MAKALAH BIOKIMIA LANJUTAN

“TRANSKRIPSI DNA”

DISUSUN OLEH:

KELOMPOK X

KHUSNUL UNAYAH (H031 19 1002)

SRI RESTYATI M (H031 19 1018)

MARHAMA P. (H031 19 1022)

MAHDIS MAHFUD (H031 19 1044)

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2021
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit

mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam

nukleat itu disebut dioksiribonukleat (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit

mononukleotida disebut asam ribonukleat (RNA). DNA (deoxyribonucleic

acid) adalah asam nukleat yang merupakan biomolekul penyusun organisme yang

terdapat dalam sel, umumnya pada inti sel (nukleus) yang berperan sebagai materi

genetik, yang terdiri dari gugus fosfat, gula deoksiribosa, basa nitrogen, yang

terdiri dari Adenin(A), Guanin (G), Sitosin (C) Timin (T).

DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama

sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui

jembatan fosfodiester antara posisi 3′ suatu mononukleotida dan posisi 5′ pada

mononukleotida lainnya. Fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai

materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur

pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu

fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap

pertamanya adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA

menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan

proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan

(templat)nya. Oleh karenanya disusunlah makalah ini sebagai dasar untuk

mengetahui transkripsi DNA menjadi RNA.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa itu transkripsi DNA?

2. Bagaimana tahapan proses transkripsi DNA?

3. Bagaimana proses transkripsi DNA pada bakteri E.coli?

1.3 Tujuan

1. Untuk mengetahui definisi transkripsi DNA

2. Untuk mengetahui tahapan proses transkripsi DNA

3. Untuk mengetahui pross transkripsi DNA padabakteri E.coli

 BAB II

PEMBAHASAN

Ekspresi gen merupakan proses sangat penting bagi tubuh. Proses ini

dimulai dengan pembacaan gen melalui proses transkripsi DNA yang disalin

menjadi RNA, dilanjutkan ke translasi RNA menjadi protein, dan kemudian

dilakukan modifikasi pasca translasi atau modifikasi postranslasional. Pada

transkripsi, DNA disalin ulang menjadi RNA. Pada dasarnya, kedua jenis molekul

ini serupa. Baik DNA maupun RNA keduanya adalah polimer asam nukleat

dengan tulang punggung gula fosfat dan tiap satu unit monomer memiliki gugus

basa.

Serupa dengan proses replikasi DNA, pada transkripsi, RNA yang

disintesis dibentuk berdasarkan template dari DNA induk. Namun, terdapat

perbedaan-perbedaan yang mendasar. Pada transkripsi, RNA yang terbentuk tidak

akan tetap terikat dalam ikatan hidrogen dengan strand DNA template-nya. Tepat

di belakang tempat ribonukleotida baru ditambahkan, rantai RNA akan terlepas

dan bentuk heliks DNA akan segera terbentuk kembali. Oleh sebab itu, RNA yang

terbentuk dilepas dari template sebagai single strand RNA.

 Selain itu, tidak seluruh untai DNA ditranskripsikan namun hanya

sebagian kecil saja. RNA yang terbentuk nantinya akan jauh lebih pendek.

Sebagai contoh, satu molekul DNA pada kromosom manusia dapat mencapai 250

juta pasang basa nukleotida. Pada RNA panjangnya hanya beberapa ribu pasang

nukleotida dan bahkan ada banyak yang lebih pendek dari itu. Adapun sifat lain

dari RNA adalah kemampuan molekul ini untuk mengambil bentuk sekunder dan

primer seperti protein. Dengan sifat ini, RNA dapat mengambil bentuk yang

spesifik dan dapat juga membentuk situs katalitik sehingga RNA mampu

berfungsi sebagai enzim layaknya protein.

Proses transkripsi DNA dijalankan oleh enzim RNA polimerase. Sama

halnya dengan DNA polimerase pada proses replikasi DNA, RNA polimerase

juga menjalankan reaksi ikatan fosfodiester yang menggabungkan satu nukleotida

dengan nukleotida lainnya membentuk molekul polimer RNA. Gambar di bawah

ini adalah posisi ikatan fosfodiester yang dibentuk dengan bantuan RNA

polimerase:

Kemampuan enzimatik dari RNA polimerase dikarenakan memiliki

bentuk unik berupa situs katalitik tempat terjadinya reaksi polimerisasi. Di tempat
ini, molekul yang direaksikan ditempatkan saling berdekatan dan dengan bantuan

atom magnesium reaksi pembentukan ikatan fosfodiester kemudian dapat terjadi.

Untuk lebih memahami, perhatikan gambar di bawah mengenai struktur situs

katalitik RNA polimerase:

Pada proses transkripsi, RNA polimerase berjalan sepanjang DNA dengan

proses pelepasan struktur DNA heliks di depan situs akitf/situs katalitik. Adapun

arah transkripsi adalah dari 5′ ke 3′. Adapun substratnya adalah nukleosida

trifosfat yaitu ATP, CTP, UTP, dan GTP

Dikarenakan strand RNA langsung dilepaskan dari template DNA-nya,

maka hal ini memungkinkan beberapa salinan RNA dibuat secara bersamaan dari

satu gen. Setiap RNA polimerase pada eukariota mampu menjalankan salinan 20
nukleotida per detik. Dengan cara ini, dari satu gen dapat dibuat ribuan transkrip

dalam satu jam.

RNA polimerase. Pada eukariota, terdapat tiga jenis yaitu RNA polimerase

I, RNA polimerase II, dan RNA polimerase III. Struktur ketiganya memiliki

kemiripan namun mentranskripsikan tipe gen yang berbeda. RNA polimerase I

dan III mentranskripsikan gen yang mengkode transfer RNA, ribosomal RNA,

dan berbagai jenis small RNA. RNA polimerase II mengtranskripsikan sebagian

besar gen termasuk seluruh gen yang mengkodekan protein.

Tipe
Gen yang ditranskripsikan
polimerase

RNA Gen rRNA 5.8S, 18S, dan 28S

polimerase I

RNA Semua gen yang mengkodekan protein, ditambah gen

polimerase II snoRNA, miRNA, siRNA, dan kebanyakan gen snRNA

RNA gen tRNA, 55 rRNA, beberapa snRNA, dan gen untuk small

polimerase III RNA lainnya

Walaupun antara RNA polimerase II eukariota memiliki banyak kesamaan

struktur dengan RNA polimerase bakteri, terdapat dua perbedaan yang mencolok:

1. RNA polimerase hanya memerlukan tambahan satu protein (faktor σ) untuk

inisiasi transkripsi, sedangkan RNA polimerase II memerlukan banyak

tambahan protein yang dinamakan faktor transkripsi umum (general

transcription factors)

2. Inisiasi transkripsi pada eukariota harus berhadapan dengan struktur

penyusun nukleosom DNA dan struktur kromatin lainnya. Hal ini tidak

dijumpai pada kromosom bakteri.

 Sekuens atau tahapan transkripsi DNA terdiri dari tiga tahapan utama yaitu

inisiasi, elongasi dan terminasi.

A. Inisiasi

Inisiasi yaitu tahapan awal transkripsi DNA. Proses ini terjadi saat RNA

poliemrase berikatan ke bagian promoter dari gen. Kejadian ini merupakan sinyal

bagi DNA untuk dibuka sehingga enzim bisa membaca basa dan membuat salinan

gen berupa RNA. dari template DNA.Tahap inisiasi transkripsi sangat penting

pada ekspresi gen karena pada tahap ini sel meregulasi atau mengatur jenis protein

apa yang diproduksi dan seberapa banyak produksi yang harus dilakukan.

Agar proses transkripsi berjalan akurat, maka RNA polimerase harus tahu

tempat gen dimulai dan tempat gen berakhir. Cara atau proses pengenalan ini

berbeda antara bakteri dengan eukariota. Untuk proses inisiasi, maka DNA

polimerase harus pertama kali menempel ke bagian DNA yang dinamakan

promoter. Promoter adalah bagian DNA berupa sekuens atau susunan nukleotida

unik yang menandai titik dimulainya transkripsi DNA. Gambar di bawah ini

menggambarkan posisi promoter dengan gen yang akan ditranskripsikan.

Tampak di gambar atas bahwa bagian promoter ada di depan gen. Terdapat

sekuens khusus yang tersusun dari nukleotida T dan A sehingga regio tersebut

dinamakan TATA box. TATA box penting karena di sana adalah tempat
menempelnya faktor transkripsi. Selain TAAT box, untuk pengenalan promoter

juga terdapat sekuens inisiasi tambahan yang memiliki susunan nukleotida unik

yang menjadi petanda bagian promoter dari suatu gen.

Inisiasi Transkripsi Gen pada Prokariota

Inti enzim dari RNA polimerase bakteri merupakan struktur kompleks

multisubunit yang melakukan sintesis RNA dengan DNA sebagai template. Pada

proses inisiasi gen, RNA polimerase dibantu oleh protein lain yang dinamakan

faktor transkripsi. Pada bakteri, hanya terdapat satu faktor transkripsi yaitu disebut

faktor sigma (σ). Faktor σ berkaitan dengan inti enzim dan membantu dalam

membaca sinyal di DNA di bagian promoter yang menandakan dimulainya proses

transkripsi. Inti enzim RNA polimerase bersama-sama dengan faktor σ dinamai

holoenzim RNA polimerase.

Kompleks holoenzim RNA polimerase ini hanya terikat secara lemah

dengan DNA bakteri ketika terjadi tumbukan dan kompleks ini akan bergeser

dengan cepat sepanjang molekul DNA sampai kemudian berpisah kembali.

Tetapi, apabila holoenzim polimerase melalui faktor σ bertemu dengan bagian

DNA yang dinamakan promoter, maka akan terjadi ikatan yang kuat antara enzim

dengan DNA.

Adapun pada saat mulai terjadinya transkripsi, terjadi proses kompleks

berupa perubahan bentuk atau konformasi dari enzim. Kita dapat memandang

proses ini sebagai pembukaan dan peletakan DNA di situs aktif dari enzim diikuti

dengan penguncian dari enzim sekitar DNA dan RNA. Penguncian ini untuk

memastikan struktur tidak berpisah sebelum proses transkripsi selesai. Jika proses

transkripsi berhenti di tengah jalan, maka proses inisiasi harus dimulai dari awal

kembali yaitu dari bagian promoter.

Inisiasi Transkripsi DNA pada Eukariota

Selain eukariota memiliki RNA polimerase khusus, terdapat perbedaan

proses inisiasi transkripsi antara prokariota dengan eukariota. Perbedaan inisiasi

ini seperti disebutkan di atas yaitu RNA polimerase II memerlukan banyak

tambahan protein yang dinamakan faktor transkripsi umum (general transcription

factors) dan inisiasi transkripsi pada eukariota harus berhadapan dengan struktur

penyusun nukleosom DNA dan struktur kromatin lainnya yang tidak dijumpai

pada kromosom bakteri.

Faktor Transkripsi Umum

Faktor transkripsi umum membantu memposisikan RNA polimerase

eukariota secara tepat di promoter, membantu memisahkan dua strand DNA

sehingga transkripsi dapat dimulai, dan melepas RNA polimerase dari promoter

ke mode elongasi. Disebut faktor “umum” karena protein dibutuhkan untuk semua

promoter yang menggunakan RNA polimerase II. Faktor transkripsi umum ini

terdiri dari satu set protein yang saling berinteraksi dan dinamakan TFII (dari kata

transcription factor for polymerase II) dan didenotasi secara arbitrer sebagai

TFIIB, TFIID, dan seterusnya. Secara umum, TFII ini menjalankan fungsis eperti
faktor σ dan bagian dari TFIIF memiliki struktur tiga dimensi yang equivalen

dengan faktor σ.

Jumlah
Nama Peran pada inisiasi transisi
subunit
TFIID
–
Subunit 1 Mengenali TATA box
TBP
–
Mengenali sekuens lain dekat titik dimulainya
Subunit ~11
transkripsi, mengatur DNA-binding oleh TBP
TAF
Mengenali elemen BRE di promoter, secara akurat
TFIIB 1 menempatkan RNA polimerase di tempat mulainya
transkripsi
Stabilisasi interaksi RNA polimerase dengan TBP dan
TFIIF 3
RFIIB; membantu menarik TFIIE dan TFIIH
TFIIE 2 Menarik dan mengatur TFIIH
Membuka heliks DNA di tempat transkripsi, fosforilasi
TFIIH 9 Ser5 dari CTD RNA polimerase, melepas RNA
polimerase dari promoter

Proses penyusunan dimulai dengan ikatan TFIID ke sekuens pendek DNA

double heliks yang utamanya tersusun dari nukleotida T dan A sehingga disebut

TATA box dan subsunit dari TFIID yang mengenali TATA box dinamai TBP

(TATA binding protein). TATA box terletak terutama 25 nukleotida upstream

dari tempat transkripsi dimulai. Terdapat sekuens lain yang menjadi sinyal

dimulainya transkripsi namun untuk RNA polimerase II, promoter ini adalah

promoter yang paling penting. Ikatan TBP ke TATA box menyebabkan distorsi

dari DNA di sekuens ini. Distorsi ini menjadi tanda fisik untuk lokasi promotor

yang aktif dan memungkinkan langkah penyusunan protein lain untuk transkripsi

dimulai.
B. Elongasi

Elongasi yaitu proses pemanjangan RNA hasil transkripsi. Satu persatu

nukleotida ditambahkan dan RNA bertambah panjang. Nanti akan dijelaskan

bahwa pada tahap awal inisiasi, proses pemanjangan RNA akan berjalan lambat.

Namun, setelah masuk fase inisiase, pemanjangan ini akan berlangsung lebih

cepat.

Elongasi transkripsi DNA dapat menyebabkan terbentuknya Superhelical

Tension pada DNA. Ketika sudah terinisiasi, kerja RNA polimerase tidak

berlangsung dengan halus atau lancar sepanjang DNA. Kadang tersendat, berhenti

sementara pada beberapa sekuens dan berjalan cepat di tempat yang lain. RNA

polimerase yang sedang dalam fase elongasi berkaitan dengan faktor elongasi

yaitu protein yang mengurangi kemungkinan RNA polimerase akan terlepas dari

DNA sebelum trenskripsi mencapai titik terminasi.

Faktor elongasi ini berikatan dengan RNA polimerase segera setelah

proses inisiasi selesai dan membantu polimerase bergerak sepanjang sekuens

template DNA dan struktur kromatin pada eukariota. Dengan memakai ATP,

chromatin remodeling complex akan membuka struktur kromatin. Kompleks ini

dapat bergerak bersama dengan polimerase namun dapat pula muncul pada RNA

polimerase yang macet dan setelah bergerak kembali akan lepas. Adapun

mengenai detil mekanisme ini masih belum terungkap secara lengkap namun

diketahui protein tersebut dapat melepas secara sementara dimer H2A-H2B dari

inti nukleosom, mengganti mereka saat pomerase bergerak sepanjang nukleosom.

Terdapat hambatan lain dalam proses elongasi yaitu adanya DNA

supercoiling. Hal ini terjadi ketika gaya torsi terbentuk saat proses transkripsi

DNA berlangsung. Perhatikan gambar di bawah menggambarkan bagaimana

DNA supercoiling ini terbentuk: Untuk mengurangi atau mengatasi supercoiling

ini, maka terdapat mekanisme berupa enzim topoisomerase pada eukariota dan

bakteri. Namun pada terdapat topoisomerase khusus yang dinamakan DNA

gyrase.

Supercoiling DNA pada proses tranksripsi DNA

DNA gyrase menggunakan ATP secara aktif menciptakan supercoiling di

belakang RNA polimerase. Supercoiling yang diciptakan berkebalikan (negative

supercoiling) dengan supercoiling yang disebabkan RNA polimerase sehingga

efeknya saling menghilangkan. Negative supercoiling ini dapat memfasilitasi

proses pembukaan heliks dari DNA sehingga membantu proses transkripsi DNA

pada bakteri. Perlu diingat bahwa DNA gyrase tidak ada pada eukariota.

C. Terminasi

Terminasi yaitu penghentian proses transkripsi. Hal ini terjadi saat RNA

polimerase menemui kode codon stop yang menandakan tempat berakhirnya gen.

Proses termiansi ditandai saat RNA polimerase mengenali sinyal terminasi. Pada

kebanyakan dari gen bakteri, sinyal terminasi terdiri dari susunan berulang

pasangan nukleotida A-T yang didahului oleh sekuens DNA simetris sepanjang
dua kali lipat, dimana jika ditranskripsikan, bagian ini akan membentuk RNA

berbentuk jepit rambut atau „hairpin„.

Saat RNA polimerase sampai ke bagian ini, bentuk jepit rambut dari RNA

membantu RNA yang terbentuk ditarik dari situs aktif enzim. Hibrid DNA-RNA

pada situ aktif yang ditahan bersama oleh pasangan terminator berupa pasangan

ikatan U-A tidak terlalu kuat untuk menahan RNA tetap berada di tempatnya

sehingga akan menyebabkan RNA terlepas dan akhirnya proses transkripsi

berakhir.

Siklus transkripsi RNA polimerase bakteri.

Tahap 1 holoenzim RNA polimerase bergabung dan mengenai bagian

promoter DNA. Tahap 2 RNA polimerase melepas struktur heliks di posisi tempat

dimulainya transkripsi. Tahap 3 dimulainya proses transkripsi. Di awal

transkripsi, proses berjalan secara tidak efisien. Pada saat tahap awal ini,

transkripsi dapat dengan mudah dihentikan. Namun, setelah dibuat sekitar 10

nukleotida dari RNA, polimerase akan melepas hubungannya dengan promoter

dan pada akhirnya juga akan melepas faktor sigma. Tahap 4 adalah tahap mode

elongasi dari RNA polimerase. Saat fase mode elongasi, RNA polimerase sangat

terikat dengan DNA dan hanya akan berhenti ketika masuk kode terminasi. Tahap
6 masuk ke kode terminasi dimana sekuens sebelum kode terminasi akan

membentuk RNA berbentuk hairpin. Tahap 7, struktur hairpin akan

mendestabilisasi ikatan dengan RNA polimerase, menyebabkan RNA terlepas dan

proses transkripsi berakhir.

D. Proses Transkripsi Pada E.Coli

Pada dasarnya transkripsi menyerupai replikasi pada dasarnya mekanisme

kimiawi, polaritasnya (arah sintesis), dan penggunaan template. Dan seperti

replikasi, transkripsi memiliki inisiasi, perpanjangan, dan penghentian fase —

meskipun dalam literatur tentang transkripsi, inisiasi selanjutnya dibagi menjadi

fase diskrit

Pengikatan DNA dan inisiasi sintesis RNA. Transkripsi berbeda dari

replikasi yang tidak membutuhkan primer dan, umumnya, hanya melibatkan

terbatas segmen molekul DNA. Selain itu, di dalam segmen yang ditranskripsi

hanya satu untai DNA yang berfungsi sebagai templat.

Adapun inisiasi transkripsi, elongasi dan terminasi oleh E. coli RNA polimerase

yaitu:

1. Inisiasi transkripsi umumnya memerlukan beberapa langkah dibagi menjadi

dua fase, mengikat dan inisiasi. Dalam penjilidan fase, interaksi awal RNA

polimerase dengan promotor mengarah pada pembentukan kompleks tertutup,

di mana DNA promotor terikat secara stabil tetapi tidak dapat dilepas.

Wilayah DNA 12 sampai 15 bp dari dalam 10 wilayah ke posisi 2 atau 3

kemudian dibatalkan untuk membentuk kompleks terbuka. Perantara

tambahan (tidak ditampilkan) memiliki terdeteksi di jalur menuju kompleks

tertutup dan terbuka, bersama dengan beberapa perubahan konformasi

 protein. Inisiasi fase meliputi inisiasi transkripsi dan izin promotor. Setelah 8

atau 9 nukleotida pertama dari RNA baru disintesis, subunit dilepaskan dan

polimerase meninggalkan promotor dan menjadi berkomitmen untuk

perpanjangan RNA.

E.
2. Struktur polimerase inti RNA dari E. coli. RNA dan DNA disertakan di sini

untuk menggambarkan polimerase dalam perpanjangan tahap. Pencocokan

pewarnaan subunit dan subunit berwarna abu-abu muda dan putih; subunit,

nuansa merah. Subunit berada di seberang kompleks dan tidak terlihat dalam

tampilan ini. Subunit tidak ada dalam kompleks ini, setelah dipisahkan

setelahnya langkah-langkah inisiasi. Panel atas menunjukkan seluruh

kompleks. Yang aktif Situs untuk transkripsi berada di celah antara subunit

dan. Di panel tengah, subunit telah dilepas, memperlihatkan situs aktif dan

wilayah hibrid DNA-RNA. Situs aktif ditandai sebagian oleh ion Mg2

(merah). Di panel bawah, semua protein ada telah dihapus untuk

mengungkapkan jalur memutar yang diambil oleh DNA dan RNA melalui

kompleks.
3. RNA polimerase berhenti pada berbagai urutan DNA, beberapa di antaranya

adalah terminator. Dengan demikian, salah satu dari dua hasil mungkin:

polimerase melewati situs dan melanjutkan perjalanannya, atau kompleks

mengalami perubahan konformasi (isomerisasi). Yang terakhir kasus,

pasangan intramolekuler dari urutan komplementer baru transkrip RNA yang

terbentuk dapat membentuk jepit rambut yang mengganggu RNA-DNA

hibrida dan / atau interaksi antara RNA dan polimerase, menghasilkan

isomerisasi. Wilayah hibrida AUU di ujung ke-3 transkrip baru relatif tidak

stabil, dan RNA benar-benar terdisosiasi, menyebabkan penghentian dan

disosiasi molekul RNA. Ini adalah hasil biasa di terminator. Di situs jeda lain,

kompleks dapat keluar setelah langkah isomerisasi untuk melanjutkan sintesis

RNA.
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Sintesis molekul RNA dari DNA merupakan sebuah proses yang sangat

kompleks dengan melibatkan satu kelompok RNA polymerase serta sejumlah

protein yang beruhubungan. Kelompok RNA polymerase tersebut adalah RNA

polimerase I, RNA polimerase II dan RNA polimerase III. Transkripsi merupakan

proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai

cetakannya. Proses Transkripsi ini dilakukan dengan beberapa tahap yaitu tahap

inisiasi, elongasi dan terminasi. Setiap tahap tersebut memerlukan beberapa enzim

atau factor, disamping enzim RNA polymerase itu sendiri.

 DAFTAR PUSTAKA

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., dan Walter P., 2008,
Molecular biology of the cell 5th ed. Garland Science, New York.

Granner D.K. dan Weil P.A., 2003, RNA synthesis, processing, and modification
26th ed McGraw-Hill, New York.

Nelson, D. L. dan Cox, M. M., 2004, Lehninger Principles of Biochemistry

Fourth Edition, Worth Publisher Inc, New York.