REPLIKASI DNA

Replikasi/Penggandaan DNA dapat dipahami sebagai perwarisan keturunan (progeni)

informasi genetik yang dimiliki induknya. Jadi Replikasi DNA harus lengkap dan
dilaksanakan dengan sangat cermat untuk mempertahankan kestabilan genetik dalam
organisme dan species tersebut.
Replikasi DNA bersifat Semikonservatif yaitu selama satu putaran/siklus Replikasi
masing-masing dari dua untai DNA digunakan sebagai cetakan untuk pembentukan untai
komplemen yang baru. Setiap sel turunan mengandung molekul DNA dengan informasi yang
identik dengan yang dimiliki oleh sel induknya (genone pada sel anak harus utuh/normal).
Replikasi dimulai dari suatu titik yang disebut titik awal : (The Origin of Replication)
dan berakhir pada titik akhir yang disebut Terminus.
Sebelum melakukan Replikasi, DNA terlebih dahulu harus melalui peristiwa Inisiasi
yang menentukan pembelahan sel berikutnya. Pembelahan tidak akan berhenti sampai waktu
tertentu dan akan berjalan terus menerus. Sel-sel baru akan membelah bila ada Replikasi
dalam keadaan normal. Kalau sudah terjadi Inisiasi Replikasi tidak akan berhenti sebelum
DNA baru terbentuk. Dalam semua sel Replikasi hanya dapat terjadi dari cetakan DNA untai
tunggal. Semua unit Replikasi yang meliputi sel, enzim dan sebagainya disebut Replikon,
Replikon mempunyai 2 macam titik yaitu :
a. Tititk Awal= Titik tempat dimulainya Replikasi Origin.
b. Titik Akhir= Titik tempat berakhirnya Replikasi Terminus.
Peristiwa Inisiasi dimulai pada titik awal = Origin dan akan berakhir pada titik akhir =
Terminus. Misalnya : Pada bakteri E. coli titik awal Replikasinya bisa ditentukan yaitu
disebut : Ori. C, Replikasi dari Ori. C tidak harus satu arah, tetapi bisa juga berlangsung
dengan dua arah. Bila pada bakteri Replikasi berjalan satu arah maka titik Terminusnya akan
bergabung lagi dengan titik Origin, dan bila Replikasi berlangsung dua arah, maka
terminusnya akan terbentuk pada pertemuan akhir Replikasi yang letaknya berjauhan dengan
titik Origin. Replikasi hanya berlangsung didalam satu kali siklus sel.
Replication Fork = Growing Point = Percabangan Replikasi
Percabangan ini terdiri dari komponen-komponen antara lain :
1. Enzim DNA Helikase yang melepaskan lilitan pada segmen pendek DNA Parental
Dupleks.
2. Enzim Primase yang memulai sintensis molekul RNA yang essensial bagi
penyempurnaan sintesis DNA.
3. Enzim DNA Polimerase yang memulai sintesis untai anak.
Bagian ini adalah merupakan lokasi awal terjadinya Replikasi DNA. Dalam sel binatang,
termasuk sel manusia, Replikasi Genon DNA terjadi hanya pada waktu-waktu tertentu selama
kehidupan sel. Periode ini disebut Fase S atau Fase Sintesis. Biasanya fase ini secara
temporal terpisah dengan Fase Mitosis oleh periode non sintesis yang disebut Gap. 1 (G.1)
dan Gap. 2 (G.2) yang masing-masing terjadi sebelum dan sesudah Fase S.
Perangkat Replikasi

Untuk ini diperlukan banyak enzim dan protein, tetapi yang penting dalam Replikasi
adalah : DNA Polimerase.
DNA Polimerase hanya mensintesis DNA dalam arah 5! Ke 3!, dan hanya satu dari
beberapa tipe Polimerase yang terlibat pada percabangan Replikasi. Pada untai yang
mengawali atau untai yang ada didepan (Leading Strand) DNA disintesis secara kontinu,
sedangkan pada untai yang tertinggal (Lagging Strand) DNA disintesis dalam Fragmen yang
pendek (1-5 kb) yang disebut Fragmen Okazaki.
Pada mamalia setelah terbentuk banyak Fragmen Okazaki, kompleks Replikasi mulai
mengeluarkan RNA Primer, kemudian mengisi celah yang ditinggalkan oleh pengeluaran
RNA tersebut dengan Deoksiribonukleotida berpasangan basa yang tepat dan selanjutnya
menyegel Fragmen DNA (Okazaki) yang satu dengan yang lain yang baru sintesis itu dengan
enzim yang dinamakan DNA Ligase.
Primer RNA setelah pembentukan Fragmen-fragmen Okazaki harus dibuang atau digunting,
enzim yang digunakan untuk hal tersebut adalah enzim 5 ! -3! Exonuklease yang kemudian
akan digantikan oleh enzim DNA Polimerase lagi sesuai dengan cetakannya yang terdapat
pada DNA Prokariotik maupun Eukariotik. Gerakan enzim DNA Polimerase ini selama
Replikasi belum membuka, dijaga oleh suatu protein yang disebut Primosom.
Mekanisme Sintesa Protein
Mekanisme protein terdiri dari dua peristiwa penting, yaitu :
Protein transkripsi (pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA
Translasi (pemindahan informasi genetik dari RNA ke protein.
DNA sebagai informasi genetik untuk sintesa protein. Pada eukariot DNA terletak pada
kromosom artinya terdapat pada inti sel. Sintesis protein terjadi pada sitoplasma, sehingga
DNA harus keluar dari nucleus untuk dapat menginformasi protein apa yang akan dibentuk.
Sehingga timbul pertanyaan bagaimana informasi ini yang terbatas pada nucleus dapat
diangkat ketempat-tempat sintesa dalam sitoplasma. Ternyata yang keluar dari nucleus adalah
mRNA, sehingga mRNA mempunyai peranan yang vital dalam membawa pesan ini. Jadi
dalam nucleus terjadi sintesis mRNA oleh DNA. Sebuah pita dari Double helix digunakan
untuk mencetak pita tunggal mRNA (single stranded), karena satu gen hanya mengandung
satu informasi genetik pada eukariot maka hanya satu untaian yang hanya dipakai sebagai
acuan DNA. Substrat monomer aktif dari sintesis ini adalah ribonukleosida trifosfat. Semua
molekul mRNA seluler disintesis oleh enzim RNA polimerase menurut petunjuk dari acuan
DNA --------- transkripsi.
Enzim yang menjadi katalisator adalah enzim RNA polimerase. Seperti halnya pada DNA,
sintesis RNA selalu terjadi menurut arah 5 ke 3. Transkripsi biasanya dimulai dengan
nukleotida A atau G baik pada prokariot maupun eukariot.
Pita DNA yang mencetak mRNA disebut juga pita sens, sedangkan pita komplementernya
yang tikad mencetak mRNA disebut antisens. Selanjutnya mRNA yang telah selesai dicetak
(artinya selesai menerima informasi genetik dari DNA) akan meninggalkan DNA, keluar dari
inti sel melalui pori-pori dari membran inti dan menempelkan diri pada ribosom yang
terdapat di dalam sitoplasma untuk kemudian ditranslasikan menjadi protein.

TRANSKRIPSI
Perbedaan transkripsi dan replikasi
Replikasi : Seluruh urutan nukleotida DNA digandakan = induk.
Transkripsi : *Tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA , hanya gen atau kelompok gen
yang ditranskripsi.
Tidak memerlukan primer
Thimine diganti urasil
Mg sebagai katalisator
DNA polymerase tergantung basa dari DNA
DNA polymerase bertugas memerintah
Ex : DNA
poli basa TTTT, maka RNA polymerase memerintahkan supaya
terbentuk poli basa AAAA
Jadi jika DNA (template) dengan susunan AT AT AT berarti A
= 5
T = 3
Arah transkripsi dari 5 ke 3
Yang terbentuk adalah RNA yang komplemen dengan DNA cetakan.
Semua produk RNA berantai tunggal dalam beberapa jenis.
Harus dibentuk RNA nya antiparental.
Gambarkan,
DNA = poli AT
RNA = poli AU

REPLIKASI DNA.

DNA sebagai pembawa informasi genetik dapat berfungsi sebagai heterokatalitis,

yaitu bahwa DNA dapat mensintesis molekul kimia lain, (misal seperti mensintesa , protein
dsb). Selain itu berfungsi sebagai autokatalitis, yaitu karena DNA dapat mensintesa dirinya
sendiri.
Fungsi autokatalitis dari DNA, yaitu bahwa DNA dapat mensintesis dirinya sendiri,
hal ini berhubungan dengan model DNA yang double helix karena berpasangannya dari
basa memperlihatkan sifat yang khas, maka urutan basa dalam satu deretan dengan sendirinya
menentukan urutan basa pada deretan komplementernya. Jadi tiap pita dari double helix
dapat berlaku sebagai pencetak pada sintesa pita yang lain. Missal salah satu pita dari double
helix terbaca sebagai 5 SAATASTAGA 3 maka pita pasangannya terbaca sebagai 3
GTTATGATST 5.
Menurut WT & Cr replikasi molekul DNA dimulai dengan putusnya ikatan hydrogen yang
kemudian diikuti oleh berputarnya dan memisahnya kedua pita nukleotida. Pita tunggal yang
bebas itu lalu membentuk pita komplementernya yang baru.
Proses berlipatgandanya molekul DNA disebut replikasi DNA.

MATERI KULIAH GENETIKA

ASAM NUKLEAT
Kromosom tersusun dari nukleoprotein, yaitu suatu gabungan asam nukleat (asam-asam
organik yang terutama terdapat dalam nuklus sel) dan protein seperti histon dan atau
protamin. Sebagai pembawa informasi genetik adalah asam nukleat pada semua organism
kecuali beberapa virus. Asam nukleat dibedakan atas :
1. Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, DNA).
2. Asam ribonukleat (ribonucleic acid, RNA).
DNA
DNA adalah merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada mahluk hidup
yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari mahluk umumnya dari satu
generasi ke generasi berikutnya, DNA sangat dibutuhkan pada hampir semua aktifitas
biologi, maka merupakan pusat dalam ilmu lain, missal sitologi, genetika, biologi molekuler,
mikrobiologi biologi Perkembangan, biokimia dan evolusi.
DNA ( deoxyribonucleic acid ) juga merupakan tempat penyimpanan
informasi genetik yang dikodekan dalam bahasa kimiawi dan diproduksi di dalam
semua sel tubuh. Program DNA inilah yang mengendalikan perkembangan sifat
anatomi, fisiologi, biokimia, bahkan sebagian sifat perilaku

Struktur DNA

F. Miescher (1869) pertama-tama mengisolir DNA dari sel permatozoa dan dari
nucleus sel darah merah burung.
Fischer (1880) mengenal adanya zat-zat pirimidin dan purin di dalam asam nukleat.
Levine (1910) mengenal gula 5 karbon ribose dan gula dioksiribose di dalam asam
nukleat.
Chargaff (1947) DNA terdiri dari basa purin dan pirimidin dengan bagian yang sama,
adenine dan timin juga dalam proporsi yang sama demikian pula sitosin dan guanin.
Wilkins, dkk (1950), berhasil mempersiapkan serabut-serabut DNA dan dapat dibuat
foto melalui difraksi sinar X.
Walson dan Crick (1953) berdasar difraksi foto sinar X tersebut mengemukakan
bahwa molekul DNA berbentuk spiral dobel yang berpilin (double helix). Struktur
DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida yang diikat oleh hidrogen diantara basa
nitrogen. Ikatan hidrogen antara adenine dan timin dihubungkan dua ikatan hidrogen.
Antara sitosin dan guanine dihubungkan 3 ikatan hidrogen.

Susunan Kimiawi DNA

DNA merupakan susunan makromolekuler yang komplek, terdiri dari :

a. Gula dioxiribose atau gula pentose
b. Asam fosfat
c. Basa nitrogen yang terdiri dari pirimidin dan purin. Pirimidin terdiri dari sitosin (S)
dan Timin (T), sedangkan purin terdiri dari adenin (A) dan guanin (G).
Dalam menyusun DNA setiap senyawa akan tersusun dengan rangkaian khusus sebagai
berikut :
(Gambar I).

Gambar I.
Pirimidin (Sitosin dan Timin) dan purin (adenin dan guanin) membentuk suatu rangkaian
kimiawi dengan deoksiribosa, molekul yang terbentuk disebut nukleosida atau
deoksiribonukleosida dan mereka ini dapat berlaku sebagai precursor elementer untuk sintesa
DNA. Sebelum suatu nukleosida dapat menjadi bagian dari suatu molekul DNA, nukleosida
harus bergabung dengan gugus fosfat untuk membentuk suatu nukleotida atau
deoksiribonukleotida. Selanjutnya dapat dijelaskan sebagai berikut :
Nukleosida
Nukleotida
Ikatan hidrogen

: Deoksiribosa + basa nitrogen AD, TD, SD & GD

: Nukleosida + fosfat ADP, TDP, SDP dan GDP.
:
a. ikatan antara G dan S
b. ikatan antara A dan T.
Struktur kimia DNA dapat digambarkan seperti diagram di bawah
ini. Perhatikan bahwa untaian memiliki orientasi arah yang berlawanan.

Nukleotida yang mempunyai sebuah gugus fosfat disebut nukleosida mono fosfat. Suatu
contoh adalah adenin deoksiribonukleosida monofosfat atau disingkat dAMP.
Nukleotida dapat pula mempunyai dua atau tiga gugus fosfat (seperti ADP atau ATP)
yang merupakan precursor langsung untuk sintesa DNA. Trifosfat dari empat
deoksiribonukleotida, yaitu :
dATP (deoksi adenosine trifosfat)
dGTP (deoksiguanosin trifosfat)
dSTP (deoksisitidin trifosfat)
TTP (timidin trifosfat)

. merupakan persenyawaan yang kaya energi

dan terdapat bebas di nukleoplasma dan
sitoplasma

Dengan demikian, maka molekul DNA adalah merupakan sebuah polimer panjang dari
nukleotida, yang disebut polinukleotida. Gugus fosfat yang terikat pada 5-C dari gula
berhubungan dengan 3-C dari gula milik nukleotida berikutnya. Begitu seterusnya, sehingga
terdapat seri panjang rangkaian 5-3 sepanjang polimer. Selanjutnya apabila tulang punggung

gula fosfat terbentuk, maka letak basa-basa pirimidin dan purin ditetapkan yaitu jarak antara
basa yang satu dengan lainnya adalah 3,4 A.
Model Struktur DNA Menurut Watson dan Crick.
Seperti yang sudah dijelaskan, bahwa menurut Watson dan Crick DNA berbentuk sebagai dua
pita spiral yang saling berpilin (double helix). Pada bagian luar terdapat gula fosfat yang
membentuk punggung double helix dan bagian dalamnya terdapat basa purin dan pirimidin.
Dapat pula digambarkan sebagai anak tangga terpilin. Bagian pinggir tangga merupakan
deretan gugusan gula ribose (deoksiribosa)dan asam fosfat. Bagian anak tangga adalah dua
basa nitrogen yang terdiri atas purin dan pirimidin
Dalam DNA terdapat pasangan basa dan dua polinukleotida yang berhadapan dihubungkan
oleh atom hidrogen. Setiap adenine dalam rantai DNA melekat dengan timin dalam rantai
yang lain yang dihubungkan dengan dua atom H. begitu pula dengan setiap sitosin saling
melengkapi dengan guanin yang dihubungkan dengan tiga atom H , jadi dua deretan
nukleotida itu komplementer satu dengan lainnya, artinya urutan nukleotida dalam satu deret
mendikte urutan nukleotida dari deret pasangannya.

(Gambar 2).

Berdasarkan foto difraksi sinar X dari Rosalind Franklin, tersebut, maka W & C dapat
mengambil kesimpulan, bahwa :
1. Deretan polinukleotida DNA mempunyai bentuk sebagai spiral teratur.
2. Spiral itu mempunyai diameter kurang lebih 20 A dan lebar spiral tetap. (1 Angstroom
= 0,001 mikron = 0,00000 1 mm).
3. Spiral itu membuat satu putaran lengkap setiap 34 A dank arena jarak internukleotida
itu 3,4 A, tiap putaran lengkap terdiri dari 10 nukleotida (Gambar 3)

4. Mengingat molekul DNA sangat padat, maka spiral DNA itu tentu duplex (terdiri dari
dua buah spiral), yang mengandung dua deretan polinukleotida.
Adenin dan timin.
Perbedaan dalam ratio AT/GS dari mikroorganisme dan mahluk tingkat tinggi itu member
petunjuk bahwa ada perbedaan informasi genetik yang dibawa oleh molekul herediter
tersebut. Petunjuk itu tentu mempunyai arti sangat penting untuk keperluan filogeni, evolusi
dan taksonomi.
Denaturasi dan Renaturasi DNA
Ikatan hidrogen yang menghubungkan dua rantai polinukleotida adalah sangat lunak,
sehingga apabila dipanaskan, pengaruh enzim helikaseatau dibubuhi alkali yang kuat akan
labil dan mudah putus/pecah. Keadaan tersebut menyebabkan dua pita spiral dari molekul
DNA itu membuka, proses ini dinamakan denaturasi. Jika larutan tersebut dinetralisir atau
didinginkan, maka terbentuklan pasangan-pasangan basa itu kembali dan proses ini disebut
renaturasi.
Renaturasi DNA mempunyai arti penting dalam Biologi molekuler, karena dapat digunakan
untuk membuat molekul-molekul hibrid antara DNA dari spesies yang berlainanasal ada
homologi dalam urutan basanya. Dengan demikian, maka kemampuan hibridisasi DNA ini
dapat mencerminkan berapa jauh terdapatnya persamaan genetik antara berbagai spesies
tersebut.
(Gambar 4)

Perbedaan DNA & RNA :

1.
2.
3.
4.

DNA berbenang ganda, RNA tunggal

DNA mengandung gula deoksiribosa, RNA ribose
RNA mengandung pirimidin U (Urasil) berpasangan dengan A pengganti T
RNA lebih pendek dari pada molekul DNA

Adenin dan timin. Perbedaan dalam ratio AT/GS dari mikroorganisme dan mahluk tingkat
tinggi itu member petunjuk bahwa ada perbedaan informasi genetik yang dibawa oleh
molekul herediter tersebut. Petunjuk itu tentu mempunyai arti sangat penting untuk keperluan
filogeni, evolusi dan taksonomi.
Denaturasi dan Renaturasi DNA
Ikatan hidrogen yang menghubungkan dua rantai polinukleotida adalah sangat lunak,
sehingga apabila dipanaskan, pengaruh enzim helikaseatau dibubuhi alkali yang kuat akan
labil dan mudah putus/pecah. Keadaan tersebut menyebabkan dua pita spiral dari molekul
DNA itu membuka, proses ini dinamakan denaturasi. Jika larutan tersebut dinetralisir atau
didinginkan, maka terbentuklan pasangan-pasangan basa itu kembali dan proses ini disebut
renaturasi.
Renaturasi DNA mempunyai arti penting dalam Biologi molekuler, karena dapat digunakan
untuk membuat molekul-molekul hibrid antara DNA dari spesies yang berlainanasal ada
homologi dalam urutan basanya. Dengan demikian, maka kemampuan hibridisasi DNA ini
dapat mencerminkan berapa jauh terdapatnya persamaan genetik antara berbagai spesies
tersebut.
(Gambar 4)

Perbedaan DNA & RNA :

5.
6.
7.
8.

DNA berbenang ganda, RNA tunggal

DNA mengandung gula deoksiribosa, RNA ribose
RNA mengandung pirimidin U (Urasil) berpasangan dengan A pengganti T
RNA lebih pendek dari pada molekul DNA