Nama; nurfadila potutu

Nim; 432419004

Jawaban;
1.Pengertian Transkripsi
merupakan sintesis RNA berdasarkan template DNA. Kedua asamnukleat menggunakan
bahasa yang sama dan informasinya tinggal ditranskripsi(disalin) dari satu molekul ke
molekul yang lain. Persis sebagai mana saat prosesreplikasi, untai DNA menyediakan suatu
cetakan (template) untuk sintesis untaikomplemen terbaru, pada transkripsi juga disediakan
template untuk menyusun RNA.
2.Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:

 Faktor-faktor pengendali transkripsi menempel di bagian promoter, misalnya RNA

polimerase (Inisiasi).
 Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promoter complex). Tidak seperti
replikasi di mana DNA benar-benar dibuka, pada transkripsi pilinan DNA dibuka
namun masih tetap di dalam RNA polimerase.
 RNA polimerase membaca DNA cetakan (template) dan mulai melakukan pengikatan
nukleotida yang komplementer (Elongasi).
 Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai dengan
lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi (Terminasi).
Walaupun tahapan-tahapan yang terjadi sama antara eukariot maupun prokariot,
namun ada perbedaan fundamental dalam hal struktur gen, faktor-faktor pengendali,
mekanisme serta regulasi. Meskipun ada perbedaan, namun secara umum pola mekanisme
sintesis RNA serupa. Baik pada eukariot maupun prokariot, PRINSIP yang harus di pegang
adalah:

 Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam ribonukleotida: 5′-trifosfat ATP, GTP,
CTP, dan UTP (tidak ada timin pada RNA).
 Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama dengan replikasi DNA yaitu
dengan arah 5′ 3′ (5’-PO4 ke 3’-OH).
 Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template (Gambar
5).
 Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai.
 Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.
 DNA template

Gambar 5. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template. RNA
polimerase bekerja dengan membaca template dengan arah 3′ → 5′, namun sintesis mRNA
adalah dari 5′ → 3’.

3.Transkripsi pada Prokariot

Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah organisasi dari
beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal operon lac, pada
metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Masing-masiang gen structural mempunyai kodon
inisasi dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter yang sama
(Gambar 6). Pada waktu ditranskripsi, operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode genetik untuk 3 polipeptida berbeda, disebut dengan mRNA polisistronik.
Masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang
sama.

Gambar 6. Organisasi operan lac pada E. coli. Operon lac punya 3 gen struktural yaitu lac Z
(mengkode β-galaktosidase), lac Y (mengkode permease) dan lac A (mengkode
transasetilase). Masing-masing dari gen mempunyai start codon dan stop codon sendiri-
sendiri, namun ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter (p) yang sama. Operator (o)
adalah bagian dari promoter tempet penempelan protein repressor yang dikode oleh gen I.
Catabolite activator protein (CAP). AUG adalah start kodon (materi ini akan dijelaskan lebih
dalam setelah mid semester.

Struktur Gen Prokariot

Gen prokariot secara tersusun atas promoter, gen struktural, dan terminator (Gambar 7).
Gambar 7. Struktur gen prokariot

Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan transkripsi gen
struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen. Fungsi promoter
adalah sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang nantinya melakukan
transkripsi pada bagian gen struktural. Salah satu bagian penting promoter disebut sebagai
Pribnow box pada urutan nukleotida -10 dan -35. Oleh karena urutan consensus pada
Pribnow box adalah TATAAT, maka seringkali disebut juga TATA box. Pribnow box
berperanan dalam mengarahkan enzim RNA polymerase sehingga arah transkripsinya adalah
dari ujung 5’ 3’. Selain itu, daerah ini merupakan tempat pembukaan heliks DNA untuk
membentuk kompleks promoter yang yang terbuka.
Operator, merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promoter dan bagian struktural
dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau penghambat ekspresi gen).
Jika ada represor yang melekat di operator maka RNA polimerase tidak bisa jalan dan
ekspresi gen tidak bisa berlangsung. Selain adanya supresor ada juga enhancer. Jika supresor
untuk menghambat, kebalikannya enhancer berfungsi meningkatkan transkripsi dengan
meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun letaknya tidak pada lokasi yang spesifik, ada
yg jauh di upstream atau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.
Coding Region (gen structural) merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida RNA.
Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai kodon stop (TAA / TGA /
TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens penyisip (intervening sequences atau intron, yang
tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya berupa ekson (urutan nukleotida yang
mengkode asam amino). Tidak semua gen mengkode urutan asam amino yang menyusun
suatu polipeptida atau protein. Gen dibagi menjadi 3 kelompok yaitu gen yang mengkode
protein, gen yang mengkode RNA ribosom (rRNA) dan gen yang mengkode transfer-RNA
(tRNA). Gen yang mengkode rRNA dan tRNA hanya akan ditranskripsi dan tidak pernah
ditranslasi karena yang diperlukan dalam proses ekspresi genetic adalah molekul RNA-nya.
rRNA digunakan untuk menyusun ribosom (tempat sintesis protein) sedangkan tRNA
berfungsi membawa molekul asam amino spesifik yang akan dirangkaikan menjadi
polipeptida dalam proses sintesis protein.
Terminator, adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari gen structural.
Fungsinya adalah memeberikan signal pada enzim RNA polymerase agar menghentikan
proses transkripsi. Signal terminasi dicirikan oleh struktur jepit rambut/hairpin dan
lengkungan yang kaya yang akan urutan GC yang terbentuk pada molekul RNA hasil
transkripsi.
RNA Polimerase, merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi. Susunan lengkap
adalah α2ββ’σ disebut holoenzim, jika σ tidak ada dan hanya ada α2ββ’ disebut core-enzyme.
Fungsi subunit-subunit tersebut adalah: α = diduga berfungsi dalam penyusunan enzim, β =
berfungsi dalam pengikatan nukleotida, β’ = berfungsi dalam penempelan DNA, σ =
berfungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel pada promoter.

 MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT

Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Inisiasi. Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian
promoter. RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor σ yang mampu
menemukan bagian promoter suatu gen. Bisa diibaratkan RNA polymerase adalah pesawat,
faktor sigma adalah antenanya, promoter adalah bandaranya. Pada prokariot, RNA
polymerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui ikatan
dengan protein lain (pada eukariot protein pembantu dibutuhkan sangat banyak !!).
Kemudian, bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk struktur
gelembung transkripsi (transcription bubble) yang stabil. Selanjutnya adalah penggabungan
beberapa nukleotida awal sekitar 10 nukleotida. Basa-basa RNA yang digabung membentuk
ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. Selanjutnya adalah pelepasan subunit σ setelah
terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. Terjadi perubahan konformasi holoenzim
jadi core enzyme (tanpa faktor σ). Faktor σ selanjutnya dapat digunakan lagi dalam proses
inisiasi transkripsi selanjutnya (dapat digunakan oleh enzim inti RNA polimerase lain)
(Gambar 8).

Gambar 8. Proses inisiasi transkripsi pada prokariot. Faktor sigma membantu mengenali
promoter suatu gen.
Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3′ molekul RNA yang baru
terbentuk dengan arah 5′ 3′ pada ikatan fosfodiester (Gambar 9). Nukleotida RNA yg
ditambahkan bersifat komplementer dengan nukleotida untai DNA cetakan.

Gambar 9. Proses pembentukan ikatan fosfodiester. Gugus OH pada posisi 3’ menyerang

posphat pada posisi 5’ melepas 2P dan molekul H2O membentuk ikatan fosfodiester yang
stabil.

Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:

Rho-independent yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan protein khusus,
namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator. Ciri urutan
adalah adanya struktur jepit rambut/hairpin yang kaya akan basa GC. Akibat struktur itu,
RNA polimerase berhenti dan membuka bagian dari sambungan (hibrid) DNA-RNA. Sisa
hibrid merupakan urutan oligo U (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan A (dA)
ikatan hidrogen hanya 2 buah, akibatnya ikatan lemah terlepas dan RNA hasil transkripsi
lepas.
Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada RNA
transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah terminator. Faktor rho
membentuk destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga akhirnya RNA terlepas.
4.transkripsi pada eukariotik
Struktur gen
Gen-gen pada eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya
mengkode satu macam produk ekspresi. Pada eukariot tidak dikenal namanya operon karena
satu gen structural dikendalikan oleh satu promoter. Secara umum hampir sama sama
prokariot yaitu adanya promotor, bagian struktural dan terminator. Bagian yang membedakan
adalah pada bagian struktural gen. Bagian struktural/coding region pada eukariot ada bagian
intron dan ekson (Gambar 10). Intron (intervening sequences) merupakan sekuens yang tidak
mengkode asam amino. Bagian ini akan dibuang saat RNA processing. Ekson merupakan
sekuen yang dikode menjadi asam amino (Gambar 10).

Gambar 10. Bagian struktural gen eukariot

 Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot

RNA polimerase pada eukariot bermacam-macam yaitu RNA polimerase I (mentranskrip gen
kelas I yaitu gen rRNA kecuali 5S rRNA), RNA Polimerase II (mensintesis mRNA dan small
nulear RNA/snRNA yang diperlukan pada saat RNA splicing) dan RNA polymerase III
(mentranskrip gen kelas III yaitu tRNA, 5S rRNA). Pada bab ini hanya dijelaskan RNA
polimerase II karena terlibat pada transkripsi semua gen.
Berbeda dengan prokariot, RNA polymerase eukariot tidak menempel secara langsung pada
DNA di daerah promoter namun melalui perantaraan protein-protein lain disebut faktor
transkripsi/transcription factor (TF). TF ada 2 macam yaitu ada yang umum dan ada yang
khusus. TF umum berfungsi mengarahkan RNA polymerase ke promoter. TF umum meiputi
TFIIA, B, D, E, F, H, J (transcription factors regulating RNA pol II). Penempelan RNA
polymerase [ada promoter oleh daktor transkripsi umum hanya menghasilkan transkripsi pada
aras dasar (basal level). Pengaturan yang lebih spesifik dilakukan oleh FT yang khusus untuk
suatu gen.
Promoter eukariot sangat beragam dan sulit untuk dikarakterisasi. Basal promoter elements
dikenal dengan TATA-box dan CCAAT-box, dinamakan berdasarkan sekuen motifnya
(Gambar 11). TATA-box berada pada 20 sampai 30 basa upstream dari transcriptional start
site dan ini sama dengan sekuen pada prokariot atau Pribnow-box (sekuen konsensusnya
adalah TATAAA, TATAT/AAT/A, dimana T/A menandakan basa yang mungkin ditemukan
pada posisi tersebut). TFIID adalah faktor transkripsi pertama yang secara langsung berikatan
dengan TATA box dan penempelan ini mengarahkan faktor transkripsi lainnya dan RNA
polymerase II untuk mengenali promoter. TFIID sebenarnya merupakan kompleks protein
yang terdiri dari protein pengikat kotak TATA (TATA-box binding protein, TBP) dan TAF
(TBPassociated factors). CCAAT-box terdapat pada posisi -100. CCAAT-box diketahui
mengikat protein FT CCAAT-binding transcription factor (CTF) dan CCAAT-
enhancerbinding protein (C/EBP).

Gambar 11. Struktur umum dari gen eukariot

Ada banyak regulator lain pada urutan gen, yaitu tempat berikatannya berbagai faktor
transkripsi (Gambar 12). Urutan regulator ini sebagian besar adalah terletak hulu (5') dari
situs inisiasi transkripsi, meskipun beberapa elemen terjadi hilir (3') atau bahkan di dalam gen
itu sendiri. Jumlah dan jenis elemen regulator ditemukan bervariasi tiap masing-masing gen.
Kombinasi yang berbeda dari faktor transkripsi ini memberikan efek yang berbeda. Berbagai
jenis sel mengekspresikan kombinasi karakteristik dari faktor transkripsi, dan ini
menghasilkan mekanisme utama untuk kekhususan tipe sel dalam regulasi ekspresi gen.
 Kodon (kode genetik) adalah deret nukleotida pada mRNA yang terdiri atas
kombinasi tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertent
sehingga sering disebut sebagai kodon triplet. Asam amino yang disandikan misalnya
metionin oleh urutan nukleotida ATG (AUG pada RNA). Banyak asam amino yang
disandikan oleh lebih dari satu jenis kodon. Kodon berada pada molekul mRNA
 Antikodon adalah urutan basa nitrogen atau nukleotida yang membenci transfer RNA,
alias tRNA, yang melekat pada asam amino. Antikodon adalah urutan nukleotida
yang sesuai dengan kodon dalam messenger RNA, alias mRNA. Antikodon melekat
pada asam amino, yang disebut triplet basa yang menentukan asam amino mana yang
harus mengikat untai protein sintesis berikutnya. Setelah asam amino terikat pada
untai protein, molekul tRNA dengan antikodon dilepaskan dari asam amino.
Antikodon dalam tRNA identik dengan kodon untai DNA, kecuali T dalam DNA
hadir sebagai U dalam antikodon.
 Kodogen adalah basa nitrogen pada DNA yang ditranskripsi dan menghasilkan kodon
pada sintesis protein
 DNA SENSE adalah untaian DNA dengan arah 5′ → 3′ yang memiliki urutan /
sekuens basa nitrogen sama dengan mRNA (kecuali T diganti U). Untaian ini juga
 dikatakan sebagai untaian positif (+). Dikarenakan untaian ini memiliki urutan yang
sama dengan mRNA, maka untaian ini disebut sebagai pengkode (coding). Untaian
ini TIDAK ditranskripsi atau dicetak menjadi mRNA sehingga disebut anti-template.
 DNA ANTISENSE adalah untaian DNA dengan arah 3′ → 5′ atau disebut untaian
negatif (-). Untaian ini berperan untuk melakukan transkripsi membentuk mRNA
sehingga untaian ini disebut Pencetak/Cetakan (Template). Arah 3′ → 5′ didasarkan
pada untaian DNA ini ketika proses transkripsi oleh enzim RNA Polimerase. Urutan /
sekuens basa nitrogen pada untaian ini tidak sama dengan mRNA sehingga dikatakan
sebagai non coding.
5. Urutan basa rantai DNA komplementernya : 3’-CGC ATA CTA ATG- 5’
Urutan basa pada rantai RNA hasil transkripsi : GCG UAU GAU UAC
6. Urutan rantai ADN template : TTT AAA GCG GAT GTT CCG CCC
Urutan rantai ADN pengkode : AAA TTT CGC CTA CAA GGC GGG
7.Tahapan Modifikasi Pasca Transkripsi
Hasil transkripsi dari gen-gen pengkode protein, RNA-r, RNA-t dan RNA-sn pada dasarnya
belum siap pakai baik pada mahluk hidup prokariotik maupun eukariotik. Proses
pembentukan RNA siap pakai (RNA-d, RNA-r, RNA-t) terutama pada mahluk hidup
prokariotik maupun eukariotik.
1. Pembuatan RNA-d
Molekul RNA-d pada mahluk hidup prokariotik maupun eukariotik dapat dipilih menjadi tiga
bagian, yaitu urutan-urutan kepala 5′  (5′  leader sequence), urutan-urutan pengkode protein
(protein-coding sequence), dan urutan-urutan ekor 3′  (3′ trailer sequence).
Pada urutan-urutan kepala ini terdapat informasi yang akan dibaca oleh ribosom, untuk
mengarahkannya secara tepat dalam rangka memulai biosintesis protein, basa-basa pada
urutan kepala ini tidak di transkripsikan menjadi asam-asam amino. Urutan-urutan pengkode
protein menentukan urutan-urutan asam amino pada biosintesis protein, ukuran panjang
bagian ini tergantung pada ukuran panjang protein yang dikode. Sebagaimana urutan-urutan
kepala, urutan-urutan ekor tidak ditranslasikan menjadi asam amino pada biosintesis protein,
ukuran panjangnya bervariasi antara RNA-d.
2. RNA-d siap pakai paada mahluk hidup prokariotik
Pembuatan RNA-d siap pakai di kalangan mahluk hidup prokariotik dan eukariotik secara
mendasar berbeda. Pada mahluk hidup prokariotik RNA hasil transkripsi langsung berfungsi
sebagai molekul RNA-d yang akan di translasikan pada saat biosintesis protein (Brown,
1989; Russel, 1992), bahkan suatu RNA-d sudah mulai ditranslasikan sebelum lengkap
ditranskripsikan, dan dinyatakan bahwa transkripsi dan translasi berlangsung berpasangan.
Bahwa transkripsi dan translasi berlangsung berpasangan pada mahluk hidup prokariotik
semacam E. coli, hal ini dapat terjadi karena suatu sel prokariotik tidak terpisah, misalnya
menjadi bagian di dalam inti dan di luar inti, seperti pada sel eukariotik, proses transkripsi
berlangsung di sekitar ribosom. Pasa sel eukariotik, RNA hasil transkripsi terlebih dahulu
keluar dari dalam inti menuju sitoplasma sebelum berlangsungnya proses translasi.

3. RNA-d siap pakai pada mahluk hidup eukariotik.

RNA-d siap pakai pada mahluk hidup eukariotik bukan merupakan hasil transkripsi langsung,
sebagaimana yang ditemukan pada mahluk hidup prokariotik, tetapi merupakan hasil
modifikasi pasca transkripsi yang dikatalisasi oleh enzim-enzim spesifik (Russel,1992).
Bagian gen pengkode protein pada kebanyakan mahluk hidup eukariotik antara tapak inisiasi
dan terminasi, di samping urut-urutan exon terdapat pula urutan-urutan intron, dan hasil
transkripsi dari urutan-urutan intron akan dipisahkan sehingga tidak menjadi bagian dari
RNA-d siap pakai. Selain penyingkiran intron, ujung-ujung dari calon RNA-d juga
dimodifikasi. Pada ujung 5′ dari calon RNA-d ditambahkan suatu penutup (cap) melalui suatu
proses yang disebut 5′ capping. Sedangkan pada ujung 3’akan ditambahkan suatu
ekor poly (A)