BAB I

PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam bentuk heliks ganda yang
mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis dari seluruh bentuk kehidupan sel.
DNA berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode barisan residu asam amino dalam protein dengan
menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet.
DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk penurunan sifat
genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini misalnya dari warna rambut hingga
kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan sel, DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan
selama reproduksi.
DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh
ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka.
Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari empat
tipe: Adenine (A), Cytosine (C), Guanine (G) dan Thymine (T). DNA mengandung informasi genetika yang
diwariskan oleh keturunan dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan pasangan basa. Sebuah
untai DNA mengandung gen, sebagai cetak biru organisme. DNA membuat genom organisme.
DNA sebagai materi genetik pada sebagian besar oganisme harus dapat menjalankan 3 macam fungsi
pokok sebagai berikut:
1. DNA harus mampu menyimpan informasi genetik dan dengan tepat dapat meneruskan informasi tersebut
dari tetua kepada keturunannya. Dari generasi ke generasi. Fungsi ini merupakan fungsi genotipik, yang
dilaksanakan melalui replikasi.

2. DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi genetik harus mengarahkan
pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari zigot hingga individu dewasa. Fungsi ini merupakan
fungsi fenotipik, yang dilaksanakan melalui ekspresi gen.
3. DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga organisme yang bersangkutan akan
mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan yang berubah. Tanpa perubahan semacam ini, evolusi
tidak akan pernah berlangsung. Fungsi ini merupakan fungsi evolusioner, yang dilaksanakan melalui
peristiwa mutasi.

Replikasi DNA adalah proses menghasilkan dua untai DNA yang identik dari satu, dan melibatkan
serangkaian proses. Semua proses ini terjadi selama fase S dari Inter-fase siklus sel atau pembelahan sel. Ini
adalah proses yang memakan energi dan terutama tiga enzim utama yang dikenal sebagai helikase DNA,

1
DNA polimerase, dan ligase DNA terlibat dalam mengatur proses ini. Pertama, helikase DNA membongkar
struktur double helix dari untai DNA dengan memecah ikatan hidrogen antara basa nitrogen dari untaian
berlawanan. Pembongkaran ini dimulai dari ujung untai DNA, bukan dari tengah. Oleh karena itu, helikase
DNA dapat dianggap sebagai restriksi eksonuklease. Setelah mengekspos basa nitrogen DNA beruntai
tunggal, para deoksiribonukleotida yang sesuai disusun sesuai dengan urutan basa, dan ikatan hidrogen
masing-masing dibentuk oleh enzim DNA polimerase. Proses khusus ini terjadi pada kedua untai DNA.
Akhirnya, ikatan fosfodiester terbentuk antara nukleotida yang berurutan, untuk melengkapi untai DNA
menggunakan enzim ligase DNA. Pada akhir semua langkah ini, dua untai DNA identik terbentuk dari hanya
seorang induk untai DNA.
Sedangkan Transkripsi merupakan langkah penting dari proses utama ekspresi gen atau sintesis protein.
Terutama, menyalin urutan basa nitrogen dari bagian dari untai DNA menjadi mesenger RNA berlangsung
selama transkripsi DNA. Enzim RNA polimerase memecah ikatan hidrogen di tempat yang diinginkan dari
untai DNA dan membuka struktur heliks ganda untuk mengekspos urutan basa nitrogen. RNA polimerase
menyusun ribonukletida yang cocok sesuai dengan urutan basa yang terbuka dari untai DNA. Selanjutnya,
enzim RNA polimerase membantu dalam membentuk untai baru dengan membentuk ikatan gula-fosfat.
Karena untai baru dibentuk terdiri dari ribonuklotida, itu adalah untai RNA, dan untai ini memberikan urutan
basa untuk langkah berikutnya dari sintesis protein atau ekspresi gen. Oleh karena itu, ini disebut sebagai
strand RNA (mRNA). Namun, setelah urutan basa nitrogen, urutan pada mRNA adalah sama seperti dalam
urutan DNA, kecuali basa Timin digantikan oleh basa Urasil. Pada akhir transkripsi, untai mRNA menyerupai
sesuai gen yang diinginkan dalam untai DNA yang terbentuk.

B. RUMUSAN MASALAH
Adapun rumusan masalah dalam makalah ini adalah :

1. Apa dan bagaimana Transkripsi DNA dan tahap-tahap serta proses transkripsi
2. Apa dan bagaimana Replikasi DNA

C. TUJUAN
1. Untuk mengetahui mekanisme transkripsi DNA serta struktur atau mekanisme genetik lainnya yang
terjadi baik pada pokariot maupun eukariot
2. Untuk mengetahui mekanisme replikasiDNA serta struktur atau mekanisme genetik lainnya yang terjadi
pada prokariot dan eukariot.

2
 BAB II
PEMBAHASAN
A. REPLIKASI
DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh
ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka.
Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari
empat tipe: Adenine (A), Cytosine (C), Guanine (G) dan Thymine (T). DNA mengandung informasi
genetika yang diwariskan oleh keturunan dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan
pasangan basa. Sebuah untai DNA mengandung gen, sebagai cetak biru organisme. DNA membuat
genom organisme.
DNA sebagai materi genetic pada sebagian besar oganisme harus dapat menjalankan 3 macam fungsi
pokok sebagai berikut:
4. DNA harus mampu menyimpan informasi genetic dan dengan tepat dapat meneruskan informasi
tersebut dari tetua kepada keturunannya. Dari generasi ke generasi. Fungsi ini merupakan fungsi
genotipik, yang dilaksanakan melalui replikasi.
5. DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi genetik harus mengarahkan
pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari zigot hingga individu dewasa. Fungsi ini merupakan
fungsi fenotipik, yang dilaksanakan melalui ekspresi gen.
6. DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga organisme yang bersangkutan akan
mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan yang berubah. Tanpa perubahan semacam ini, evolusi
tidak akan pernah berlangsung. Fungsi ini merupakan fungsi evolusioner, yang dilaksanakan melalui
peristiwa mutasi.
Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan sebagai salah satu
tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan
bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi. Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses
yang mengawali pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak
proses yang saling berkaitan satu sama lain (Yuwono, 2005).
Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan system penyutingan
(editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan (progeny)
mempunyai komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan
genetik diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi.
3
Sehingga kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan perubahan pada sifasifat sel
anakan.
Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein yang masing-
masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di dalam proses replikasi bahan genetik
dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional
yang sangat erat dan tidak terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan proses ekspresi genetik
dan metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang terjadi pada proses metabolisme, misalnya
penghambatan produksi energy, dapat pula mempengaruhi proses replikasi karena replikasi juga
memerlukan pasokan energi (Yuwono, 2005).
1. Pengertian Replikasi
Replikasi DNA adalah proses menghasilkan dua untai DNA yang identik dari satu, dan melibatkan
serangkaian proses. Semua proses ini terjadi selama fase S dari Inter-fase siklus sel atau pembelahan sel. Ini
adalah proses yang memakan energi dan terutama tiga enzim utama yang dikenal sebagai helikase DNA,
DNA polimerase, dan ligase DNA terlibat dalam mengatur proses ini. Pertama, helikase DNA membongkar
struktur double helix dari untai DNA dengan memecah ikatan hidrogen antara basa nitrogen dari untaian
berlawanan. Pembongkaran ini dimulai dari ujung untai DNA, bukan dari tengah. Oleh karena itu, helikase
DNA dapat dianggap sebagai restriksi eksonuklease. Setelah mengekspos basa nitrogen DNA beruntai
tunggal, para deoksiribonukleotida yang sesuai disusun sesuai dengan urutan basa, dan ikatan hidrogen
masing-masing dibentuk oleh enzim DNA polimerase. Proses khusus ini terjadi pada kedua untai DNA.
Akhirnya, ikatan fosfodiester terbentuk antara nukleotida yang berurutan, untuk melengkapi untai DNA
menggunakan enzim ligase DNA. Pada akhir semua langkah ini, dua untai DNA identik terbentuk dari
hanya seorang induk untai DNA.
2. Model Replikasi DNA
a. Semikonservatif yang dikemukakan oleh Watson dan Crick, dimana setiap molekul untaian ganda
DNA anakan terdiri atas satu untaian-tunggal DNA induk dan satu untaian-tunggal DNA hasil
sintesis baru. model semikonservatif merupakan model yang tepat untuk proses replikasi
DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku bagi organisme prokariot maupun
eukariot.Perbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan
jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replikasi DNA.Pada organisme
eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintsis dalam
siklus pembelahan sel.
Tahapan mekanisme replikasi DNA
semikonservatif secara garis besar adalah:
1. pemisahan (denaturation, denaturasi) untaian
DNA induk,

4
 2. peng-awal-an (initiation, inisiasi) sintesis
DNA,
3. pemanjangan (elongation, elongasi) untaian
DNA,
4. ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA, dan
5. peng-akhir-an (termination, terminasi)
sintesis DNA

b. Konservatif menyatakan setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu untai tunggal
DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis baru.

c. Dispersif, menyatakan bahwa molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan
terdiri atas campuran molekul lama (berasal dari DNA induk) dan molekul hasil sintesis baru.

3. Komponen- Komponen Penting dalam Replikasi

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponenutama yaitu;

5
 a. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
b. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP.Deoksi ribonukleotida terdiri
atas tiga komponen; basa purin ataupirimidin, gula 5-karbon(deoksiribosa) dan gugus fosfat.
c. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis prosespolimerisasi nukleotida
menjadi untaian DNA.
d. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi DNA.
e. Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzimgirase.
f. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu protein SSB (single
stand binding protein).
g. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung fragmen-fragmen DNA.
4. Mekanisme Dasar Replikasi DNA
Replikasi dimulai dari titik replikasi dan arahnya menurut 5 3. Mula- mula enzim replikase atau
DNA polimerase, akan melepaskan lilitan DNA dari oktamer histon dalam nukleosom, disusul dengan
berdisentegrasinya histon- histon itu. Lalu lilitan double helix DNA yang berpasangan jadi terurai, sehingga
terbentuk semacam garpu replikasi bermata dua.
Waktu replikasi dari setiap DNA yang double helix disentesa DNA baru, sehingga akhirnya
terbentuk dua pasang DNA double helix baru. Untuk replikasi diperlukan enzim DNA polimerase. Enzim
ini ada beberapa macam: polimerase I, polimerase II, dan polimerase III, DNA 53 lama membentuk
pasangan DNA 35 baru. Pembentukan DNA 35 itu adalah secara fragmen- fragmen. Sehingga
terbentuk utas putus- putus atau lagging strand. Tiap potongan disebut fragmen okazaki. Fragman
fragmen itu akan disambung- sambung jadi satu utas utuh oleh enzim DNA ligase. Utas DNA 53 lama
berpasangan dengan DNA 35 baru membentuk double helix baru dan sebaliknya. Utas ini disebntuk
secara langsung, tidak menurut fragmen, disebut juga leading strand. Lalu utas 35 baru membentuk
DNA double helix baru satu lagi.
Dengan demikian masing- masing DNA baru yang doble helix terdiri dari satu utas DNA lama dan
satu utas DNA yang baru. Cara replikasi ini disebut semi ortodoks. Dalam pembentukan fragmen fragmen
okazaki diawali dengan pembentukan RNA primer 53 dipangkal garpu. Kemudian, RNA primer itu
dikeluarkan digantikan oleh fragmen DNA 53.
Setelah replikasi DNA selesai, disusul dengan penyusunan atau integrasi histom- histon membentuk
oktamer, dan dengan DNA yang kini jadi double helix membentuk nukleosom- nukleosom. Histon lama
dari DNA yang pada awal replikasi mengalami desintegrasu, berintegrasi lagi membina nukleosom pada
leading strand. Sedangkan pada lagging strand, didatangkan histon- histon baru. Setiap titik replikasi
memiliki satuan aktivitas replikasi, disebut replikon; terdiri dari sepasang garpu bermata dua yang
setangkup bersatu.

6
 Titik replikasi pada satu utas DNA double helix biasanya banyak. Ini perlu agar replikasi dapat
dilakukan secara serentak pada banyak tempat sekaligus, sehingga replikasi suatu utas itu cepat selesai.
Ujung- ujung replikon nanti bertemu lalu disambungkan oleh enzim ligase.
5. Replikasi DNA pada Eukaryot
Sistem replikasi DNA pada eukaryot menunjukkan beberapa perbedaan dibangingkan dengan
replikasi pada prokaryot, yaitu antara lain dalam hal macam DNA polimerase yang terlibat. Pada eukaryot
ada 5 (lima) macam DNA polimerase.

Tabel. Macam dan kemungkinan peranan DNA polimerase eukaryot.

Enzim Peranan
DNA polimerase Mengawali replikasi pada kedua
DNA polimerase untaian
DNA polimerase Pemanjangan edua untaian
DNA polimerase Reparasi DNA
DNA polimerase Reparasi DNA
Replikasi DNA mitokondria

DNA polimerase alfa mempunyai aktivitas primase yang berperan penting dalam sintesis fragmen
okazaki. Sebaliknya, DNA polimerase delta diduga berperan sebagai enzim yang membuat DNA awal
karena enzim ini mempunyia prosesivitas yang jauh lebih tinggi dibandingkan dengan DNA polimerase
alfa . sebenarnya, prosesivitas DNA polimerase delta disebabkan oleh adanya protein lain yang dikenal
sebagai proliferating cell nuclear antigen (PCNA). PCNA berasosiasi denan DNA polimerase gamma dan
meningkatkan prosesivitasnya menjadi 40 kali lipat. Peningkatan prosesivitas ini dilakukan dengan cara
menjepit DNA polimerase delta pada DNA cetakan sehingga tidak mudah terdiasosiasi.
DNA polimerase beta tidak mempunyai prosesivitas sama sekali sehingga diduga hanya berperan
dalam proses reparasi DNA. DNA polimerase gamma terdapat didalam mitokndria sehingga diduga
berperan dalam replikasi DNA mitokondria.
a. Inisiasi Replikasi pada Eukaryot

7
 Salah satu ciri insiasi replikasi DNA pada eukaryot yaitu ada banyak titik awal replikasi (ori). Hal ini
dapat dipahami mengingat ukuran genom jasad eukaryot jauh lebih besar dibanding dengan genom
prokaryot sehingga diperlukan lebih banyak ori untuk mempercepat replikasi. Selain itu juga diketahui
bahwa pergerakan garpu replikasi pada eukaryot lebih lambat dibanding dengan prokaryot. Untuk
mempermudah studi, maka replikasi DNA eukaryot pada awalnya dipelajari dengan menggunakan replikasi
DNA virus yang menyerang eukaryot, misalnya virus SV40. Virus SV40 adalah virus yang menyerang
monyet sehingga replikasi DNA SV40 menggambarkan proses replikasi DNA pada eukaryot.

b. Inisiasi replikasi DNA SV 40

Pada tahun 1972, kelompok peneliti Norman Salzman dan Daniel Nathans berhasil mengidentifikasi ori
pada DNA SV40. Mereka menunjukkan bahwa replikasi pada SV40 berlangsung ke dua arah
(bidirectional). Hal ini dibuktikan dengan cara melakukan pemotongan DNA menggunakan enzim
endonukleoase restriksi EcoRl dan kemudian mengamati hasil pemotongannya dengan mikroskop elektron.
Pada awal proses replikasi hanya terlihat satu gelembung replikasi (replication bubble). Pada waktu
eksperimen diteruskan akhirnya dapat dilihat bahwa gelembung replikasi tersebut bergerak ke dua arah.
Sekuens minimal ori pada DNA SV40 terdiri atas sekuens sepanjang 64 pb (pasangan basa) yang
meliputi : (1) empat pentamer (5-GAGGC-3). (2) suatu palindrom yang terdiri atas 15 pb yang
merupakan bagian paling awal yang terbuka pada saat terjadi replikasi, dan (3) suatu sekuens yang terdiri
atas 17 pb yang hanya berupa pasangan A-T. Bagian pentamer merupakan bagian tempat pelekatan antigen
T berukuran besar yang tidak lain merupakan produk ekspresi gen virus bagian awal. Jika antigen T
tersebut melekat pada bagian ori, maka aktivitas helikase yang dimilikinya akan membuka lilitan DNA dan
menyiapkan proses sintesis primer. Primase pada eukaryot terasosiasi dengan DNA polimerase alfa yang
sekaligus juga berfungsi sebagai primase pada replikasi DNA SV40.
Seperti halnya pada prokaryot, setelah dilakukan inisiasi pada proses replikasi DNA eukaryot, maka
selanjutnya dilakukan polimerisasi. Pada keadaan normal, gen hanya direplikasi satu kali setiap fase S
(sintesis), beberapa gen direplikasikan pada awal fase S sedangkan pada yang lainnya pada akhir fase S.
Gen-gen yang ditranskripsikan secara aktif akan direplikasikan pada awal fase S. Sedangkan kromosom X
yang tidak aktif pada mamalia betina direplikasikan pada akhir fase S.
Oleh karena kromosom eukaryot jauh lebih besar dibanding dengan DNA prokaryot, maka replikasi
kromosom eukaryot dilakuakn dengan membaginya menjadi banyak replikon individual. Hal pentin yang
perlu diketahui adalah bahawa awal fase S ditandai dengan aktivasi replikon pertama. Selanjutnya, inisiasi
replikasi terjadi pada replikon-replikon yang lain. Replikasi DNA eukaryot berlangsung jauh lebih lambat
dibanding dengan replikasi DNA prokaryot. Selain itu, ukuran masing-masing replikon eukaryot lebih kecil
dibanding dengan ukuran replikon prokaryot.

8
 Pada jasad eukaryot terdapat gen-gen yang jumlah kopinya banyak yang dikenal sebagai gen-gen yang
berulang (repeted genes). Misalnya gen yang mengkode sintesis Rrna. Hasil analisis foto mikroskop
elektron dan analisis autoradiografi menunjukkan gen-gen berulang semacam itu mempunyai satu titik
awal replikasi spesifik tiap ulangan gen. Titik awal replikasi tersebut terletak pada daerah yang
memisahkan (spacer region) ulangan gen yang satu dengan ulangan gen lain yang tidak ditranskripsi (yaitu
daerah spacer DNA).
B. TRANSKRIPSI
Kata transkripsi berasal dari bahasa inggris, transcription, yang berarti proses penyalinan kode-kode
genetik yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah bagian dari rangkaian
ekspresi genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotip. Urutan nukleotida pada salah satu untaian
molekul DNA digunakan sebagai cetakan untuk sintesis molekul RNA yang komplementer.
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel (nukleus) atau di dalam matriks pada mitokondria dan plasida.
Proses transkripsi adalah proses sintesa RNA dari template DNA, bedanya basa RNA adalah Urasil (U)
sebagai gantinya Timin (T). Jadi bila dalam untai DNA dengan basa A maka hasilnya adalah U, bila pada
DNA dengan basa T maka pada RNA menjadi A, begitu juga bila DNA dengan basa C maka hasil
transkripsi pada RNA adalah G dan sebaliknya.
Contoh :
Untai DNA AAACCGCGCAGAAA

Proses transkripsi

Untai RNA U U U G G G C G U C UUU

RNA adalah pembawa pesan DNA dengan cara urutan basa pada RNA dibaca tiga-tiga yang disebut
kodon (Contoh : UUU, GCG, GUC). Kodon inilah yang akan mendiktekan jenis asam amino yang akan
dikode pada tahap translasi. Jadi informasi genetik ditulis sebagai kodon dan ditranslasikan ke dalam
rangkaian asam amino, yaitu suatu enzim, untuk mentranskripsikan DNA menjadi RNA yang disebut RNA
polimerase.
Pada prokariot, gen terdiri dari 3 bagian utama yaitu :
1. Daerah pengendali (promoter)
Promotor merupakan bagian gen yang berperanan dalam mengendalikan proses transkripsi dan
terletak pada ujung 5.
2. Bagian struktural
Daerah struktural adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir (downstream) dari promoter.
Bagian inilah yang mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yang akan ditranskripsi.

9
 3. Bagian terminator
Terminator adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari bagian struktural yang berperan
dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi.

Itu sebabnya kenapa di prokariot proses transkripsi terbagi menjadi 3 fase yaitu :
1. Fase Inisiasi
Proses transkripsi dimulai ketika enzim RNA polimerase kontak dengan protein pada DNA yang
disebut promotor. Setelah tahap transkripsi dimulai dari proses yang disebut inisiasi, yaitu ketika enzim
RNA polimerase bergabung dengan promotor. Pada tiap gen, promotor hanya mengkode untuk
mentranskripsi satu untai DNA saja. Bagian yang ditranskripsi berbeda antara satu gen dengan gen
lainnya.
2. Fase Elongasi
Tahap transkripsi berikutnya adalah pemanjangan (elongasi) RNA, RNA terpisah atau menjauh
dari DNA templatenya, sehingga kedua untai DNA dapat bergabung lagi, dilanjutkan dengan tahap ketiga
3. Fase Terminasi
Tahap ketiga transkripsi adalah terminasi, yatu ketika RNA polimerase mencapai urutan basa
tertentu yang disebut terminator.

Proses transkripsi menghasilkan 3 jenis RNA yang nantinya akan berperan penting dalam proses
translasi, yaitu :
1. messenger RNA (mRNA)
Disebut juga sebagai RNA pembawa yang berfungsi sebagai salinan kode-kode genetik pada DNA
yang dalam proses selanjutnya (translasi) akan diterjemahkan menjadi urutan asam-asam amino yang
menyusun polipeptida atau protein tertentu.
2. transfer RNA (t RNA)
Adalah RNA yang berfungsi sebagai molekul penerjemah dengan cara membawa asam-asam amino
spesifik yang akan digabungkan dalam proses sintesis protein (translasi).
3. ribosomal RNA (rRNA)
Berfungsi sebagai tempat atau pabrik pembuatan protein. Namun perlu diingat bahwa tRNA dan
rRNA tidak pernah di translasi karena molekul yang digunakan adalah RNA-nya sendiri.

Selain itu transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA karena :
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat (ribosa, ATP, GTP, CTP dan UTP)

10
 2. Adanya salah satu saja untai molekul DNA sebagai cetakan (pita antisens mempunyai urutan basa yang
komplementer dengan RNA hasil transkripsi, sementara pita sens mempunyai uruta basa yang sama
dengan RNA hasil transkripsi)
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA
4. Enzim yang bekerja adalah RNA polimerase yang mampu melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya
molekul primer

Nantinya mRNA yang dihasilkan bukan hanya untai dari informasi genetik dari DNA tetapi masing-
masing ujungnya diperpanjang dengan untai selain berita genetik pada proses transkripsi yang diperlukan
untuk proses translasi nantinya. Berita genetik ditranslasi dalam sitoplasma. Pada prokariot semua
transkripsi dan translasi terjadi di dalam sitoplasma.

1. PROSES TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT

Seperti yang sudah disebutkan di atas bahwa pada dasarnya transkripsi adalah proses penyalinan urutan
nukleotida yang terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA
yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkrip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA
bersifat komplementer dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi identik dengan urutan
nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand). Hal ini dapat
digambarkan dengan skema sederhana seperti dibawah ini :

Untaian DNA pengkode 5 ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT 3
Untaian DNA cetakan 3 TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA 5
transkripsi
RNA hasil transkripsi 5 AUG GUC CUU UAC UU UCU GUA UUU 3

Perlu diingat bahwa pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine) karena struktur T digantikan
oleh U (uracil). Nukleotida T dan U mempunyai cincin yang serupa yaitu cincin pirimidin, tetapi pada basa
T ada gugus metil (CH3) pada atom C nomor 5, sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil.
Secara umum proses transkripsi pada prokariot berjalan serupa dengan transkripsi pada eukariot,
meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua sistem tersebut. Pada prokariot,
transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen. Pada
awal penempelan RNA polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam
keadaan tertutup (closed promoter complex). Selanjutnya, RNA polimerase akan terikat secara kuat dan
ikatan hidrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka membentuk struktur open promoter
complex. Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa

11
 melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempelan promoter tersebut, sub unit berperan
dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. Diduga, proses
pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim tersebut secara tidak
spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya, RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai
struktur khas suatu promoter dimana pada bagian ujung gen struktural berupa kodon STOP (TAA, TAG
atau TGA). Transkripsi dilakukan sampai beberapa basa di sebelah hilir dari kodon STOP yaitu sampai
pada daerah terminator. Salah satu bagian penting promoter yang disebut dengan kotak Pribnow / kotak
TATA pada urutan nukleotida posisi -10 dan posisi -35 (letak nukleotida dari titik awal transkripsi +1).
Kotak Pribnow merupakan daerah pada promotor yang berperanan dalam mengarahkan enzim RNA
polimerase sehingga arah transkripsinya 5 ke 3 sebagaimana pada replikasi. Selain itu daerah ini
merupakan tempat pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks promoter yang terbuka.

Struktur khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hidrogen antara kedua untaian DNA pada posisi -
35 dan -10. Dimana struktur khas itu disebut juga dengan elemen-elemen promoter inti yaitu posisi -10 :
TATAAT dan posisi -35 TTGACA. Selain itu kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter
diperkirakan mencapai 1.000 pasangan basa/detik.

ATG STOP

-35 -10 Gen Struktural Terminator

Awal transkripsi

Setelah RNA polimerase menempel pada promoter, subunit melepaskan diri dari struktur holoenzim.
Pelepasan subunit biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. RNA
polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak
lepas. Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai.

Gambar 2.1 Pada skema ini terlihat bagian-bagian dari gen struktural mulai dari elemen hulu sampai dengan
mulainya transkripsi

12
 Seperti yang telah disebutkan sebelumnya bahwa dalam proses transkripsi prokariot akan melewati 3
fase yaitu fase inisiasi, fase elongasi dan fase terminasi. Maka berikut ini akan dibahas lebih mendetil
untuk setiap fasenya.
a. Fase Inisiasi
Tahapan proses inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah, yaitu : (Gambar 2.2)
1) Pembentukan kompleks promoter tertutup
2) Pembentukan kompleks promoter terbuka
3) Penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 10 nukleotida)
4) Perubahan konfirmasi RNA polimerase karena subunit dilepaskan dari kompleks holoenzim

Gambar 2.2 Gambar ini menunjukkan tahapan-tahapan yang terjadi pada saat inisiasi

Subunit tersebut selanjutnya dapat digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi berikutnya.
Bagian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9
sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang berkaitan dengan RNA polimerase
membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang
basa. Setelah struktur promoter terbuka secara stabil, maka selanjutnya RNA polimerase melakukan
proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. Dalam proses
transkripsi, nukleotida RNA digabungkan sehingga membentuk transkrip RNA. Nukleotida pertama yang
13
 digabungkan hampir selalu berupa molekul purin. Kajian pada 88 promoter menunjukkan bahwa 51%
molekul RNA diawali dengan basa A, 42% diawali dengan G, 5% diawali dengan C dan 2% diawali
dengan U. Pada awalnya basa-basa RNA yang digabungkan membentuk ikatan hidrogen dengan basa
DNA cetakan, sehingga jika urutan DNA cetakan adalah ATG, maka basa RNA yang digabungkan adalah
UAC.
Subunit mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak mempercepat
laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan proses yang menentukan laju
transkripsi. Inisiasi transkripsi dapat dihambat oleh pemberian antibiotik rifampisin, tetapi antibiotik ini
tidak menghambat proses pemanjangan transkrip. Penelitian yang dilakukan oleh Alfred Heil dan Walter
Zilig pada tahun 1970 membuktikan bahwa subunit RNA polimerase yang menentukan kepekaan atau
ketahanan terhadap antibitok rifampisin adalah subunit .
Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi, selanjutnya subunit terlepas dari enzim inti dan dapat
digunakan oleh enzim inti RNA polimerase yang lain. Siklus subunit tersebut pertama kali
diungkapkan oleh Travers dan Burgess pada tahun 1969. Mereka menunjukkan bahwa jika transkripsi
berlangsung pada kekuatan ionik yang rendah, maka RNA polimerase inti tidak terlepas dari DNA
cetakan pada ujung suatu gen. Hal ini menyebabkan inisiasi transkripsi berhenti. Jika ke dalam sistem
tersebut dimasukkan RNA polimerase inti yang baru maka transkripsi kemudian berjalan kembali.
Keadaan ini menunjukkan bahwa RNA polimerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung dengan
subunit yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polimerase inti lainnya.
b. Fase Elongasi

Gambar 2.3 Menunjukkan struktur kompleks DNA dan RNA polimerase pada saat pemanjangan
transkripsi

Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hibrid dengan DNA
cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab setelah
RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut
akhirnya akan menutup lagi. RNA polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan
14
 proses pemanjangan (elongation) untaian RNA. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA
sekitar antara 30-60 nukleotida per detik, meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah dari nilai ini.
Secara umum, berdasarkan atas nilai laju semacam ini, suatu gen yang mengkode protein akan disalin
menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun demikian, laju pemanjangan transkrip dapat
menjadi sangat rendah (sekitar 0,1 nukleotida perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda (pause
site) yang biasanya mengandung banyak basa GC. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh
antibiotik streptoligin. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh sub unit
pada RNA polimerase.
Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA
yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida
pada untaian DNA cetakan. Sebagai contoh, jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A, maka
nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U.
Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi
DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA
sepanjang perjalanannya. Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada struktur
DNA, tetapi untaian RNA hasil transkripnya akan melintir sepanjang untaian DNA. Sebaliknya, hipotesis
kedua menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA
yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami
puntiran. Untaian DNA yang ada di depan RNA polimerase akan membuka sedangkan DNA yang berada
di belakangnya akan memuntir kembali untuk menutup.
Selain dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi sintesis RNA,
terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya.
Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh keberadaan subunit pada RNA polimerase.
Transkripsi akan berakhir pada saat RNA polimerase mencapai ujung gen struktural yang disebut
terminator. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pada enzim RNA polimerase agar menghentikan
proses transkripsi.
Pada bakteri E. coli ada 2 macam terminator yaitu :
1) Terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-dependent terminator)
2) Terminator yang tergantung pada protein rho (rho-independent terminator)

c. Fase Terminasi
Pada fase terminasi/ bagian terminator mempunyai urutan nukleotida yang konsensus. Dimana
enzim RNA polimerase pada E.coli sekurang-kurangnya terdiri atas 5 subunit yaitu alfa (),beta (), beta
prima (), omega (), dan sigma (). Pada bentuk lengkapnya atau disebut sebagai holoenzim, terdapat

15
2 subunit dan satu subunit untuk masing-masing subunit lainnya sehingga sering dituliskan dengan
2.

Gambar 2.4 Gambar ini menunjukkan bentuk karakter dari sebagian terminator yang
membutuhkan faktor rho dan tidak membutuhkan faktor rho.

16
1) Pengakhiran Transkripsi Yang Tidak Tergantung Pada Faktor Rho
Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus melibatkan suatu
protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan nukleotida tertentu pada bagian
terminator. Sinyal yang akan mengakhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh
daerah yang mengandung banyak urutan GC yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung (stem-
and-loop) seperti struktur jepit rambut pada RNA dengan panjang sekitar 20 basa di sebelah hulu dari
ujung 3 OH dan diikuti oleh rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Struktur batang lengkung tersebut
menyebabkan RNA polimerase berhenti dan merusak bagian 5 dari hibrid RNA-DNA. Bagian sisa
hibrid RNA-DNA tersebut berupa oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan dA. Akibatnya
ujung 3 hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir. Eksperimen yang dilakukan oleh
Peggy Farnham dan Terry Platt menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan faktor rho
mempunyai 2 ciri utama, yaitu : (1). Adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang dapat
membentuk lengkungan, dan (2) adanya rangkaian basa T pada untaian DNA bukan cetakan
(nontemplate strand) sehingga membentuk pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan
transkrip RNA pada untaian DNA cetakan. Pada waktu lengkungan RNA terbentuk, maka RNA
polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan lepas.

Gambar 2.5 Skema pengakhiran transkripsi tanpa menggunakan faktor rho

17
 2) Pengakhiran Transkripsi Yang Bergantung Pada Faktor Rho
Mekanisme pengahiran transkripsi semacam ini memerlukan protein (rho). Pengakhiran transkripsi
yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari
promoter. Dengan demikian jika ada daerah jeda yang terletak di dekat promoter, maka daerah itu tidak
dapat berfungsi sebagai urutan berulang balik yang dapat membentuk lengkungan (loop) seperti jepit
rambut, tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang tidak melibatkan faktor
rho. Faktor rho diduga ikut terikat pada transkrip dan mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai
akhirnya RNA polimerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah mensintesis lengkungan
RNA. Selanjutnya, faktor rho menyebabkan destabilitasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip RNA
terlepas dari DNA cetakan.

Gambar 2.6 Skema pengakhiran transkripsi yang menggunakan faktor rho

2. TRANSKRIPSI GEN EUKARIOTIK

Proses Transkripsi eukariotik yaitu RNA polimerase berikatan dengan kompleks faktor transkripsi di
resio promotor, heliks terurai didalam regio dwkat titik muali (startpoint) transkripsi, terjadi pemisahan
untaian DNA, sintesis transkrip RNA diumlai, lalu trankrip RNA memanjang, menyalin cetakan DNA.
Untai DNA memisah sewaktu polimerase mendekat dan bersatu kembali sewaktu polimerase lewat.

18
a. Sintesis mRNA Eukariotik

Transkripsi dan pembentukan CAP mRNA

Pada eukariotik, mRNA dihasilkan oleh RNA polimerase II sebagai sebuah transkrip RNA inti
heterogen yang besar (hnRNA). capping transkrip primer ini terjadi selama proses transkrip berlangsung
diujung -5. Cap dihasilkan dari GTP, yang dihubungakan melalui tiga gugus fosfat ke gugus 5-hidroksil
nukleotida pertama pada transkrip. Guanin yang ditambahkan mengalami metilasi diposisi 7. Metilasi juga
dapat terjadi pada 2-hidroksil ribosa pada nukleotida pertama, atau kadang-kadang nukleotida kedua, yang
mengalami transkripsi. Cap ini berfungsi dalam pengikatan mRNA matang ke ribosom selama sintesis
protein.

b. Penambahan Ekor Poli (A)

RNA polimerase terus mentranskripsikan DNA, transkrip mengalami pemutusan oleh enzim sekitar 10-
20 nukleotida kearah hilir dari urutan poliadenilasi (AAUAAA) Setelah pemutusan ini, terjadi penambahan
ekor poli A ke transkrip.

Tidak terdapat urutan poli T pada cetakan DNA yang setara dengan ekor ini, urutan ekor ini
ditambahkan setelah transkripsi. ATP berfungsi sebagai prekusor untuk penambahan adenin nukleotida ke
ujung -3 transkrip. Adenin nukleotida tersebut ditambahkan satu persatu, dimana poli A polimerase
mengkatalisis setiap penambahan itu.

c. PENGELUARAN INTRON

Transkripsi eukariotik memiliki regio-regio yang dieknal sebagai ekson dan intron. Ekson terdapat pada
mRNA matang. Intron dikeluarkan dan tidak dijumpai pada mRNA matang. Oleh karena itu, intron tidak
ikut menentukan urutan asam amino pda protein. Beberapa gen mengandung 50 atau lebih intron. Intron-
interon ini secara cermat dikeluarkan oleh ekson-ekson disambung menjadi satu, sehingga dapat dihasilkan
protein yang sesuai dari gen.

Urutan konsensus dibatas ekson/intron pada hnRNA adalah AGGU (AGGT pada DNA). urutan disisi
ekson dari batas tersebut dapat bervariasi samapi suatu tingkat, tetapi hampir semua intron berawal dengan
5GU dan berakhir dengan 3AG, Oleh karena itu, urutan ini ditempat penyambung kiri intron dan tempat
penyambungan kanan intron bersifat konstan (invarian). Karena setiap kombinasi 5 GU dan 3 AG tidak
menghasilkan pembentukan tempat penggabungan fungsional.

Suatu struktur kompleks yang dikenal sebagai spliceosome memastikan bahwa akson-akson disambung
menjadi satu dengan tingkat ketepatan yang tinggi. Ribonukleoprotein inti yang berukuran kecil (snRNP),
yang disebut snurp, berperan dalam pembentukan spliceosome. Karena banyak mengandung urasil, snurp
diidentifikasi dengan nomor yang didahului oleh huruf U.
19
 Snurp U1 berikatan dengan taut ekson/intron pertama, U2 berikatan dengan suatu regio didalam intron
yang mengandung swbuah residu adenin nukleotida. Gugus snurp lain U4, U5 dan U6, berikatan dengan
kompleks, menyebabkan berbentuk srtuktur yang melengkung. Fosfat yang melekat ke G di ujung -5
intron membentuk ikatan 2-5 dengan gugus 2-hidriksil pada residu adenin nukleotida. Pemutusan terjadi
diujung ekson pertama, yang tetap dipertahankan ditempatnya oleh spliceosome. Pemutusan kedua terjadi
diujung -3 intron setelah urutan AG. Intron, yang terbentuk seperti sebuah tali penjerat terak (lasso, lariat),
dilepaskan dan diuraikan menjadi nukleotida. Ekson-ekson digabung menjadi sati.

Ekson sering mengkode ranah (domain) struktural atau fungsional protein yang terpisah. Disepanjang
evolusi mungkin terjadi suatu proses yang dikenal sebagai exon shuffling, sehingga dapat diciptakan
protein baru dengan fungsi serupa dengan fungsi protein lain.

d. MIGRASI mRNA KE SITOPLASMA

mRNA matang yang tidak mengandung intron, membentuk cap diujung -5 dan dilengkapi dengan
sebuah ekor poli A, membentuk kompleks dengan protein dan bergerak menembus pori-pori diselubung
inti menuju sitoplasma. Disitoplasma mRNA tersebut bergabung degan ribosom dan mengarahkan
penggabungan asam amino kedalam protein.

e. SINTESIS rRNA EUKARIOTIK

Pada eukariotik, tiga dari empat rRNA dihasilkan oleh RNA polimerase I didalam ukleolus. Gen diregio
organisator (organizer) nukleolus menghasilkan sebuah transkrip besar 45S yang terurai untuk membentuk
rRNA 18S, 28S, dan 5,8S. sekitar 1.000 gen jenis ini terdapat dlam genom manusia. Gen ini berikatan dua-
dua (tandem), dipisahkan oleh regio spacer yang mengandung sinyal terminasi untuk satu gen dan
promotor untuk gen berikutnya. Promotor untuk gen rRNA terletak diregio pengapit -5 (5-flanking
region) pada gen dan meluas keregio yang mengelilingi titik mulai (startpoint).

Gen rRNA yang tertangkap oleh makrofag elektron sewaktu melakukan transkripsi memperlihatkan
bahwa molekul-molekul RNA polimerase I mungkin melekat kesuatu gen pasa setiap saat. Sewaktu
polimerase ini bergerak ke arah ujung -3 gen, transkripsi menjadi semakin panjang. Dengan demikian, gen
yang secara aktif mengalami transkripsi tamapk seperti bulu (dalam tiga dimensi, pohon cemara)dengan
cabang-cabang yang lebih pendek muncul dari satu ujung yang tumbuh memanjang kearah ujung lainnya.

Transkripsi gen rRNA, yang terletak diregio organisator nukleolus pada genom, menghasilkan regio
fibrosa pada nukleolus. Sewaktu dibebaskan dari DNA, prekusor rRNA 45S berikatan dengan protein,
membentuk partikel ribonukleoprotein yang membentuk regio granular pada nukleolus. Pengolahan
transkrip terjadi didalam regio granular.

20
 rRNA 5S, yang dihasilkan oleh RNA polimerase III dari gen yang terletak diluar nukleolus dalam
nukleoplasma, bermigrasi menuju nukleolus dan menyatu dengan partikel ribonukleoprotein.

Satu sampai dua peren nukleotida pada prekusor 45S mengalami metilasi, terutama digugus 2-hidroksil
pada ribosa. Gugus metil ini dipertahankan dalam rRNA matang dan dapat berfungsi sebagai penanda
untuk pemutusan prekusor.

Prekusor 45S mengalami sejumlah pemutusan. Sebagian besar pemutusan terjadi didalam regio yang
memisahkan urutan yang kemudian menjadi RNA matang. Sebagain prekusor mengandung intron didalam
regio yang kemudian menjadi rRNA matang. Intron ini dikeluarkan oleh reaksi penyambungan diri, dan
prekusor rRNA yang mengkatalisis penyambungan dirinya dikenal dengan nama ribozim.

Dalam pembentukan ribosom sitoplasma pada sel manusia, satu bagian dari prekusor rRNA 45S
menjadi rRNA 18S yang membentuk kompleks dengan protein, membentuk subunit ribosom kecil. Segmen
lain pada prekusor melipat balik dan terputus, membentuka tRNA 28S, yang melekat melalui ikatan
hidrogen ke rRNA 5,8S. rRNA 5S, yang ditranskripsi dari gen nonnukleolus, dan sejumlah protein
berikatan dengan rRNA 28S dan 5,8S untuk membentuk sub unit ribosom 60S.

Subunit ribosom bermigrasi melalui pori-pori inti. Didalam sitoplasma, subunit ini berinteraksi dengan
mRNA membentuk ribosom 80S tempat berlangsungnya sintesis protein.

f. SINTESIS tRNA EUKARIOTIK

Paling sedikit terdapat 20family tRNA didalam sel, satu untuk setiap asam amino yang dimasukkan
kedalam rantai polipeptida yang sedang tumbuh selama sintesisprotein tRNA memiliki struktur berbentuk
daun semnaggi yang melipat-lipat menjadi bentuk L tiga-dimensi. Banyak basa mengalami modifikasi
pasca transkripsi.

tRNA dihasilkan oleh RNA polimerase III yang mengenali promotor pemisah didalam regio pengkode
pada gen. Satu segmen promotor terletak antara +18 dan +19. Segmen kedua terletak 30-60 pasangan basa
ke hilir dari yang pertama.

Dihasilkan suatu prekusor dengan panjang sekitar100 nukleotida. Prekusor ini mengambil bentukdaun
semanggi dan selanjutnya mengalami pemutusan diujung -5 dan ujung-3. Enzim yang bekerja diujung -5
adlah RNase P, serupa dengan RNase P bakteri. Kedua enzim mengandung sebuah RNA kecil (M1) yang
memiliki aktivitas katalitik, berfungsi sebagai endonuklease.

Basa mengalami modifikasi pada saat yang sama dengan reaksi endonukleolitik. Pada sebagain besar
tRNA terjadi tiga modifikasi urasil mengalami metilasi oleh S-adenosil-metionin (SAM) untuk membentuk
timin; satu ikatan rangkap urasil mengalami reduksi untuk membentuk dihirourasil; dan sebuah residu

21
urasil (yang dilekatkan oleh ikatan N-glikosidat) mengalami rotasi sehingga ikatannya dengan ribosa
diubah menjadi ikatan karbon-karbon (pseudouridin). Modifikasi lain yang lebih kompleks juga terjadi.

Senagian prekusor tRNA mengandung intron yang kemudian dikeluarkan. Proses pengeluaran inipaling
banyak ditelitii paa ragi, dimana intron, yang panjangnya kurang dari 20 nukleotida, terletak didalam
lengkung antikodon. Intron dikeluarkan oleh endonuklease, meninggalkan dua belahan tRNA, yang
disatukan oleh ikatan hidrogen antara pasangan basa di regio pangakal. Sebuah gugus 2-fosfat atau 3-
fosfat diligasi ke 5-hidroksil oleh sebuah RNAligase.

Untuk ikut serta dalam sintesis protein, tRNA harus memiliki sebuah urutan CCA diujung -3nya.
Nukleotida ini ditambahkan satu pada interval empat oleh nukleotidiltransferase. Asam amino membentuk
sebuah ester dengan gugus hidroksil pada residu adenin nukleotida diujung-3 tRNA. tRNA membawa
asama amino ini ke ribosom, memastikan bahwa asam amino ini ke ribosom, memastikan bahwa asam
amino disispkan padaposisi yang tepat dalam rantai polipeptida yang sedang tumbuh.

BAB III
PENUTUP

22
A. Kesimpulan
Transkripsi dan replikasi DNA kedua melibatkan membuat salinan DNA dalam sel. Salinan transkripsi
DNA menjadi RNA, sementara replikasi membuat salinan lain dari DNA. Kedua proses melibatkan
generasi molekul baru asam nukleat, baik DNA atau RNA; Namun, fungsi dari setiap proses sangat
berbeda, dengan satu yang terlibat dalam ekspresi gen dan terlibat lainnya dalam pembelahan sel.
Kedua replikasi DNA dan transkripsi melibatkan mengikat asam nukleat melengkapi DNA,
menghasilkan untai baru baik DNA atau RNA. Kedua proses dapat menyebabkan kesalahan jika nukleotida
yang salah dimasukkan. Sebuah kesalahan baik dalam replikasi DNA atau transkripsi dapat menyebabkan
perubahan pada gen, dengan baik mengubah urutan DNA di salah satu sel anak yang mengarah ke
transkripsi urutan mRNA yang salah, atau dengan menyebabkan mRNA untuk mendirikan suatu pasangan
basa yang salah mengakibatkan urutan protein yang salah diterjemahkan.
Replikasi DNA terjadi dalam persiapan untuk pembelahan sel, sedangkan transkripsi terjadi dalam
persiapan untuk terjemahan protein. Replikasi DNA penting bagi benar mengatur pertumbuhan dan
pembelahan sel. DNA tidak akan mengulangi jika sel tidak memiliki faktor pertumbuhan tertentu, dengan
demikian menjaga tingkat pembelahan sel di bawah kontrol. Transkripsi DNA adalah metode untuk
mengatur ekspresi gen. Meskipun semua sel kita mengandung salinan dari semua gen kita, setiap sel hanya
mengungkapkan, atau menyala, gen yang diperlukan untuk fungsi sel tersebut. Transkripsi hanya terjadi
ketika gen diaktifkan.
B. Saran
Dari hasil makalah kelompok, dapat disarankan hal-hal sebagai berikut:
1. Hendaknya mahasiswa diberikan lebih banyak perkuliahan dan praktek labor untuk meningkatkan
penguasaan konsep terutama mengenai biologi sel.
2. Perlu dilakukan penelitian tentang replikasi dan transkripsi lebih lanjut untuk lebih meningkatkan
pemahaman tentang transkripsi dan replikasi DNA.

23