BIOTEKNOLOGI PERIKANAN

DNA

Disusun untuk memenuhi nilai tugas mata kuliah bioteknologi perikanan

Disusun Oleh :

Kelompok 1

Firda Zakiyatunisa J. (230310210008)

Aditya Nugraha Zain (230310210011)

Zulfiqor Meetrand (230310210020)

UNIVERSITAS PADJADJARAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

PROGRAM STUDI PERIKANAN

2023
 PENDAHULUAN
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam makhluk
hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke
generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian
gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen danintergen
(Suryo, 2004).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur
perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria,
dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat
dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi
dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya
mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat
dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan
berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein histon.

Struktur DNA

Pada tahun 1953, peneliti James Watson dan Francis Crick mengajukan model DNA berbentuk DNA B.
Seiring berjalannya waktu, bentuk DNA lain seperti DNA A dan DNA Z juga diajukan. Namun, struktur
DNA B merupakan struktur yang paling umum ditemukan di dalam sel. Untai ganda DNA, memiliki
orientasi antiparalel yaitu terdiri dari untai ujung 5’ ke ujung 3’ (5’3’) dan untai ujung 3’ ke ujung 5’ (3’5)
yang berpasangan.

Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses perbanyakan atau penggandaan DNA untai ganda (Yuwono, 2010).
Pada sel eukariotik, proses replikasi terjadi selama fase S (sintesis) selama siklus sel. DNA merupakan
molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan diri (replikasi). Fungsi ini disebut fungsi
autokatalisis karena DNA mampu mensintesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis
DNA. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida
lama. Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul
DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim
helikase, enzim polimerase, dan ligase serta komponen lainnya.
 Replikasi DNA merupakan awal mula dari ekspresi suatu gen hingga membentuk protein. Gen
spesifik yang akan diekspresikan, biasanya akan direplikasi terlebih dahulu (dikopi) hingga membentuk
salinan gen yang identik dengan induk. Akibatnya, salinan gen tersebut nantinya dapat diekspresikan dalam
tahapan transkripsi dan translasi. Dengan demikian urutan nukleotida yang spesifik terhadap gen tersebut,
pada sel induk tetap ada/ dipertahankan.

Proses replikasi DNA secara alamiah terjadi secara in vivo di dalam tubuh makhluk hidup. Namun,
untuk keperluan diagnostik ataupun penelitian, replikasi DNA dapat juga dilakukan di laboratorium dengan
mengisolasi gen target dari sel makhluk hidup dan kemudian menggandakan sekuen DNA dari gen target
dengan teknik yang disebut Polymerase Chain Reaction (PCR).

Prinsipnya, teknik PCR ini hampir sama dengan prinsip penggandaan DNA yang terjadi di dalam
tubuh secara alamiah. Terdapat tiga tahapan dalam PCR, yaitu: denaturasi, annealing dan elongasi.

Transkripsi DNA
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA.
Selain itu juga Transkripsi merupakan proses dimana polimerisasi ribonukleotida dipandu oleh pasangan
dasar komplementer menghasilkan transkrip RNA gen. Transkripsi merupakan tahap pertama ekspresi gen,
dimana segmen DNA tertentu disalin ke RNA dengan enzim RNA Polimerase. Proses ini terjadi di dalam
sel, tepatnya di nukleus, mitokondria, dan plastida yang di dalamnya terkandung DNA.
Tujuan transkripsi adalah menyalin informasi genetik dari DNA ke dalam bentuk mRNA untuk dibawah
ke luar dari inti sel, untuk diterjemahkan menjadi bentuk protein (translasi). Protein yang dihasilkan dalam
proses translasi akan berperan sebagai enzim, hormon, maupun, komponen sel yang penting bagi
kelangsungan hidup organisme.

Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA, yaitu:

● Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan sumber basa untuk
sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa
dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang
diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan
uridin trifosfat (UTP).
 ● Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di antara kedua untai
DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai
urutan basa yang komplementer dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai
pita antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama dengan
urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada
umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan
basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA.
● Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.
● Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’-trifosfat pada nukleotida berikutnya
menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua atom pirofosfat anorganik (PPi).
Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya
DNA polimerase, melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim
ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa
adanya molekul primer.

Proses transkripsi pada sel prokariotik secara umum hampir sama dengan yang terjadi pada sel
eukariotik. Adapun tahapan secara umum proses transkripsi terdiri atas tiga tahap, yaitu: inisiasi,
elongasi dan terminasi.
● Inisiasi
Inisiasi adalah awal dari transkripsi. Hal ini terjadi ketika enzim polimerase RNA mengikat ke
wilayah gen yang disebut promotor. RNA polimerase mengikat dua untai DNA untuk di copy.
RNA polimerase mengenalidan mengikat promoter (urutan DNA khusus dekat ujung akhir gen
dimana transkripsi akan dimulai). Meskipun promoter dari gen yang berbeda sangat bervariasi
dalam ukuran dan urutan, semua promoter mengandung beberapa karakteristik urutan pendek dari
6-10 pasang nukleotida yang membantu mengikat RNA polimerase.
● Elongasi
Bagian DNA yang telah terbuka oleh RNA polimerase disebut gelembung transkripsi/transcription
bubble. Ketika RNA polimerase bergerak di sepanjang DNA, ia terus membuka rantai heliks ganda
dan memperlihatkan sekitar 10 sampai 20 basa sekaligus. RNA polimerase menambahkan
nukleotida ke ujung 3' dari molekul RNA yang sedang terbentuk. Setelah sintesis RNA
berlangsung, DNA heliks ganda terbentuk kembali dan molekul RNA yang baru akan lepas dari
cetakan DNA-nya.Begitu polimerase RNA telah berpindah dari promotor, molekul RNA
polimerase lainnya dapat bergerak masuk untuk memulai. Jika promotor sangat kuat, yaitu jika ia
dapat dengan cepat menarik RNA polimerase, gen tersebut dapat mengalami transkripsi oleh
 banyak RNA polimerase secara bersamaan. Saat RNA polimerase bergerak dan membuka rantai
DNA, arah RNA polimerase terbagi menjadi dua. Jika transkripsi dimulai pada ujung 5' gen pada
titik A dan bergerak di sepanjang gen ke arah yang sama dengan RNA polimerase ke titik B, maka
transkripsi akan berjalan ke arah hilir/downstream. Jika sebaliknya, transkripsi dimulai pada titik
B dan bergerak ke arah yang berlawanan dari RNA polimerase ke titik A, transkripsi akan bergerak
ke arah hulu/upstream.
● Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang disebut
Terminator yang juga merupakan urutan RNA yang mensinyali akhir dari transkripsi. Terdapat dua
tipe terminator: terminator intrinsik yang menyebabkan inti enzim RNA polimerasi menghentikan
proses transkripsi itu sendiri dan terminator ekstrinsik yang membutuhkan protein selain RNA
polimerase (terutama polipeptida yang dikenal sebagai rho) untuk melakukan terminasi. Enzim
RNA polimerase bergerak di sepanjang untai DNA sampai menemukan kodon terminator. Pada
titik terminator sequnece RNA polimerase melepaskan polimer mRNA dan melepaskan diri dari
molekul DNA.

Amplifikasi DNA
Amplifikasi merupakan proses pengambilan gen tertentu dari suatu DNA kromosom yang
dilakukan secara in vitro melalui teknik PCR.Amplifikasi gen, dapat memperkaya sekuens fragmen gen
DNA secara berlimpah dan dapat digunakan untuk memperkuat gen spesifik sebelum diklon. PCR
membutuhkan suatu primer spesifik yang akan membantu DNA polimerase menambahkan basa nukleotida
pada DNA cetakan sehingga fragmen DNA dapat diperbanyak dengan proses yang sangat cepat. PCR
adalah suatu metode untuk melipatgandakan suatu pita DNA secara in vitro.Metode PCR dikembangkan
oleh Kary Mullis pada tahun 1986.

komponen utama pada proses PCR yaitu : (1) DNA cetakan yaitu fragmen DNA yang akan
dilipatgandakan, (2) oligonukleotida primer yang digunakan untuk mengawali sintesis DNA, (3)
deoksiribonukleotida (dNTP), dan (4) enzim polimerase yang melakukan katalis.

Cara kerja PCR melewati 3 tahap berikut:

1. Denaturation / denaturasi (96°C): Pada proses denaturasi, panas mempengaruhi strand DNA
akan terpisah menjadi DNA beruntai tunggal (single-stranded).
 2. Annealing / penempelan (55-65°C): Pada tahap penempelan ini, suhu annealing primer akan
menempel dan berikatan pada daerah komplementer pada sekuen single-stranded DNA.
3. Extension / elongasi (72°C): Pada suhu ini Taq polymerase melakukan pemanjangan
membentuk strand DNA baru.

Teknik Isolasi DNA

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau lisis) biasanya
dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA
rusak (Yuwono 2008).

Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari DNA berada pada nukleus
yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membran. Nukleus terdiri dari 90 % keseluruhan
DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Karena DNA terdapat pada
nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel sampai pemanenan sel. Dimana metode tersebut
merupakan bagian dari metode isolasi DNA. Pemisahan DNA dari materi seluler lainnya merupakan hal
yang signifikan dan mengharuskan penyalinan DNA menjadi RNA dan translasi RNA menjadi protein
berlangsung dalam kompartemen( ruang ) yang berbeda yaitu secara berturut-turut dalam nucleus dan
sitoplasma (
Elrod 2007 ).

Terdapat organel-organel bermembran ganda di dalam sitoplasma, termasuk mitokondria baik pada
tumbuhan maupun hewan. Oleh karena itu perlu dilakukan isolasi DNA pada tanaman dan hewan untuk
mengetahui dan mempelajari DNA dari tanaman dan hewan tersebut. Sel eukariotik memiliki DNA lebih
banyak, lengkap dengan komponen-komponen lain. DNA tanaman dan hewan tersimpan dalam
nucleusyang terbungkus oleh membran. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari
DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul
besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet
pada bagian bawah. Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Albert 1994).
 DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA secara sederhana
dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik
maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik
dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerusan menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara
kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk
mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara,
akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air pada
masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka
sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpartisipasi juga akan sedikit.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa
“lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki
ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia.

Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: (1)Isolasi sel; (2)Lisis dinding dan membran sel;
(3)Ekstraksi dalam larutan; (4)Purifikasi; dan (5)Presipitasi. Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA
ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi
berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih
berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi
tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang
bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm.
 Daftar Pustaka
Albert.B. (1994). Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua.

Elrod, S. (2007). Genetika Edisi Keempat. Jakarta: Erlangga.

I, P. D. (2010). Primer-primer Baru Untuk Mengamplifikasi Gen Pengkode Protein Amplop Virus Dengue
Strain Ch53489 [Novel Primers to Amplify the Gene Coding for Envelope Protein of Dengue Virus
Strain Ch53489]. (Vol. 10). Jakarta: Gramedia Pustaka Utama.

S, N., Mukaromah, A., & Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan deoxyribonucleic acid (DNA) dengan marker-
based augmented reality. Walisongo Journal of Information Technology, 1(2), 91-100.

Suryo. (2004). Genetika Strata 1. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada.

Yuwono, T. (2008). Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.