REGULASI EKSPRESI GEN PADA EUKARIOTIK

RESUME

UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH

Genetika II

Yang dibina oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd

Oleh

Agung Tri Laksono (160342606224)

Alifa Aulia Ainayya (160342606292)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

September 2018
DIFERENSIASI STRUKTUR SEL PADA EUKARYOTES TINGKAT
TINGGI

Pada saat perkembangan pada eukaryote tingkat tinggi, sel -zygot-

mengalami pembelahan sel secara mitosis yang menunjukkan banyak tipe sel
(pada hewan antara lain : sel kulit, sel saraf, sel tulang, sel darah, dll) dengan
perbedaan morfologi dan susunan macromolekul yang sangat berbeda. Perbedaan
tipe sel ini seringkali berkerja khusus, hanya membawa beberapa fungsi
metabolisme yang spesifik. Contohnya, sel darah merah khusus bekerja untuk
sintesis dan penyimpanan hemoglobin. Sel saraf rupanya satu-satunya sel yang
mampu mensintesis neurotransmitter.

Ekspresi gen hemoglobin pada sel darah merah atau gen neurotransmitter
pada neurons dikontrol saat transkripsi dan proses transkrip. Molekul mRNA
hemoglobin tersedia di dalam sel darah merah, tetapi tidak tersedia pada tipe sel
lain yang tidak mensintesis hemoglobin. Differensiasi terjadi karena regulasi
ekspressi gen, lebih baik dari perubahan komposisi genom. Data yang luas
mengindikasikan bahwa ekspressi gen diatur pada transkripsi dan prosesing pre-
mRNA. Kebanyakan, proses perkembangan pada eukaryot tingkat tinggi dikontrol
oleh preprogrammed circuits of gene expressions.

TRANSKRIPSI KROMOSOM LAMPBRUSH PADA OOSIT AMPHIBI

Sintesis protein secara besar-besaran yang dipicu oleh terjadinya fertilisasi

tidak dibarengi dengan disintesiskannya rRNA dalam embrio amfibi hingga
memasuki tahap blastula. Ini berarti sejumlah besar rRNA dalam bentuk prekursor
rRNA 40S telah disintesis sejak oogenesis. Oleh karena itu wajar jika sel telur
amfibi mengandung sangat banyak ribosom, mencapai 1012 per sel telur dewasa.
Mekanisme untuk mensintesis transkrip suatu gen tertentu disebut mekanisme
amplifikasi gen spesifik.

Brown dan Dawid telah menunjukkan bahwa inti dari sel telur Xenopus
laevis mengandung ratusan anak inti. Masing-masing anak inti mengandung
molekul DNA sirkuler yang membawa salinan gen rRNA hasil dari replikasi
selektif. Akibatnya pada sel telur yang sedang berkembang terdapat lebih dari 1
juta salinan gen rRNA. Adanya histon dianggap menjadi penyebab represi non
spesifik terhadap gen-gen eukariot. Histon selalu ada evolusi eukariot dan
diketahui mampu mengikat erat DNA dalam nukleosom.

MEKANISME REGULASI TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT YANG

LEBIH TINGGI
Pada eukariot tingkat tinggi tidak ditemukan operon walaupun pada
eukariot tingkat rendah seperti jamur ditemukan unit yang mirip operon.
Kebanyakn mRNA pada eukariot tingkat tinggi bersifat monogenik, yakni
mengandung sekuen pengkode dari satu gen struktural. Pada beberapa kasus,
transkrip primer bersifat poligenik, kemudian dilakukan pemutusan untuk
menghasilkan beberapa mRNA monogenik

Enhancer dan Silencer memodulasi Transkripsi Pada Eukariot Sesuai

dengan namanya, enhancer meningkatkan transkripsi pada gen yang di atur,
silencer menurunkan transkripsi pada gen yang di atur. Ciri khas dari enhancer
yang membedakannya dengan promoter adalah
(1) dapat bekerja pada jarak yang relatif panjang hingga ribuan nukleotida
(2) berorientasi independen
(3) posisi yang independen
Sebagian besar bekerja hanya pada target tertentu. Artinya dia akan meningkatkan
proses transkripsi pada target saja, tidak yang lain. Enhancer ini berperan penting
dalam proses transkripsi. Dan peningkat ini bekerja dengan pengkhususan
jaringan. Promoter dan enhancer ini bekerja secara kooperatif. Pengaturan tingkat
transkripsi oleh metilasi DNA Pada kebanyakan tumbuhan tingkat tinggi, DNA
sering dimodifikasi setelah sintesis oleh perubahan enzimatik.Yang berperan
disini adalah gugus metil 5 pada DNA.
Sampai saat ini belum diketahui ada bukti definitif peran metilasi dalam
regulasi ekspresi gen eukariotik apapun. Tetapi ada bukti yang tidak langsung
seperti
(1) hubungan antara tingkat ekspresi gen dengan derajat metilasi.Jika
metilasi rendah, ekspresi gen tinggi.Jka metilasi tinggi, ekspresi gen
rendah
(2) bentuk metilasi adalah pengkhususan jaringan
 (3) metilasi dapat menimbulkan ekspresi gen yang tidak ada pada DNA
menjadi ada
Penambahan gugus metil bisa dilakukan saat sel ingin menginaktifkan suatu
sequence atau kromosom tertentu, dengan ditambahkannya gugus metil RNA
polimerase tidak bisa menempel sehingga transkripsi tidak dapat terjadi.
Langkah kunci dalam setiap model untuk regulasi ekspresi gen atau
diferensiasi melalui metilasi DNA melibatkan pembentukan jaringan pola
mathylation tertentu. Hipotesis yang paling popular adalah bahwa pola yang
terbentuk selama pengembangan oleh jaringan demethylase tertentu, yang
menghapus kelompok methyl dari situs penting dalam gen yang dijadwalkan akan
disajikan dalam jenis sel tertentu.
z-DNA ada di wilayah interband raksasa kromosome kelenjar ludah
Drosophila melanogaster dan di macronucleus transcriptionally aktif bersilia
protozoa Stylonychia Mytilus. RNA polimerase hanya mau menempel pada B-
DNA karena adanya major froove. Sehingga Z-DNA dan A-DNA harus memuntir
hingga membentuk B-DNA agar RNA polimerase mau menempel. Memuntirnya
Z-DNA dan A-DNA dipengaruhi oleh tingkat garam disitu.

STRUKTUR KROMATIN: SISI SENSITIF NUKLEASE BERDEKATAN

DENGAN GEN AKTIF
Studi tentang nuklease gen aktif transkripsi dan kromatin melalui
mikroskop elektron telah menunjukkan bahwa gen yang sedang ditranskripsi
memang dikemas ke dalam nukleosom yang menampilkan frekuensi dan jarak
yang sama seperti nukleosom yang mengandung DNA gen yang tidak
ditranskripsikan. Namun, struktur nukleosom yang mengandung gen aktif tidak
identik dengan nukleosom yang mengandung gen yang tidak aktif. Hal ini
ditunjukkan oleh peningkatan sensitivitas nuklease dari gen transkripsi yang aktif.
Sensitivitas nuklease gen aktif telah ditemukan tergantung pada kehadiran dua
protein kromosom nonhiston yang disebut HMG14 dan HMG17. Ketika protein
ini dilepas dari kromatin aktif, sensitivitas nuklease menghilang. Namun, jika
mereka ditambahkan kembali, sensitivitas akan pulih kembali.
KONTROL HORMON PADA EKSPRESI GEN
Komunikasi dalam sel merupakan aktivitas yang penting pada hewan dan
tumbuhan tingkat tinggi. Pada jaringan dan sel, bisa terjadi pergantian pola
ekspresi gen yang diakibatkan oleh suatu sinyal pada kelenjar dan sel sekretori di
mana keberadaan sinyal tersebut bisa pada hormon peptida seperti insulin dan
hormon steroid (esterogen dan progesteron). Pada hewan tingkat tinggi, hormon
disintesis dalam berbagai sel sekretori khusus dan dilepaskan ke dalam aliran
darah. Hormon steroid di sisi lain adalah molekul kecil yang mudah memasuki sel
melalui membran plasma. Setelah bagian dalam sel-sel sasaran yang tepat,
hormon steroid menjadi erat terikat pada protein reseptor spesifik.

AKTIVASI TRANSKRIPSI OLEH HORMON STEROID

Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa protein reseptor hormon
mengaktifkan transkripsi dari suatu gen khusus atau pasangan gen. Protein
kromosom non histon dapat mengontrol wilayah transkripsi dari suatu gen (J
stein, G Stei and Klein), di mana histon disintesis selama fase S dari siklus sel.
Ketika kromatin dari fase S ditranskripsi secara in vitro, mRNA histon disintesis.
Kemudian kromatin dari fase G1 digunakan, tidak ada mRNA histon yang
disintesis. Ketika non histon dihilangkan dari kromatin fase G1 dan digantikan
dengan protein kromosom non histon dari kromatin fase S, mRNA histon
disintesis. Di samping itu, ketika non histon pada kromatin penyusun dari fase G1
dan DNA serta histon dari fase S, maka tidak ada mRNA histon yang disintesis.
Hasil tersebut menunjukkan bahwa protein non histon di kromatin menentukan
apakah pengkode gen untuk histon perlu ditranskripsi.

HORMON GLUKOKORTIKOID BEKERJA MELALUI ELEMEN

PENINGKAT
Hormon glukokortikoid bertindak dengan mengikat protein reseptor yang
hadir dalam sitoplasma sel target. Protein reseptor hormon kemudian terakumulasi
dalam inti sel dan mengikat urutan DNA yang disebut elemen respon
glukokortikoid (Gres). Kompleks reseptor hormon glukokortikoid mengaktifkan
transkripsi gen target dengan mengikat urutan GRE di dekat penambah masing-
masing gen tersebut. Pengikatan reseptor hormon ke penambah akan
mengaktifkan mekanisme di mana penambah bertindak sebagai perangsang
transkripsi gen.

ECDISON DAN KROMOSOM “GUMPALAN” PADA LALAT

Pada kromosom kelenjar ludah spesies lalat seperti Drosophila dan
Chironomus tentans, pita dari kromosom lalat tersebut mengalami perubahan
secara morfologi. Pita individual meluas dan membaur, dengan struktur warna
kurang merata di mana pita ini disebut “gumpalan” dan fenomenanya disebut
“menggumpal”. Gumpalan ini diketahui mengandung urutan DNA yang
melengkapi urutan RNA pada sintesis mRNA sitolasma yang baru. Selama
pengembangan pita lalat, hormon steroid ecdison terlepas dan memicu pergantian
kulit. Selama tahap larva dari pengembangan di D. melanogaster, gumpalan yang
ada sebelum perlakuan ekdison mulai terbentuk pada waktu 5 menit setelah
perlakuan. Dengan menggunakan inhibitor dari sintesis protein seperti
cycloheximide, susunan dari gumpalan yang “terlambat” membutuhkan sintesis
protein setelah ekdison diberi perlakuan.

REGULASI OLEH JALUR ALTERNATIF PENGGABUNGAN SALINAN

Regulasi terjadi dengan mengubah stabilitas salinan oleh transportasi yang
berbeda ke sitoplasma, dan dengan terjemahan berbeda salinan diproses. Contoh
dari salinan sambungan ini yaitu pada Drosophila dan hewan
vertebrata.Tropomiosin terkait dengan protein yang mana merupakan perantara
dari interaksi antara aktin dan troponin yang mengatur kontraksi otot. Jaringan
yang berbeda antara otot dan bukan otot dikarakteristikkan dengan kehadiran
tropomiosin. Pola penyambungan transkripsi tropomiosin tampak lebih kompleks
pada mamalia, di mana setidaknya 10 isoform yang berbeda dihasilkan dari gen
tunggal.

REGULASI SIRKUIT KOMPLEKS EKSPRESI GEN PADA EUKARIOT

Menurut model Britten-davidson, gen sensor spesifik merupakan situs
mengikat-urutan tertentu yang merespon sinyal tertentu. Ketika gen sensor
menerima sinyal yang tepat, mereka mengaktifkan transkripsi gen integrator yang
berdekatan. Integrator gen-produk kemudian berinteraksi dengan cara urutan
tertentu dengan gen reseptor. Britten dan Davidson mengusulkan agar integrator
gen-produk yang RNA aktivator yang berinteraksi langsung dengan gen reseptor
untuk memicu transkripsi gen-gen penghasil bersebelahan. Namun, mereka
menunjukkan bahwa, secara resmi, itu akan membuat perbedaan apakah integrator
gen-produk aktif yang molekul RNA atau protein.
Karena banyak penelitian yang telah dilakukan untuk membandingkan
kompleksitas populasi heterogen RNA (hnRNA) heterogen dan populasi mRNA
dalam berbagai jenis sel, telah jelas bahwa populasi hnRNA hampir selalu lebih
kompleks. dari populasi mRNA. Hasil ini menunjukkan bahwa regulasi yang
cukup terjadi pascatranscriptional selama proses RNA, yaitu di bnRNA ke tahap
RNA.
Observasi ini membuat Davidson dan Britten untuk mengusulkan model
kedua, "Davidson-Britten model", di mana ekspresi gen diatur pada tingkat
pemrosesan RNA. Menurut model ini, sebagian besar gen struktural terletak di
"unit transkripsi konstitutif" yang ditranskripsi pada tingkat basal di semua sel.
Transkrip konstitutif ini diproses, namun hanya dalam sel yang berisi
"pengintegrasian transkrip regulasi" yang sesuai. Yang terakhir ditranskripsikan
dengan cara sel-spesifik dan harus ada sebelum "transkrip konstitutif" dari gen
struktural dapat diproses menjadi mRNA.

Pertanyaan
Alifa Aulia Ainayya (160342606292)
1. Mengapa eukariot memiliki mekanisme ekspresi gen yang lebih rumit?
Jawab : Sel eukariot mengandung lebih banyak informasi genetic dan
tersimpan dalam beberapa kromosom sedangkan pada prokariot hanya
pada satu kromosom. Serta kebanyakan eukariot adalah organisme
multiseluler dengan tipe sel berbeda. Setiap sel menggunakan seperangkat
gen yang berbeda untuk mensintesis protein yang berbeda.
2. Bagaimana proses perkembangan eukariot tingkat tinggi?
Jawab : beberapa proses perkembangan eukariot tingkat tinggi dikontrol
melalui preprogrammed circuit of gene expression. Seperti contohnya
 pada regulasi ekspresi gen menggunakan hormon, hormon sebagai
perantara pembawa pesan dari otak menuju sel yang dituju agar sel
tersebut dapat mengekspresikan gen yang sedang dibutuhkan.

Agung Tri Laksono (160342606224)

1. Bagaimana prinsip kerja hormon steroid dalam aktivasi transkripsi?
Jawab: Kompleks protein reseptor hormon akan mengaktifkan transkripsi
gen terget dengan mengikat ke sekuen DNA spesifik yang ada di daerah
regulator cis-acting dari gen. Atau kompleks protein reseptor hormon akan
berinteraksi dengan protein kromosom nonhistone spesifik (protein
nonhiston spesifik hanya ada dalam kromatin sel target). Interaksi ini
kemudian merangsang transkripsi gen yang benar.
2. Mengapa nukleosom yang mengandung gen aktif tidak identik/tidak sama
dengan nukleosom yang mengandung gen yang tidak aktif?
Jawab: Karena sensitivitas nuklease dipengaruhi oleh dua protein
kromosom nonhiston yaitu HMG14 dan HMG17. Ketika protein ini
dilepas dari kromatin aktif 9artinya mengandung gen aktif), sensitivitas
nuklease menghilang. Namun, jika mereka ditambahkan kembali,
sensitivitas akan kembali pulih.