Nama Anggota Kelompok :

1. Ratnasari (K100210159)
2. Retria Ayuningtyas Prihadi Putri (K100210173)

Kelas : C

RESUME MATERI TRANSKRIPSI

Proses Transkripsi Sel Eukaryotik

Pada sel eukaryotik, proses transkripsi DNA menjadi RNA terjadi di dalam nucleus. Pada
dasarnya terjadi 2 langkah yaitu DNA melepaskan satu utasan yang kemudian disebut
sebagai Pra-mRNA, setelah itu akan melewati proses sehingga akan terbentuk mRNA.
mRNA akan keluar dari nucleus dan menerjemahkan kode ke protein.

Faktor penting yang terlibat dalam proses transkripsi, yaitu:

1. DNA
2. Transkripsi factor (TFIIA, TFIIB dll)
3. RNA polymerase
4. ATP

Gambaran Umum

Francis Crick (1956), menamakan aliran informasi dari DNA  RNA  protein sebagai
Central Dogma. Yang dimaksud dengan transkripsi adalah sintesis molekul RNA
menggunakan cetakan DNA. Hanya satu DNA yang ditranskripsi. RNA Polimerase
merupakan enzim yang digunakan pada proses ini.

Molekul RNA memiliki 4 jenis utama, yaitu :

1. Messenger RNA (mRNA) adalah yang bertugas untuk mengkode urutan asam amino
dari polipeptida.
2. Transfer RNA (tRNA) adalah yang bertugas membawa asam amino ke ribosom
selama proses translasi.
3. Ribosomal RNA (rRNA) adalah yang bertugas untuk bergabung dengan protein
untuk membentuk ribosom, katalis untuk translasi.
4. Small nuclear RNA (snRNA) adalah yang bertugas untuk bergabung dengan protein
agar membentul kompleks yang digunakan dalam pemprosesan RNA eukariotik.

Proses Transkripsi Sintesis RNA

Beberapa Proses Biosintesisi RNA, meliputi :

 a. Transkripsi atau ekspresi gen, dalam hal ini diatur oleh elemen pengatur gen yang
terkait dengan setiap gen.

b. DNA terurai di wilayah sebelah gen, karena RNA polymerase pada prokariota dan
protein lain pada eukariota. Pada kedua hal ini, RNA polymerase mengkatalis
transkripsi

c. RNA ditranskripsikan 5'-ke-3 '. Untai DNA template dibaca 3'-ke-5 '. DNA
komplementernya, untai nontemplate, memiliki polaritas yang sama dengan RNA.

d. Polimerisasi RNA mirip dengan sintesis DNA, kecuali:

1) Prekursornya adalah NTP (bukan dNTP).

2) Tidak ada primer yang diperlukan untuk memulai sintesis.
3) Urasil dimasukkan sebagai pengganti timin.

Inisiasi Proses Transkripsi Transkripsi di Promotor

1. Transkripsi dibagi menjadi tiga langkah untuk prokariota dan eukariota. Yaitu inisiasi,
perpanjangan dan penghentian.
2. Bagian ini membahas tentang inisiasi transkripsi pada prokariota. E. coli adalah
organisme model.
3. Gen prokariotik adalah urutan DNA dalam kromosom. Gen tersebut memiliki tiga
wilayah, masing-masing memiliki fungsi dalam transkripsi:
a. Urutan promotor yang menarik RNA polimerase untuk memulai transkripsi di
tempat yang ditentukan oleh promotor.
b. Urutan yang ditranskripsi, disebut urutan pengkodean RNA. Urutan DNA ini
sesuai dengan urutan RNA transkrip.
c. Wilayah terminator di bagian hilir urutan pengkodean RNA yang menentukan
di mana transkripsi akan berhenti.
4. Promotor dalam E. coli umumnya melibatkan dua urutan DNA, yang berpusat pada -
35 bp dan -10 bp di hulu dari lokasi awal transkripsi +1
5. Promotor E. coli umum yang digunakan untuk sebagian besar transkripsi memiliki
urutan konsensus sebagai berikut :
a. Untuk wilayah -35, konsensusnya adalah 5’-TTGACA-3 ’
b. Untuk wilayah -10 (sebelumnya dikenal sebagai kotak Pribnow),
konsensusnya adalah 5’-TATAAT-3 ’
6. Inisiasi transkripsi membutuhkan holoenzim RNA polimerase untuk mengikat urutan
DNA promotor. Holoenzim terdiri dari :
a. Enzim inti RNA polimerase, mengandung empat polipeptida (dua α, satu β
dan satu β ').
b. Faktor sigma (σ).
7. Faktor sigma mengikat enzim inti, dan memberikan kemampuan untuk mengenali
promotor dan memulai sintesis RNA. Tanpa sigma, enzim inti mengikat DNA secara
acak tetapi tidak menyalinnya secara efisien.
8. RNA polimerase holoenzim mengikat promotor dalam dua langkah:
a. Pertama, ia mengikat secara longgar ke urutan -35.
b. Kedua, ia mengikat erat urutan -10, melepaskan sekitar 17 bp DNA di lokasi,
dan dalam posisi untuk memulai transkripsi.
9. Promotor sering menyimpang dari konsensus. Gen terkait akan menunjukkan tingkat
transkripsi yang berbeda, sesuai dengan kemampuan sigma untuk mengenali
urutannya.
10. E. coli memiliki beberapa faktor sigma yang berperan penting dalam regulasi gen.
Setiap sigma dapat mengikat molekul inti RNA polimerase dan memandu pilihan
gennya untuk ditranskripsikan.
11. Kebanyakan gen E. coli memiliki promotor σ70, dan σ70 biasanya merupakan faktor
sigma paling melimpah di dalam sel. Faktor sigma lainnya dapat diproduksi sebagai
respons terhadap kondisi yang berubah.
12. E. coli memiliki faktor sigma tambahan. Spesies bakteri lain juga memiliki beberapa
faktor sigma.

Proses Transkripsi, Elongasi dan Terminasi rantai RNA

1. Setelah inisiasi selesai, sintesis RNA dimulai. Setelah 8–9 NTP digabungkan
dalam rantai RNA yang sedang tumbuh, faktor sigma dilepaskan dan digunakan
kembali untuk inisiasi lain. Enzim inti menyelesaikan transkrip.
2. Enzim inti mengurai heliks DNA secara lokal, memungkinkan daerah kecil untuk
melakukan denaturasi. RNA yang baru disintesis membentuk hibrid RNA-DNA,
tetapi sebagian besar transkrip dipindahkan saat heliks DNA terbentuk kembali.
Rantai tumbuh pada 30-50 nt / detik.
3. RNA polimerase memiliki dua jenis proofreading:
a. Mirip dengan pengeditan DNA polimerase, nukleotida yang baru
dimasukkan dihilangkan dengan membalikkan reaksi sintesis.
b. Enzim bergerak mundur satu atau lebih nukleotida, membelah RNA,
kemudian melanjutkan sintesis ke arah depan.
4. Urutan terminator digunakan untuk mengakhiri transkripsi. Dalam prokariota ada
dua jenis :
a. ho-independent (ρ-independent) atau terminator tipe I memiliki simetri dua
kali lipat yang memungkinkan terbentuknya loop jepit rambut. Palindrom
diikuti oleh residu 4-8U di trasncript, dan bersama-sama urutan ini
menyebabkan penghentian, kemungkinan karena pembentukan jepit
rambut yang cepat mendestabilisasi hibrid RNA-DNA.
b. Terminator Rho-dependent (ρ-dependent) atau tipe II tidak memiliki regio
poli (U), dan banyak juga yang tidak memiliki palindrom. Protein ρ
 diperlukan untuk penghentian. Ini memiliki dua domain, satu RNA
pengikat dan ATP pengikat lainnya. Hidrolisis ATP memberikan energi
untuk ρ untuk bergerak sepanjang transkrip dan mendestabilisasi hibrida
RNA-DNA di daerah terminasi.

Transkripsi di Eukariot

1. Prokariota hanya mengandung satu RNA polimerase, yang mentranskripsi semua

RNA untuk sel.
2. Eukariota memiliki tiga polimerase yang berbeda, masing-masing menyalin kelas
RNA yang berbeda. Pemrosesan transkrip juga lebih kompleks pada eukariota.

Polimerase RNA Eukariotik

1. Eukariota mengandung tiga polimerase RNA yang berbeda:

a. RNA polimerase I, yang terletak di nukleolus, mentranskripsi tiga rRNA
utama (28S, 18S, dan 5.8S).
b. RNA polimerase II, yang terletak di nukleoplasma, mentranskripsi mRNA dan
beberapa snRNA.
c. RNA polimerase III, yang terletak di nukleoplasma, mentranskripsi tRNA,
rRNA 5S, dan snRNA yang tersisa.
2. Polimerase RNA eukariotik lebih sulit dipelajari daripada rekan prokariotik, karena
mereka hadir pada konsentrasi rendah.
3. Semua RNA polimerase eukariotik yang diketahui memiliki banyak subunit.
Contohnya adalah ragi RNA pol II dengan 12 subunit, 5 di antaranya juga berada
dalam RNA pol III.

Transkripsi Gen Pengkode Protein oleh RNA Polymerase II

1. Ketika gen penyandi protein pertama kali ditranskripsi oleh RNA pol II, produknya
adalah prekursor-mRNA (pra-mRNA). Pre-mRNA akan dimodifikasi untuk
menghasilkan mRNA yang matang.
2. Analisis promotor mengungkapkan dua jenis elemen:
a. Elemen promotor inti terletak di dekat situs awal transkripsi dan menentukan
tempat transkripsi dimulai.
b. Elemen proksimal promotor diperlukan untuk transkripsi tingkat tinggi.
Mereka lebih jauh ke hulu dari lokasi awal, pada posisi antara -50 dan -200.
Elemen-elemen ini umumnya berfungsi dalam salah satu orientasi.
3. Berbagai kombinasi elemen inti dan proksimal ditemukan di dekat gen yang berbeda.
Elemen proksimal promotor adalah kunci ekspresi gen.
a. Aktivator, protein yang penting dalam regulasi transkripsi, dikenali oleh
elemen proksimal promotor.
b. Gen housekeeping (digunakan dalam semua jenis sel untuk fungsi seluler
dasar) memiliki elemen proksimal promotor yang sama dan dikenali oleh
protein aktivator yang ditemukan di semua sel.
c. Gen yang diekspresikan hanya dalam beberapa jenis sel atau pada waktu
tertentu memiliki elemen proksimal promotor yang dikenali oleh protein
aktivator yang hanya ditemukan dalam jenis atau waktu sel tertentu.
4. Enhancer adalah elemen lain yang bertindak sebagai cis. Mereka diperlukan untuk
transkripsi gen yang maksimal.
a. Enhancer biasanya berada di bagian hulu situs inisiasi transkripsi, tetapi
mungkin juga di bagian hilir. Mereka dapat memodulasi dari jarak ribuan
pasangan basa dari lokasi inisiasi.
b. Enhancer biasanya berada di bagian hulu situs inisiasi transkripsi, tetapi
mungkin juga di bagian hilir. Mereka dapat memodulasi dari jarak ribuan
pasangan basa dari lokasi inisiasi.
c. Aktivator mengikat urutan ini dan bentuk kompleks protein lainnya, membawa
kompleks peningkat dekat dengan promotor dan meningkatkan transkripsi.
5. Inisiasi transkripsi memerlukan perakitan RNA polimerase II dan pengikatan faktor
transkripsi umum (GTF) pada promotor inti.
a. GTF dibutuhkan untuk inisiasi oleh ketiga RNA polimerase.
b. GTF diberi nomor untuk mencocokkan RNA polimerase mereka, dan diberi
huruf dalam urutan penemuan (misalnya, TFIID adalah GTF keempat yang
ditemukan yang bekerja dengan RNA polimerase II).
6. Urutan pengikatan tidak sepenuhnya dipahami.
a. Pengikatan GTFs dan RNA pol II terjadi dalam urutan yang ditetapkan dalam
eksperimen in vitro untuk menghasilkan kompleks inisiasi transkripsi lengkap
atau kompleks prinisiasi (PIC)
b. Situasi in vivo kurang jelas. Beberapa data menunjukkan bahwa bentuk
kompleks inisiasi sebelum promotor mengikat.
c. Transkripsi untuk eukariota juga dipersulit oleh organisasi nukleosom
kromosom.