Asal replikasi

 Baca dalam bahasa lain

 Unduh PDF
 Tonton halaman ini
 Sunting

Model untuk inisiasi replikasi DNA bakteri ( A ) dan eukariotik ( B ). A ) Kromosom bakteri sirkular
mengandung elemen cis -acting, replikator, yang terletak di atau dekat asal replikasi. i )
Replikator merekrut protein inisiator dengan cara urutan-spesifik DNA, yang menghasilkan
peleburan heliks DNA dan memuat helikase replikatif ke masing-masing untai DNA tunggal
( ii ). iii ) Rangkaian replisom yang direplikasi dua arah secara bidireksional untuk menghasilkan
dua salinan kromosom bakteri. B ) Kromosom eukariotik linier mengandung banyak asal
replikasi. Ikatan pemrakarsa ( i ) memfasilitasi pemuatan helikase replikatif ( ii ) ke dalam dupleks
DNA ke asal lisensi. iii ) Subset dari helikopter yang dimuat diaktifkan untuk perakitan
replisome. Replikasi berlangsung dua arah dari asal dan berakhir ketika replikasi garpu dari asal
aktif yang berdekatan bertemu ( iv ).

Asal usul replikasi (juga disebut asal replikasi ) adalah urutan tertentu
dalam genom di mana replikasi dimulai. [1] Perbanyakan materi genetik antar
generasi membutuhkan duplikasi DNA yang tepat waktu dan akurat
dengan replikasi semikonservatif sebelum pembelahan sel untuk
memastikan setiap sel anak menerima pelengkap lengkap kromosom . [2] Ini
bisa melibatkan replikasi DNA pada organisme hidup seperti prokariota dan
eukariota, atau DNA atau RNA dalam virus, seperti virus RNA untai
ganda . [3] Sintesis untaian anak perempuan dimulai pada lokasi yang
terpisah, disebut asal replikasi, dan berproses secara dua arah hingga semua
DNA genomik direplikasi. Terlepas dari sifat dasar dari peristiwa ini,
organisme secara mengejutkan telah mengembangkan strategi yang
berbeda yang mengendalikan timbulnya replikasi. [2] Meskipun struktur dan
pengakuan asal asal replikasi spesifik bervariasi dari spesies ke spesies,
beberapa karakteristik umum dimiliki bersama.
Edit Sejarah
Pada paruh kedua abad ke-19, karya perintis Gregor Mendel tentang
pewarisan sifat-sifat pada tanaman kacang menunjukkan bahwa “faktor-
faktor” spesifik (saat ini ditetapkan sebagai gen) bertanggung jawab untuk
mentransfer sifat-sifat organisme antar generasi. [4] Meskipun protein pada
awalnya dianggap berfungsi sebagai bahan herediter, Avery, MacLeod dan
McCarty membentuk satu abad kemudian DNA, yang telah ditemukan
oleh Friedrich Miescher , sebagai pembawa informasi genetik. [5] Temuan-
temuan ini membuka jalan bagi penelitian untuk mengungkap sifat kimiawi
DNA dan aturan untuk menyandikan informasi genetik, dan akhirnya
mengarah pada proposal struktur DNA heliks ganda
oleh Watson dan Crick . [6] Model tiga dimensi DNA ini menerangi mekanisme
potensial dimana informasi genetik dapat disalin dengan cara
semikonservatif sebelum pembelahan sel, sebuah hipotesis yang kemudian
secara eksperimental didukung oleh Meselson dan Stahl menggunakan
penggabungan isotop untuk membedakan parental dari yang baru disintesis.
DNA. [7] [8] Selanjutnya isolasi DNA polimerase, enzim yang mengkatalisis
sintesis untai DNA baru, oleh Kornberg dan rekannya memelopori identifikasi
banyak komponen yang berbeda dari mesin replikasi DNA biologis, pertama
dalam organisme model bakteri E. coli , tetapi kemudian juga dalam bentuk
kehidupan eukariotik. [2] [9]
Fitur Edit
Prasyarat utama untuk replikasi DNA adalah bahwa ia harus terjadi dengan
kesetiaan dan efisiensi yang sangat tinggi tepat sekali per siklus sel untuk
mencegah akumulasi perubahan genetik dengan konsekuensi yang
berpotensi merusak untuk kelangsungan hidup sel dan kelayakan
organisme. [10] Kejadian replikasi DNA yang tidak lengkap, salah, atau
sebelum waktunya dapat menimbulkan
mutasi, poliploidi atau aneuploidi kromosom, dan variasi jumlah salinan gen,
yang masing-masing pada gilirannya dapat menyebabkan penyakit,
termasuk kanker. [11] [12] Untuk memastikan duplikasi yang lengkap dan
akurat dari seluruh genom dan aliran informasi genetik yang benar ke sel-sel
keturunan, semua peristiwa replikasi DNA tidak hanya diatur secara ketat
dengan isyarat siklus sel tetapi juga dikoordinasikan dengan peristiwa seluler
lainnya seperti transkripsi dan perbaikan DNA . [2] [13] [14] [15] Selain itu,
urutan asal umumnya memiliki AT-konten yang tinggi di semua kerajaan,
karena pengulangan adenin dan timin lebih mudah untuk dipisahkan karena
interaksi susun dasarnya tidak sekuat guanin dan sitosin. [16]
Replikasi DNA dibagi menjadi beberapa tahapan. Selama inisiasi, mesin
replikasi - disebut replisom - dirakit pada DNA secara dua arah. Lokasi
majelis ini merupakan situs awal replikasi DNA atau asal replikasi. Pada fase
perpanjangan, replisom berjalan dalam arah yang berlawanan dengan garpu
replikasi, melepaskan ikatan heliks DNA dan mensintesis untaian DNA anak
perempuan komplementer menggunakan kedua untaian induk sebagai
templat. Setelah replikasi selesai, peristiwa terminasi spesifik menyebabkan
pembongkaran replisom. Selama seluruh genom diduplikasi sebelum
pembelahan sel, orang mungkin berasumsi bahwa lokasi replikasi situs mulai
tidak masalah; namun, telah terbukti bahwa banyak organisme
menggunakan daerah genom pilihan sebagai asal. [17] [18] Perlunya untuk
mengatur lokasi asal kemungkinan muncul dari kebutuhan untuk
mengoordinasikan replikasi DNA dengan proses lain yang bekerja pada
templat kromatin yang digunakan bersama untuk menghindari jeda untai
DNA dan kerusakan DNA. [2] [12] [15] [19] [20] [21] [22] [23]
Edit model replika
Lebih dari lima dekade lalu, Jacob , Brenner , dan Cuzin mengusulkan
hipotesis replika untuk menjelaskan pengaturan sintesis DNA kromosom
pada E. coli . [24] Model ini mendalilkan bahwa faktor trans -acting yang
dapat difusi, yang disebut inisiator, berinteraksi dengan elemen DNA yang
bertindak cis , replikator, untuk mempromosikan onset replikasi pada asal
yang berdekatan. Setelah terikat pada replikator, para penggagas (seringkali
dengan bantuan protein pemuat bersama)
mendepositkan helikopter replikasi ke DNA, yang kemudian mendorong
perekrutan komponen replisom tambahan dan perakitan seluruh mesin
replikasi. Dengan demikian, replikator menentukan lokasi kejadian inisiasi
replikasi, dan wilayah kromosom yang direplikasi dari asal tunggal atau
peristiwa inisiasi didefinisikan sebagai replikasi. [2]
Fitur mendasar dari hipotesis replika adalah bahwa ia bergantung pada
regulasi positif untuk mengontrol onset replikasi DNA, yang dapat
menjelaskan banyak pengamatan eksperimental dalam sistem bakteri dan
fag. [24] Sebagai contoh, ini bertanggung jawab atas kegagalan DNA
ekstrachromosomal tanpa asal untuk bereplikasi saat dimasukkan ke dalam
sel inang. Lebih lanjut merasionalisasi ketidakcocokan plasmid dalam E. coli,
di mana plasmid tertentu saling mengganggu stabilitas satu sama lain
karena persaingan untuk mesin inisiasi molekul yang sama. [25] Sebaliknya,
model regulasi negatif (analog dengan model operator replika untuk
transkripsi) gagal menjelaskan temuan di atas. [24] Meskipun demikian,
penelitian setelah proposal Jacob's, Brenner, dan Cuzin mengenai model
replika telah menemukan banyak lapisan tambahan dari kontrol replikasi
pada bakteri dan eukariota yang terdiri dari elemen regulasi positif dan
negatif, menyoroti kompleksitas dan pentingnya membatasi replikasi DNA
sementara dan spasial. [2] [26] [27] [28]
Konsep replikator sebagai entitas genetik telah terbukti sangat berguna
dalam upaya mengidentifikasi urutan DNA replikator dan protein inisiator
dalam prokariota , dan sampai batas tertentu juga dalam eukariota ,
meskipun organisasi dan kompleksitas replikator berbeda jauh di antara
wilayah kehidupan. [29] [30] Sementara genom bakteri biasanya mengandung
replikator tunggal yang ditentukan oleh elemen sekuens DNA konsensus dan
yang mengontrol replikasi seluruh kromosom, kebanyakan replikator
eukariotik - dengan pengecualian ragi yang sedang tumbuh - tidak
ditentukan pada tingkat DNA. urutan; sebaliknya, mereka tampaknya
ditentukan secara kombinatorial oleh struktur DNA lokal dan
isyarat kromatin . [31] [32] [33] [34] [35] [36] [37] [38] [39] Kromosom eukariotik juga
jauh lebih besar daripada rekan-rekan bakteri mereka, meningkatkan
kebutuhan untuk memulai sintesis DNA dari banyak asal secara bersamaan
untuk memastikan replikasi seluruh genom tepat waktu. Selain itu, banyak
lebih banyak helikopter replikasi yang dimuat daripada diaktifkan untuk
memulai replikasi dalam siklus sel tertentu. Definisi yang digerakkan oleh
konteks replikator dan pemilihan asal usul menunjukkan model replikasi yang
santai dalam sistem eukariotik yang memungkinkan fleksibilitas dalam
program replikasi DNA. [29] Meskipun replikator dan asal dapat ditempatkan
secara fisik terpisah pada kromosom, mereka sering berada di lokasi yang
berdekatan atau berada dalam jarak yang dekat; untuk kesederhanaan,
dengan demikian kami akan menyebut kedua elemen sebagai 'asal' di
seluruh ulasan ini. Secara bersama-sama, penemuan dan isolasi urutan asal
dalam berbagai organisme merupakan tonggak penting menuju memperoleh
pemahaman mekanistik dari inisiasi replikasi. Selain itu, pencapaian ini
memiliki implikasi bioteknologi yang mendalam untuk pengembangan vektor
antar-jemput yang dapat diperbanyak dalam sel bakteri, ragi dan
mamalia. [2] [41] [42] [43]
Edit Bakteri

Organisasi asal dan pengakuan pada bakteri. A ) Skema arsitektur oriC asal E. coli , Thermotoga
maritima oriC , dan asal bipartit dalam Helicobacter pylori . DUE diapit di satu sisi oleh beberapa
DnaA-kotak afinitas tinggi dan lemah seperti yang ditunjukkan untuk E. coli oriC . B ) Organisasi
domain dari penggagas E. coli DnaA. Lingkaran magenta menunjukkan situs pengikatan DNA
untai tunggal. C ) Model untuk pengenalan asal dan peleburan oleh DnaA. Dalam model dua-
negara (panel kiri), transisi protomers DnaA dari mode pengikatan dsDNA (dimediasi oleh domain
HTH yang mengenali kotak DnaA) ke mode pengikatan ssDNA (dimediasi oleh domain AAA
+). Dalam model loop-back, DNA ditekuk tajam ke belakang ke filamen DnaA (difasilitasi oleh
protein regulasi IHF) [44] sehingga protomer tunggal mengikat daerah duplex dan single-
stranded. Dalam kedua contoh, filamen DnaA melelehkan dupleks DNA dan menstabilkan
gelembung inisiasi sebelum memuat helicase replikatif (DnaB dalam E. coli ). HTH - domain helix-
turn-helix, DUE - elemen pemutusan DNA, IHF - faktor host integrasi.
Sebagian besar kromosom bakteri berbentuk lingkaran dan mengandung
asal tunggal replikasi kromosom ( oriC ). Daerah oriC bakteri secara
mengejutkan beragam dalam ukuran (mulai dari 250 bp hingga 2 kbp),
urutan, dan organisasi; [45] [46] meskipun demikian, kemampuan mereka
untuk mendorong timbulnya replikasi biasanya tergantung pada pembacaan
urutan spesifik dari unsur-unsur DNA konsensus oleh inisiator bakteri, protein
yang disebut DnaA. [47] [48] [49] [50] Asal-usul dalam bakteri bersifat kontinu
atau bipartit dan mengandung tiga elemen fungsional yang mengontrol
aktivitas asal: pengulangan DNA yang dikonservasi yang secara khusus
dikenali oleh DnaA (disebut kotak DnaA), kaya AT Elemen unwinding
DNA (DUE), dan situs pengikatan untuk protein yang membantu mengatur
inisiasi replikasi. [17] [51] [52] Interaksi DnaA baik dengan daerah kotak ganda
(ds) DnaA dan dengan untai tunggal (ss) DNA dalam DUE adalah penting
untuk aktivasi asal dan dimediasi oleh berbagai domain dalam protein
inisiator: elemen pengikat DNA Helix-turn-helix (HTH) dan ATPase
yang terkait dengan berbagai domain aktivitas seluler ( AAA
+ ). [53] [54] [55] [56] [57] [58] [59] Sementara urutan, jumlah, dan pengaturan
DnaA-kotak terkait-asal bervariasi di seluruh kerajaan bakteri, posisi spesifik
dan jarak mereka dalam suatu pemberian spesies sangat penting untuk
fungsi oriC dan untuk pembentukan kompleks inisiasi yang
produktif. [2] [45] [46] [60] [61] [62] [63] [64]
Di antara bakteri, E. coli adalah sistem model yang sangat kuat untuk
mempelajari organisasi, pengakuan, dan mekanisme aktivasi asal
replikasi. E. coli oriC terdiri dari sekitar ~ 260 bp yang berisi empat jenis
elemen pengikat inisiator yang berbeda dalam afinitasnya untuk DnaA dan
ketergantungannya pada co-faktor ATP . DnaA-box R1, R2, dan R4
merupakan situs dengan afinitas tinggi yang terikat oleh domain HTH DnaA
terlepas dari keadaan ikatan nukleotida
inisiator. [47] [65] [66] [67] [68] [69] Sebaliknya, situs I, τ, dan C, yang diselingi di
antara situs R, adalah kotak DnaA dengan afinitas rendah dan berasosiasi
secara istimewa dengan DnaA terikat ATP, meskipun ADP-DnaA dapat
menggantikan ATP-DnaA dalam kondisi tertentu. [70] [71] [72] [63] Mengikat
domain HTH ke elemen pengakuan DnaA berafinitas tinggi dan rendah
mempromosikan oligomerisasi tingkat tinggi tergantung pada modul AAA +
DnaA ke dalam filamen tangan kanan yang membungkus DNA dupleks
sekitar permukaan luarnya, sehingga menghasilkan torsi superhelical yang
memfasilitasi peleburan DUE yang kaya AT yang
berdekatan. [53] [73] [74] [75] Pemisahan untai DNA juga dibantu oleh interaksi
langsung domain AAA + ATPase DnaA dengan pengulangan triplet, yang
disebut DnaA-trio, di wilayah DUE proksimal. [76] Keterlibatan segmen
trinukleotida untai tunggal oleh filamen inisiator meregangkan DNA dan
menstabilkan gelembung inisiasi dengan mencegah reannealing. [57] Unsur
asal DnaA-trio dilestarikan pada banyak spesies bakteri, menunjukkan bahwa
unsur ini adalah elemen kunci untuk fungsi asal. [76] Setelah meleleh, DUE
menyediakan situs entri untuk E. coli helicase DnaB, yang diendapkan ke
masing-masing untai DNA tunggal dengan protein loader DnaC. [2]
Meskipun berbagai aktivitas pengikatan DNA DnaA telah dipelajari secara
luas secara biokimia dan berbagai struktur terikat aps, ssDNA-, atau dsDNA
telah ditentukan, [56] [57] [58] [74] arsitektur yang tepat dari DnaA tingkat
tinggi - Majelis inisiasi oriC masih belum jelas. Dua model telah diusulkan
untuk menjelaskan pengorganisasian elemen-elemen asal esensial dan
peleburan oriC yang dimediasi DnaA. Model dua-negara mengasumsikan
filamen DnaA kontinu yang beralih dari mode pengikatan dsDNA (kompleks
pengorganisasian) ke mode pengikatan ssDNA dalam DUE (kompleks
peleburan). [74] [77] Sebaliknya, dalam model loop-back, DNA ditekuk tajam
dalam oriC dan dilipat kembali ke filamen inisiator sehingga protomer DnaA
secara simultan melibatkan wilayah DNA beruntai ganda dan
tunggal. [78] Menjelaskan bagaimana tepatnya oriC DNA diorganisasikan oleh
DnaA tetap menjadi tugas penting untuk penelitian selanjutnya. Wawasan ke
dalam arsitektur kompleks inisiasi akan membantu menjelaskan tidak hanya
bagaimana DNA asal dilebur, tetapi juga bagaimana helicase replikatif
dimuat secara terarah ke masing-masing untai DNA tunggal yang terekspos
di DUE yang terurai, dan bagaimana peristiwa ini dibantu oleh interaksi
helicase dengan inisiator dan protein pemuat spesifik. [2]
Edit Archaeal

Organisasi asal dan pengakuan di archaea. A ) Kromosom sirkuler Sulfolobus

solfataricus mengandung tiga asal yang berbeda. B ) Pengaturan lokasi pengikatan inisiator pada
dua asal S. solfataricus , oriC1 dan oriC2. Hubungan Orc1-1 dengan elemen ORB ditampilkan
untuk oriC1. Elemen-elemen pengenalan untuk paralog Orc1 / Cdc6 tambahan juga diindikasikan,
sementara situs pengikat WhiP telah dihilangkan. C ) Arsitektur domain paralog Orc1 / Cdc6
archaeal. Orientasi elemen ORB pada asal-usul mengarah pada pengikatan terarah Orc1 / Cdc6
dan pemuatan MCM di antara ORB yang berlawanan (dalam B ). (m) ORB - (mini-) kotak
pengenalan asal, DUE - elemen pemutusan DNA, WH - domain helix bersayap.

Replikasi Archaeal memiliki beberapa tetapi tidak semua fitur organisasional

dari bakteri oriC . Tidak seperti bakteri, Archea sering memulai replikasi dari
berbagai asal per kromosom (satu hingga empat telah
dilaporkan); [79] [80] [81] [82] [83] [84] [85] [86] [46] namun, asal archaeal juga
melahirkan daerah urutan khusus yang mengontrol fungsi
asal. [87] [88] [89] Unsur-unsur ini meliputi kotak pengenalan asal spesifik
urutan DNA (ORBs atau miniORBs) dan DUE yang kaya AT yang diapit oleh
satu atau beberapa wilayah ORB. [85] [90] Elemen ORB menampilkan tingkat
keanekaragaman yang cukup besar dalam hal jumlah, pengaturan, dan
urutannya, baik di antara spesies archaeal yang berbeda dan di antara asal-
usul berbeda dalam satu spesies tunggal. [80] [85] [91] Tingkat kerumitan
tambahan diperkenalkan oleh penggagasnya, Orc1 / Cdc6 di archaea, yang
mengikat wilayah ORB. Genom archaeal biasanya mengkodekan beberapa
paralog dari Orc1 / Cdc6 yang bervariasi secara substansial dalam
afinitasnya untuk elemen ORB yang berbeda dan yang secara berbeda
berkontribusi terhadap aktivitas asal. [85] [92] [93] [94] Dalam Sulfolobus
solfataricus , misalnya, tiga asal kromosom telah dipetakan (oriC1, oriC2, dan
oriC3), dan studi biokimiawi telah mengungkapkan pola ikatan inisiator yang
kompleks di lokasi-lokasi ini. [85] [86] [95] [96] Inisiator serumpun untuk oriC1
adalah Orc1-1, yang dikaitkan dengan beberapa ORB pada asal
ini. [85] [93] OriC2 dan oriC3 terikat oleh Orc1-1 dan Orc1-
3. [85] [93] [96] Sebaliknya, paralog ketiga, Orc1-2, jejak kaki di ketiga asal
tetapi telah dipostulatkan untuk secara negatif mengatur inisiasi
replikasi. [85] [96] Selain itu, protein WhiP, penggagas yang tidak terkait
dengan Orc1 / Cdc6, telah terbukti mengikat semua asal juga dan
mendorong aktivitas asal oriC3 di pulau Sulfolobus islandicus yang terkait
erat. [93] [95] Karena asal-usul archaeal sering mengandung beberapa elemen
ORB yang berdekatan, beberapa paralog Orc1 / Cdc6 dapat secara
bersamaan direkrut ke suatu asal dan oligomerisasi dalam beberapa
kasus; [94] [97] Namun, berbeda dengan DnaA bakteri, pembentukan
perakitan inisiator tingkat tinggi tampaknya tidak menjadi prasyarat umum
untuk fungsi asal dalam domain archaeal. [2]
Studi struktural telah memberikan wawasan tentang bagaimana archaeal
Orc1 / Cdc6 mengenali elemen ORB dan membentuk kembali DNA
asal. [97] [98] Paralog Orc1 / Cdc6 adalah protein dua-domain dan terdiri dari
modul AAA + ATPase yang menyatu dengan lipatan heliks C-terminal
bersayap. [99] [100] [101] Struktur kompleks DNA dari Orc1 / Cdc6
mengungkapkan bahwa ORB terikat oleh monomer Orc1 / Cdc6 meskipun
adanya urutan pengulangan terbalik dalam elemen ORB. [97] [98] Baik ATPase
dan daerah bersayap-heliks berinteraksi dengan dupleks DNA tetapi
menghubungi urutan pengulangan ORB palindromik secara asimetris, yang
mengarahkan Orc1 / Cdc6 ke arah tertentu pada
pengulangan. [97] [98] Menariknya, elemen ORB atau miniORB yang mengapit
DUE sering memiliki polaritas yang berlawanan, [80] [85] [94] [102] [103] yang
memprediksi bahwa subdomain penutup AAA + dan domain bersayap-heliks
dari Orc1 / Cdc6 diposisikan di kedua sisi DUE dengan cara di mana mereka
saling berhadapan. [97] [98] Karena kedua wilayah Orc1 / Cdc6 berhubungan
dengan helicase replikasi minichromosome maintenance
(MCM), [104] [105] susunan khusus elemen ORB ini dan Orc1 / Cdc6
kemungkinan penting untuk memuat dua kompleks MCM secara simetris ke
AKIBAT. [85] Anehnya, sementara urutan DNA ORB menentukan arah
pengikatan Orc1 / Cdc6, inisiator membuat relatif sedikit kontak spesifik
urutan dengan DNA. [97] [98] Namun, Orc1 / Cdc6 sangat mendukung dan
membengkokkan DNA, menunjukkan bahwa ia bergantung pada campuran
urutan DNA dan fitur struktural DNA yang bergantung pada konteks untuk
mengenali asal-usul. [97] [98] [106] Khususnya, pasangan basa dipertahankan
dalam dupleks DNA terdistorsi pada pengikatan Orc1 / Cdc6 dalam struktur
kristal, [97] [98] sedangkan studi biokimia telah menghasilkan temuan yang
bertentangan mengenai apakah inisiator archaeal dapat melelehkan DNA
mirip dengan DnaA bakteri. [93] [94] [107] Meskipun kekerabatan evolusioner
penggagas archaeal dan eukaryotic dan helicase replikasi menunjukkan
bahwa MCM archaeal kemungkinan dimuat ke dalam DNA dupleks (lihat
bagian berikutnya), urutan temporal asal lelehkan dan pemuatan helicase,
serta mekanisme peleburan DNA asal, dalam sistem archaeal tetap harus
ditetapkan dengan jelas. Demikian juga, bagaimana tepatnya MCM helicase
dimuat ke dalam DNA perlu diatasi dalam penelitian selanjutnya. [2]
Edit eukariotik

Organisasi asal dan pengakuan dalam eukariota. Unsur-unsur DNA spesifik dan fitur epigenetik
yang terlibat dalam perekrutan ORC dan fungsi asal dirangkum untuk S. cerevisiae , S. pombe ,
dan asal metazoa. Skema arsitektur ORC juga ditampilkan, menyoroti pengaturan AAA + dan
domain bersayap-helix menjadi cincin pentamerik yang melingkari DNA asal. Domain tambahan
dari beberapa subunit ORC yang terlibat dalam penargetan ORC ke asal disertakan. Wilayah lain
dalam subunit ORC juga mungkin terlibat dalam rekrutmen inisiator, baik secara langsung atau
tidak langsung terkait dengan protein mitra. Beberapa contoh tercantum. Perhatikan bahwa
domain BAH di S. cerevisiae Orc1 mengikat nukleosom [108] tetapi tidak mengenali
H4K20me2. [109] BAH - domain homologi yang berdekatan dengan bromo, WH - domain bersayap-
helix, TFIIB - faktor transkripsi II domain mirip-B di Orc6, G4 - G quadruplex, OGRE - elemen
berulang yang kaya-G berulang.

Organisasi asal, spesifikasi, dan aktivasi dalam eukariota lebih kompleks

daripada di kerajaan bakteri atau archaeal dan secara signifikan
menyimpang dari paradigma yang ditetapkan untuk inisiasi replikasi
prokariotik. Ukuran genom besar sel eukariotik, yang berkisar dari 12 Mbp
pada S. cerevisiae hingga 3 Gbp pada manusia, mengharuskan replikasi DNA
mulai dari beberapa ratus (pada ragi yang mulai tumbuh) hingga puluhan
ribu (pada manusia) asal untuk menyelesaikan replikasi DNA dari semua
kromosom selama setiap siklus sel. [27] [36] Dengan pengecualian S.
cerevisiae dan spesies Saccharomycotina terkait, asal eukariotik tidak
mengandung elemen urutan DNA konsensus tetapi lokasi mereka
dipengaruhi oleh isyarat kontekstual seperti topologi DNA lokal, fitur struktur
DNA, dan lingkungan kromatin. [110] [35] [37] Meskipun demikian, fungsi asal
eukariotik masih bergantung pada kompleks protein inisiator yang
dikonservasi untuk memuat helikopter replikatif ke DNA selama fase akhir M
dan G1 dari siklus sel, sebuah langkah yang dikenal sebagai lisensi
asal. [111] Berbeda dengan rekan-rekan bakteri mereka, helikase replikasi
dalam eukariota dimuat ke DNA duplex asal dalam bentuk tidak aktif,
heksameramerik dan hanya sebagian dari mereka (10-20% dalam sel
mamalia) yang diaktifkan selama fase S tertentu. , Peristiwa yang disebut
sebagai asal menembak. [112] [113] [114] Lokasi asal eukariotik aktif karenanya
ditentukan pada setidaknya dua tingkat yang berbeda, lisensi asal untuk
menandai semua asal potensial, dan asal menembak untuk memilih subset
yang memungkinkan perakitan mesin replikasi dan inisiasi dari Sintesis
DNA. Asal terlisensi ekstra berfungsi sebagai cadangan dan diaktifkan hanya
setelah memperlambat atau menunda garpu replikasi terdekat, memastikan
bahwa replikasi DNA dapat diselesaikan ketika sel menghadapi tekanan
replikasi. [115] [116] Bersama-sama, kelebihan asal berlisensi dan kontrol
siklus sel ketat perizinan asal dan penembakan mewujudkan dua strategi
penting untuk mencegah underreplikasi dan berlebihan serta menjaga
integritas genom eukariotik. [2]
Studi awal di S. cerevisiae menunjukkan bahwa asal replikasi pada eukariota
dapat dikenali dengan cara sekuens-DNA yang dianalogikan secara analog
dengan prokariota. Dalam ragi yang sedang tumbuh, pencarian replikator
genetik mengarah pada identifikasi sekuens replikasi otonom (ARS) yang
mendukung inisiasi replikasi DNA efisien dari DNA
ekstrachromosomal. [117] [118] [119] Wilayah ARS ini panjangnya sekitar 100-
200 bp dan memperlihatkan organisasi multi-partai, yang mengandung
unsur A, B1, B2, dan kadang-kadang B3 yang bersama-sama sangat penting
untuk fungsi asal. [120] [121] Unsur A meliputi urutan konsensus ARS 11 bp
yang dilestarikan (ACS), [122] [123] yang, bersama dengan elemen B1,
merupakan situs pengikatan utama untuk kompleks pengenalan asal
heteroheksamerik (ORC) , inisiator replikasi
eukariotik. [124] [125] [126] [127] Dalam ORC, lima subunit didasarkan pada AAA
+ ATPase yang dikonservasi dan lipatan helix bersayap dan bergabung
bersama menjadi cincin pentamerik yang melingkari
DNA. [127] [128] [129] Dalam ORC ragi pemula, elemen pengikat DNA di ATPase
dan domain bersayap-heliks, serta daerah tambalan dasar yang berdekatan
di beberapa subunit ORC, diposisikan di pori tengah cincin ORC sedemikian
rupa sehingga mereka membantu pengenalan sekuens DNA-spesifik dari ACS
dengan cara yang bergantung pada ATP. [127] [130] Sebaliknya, peran elemen
B2 dan B3 kurang jelas. Wilayah B2 mirip dengan ACS secara berurutan dan
telah disarankan untuk berfungsi sebagai situs pengikatan ORC kedua dalam
kondisi tertentu, atau sebagai situs pengikatan untuk inti helicase
replikatif. [131] [132] [133] [134] [135] Sebaliknya, unsur B3 merekrut faktor
transkripsi Abf1, meskipun B3 sama sekali tidak ditemukan berasal dari ragi
yang mulai tumbuh dan pengikatan Abf1 tampaknya tidak terlalu esensial
untuk fungsi asal. [2] [120] [136] [137]
Pengenalan asal pada eukariota selain S. cerevisiae atau kerabat dekatnya
tidak sesuai dengan pembacaan spesifik urutan dari elemen DNA asal yang
dilestarikan. Pengejaran untuk mengisolasi sekuens replikator kromosom
spesifik yang lebih umum pada spesies eukariotik, baik secara genetik atau
dengan pemetaan genom dari lokasi inisiator yang mengikat atau replikasi,
gagal mengidentifikasi urutan konsensus yang jelas pada asal
usulnya. [138] [139] [140] [141] [142] [143] [144] [145 ] [147] [148 ] Dengan demikian,
interaksi inisiator-DNA urutan-spesifik dalam ragi pemula menandakan suatu
mode khusus untuk pengenalan asal dalam sistem ini daripada mode pola
dasar untuk spesifikasi asal di seluruh domain eukariotik. Meskipun
demikian, replikasi DNA memang dimulai di lokasi berbeda yang tidak
terdistribusi secara acak di seluruh genom eukariotik, dengan alasan bahwa
cara alternatif menentukan lokasi asal kromosom dalam sistem
ini. Mekanisme ini melibatkan interaksi yang kompleks antara aksesibilitas
DNA, kemiringan urutan nukleotida (baik kekayaan AT dan pulau CpG telah
dikaitkan dengan asal), penentuan posisi Nukleosom , fitur epigenetik ,
topologi DNA dan fitur struktural DNA tertentu (misalnya, motif G4), juga
sebagai protein pengatur dan gangguan
transkripsi. [17] [18] [34] [35] [37] [150] [151] [143 ] Yang penting, sifat asal
bervariasi tidak hanya antara asal yang berbeda dalam suatu organisme dan
di antara spesies, tetapi beberapa juga dapat berubah selama
pengembangan dan diferensiasi sel. Lokus korion dalam sel
folikel Drosophila merupakan contoh yang mapan untuk kontrol spasial dan
perkembangan kejadian inisiasi. Wilayah ini mengalami amplifikasi gen yang
bergantung pada replikasi-DNA pada tahap yang ditentukan selama
oogenesis dan bergantung pada aktivasi yang tepat waktu dan spesifik dari
asal-usul korion, yang pada gilirannya diatur oleh unsur-unsur cis spesifik-
asal dan beberapa faktor protein, termasuk kompleks Myb, E2F1, dan
E2F2. [153] [154] [155] [156] [157] Spesifikasi kombinatorial ini dan regulasi
multifaktorial dari asal metazoan telah mempersulit identifikasi fitur
pemersatu yang menentukan lokasi replikasi situs mulai di seluruh eukariota
secara lebih umum. [2]
Untuk memfasilitasi inisiasi replikasi dan pengenalan asal, majelis ORC dari
berbagai spesies telah mengembangkan domain bantu khusus yang
diperkirakan membantu inisiator yang menargetkan asal kromosom atau
kromosom secara umum. Sebagai contoh, subunit Orc4 di S. pombe ORC
berisi beberapa AT-kait yang secara istimewa mengikat DNA kaya
AT, [158] sementara dalam ORC metazoan, domain mirip TFIIB dari Orc6
diperkirakan melakukan fungsi yang serupa. [159] Protein metzoan Orc1 juga
memiliki domain homologi yang berdekatan dengan bromo yang berinteraksi
dengan nukleosom H4K20me2. [109] Terutama dalam sel mamalia, metilasi
H4K20 telah dilaporkan diperlukan untuk inisiasi replikasi yang efisien, dan
domain Orc1-BAH memfasilitasi hubungan ORC dengan kromosom dan
replikasi yang bergantung pada virus Epstein-
Barr. [160] [161] [162] [163] [164] Oleh karena itu, menarik untuk berspekulasi
bahwa kedua pengamatan terkait secara mekanis setidaknya dalam subset
metazoa, tetapi kemungkinan ini perlu dieksplorasi lebih lanjut dalam studi
masa depan. Selain pengenalan DNA atau fitur epigenetik tertentu, ORC juga
mengaitkan secara langsung atau tidak langsung dengan beberapa protein
mitra yang dapat membantu perekrutan inisiator, termasuk LRWD1, PHIP
(atau DCAF14), HMGA1a, antara
lain. [33] [165] [166] [167] [168] [169] [170] [171] Menariknya, Drosophila ORC,
seperti rekan ragi yang mulai tumbuh, membengkokkan DNA dan
supercoiling negatif telah dilaporkan meningkatkan ikatan DNA kompleks
ini. , menunjukkan bahwa bentuk dan kelenturan DNA mungkin
mempengaruhi lokasi situs pengikatan ORC di seluruh genom
metazoan. [31] [127] [172] [173] [174] Pemahaman molekuler tentang bagaimana
daerah pengikatan DNA ORC dapat mendukung pembacaan sifat struktural
dupleks DNA dalam metazoa daripada pada sekuens DNA spesifik seperti
pada S. cerevisiae yang menunggu. informasi struktural resolusi tinggi dari
majelis penggagas metazoa yang terikat DNA. Demikian juga, apakah dan
bagaimana faktor-faktor epigenetik yang berbeda berkontribusi pada
perekrutan inisiator dalam sistem metazoan tidak didefinisikan dengan baik
dan merupakan pertanyaan penting yang perlu ditangani secara lebih
rinci. [2]
Setelah direkrut ke asal, ORC dan co-faktor Cdc6 dan Cdt1 mendorong
pengendapan minichromosome maintenance 2-7 (Mcm2-7) kompleks ke
dalam DNA. [111] [175] Seperti halnya core helicase replicative archaeal,
Mcm2-7 dimuat sebagai hexamer ganda head-to-head ke DNA untuk
mendapatkan lisensi. [112] [113] [114] Dalam fase-S, kinase dependen Dbf4
(DDK) dan kinase dependen Cyclin (CDK) memfosforilasi beberapa subunit
Mcm2-7 dan faktor inisiasi tambahan untuk mempromosikan perekrutan ko-
aktivator helicase Cdc45 dan GINS, peleburan DNA, dan akhirnya perakitan
dua arah pengganti pada subset dari asal berlisensi. [28] [176] Dalam ragi dan
metazoan, asal bebas atau kehabisan nukleosom, properti yang penting
untuk pemuatan Mcm2-7, menunjukkan bahwa keadaan kromatin pada asal
tidak hanya mengatur perekrutan inisiator tetapi juga pemuatan
helikase. [144] [177] [178] [179] [180] [181] Lingkungan kromatin yang permisif
lebih penting untuk aktivasi asal dan telah terlibat dalam mengatur efisiensi
asal dan waktu pemunculan asal. Asal ekuchromatik biasanya mengandung
tanda kromatin aktif, bereplikasi lebih awal, dan lebih efisien daripada
replikasi terlambat, asal heterokromatik , yang sebaliknya ditandai dengan
tanda represif. [27] [179] [182] Tidak mengherankan, beberapa perombak
kromatin dan enzim pengubah kromatin telah ditemukan berhubungan
dengan asal-usul dan faktor inisiasi tertentu, [183] [184] tetapi bagaimana
kegiatan mereka berdampak pada berbagai peristiwa inisiasi replikasi yang
berbeda masih sangat kabur. . Hebatnya, cis-acting "elemen kontrol replikasi
awal" (ECREs) baru-baru ini juga telah diidentifikasi untuk membantu
mengatur waktu replikasi dan untuk mempengaruhi arsitektur genom 3D
dalam sel mamalia. [185] Memahami mekanisme molekuler dan biokimia yang
mengatur interaksi yang kompleks antara organisasi genom 3D, struktur
kromatin lokal dan tingkat tinggi, dan inisiasi replikasi adalah topik yang
menarik untuk studi lebih lanjut. [2]
Mengapa asal replikasi metazoan menyimpang dari paradigma pengenalan
sekuens-DNA yang menentukan replikasi situs mulai pada prokariota dan
ragi yang mulai tumbuh? Pengamatan bahwa asal-usul metazoan sering co-
localized dengan daerah promotor di sel Drosophila dan mamalia dan bahwa
konflik replikasi-transkripsi karena tabrakan mesin molekuler yang mendasari
dapat menyebabkan kerusakan DNA menunjukkan bahwa koordinasi
transkripsi dan replikasi yang tepat penting untuk menjaga stabilitas
genom. [139] [141] [143] [146] [186] [20] [187] [188] Temuan terbaru juga
menunjukkan peran transkripsi yang lebih langsung dalam mempengaruhi
lokasi asal, baik dengan menghambat pemuatan Mcm2-7 atau dengan
reposisi Mcm2-7 yang dimuat pada kromosom. [189] [152] Penggagas inisiator
independen berurutan (tetapi tidak harus acak) yang mengikat pada DNA
juga memungkinkan fleksibilitas dalam menentukan lokasi pemuatan
helicase dan, bersama dengan gangguan transkripsi dan variabilitas efisiensi
aktivasi asal-usul yang dilisensikan, kemungkinan menentukan lokasi asal
dan berkontribusi. untuk co-regulasi replikasi DNA dan program transkripsi
selama pengembangan dan transisi nasib sel. Pemodelan komputasi dari
peristiwa inisiasi di S. pombe , serta identifikasi tipe sel spesifik dan asal
perkembangan dalam metazoans, sesuai dengan gagasan
ini. [140] [148] [190] [191] [192] [193] [194] [152] Namun, tingkat fleksibilitas yang
besar dalam pilihan asal juga ada di antara sel yang berbeda dalam satu
populasi tunggal, [143] [149] [191] meskipun mekanisme molekuler yang
mengarah pada heterogenitas dalam penggunaan asal tetap tidak
jelas. Memetakan asal dalam sel tunggal dalam sistem metazoan dan
menghubungkan peristiwa inisiasi ini dengan ekspresi gen sel tunggal dan
status kromatin akan penting untuk menjelaskan apakah pilihan asal murni
stokastik atau dikendalikan dengan cara yang ditentukan. [2]
Edit Viral

Genom human herpesvirus-6 , anggota keluarga Herpesviridae . Asal usul replikasi diberi label
sebagai "OOR."

Virus sering memiliki satu asal replikasi.

Berbagai protein telah digambarkan terlibat dalam replikasi virus. Sebagai
contoh, virus Polyoma menggunakan DNA polimerase sel inang, yang
melekat pada asal virus replikasi jika antigen T hadir.
 Edit Variasi
Meskipun replikasi DNA sangat penting untuk pewarisan genetik,
didefinisikan, asal-usul replikasi spesifik situs secara teknis bukan
persyaratan untuk duplikasi genom selama semua kromosom disalin secara
keseluruhan untuk mempertahankan nomor salinan gen. Bakteriofag dan
virus tertentu, misalnya, dapat memulai replikasi DNA dengan rekombinasi
homolog terlepas dari asal-usul khusus. [195] Demikian juga,
archaeon Haloferax volcanii menggunakan inisiasi yang bergantung pada
rekombinasi untuk menduplikasi genomnya ketika
asal endogennya dihapus. [81] Peristiwa inisiasi non-kanonik serupa melalui
replikasi yang diinduksi-terobosan atau diprakarsai transkripsi telah
dilaporkan dalam E. coli dan S. cerevisiae . [196] [197] [198] [199] [200] Meskipun
demikian, terlepas dari kemampuan sel untuk mempertahankan
kelangsungan hidup dalam keadaan luar biasa ini, inisiasi yang tergantung
pada asal adalah strategi umum yang diadopsi secara universal di berbagai
bidang kehidupan. [2]
Selain itu, studi rinci tentang inisiasi replikasi berfokus pada sejumlah sistem
model. Jamur dan metazoa yang dipelajari secara luas adalah anggota
supergrup opisthokont dan hanya memberi contoh sebagian kecil dari
lanskap evolusi dalam domain eukariotik. [201] Beberapa upaya telah
diarahkan pada sistem model eukariotik lainnya, seperti kinetoplastid atau
tetrahymena. [202] [203] [204] [205] [206] [207] [208] Anehnya, studi ini telah
mengungkapkan perbedaan menarik baik dalam sifat asal maupun dalam
komposisi inisiator dibandingkan dengan ragi dan metazoa. [2]
Lihat juga Edit
 OriDB, Database Asal Replikasi DNA
 Asal transfer

Edit Referensi
Belajarlah lagi
Versi 2019 dari artikel ini telah melewati tinjauan sejawat akademik (di sini ) dan
diterbitkan dalam PLOS Genetics .
Itu dapat dikutip sebagai: Ekundayo, B; Bleichert, F (2019). "Asal-usul Replikasi
DNA" . PLOS Genetika . 15 (9): e1008320. doi : 10.1371 / journal.pgen.1008320 .

1. ^ Daftar Istilah Teknis Edward K. Wagner, Martinez Hewlett,

David Bloom dan David Camerini Basic Virology Edisi Ketiga, penerbitan
Blackwell, 2007 ISBN 1-4051-4715-6
2. ^ a b c d e f g h saya j k l m n o p q r s t u Ekundayo B, Bleichert F
(September 2019). "Asal replikasi DNA". PLoS Genetics . 15 (9):
e1008320. doi : 10.1371 / journal.pgen.1008320 . PMID31513569 .
Bahan disalin dari sumber ini, yang tersedia di bawah Lisensi Internasional
Creative Commons Attribution 4.0 .
3. ^ Hulo C, de Castro E, Masson P, Bougueleret L, Bairoch A,
Xenarios I, Le Mercier P (Januari 2011). "ViralZone: sumber daya
pengetahuan untuk memahami keanekaragaman virus" .Penelitian Asam
Nukleat . 39 (Masalah basis data): D576–82. doi: 10.1093 / nar /
gkq901 . PMC 3013774 . PMID 20947564 .
4. ^ Mendel JG (1866). "Verhandlungen des naturforschenden
Vereines in Brünn" (IV): 3–47. |chapter= diabaikan ( bantuan )Untuk
terjemahan bahasa Inggris, lihat: Druery C, Bateson W (1901). "Eksperimen
dalam hibridisasi tanaman" (PDF) . Jurnal Masyarakat Hortikultura
Kerajaan . 26 : 1–32 . Diperoleh 9 Oktober 2009 .
5. ^ Avery OT, Macleod CM, McCarty M (Februari 1944). "Studi
tentang Sifat Kimia dari Substansi yang Mendorong Transformasi Tipe
Pneumokokus: Induksi Transformasi oleh Fraksi Asam Desoksiribonukleat
yang Diisolasi Dari Pneumococcus Tipe III" . Jurnal Kedokteran
Eksperimental . 79(2): 137–58. doi : 10.1084 /
jem.79.2.137 . PMC 2135445 .PMID 19871359 .
6. ^ Watson JD, Crick FH (1953). "Struktur DNA". Cold Spring
Harbor Symposia tentang Biologi Kuantitatif . 18 : 123–31. doi : 10.1101 /
sqb.1953.018.01.020 . PMID 13168976 .
7. ^ Meselson M, Stahl FW (Juli 1958). "REPLIKASI DNA DI
ESCHERICHIA COLI" . Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika
Serikat . 44 (7): 671–82. doi : 10.1073 /
pnas.44.7.671 . PMC 528642 . PMID 16590258 .
8. ^ Meselson M, Stahl FW (1958). "Replikasi DNA". Cold Spring
Harbor Symposia tentang Biologi Kuantitatif . 23 : 9-12. doi : 10.1101 /
sqb.1958.023.01.004 . PMID 13635537 .
9. ^ Lehman IR, Bessman MJ, Simms ES, Kornberg A (Juli
1958)."Sintesis enzimatik asam deoksiribonukleat. I. Persiapan substrat dan
pemurnian sebagian enzim dari Escherichia coli". Jurnal Kimia
Biologis . 233 (1): 163–70. PMID 13563462 .
10. ^ O'Donnell M, Langston L, Stillman B (Juli 2013). "Prinsip dan
konsep replikasi DNA pada bakteri, archaea, dan eukarya" .Perspektif Cold
Spring Harbor dalam Biologi . 5 (7). doi : 10.1101 /
cshperspect.a010108 . PMC 3685895 . PMID 23818497 .
11. ^ Abbas T, Keaton MA, Dutta A (Maret 2013). "Ketidakstabilan
genom pada kanker" . Perspektif Cold Spring Harbor dalam Biologi . 5 (3):
a012914. doi : 10.1101 /
cshperspect.a012914 .PMC 3578360 . PMID 23335075 .
12. ^ a b Barlow JH, Nussenzweig A (Desember 2014). "Inisiasi
replikasi dan ketidakstabilan genom: persimpangan jalan untuk sintesis DNA
dan RNA" . Ilmu Seluler dan Molekuler . 71 (23): 4545-59. doi : 10.1007 /
s00018-014-1721-1 . PMC 6289259. PMID 25238783 .
13. ^ Siddiqui K, On KF, Diffley JF (September 2013). "Mengatur
replikasi DNA dalam eukarya" . Perspektif Cold Spring Harbor dalam
Biologi . 5 (9). doi : 10.1101 /
cshperspect.a012930 .PMC 3753713 . PMID 23838438 .
14. ^ Sclafani RA, Holzen TM (2007). "Pengaturan siklus sel replikasi
DNA" . Tinjauan Tahunan Genetika . 41 : 237–80. doi : 10.1146 /
annurev.genet.41.110306.130308 . PMC 2292467 . PMID17630848 .
15. ^ a b García-Muse T, Aguilera A (September 2016). "Konflik
transkripsi-replikasi: bagaimana terjadinya dan bagaimana
penyelesaiannya". Ulasan Alam. Biologi Sel Molekuler . 17 (9): 553-
63. doi : 10.1038 / nrm.2016.88 . PMID 27435505 .
16. ^ Yakovchuk P, Protozanova E, Frank-Kamenetskii MD
(2006)."Kontribusi basis-susun dan pemasangan-pasangan ke dalam
stabilitas termal dari heliks ganda DNA" . Penelitian Asam Nukleat . 34 (2):
564-74. doi : 10.1093 / nar / gkj454 . PMC1360284 . PMID 16449200 .
17. ^ a b c Leonard AC, Méchali M (Oktober 2013). "Asal replikasi
DNA" . Perspektif Cold Spring Harbor dalam Biologi . 5 (10):
a010116. doi : 10.1101 /
cshperspect.a010116 . PMC3783049 . PMID 23838439 .
18. ^ a b Creager RL, Li Y, MacAlpine DM (April 2015). "SnapShot:
Asal usul replikasi DNA". Sel . 161 (2): 418-418.e1. doi : 10.1016 /
j.cell.2015.03.043 . PMID 25860614 .
19. ^ Knott SR, Viggiani CJ, Aparicio OM (Agustus 2009). "Untuk
mempromosikan dan melindungi: mengoordinasikan replikasi dan transkripsi
DNA untuk stabilitas genom". Epigenetik . 4 (6): 362–5. doi : 10.4161 /
epi.4.6.9712 . PMID 19736523 .
20. ^ a b Deshpande AM, Newlon CS (Mei 1996). + Msgstr "Situs
replikasi garpu fork jeda tergantung pada transkripsi". Sains 272(5264):
1030–3. doi : 10.1126 / science.272.5264.1030 . PMID8638128 .
21. ^ Sankar TS, Wastuwidyaningtyas BD, Dong Y, Lewis SA, Wang
JD (Juli 2016). "Sifat mutasi yang disebabkan oleh tabrakan replikasi-
transkripsi" . Alam . 535 (7610): 178–81. doi : 10.1038 /
nature18316 . PMC 4945378 . PMID 27362223 .
22. ^ Liu B, Alberts BM (Februari 1995). "Tabrakan langsung antara
alat replikasi DNA dan kompleks transkripsi RNA
polimerase".Sains 267 (5201): 1131–7. doi : 10.1126 /
science.7855590 .PMID 7855590 .
23. ^ Azvolinsky A, Giresi PG, Lieb JD, Zakian VA (Juni 2009). "Gen
RNA polimerase II yang sangat ditranskripsi adalah hambatan untuk replikasi
perkembangan garpu di Saccharomyces cerevisiae" . Sel Molekul . 34 (6):
722-34. doi : 10.1016 /
j.molcel.2009.05.022 . PMC 2728070 . PMID 19560424 .
24. ^ a b c Yakub F, Brenner S, Cuzin F (1963-01-01). "Tentang
Peraturan Replikasi DNA pada Bakteri" . Cold Spring Harbor Symposia
tentang Biologi Kuantitatif . 28 (0): 329–348. doi : 10.1101 /
sqb.1963.028.01.048 . ISSN 0091-7451 .
25. ^ Novick RP (Desember 1987). "Ketidakcocokan
plasmid" .Ulasan Mikrobiologis . 51 (4): 381-
95. PMC 373122 . PMID3325793 .
26. ^ Skarstad K, Katayama T (April 2013). "Mengatur replikasi DNA
pada bakteri" . Perspektif Cold Spring Harbor dalam Biologi . 5(4):
a012922. doi : 10.1101 /
cshperspect.a012922 . PMC3683904 . PMID 23471435 .
27. ^ a b c Marks AB, Fu H, Aladjem MI (2017). "Regulasi Asal
Replikasi" . Kemajuan dalam Kedokteran dan Biologi Eksperimental . 1042 :
43–59. doi : 10.1007 / 978-981-10-6955-
0_2 . PMC 6622447 . PMID 29357052 .
28. ^ a b Parker MW, Botchan MR, Berger JM (April
2017)."Mekanisme dan regulasi inisiasi replikasi DNA dalam
eukariota" . Ulasan Kritis dalam Biokimia dan Biologi Molekuler. 52 (2): 107–
144. doi : 10.1080 /
10409238.2016.1274717 .PMC 5545932 . PMID 28094588 .
29. ^ a b Gilbert DM (Oktober 2004). "Mencari replikator
suci" .Ulasan Alam. Biologi Sel Molekuler . 5 (10): 848–55. doi : 10.1038 /
nrm1495 . PMC 1255919 . PMID 15459665 .
30. ^ Aladjem MI, Fanning E (Juli 2004). "Replika ditinjau kembali:
model lama mempelajari trik baru dalam kromosom metazoan" . Laporan
EMBO . 5 (7): 686–91. doi : 10.1038 /
sj.embor.7400185 . PMC 1299096 . PMID 15229645 .
31. ^ a b Remus D, Beall EL, Botchan MR (Februari 2004). "Topologi
DNA, bukan urutan DNA, adalah penentu penting untuk pengikatan
Drosophila ORC-DNA" . Jurnal EMBO . 23 (4): 897–907. doi : 10.1038 /
sj.emboj.7600077 . PMC 380993 . PMID14765124 .
32. ^ Vashee S, Cvetic C, Lu W, Simancek P, Kelly TJ, Walter JC
(Agustus 2003). "Inisiasi pengikatan dan replikasi DNA urutan-independen
oleh kompleks pengenalan asal manusia" . Gen & Pengembangan . 17 (15):
1894–908. doi : 10.1101 / gad.1084203 . PMC 196240 . PMID 12897055 .
33. ^ a b Shen Z, KM Sathyan, Geng Y, Zheng R, Chakraborty A,
Freeman B, dkk. (Oktober 2010). "Protein WD-repeat menstabilkan ORC
yang mengikat kromatin" . Sel Molekul . 40(1): 99-111. doi : 10.1016 /
j.molcel.2010.09.021 . PMC5201136 . PMID 20932478 .
34. ^ a b Dorn ES, Cook JG (Mei 2011). "Nukleosom di lingkungan:
peran baru untuk modifikasi kromatin dalam kontrol asal
replikasi" . Epigenetik . 6 (5): 552–9. doi : 10.4161 /
epi.6.5.15082 . PMC 3230546 . PMID 21364325 .
35. ^ a b c Aladjem MI, Redon CE (Februari 2017). + Msgstr "Pesan
dari kekacauan: interaksi selektif pada asal replikasi mamalia" .Ulasan
Alam. Genetika . 18 (2): 101–116. doi : 10.1038 /
nrg.2016.141 . PMC 6596300 . PMID 27867195 .
36. ^ a b Fragkos M, Ganier O, Coulombe P, Méchali M (Juni
2015)."Aktivasi asal replikasi DNA dalam ruang dan waktu". Ulasan
Alam. Biologi Sel Molekuler . 16 (6): 360-74. doi : 10.1038 /
nrm4002 . PMID 25999062 .
37. ^ a b c Prioleau MN, MacAlpine DM (Agustus 2016). "Asal
replikasi DNA-dari mana kita mulai?" . Gen & Pengembangan .30 (15): 1683–
1997. doi : 10.1101 / gad.285114.116 . PMC5002974 . PMID 27542827 .
38. ^ Cayrou C, Coulombe P, Puy A, Rialle S, Kaplan N, Segal E,
Méchali M (Februari 2012). "Wawasan baru ke dalam karakteristik asal
replikasi dalam metazoa" . Siklus sel . 11 (4): 658-67. doi : 10.4161 /
cc.11.4.19097 . PMC 3318102 . PMID22373526 .
39. ^ Lombraña R, Almeida R, Álvarez A, Gómez M (2015). "R-loop
dan inisiasi replikasi DNA dalam sel manusia: mata rantai yang
hilang?" . Perbatasan dalam Genetika . 6 : 158. doi : 10.3389 /
fgene.2015.00158 . PMC 4412123 . PMID 25972891 .
40. ^ Jang SM, Zhang Y, K Utani, Fu H, Redon CE, Marks AB, dkk.(Juli
2018). "Protein penentu inisiasi replikasi (RepID) memodulasi replikasi
dengan merekrut CUL4 ke kromatin" .Komunikasi Alam . 9 (1):
2782. doi : 10.1038 / s41467-018-05177-6 . PMC 6050238 . PMID 30018425 .
41. ^ Zakian VA, Scott JF (Maret 1982). "Konstruksi, replikasi, dan
struktur kromatin dari lingkaran TRP1 RI, sebuah plasmid sintetik multi-
salinan yang berasal dari DNA kromosom Saccharomyces
cerevisiae" . Biologi Molekuler dan Seluler . 2(3): 221–32. doi : 10.1128 /
mcb.2.3.221 . PMC 369780 .PMID 6287231 .
42. ^ Rhodes N, Perusahaan M, Errede B (Maret 1990). "Sebuah
vektor shuttle ragi-Escherichia coli yang berisi asal replikasi
M13". Plasmid . 23 (2): 159-62. PMID 2194231 .
43. ^ Paululat A, Heinisch JJ (Desember 2012). "Vektor triple shuttle
ragi / E. Coli / Drosophila baru untuk menghasilkan konstruksi transformasi
elemen Drosophila P yang efisien". Gene . 511 (2): 300–5. doi : 10.1016 /
j.gene.2012.09.058 . PMID 23026211 .
44. ^ Ryan VT, Grimwade JE, Camara JE, Crooke E, Leonard AC
(Maret 2004). "Perakitan kompleks prereplikasi Escherichia coli diatur oleh
interaksi dinamis antara Fis, IHF dan DnaA".Mikrobiologi Molekuler . 51 (5):
1347–59. doi : 10.1046 / j.1365-2958.2003.03906.x . PMID 14982629 .
45. ^ a b Mackiewicz P, Zakrzewska-Czerwinska J, Zawilak A, Dudek
MR, Cebrat S (2004). "Di mana replikasi bakteri dimulai? Aturan untuk
memprediksi wilayah oriC" . Penelitian Asam Nukleat .32 (13): 3781–
91. doi : 10.1093 / nar / gkh699 . PMC 506792. PMID 15258248 .
46. ^ a b c Luo H, Gao F (Januari 2019). "DoriC 10.0: database
mutakhir asal replikasi dalam genom prokariotik termasuk kromosom dan
plasmid" . Penelitian Asam Nukleat . 47 (D1): D74 – D77. doi : 10.1093 / nar /
gky1014 . PMC 6323995 . PMID 30364951 .
47. ^ a b Fuller RS, Funnell BE, Kornberg A (Oktober
1984). "Kompleks protein dnaA dengan asal replikasi kromosom E. coli (oriC)
dan situs DNA lainnya". Sel . 38 (3): 889–900. doi : 10.1016 / 0092-8674 (84)
90284-8 . PMID 6091903 .
48. ^