GENETIKA POPULASI Genetika populasi :cabang genetika yg mmpepelajari pewarisan sifat pada tingkat populasi 1.

deduksi prinsip-prinsip Mendel pada tingkat populasi, 2. mekanisme pewarisan sifat kuantitatif Analisis genetik sifat-sifat kuantitatif hanya dapat dilakukan pada tingkat populasi karena individu tidak informative Populasi mendelian : a. sekelompok individu suatu spesies yang bereproduksi secara seksual, b. hidup di tempat tertentu pada saat yang sama, dan c. di antara mereka terjadi perkawinan (interbreeding) sehingga masing-masing akan memberikan kontribusi genetik ke dalam lungkang gen (gene pool)

Ruang lingkup genetika poplasi:

Gen pool :sekumpulan informasi genetik yang dibawa oleh semua individu di dalam populasi

Hasil perhitungan frekuensi alel dapat digunakan untuk menentukan sifat lokus tempat alel tersebut berada.

Heterozigositas: terdapat 2 alel yg berbeda untuk suatu sifat genetic frekuensi genotipe : proporsi atau persentase genotipe tertentu di dalam suatu populasi frekuensi alel: proporsi atau persentase alel tertentu pada suatu lokus Lokus dikatakan bersifat polimorfik apabila memiliki variasi alel dalam suatu populasi dan, sebaliknya, dikatakan bersifat monomorfik ("satu bentuk") apabila tidak memiliki variasi.

Suatu lokus dikatakan bersifat polimorfik jika frekuensi alelnya yang terbesar sama atau kurang dari 0,95. Sebaliknya, suatu lokus dikatakan bersifat monomorfik jika frekuensi alelnya yang terbesar melebihi 0,95.

Elektroforesis merupakan teknik pemisahan molekul yang berbeda-beda ukuran dan muatan listriknya. Oleh karena itu, molekul-molekul yang akan dipisahkan tersebut harus bermuatan listrik seperti halnya protein dan DNA.

REKOMBINASI GENETIK
Rekombinasi genetik adalah proses pertukaran elemen genetik yang dapat terjadi antara 1. untaian DNA yang berlainan (interstrand), atau 2. antara bagian-bagian gen yang terletak dalam satu untaian DNA (intrastrand) Biakan rekombinan :Sel yang disisipi atau dimasuki gen dari luar atau dari sel lain Fungsi dari rekombinasi genetik bervariasi tergantung mekanismenya. 1. memelihara perbedaan genetik, 2. sistem perbaikan DNA khusus, 3. regulasi ekspresi gen tertentu, dan 4. penyusunan kembali genetik yang diprogram selama perkembangan

3 Tipe rekombinasi genetic

1) rekombinasi homolog/ umum, Rekombinasi genetik homolog melibatkan pertukaran genetik antara dua molekul DNA (atau segmen molekul yang sama) yang mendiami wilayah yang luas dengan susunan homolog. Susunan basa yang sebenarnya pada DNA tidak sesuai sepanjang susunan dua DNA yang sama Kontribusi penting untuk memahami rekombinasi homolog adalah model yang diajukan Robin Holliday pada tahun 1964. 4 ciri penting model Halliday 1. DNA homolog dibentangkan dengan mekanisme umum 2. salah satu strand dari masing-masing DNA dirusak dan digabung dengan yang lain untuk membentuk struktur penyeberang (crossover) yang disebut Holliday intermediate 3. daerah dimana strand molekul DNA yang berbeda diperbaiki disebut hetero duplex DNA, diperluas oleh cabang migrasi 4. dua strand Holliday intermediate dibelah dan yang rusak diperbaiki untuk membentuk produk rekombinan.

(2) rekombinasi khusus (site-specific rekombination), rekombinasi khusus hanya terjadi pada tempat khusus di dalam segmen molekul DNA Pertukaran materi genetik dilakukan oleh protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan penggabungan molekul DNA sekara tepat pada tempat terjadinya rekombinasi. Proses rekombinasi semakam ini tidak tergantung pada protein recA. Ciri rekominasi khusus 1. proses rekombinasi terjadi di tempat khusus pada kedua fragmen DNA,

2. rekombinasi berlangsung timbal balik (reciprocal), artinya kedua hasil pertukaran genetik tersebut dapat diperoleh kembali, 3. rekombinasi terjadi sekara konservatif, artinya proses pertukaran genetik tersebut dilakukan melalui pemotongan dan penyambungan kembali bagian DNA yang berekombinasi tanpa ada sintesis nukleotida baru, 4. bagian yang mengalami rekombinasi tersebut mempunyai homologi dalam hal urutan nukleotida. Proses rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya pemotongan bagian DNA yang akan berekombinasi pada daerah yang mempunyai homologi sehingga dihasilkan ujung lekat (sticky end). Kedua ujung lekat pada kedua fragmen DNA yang berekombinasi tersebut kemudian mengalami pertukaran untai DNA sehingga akan terbentuk konfigurasi rekombinan. Skema jalur RecBCD dalam proses rekombinasi

(3) rekombinasi transposisi/ replikatif. Rekombinasi meiotik adalah proses rekombinasi yang terjadi pada jasad eukaryotik pada saat terjadi proses meiosis. Dalam beberapa hal mekanisme rekombinasi meiotik menunjukkan kemiripan dengan proses

rekombinasi homolog pada bakteri meskipun beberapa tahapan awalnya berbeda. Proses rekombinasi meiotik pada eukariot dimulai dengan adanya pemotongan dua untai DNA (double-strand break) yang ada pada salah satu kromosom.

Rekombinasi membutuhkan enzim spesifik Enzim telah diisolasi pada prokariot dan eukariot yang menunjukan satu atau lebih tahapan rekombinasi homolog. Proses identifikasi dan memahami enzim-enzim tersebut ditunjukan oleh E. coli. Enzim rekombinasi penting dikode oleh gen recA, B, C, dan D dan oleh gen ruvC. Gen rec B, C, dan D mengkode enzim RecBCD yang dapat menginisiasi rekombinan dengan melepaskan DNA dan kadang-kadang menyayat satu strand. Protein RecA mempromosikan semua tahapan sentral pada proses pemasangan dua DNA, formasi Holliday intermediate, dan cabang imigrasi seperti yang dijelaskan berikut. Kelas baru nukleus yang menyayat secara spesifik Holliday intermediate juga diisolasi dari bakteri dan yeast. Nukleus tersebut sering disebut resolvases; resolvase E. coli merupakan protein RuvC. Enzim RecBCD berikatan dengan DNA linear pada salah satu ujung dan menggunakan energi ATP untuk berpindah sepanjang helix, melepaskan DNA didepan dan melepaskannya kembali dibelakang. Pelepasan kembali lebih lambat dari pelepasan sehingga gelembung strand tunggal segera terbentuk dan membesar. Strand tunggal dalam gelembung segera dipotong saat enzim bertemu susunan tertentu yang disebut chi ((5)GCTGGTGG(3). Ada sekitar 1000 dari sususna tersebut pada genom E. coli, dan berpengaruh meningkatkan frekuensi rekombinasi pada daerah dimana rekombinasi itu terjadi. Susunan yang meningkatkan frekuensi rekombinasi diidentifikasi pada beberapa organisme. Protein RecA tidak bisa telibat dalam metabolisme DNA karena bentuk aktif enzim ini merupakan perintah, filament helix yang memasang secara kooperatif pada DNA dan mampu melibatkan monomer RecA. Formasi filament ini secara normal terjadi pada DNA strand tunggal seperti yang diproduksi oleh enzim RecBCD. Filamen juga akan terbentuk pada DNA duplex dengan gap strand tunggal, dimana monomer RecA berikataan pertama kali dengan DNA strand tunggal dalam gap dan kemudian kumpulan filament menyelimuti dupleks tetangganya. Paradigma in vitro yang berguna untuk aktivitas rekombinasi filament RecA adalah reaksi yang disebut pertukaran DNA strand. DNA dalam filament dibentangkan dengan DNA duplex kedua, dan strand ditukar antar dua DNA untuk membentuk heteroduplex DNA. Pertukaran yang terjadi antara tingkatan 3 sampai 6 pasangan basa dan berkembang menjadi arah yang unik, 5_3 yang berkaitan dengan DNA strand tunggal

didalam filament, reaksi ini dapat melibatkan tiga sampai empat strand, dan pada kasus berikutnya struktur Holliday merupakan intermediate dalam proses. Susunan yang lengkap dari setiap peristiwa, memperkenalkan dua cirri tambahan dari protein RecA-memediasi tiga reaksi pertukaran strand. Pertama, jajaran dua DNA bisa melibatkan dua formasi dari struktur DNA yang tidak biasa, dimana tiga strand dilepaskan. Detail struktur masih belum diketahui. Kedua, harena DNA merupakan struktur helix, pertukaran strand membutuhkan perintah rotasi untuk dua DNA yang berjajaran. Hal ini menimbulkan aksi gelondong (spooling) yang memindahkan titik cabang sepanjang helix. ATP dihidrolisis dengan protein RecA seperti reaksi ini berlangsung. Ketika intermediate Holliday terbentuk, enzim yang terlibat dalam melengkapi rekombinasi termasuk topoisomerase, resolvase, dan nuclease yang lain, DNA polymerase I atau III, dan DNA ligase. Protein RuvC (Mr20.000) pada E. coli menyayat intermediate Holliday. Banyak detail dari reaksi ini yang dilaksanakan oleh enzim rekombinasi dan koordinasi dari enzim ini belum banyak diketahui.

Gen Imunoglobulin dirakit dengan rekombinasi. Contoh yang penting dari peristiwa rekombinasi terprogram yang terjadi selama perkembangan adalah generasi gen Imunoglobulin dari segmen gen yang dipisahkan pada genom. Imunoglobulin (atau antibody), diproduksi oleh B lymphocytes, merupakan prajurit dari sistem imun vertebratamolekul yang berikatan dengan agen menular dan semua substansi asing bagi organisme. Mamalia seperti manusia mampu memproduksi jutaan antibody dengan perbedaan ikatan khusus. Namun, genom manusia mengandung hanya 100.000 gen. Rekombinasi membiarkan organisme untuk memproduksi perbedaan yang luar biasa dari sejumlah kecil kapasitas DNA-coking. Vertebrata umumnya memproduksi kelas ganda immunoglobulin. Untuk mengilustrasikan bagaimana keanekaragaman antibody digenerisasi, akan di fokuskan pada kelas immunoglobulin (IgG) pada manusia. Imunoglobulin terdiri atas dua cincin polipeptida berat dan dua cincin polipeptida ringan masingmasing cincin memiliki daerah tidak tetap dengan susunan yang sangat berbeda dari satu immunoglobulin dengan immunoglobulin yang lainnya. Ada dua family berbeda dari cincin polipeptida ringan, yaitu kappa dan lambda, yang bebeda pada susunan daerah konstannya. Masingmasing dari tiga tipe cincin polipeptida tersebut (cincin berat, cincin ringan kappa, dan lambda), perbedaan dari daerah variablenya digenerasi dengan mekanisme yang sama. Gen untuk polipeptida ini dibagi menjadi segmen dan tandan yang mengandung versi ganda dari masing-masing segmen yang ada pada genom. Satu versi dari masing-masing segmen digabungkan untuk membentuk gen lengkap. http://chaidarwarianto.guru-indonesia.net/artikel_detail-23.html

BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

A. Rekombinasi Spesifik Tapak

Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu (Gardner,1991).Rekombinasi spesifik tapak pada E coli tidak membutuhkan fungsi protein rec A, rec B dan rec C (Ayala,1984). Rekombinasi spesifik tapak integrasi DNA fag ke genom E Coli.Tapak attI dan attB pada genom E coli merupakan hasil evolusi yang sangat spesifik terhadap enzim-enzim rekombinasi khusus yang dikode oleh gen ini dan xis genom fag. Integrasi fag hampir selalu terjadi pada tapak auB yang terletak anatar lokus gal dan bio. Jika tapak auB tersebut mengalami delesi, maka dampaknya adalah bahwa integrasi profag akan terjadi pada banyak tapak lain tetapi dalam frekuensi rendah.

Spesifik tapak rekombinasi antara 1DNA dan DNA E coli Sumber: http://www.webbooks.com/MoBio/Free/Ch8D7.htm

Lokus gal dan bio Sumber : http://pathmicro.med.sc.edu/mayer/ph age-6.jpg

a. Rekombinasi Spesfik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti

Peristiwa pindah silang umumnya tetapmempertahankan sususnan urut-urutan DNA pada kromosom-kromosom homolog namun demikian pada kasus-kasus tertentu merupakan perkecualian,selsel juga memanfaatkan semacam proses rekominasi yang tertata secara teliti untuk menata kembali uruturutan DNA (Watson,1987).Segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi tapak spesifik,dan lihat yang seing timbul adalah bahwa sering beragam gen atau perangkat gen diekspresikan. Contoh fenomenanya adalah yang berkenaan dengan pembentukan demikian banyak gen antibody hasil penataan kembai DNA spesifik tapak yang terjadi atas suatu perangkat urut-urutan precursor.

b. Rekominasi Spesifik Tapak Mengatr Ekspresi Gen Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada molekul DNA yang sama akan berakibat terlepasnya segmen anatara atau terjadinya inverse segmen anara tersebut(Watson,1987). Sel memamng kadang memnfaatkan inverse hasil rekombinasi tersebut dalam rangka memilih anatar dua susunan DNA yang memungkinkan dua protein atau perangkat protein untuk diekspresikan. Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak pada bagian luar akhluk hidup. Contohnya antara lain protein ekor dari Mu (mtator)fag, yang diatur oleh segmen gin yang tidak dapat dibalik,serta antigen flagel dari bakteri Salmonella. Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel yaitu H1 dan H2, yang terjadi bergantian (Watson,1987). suatu sel mengekspresikan salah satu protein flagel itu,tidak pernah kedua proten flagel itu diekspresikan sekaligus

Alternatif kejadian rekombinasi yang melibatkan 2 tapak pada satu moleku DNA Sumber: http://www.pnas.org/content/100/25/15000/F4.large.jpg

Promotor untuk untuk gen H2 terletak pada suatu segmenDNA yang dapat mengalami pembalikan di dekatnya seukuran 970psang nukleotida, dan diikat oleh urutan berulang seukuran 14 pasang nukleotida dalam arah berlawanan.Apabila segmen DNA yang engandung promoter itumengarah dalam arah yang sama, maka letak promoter adalah di samping gen H2. Dalm kondisi semacam ini gen H2 ditranskripsikan dan demikian pula suatu gen lain di dekatnya yang mengkode suatu protein repressor dari gen pengkode proten flagel H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi sedangkan kerja gen H2 justru ditranskripsikan. Jika segmen tadi mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak ditranskripsikan lagi dan gen untuk pengkode protein untuk repressor

B. Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak Rekombinasi berawal dari upaya penutupan suatu celah pada mlekul DNA. Dalam halini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu unting pasangan homolog. Perbaikan tetpa terjadi tidak bergantung pada apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping ari kedua helix.sekalipun suatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase DNAsuatu persoalan yang lebih serius diperlihatkan oleh celah.

Rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak Sumber: http://wiki.cstl.semo.edu/agathman/DNA%20Repair.ashx

C. Rekombinasi Tidak SelaluBersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang: Konversi Gen Kajian-kajian awal tentang pindah silang yang terjadi antara gen-gen yang berbeda menunjukkan bahwa tampaknya peristiwa itu bersifat resiprok. Namun demikian kemudian diketahui bahwa jika rekombinasi terjadi antara tapak-tapak berdekatan pada gen yang sama, maka dapat ditemukan perkecualian. Perkembangan lebih lanjut kemudian menunjukkan bahwa rekombinasi yang tidak resiprok seriirg ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut sebagai konversi gen atau gen conversion (Gardner, dkk., 1991). Dikatakan pula bahwa tampaknya konversi gen tersebut merupakan akibat pemotongan DNA dan sintesis

perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan dan penyambungan. Fenomena konversi gen ini paling baik dikaji misalnya pada khamir atau pada Neurospora (Watson, dkk., 1997; Gardner, dkk., l99l). Bagan rekombinasi yang tidak resiprok ditunjukkan pada Gambar 10.4.

Gambar 10.4 Bagan Rekombinasi yang tidak resiprok (Watson, dkk., 1987)

D.

Rekombinasi Illegitimate Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekui DNA yang non

homolog (Gardner, dkk, l99l). Seperti halnya rekombinasi spesifik tapak, mekanisme rekombinasi illegitimate juga tidak sama dengan mekanisme rekonbinasi umum (lazim). Lebih lanjut pada E. coli. Macam rekombinasi itu juga tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC (Ayala, dkk., 1984). Contoh rekombinasi illegitimate antara lain yang berkenaan dengan insersi elemen transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen (Strickberger, 1985). Pada peristiwa tersebut memang urut-urutan DNA lokus tersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA elemen Is. Sebagaimana diketahui akibat rekombinasi illegitimate yang melibatkan insersi elemen tersebut, fungsi gen akan terganggu atau hilang. Sebagai contoh misalnya insersi yang dilakukan oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli, yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme galaktose. E. Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA Telaah-telaah rekombinasi yang telah dilakukan selama ini menunjukkan bahwa kejadian rekombinasi independen atau tidak terkait dengan peristiwa replikasi DNA. Dalam hal ini bilamana dua genotip fag, rnisalnya a+ dan b+, dalam jumlah besar secara serempak menginfeksi suatu sel inang yang tumbuh pada medium ringan, pengamatan terhadap genotif partikel fag-fag yang tidak bereplikasi

rnenunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip ++; dan memang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-genotip induk dapat berlangsung secara independen terhadap replikasi DNA. 1. Pada rekombinasi tidak resiprok terjadi pada apa? Jawaban: Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut sebagai konversi gen atau gen conversion (Gardner, dkk., 1991).

2. Bagaimana rekombinasi spesifik tapak menjamin penataan kembali DNa yang diteliti? Fungsi ini termasuk fungsi regulasi ekspressi gen tertentu , promosi penyusunan kembali gen yang diprogram berikatan pada lingkaran replikasi beberapa viral dan DNA plasmid, seperti yang akan diilustrasikan kemudian. Sistem rekombinasi daerah spesifik terdiri atas enzim yang disebut rekombinase dan sebuah pendekan (20-200 pasangan basa, tergantung sistem) susunan DNA unik dimana rekombinase berperan (daerah rekombinasi). Beberapa sistem juga termasuk protein tambahan yang mergulasi pemilihan waktu atau h

TRANSFORMASI BAKTERI
Transformasi adalah suatu proses transfer informasi genetik dengan bantuan potongan DNA ekstraseluler (Russel, 1992). Dalam hal ini, fragmen DNA yang berasal dari bakteri donor diambil oleh bakteri lain dalam kedudukan sebagai akteri resipien. Jika bakteri donor da bakteri resipien berbeda secara genetic, maka akan dihasilkan rekombinan yang terbentuk melalui peristiwa pindah silang yang melibatkan fragmen DNA dari donor dan DNA atau kromosom resipien. Sel-sel yang telah mengalami transformasi disebut sebagai transforman. Transformasi Alami dan Transformasi Buatan Atas dasar sifat kejadiannya dikenal adanya transformasi alami dan transformasi buatan atau transformasi yang direkayasa (Russel, 1992). Pada transformasi alami, bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara alami sehingga mengalami transformasi secara genetik. Di lain pihak pada transformasi yang direkayasa, secara genetik bakteri telah diubah terlebih dahulu agar memungkinkannya mengalami transformasi; dalam hal ini memungkinkannya mampu mengambil fragmen DNA sehingga akhirnya secara genetik mengalami transformasi. Bakteri yang biasanya mengalami transformasi secara alami adalah Bacilus subtilis; sedangkan contoh bakteri yang mengalami transformasi setelah terlebih dahulu direkayasa antara lain E.coli. Pengambilan molekul DNA oleh bakteri resipien adalah suatu proses aktif yang membutuhkan energy (Gardner,dkk, 1991). Pada kenyataannya memang tidak seluruh spesies bakteri mengalami transformasi secara alami (Gardner,dkk, 1991). Spesies yang dapat mengalami transformasi adalah yang

memiliki mekanisme enzimatik yang terlibat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA maupun pada proses rekombinasi.

Proses Transformasi Proses transformasi berlangsung dalam beberapa tahap yang akan dikemukakan lebih lanjut. Tahap 1: molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat dipermukaan sel. Perikatan ini bersifat reversible. Tahap 2: pengambilan DNA donor yang bersifat irreversible. Pada saat ini DNA donor menjadi resisten terhadap enzim DNAase di dalam medium. Tahap 3: konnversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul unting tunggal melalui degradasi nukleotida terhadap salah satu unting. Tahap 4: integrasi (insersi kovalen) seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut kedalam kromosom resipien. Tahap 5: segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.

Pemetaan Kromosom Bakteri Melalui Kejadian Transformasi Seperti halnya pada makhluk hidup eukariotik, rekombinasi transformasi pada bakteri dapat dimanfaatkan untuk pemetaan kromosom bakteri. Secara operasional transformasi dapat digunakan untuk mengungkap pautan gen, urutan gen, serta jarak peta. Penanda-penanda genetik pada kromosom donor yang digunakan berdekatan satu sama lain. Dalam hal ini jika letak penanda-penanda tersebut pada kromosom donor berjauhan, maka penanda-penanda itu tidak akan pernah terbawa molekul DNA pentransformasi yang sama; penanda-penanda itu selalu terletak pada fragmen DNA yang berlainan. Urutan gen pada kromosom bakteri, sebagaimana yang telah dikemukakan, dapat juga ditetapkan atas dasar data transformasi. Sebagai contoh, jika gen p dan q sering mengalami kotransformasi, demikian pula gen p dan o juga sering mengalami kotransformasi, tetapi gen o dan p jarang mengalami kotransformasi, maka tentu saja urutan gen pada kromosom bakteri itu adalah p q - o. Berkenaan dengan pemetaan gen pada kromosom bakteri, pada saat ini orang dapat memperoleh atau mendapatkan peta suatu fisik gen-gen, dalam arti suatu peta lokasi fisik relatif gen-gen sepanjang molekul DNA. Seperti diketahui para ahli genetika memang dapat mengontrol ukuran fragmen-fragmen DNA yang digunakan pada sesuatu percobaan transformasi. Oleh karena itu peluang kotransformasi dari dua gen dapat dihubungkan dengan ukuran molekuler DNA pentransformasi. Secara operasional dengan menghubungkan frekuensi kotransformasi dengan ukuran rata-rata DNA pentransformasi, memang akhirnya seseorang dapat mengungkap suatu peta fisik gen.

TRANSDUKSI PADA BKATERI

Fag Virulen dan Virulen sedang Fag yang terlibat pada proses transtuksi ini tergolong yang bersifat virulen maupun yang virulen sedang. Fag virulen selalu memperbanyak diri dan memecahkan (merobekkan) sel inang setelah infeksi. Di lain pihak fag yang bersifat virulen sedang mempunyai dua alternatif pilihan setelah infeksi, yaitu menjalani siklus litik atau menjalani jalur lisogenik. Selama menjalani siklus litik, fag melakukan reproduksi dan memecahkan sel inang; sedangkan selama menjalani siklus lisogenik kromosom fag diintegrasikan ke dalam kromosom inang dan bereplikasi seperti halnya segman-segmen kromosom inang yang lain. Kromosom fag yang teritregasi dengan kromosom sel inang disebut juga sebagai profag (Russel, 1992). Gambar 12.1 dan 12.2 memperlihatkan siklus hidup fag ysng virulen maupun yang bersifat virulen sedang.

Berkenaan dengan siklus lisogenik, sebagai mana yang ditujukan pada gambar 12.2. kadang-kadang mekanisme yang mempertahankan kromosom fag tetap terintegrasi dengan kromosom inang terganggu atau hilang, yang berakibat kromosom fag berpisah lagi dari kromosom inang, dapat juga di induksi oleh faktor lingkungan semacam radiasi sinar ultraviolet. Perlu diperhatikan bahwa terintregasinya kromosam fag ke dalam kromosom inang terjadi melalui mekanisme rekombinasi tapal: (Gardner, dkk, 1991).

Macam Transduksi Dewasa ini dikenal dua tipe transduksi yaitu transduksi umum (generalized transduction) dan transduksi khusus (specialized transduction) atau transduksi terbatas (restricted transduction). Fenomena transduksi tersebut ditemukan tatkala para peneliti tersebut tengah mengkaji apakah suatu mekanisme konjugasi terjadi pada bakteri salmonella typhlmurium.

Transduksi Umum

Pada transduksi umum, potongan DNA bakteri yang ditangkap oleh fag yang kemudian dipindah ke resipen, merupakan potongan acak kromosom bakteri (Russel, 1992). Potongan acak DNA bakteri itu juga diintegrasikan pada tapak-tapak peletakan yang khusus (Gardner, dkk, 1991). Dalam hal ini gen apapun dapat ditransduksikan. Transduksi umum diperantarai oleh beberapa fag virulen dan yang bersifat virulen sedang tertentu, yang kromosomnya tidak terintegrasi ditapak peletakan khusus pada kromosom inang. Tidak semua fag virulen memperantarai transduksi (Gardner, dkk, 1991). Sebagai contoh mislnya yang berkaitan dengan fag I yang bernomor genap (T2, T4, dan T6). Fag-fag melakukan degradasi atas DNA inang serta memanfaatkan kembali nukleotida-nukleotidanya untuk kepentingan sintesis DNA fag. Di lain pihak fag-fag lain sama sekali tidak melakukan degradasi terhadap DNA inang, dank arena ukuran kromosom inang terlalu besar sehingga menyulitkan pembungkusannya secara utuh, maka fag-fag itu tidak dapat membentuk partikel-partikel pentrasduksi. Demikian pula fag-fag yang lain lagi, proses pematangan dapat bersifat sangat spesifik untuk DNA fag yang menghalangi pembungkusan fragmen-fragmen DNA inang. Dalam hal ini hanya sejumlah fag virulen yang diketahui memperantai transduksi. Berkenaan dengan transduksi umum tersebut, setelah suatu fag pentransduksi menyuntikkan sebuah fragmen DNA inang ke dalam sel resipen, fragmen tersebut dapat terintegrasi ke dalam kromosom inang atau tidak terintegrasikan dan tetap berada bebas dalam sitoplasma (Gardner, dkk, 1991). Integrasi ke dalam kromosom inang berlangsung mirip dengan integrasi DNA yang melakukan transformasi, terkecuali bahwa segmen DNA yang diintegrasikan merupakan unting ganda. Jika fragmen DNA yang disuntikkan tidak terintegrasikan ke dalam kromosom inang, maka fragmen tersebut tidak melakukan replikasi dan akan diwariskan hanya ke satu sel turunan selama tiap pembelahan sel. Dalam hal ini gen-gen yang terletak pada fragmen kromosom yang ditransduksikan dapat diekspresikan, sekalipun fragmemfragmen tersebut tidak terintegrasi; dan sel-sel yang membawahi fragmen pentransduksi yang tidak terintegrasi disebut sebagai transduction abortif. Pada kondisi seperti tersebut sel-sel itu dinyatakan secara parsial bersifat diploid dan dapat digunakan untuk melaksanakan uji komplementasi. Frekuensi produksi partikel-partikel pentransduksi rendah yaitu hanya satu diantara 101-107

partikel turunan yang ada di dalam suatu lisat mengandung DNA bakteri (Gardner, dkk. 1991). Oleh karena itu peluang suatu sel mengalami dua kali transduksi untuk penanda-penanda genetik yang terbawa pada dua partikel transduksi yang berbeda dapat di abaikan. Dalam hubungan ini kotransduksi dua atau lebih penanda genetik memperlihatkan bahwa letak penanda-penanda itu relatif berdekatan (Gardner, dkk, 199; Russel, 1992); dan frekuensi kotransduksi dua penanda maupun merupakan petunjuk tentang tingkat pautan antara keduanya. Sebagai contoh misalnya, jika penanda a+ dan b+ mengalami kotransduksi, serta penanda b+ dan c+ juga mengalami kotransduksi, tetapi penanda a+ dan c+ tidak mengalami kotransduksi, maka urutan atau susunan ketiga penanda tadi adalah a+-b+-c+ .

Mari kita perhatikan penjelasan tentang pemanfaatan data kotransduksi untuk mengungkap jarak gen taksiran. Sebagai contoh, anggaplah kita sedang berupaya memetakan beberapa gen E. coli dengan cara memanfaatkan kotransduksi yang diperantarai oleh fag P1 yang bersifat virulen sedang (Russel, 1992). Strain E. coli donor adalah leu+ thr+ azi. Strain E.coli tersebut dapat hidup pada medium minimal serta resisten terhadap racun metabolic sodium azida. Sel resipien adalah leu thr azi. Strain E.coli resipien ini membutuhkan suplemen leusin dan threonine dalam medium kulturnya serta sensitive terhadap codium azida. Ag P1 ditumbuhkan pada sel-sel donor bakteri serta lisat fag digunakan untuk perlakuan transduksi terhadap sel bakteri resipien. Lebih lanjut transduktan diseleksi untuk setiap penanda donor dan kemudian dianalisis untuk keberadaan penanda yang tidak diseleksi lainnya. Data yang terungkap, ditunjukkan pada Table 12.1 Data transduksi untuk mengungkapkan urutan gen (Russel, 1992) Penanda yang diseleksi Leu+ Thr+ TransduksI Khusus Transduksi khusus diperantarai oleh fag yang bersifat virulen sedang. Fag-fag tersebut hanya mentransduksi fragmen tertentu dari kromosom bakteri. Salah satu contoh fag yang melakukan transduksi khusus adalah fag yang menginfeksi E.coli (Gardner, dkk, 1991, Russel, 1992). Kromosom fag-fag dapat berintegrasi pada satu atau sejumlah kecil tapak perekatan khusus dari kromosom bakteri (tidak tergantung dari replikasi kromosom inang) serta dapat pula melakukan replika dalam keadaan terintegrasi dengan kromosom inang (replica tersebut terjadi selayaknya kromosom fag merupakan suatu bagian dari kromosom inang). Oleh karena itu terlihat bahwa kromosom fag semacam itu berperilaku seperti layaknya episom (Gardner, dkk., 1991). Sebagaimana yang terlihat pada gambar 12.2, integrasi kromosom fag semacam yang melakukan transduksi khusus diperantarai atau terjadi melalui suatu rel kombinasi antara bentukan kromosom fag inraseluler yang sirkler di satu pihak dengan kromosom bakteri yang juga tergolong sirkuler. Peristiwa rekombinasi itu terjadi pada tapak pelekatan spesifik di kedua kromosom terkait (Gardner, dkk., 1991). Peristiwa rekombinasi spesifik tapak itu menyebabkan terjadinya insersi linier kovalen kromosom fag ke dalam kromosom bakteri (Gambar 12.5) Telah disebutkan sebelumnya bahwa dalam keadaan terintegrasi dengan kromosom inang, kromosom fag disebut juga sebagai profag. Di saat berada sebagai profag tersebut, gen-gen litik pada kromosom virus mengalami represi (Gardner, dkk, 1991). Seperti diketahui, gen-gen litik, itu terlibat pada reproduksi virus maupun proses lisis sel inang. Mekanisme represi tersebut berlangsung dalam suatu system sirkuit represor-represor-promotor, mirip dengan yang dijumpai pada operator bakteri. Penanda-penandan yang tidak diseleksi 10% - azi 2% - thr+ 3% - leu+ 0% - azi

Mengenal Teknik Sidik Jari DNA Dalam kurun dua dasawarsa ini penggunaan teknik sidik Jari DNA di Indonesia sudah semakin intensif. Teknik ini merupakan suatu terobosan yang signifikan dalam dunia fornesik kedokteran, pengujian keabsahan hubungan darah, pengidentifikasian konban bencana dan berbagai kasus lainnya. Apa itu Teknik Sidik DNA? Teknik ini sebenarnya bukan merupakan suatu teknik yang baru. Teknik ini dikembangkan oleh seorang ilmuwan Inggris pada tahun 1984, yaitu Alec Deffreys. Teknik ini idenya dikembangkan dari teknik sidik jari tradisional dalam arti fisik yang sudah ada dan banyak digunakan dalam dunia forensik. Tidak seperti teknik sidik jari tradisional yang lebih banyak menggunakan informasi fisik, teknik sidik jari DNA ini menggunakan informasi genetik yang lebih akurat. Pengujian berbasis DNA dapat menjadi bukti positif bagi identitas seseorang. Pada pengujian genotip, seperti misalnya untuk golongan darah dan antigen lekosit, diperlukan jumlah individu dalam jumlah banyak. Sebaliknya pada pengujian sidik jari DNA hanya dibutuhkan contoh jaringan tubuh yang mengandung DNA dalam jumlah sedikit saja. DNA dapat diekstraksi dari berbagai sumber, misalnya dalam bentuk darah untuk kasus pengujian keabsahan garis keturunan, contoh sperma dari korban pemerkosaan, ataupun sampel darah atau sperma kering yang menempel pada korban kejahatan. Sampel dapat juga diambil jari jaringan kulit pelaku kejahatan yang melekat di kuku korban kejahatan. Sumber lain berupa helai rambut yang memiliki akar rambut pelaku kejahatan pun dapat diekstrasi DNA nya dan dapat digunakan sebagai bahan analisa sidik jari DNA. Teknik ini diawali dengan mengekstrasi DNA dari sampel. Selanjutnya untaian DNA hasil ekstrasi dipotong potong dengan menggunakan ensim restriksi. Potongan DNA ini diproses pada gel agarose dengan menggunakan teknik elektroforesis untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan berat molekulnya dengan menggunakan arus listrik. Gel hasil elektroforesis selanjutnya ditransfer ke membran nilon dengan menggunakan teknik bloting. Selanjutnya radioaktif probe ditambahkan untuk menggandeng potongan DNA yang sesuai dan memindahkannya ke membran nilon. Dengan melakukan pemotretan membran, sidik jari DNA yang terbentuk dapat divisualisasikan dan dianalisa kecocokannya. Kasus Pembunuhan di Rodman Dam tahun 1988 Pada bukan july 1987, dua orang remaja, yaitu Randall Scott Jones dan Cris Reesh pergi ke Rodman Dam, yang merupakan tempat rekreasi di Florida USA. Kedua remaja ini melakukan latihan menembak target dengan menggunakan senapan berburu caliber 30/30. Pada saat mereka melintasi medan di wilayah tersebut, truk pick up mereka terperosok dalam pasir. Seorang pemancing yang kebetulan melintas menyarankan agar kedua remaja ini untuk meminta tolong kepada pasangan yang ada dalam mobil pick up lain yang sedang parkir di dekat wilayah tersebut. Jones dan Reesh mendekati mobil tersebut dimana Kelly Lynn Perry dan pacarnya Mathhew Brock sedang tertidur. Selanjutnya terjadi perdebatan antara Jones dan Reesh apakah mereka harus membangunkan pasangan ini dan meminta tolong untuk membantu menarik mobil mereka yang

terporosok. Keesokan harinya ditemukan mayat Perry dan Brock di hutan dekat tempat rekreasi tersebut. Polisi melakukan investigasi dan menemukan bahwa kedua korban meninggal akibat tembakan jarak dekat di belakang kepala dengan menggunakan peluru kabilber 30 dan menemukan pula bahwa Perry juga telah diperkosa dan mobil mereka dibawa kabur. Pada bulan Agustus, Jones berhasil ditanggap di Mississipi ketika sedang mengendari mobil pick up milik Brock. Selanjutnya Reesh berhasil pula ditangkap pada hari berikutnya di Palatka, Florida, setelah Jones membuat pengakuan pada polisi bahwa mereka ada di tempat kejadian perkara di bulan July. Kedua remaja ini dikenakan tuduhan pembunuhan dan kejahatan seksual. Para ahli forensik mengambil contoh sperma dari mayat Perry dan juga sampel darah dari kedua remaja tersangka ini dan selanjutnya dibandingkan dengan menggunakan teknik sidik jari DNA. Hasil analisa menunjukkan bahwa sidik jari DNA Jones cocok dengan sidik jari DNA contoh sperma yang diambil dari mayat Perry. Dengan menggunakan hasil perbandingan sidik jari DNA ini polisi berhasil melakukan rekronstruksi pembuhuhan tersebut. Ternyata tanpa membangunkan Perry dan Brock, Jones langsung menembak kepala keduanya dalam jarak dekat. Selanjutnya mereka menyeret mayat keduanya ke hutan yang lokasinya berdekatan dengan tempat rekreasi. Mereka selanjutnya menggunakan mobil korban untuk menarik mobil pick up mereka yang terperosok. Belakangan ternyata Jones kembali ke tempat kejadian perkara dan memindahkan mayat korban lebih jauh ke dalam hutan dan memperkosa Perry. Keunikan Sidik Jari DNA Hasil analisa sidik jari DNA Jones memiliki keunikan. Peluang orang lain di dunia ini yang memiliki kesamaan sidik jari DNA dengan Jones adalah 1 dibandingkan dengan 9.390.000.000, yaitu sebanyak hampir 2 kali penduduk bumi ini. Jadi secara teoritis, sidik jari DNA seseorang itu sangat unik. Setelah mengungkapkan hasil analisa laboratorium para Jury hanya membutuhkan waktu selama 15 menit untuk sepakat bahwa Jones dan Reesh bersalah atas tuduhan kejahan pembunuhan dan pemerkosaan. Hakim menjatuhkan hukuman mati bagi Jones yang telah terbukti melakukan pembunuhan dan pemerkosaan. Kasus ini merupakan tonggak sejarah baru bagi pengadilan di USA karena untuk pertama kalinya dalam pengadilan digunakan sidik jari DNA sebagai bukti. Bagaimana dengan nasib Reesh ? Dia dihukum 6 tahun penjara dan 20 tahun hukuman kerja sosial akrena terlibat dalam membantu pembunuhan.