BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Para ahli pada tahun 1930-an telah melakukan studi dan mempelajari susunan
kimia gen melalui pendekatan biofisik dan biokimia. Hal ini yang kemudian
berkembang melahirkan cabang ilmu baru yang disebut Biologi Molekular
(Henuhili, 2000) Biologi molekuler merupakan ilmu pengetahuan merupakan
multi disiplin ilmu dari biokimia, biologisel, dan genetika yang mempelajari
aktivitas biologi pada level molekular, termasuk interaksi antara perbedaan tipe
DNA, RNA, protein, dan biosintesisnya (Wahyudi, 2011).
Istilah biologi molekular pertama kali diperkenalkan oleh William Astbury pada
tahun 1945. Biologi molekular pada saat ini diartikan sebagai ilmu yang mempelajari
fungsi dan organisasi jasad hidup (organisme) ditinjau dari struktur dan regulasi
molekular unsur atau komponen penyusunnya.
Biologi molekular atau biologi molekul merupakan salah satu cabang biologi
yang merujuk kepada pengkajian mengenai kehidupan pada skala molekul. Hal ini
menyangkut tentang interaksi molekul dalam benda hidup dan kesannya, terutama
tentang interaksi berbagai sistem dalam sel, termasuk interaksi DNA, RNA, dan
sintesis protein, dan bagaimana interaksi tersebut diatur. Bidang ini juga berhubungan
dengan bidang biologi (dan kimia) lainnya, terutama genetika dan biokimia.
Perkembangan ilmu dan pengetahuan dalam biologi molekuler, khususnya
pada pengkajian karakter bahan genetik telah menghasilkan kemajuan yang sangat
pesat bagi perkembangan penelaahan suatu organisme dan pemanfaatannya bagi
kesejahteraan manusia (Suryanto, 2003). Keterkaitan antara Genetika dan Biologi
Molekular ini memunculkan istilah Genetika Molekular, yaitu ilmu yang
mempelajari tentang seluk beluk gen (Henuhili, 2000). Area penting dalam
genetika molekuler adalah penggunaan informasi molekuler untuk menentukan
pola penurunan atau hereditas, dan juga dalam pengklassifikasian (molecular
systematics) melalui penggunaan metode-metode genetika dan biologi molekuler
(Sutarno, 2012)
Para ahli menyadari bahwa pola dari hereditas bisa dijelaskan dari
segregasi yang dicapai kromosom pada meiosis. Hal ini bisa menjawab
pertanyaan yang
muncul dari ahli biologi selama lebih dari 50 tahun (Johnson, G dan Raven, 2002)
Berdasarkan uraian di atas, maka makalah ini disusun untuk memahami pembuktian
DNA sebagai materi genetik

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah dari penyusunan makalah ini adalah
1. Apa yang dimaksud dengan materi genetik
2. Bagaimana struktur DNA dan menghubungkan DNA dengan persyaratan
genetiknya?
3. Bagaimana pembuktian DNA sebagai materi genetik?
4. Apa bahan genetik DNA dan komposisi kmia DNA?

1.3 Tujuan
Tujuan dari makalah ini adalah untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan materi
pembawa genetik dan syarat yang harus dipenuhi material genetik, struktur DNA dan
menghubungkan DNA dengan persyaratan genetiknya, dan pembuktian DNA sebagai
materi pembawa genetik, bahan genetik DNA dan komposisi kmia DNA
 BAB 11
PEMBAHASAN

A. Pengertian DNA
DNA ( Deoxyribose Nucleic Acid) adalah asam nukleotida yang merupakan rangkaian
molekul penentu bentuk dan sifat semua makhluk hidup, biasanya dalam bentuk heliks
ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis dari
seluruh bentuk kehidupan sel. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.
DNA berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode barisan residu asam amino
dalam protein dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet. DNA
seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk
penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini
misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan
sel, DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan selama reproduksi. DNA
bukanlah suatu molekul tunggal, ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh ikatan
hidrogen.
DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka.
Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia (batu bata penyusun), yakni nukleotida,
yang terdiri dari empat tipe:
1. Adenin nukleosida = adenine deoksiribosa fosfat
2. Guanine nukleosida = guanine deoksiribosa fosfat
3. Sitosin nukleosida = sitosin deoksiribosa fosfat
4. Timin nukleosida = timin deoksiribosa fosfat

DNA mengandung informasi genetika yang diwariskan oleh keturunan dari suatu
organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan pasangan basa. Sebuah untai DNA
 mengandung gen, sebagai cetak biru organisme .

B. Struktur DNA

DNA sebagian besar tersusun dari dua untai yang menggulung dan membentuk
heliks ganda (double helix). Untai DNA terbuat dari urutan nukleotida, nukleotida
yang terdiri dari basa nitrogen, gula monosakarida dan gugus fosfat. Nukleotida
terhubung satu sama lain oleh ikatan kovalen antara gula dan gugus fosfat yang
mengakibatkan tulang punggung gula-fosfat bergantian. DNA menyimpan informasi,
kedua untai DNA menyimpan informasi biologis yang sama. Untai DNA anti paralel
dan berlawanan satu sama lain. DNA diatur ke dalam kromosom di dalam sel-sel.
Selama proses pembelahan sel, DNA direplikasi dalam proses replikasi DNA yang
memberikan setiap sel sendiri set kromosom. Organisme eukariotik menyimpan
DNA mereka dalam inti sel dan juga dalam komponen lain seperti mitokondria dan
kloroplas. Dalam prokariota, DNA yang menyebar di dalam sitoplasma.
Struktur DNA terbagi dalam 2 (dua) katagori yaitu :
1. Struktur utama : DNA adalah urutan polimer yang terdiri dari sub unit
nukleotida. Nukleotida DNA terbuat dari gula (deoksiribosa), basa nitrogen dan
gugus fosfat. Basa Nitrogen dari empat jenis yang hadir dalam molekul DNA
adalah, adenin, guanina, Sitosina dan guanina, molekul gula adalah gula karbon
5 karbon dan satu atau lebih gugus fosfat. Adenin dan guanina adalah nitrogen
basa Purina, Sitosina dan Timina adalah Pirimidina. Ikatan phosphodiester
yang dibentuk dengan gugus fosfat basa nitrogen dengan kelompok OH pada
gula. Urutan asam nukleat pada nukleotida saling melengkapi satu sama lain
dalam urutan untai DNA.
2. Struktur Sekunder : Sekunder struktur DNA adalah interaksi antara basa,
dengan helai terikat satu sama lain.
a. Dalam struktur heliks ganda DNA, helai yang dibuat bersama oleh ikatan
hidrogen, dimana nukleotida pada untai salah satu pasangan dengan
nukleotida pada untai yang lain.
b. Struktur sekunder memberikan bentuk asam nukleat. Basa Purina berpasang
dengan pirimidin oleh ikatan hidrogen.
c. Struktur sekunder menentukan dasar-pemasangan helai untuk membentuk
heliks ganda.
d. Alur utama dan alur kecil dibentuk dalam dua heliks ganda. Untai DNA tidak
simetris dengan satu sama lain alur tidak adil.
Total bahan genetik (gen) yang mengendalikan keseluruhan metabolisme pada
suatu jasad hidup disebut GENOM. Pada eukariot jumlah kromosom umumnya
ganda, maka total gen diartikan sbg total gen pada jumlah kromosom haploid.

Jumlah gen dalam suatu genom berbeda-beda (bervariasi) antara organisme hidup
satu dengan yang lainnya. Semakin kompleks suatu organisme hidup maka semakin
banyak jumlah gen yang terkandung di dalam genom. Banyaknya bahan genetik
dalam suatu organisme dinyatakan dalam panjang DNA atau jumlah pasangan basa
(bp = base pair).
Salah satu perbedaan fundamental antara struktur sel organisme prokariot dan
eukariot adalah pada organisasi bahan genetiknya. Pada kelompok eukariot,
umumnya hanya ada satu unit bahan genetik utama yang membawa semua informasi
genetik yang diperlukan untuk kelangsungan pertumbuhan jasad tersebut. Semua unit
bahan genetik merupakan satu kesatuan genom yang merupakan kelangsungan
makhluk hidup. Virus yang merupakan jasad paling sederhana menunjukkan
organisasi genom yang paling efisien dibandingkan dengan prokariot dan eukariot
(Yuwono, 2010). Kompleksitas yang dimiliki oleh setiap materi genetik yang
dimiliki oleh prokariot, eukariot, dan virus mendorong kita untuk lebih mengetahui
perbedaannya. Fenomena lain yang sangat menarik dalam hal organisasi genom
adalah sistem pengemasan bahan genetik yang sangat efisien pada setiap jasad hidup.
Meskipun ukuran bahan genetiknya jauh lebih panjang dibanding ukuran sel atau
ukuran partikelnya, namun bahan genetik tersebut dapat dikemas sedemikian rupa
sehingga hanya menempati sebagian kecil ruang di dalam sel.

Gambar 2.3. Struktur Double Helix DNA

 Gambar 2.4. Sel Prokariot dan Eukariot
C. Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan
replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur,
yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula
dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).

D. Model Replikasi DNA

DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan diri
(replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu mensistesis
dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA. Replikasi DNA dapat
terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.
Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan
suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi
tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase. Ada tiga
kemungkinan terjadinya replikasi DNA, yaitu konservatif, semikonservatif, dan
dispersif.
a. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan
molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru.

a. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.
Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu
rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
b. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
 sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya
diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan
baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang
saling berselang-seling pada setiap untai.

Gambar 2.5. Model Replikasi DNA

Replikasi terjadi dengan proses semi konservatif karena semua DNA double
helix. Hasil replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi
template yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative
process. Primer strand : Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy
untuk menempelkan, tetapi pada 5’ P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan
sehigga tidak ada energi sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3’-5’, tetapi dari
5’-3’, jadi yang menambah selalu ujung 3’.
E. Tahapan Replikasi DNA
Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan
melibatkan set protein dan enzim yang secara kolektif merakit nukleotida dalam
urutan yang telah ditentukan. Dalam menanggapi isyarat molekul yang diterima
selama pembelahan sel, molekul-molekul ini melakukan replikasi DNA, dan
mensintesis dua untai baru menggunakan helai yang ada sebagai template atau
„cetakan’. Masing-masing dua resultan, molekul DNA yang identik terdiri dari satu
untai baru lama dan salah satu DNA. Oleh karena itu proses replikasi DNA disebut
sebagai semi-konservatif.
Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah
dijelaskan di bawah ini.
F. Inisiasi
Pelepasanuntai
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator
DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk
 docking protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang
disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian) heliks dalam
alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang unwound, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah unwound, dan mencegah mereka untuk
annealing (penempelan). Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.

Gambar 2.6. Tahapan Iniasi

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi. Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase
yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan
untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai,
DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Unwinding DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral yang
mengganggu) di wilayah berikut garpu. Ini superkoil DNA Unwinding oleh enzim
khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu
replikasi. Ini menciptakan nick di untai DNA dalam rangka untuk meringankan
supercoil tersebut.

Gambar 2.7. Sintesis DNA Primer

G. Sintesis leading strand

 Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3
„dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3 „saja.

Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada
satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal
(leading strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 „OH akhir primer
RNA, dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Seperti garpu replikasi
berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.

Gambar 2.8. Sintesis Leading Strand

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan

serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 „→ 3′. Fragmen ini disebut
fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak
proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

Gambar 2.9. Sintesis lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai
unwound. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida
baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan
demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu geser lebih lanjut up-stream

untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA
di tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.
H. Penghapusan Primer
 Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui „5→ 3′
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru oleh 5 „→ 3′ aktivitas polimerase DNA.

Gambar 2.10. Penghapusan primer RNA

I. Ligasi

Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah

atau nick antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan
segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 „fosfat dan 3′
gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

Gambar 2.11. Tahapan Ligasi

J. Pemutusan (terminasi)
Replikasi mesin ini menghentikan di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase bertemu dengan protein situs itu jatuh bersama dengan
terdekat untai tunggal protein pengikat.
Gambar 2.12. Tahapan Pemutusan
3.1 Bahan Genetik
Materi genetik merupakan materi (bahan) yang bertanggung jawab terhadap
sistem informasi genetik (pewarisan sifat) atau mengandung informasi biologi yang
mempunyai fungsi genetik antara lain : Fungsi menyimpan informasi genetik dalam
sistem pewarisan sifat secara tepat (genotipe / replikasi) dan fungsi mengendalikan
organisme (fungsi fenotipe/ ekspresi gen). Menurut konsep Mendellian, suatu gen
digambarkan sebagai suatu unit penurunan sifat yang mempunyai ciri-ciri tersendiri
yang mempengaruhi karakter fenotipik (Fincham, 1990). Awalnya setelah para
ilmuwan menyepakati bahwa gen terdapat dalam kromosom dan kromosom tersusun
dari protein dan DNA, semenjak itu muncul pertanyaan manakah yang merupakan
bahan genetik atau bahan yang membawa informasi biologi ? sehingga sekarang telah
diketahui bahwa DNA (asam nukleat) merupakan bahan genetik yang membawa
informasi biologi sehingga mematahkan pendapat sebelumnya bahwa protein adalah
sebagai bahan pembawa informasi.
Sebelum tahun 1930 an informasi tentang DNA sangat terbatas, sementara itu
telah banyak diketahui bahwa protein merupakan suatu kimia yang kompleks yang
tersusun dari asam amino dalam bentuk rantai polimer. Asam amino sendiri terdapat
20 jenis susunan asam amino dalam polimer tersebut sangat bervariasi. Sedangkan
DNA pada waktu itu hanya dianggap sebagai senyawa yang sederhana dengan berat
molekul 1227, dan setiap molekulnya dianggap memiliki struktur yang sama
sehingga pada saat itu DNA dianggap tidak memenuhi syarat sebagai bahan
pembawa genetik.
Saat ini disepakati oleh para ahli bahwa pengertian Asam deoksiribonukleat atau
DNA didefinisikan sebagai molekul yang mengkode informasi genetik yang
diperlukan untuk pengembangan dan berfungsinya semua organisme hidup. DNA
adalah molekul ganda yang memiliki informasi untuk faktor-faktor seperti
pertumbuhan, Divisi dan fungsi sel. DNA adalah berbentuk heliks ganda. DNA adalah
polimer nukleotida dengan kode bolak balik urutan asam amino selama proses sintesis
protein. DNA membawa informasi genetik pada gen yang diperlukan untuk
membangun molekul seperti protein.
 Perkembangan penelitian tentang DNA terus berkembang setelah tahun 1930 an
saat itu mulai diketahui bahwa DNA bukanlah molekul yang sederhana dan akhirnya
disepakati bahwa DNA memenuhi persyaratan-persyaratan sebagai bahan pembawa
informasi genetis (biologi) antara lain :
a. Harus mampu hadir dalam berbagai variasi
b. Harus dapat menyimpan informasi
c. Harus dapat mengekspresikan informasinya
d. Harus dapat melakukan replikasi
e. Harus dapat bermutasi.
Secara umum bahan genetik dari organisme hidup adalah DNA terkecuali pada
beberapa Virus, TMV yang memilliki bahan genetik RNA. Gen terletak dalam
kromosom dan dapat diwariskan tetua kepada anaknya melalui pembentuk sel kelamin
dan fertilisasi, dan kromosom sendiri terdiri dari asam nukleat (DNA) dan protein,
sistem informasi pewarisan sifat terdapat dalam asam nukleat (DNA) sehingga DNA
adalah bahan genetik yang mengatur dan bertanggung jawab dalam mekanisme
pewarisan sifat suatu organisme. DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga
komponen utama, yaitu:
a. Gugus fosfat
b. Gula deoksiribosa
c. basa nitrogen, yang terdiri dari:
o Adenina (A)
o Guanina (G)
o Sitosina (C)
o Timina (T)
Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut
dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida. Rantai DNA
memiliki lebar 22-24 Å, sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 Å. Walaupun
unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang
terangkai seperti rantai.
Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-
seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa.
Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom
karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya.

DNA terdiri atas dua untai benang polinukleotida yang saling berpilin
membentuk struktur heliks ganda. Seutas polinukleotida pada molekul DNA tersusun
atas rangkaian nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas:
1. Gugusan gula deoksiribosa (gula pentosa yang kehilangan satu atom oksigen)
2. Gugusan asam fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula)
3. Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula
Ketiga gugus tersebut saling terkait dan membentuk “tulang punggung” yang
sangat panjang bagi heliks ganda. Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga,
dimana ibu tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya adalah susunan
basa nitrogen. Sedangkan fosfat menghubungkan gula pada satu nukleotida ke gula
pada nukleotida berikutnya untuk membentuk polinukleotida.
Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan
guanin (G), serta basa pirimidin yaitu sitosin atau cytosine (C) dan timin (T). Ikatan
antara gula pentosa dan basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa
nukleosida yaitu :
1. Ikatan A-gula disebut adenina atau adenosin deoksiribonukleosida
(deoksiadenosin)
2. Ikatan G-gula disebut guanina atau guanosin deoksiribonukleosida
(deoksiguanosin)
3. Ikatan C-gula disebut sitosina atau sitidin deoksiribonukleosida
(deoksisitidin)
4. Ikatan T-gula disebut timina atau timidin deoksiribonukleosida
(deoksiribotimidin)
Ikatan asam-gula-fosfat disebut sebagai deoksiribonukleotida atau sering disebut
nukleotida. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin deoksiribonukleotida,
timidin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida, timidin
deoksiribonukleotida. Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian yang disebut
polinukleotida. DNA terbentuk dari dua utas polinukleotida yang saling berpilin.
Penggabungan nukleotida-nukleotida tersebut melalui ikatan fosfodiester (gambar
2.1).

Gambar 2.1. Struktur Polinukleotida dalam DNA

Dalam kondisi normal (kondisi fisiologis), DNA relatif stabil, kadang menjadi
tidak stabil yang dikarenakan adanya proses-proses replikasi dan transkripsi. Antara
basa nitrogen satu dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan hidrogen . Watson
and Crick menyatakan bahwa replikasi DNA sangat mungkin untuk suatu DNA
diperbanyak dengan informasi yang sama. Disosiasi double helix DNA yaitu
denaturasi yang terjadi apabila DNA dipanaskan diatas melting temperaturnya (Tm)
maka double helix akan terbuka. Tm tergantung pada rasio (G+C)/(A+T). G/C content
dapat dihitung dengan (G+C) / (Total Basa N) x 100%. Dalam molekul DNA terdapat
2 rantai nukleotida yg membentuk double helix, dengan arah yang berlawanan. Kedua
rantai ini berikatan dengan ikatan hidrogen antara A-T (2 ) dan G-C (3). Bila satu pita
5’-ATGC-3’, maka pasangan komplementernya adalah 5’- GCAT-3’ dan bukan 5’-
TACG-3’.
CHARGAFF’S RULES :
a. Komposisi basa dari DNA suatu organisme adalah tetap pada semua sel nya
dan mempunyai karakteristik tertentu.
b. Komposisi basa dari DNA bervariasi dari suatu organisme dengan organisme
lainnya dinyatakan dengan dissymmetry ratio : (A + T) / (G + C).
c. Komposisi basa dari suatu spesies tidak berubah oleh umur, keadaan nutrisi,
ataupun lingkungan.
d. Jumlah adenin dalam DNA suatu organisme selalu sama dengan jumlah timin
(A = T).

e. Jumlah guanin dalam DNA suatu organisme selalu sama dengan jumlah
 sitosin (G=C).
f. Jumlah total basa purin dalam DNA suatu organisme selalu sama dengan
jumlah total basa pirimidin: (A + G) = (T + C).

Dalam Chargaff’s Rules Adenine selalu berpasangan dengan Thymine dan

Guanine selalu berpasangan dengan Cytosine (Gambar 2.2.)

Gambar 2.2. Chargaff’s Rules

Peranan DNA dalam proses genetik tidak hanya berdasar pada struktur kimianya
saja melainkan juga hubungan struktur dan fungsinya. James Watson dan Francis
Crick pada tahun 1953 mengemukakan hipotesis sifat pilinan berganda DNA yang
kemudian dikenal dengan Double Helical Nature of DNA. Asam Nukleat (DNA)
mempunyai fungsi antara lain :
1. DNA mengatur sel untuk membuat protein-protein yang spesifik (fenotipe), oleh
karena itu DNA mengendalikan semua fungsi kehidupan
2. DNA merupakan materi penyimpan informasi pewarisan sifat suatu individu
3. DNA bisa mengalami mutasi (berubah), hal ini menyebabkan munculnya
karakteristik (sifat) baru (keragaman) sehingga fungsi ini membantu mahluk
hidup untuk dapat beradaptasi sehingga dapat bertahan dan melakukan reproduksi
(evolusi).

4. DNA mampu melakukan replikasi (meng-copy) dirinya sendiri

3.2 Komposisi Kimia DNA
Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) adalah asam nukleat yang membawa
informasi genetik dari generasi ke generasi selanjutnya (Abdul H, 2017: 43).
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan polinukleotida untai ganda yang
memiliki karakteristik komponen penyusun antara lain gula deoksiribosa, gugus fosfat
dan basa nitrogen (adenin, guanin, timin dan sitosin). Untai DNA tersusun dari
rangkaian nukleotida yang terhubung melalui ikatan fosfodiester yang terbentuk
di antara gula pentosa dan gugus fosfat. Sedangkan, untai ganda DNA terhubung
melalui ikatan hidrogen yang terbentuk antara pasangan basa nitrogen. Pasangan basa
nitrogen pada DNA meliputi adenin dan timin (dua ikatan hidrogen) serta guanin dan
sitosin (tiga ikatan hidrogen). Satu putaran lengkap untai DNA terdiri dari sepuluh
bp (base pairs / pasangan basa) sepanjang 34Å atau setara dengan 3,4 nm (Siti N,
2019: 95). Pada tahun 1953, peneliti James Watson dan Francis Crick
mengajukan model DNA berbentuk DNA B. Seiring berjalannya waktu, bentuk
DNA lain seperti DNA A dan DNA Z juga diajukan. Namun, struktur DNA B
merupakan struktur yang paling umum ditemukan di dalam sel. Untai ganda DNA,
memiliki orientasi antiparalel yaitu terdiri dari untai ujung 5’ ke ujung 3’ (5’→3’) dan
untai ujung 3’ ke ujung 5’ (3’→5) yang berpasangan (Siti N, 2019: 95). Penambahan
satu atau lebih fosfat pada gula akan mengubah nukleosida menjadi nukleotida.
Umumnya, fosfat diikat dengan ikatan ester pada karbon no. 5 dari gula. Jika lebih
dari satu fosfat, umumnya terjadi ikatan anhidrida dengan sesama fosfat. Untuk itu
tidak diperlukan sandi nomor untuk menyatakan posisinya. Jika fosfat terletak pada
posisi lainnya, maka posisi tsb harus ditandai dengan nomor. Misal 3'-5' cAMP yang
berarti fosfat terikat dengan ikatan ester baik untuk gugus hidroksi 3’ maupun 5’. Dari
molekul adenosin dapat dibentuk struktur siklis. 2'-GMP berarti bahwa fosfat dalam
keadaan berikatan ester pada gugus hidroksi 2’ dari guanosin. Nukleotida-nukleotida
dapat berikatan satu sama lain dengan ikatan 3'-5' fosfodiester sehingga
membentuk polinukleotida. Polimerisasi deoksiribonukleotida menghasilkan DNA
(Kris H, 2019: 5)
 Gambar 1. Struktur Untai Ganda DNA
Sumber: Siti N, 2019: 95.

DNA terdapat pada nukleus, mitokondria pada hewan dan terdapat juga
pada kloroplas tumbuhan. Ada beberapa perbedaan antara DNA tersebut,
yaitu: DNA nukleus yang disebut juga DNA kromosomal, berbentuk
benang lurus (linear) tak bercabang dan berasosiasi sangat erat dengan
protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk
melingkar (sirkular) dan tidak berasosiasi dengan protein histon (Abdul H,
2017: 43).
 Komponen DNA
DNA terdiri atas susunan kimia yang terdiri atas tiga macam
molekul yaitu : yaitu gula pentosa yang dikenal sebagai deoksiribosa, asam
fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas basa purin dan pirimidin (Abdul H,
2017: 43). DNA adalah polimer dari nukleotida-nukleotida. Nukleotida-
nukleotida dalam DNA dihubungkan satu dengan yang lainnya oleh ikatan
fosfodiester, yaitu ikatan yang terjadi antara Carbon katida dari satu
nukleotida terdiri dari sebuah gula pantosa (deoksiribosa), satu buah fosfat
dan satu basa nitrogen. Basa nitrogen tersebut berikatan dengan carbon
pertama dari gula deoksiribosa, sedangkan fosfat berikatan dengan Carbon
kelima dari gula yang sama. Basa nitrogen yang menyusun nukleotida
dikelompokan menjadi 2 yaitu:
1) Purine, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa dua
cincin. Termasuk diantaranya adalah : adenin dan guanin.
2) Pirimidin, yaitu basa nitrogen yang strukturnya berupa satu
cincin. Termasuk diantaranya adalah : citosin dan timin (Priyani, 2004: 3).
Adenin hanya akan berpasangan dengan timin dan guanin hanya
berpasangan dengan sitosin. Adenin dan timin dihubungkan oleh dua
atom hidrogen, sedangkan guanin dan sitosin dihubungkan dengan tiga atom
hidrogen (Abdul H, 2017: 43).
 BAB III
PENUTUP
Proses kehidupan dari suatu jazad hidup pada dasarnya sangat ditentukan oleh
bahan (materi) genetik yang bertanggung jawab dalam sistem informasi genetik
(pewarisan sifat). Dimana bahan genetik ini berfungsi untuk menyimpan informasi
genetik dalam pewarisan sifat (fungsi genotipe/replikasi) dan mengendalikan
organisme (fungsi fenotipe/ekspresi gen). Secara umum bahan genetik dari organisme
hidup adalah DNA terkecuali pada beberapa Virus. DNA (asam nukleat) merupakan
polimer yang terdiri dari 3 komponen utama yaitu : Gugus fosfat, gugus deoksiribosa
dan basa nitrogen. Sebagian besar struktur DNA terdiri dari 2 untai yang dikenal
dengan double helix.
Replikasi DNA yang merupakan fungsi genotipe merupakan proses
penggandaan ganda DNA yang terdiri dari 3 model replikasi yaitu : Model
konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Dimana pada akhirnya model semi
konservatif merupakan model yang dianggap paling sesuai dengan kondisi replikasi
DNA. Sedang dalam fungsi fenotipe (ekspresi gen) merupakan proses dimana
informasi dari gen digunakan untuk sintesis produk gen fungsional. Mekanisme
ekspresi gen ini mengikuti aliran (transfer) yang dikenal dengan Dogma Sentra
Biologi Molekuler, pada dasarnya ekspresi gen terdiri dari 2 proses pokok yaitu :
Transkripsi dan Translasi. Dalam proses transkripsi dan translasi mempunyai tahapan
yang relatif mempunyai kesamaan yaitu : Inisiasi, Elongasi dan Terminasi, baik pada
sel prokariotik ataupun eukariotik.
Dalam ekspresi genetik diperlukan adanya pengaturan (regulasi) yang
merupakan aspek penting bagi jazad hidup. Pada dasarnya regulasi ekspresi gen
merupakan pengendalian gen yang berfungsi untuk memunculkan sifat fenotipe dari
genotipe. Sistem pengaktifan ekspresi gen dibedakan menjadi 2 tipe yaitu : Secara
konstitutif dan secara Induktif.
Regulasi ekspresi gen terdapat pada berbagai tahap tetapi sebagian besar terjadi
pada tahapan transkripsi. Mekanisme pengaturan ekspresi gen dibedakan menjadi 2
katagori utama yaitu : Mekanisme Turn on and turn off (penyalapadaman) dan
mekanisme Preprogrammed circuit (Sirkuit ekspresi gen terprogram).
 DAFTAR PUSTAKA

Brown, TA. 1993. Genetics, a molecular approach. Chapman and Hill. London Burns,
GW. 1980. The Science of Genetics : an Introduction of Heredity. Fourth
edition MacMillan Publishing. New York.

Fincham, JRS. 1990. Mendel – Now down to Molecular Level. Nature. 343 : 207-
210

Irawan, B. 2008. Genetika Molekuler. Pusat Penerbitan dan Percetakan UNAIR.

Surabaya.

Prashar, S., D, Wolfe., M. King., C. Vera., S. Fox., R. Depauw. 2012. Stability of

Midge Tolerant Varietal Blends over 3- 4 Successive Generations: High-speed/
High-throughput, SNP-DNA Fingerprinting in Grain Seeds. Plant Molecular
Biology and Biotechnology .(2) ; 1.

Scheilf, R. 1993. Genetics and Molecular Biology. Hopkins University. Baltimore.

Maryland.

Sudarmi, 2013. Peranan Biologi Molekuler pada Pemuliaan Tanaman. Magistra (25)
: 84.

Yuwono, T. 2010. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.

Agus H. Susanto.2011. Genetika. Graha Ilmu, Yogyakarta

Victoria Henuhili, 2013. Genetika Molekuler.