Regulasi Ekspresi Gen Pada Makhluk Hidup Eukariotik

Resume Ke-2
disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika yang dibimbing oleh Prof. Dr. Siti
Zubaidah, M. Pd dan Deny Setiawan, M.Pd

Oleh:
Offering H / Kelompok 16
Nadzifa (200342616875)
Syilfia Ayu Kurnia Romadhon (200342616880)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Februari 2022
ISI RESUME

Materi 1: Berbagai level regulasi ekpresi gen, serta faktor lingkungan dan biologis
regulasi (Nadzifa_200342616875)
 Ekspresi gen eukariotik dapat diatur pada tingkat transkripsi, pemrosesan, atau
translasi.
 Seperti pada prokariota, ekspresi gen pada eukariota melibatkan transkripsi DNA
menjadi RNA dan terjemahan selanjutnya dari RNA tersebut menjadi polipeptida.
 Ekspresi gen lebih rumit pada eukariota daripada di prokariota karena sel eukariotik
dikotak-kotakkan oleh sistem membran yang rumit.
 Pembagian sel eukariotik menjadi organel secara fisik memisahkan peristiwa
ekspresi gen.

Transkripsi DNA Terkendali

 Kontrol transkripsi lebih kompleks pada eukariota daripada pada prokariota. Salah
satu alasannya adalah bahwa gen diasingkan dalam nukleus.
 Sebelum sinyal lingkungan dapat memiliki efek pada tingkat transkripsi, mereka
harus ditransmisikan dari permukaan sel, tempat mereka biasanya diterima, melalui
sitoplasma dan membran nukleus, dan ke dalam kromosom.
 Faktor rumit lainnya adalah banyak eukariota yang multiseluler.
 Isyarat lingkungan mungkin harus melewati lapisan sel agar berdampak pada
transkripsi gen dalam jaringan tertentu. Oleh karena itu komunikasi antar sel
merupakan aspek penting dari regulasi transkripsi eukariotik.
 Regulasi transkripsi eukariotik dimediasi oleh interaksi protein-DNA.
 Protein regulator positif dan negatif mengikat daerah tertentu dari DNA dan
merangsang atau menghambat transkripsi. Sebagai sebuah kelompok, protein ini
disebut faktor transkripsi.

Alternatif Spilicing RNA

 Intron: daerah nonkode yang mengganggu urutan yang menentukan asam amino
polipeptida.
 Pembentukan mRNA dimediasi oleh organel inti kecil yang disebut spliceosom.
 Intron ini dapat dihilangkan secara terpisah atau dalam kombinasi, tergantung pada
bagaimana mesin penyambung berinteraksi dengan RNA
 Salah satu contoh kasus penyambungan alternatif terjadi selama ekspresi gen untuk
troponin T, protein yang ditemukan di otot rangka vertebrata.

Kontrol Sitomilik Stabilitas RNA Mesenger

 Umur panjang RNA Messenger dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor. Ekor
poli(A) tampaknya menstabilkan mRNA.
 Urutan dari 3 wilayah yang tidak diterjemahkan (3 UTR) sebelum ekor poli(A) juga
tampaknya mempengaruhi stabilitas mRNA.
 Beberapa mRNA berumur pendek memiliki urutan AUUUA yang diulang
beberapa kali di 3 daerah yang tidak diterjemahkan.
 Faktor kimia, seperti hormon, juga dapat mempengaruhi stabilitas mRNA. Dalam
katak Xenopus laevis , vitelogenin gen ini secara transkripsi diaktifkan oleh hormon
 steroid estrogen. Namun, selain menginduksi transkripsi gen ini, estrogen juga
meningkatkan umur panjang mRNA-nya.

Induksi Aktivitas Transkripsi oleh Faktor Lingkungan dan Biologis

 Ekspresi gen eukariotik dapat diinduksi oleh faktor lingkungan sepert panas dan
molekul sinyal seperti hormon dan faktor pertumbuhan.
 laktosa adalah penginduksi transkripsi gen. Hal tersebut dibuktikan dalam studi
Jacob dan Monod tentang operon laktosa pada E. Coli yang membuktikan bahwa
gen untuk metabolisme laktosa secara khusus ditranskripsikan ketika laktosa
diberikan ke sel.
Suhu: Gen Heat-Shock
 Ketika organisme mengalami tekanan suhu tinggi, mereka merespons dengan
mensintesis sekelompok protein yang membantu menstabilkan lingkungan
seluler internal.
 Protein heat-shock ini ditemukan pada prokariota dan eukariota, adalah salah
satu polipeptida yang paling lestari yang diketahui.
 Ekspresi protein kejutan panas diatur pada tingkat transkripsi; yaitu, stres panas
secara khusus menginduksi transkripsi gen yang mengkode protein ini.
 Contoh: Induksi transkripsi dari gen Drosophila hsp70

Gambar 1. Induksi transkripsi dari gen Drosophila hsp70dengan kejutan panas. HSE terletak
abtara 40 dan 90 pasangan basa di bagian hulu situs inisiasi transkripsi(panah bangkok).

Materi 2: Kontrol molekuler transkripsi pada eukariot serta kontrol

posttranscriptional regulation by RNA interference (Nadzifa_200342616875)
 Transkripsi gen eukariotik diatur oleh interaksi antara protein dan sekuens DNA di
dalam atau di dekat gen.
Sekuensi DNA terlibat dalam kontrol transkripsi
 inisiasi transkripsi yang akurat dari promotor gen eukariotik membutuhkan
beberapa protein aksesori, atau faktor transkripsi basal.
  Masing-masing protein ini mengikat urutan dalam promotor untuk
memfasilitasi keselarasan yang tepat dari RNA polimerase pada untai cetakan
DNA.
 Faktor-faktor ini mengikat elemen respons, atau, lebih umum, ke urutan yang
disebut enhancer yang terletak di sekitar gen. Faktor
 Faktor transkripsi khusus yang mengikat enhancer ini dapat berinteraksi dengan
faktor transkripsi basal dan RNA polimerase, yang mengikat promotor gen.
 Interaksi yang terjadi di antara faktor transkripsi khusus, faktor transkripsi
basal, dan RNA polimerase mengatur aktivitas transkripsi gen.
 Enhancer bisa relatif besar, hingga beberapa ratus pasangan basa.
 Kebanyakan enhancer berfungsi dengan cara spesifik jaringan; yaitu, mereka
merangsang transkripsi hanya di jaringan tertentu. Di jaringan lain mereka
diabaikan begitu saja. Contoh jelas dari spesifisitas jaringan ini berasal dari
studi tentang gen kuning di Drosophila.
 Hasil dari banyak penelitian menunjukkan bahwa protein yang mengikat
enhancer mempengaruhi aktivitas protein yang mengikat promotor, termasuk
faktor transkripsi basal dan RNA polimerase.

Regulasi Posttranskripsi Ekspresi Gen oleh Interferensi RNA

 RNA noncoding pendek dapat mengatur ekspresi gen eukariotik dengan
berinteraksi dengan RNA pembawa pesan yang dihasilkan oleh gen ini.
 penelitian terbaru menunjukkan bahwa mekanisme pascatranskripsi juga
memainkan peran penting dalam mengatur ekspresi gen eukariotik.
 Jenis regulasi gen pascatranskripsi ini disebut interferensi RNA atau sering
disingkat RNAI hal tersebut karena beberapa mekanisme ini melibatkan
RNA kecil noncoding. Dengan memasangkan basa dean urutan target dalam
molekul RNA pembawa pesan, RNA kecil ini mengganggu ekspresi gen.
 Sebagian besar jenis organisme eukariotik mampu RNAi. Di antara model
organisme genetik, fenomena ini telah dipelajari dengan baik pada nematoda
Caenorhabditis elegans, di Drosophila, dan di Arabidopsis.

Jalan RNAi
1. RNA untai ganda besar molekul dipotong kecil-kecil, beruntai ganda RNA 21-
28 pasangan basa panjangnya.
2. RNA kecil yang mengganggu dan protein berkumpul menjadi partikel
ribonukleoprotein.
3. RNA kecil yang mengganggu di partikel ribonukleoprotein dilepaskan untuk
menghasilkan pembungkus yang diinduksi RNA Kompleks (RISC).
4. RISC menargetkan urutan dalam RNA pembawa pesan yaitu melengkapi
mengganggu RNA.
5. RNA pengganggu basa dengan targetnya dalam RNA pembawa pesan.
 6. - Jika dipasangkan basa tidak sempurna, terjemahan mRNA ditangkap dan
disintesis polipeptida dari mRNA ditekan.
- Jika pasangan basa sempurna, mRNA terbelah akan terdegredasi.

Gambar 2. Ringkasan peristiwa yang terlibat dalam jalur interferensi RNA.

Materi 3: Keterkaitan organisasi kromatin dengan regulasi ekspresi gen eukariot

ekspresi gen (Syilfia Ayu Kurnia Romadhon_200342616880)
 Kromosom eukariotik terdiri dari dua bagian yaitu DNA dan protein  Kromatin
 Kromatin bervariasi dalam karakterisasi kimianya. Kromatin terletak di sepanjang
kromosom. Pengorganisasian kromatin bereperan dalam regulasi gen.

Eukromatin dan Heterokromatin

 Adanya perbedaan macam kepadatan kromatin dalam inti sel menyebabkan
terjadinya diferensial pada bagian kromosom.
 Eukromatin dan heterokromatin merupakan dua macam variasi kromatin dalam
organisme hidup.
 Eukromatin  Visibilitas pewarnannya ringan
 Heterokromatin  Visibilitas pewarnannya padat
 Sebagian besar gen eukariotik berada di eukromatin.
 Peralihan gen dari eukromatin ke heterokromatin menyebabkan ketidakfungsian
secara normal (variasi efek posisi).
 Variasi efek posisi terjadi karena variabilitas fenotipe akibat adanya perubahan
posisi gen eukromatin yang dipindah ke heterokromatin.
 Contoh variasi efek posisi pada Drosophila dimana berhubungan dengan inversi
atau translokasi akibat pemindahan dari gen eukromatin ke heterokromatin.
 Contoh lainnya pada alel berbintik putih-putih. Alel dengan tipe liar dari gen putih
eukromatin tidak dapat bekerja dengan baik di lingkungan heterokromatin  Alel
tipe liar dari gen putih direlokasi dengan inversi dengan suatu patahan di dekat
lokus putih eukromatik dan yang lainnya di heterokromatin dari beberapa
kromosom X  Penataan ulang ini akan menganggu ekspresi normal gen putih dan
menyebabkan fenotipe mata berbintik. Artinya, pada contoh ini heterokromatin
menekan fungsi gen karena heterokromatin dipadatkan menjadi bentuk yang tidak
bisa diakses dalam proses transkripsi.
 Ekspresi gen dapat dipengaruhi oleh kondisi yang tidak mengubah urutan
nukleotida gen tersebut.

Organisasi Molekuler DNA Aktif Transkripsi

 Deoksiribonukleus I Pankreas (Dnase I)  Enzim yang memotong molekul DNA
dan mendegradasi DNA tersebut menjadi nukleotida penyusunnya.
 Mark Groudine dan Weintraub (1976)  DNA yang aktif secara transkripsi lebih
sensitif terhadap Dnase I daripada DNA yang tidak ditranskripsi.
 Gen yang ditranskripsi secara aktif lebih terbuka terhadap nuklease.
 Eksperimen Mark Groudine dan Weintraub (1976) menunjukkan bahwa
sensitivitas nuklease dari gen yang aktif transkripsi bergantung pada 2 protein non
histone kecil (HMG 14 dan HMG 17). Ketika protein ini dikeluarkan dari kromatin
maka sensitvitas nukleusenya hilang dan akan pulih ketika ditambahkan.
 Adanya perlakuan kromatin terisolasi dengan konsentrasi DNase I yang rendah
mengakibatkan DNA dibelah pada situs tertentu (situs hipersensitif DNase I).
 Situs ini berada pada hulu gen yang aktif transkripsi. Beberapa situs ini terletak di
LCR (Daerah Kontrol Lokus) sepanjang 15 kb hulu gen tersebut.

Perubahan Kromatin
 DNA yang ditranskripsi lebih mudah diakses oleh nuklease daripada DNA yang
tidak ditranskripsi.
 Dalam DNA yang ditranskripsi nukleosom diubah oleh kompleks multiprotein yang
akan memfasilitasi aksi RNA polimerase.
 Remodeling Kromatin: Perubahan nukleoseom dalam persiapan proses transkripsi.
 Terdapat 2 jenis tipe remodeling kromatin. Satu jenis terdiri dari enzim yang
mentransfer gugus asetil ke asam amino lisin pada posisi ter Histone acetyl tentu
dalam histon nukleosom  HATs (Histone Acetyl Transferases).
 HATs berperan dalam peningkatan ekspresi gen karena danya penambahan gugus
asetil yang melonggarkan hubunga antara DNA dan Oktamer histon dalam
nukleosom.
 Jenis lain dari remodeling kromatin adalah komples SWI/SNF (switching inhibited
dan sukrosa nonfermenter) yang terdiri dari 8 protein yang mengatur transkripsi.
 Kromatin aktif dapat diubah menjadi kromatin non aktif.

Metilasi DNA
 Metilasi DNA: modifikasi epigenetik kromatin.
 Nukleotida perlu dimodifikasi secara kimia untuk regulasi gen pada beberapa
eukariota seperti mamalia.
 Sekitar 2 miliar pasangan basa dalam genom mamalia yang khas, sekitar 40% nya
adalah pasangan basa G:C dan sekitar 2-7% nya merupakan modifikasi dengan
menambahkan gugus metil ke sitosin sehingga sitosin termetilasi pada pasangan
ganda.
 Pasangan ganda tersebut dengan struktur sebagai berikut:

5 mC pG 3
3 Gp Cm 5
 DNA termetilasi terkait represi transkripsi. Protein yang menekan transkripsi
mengikat DNA termetilasi dan menyebabkan perubahan struktur kromatin.
 Ketika DNA dimetilasi, kedua untai urutan akan mendapatkan gugus metil. Setelah
DNA direplikasi, dupleks amak aka memiliki satu urutan DNA induk termetilasi
dan satu urutan tidak termetilasi.
 DNA metil transferase  enzim yang mengikat gugus metil ke DNA, mengenali
asimetri, dan menambahkan gugus metil ke urutan yang tidak termetilasi.

Percetakan
 Gen dicetak utnuk menyampaikan gagasan bahwa gen tersebut telah ditandai
dengan cara tertentu.
 Misalnya, pada tikus gen Igf 2 yang mengkode faktor pertumbuhan seperti insulin,
kemudian diekspresikan ketika diturunkan dari ayah tetapi tidak dari ibu.
 Sebaliknya, gen yang dikenal sebagai H19 diekspresikan ketika diwarisi dari ibu
tetapi tidak dari ayah. Kapan pun ekspresi gen dikondisikan oleh asal usul
induknya, ahli genetika mengatakan bahwa gen tersebut telah dicetak.

Materi 4: Kerja hormon steroid dan peptida dalam regulai ekspresi gen eukariot
(Syilfia Ayu Kurnia Romadhon_200342616880)
 Komunikasi antar sel penting bagi tumbuhan dan hewan tingkat tinggi.
  Sinyal komunikasi tersebut berasal dari berbagai kelenjar atau sel sekretorik dengan
cara merangsang jaringan atau sel target agar mengalami perubahan dalam
metabolismenya.
 Hormon peptida  insulin dan hormon steroid  estrogen dan testosteron
merupakan sistem sinyal yang digunakan dalam komunikasi antar sel.
 Pada hewan tingkat tinggi  hormon disintesis oleh sekretori khusus sel dan
dilepaskan ke dalam aliran darah.
 Hormon peptida  biasanya tidak masuk ke dalam sel karena ukurannya relatif
besar.
 Hormon steroid  molekul kecil yang bisa masuk sel melalui membran plasma

Aktivasi Transkripsi Oleh Hormon Steroid

 Beberapa studi dilakukan dengan menggunakan hormon steroid dan menunjukkan
hasil bahwa kompleks protein reseptor hormon mengaktifkan transkripsi gen
tertentu.
 Beberapa kompleks protein reseptor hormon mengaktifkan transkripsi dengan
mengikat urutan DNA spesifik.
 Pada prokariot, komples protein reseptor ini berfungsi sebagai regulator positif atau
aktivator transkrpsi seperti CAP dan CAMP.
 Pada eukariot, kompleks protein reseptor hormon akan berinterkasi dengan protein
kromosom non histon. Protein kromosom non histon dapat mengontrol keadaan
transkripsi gen tertentu.
 Protein kromosom non histon berperan penting dalam regulasi ekspresi gen pada
eukariot. Namun, tidak mengesampingkan keterkaitan protein histon dalam regulasi
transkripsi.
 Regulasi transkripsi eukariota melibatkan interaksi spesifik antara DNA, histon,
dan non histon.
 Kompleks protein reseptor hormon mengaktifkan ekspresi gen dengan berinteraksi
langsung dengan urutan DNA spesifik yang ada di dalam daerah promotor yang
mengatur transkripsi gen.
 Interaksi langsung antara kompleks dan rangkain regulasi gen berkaitan dengan
hormon-hormon steroid seperti:
 Glukokortikoid  Merangsang peningkatan kadar gula darah
 Estrogen  Merangsang perkembangan fenotip seks wanita
 Tiroid  Mengontrol tingkat metabolisme basal pada hewan tingkat tinggi

Hormon Glukokortikoid Bekerja Melalui Elemen Penambah

 Mamalia menghasilkan hormon steroid  untuk menginduksi perubahan
metabolisme dalam sel yang berbeda dari berbagai jaringan.
 Hormon steroid spesifik seperti glukokortikoid dan estrogen mampu mengaktifkan
gen spesifik dan mempengaruhi mekanisme kerja transkripsi.
 Mekanisme ekspresi gen yang teraktivasi oleh hormon glukokortikoid membentuk
kompleks denga protein Hsp90 dan tetap berada di sitoplasma.
 Ketika ada hormon, maka akan terikat dengan protein reseptor  Hsp90 dilepaskan
dan kompleks memasuki nukleus melalui pori-pori.
 Kompleks hormon dan reseptor mengikat ke elemen respon glukokortikoid (GRE)
dalam penambah yang terletak di dekat masing-masing gen.
 Adanya peningkatan komples hormon dengan resptor di GRE ini menyebabkan
daerah enhacer mengaktifkan promotor gen dan meningkatkan terjadinya
transkripsi.

PERTANYAAN DAN JAWABAN

1. Bagian apa sajakah yang dihapus ketika proses post transkripsi terjadi?
(Nadzifa_200342616875)
Jawab:
Selama modifikasi pasca-transkripsi, spliceosom dapat menghilangkan intron dari
transkrip dan menyatukan ekson. Intron adalah bagian yang dihilangkan dari
transkrip, artinya tidak diterjemahkan. Ekson adalah bagian dari mRNA yang
mengkode urutan asam amino yang benar untuk gen yang diinginkan.

2. Salah satu bentuk modifikasi posttranskripsi dari kebanyakan eukariotik pra-mRNA

adalah penambahan urutan poli-A di ujung ke-3. Tidak adanya urutan poli-A
menyebabkan degradasi yang cepat dari salinan. Urutan Poly-A dengan berbagai
panjang juga ditambahkan ke banyak transkrip RNA bakteri di mana, alih-alih
mempromosikan stabilitas, tetapi degradasi jadi meningkat. Dalam kedua kasus,
RNA sekunder struktur menstabilkan protein atau menurunkan enzim berinteraksi
dengan urutan poli-A. Jika memperhatikan aktivitas RNA, apakah fungsi umum dari
3-polyadenilasi? (Nadzifa_200342616875)
Jawab:
Transkrip RNA yang ditakdirkan untuk menjadi mRNA sering melibatkan
modifikasi ujung 5′, di mana sebuah tutup 7-metilguanosin ditambahkan. Selain itu,
peregangan sebanyak 250 residu asam adenilat sering ditambahkan ke ujung 3′
setelah penghapusan urutan AAUAAA. Sebagian besar pra-mRNA eukariotik juga
mengandung urutan intervensi yang dihapus, seringkali dalam variasi kombinasi,
selama proses pematangan. Di beberapa organisme, pengeditan RNA terjadi dalam
salah satu dari dua cara: pengeditan substitusi di mana nukleotida diubah dan
pengeditan penyisipan/penghapusan yang mengubah jumlah total dari basis.

Lokasi Pemrosesan Contoh

5′ end Penambahan 7-mG
3′ end Penambahan Poly-A
Internal Penghapusan sekuens internal
Pengeditan RNA
 Pengganti
Penyisipan/penghapusan

3. Bagaimana hubungan remodelling kromatin dengan beberapa enzim yang membantu

dalam mekanisme remodelling kromatin serta proses transkripsi?
Jawab:
Remodeling kromatin merupakan perubahan nukleoseom dalam persiapan proses
transkripsi. Dalam DNA yang ditranskripsi nukleosom diubah oleh kompleks
multiprotein yang akan memfasilitasi aksi RNA polimerase. Remodeling kromatin
terdiri dari enzim yang mentransfer gugus asetil ke asam amino lisin pada posisi ter
Histone acetyl tentu dalam histon nukleosom atau HATs (Histone Acetyl
Transferases). HATs berperan dalam peningkatan ekspresi gen karena danya
penambahan gugus asetil yang melonggarkan hubungan antara DNA dan oktamer
histon dalam nukleosom.

4. Dalam regulasi gen eukariotik. Bagaimana peranan penting kompleks protein

reseptor hormon yang saling berkesinambungan dalam meregulasi gen tersebut?
(Syilfia Ayu Kurnia Romadhon_200342616880)
Jawab:
Kompleks protein reseptor hormon mengaktifkan ekspresi gen dengan berinteraksi
langsung dengan urutan DNA spesifik yang ada di dalam daerah promotor yang
mengatur transkripsi gen. Kompleks protein reseptor hormon melakukan transkripsi
dengan mengikat urutan DNA spesifik. Pada organsime eukariota, kompleks protein
reseptor hormon akan berinterkasi dengan protein kromosom non histon. Protein
kromosom non histon dapat mengontrol keadaan transkripsi gen tertentu. Protein
kromosom non histon berperan penting dalam regulasi ekspresi gen pada eukariot.
Namun, tidak mengesampingkan keterkaitan protein histon dalam regulasi
transkripsi. Regulasi transkripsi eukariota melibatkan interaksi spesifik antara DNA,
histon, dan non histon.

RUJUKAN
Gardner, E.J., dkk. 1991. Principle of Genetic 8th Edition. New York: Chichester
Brisbane-Toronto-Singapore: John Wiley and Sons Inc.
Snustad, D. P. dan Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics Sixth Edition. New
York: John Wiley & Sons, Inc.