Sintesis Asam nukleat

oleh, Kelly Amelinda (1306409311)

ABSTRAK
Asam Nukleat adalah makromolekul yang terdapat sebagai polimer yang disebut dengan
polinukleotida. Asam nukleat berada pada setiap makhluk hidup baik manusia, hewan, tumbuhan,
dan mikroorganisme dalam dua bentuk yaitu asam deoksiribosa (deoxyribonucleic acid / DNA) dan
asam ribonukleat (ribonucleic acid / RNA) dimana pada sel eukariotik DNA terdapat pada nukleus,
sedangkan pada sel prokariotik DNA terdapat dalam sitoplasma. Asam nukleat dalam bentuk DNA
dan RNA ini memiliki peran yang sangat penting bagi kehidupan, dimana DNA berperan sebagai
molekul hereditas dan membawa variasi pada setiap organisme, sedangkan RNA berperan dalam
sintesis protein. Peran dan fungsi ini dapat dicapai apabila sintesis DNA dan RNA berlangsung
dengan baik. Sintesis asam nukleat dapat terjadi karena sifat autokatalis dan heterokatalis DNA,
dimana DNA dapat mensintesis dirinya sendiri dan menghasilkan molekul lain seperti RNA. DNA
disintesis melalui proses replikasi dimana DNA menduplikasi dirinya, sedangkan RNA disintesis
dari DNA melalui proses transkripsi. Ada beberapa perbedaan pada mekanisme DNA dan RNA
pada sel prokariotik dan sel eukariotik. Proses replikasi ini berlangsung dengan bantuan beberapa
enzim seperti enzim helikase, dna polimerase, dan enzim ligase dimana setiap enzim mempunyai
fungsi dan perannya masing-masing. Proses transkripsi DNA menghasilkan RNA dibagi menjadi 3
fase yaitu fase inisiasi, fase elongasi, dan fase terminasi.
Kata kunci: Asam nukleat; DNA; RNA; Replikasi; Transkripsi.

PEMBAHASAN
1.1 Asam nukleat pada makhluk hidup
Asam Nukleat adalah makromolekul yang terdapat sebagai polimer yang disebut
polinukleotida. Asam nukleat terdiri dari unsur karbon, oksigen, hidrogen, nitrogen dan fosfor.
Setiap polinukleotida terdiri atas monomer-monomer yang disebut nukleotida. Asam nukleat
berperan penting dalam pembuatan informasi genetik pada makhluk hidup.
Asam nukleat pada makhluk hidup terdapat dalam dua bentuk, yaitu asam deoksiribosa
(deoxyribonucleic acid / DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid / RNA). Pada sel eukariotik,
DNA terdapat di dalam nukleus sedangkan RNA hanya sedikit yang terdapat pada nukleus, RNA
banyak terdapat pada sitoplasma terutama pada ribosom. Pada sel prokariotik, DNA terdapat
dalam sitoplasma atau nukleoid. DNA ini berfungsi sebagai molekul hereditas atau pewarisan sifat.
Molekul RNA disintesis dari DNA dan berperan dalam sintesis protein di dalam sitoplasma.

1.2. Sintesis DNA

Sintesis asam deoksiribosa (DNA) terjadi melalui proses replikasi DNA. Replikasi DNA
merupakan proses sintesi DNA (autokatalis) karena DNA mampu mensintesis dirinya sendiri.
Replikasi DNA dapat terjadi dengan diawali terhidrolisisnya ikatan hidrogen antara basa-basa pada
rantai nukleotida oleh enzim nuklease sehingga terjadi pemisahan pasangan dua pita DNA yang
saling berpilin. Masing-masing pita DNA induk akan mempersiapkan dirinya sebagai cetakan
(tempelate), kemudian enzim DNA polimerase akan menentukan urutan nukleotida yang akan
disusun sepanjang rantai komplementernya. Setelah itu, nukleotida-nukleotida yang terbentuk
akan dihubungkan satu sama lain membentuk kerangka gula fosfat untuk pita DNA yang baru.
Kemampuan DNA melakukan replikasi disebabkan karena adanya sifat otokatalistik yang
dimilikinya, sedangkan sifat heterokatalistik yang dimiliki DNA menyebabkan DNA dapat
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

membentuk molekul lain seperti RNA. Proses terputusnya rantai double helix DNA dapat
dipengaruhi oleh faktor suhu tinggi, adanya basa kuat, atau oleh enzim helikase.
Sebelum mekanisme replikasi DNA dapat dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew
Meselson dan Frankrin Stahl pada tahun 1957, terdapat tiga hipotesis yang berkembang tentang
mekanisme dan hasil dari replikasi DNA. Ketiga hipotesis tersebut antara lain:
1. Teori konservatif
Teori konservatif beranggapan bahwa dua rantai DNA lama yang telah direplikasi
akan tetap tidak berubah yang kemudian akan berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai
DNA yang baru. Pada teori ini replikasi mempertahankan molekul dari DNA lama dan
menghasilkan molekul DNA baru. Ketika direplikasi untaian DNA akan berpisah namun
masing-masing rantai ini tetap akan dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan
(tempelate) bagi pembentukan rantai polinukleida yang baru (anakan). Oleh karena itu,
hasil dari replikasi DNA induk akan menghasilkan gabungan rantai induk-induk yang
kembali membentuk DNA induk dan gabungan rantai anak-anak yang akan membentuk
DNA anak.

Gambar 1. Teori konservatif. Sumber: http://www.phschool.com/science/biologyplace/biocoach/

dnarep/classical.html

2. Teori semikonservatif
Pada teori ini untaian DNA induk yang akan bereplikasi akan memisah menjadi
untai induk (single helix) yang kemudian masing-masing untai akan bertindak sebagai
cetakan (tempelate) dari sintesis untai DNA yang baru. Hasil dari teori semikonservatif ini
adalah dua DNA double helix, dimana dalam kedua DNA tersebut terdapat satu untai induk
dan satu untai anakan.

LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

Gambar 2. Teori semikonservatif. Sumber:

http://www.phschool.com/science/biologyplace/biocoach/ dnarep/classical.html

3. Teori Dispersif
Teori dispersif beranggapan bahwa rantai ganda DNA induk terpisah menjadi
beberapa bagian, kemudian seperti pada teori konservatif bagian-bagian rantai ganda DNA
induk ini akan berperan sebagai sense (tempelate) untuk replikasi DNA anakan. Dimana
sesuai dengan teori konservatif untaian DNA induk akan bergabung dan untaian DNA
anakan akan bergabung. Kemudian bagian-bagian dari DNA akan saling bergabung
sehingga menghasilkan DNA anakan yang merupakan campuran dari fragment-fragment
DNA induk dan anakan.

Gambar 1. Teori konservatif. Sumber: http://www.phschool.com/science/biologyplace/biocoach/

dnarep/classical.html

Untuk menentukan teori replikasi DNA yang tepat dari ketiga hipotesis diatas, maka
diperlukan suatu eksperimen. Hipotesis ini kemudian dibuktikan melalui eksperimen tentang
bakteria yang dilakukan pada tahun 1957 oleh Matthew Meselson dan Franklin Stahl di California
Institute of Technology dimana mereka dapat menunjukan secara empiris bahwa replikasi
berlangsung secara semikonservatif. Pada mulanya, bakteri E.coli dikembangkan dalam medium
yang mengandung senyawa 15N-amoniumn Chloride disebut juga nitrogen berat karena memiliki
isotop 15N selama beberapa generasi. Dengan perlakuan demikian maka molekul DNA induk
mempunyai label berupa isotop berat sehingga molekulnya mempunyai densitas yang lebih tinggi
dibandingkan DNA normal. DNA induk ini dibiarkan beberapa saat hingga bakteri berkembang
biak. Bakteri-bakteri ini kemudian dipindahkan ke dalam medium baru yang mengandung isotop
nitrogen yang ringan yaitu 14N. Pada selang waktu tertentu setelah dipindahkan ke dalam
medium baru, sampel sel diambil dan DNA-nya diisolasi. DNA hasil isolasi tersebut kemudian
dilarutkan dalam larutan Cesium Clorida (CsCl) dan disentrifugasi untuk menentukan densitas
molekul DNA-nya.
DNA yang diisolasi dari sel menunjukkan densitas kira kira 1% lebih berat daripada ( 14N)
DNA normalnya. Meskipun ini hanya merupakan perbedaan kecil,campuran DNA (15N) berat dan
(14N) ringan. Di dalam larutan sesium klorida pekat dapat dipisahkan dengan sentrifugasi. Sesium
klorida digunakan karena larutan molekul ini menunjukkan berat jenis yang mendekati DNA. Bila
suatu larutan CsCl disentrifugasi untuk waktu yang lama pada kecepatan tinggi, larutan tersebut
mencapai suatu keseimbangan dengan CsCl membentuk gradient densitas yang
berkesinambungan. Oleh karena gaya sedimentasi, konsentrasi CsCl pada dasar tabung lebih
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

tinggi dan karena itu, larutan menjadi lebih pekat dari pada di bagian atas. Spesimen DNA yang
dilarutkan di dalam CsCl akan mencapai posisi keseimbangan pada tabung dimana densitasnya
akan setara dengan larutan CsCl. Karena (15N) DNA sedikit lebih pekat daripada (14N) DNA, (15N)
DNA akan mencapai posisi keseimbangan yang lebih rendah pada gradient CsCl daripada ( 14N)
DNA (Lehninger,et.al., 2005).
Meselson dan Stahl memindahkan sel sel E.coli yang tumbuh pada media 15N, dimana
seluruh untaian DNA menjadi berat, ke dalam media segar dengan NH4Cl yang mengandung
isotop 14N normal. Media segar menunjukkan sel sel ini tumbuh dalam media 14N sehingga
mencapai sebanyak dua kalinya. DNA kemudian diisolasi dari sel sel dan densitasnya dianalisa
dengan prosedur pengendapan yang telah disebutkan di atas. DNA hanya membentuk suatu pita
tunggal pada gradient CsCl pada pertengahan densitas antara dan DNA berat dari pertumbuhan
sel sel,khusus pada 15N. Hal ini merupakan hasil yang tepat diharapkan bila ulur pada DNA dari
sel sel keturunan mengandung satu untaian 14N dan satu untaian 15N lama dari DNA induk, yang
secara skematis dapat dilihat pada gambar dibawah. (Lehninger, et.al., 2005).

Gambar 4. Percobaan Meselson dan Stahl. Sumber:

http://www.phschool.com/science/biologyplace /biocoach/ dnarep/classical.html

Bila sel sel dibiarkan meningkat lagi dua kali jumlah pada media 14, N, DNA yang diisolasi
memperlihatkan dua pita, satu menunjukkan densitas yang setara dengan DNA ringan yang
normal dan lainnya menunjukkan densitas DNA baru yang terlihat setelah sel pertama jumlahnya
mejadi dua kali, Meselson dan Stahl dengan demikian menyipulkan bahwa tiap dupleks DNA
keturunan pada dua generasi sel sel mengandung satu untaian induk dan satu untaian yang
baru dibuat, tepat dengan pernyataan hipotesis Watson-Crick. Jenis replikasi ini disebut
semikonservatif , karena hanya satu untaian induk dipertahankan pada tiap DNA keturunan.
Pengamatan mereka dengan jelas meniadakan replikasi konservatif, dimana satu dupleks DNA
keturunan mempunyai dua untaian baru. Hal ini juga meniadakan suatu mekanisme dispersif
dimana tiap untaian keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua induk DNA baru
yang bergabung bersama secara acak (Lehninger, et.al., 2005).

LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

1.3. Komponen-komponen penting dalam replikasi

Ada beberapa komponen penting dalam replikasi agar dapat berjalan dengan baik, yaitu:
Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama yaitu:
1. DNA tempelate (sense), yaitu molekul DNA yang akan direplikasi
2. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang berperan sebagai katalis yang
mempolimerisasikan nukleotida yang terbentuk dari proses replikasi menjadi untaian DNA.
Selain itu,enzim ini berfungsi untuk mengoreksi DNA yangg baru terbentuk, membenarkan
setiap kesalahan yang terjadi pada replikasi, dan mempebaiki DNA yang rusak.Oleh karena
itu, rangkaian nukleotida DNA hasil replikasi sangat stabil dan mutasi DNA jarang terjadi.
Walaupun, pada keadaan tertentu akibat adanya radiasi tertentu mutasi DNA dapat terjadi.
3. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalis sintesis primer untuk memulai replikasi DNA
4. Enzim Helikasi, yaitu enzim yang dikode oleh gen dnab dimana enzim ini berfungsi untuk
membuka untaian ganda DNA pada awal proses replikasi.
5. Enzim girase, yaitu suatu enzim yang dapat menghilangkan superkoil positif ataupun
memasukkan superkoil negatif pada DNA sehingga energi yang digunakan untuk
memisahkan untai DNA tidak terlalu besar.
6. Protein pengikat beruntai tunggal (single-stranded binding protein, SSBP) yang berperan
menstabilkan untuk sementara keadaan untai DNA yang terbuka.
7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung fragmen-fragmen
DNA

1.3. Mekanisme Replikasi

Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai ketika DNA yang pada mulanya berpilin,
kemudian mulai berpisah pada suatu titik yang disebut dengan Origin of Replication (Ori). Pada
titik ini, DNA akan membentuk seperti gelembung kecil, dimana pada titik ini ikatan hidrogen antara
basa-basa terputus sehingga pasangan basanya terpisah. Setelah itu, heliks mulai membuka
untaian DNA.
Ada beberapa tahapan pada replikasi DNA:
1. Tahap Inisiasi
Tahapan Inisiasi merupakan tahapan awal dimana replikasi akan berlangsung pada
suatu DNA. Pada tahap ini terjadi pemutusan ikatan hidrogen antara basa-basa nitrogen dari
dua untaian yang antiparalel. Pemutusan ikatan tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan
ikatan A-T. Hal ini disebabkan karena ikatan antara adenin dan timin merupakan ikatan
rangkap dua, sedangkan ikatan antara guanin dan sitosin merupakan ikatan rangkap tiga
sehingga ikatan A-T lebih mudah dipisahkan. Replikasi DNA dimulai pada saat protein yang
dikode oleh gen dnaA berikatan dengan sekuens repetitif (berulang) pada titik awal replikasi.
Setelah itu, enzim helikase yang sikode oleh gen dnaB dan protein inhibitor yang dikode oleh
gen dnaC berikatan sekuens repetitif (berulang) sepanjang 13-mer. Kemudian bergeraknya
enzim helikase dari ujung 5 ke 3 dan protein dnaC terdisosiasi sehingga membuka ikatan
unatian DNA. Kerja enzim helikase ini dibantu oleh enzim girase (enzim topoisomerase) yang
berfungsi untuk memperkecil energi yang digunakan untuk memisahkan untain DNA. Daerah
dimana terdapat enzim helikase yang membuka pilinan primer disebut dengan Origin of
Replication (Ori) yang kemudian akan terbentuk (forks of repli) yang tidak berpilin lagi. Pilinan
ini tidak menyatu (berpilin) lagi karena adanya protein pengikatan beruntai-tunggal (singlestranded binding protein, SSBP) yang berperan untuk menstabilkan sementara keadaan
untaian DNA.
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

Gambar 5. Tahap inisiasi DNA. Sumber: http://www.dnareplication.info/stepso

fdnareplication.php
2. Tahap Sintesis Primer
Proses replikasi dimulai ketika terbentuknya DNA primer.Pada proses replikasi, Enzim
DNA polimerase III akan membentuk untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada
sebagai tempelate. Selain melakukan replikasi enzim ini juga berperan penting dalan perbaikan
DNA dan rekombinasi. Namun, DNA polimerase III ini tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, karena membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer. Gugus tersebut akan disediakan oleh enzim DNA primase yang merupakan
jenis DNA dependen-RNA polimerase. Enzim ini akan mensintesis rantai pendek RNA ke untai
DNA yang ada yang kemudian akan disebut segmen primer atau fragment primer karena hanya
terdiri atas 9-12 nukleotida. Selanjutnya, sintesis alan dilanjutkan oleh enzim DNA polimerase
III.

Gambar 6. Tahap sintesis primer. Sumber: http://www.dnareplication.info/stepso

fdnareplication.php

3. Tahap elongasi
Pada tahap elongasi, terjadi pemanjangan rantai komplementer hasil replikasi pada
untaian DNA sense (tempelate). Terjadi perbedaan pada tahap elongasi pada cetakan 5-3 dan
cetakan 3-5.

LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

Gambar 7. Strand pada replikasi. Sumber: How is nucleotides are added in DNA
replication, Mc Graw Hill video
Dari gambar diatas untaian ganda DNA double helix terdiri atas untaian yang bersifat
saling antarparalel. Untaian cetakan 3-5 disebut dengan lagging strand sedangkan untaian
cetakan 5-3 disebut dengan leading strand (untaian pengawal). Karena sifat dari ikatan DNA
bersifat paralel, maka leading strand akan terletak berseberangan dengan lagging strand, hal
ini juga berlaku pada proses replikasi dimana jika rantai 5-3; direplikasi maka akan
menghasilkan rantai komplementer untaian legging strand (3-5).
1.

Elongasi pada rantai komplementer 5-3 (leading strand)

Pada leading strand, elongasi berlangsung secara kontinu oleh enzim DNA
polimerase III. Dimana setelah terbentuk RNA primer yang telah dijelaskan pada
tahap sebelumnya, DNA polimerase III akan mengenali 3OH pada RNA primer dan
membentuk rantai DNA yang baru.

Gambar 8. Tahap sintesis leading strand. Sumber: http://www.

dnareplication.info/stepso fdnareplication.php

2.

Elongasi pada Rantai komplementer 3-5 (lagging strand)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan
menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 3.
Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk
sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand
(untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang
lebih rendah.
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

Pada tahap ini, DNA primase menambakan beberapa RNA primer pada
sepanjang untaian yang akan direplikasi. Kemudian DNA polimerase III akan
memperpanjang fragment primer dengan menambahkan beberapa nukleotida yang
disebut dengan fragmen okazaki, yang akan terhenti ketika mencapai RNA primer.
Kemudian enzim DNA polimerase III akan digantikan oleh enzim DNA polimerase I
dimana enzim ini berfungsi untuk menghilangkan RNA dan menggantikannya
dengan DNA. Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih
mengandung celah antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase
mengidentifikasi dan mengisi celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

Gambar 9. Terbentuknya fragmen okazaki. Sumber: http://www.

dnareplication.info/stepso fdnareplication.php

Gambar 10. Pergantian RNA dengan DNA. Sumber: http://www.

dnareplication.info/stepso fdnareplication.php

Gambar 11. Enzim ligase Sumber: http://www. dnareplication.info/stepso

fdnareplication.php
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

4. Tahap Terminasi
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yang
unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke situs
tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus
itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat. Daerah ini juga disebut
sebagai daerah dengan basa nitrogen yang berulang (daerah overhang) sehingga akan
direplikasi lebih lanjut oleh telomerase. Telomerase ini akan mereplikasi sebanyak 6 basa
nitrogen.

Gambar 12. Tahap Terminasi. Sumber: http://www. dnareplication.info/stepso

fdnareplication.php

1.4. Replikasi DNA pada Sel Eukariotik dan Sel Prokariotik

Pada eukariot, proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi daribakteri atau DNA
prokariotik dengan beberapa modifikasi kecil. Pada eukariot,molekul DNA lebih besar daripada di
prokariot dan tidak melingkar, juga banyak tempat untuk memulai replikasi. Selain itu, terdapat
beberapa jenis dari DNA polimerase dengan fungsi yang berbeda

Gambar 13. Jenis enzim DNA polimerase. Sumber: http://www. dnareplication.info/stepso

fdnareplication.php
Pada dasarnya proses replikasi DNA eukariot sama dengan replikasi DNA prokariotik,
namun terdapat perbedaan pada beberapa bagian, yaitu:

LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

Perbedaan replikasi pada sel eukariotik dan prokariotik

N
o.
1.

Sel eukariotik

Sel Prokariotik

Berlangsung di dalam nukleus

Berlangung di dalam sitoplasma

3.

Banyak terdapat Ori pada tiap molekul

DNA
Setiap Ori terdapat 150 nukleotida

4.

Terdapat 5 macam DNA polimerase

Hanya terdapat satu Ori per molekul

DNA
Setiap Ori terdapat 100-200
nukleotida
Terdapat 3 macam DNA polimerase

5.

Replikasi berlangsung lambat hanya

100 nukleotida/s

Replikasi berlangsung cepat hanya

2000 nukleotida/s

6.

Fragmen okazaki pendek, sekitar 100200 nukleotida

Fragmen okazaki besar, sekitar 10002000 nukleotida

2.

1.5. Sintesis RNA

Sintesis RNA (ribonucleic acid) terjadi melalui proses transkripsi pada DNA. Transkripsi
merupakan proses pembentukan/sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, sehingga terjadi proses
pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA.
Pada proses transkripsi terdapat beberapa proses penting yaitu:
1. Adanya basa nitrogen. Namun perbedaannya adalah RNA tidak memiliki basa timin yang
akan digantikan oleh basa urasil. Oleh karena itu, RNA hanya memiliki basa adenin,
guanin, citocin, dan urasil.
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan, dimana hanya satu untaian dari untaian
ganda pada DNA yang berfungsi sebagai tempelate pada sintesis molekul RNA. Untai yang
mengandung informasi untuk membuat sebuah molekul RNA dan yang akan dibaca oleh
RNA polimerase disebut sebagai cetakan (tempelate) atau untai sense. Untai tang
merupakan komplemen cetakan kadang-kadang disebut untai nonsense karena tidak
memiliki informasi untuk membuat RNA atau protein. Namun demikian, tidak semua
cetakan yang mengkodekan RNA terletak pada untai DNA yang sama. RNA messenger
yang menentukan sintesis protein disebut RNA sense, sedangkan RNA komplementer bagi
RNA sense disebut RNA antisense.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5-3 seperti pada sintesis DNA
4. Enzim dalam membuat untaian RNA adalah RNA polimerase berbeda dengan proses
sintesis DNA dimana enzim yang berperanb adalah DNA polimerase. Enzim RNA
polimerase dapat melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.

1.6. Mekanisme Transkripsi

Proses transkripsi berlangsung dalam beberapa tahap, yaitu:
1. Promoter
Enzim RNA polimerase mengikat untai DNA cetakan pada suatu daerah yang
mempunyai urutan basa tertentu sepanjang 20 hingga 200 basa. Daerah ini dinamakan
promoter. Baik pada prokariot maupun eukariot, promoter selalu membawa suatu urutan
basa yang tetap atau hampir tetap sehingga urutan ini dikatakan sebagai urutan
konsensus. Pada prokariot urutan konsensusnya adalah TATAAT dan disebut kotak
Pribnow, sedangkan pada eukariot urutan konsensusnya adalah TATAAAT dan disebut
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

10

kotak TATA. Urutan konsensus akan menunjukkan kepada RNA polimerase tempat
dimulainya sintesis. Kekuatan pengikatan RNA polimerase oleh promoter yang berbeda
sangat bervariasi. Hal ini mengakibatkan perbedaan kekuatan ekspresi gen.
2. Tahap Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada
suatu ttitik di dekat daerah promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi.
Nukleotida trifosfat pertama akan terbentu pada tempat ini dan selanjutnya sintesis RNA
akan dimulai.
3. Tahap Elongasi
Pada tahap elongasi, terjadi pemanjangan rantai komplementer hasil replikasi pada
untaian DNA sense (tempelate). Selama sintesis RNA berlangsung RNA polimerase
bergerak di sepanjang molekul DNA cetakan sambil menambahkan nukleotida demi
nukleotida kepada untai RNA yang sedang diperpanjang. Pengikatan enzim RNA
polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA cetakan membentuk kompleks
transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di
sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan
kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau
polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri
bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA cetakan.
4. Tahap Terminasi
Molekul RNA yang baru saja selesai disintesis, dan juga enzim RNA polimerase,
segera terlepas dari untai DNA cetakan begitu enzim tersebut mencapai urutan basa
pengakhir (terminasi). Terminasi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang
hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi
diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh
beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah
yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa
tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk
batang dan kala (loop).

LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

11

Gambar 14. Treanskripsi. Sumber: http://www. dnatranscription.info/st

epsofdnatranscription.php

1.7 Tahapan setelah Transkripsi

Pada eukariot transkripsi berlangsung di dalam nucleus sedangkan translasi berlangsung
di dalam sitoplasma dengan demikian translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi sudah
selesai dilakukan.Translasi merupakan proses penerjemahan mRNA menajdi protein. Pada
tahapan ini terjadi beberapa proses pada mRNA eukariot antara lain yaitu:
1. Pemotongan dan penyambungan RNA (Splicing)
Pada tahap ini dikenal adanya intron dan exon, dimana intron merupakan daerah
pada region mRNA yang tidak menyandikan protein yang diinginkan sedangkan exon
merupakan dareah atau region pada mRNA yang menyandikan protein yang diinginkan.

Gambar 15. Proses Splicing. Sumber: http://www.snipview.com/

Oleh karena itu bagian Intron akan dibuang atau diputuskan dari molekul mRNA
dengan menggunakan enzim spliosom sehingga akan menghasilkan molekul mRNA yang
hanya terdiri dari exon.
2. Poliadenilase
Transkipsi mRNA pada eukariot juga mengalami pemrosesan dalam bentuk
penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3 sepanjang kurang lebih 200-250 nukleotida.
Penambahan poliA tersebut ditambahkan pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen
yang mengkode rangkaian A atau T semacam ini. Penambahan tersebut dilakukan dengan
menggunakan aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam nucleus. Sebagian
mRNA mengandung poliA, kecuali mRNA histon. Penambahan poli A pada ujung 3
meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA mempunyai umur yang lebih panjang
dibandingkan dengan mRNA yang tidak mempunyai poliA. Selain itu juga ada bukti yang
menunjukan bahwa keberadaan poliA meningkatkan efisiensi translasi mRNA. Bukti lain
juga menegaskan bahwa mRNA yang mempunyai poliA mempunyai kemungkinan yang
lebih tinggi untuk mengikat ribosom sehingga dapat meningkatkan efisiensi translasi
dibandingkan mRNA yang tidak mengalami poliadenilasi.
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

12

Poliadenilasi dilakukan pada prekursor mRNA bahkan sebelum terjadi terminasi

transkripsi. Hal tersebut dilakukan dengan cara memotong precursor pada bagian yang
nantinya akan menjadi bagian mRNA yang matang, kemudian dilanjutkan dengan
menambahkan poliA pada ujung 3 yang terbuka.
3. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 pada mRNA
Sejak tahun 1974, para peneliti telah menemukan bahwa jasad eukariot mengalami
metilasi (penambahan gugus metil) yang sebagian besar terakumulasi pada ujung 5
mRNA. Stuktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA cap). Penelitian
selanjutnya yang dilakukan oleh Yasuhiro Furuichi dan Kin-Ichiro Miura menunjukan bahwa
tudung mRNA tersebut berupa molekul 7-metilguanosin .
Tudung mRNA tersebut disintesis dalam beberapa tahapan. Yang pertama, enzim
RNA trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA, kemudian enzim guanili
transferase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA. Kemudian enzim guanili
transferase menambahkan GMP (guanosin fosfat). Selanjutnya, enzim metil transferase
melakukan metilasi tudung guanosin pada N7dan gugus 2-O metil pada nukleotida ujung
tudung tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlangsung pada tahapan awal
transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida.
1.
2.
3.
4.

Tudung mRNA mempunyai empat macam fungsi, yaitu:

Melindungi mRNA dari degradasi
Meningkatkan efisiensi translasi mRNA
Meningkatkan pengangkutan mRNA dan nucleus ke sitoplasma
Meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA

1.8. Perbedaan Transkripsi pada sel eukariot dan sel prokariot

Sel eukariotik memiliki inti. Proses transkripsi, yang berlangsung di inti, dipisahkan oleh
memberan inti dari proses translasi, yang berlangsung di sitoplasma. Sebaliknya, prokariot tidak
memiliki inti, dan proses transkripsi dan translasi berlangsung secara serentak. Di dalam sel
eukariotik, DNA membentuk kompleks dengan histon. Prokariot tidak memiliki histon. Kumpulan
gen yang merupakan genom manusia mengandung DNA sekitar 1000 kali lebih banyak (3 x 10
pasangan basa per sel haploid) dibandingkan dengan genom bakteri E. coli (4 x 10 pasangan
basa). Intuisi dengan segera member kesan bahwa manusia memiliki lebih banyak DNA dari pada
bakteri karena manusia merupakan organism yang lebih kompleks. Walaupun terdapat beberapai
pembenaran untuk kesimpulan seperti itu, factor lain perlu dipertimbangkan.
Summary
Asam Nukleat adalah makromolekul yang terdapat sebagai polimer yang disebut dengan
polinukleotida dan berperan penting dalam makhluk hidup. Asam nukleat berada pada setiap
makhluk hidup baik manusia, hewan, tumbuhan, dan mikroorganisme dalam dua bentuk yaitu
asam deoksiribosa (deoxyribonucleic acid / DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid / RNA)
dimana pada sel eukariotik DNA terdapat pada nukleus, sedangkan pada sel prokariotik DNA
terdapat dalam sitoplasma. Sintesis asam nukleat dapat terjadi karena sifat autokatalis dan
heterokatalis DNA, dimana DNA dapat mensintesis dirinya sendiri dan menghasilkan molekul lain
seperti RNA. DNA disintesis melalui proses replikasi dimana DNA menduplikasi dirinya, sedangkan
RNA disintesis dari DNA melalui proses transkripsi. Ada beberapa perbedaan pada mekanisme
DNA dan RNA pada sel prokariotik dan sel eukariotik. Proses replikasi ini berlangsung dengan
bantuan beberapa enzim seperti enzim helikase, dna polimerase, dan enzim ligase dimana setiap
enzim mempunyai fungsi dan perannya masing-masing. Proses transkripsi DNA menghasilkan
RNA dibagi menjadi 3 fase yaitu fase inisiasi, fase elongasi, dan fase terminasi. Dimana setelah
fase terminasi terdapat tahapan tambahan untuk memperlengkapi mRNA yaitu penambahan cap
(tudung), pemotongan bagian Intron dalam mRNA, dan poliadenilase. Semua sintesis ini saling
bertergantungan dimana transkripsi dapat terjadi apabila DNA telah bereplikasi terlebih dahulu.
LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

13

DAFTAR PUSTAKA
Karp,G. (2010). Cell and Molecular Biology (6th ed.). River street, Hoboken, NJ: John & Wiley.
Nelson,D.L., & Cox,M.M. (2008). Lehninger principles of biochemistry (5th ed.). New York: W. H.
Freeman and Company

LTM 1 Biologi Molekuler- Sintesis Asam Nukleat

14