipotesis pertama menyatakan bah+a enzim RNA polimerase bergerak
melingkari untaian DNA sepanjang perjalananya. Dengan !ara demikian maka dapat dihindari
terjadinya pelintiran pada stuktur DNA# tetapi untaian RNA hasil transkripnya akan melintir
sepanjang untaian DNA. ebaliknya# hipotesis kedua menyatakan bah+a enzim RNA polimerase
bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami
pelintiran# tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. ;ntaian DNA yang
22
ada di depan RNA polymerase akan membuka sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan
memutir kembali untuk menutup.
Dalam proses pemanjangan transkripsi RNA# demikian juga pada proses inisiasi sintesis
RNA# terjadi pembentukan ikatan "os"odiester antara nukleotida RNA yang satu dengan
nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan "os"odiester tersebut ditentukan oleh keberadaan
subunit / pada RNA polimerase. Transkripsi akan berakhir pada saat RNA polimerase men!apai
ujung gen yang disebut terminator.
$. "erminasi
Pada bakteri .. !oli ada dua ma!am terminator yaitu terminator yang tidak tergantung
pada protein rho $r$o%dependent terminator& dan terminator yang tergantung pada protein rho
$r$o%independent terminator%.
Pengak*iran "ranskripsi yang "idak "idak "ergantung pada aktor R*o
Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus
melibatkan suatu protein khusus# melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan
nukleotida tertentu pada bagian terminator. inyal yang akan mengakhiri transkripsi
dengan mekanisme sema!am ini ditentukan oleh daerah yang mengandung banyak urutan
,9 yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung $stem%and%loop% pada RNA
dengan panjang sekitar 2A basa di sebelah hulu dari ujung )0 D>- dan diikuti oleh
rangkaian 4-= residu uridin berurutan.
truktur batang lengkung tersebut menyebabkan RNA polimerase berhenti dan
merusak bagian 70 dari hibrid RNA-DNA. *agian sisa hibrid RNA-DNA tersebut berupa
urutan oligo $r;% yang tidak !ukup stabil berpasangan dengan dA. Akibatnya ujung )0
hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir. .ksperimen yang dilakukan
oleh Peggy 6arnham dan Terry Platt menunjukkan bah+a pengakhiran transkripsi tanpa
melibatkan "a!tor rho mempunyai 2 !iri utama yaitu adanya rangkaian basa berulang-
balik $in'erted repeat% yang dapat membentuk lengkungan dan adanya rangkaian basa T
pada untaian DNA bukan !etakan $nontemplate strand% sehingga membentuk pasangan
basa yang lemah antara r;-dA yang menahan transkrip RNA pada untaian DNA !etakan.
2)
Pada +aktu lengkungan RNA terbentuk# maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa
yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan lepas.
Pengak*iran "ranskripsi yang "ergantung pada aktor R*o
&ekanisme pengakhiran transkripsi sema!am ini memerlukan protein N $rho%.
Pengakhiran transkripsi yang memerlukan "aktor rho hanya terjadi pada daerah jeda yang
terletak pada jarak tertentu dari promoter. Dengan demikian jika ada daerah jeda yang
terletak di dekat promoter# maka daerah itu tidak dapat ber"ungsi sebagai daerah
pengakhiran transkripsi. Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan
berulang-balik yang dapat membentuk lengkungan $loop%# tetapi tidak ada rangkaian basa
T seperti pada daerah terminator yang tidak melibatkan "aktor rho. 6aktor rho diduga ikut
teriakat pada transkip dan mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA
polimerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan
RNA. elanjutnya# "aktor rho menyebabkan destabilitasasi ikatan RNA-DNA sehingga
transkrip RNA terlepas dari DNA !etakan.
". Mekanisme Transkripsi Pada Eukari"tik
e!ara umum mekanisme pada eukariotik serupa dengan yang terjdi pada prokariotik.
Proses transkripsi dia+ali $di inisiasi% oleh proses penempelan "aktor-"aktor transkripsi dan
kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. 6aktor transkripsi dibedakan menjadi
dua kelompok yaitu "aktor transkripsi umum dan "aktor transkripsi yang khusus suatu gen.
6aktor transkripsi umum mengarahkan polimerase ke promoter. Penempelan RNA polimerase
pada promoter oleh "aktor transkkripsi umum hanya menghasilkan transkripsi pada dasar.
Pengaturan transkripsi yang lebih spesi"ik dilakukan oleh "aktor transkripsi yang khusus
untuk suatu gen. &eskipun demikian# proses penempelan tersebut sangat 5ital bagi
keberlangsungan proses transkripsi. etelah "aktor-"aktor transkripsi yang umum dan polimerase
24
menempel pada promoter# selanjutnya akan terjadi pembentukan kompleks promoter terbuka.
Transkripsi dimulai pada titik a+al transkripsi yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan
kodon a+al AT,.
(. )asil Transkripsi
-asil transkripsi berupa RNA. RNA dibedakan menjadi dua kelompok utama yaitu RNA
genetik dan RNA non-genetik.
(. RNA genetik
RNA genetik memiliki "ungsi yang sama dengan DNA yaitu sebagai pemba+a
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang
tidak memiliki DNA# misalnya 5irus. Ketika 5irus ini menyerang sel hidup# RNA yang
diba+anya masuk ke sitoplasma sel korban yang kemudian ditranslasi oleh sel inang
untuk menghasilkan 5irus-5irus baru. Dalam hal ini "ungsi RNA menjadi sama dengan
DNA# baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur akti5itas sel.
27
(. RNA non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pemba+a keterangan genetik sehingga
RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA. *erdasarkan
letak dan "ungsinya# RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA# tRNA# dan rRNA.
a. mRNA $messenger RNA% atau RNAd $RNA duta%
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer
$berpasangan% dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan
polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis di dalam nukleus.
Panjang pendeknya RNAd berhubungan dengan panjang pendeknya rantai
polipeptida yang akan disusun. ;rutan asam amino yang menyusun rantai
polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul RNAd
yang bersangkutan.RNAd bertindak sebagai pola !etakan pembentuk polipeptida.
RNAd memba+a kode-kode genetik komplemen dari DNA di inti sel menuju ke
ribosom di sitoplasma. RNAd ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai#
maka akan dihan!urkan dalam plasma.
a. tRNA $trans"er RNA% atau RNAt $RNA trans"er%
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus tetapi menempatkan diri di dalam
sitoplasma.RNAt merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai penerjemah
kodon pada RNAd. 6ungsi lain RNAt adalah mengikat asam-asam amino di dalam
sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom.
*agian RNAt yang berhubungan dengan kodon RNAd dinamakan antik"d"n.
b. rRNA $ribosomal RNA% atau RNAr $RNa ribosomal%
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun
dibuat di dalam nukleus. rRNA bersama protein membentuk ribosom yaitu benda-
benda berbentuk butir-butir halus di dalam sitoplasma. @ebih dari =AM RNA
merupakan rRNA. Ribosom bertindak sebagai mesin perakit dalam sintesis protein
yang bergerak ke satu arah sepanjang RNAd.Di dalam ribosom# molekul RNAr ini
men!apai )A-48M.
28
Namun demikian# peran penting RNA terletak pada "ungsinya sebagai
perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku
untuk semua organisme hidup. Ekspresi enetik merupakan proses penerjemahan
in"ormasi genetik dalam bentuk urutan basa menjadi protein dan lebih jauh lagi
karakter. In"ormasi yang diba+a bahan genetik tidak bermakna apa pun apabila
tidak diekspresikan menjadi "enotipe.
Dalam peran ini# RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen
DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk triplet#
tiga urutan basa N yang dikenal dengan nama kodon. etiap kodon berelasi dengan
satu asam amino atau kode untuk berhenti dan monomer yang menyusun protein.
!. snRNA $small nu!lear RNA%
Dalam inti eukariot terdapat sekumpulan RNA khas berukuran ke!il yang
disebut snRNA. snRNA berperanan penting dalam proses pas!a transkripsi yaitu
saat pemotongan intron.
*. (ungsi Transkripsi DNA
6ungsi transkripsi DNA yang utama yaitu membantu proses sintesis protein.
intesis protein tidak lain merupakan proses penerjemahan kodon pada mRNA menjadi
polipeptida. Proses ini sangat rumit yang melibatkan berbagai jenis komponen sel. Namun
bagaimana pun juga yang berperan penting dalam proses ini adalah sandi genetik dan
dikuatkan oleh molekul tRNA yang berperan sebagai adaptor.
2<