Proses
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel (nukleus) atau di dalam matriks pada
mitokondria dan plastida. Proses transkripsi adalah proses sintesa RNA dari
template DNA, bedanya basa RNA adalah Urasil (U) sebagai gantinya timin (T).
Jadi bila dalam untai DNA A maka hasil transkripsinya adalah U dan bila pada
DNA T, maka pada RNA menjadi A, bila pada DNA C maka hasil transkripsi
pada RNA adalah G dan sebaliknya. Contoh untai DNA AAACCGGCAAAA
maka untai molekul RNA hasil transkripsi adalah RNA UUUGGCCGUUUURNA
adalah untai tunggal, komplementernya DNA. RNA adalah pembawa pesan DNA
urutan basa pada RNA dibaca tiga-tiga disebut kodon, mendiktekan jenis asam
amino yang dikode pada tahap translasi.Jadi informasi genetik ditulis sebagai
kodon dan ditranslasikan ke dalam rangkaian (urutan) asam aminoEnzim untuk
mentranskripsi DNA menjadi RNA disebut RNA polymerase. Proses transkripsi
dimulai ketika enzim RNA polimerase berkontak dengan protein pada DNA yang
disebut promotor. Setelah tahap transkripsi dimulai dari proses yang disebut
inisiasi, yaitu ketika enzim RNA polimerase bergabung dengan promotor.Pada
tiap gen, promotor hanya mengkode untuk mentranskripsi satu untai DNA
sajaBagian yang ditranskripsi berbeda antara satu gen dengan gen lainnya. Tahap
transkripsi berikutnya adalah pemanjangan RNA, RNA terpisah atau menjauh dari
DNA templatenya, sehingga kedua untai DNA dapat bergabung lagi, dilanjutkan
dengan tahap ketiga.Tahap ketiga transkripsi adalah terminasi, yaitu ketika RNA
polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut terminator.Proses
transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu yang pertama adalah RNA yang
mengkode urutan asam amino, disebut RNA pembawa atau mesenger disingkat
mRNA, dan dua jenis RNA, yaitu transfer RNA disingkat tRNA sebagai molekul
penerjemah dan ribosom disingkat rRNA yang menyediakan diri sebagai tempat
atau pabrik pembuat protein, semuanya berperanan dalam proses translasi.mRNA
yang dihasilkan bukan hanya untai dari informasi genetik dari DNA, tetapi
masing-masing ujungnya diperpanjang dengan untai selain berita genetik pada
proses transkripsi yang diperlukan untuk proses translasi nantinya.Berita genetik
ditranslasi dalam sitoplasma. Pada prokariot semua transkripsi dan translasi terjadi
dalam sitoplasma.
Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan. Pada
proses tanpa rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut
gen konstitutif atau "gen pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen
yang memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu;
gennya disebut gen regulatorik karena biasanya mengatur mekanisme khusus.
Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter. Promoter ini terletak di bagian hulu
bagian yang akan disalin (disebut transcription unit). Proses transkripsi diawali oleh
mobilisasi sejumlah protein, beberapa di antaranya enzim. Selanjutnya, protein-
protein non-enzim, disebut faktor transkripsi, menempati posisi-posisi DNA tertentu
(karena memiliki "tanda pengenal") yang pada gilirannya membuat DNA siap
melakukan transkripsi. Bagian ini dikenal sebagai TATA-box, terletak sekitar 10-25
pasangan basa di bagian hulu (upstream) dari kodon mulai (AUG). Adanya faktor
transkripsi ini akan menarik enzim RNA polimerase mendekat ke DNA dan kemudian
menempatkan diri pada tempat yang sesuai dengan kodon mulai (TAC pada berkas
DNA). Berkas DNA yang ditempel oleh RNA polimerase disebut sebagai berkas
templat, sementara berkas pasangannya disebut sebagai berkas kode (karena memiliki
urutan basa yang sama dengan RNA yang dibuat). Sejumlah ATP diperlukan untuk
membuat RNA polimerase mulai bergerak dari ujung 3' (ujung karboksil) berkas
templat ke arah ujung 5' (ujung amino). RNA yang terbentuk dengan demikian
berarah 5' → 3'. Pergerakan RNA polimerase akan berhenti apabila ia menemui
urutan basa yang sesuai dengan kodon berhenti. Setelah proses selesai, RNA
polimerase akan lepas dari DNA. Tergantung intensitasnya, dalam satu berkas
transcription unit sejumlah RNA polimerase dapat bekerja secara simultan. Intensitas
transkripsi ditentukan oleh keadaan di sejumlah bagian tertentu pada DNA. Ada
bagian yang disebut suppressor yang menekan intensitas, dan ada yang disebut
enhancer yang memperkuatnya.
Hasil
Hasil transkripsi adalah berkas RNA yang masih "mentah". Di dalamnya terdapat
fragmen berkas untuk protein yang mengatur dan membantu sintesis protein
(translasi) selain fragmen untuk dilanjutkan dalam translasi sendiri, ditambah dengan
bagian yang nantinya akan dipotong (intron). Berkas RNA ini selanjutnya akan
mengalami proses yang disebut sebagai proses pascatranskripsi (post-transcriptional
process).
Struktur DNA
• Struktur DNA dalam kromosom: pada satu komponen, ada satu untai molekul
DNA,
• Apabila untai molekul DNA dari semua kromosom disambung dari ujung ke
ujung, bisa panjang sekali.
• Kenyataan bahwa DNA menjadi suatu massa yang padat pada kromosom
karena ada protein. Jadi pada kromosom selain DNA ada protein.
• Protein pada eukariotik kromosom autosom adalah histon.
• Karena adanya protein (histon) itu DNA terikat secara kuat membentuk apa
yang disebut nukleosom.
2. Ekspresi Gen
Mutasi adalah perubahan apa saja yang terjadi pada urutan nukleotida DNA
• Mutasi dapat meliputi sejumlah untai yang panjang atau besar dari kromosom
atau hanya satu pasang basa saja, seperti contohnya penyakit sickell cell.
• Jadi mutasi pada hanya satu atau beberapa pasang basa dalam DNA dapat
berpengaruh terhadap translasi gen atau sintesis protein.
• Ada dua jenis mutasi yaitu penggantian basa dan penghilangan atau
penyisipan basa
• Sumber penyebab terjadinya mutasi disebut mutagen.
• Proses pembentukan mutasi disebut mutagenesis.
• Penyebab mutasi bisa akibat dari kesalahan selama replikasi atau rekombinasi
yang disebut mutasi spontan, yang lainnya tidak diketahui penyebabnya.
• Mutagen yang umum terdapat di alam adalah sinar X dan sinar UV
• Baik mutasi terjadi di alam atau disengaja (hasil eksperimen) mutasi
menciptakan alel berbeda yang diperlukan untuk mempelajari gen.DNA virus
dapat menjadi bagian dari DNA sel hostnya.
• Beberapa virus menjadi penyebab penyakit pada hewan, tanaman, manusia.
Virus AIDS membuat DNA dari template RNAnya.
• Penelitian dengan virus sangat berkaitan erat dengan genetika molekuler.
1. Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter);
bagian struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan
dlm mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’.
Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian
gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yg
mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg
berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Fungsi terminator
adalah memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses
transkripsi. Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2
kelas, yaitu 1) terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-
independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-
dependent.
2. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac
(operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri
Escherichia coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan
seluruh gen struktural.
4. Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino.
Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan
mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens
nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip)
kecuali pada beberapa archaea tertentu.
5. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan
dengan eukariot)
6. Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai.
2) pemanjangan
1. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode
18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I);
Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer
promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode
protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens
pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir
(downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA
dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode
tRNA, 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan
berulang
2. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh
gen struktural.
3. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya
mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam
rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida).
4. Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering
dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.
6. Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dlm
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi.