Ekspresi Gen dan Organisasi Chromatin

Kromosom eukariotik terdiri dari bagian DNA dan protein yang disebut kromatin.
Karakteristik kimia kromatin bervariasi sepanjang kromosom. Di beberapa daerah, misalnya,
histones, yang merupakan sebagian besar protein dalam kromatin, memiliki asetilasi, dan di
daerah lain, beberapa nukleotida dalam DNA dimetilasi. Modifikasi kimia ini dapat
memengaruhi aktivitas transkripsi gen. Aspek-aspek lain dari organisasi kromatin — misalnya,
keberadaan protein “packaging” — berperan dalam regulasi gen.
EUCHROMATIN DAN HETEROCHROMATIN
Variasi dalam kepadatan kromatin dalam inti sel menyebabkan pewarnaan diferensial bagian
kromosom. Bahan pewarnaan yang dalam disebut heterochromatin, dan bagian pewarnaannya
yang luar disebut euchromatin.
Kombinasi analisis genetik dan molekuler telah menunjukkan bahwa sebagian besar gen
eukariotik terletak di euchromatin. Terlebih lagi, ketika gen ekarromatik secara artifisial
dialihkan ke lingkungan heterokromatik, mereka cenderung berfungsi secara tidak normal, dan,
dalam beberapa kasus, tidak berfungsi sama sekali. Gangguan kemampuan ini berfungsi dapat
menciptakan campuran karakteristik normal dan mutan pada individu yang sama, suatu kondisi
yang disebut sebagai variegasi efek-posisi. Istilah ini digunakan karena variabilitas dalam
fenotipe disebabkan oleh perubahan posisi gen ekarromatik, khususnya dengan
memindahkannya ke heterokromatin. Banyak contoh variegasi efek posisi telah ditemukan di
Drosophila, biasanya dalam hubungan dengan inversi atau translokasi yang memindahkan gen
euchromatic ke heterochromatin. Alel putih berbintik-bintik adalah contoh yang baik. Dalam
kasus ini, alel tipe-liar dari gen putih telah dipindahkan dengan inversi, dengan satu istirahat di
dekat lokus putih euchromatik dan yang lainnya di heterokromatin basal dari kromosom X.
Penataan ulang ini mengganggu ekspresi normal gen putih dan menyebabkan fenotipe mata
berbintik-bintik (Gambar 19.10). Tampaknya, gen putih euchromatic tidak dapat berfungsi
dengan baik di lingkungan heterokromatik. Ini dan contoh-contoh lain telah mengarah pada
pandangan bahwa heterokromatin menekan fungsi gen, mungkin karena ia terkondensasi
menjadi bentuk yang tidak dapat diakses oleh mesin transkripsi.
Perilaku gen putih pada lalat dengan kromosom X yang disusun ulang ini menunjukkan bahwa
ekspresi gen dapat dipengaruhi oleh kondisi yang tidak mengubah urutan nukleotida gen.
Terlebih lagi, karena gen white diekspresikan dalam beberapa bercak mata, tetapi tidak pada
gen yang lain, kita tahu bahwa sekali kondisi ini terbentuk, mereka diwariskan secara klonal
ketika sel-sel mata membelah. Karena kondisi ini ditumpangkan pada struktur dasar gen white,
kami mengatakan bahwa mereka bersifat epigenetik. Awalan bahasa Yunani "epi" berarti "di
atas," dan di sini digunakan untuk menyampaikan gagasan bahwa keadaan diwariskan selain
dari urutan gen yang sebenarnya mengatur ekspresi gen. Dalam hal ini, keadaan epigenetik
yang diwariskan melibatkan beberapa aspek organisasi kromatin di dekat gen white yang
direposisi.
MOLECULAR ORGANIZATION OF TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE DNA
Pada tahun 1976, Mark Groudine dan Harold Weintraub menunjukkan bahwa DNA yang
ditranskripsi lebih sensitif terhadap DNase I daripada DNA yang tidak ditranskripsi. Groudine
dan Weintraub mengekstraksi kromatin dari sel darah merah ayam dan mencerna sebagiannya
dengan DNase I. Kemudian mereka memeriksa bahan residu kromatin untuk sekuensing dua
gen, β-globin, yang secara aktif ditranskripsi dalam sel darah merah, dan ovalbumin, yang
tidak. Mereka menemukan bahwa lebih dari 50 persen DNA β -globin telah dicerna oleh enzim
DNase I, dibandingkan dengan hanya 10 persen dari DNA ovalbumin. Hasil ini sangat
menyiratkan bahwa gen yang ditranskripsi aktif lebih "terbuka" untuk nuklease. Penelitian
selanjutnya telah menunjukkan bahwa sensitivitas nuclease dari gen aktif transkripsi
tergantung pada setidaknya dua protein nonhistone kecil, HMG14 dan HMG17 (HMG untuk
kelompok mobilitas tinggi, karena mereka memiliki mobilitas tinggi selama elektroforesis gel).
Ketika protein ini dikeluarkan dari kromatin aktif, sensitivitas nuklease hilang; ketika mereka
ditambahkan lagi, itu dikembalikan.
Perawatan kromatin terisolasi dengan konsentrasi DNase I yang sangat rendah menyebabkan
DNA terpecah pada beberapa situs tertentu, yang secara tepat disebut situs hipersensitif DNase
I. Beberapa situs ini telah terbukti berada di bagian hulu gen transkripsi aktif, baik di daerah
promotor atau penambah. Signifikansi fungsional dari situs-situs hipersensitif ini masih belum
jelas, tetapi beberapa bukti menunjukkan bahwa mereka dapat menandai daerah-daerah di
mana DNA tidak terurai secara lokal, mungkin karena transkripsi telah dimulai. Dalam kasus
gen manusia untuk β-globin, beberapa situs hipersensitif DNase I terletak di daerah kontrol
lokus (LCR) sepanjang 15 kb di hulu gen itu sendiri (Gambar 19.11).

Gen-gen manusia β-globin berada dalam sebuah cluster yang mencakup 28 kilobase pada
kromosom 11. Setiap gen dalam kelompok itu adalah duplikat gen leluhur β-globin. Seiring
waktu evolusi, masing-masing gen dalam gugus telah menyimpang dari satu sama lain dengan
mutasi acak sehingga hari ini, masing-masing dari mereka menyandikan polipeptida yang
sedikit berbeda. Dalam salah satu gen, mutasi yang tidak masuk akal telah menghapuskan
kemampuan untuk membuat polipeptida. Gen nonkode semacam itu disebut pseudogen, dan
gen itu biasanya dilambangkan dengan huruf Yunani psi () —mereka, gen () dalam gugus ini.
Gen-gen manusia-globin diatur secara spasial dan temporal. Bahkan, fitur yang luar biasa dari
kluster gen ini adalah bahwa anggotanya diekspresikan pada waktu yang berbeda selama
pengembangan. Gen ε diekspresikan dalam embrio, dua gen diekspresikan dalam janin, dan
gen diekspresikan pada bayi dan dewasa. Aktivasi gen berurutan ini dari satu sisi ke sisi lain
dalam kluster tampaknya terkait dengan kebutuhan untuk menghasilkan jenis hemoglobin yang
sedikit berbeda selama perkembangan manusia. Embrio, janin, dan bayi memiliki kebutuhan
oksigen yang berbeda, sistem sirkulasi yang berbeda, dan lingkungan fisik yang berbeda.
Perpindahan temporal dalam ekspresi gen -globin tampaknya merupakan adaptasi terhadap
berbagai kondisi yang berubah ini.
LCR dari gugus gen -globin mengandung situs pengikatan untuk faktor transkripsi yang
mengaktifkan kembali masing-masing gen untuk transkripsi. Preaktivasi dideteksi oleh
peningkatan sensitivitas DNA dalam LCR terhadap pencernaan dengan konsentrasi rendah
DNase I. Transkripsi gen-globin tampaknya memerlukan preaktivasi ini dan dirangsang oleh
faktor transkripsi yang mengikat ke peningkat spesifik dalam -globin. kompleks gen. Namun,
spesifisitas jaringan dan temporal dari ekspresi gen -globin tergantung pada urutan yang
tertanam dalam LCR. Studi dengan tikus transgenik menunjukkan bahwa LCR bukan hanya
kumpulan peningkat besar yang melakukan kontrol atas berbagai gen -globin. LCR harus
terletak di bagian hulu dari gen -globin dan dalam orientasi alami untuk mengendalikan
ekspresi gen dengan benar. Artinya, berfungsi dengan cara yang tergantung pada orientasi.
Enhancer biasanya berfungsi dalam orientasi-independen dan dalam posisi yang berbeda relatif
terhadap promotor gen. LCR memiliki satu fitur lain yang membedakannya dari peningkat
sederhana: ia dapat mengontrol ekspresi gen -globin ketika seluruh kluster gen (gen LCR plus
-globin) dimasukkan dalam posisi kromosom yang berbeda. Peningkat, sebaliknya, sering
gagal berfungsi ketika mereka dan gen yang terkait dialihkan ke lokasi kromosom yang
berbeda. Dengan demikian, LCR tampaknya mengisolasi gen -globin dari pengaruh kromatin
di sekitar mereka.
CHROMATIN REMODELING
Eksperimen yang menilai sensitivitas DNA terhadap pencernaan dengan DNase I telah
menetapkan bahwa DNA yang ditranskripsi lebih mudah diakses dari serangan nuklease
daripada DNA yang tidak ditranskripsi. Apakah DNA yang ditranskripsi dikemas dalam
nukleosom? Jika ya, perubahan struktural apa yang terjadi pada nukleosom selama transkripsi?
Apakah nukleosom “terbuka” dan “tertutup” ketika RNA polimerase melewati templat DNA?
Upaya untuk menjawab pertanyaan-pertanyaan ini telah melibatkan kombinasi pendekatan
genetik dan biokimia yang telah menunjukkan bahwa DNA yang ditranskripsi memang
dikemas ke dalam nukleosom. Namun, dalam DNA yang ditranskripsi, nukleosom diubah oleh
kompleks multiprotein yang pada akhirnya memfasilitasi aksi RNA polimerase. Perubahan
nukleosom dalam persiapan untuk transkripsi disebut remodeling kromatin.
Dua tipe umum kompleks kromatin-renovasi telah diidentifikasi. Satu jenis terdiri dari enzim
yang mentransfer gugus asetil ke asam amino lisin pada posisi tertentu di histone nukleosom.
Sebagai kelas, enzim ini disebut histone acetyl transferases (HATs). Sejumlah penelitian telah
menunjukkan bahwa asetilasi histone berkorelasi dengan peningkatan ekspresi gen, mungkin
karena penambahan kelompok asetil melonggarkan hubungan antara DNA dan oktam histone
dalam nukleosom. Kinase — enzim yang mentransfer gugus fosfat ke molekul — juga dapat
berperan bersama dengan kompleks remodeling kromatin ini. Diketahui, misalnya, bahwa
asetilasi lisin-14 dalam histone H4 sering didahului oleh fosforilasi serin-10 dalam molekul itu.
Bersama-sama, kedua modifikasi histone H4 ini tampaknya "membuka" kromatin untuk
meningkatkan aktivitas transkripsi.
Jenis lain dari kompleks pemodelan ulang kromatin mengganggu struktur nukleosom di sekitar
promotor gen. Kompleks yang paling banyak dipelajari dari kompleks ini adalah kompleks
SWI / SNF yang ditemukan di ragi roti. Kompleks ini dinamai untuk dua jenis mutasi
(switching-inhibited dan sukrosa nonfermenter) yang mengarah pada penemuan protein
penyusunnya. Kompleks terkait telah ditemukan di sel organisme lain, termasuk manusia.
Kompleks SWI / SNF terdiri dari setidaknya delapan protein. Ini mengatur transkripsi dengan
menggeser octone histone sepanjang DNA terkait dalam nukleosom; itu juga dapat mentransfer
octamers ini ke lokasi lain pada molekul DNA. Pergeseran nukleosom yang dikatalisis oleh
kompleks SWI / SNF tampaknya memberikan akses faktor transkripsi ke DNA. Faktor-faktor
ini kemudian merangsang ekspresi gen.
Kami telah membahas remodeling kromatin dari sudut pandang aktivasi gen. Namun, kromatin
aktif juga dapat direnovasi menjadi kromatin tidak aktif. Remodeling terbalik ini tampaknya
melibatkan dua modifikasi biokimiawi terhadap histone dalam nukleosom: deasetilasi,
dikatalisis oleh histone deacetylases (HDACs), dan metilasi, dikatalisis oleh histone methyl
transferases (HMTs). Seperti dibahas di bagian selanjutnya, beberapa nukleotida dalam DNA
juga dapat dimetilasi oleh sekelompok enzim yang disebut DNA methyl transferases
(DNMTs). Chromatin yang telah mengalami modifikasi ini cenderung diam secara transkripsi.
METILASI DNA
Modifikasi kimia nukleotida juga tampaknya penting untuk regulasi gen pada beberapa
eukariota, terutama mamalia. Dari sekitar 3 miliar pasangan basa dalam genom mamalia yang
khas, sekitar 40 persen adalah pasangan basa G: C, dan sekitar 2 hingga 7 persen di antaranya
dimodifikasi dengan penambahan gugus metil ke sitosin (Gambar 19.12). Sebagian besar
sitosin teretilasi ditemukan dalam pasangan-pasangan basa dengan struktur

di mana mC menunjukkan methylcytosine dan p antara C dan G menunjukkan ikatan

fosfodiester antara nukleotida yang berdekatan di setiap untai DNA. Struktur ini sering
disingkat dengan memberikan komposisi satu untai, dengan demikian, mCpG. Metukleat CpG
dinukleotida dapat dideteksi dengan mencerna DNA dengan enzim restriksi yang peka terhadap
modifikasi kimiawi dari situs pengenalan mereka. Sebagai contoh, enzim HpaII mengenali dan
memotong urutan CCGG; Namun, ketika sitosin kedua dalam urutan ini dimetilasi, HpaII tidak
dapat memotong urutan. Jadi, DNA teretilasi dan tidak termetilasi memberikan pola fragmen
restriksi yang berbeda ketika dicerna dengan enzim ini.
Dinukleotida CpG terjadi lebih jarang dari yang diharapkan pada genom mamalia, mungkin
karena mereka telah bermutasi menjadi dinukleotida TpG selama evolusi. Selain itu, distribusi
dinukleotida CpG tidak merata, dengan banyak segmen pendek DNA yang memiliki kepadatan
dinukleotida CpG yang jauh lebih tinggi daripada daerah genom lainnya. Segmen kaya CpG
ini, biasanya sekitar 1 hingga 2 kb panjang, disebut pulau CpG. Dalam genom manusia, ada
sekitar 30.000 pulau semacam itu, yang sebagian besar terletak di dekat lokasi awal transkripsi.
Analisis molekuler telah menunjukkan bahwa sitosin di pulau-pulau ini jarang, jika pernah,
termetilasi, dan bahwa keadaan tidak terdermetilasi ini kondusif untuk transkripsi. Dengan
demikian, DNA di sekitar pulau CpG adalah hipersensitif terhadap pencernaan dengan DNase
I, dan nukleosomnya biasanya agak berbeda dari nukleosom di tempat lain dalam genom —
biasanya, ada sedikit histone H1, dan beberapa histon inti diasetilasi.
Di mana DNA teretilasi ditemukan, itu terkait dengan represi transkripsional. Ini paling
dramatis terlihat pada mamalia betina di mana kromosom X yang tidak aktif dimetilasi secara
luas. Daerah genom mamalia yang mengandung sekuens berulang, termasuk daerah yang kaya
unsur transposabel, juga dimetilasi, mungkin sebagai cara melindungi organisme terhadap efek
buruk dari ekspresi dan pergerakan transposon. Mekanisme yang menyebabkan DNA teretilasi
menjadi transkripsi secara diam-diam tidak sepenuhnya dipahami; Namun, setidaknya dua
protein yang menekan transkripsi diketahui berikatan dengan DNA teretilasi, dan salah
satunya, dinotasikan MeCP2, telah terbukti menyebabkan perubahan dalam struktur kromatin.
Dengan demikian, ada kemungkinan bahwa dinukleotida CpG teretilasi mengikat protein
spesifik dan bahwa protein ini membentuk kompleks yang mencegah transkripsi gen tetangga.
Keadaan teretilasi ditransmisikan secara klonal melalui pembelahan sel. Ketika sekuens DNA
dimetilasi, kedua untai sekuens tersebut memperoleh gugus metil. Setelah DNA direplikasi,
masing-masing dupleks anak perempuan akan memiliki satu urutan DNA induk yang
dimetilasi dan satu urutan yang tidak termetilasi. Transferase metil DNA, enzim yang
menempelkan gugus metil ke DNA, dapat mengenali asimetri ini dan menambahkan gugus
metil ke sekuens yang tidak termetilasi. Dengan demikian, keadaan dimetilasi sepenuhnya
dibangun kembali dalam dupleks DNA anak. Dengan cara ini, pola metilasi dapat
ditransmisikan kurang lebih dengan setia melalui setiap putaran replikasi DNA — yaitu,
melalui setiap pembelahan sel. Dalam hal ini, metilasi DNA adalah modifikasi kromatin
epigenetik. Asetilasi Histon juga dianggap sebagai modifikasi epigenetik, meskipun belum
jelas bagaimana pola asetilasi ditransmisikan melalui pembelahan sel. On the Edge Edge: The
Epigenetics of Twins membahas potensi signifikansi dari modifikasi ini pada manusia.
MENINGKATKAN
Metilasi DNA pada mamalia juga bertanggung jawab untuk kasus-kasus yang tidak biasa di
mana ekspresi gen dikendalikan oleh asal orang tuanya. Sebagai contoh, pada tikus, gen Igf 2,
yang mengkode faktor pertumbuhan seperti insulin, diekspresikan ketika diwariskan dari ayah
tetapi tidak dari ibu. Sebaliknya, gen yang dikenal sebagai H19 diekspresikan ketika diturunkan
dari ibu tetapi tidak dari ayah. Kapan pun ekspresi suatu gen dikondisikan oleh asalnya orang
tua, para ahli genetika mengatakan bahwa gen tersebut telah dicantumkan — suatu istilah yang
dimaksudkan untuk menyampaikan gagasan bahwa gen tersebut telah ditandai dengan suatu
cara sehingga ia “mengingat” dari mana induk itu berasal.
Analisis molekuler baru-baru ini telah menunjukkan bahwa tanda yang mengkondisikan
ekspresi suatu gen adalah metilasi satu atau lebih dinukleotida CpG di sekitar gen. Dinukleotida
teretilasi ini pada awalnya dibentuk pada garis kuman orang tua (Gambar 19.13). Jadi,
misalnya, gen Igf 2 dimetilasi dalam garis kuman betina tetapi tidak pada garis kuman jantan.
Pada saat pembuahan, gen Igf 2 yang termetilasi secara maternal dikombinasikan dengan gen
Igf 2 yang tidak termetilasi dari pihak ayah. Selama embriogenesis, keadaan teretilasi dan tidak
termetilasi dipertahankan setiap kali gen bereplikasi. Karena gen yang dimetilasi diam, hanya
gen Igf 2 yang dikontribusikan oleh ayah yang diekspresikan pada hewan yang sedang
berkembang. Justru sebaliknya terjadi dengan gen H19, yang dimetilasi dalam garis kuman
pria tetapi tidak pada garis kuman wanita. Lebih dari 20 gen tercetak yang berbeda telah
diidentifikasi pada tikus dan manusia. Untuk masing-masing, jejak metilasi didirikan pada
garis kuman orang tua. Namun, gen yang dimetilasi yang diwarisi dari satu jenis kelamin dapat
tidak dapat dimetilasi ketika melewati keturunan dari lawan jenis. Dengan demikian, jejak
metilasi direset setiap generasi, tergantung pada jenis kelamin hewan. Fakta bahwa beberapa
gen dimetilasi dalam satu jenis kelamin tetapi tidak pada jenis lainnya menyiratkan bahwa
faktor spesifik jenis kelamin mengendalikan mesin metilasi.