TUGAS BIOLOGI SEL

Sintesis Protein

Oleh :
NENY SANDRAWATI
No. BP 1720312019

Dosen Mata Kuliah: Dr. Eti Yerizal, MS

PROGRAM PASCASARJANA
MAGISTER (S2) ILMU BIOMEDIK
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2017
 SINTESIS PROTEIN
Istilah genetik pertama kali ditemukan oleh Willian Bateson (1905).
“Genetics” berasal dari bahasa Yunani : genno / give birth yang menjelaskan
studi pewarisan dan variasi. Informasi genetik sebuah sel tersimpan di dalam
sekuens-sekuens nukleotida-nukleotida atau yang disebut juga basa DNA yang
terdapat di dalam inti sel. Bagian fungsional dari rantai DNA yang menyandi
sifat-sifat genetik atau sifat-sifat yang diwariskan disebut gen. Jadi, gen adalah
urutan basa nitrogen / basa nukleotida dari DNA yang akan diekspresikan menjadi
protein. Tiap gen akan mensintesa satu protein. Di setiap gen terdiri dari beberapa
kodon. Kodon terdiri dari 3 urutan nukleotida / basa nukleotida. Satu kodon akan
mensintesa 1 asam amino. Kodon yang berbeda bisa mensintesa asam amino yang
sama. Sebuah protein dapat tersusun dari lebih dari satu polipeptida, dan setiap
polipeptida masing-masing memiliki gen tersendiri. Pada tahun 1909, W.
Johannsen pertama kali menggunakan istilah “gene” (gen). Keseluruhan
informasi sifat genetik yang terdapat dalam tubuh suatu makhluk hidup disebut
genom.

1. DNA (Deoyribonucleic acid)

DNA merupakan materi yang menyampaikan infomasi genetiknya melalui

biosintesa protein. DNA (asam deoksiribonukleat = deoxyribonucleic acid) adalah
molekul besar yang merupakan polimer dari nukleotida-nukleotida yang satu
sama lain ditautkan oleh ikatan fosfodiester. Semua sel dalam tubuh satu individu
makhluk hidup memiliki perangkat gen yang lengkap dan sama. Artinya, baik sel
kulit, sel otot jantung, sel-sel hepar dan semua sel-sel lain di dalam tubuh
memiliki susunan gen yang sama.

Hubungan antara DNA dan protein adalah DNA merupakan buku

kehidupan yang mengandung informasi protein apa yang harus dibuat oleh m
RNA pada ribosom. Sedangkan protein merupakan mesin kehidupan yang akan
menjalankan berbagai fungsinya. Jadi fungsi gen akan terlihat melalui fungsi
proteinnya.
 DNA memiliki struktur heliks ganda (double helix). Teori ini pertama kali
dikemukakan oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953.

Gambar. Struktur double helix DNA

DNA pada organisme eukariota memiliki struktur heliks ganda linier,

sedangkan pada organisme prokariota DNAnya berbentuk heliks ganda sirkular.
Molekul DNA umumnya tersusun oleh dua untai polinukleotida yang terpilin
secara antiparallel membentuk struktur untai ganda yang terikat satu sama lain
oleh ikatan-ikatan hidrogen yang terbentuk antar basa-basa nitrogen pada satu
untai dengan basa-basa nitrogen pada satu untai dengan basa-basa nitrogen pada
untai yang lain yang saling berkomplementer.

Ada 4 macam nukleotida pembentuk DNA, yaitu Adenosin monofosfat

(AMP), Guanosin monofosfat (GMP), Sitidin monofosfat (CMP), dan Timidin
monofosfat (TMP). Masing-masing nukleotida tersebut diberi nama sesuai dengan
basa yang ada dalam struktur masing-masing, yaitu Adenin (A), Guanin (G),
Sitosin (C), dan Timin (T). Nukleotida-nukleotida tersebut juga kerap diberi kode
dengan singkatan satu huruf sebagaimana basanya.

Pasangan basa yang saling berkomplementer dan membentuk ikatan

hidrogen tersebut adalah A-T dan G-C. Antara basa A dan T terbentuk 2 ikatan
hidrogen, sedangkan antara basa G dan C terbentuk 3 buah ikatan hidrogen. Ikatan
hidrogen antar basa komplementer inilah yang menstabilkan struktur double helix
dari molekul DNA.

Molekul DNA manusia merupakan polimer yang sangat panjang,

mengandung beberapa ratus juta pasang basa. Satu molekul DNA dari kromosom
dapat mencapai panjang sekitar 1,5-3 meter. Molekul DNA yang sangat panjang
ini terpilin sangat kompak sehingga dapat tersimpan di dalam inti sel yang
diameternya sangat kecil, sekitar 0,000001 meter (seperjuta meter). Untai DNA
tidak hanya memuat gen-gen (penyandi protein), tetapi juga bagian-bagian lain
atau sekuens yang tidak menyandi protein. Bagian non-sandi ini memiliki peran
penting dalam pengendalian ekspresi gen.

Rantai DNA yang panjang tergulung kompak dalam beberapa bagian yang
disebut kromosom. Jadi, setiap kromosom merupakan gulungan atau gelondong
yang memuat sebagian dari rantai DNA. Struktur ini baru tampak apabila terdapat
dalam keadaan terkondensasi, yaitu sesaat sebelum dan pada saat prosese mitosis
(prose pembelahan sel dan nukleus yang terdapat dalam sel-sel somatis). Pada
tahun 1901, Montrogomery menemukan bahwa kromosom-kromosom terdapat
dalam pasangan-pasangan dalam bentuk dan ukuran yang bisa dibedakan.
Kromosom yang berpasangan berasal dari induk jantan dan betina.
Gambar. Contoh kromosom homolog pada trilium ungu (Trilium erectum). 10
kromosom terdiri dari 5 pasang, yang tiap pasang berasal dari induk yang berbeda.
Jumlah pasangan menunjukkan nomer identitas.
Setiap spesies makhluk hidup memiliki jumlah kromosom yang berbeda
satu sama lain. Manusia memiliki 23 pasang kromosom, sepasang diantaranya
merupakan kromosom seks, yaitu kromosom yang menentukan jenis kelamin
seseorang. Sisanya, 22 pasang kromosom, merupakan kromosom autosomal yang
menentukan karakteristik lain dari tubuh seseorang.

Pada sel-sel yang tidak sedang membelah, materi kromosom ini disebut
kromatin, tidak memiliki bentuk tertentu dan terdispersi secara random di dalam
nukleus. Kromatin merupakan struktur benang yang sangat tipis, terdiri dari
protein (sekitar 65%), DNA (sekitar 35%) dan RNA (sekitar 5%). DNA di dalam
kromatin terikat sangat kuat dengan protein yang disebut histon. Histon ini
menjadi molekul DNA yang sangat panjang agar tetap terorganisasi dengan rapi.
Pada saat ini telah dikenal beberapa protein histon dalam kromatin, yaitu H1,
H2A, H2B, H3, dan H4. Di samping histon, terdapat satu kelompok protein lagi di
dalam kromatin, yang disebut non-histon. Protein non-histon dalam kromatin ini
sangat beragam, lebih dari 1000 macam protein, dan jumlahnya sangat sedikit
dibandingkan dengan histon.

Histon merupakan protein dengan berat molekul beragam, antara 11.000-

21.000. Histon sangat kaya akan asam amino yang bersifat basa. Kandungan
arginin dan lisin dalam histon dapat mencapai 30% dari keseluruhan asam amino
yang ada. H1 merupakan protin histon yang paling kaya lisin, sekitar 29%. H2A
dan H2B mengandung hampir sama banyak arginin dan lisin, sedangkan H3 dan
H4 mengandung lebih banyak arginin dibandingkan lisin. Karena gugus rantai
samping residu arginin dan lisin bermuatan positif pada Ph 7, maka histon dapat
berikatan dengan molekul DNA yang bermuatan negatif, membentuk kompleks
DNA-histon.

Pengikatan DNA oleh histon menghasilkan struktur khas yang disebut

nukleosom. Satu nukleosom terdiri dari satu segmen DNA untai ganda yang
tersusun dari sekitar 200 pasang basa, terlilit dua kali pada seperangkat protein
histon, membentuk struktur seperti manik dengan diameter 10-11 nm. Inti
nukleosom merupakan struktur protein oktamer yang tersusun oleh 2 subunit
masing-masing H2A, H2B, H3 dan H4. Histon H1 terikat pada DNA
internukleosom dan disebut histon penghubung atau linker-histon.

DNA penghubung antar nukleosom panjangnya beragam, antara 20 sampai lebih

dari 200 mikroskop elektron, maka struktur nukleosom ini tampak seperti manik-
manik pada benang atau dikenal sebagai bentuk “beads on a string”.

Nukleosom-nukleosom akan menggulung kembali menjadi bentuk

solenoid, yang kemudian akan tergulung kembali berkali-kali sehingga diperoleh
pengepakan DNA menjadi bentuk yang sangat kompak. Struktur DNA-protein
dari kromatin lebih distabilkan lagi oleh ikatan protein-protein non-histon yang
disebut matrik nukleus.

DNA memiliki 2 bagian yaitu bagian sandi yang disebut ekson dan bagian
non-sandi yang disebut intron. Umumnya intron memisahkan ekson menjadi
bagian-bagian sandi yang memiliki domain fungsi yang berbeda. Ekson umumnya
memiliki ukuran yang jauh lebih kecil dari intron. Sekuens intron dapat mencapai
20.000 pasang basa.

Kodon atau sering disebut triplet kodon adalah rangkaian 3 nukleotida

yang mengkode suatu asam amino tertentu. Setiap kodon hanya mengkode satu
asam amino tertentu saja. Tetapi satu asam amino tertentu dapat memiliki kodon
lebih dari satu buah. Tida buah kodon yang tidak mengkode asam amino yaitu
UAA, UGA, dan UAG berfungsi sebgai kodon “stop”.

2. RNA (Ribonucleid acid)

Gen memberi perintah untuk membuat protein tertentu. Tetapi gen tidak
membangun protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein
adalah RNA. Molekul RNA tersusun oleh hanya satu untai polinukleotida, namun
tidak berbentuk lurus melainkan melekuk dan melipat sehingga membentuk suatu
konformasi tertentu. Gula pentosa yang menyusun RNA adalah ribosa. RNA
mengandung komposisi basa nitrogen yang berbeda dengan DNA, yaitu Adenin
(A), Guanin (G), Sitosin (C) dan Urasil (U). Lekukan dan lipatan ini terjadi karena
terbentuknya ikatan hidrogen antar basa Adenin dan Timin (A-T) atau antara
Guanin dan Sitosin (G-C) yang berada pada rantai polinukleotida yang sama.

Berikut tabel perbedaan antara DNA dan RNA :

Pembeda DNA RNA

Gula penyusun Deoksiribosa Ribosa
Basa-basa penyusun A,G,T,C A,G,U,C
Konformasi Untai ganda (eukariota), Untai tunggal
untau tunggal sirkular
(prokariota)
Fungsi biologis Menyimpan informasi Menyampaikannya/
genetik mentransfer informasi
genetik dari DNA ke
protein
Panjang molekul Sangat panjang, Pendek, hanya puluhan
beberapa ratus juta sampai ribuan pasang
pasang basa (manusia) basa

Ada 3 macam asam ribonukleat atau RNA di dalam sel, baik eukariota atau
prokariota, yaitu :

a. RNA Messenger (m RNA)

Merupakan molekul perantara yang berfungsi sebagai pembawa pesan
(messenger) atau informasi genetik yang diterjemahkan dari DNA,
memberitahu sel tentang struktur molekul protein yang akan dibuat. m
RNA disintesis di dalam nukleus (pada sel eukariota) dan di sitoplasma
(pada sel prokariota) dengan menyalin (transkript) informasi genetik yang
terdapat dalam DNA. Sekuens nukleotida m RNA merupakan komplemen
dari sekuens nukleotida fragmen tertentu pada untai DNA template.
b. RNA Transfer (t RNA)
 Merupakan molekul yang bertugas membawa asam-asam amino sesuai
dengan informasi yang terdapat dalam m RNA ke ribosom yang sedang
melakukan sintesis protein. Untuk setiap asam amino tertentu terdapat
sebuah t RNA yang spesifik yang akan mengenali asam amino tersebut
dan membawanya ke molekul protein yang sedang disintesa setiap kali ada
“panggilan”.
Ada 2 bagian dari t RNA yang memiliki arti sangat penting, yaitu titik
pengikatan aminoasil dan bagian antikodon. Titik pengikatan aminoasil
adalah titik dimana molekul asam amino terikat pada molekul t RNA.
Setiap molekul t RNA spesifik hanya berikatan dengan satu macam asam
amino. Bagian antikodon terdiri dari 3 residu nukleotida yang merupakan
komplemen dari kodon, sekuens trinukleotida yang terdapat pada molekul
m RNA yang mengkode satu asam amino tertentu.
c. RNA Ribosomal (r RNA)
Adalah komponen esensial dari ribosom, yang merupakan 65% dari berat
ribosom. Dalam sel eukariota terdapat 4 jenis r RNA yan berbeda satu
sama lain dalam ukuran molekulnya. Pada sel-sel eukariota, ribosom
terikat pada ujung 5’ dari m RNA, lalu menyusuri rantai m RNA sampai
menemukan kodon “start” yang sesuai.

3. TAHAPAN SINTESA PROTEIN

Ada 2 tahapan penting dalam sintesis protein, yaitu :

a. Transkripsi
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada
pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Proses transkripsi
berlangsung di dalam nukleus pada sel-sel eukariotik atau di dalam
sitoplasma pada sel-sel prokariotik. Transkripsi dari setiap gen akan
menghasilkan RNA untai tunggal yang sekuensnya merupakan
komplemen dari sekuens nukleotida pada salah satu untai DNA untai
ganda. Untai DNA ini disebut untai template (template strand),
sedangkan untai DNA pasangannya sering disebut untai kode (coding
 strand). Pada proses transkripsi DNA template dibaca dari arah 3’ 
5’.
Enzim utama yang berperan pada proses transkripsi adalah RNA
polimerase. Enzim ini tidak memerlukan primer untuk memulai
sintesis RNA.

Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:

1. Inisiasi
Tahap ini diawali dengan pengenalan sekuens promoter
RNA polimerase yang dibantu oleh faktor-faktor pengendali
transkipsi. Promoter merupakan sekuens tertentu pda gen yang
merupakan pertanda akan dmulainya proses transkripsi apabila
telah berikatan dengan enzim RNA polimerase. Faktor – faktor
pengendali transkripsi ini berupa protein, dan beberapa yang sudah
dikenal diantaranya TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, dan sebagainya.
Pengenalan sekuens promoter mula-mula dilakukan oleh TFIID
(Transcription Factor IID) melalui komponennya yang disebut
TBP (TATA Binding Protein). Setelah TFIID berikatan dengan
sekuens promoter, lalu faktor-faktor transkripsi lain, yaitu TFIIA
dan TFIIC berikatan dengan kompleks ini dan menginduksi
konformasi DNA agar sesuai untuk pengikatan enzim RNA
polimerase. Keseluruhan kompleks yang terbentuk dari faktor-
faktor transkripsi dan RNA polimerase yang terikat pada sekuens
promoter ini disebut “kompleks inisiasi transkripsi”. Ketika
transkripsi diinisiasi, komplek yang terbentuk dari RNA
polimerase dengan promoter ini disebut kompleks terbuka (open
promoter complex).

2. Elongasi
Pada akhir tahap inisiasi, enzim RNA polimerase
mengalami fosforilasi berulang kali yang menyebabkannya terlepas
dari protein-protein faktor transkripsi lainnya. Setelah faktor-faktor
tersebut terlepas, selanjutnya enzim RNA polimerase melanjutkan
pembentukan untai RNA. RNA polimerase akan membaca DNA
cetakan (template) dan mulai melakukan pengikatan nukleotida
yang komplementer dan terjadi pemanjangan untaian DNA.
 3. Terminasi
Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan
terminasi yang ditandai dengan lepasnya RNA polimerase dari
DNA yang ditranskripsi.

Untai RNA yang dihasilkan langsung dari proses transkrips disebut

“traskrip primer” atau “primay transcript”. Transkrip primer akan diproses dalam
modifikasi RNA pasca transkripsi menjadi untai-untai RNA yang matang
(mature), siap untuk ditranslasikan pada tahap selanjutnya menghasilkan protein.

Ada 3 macam modifikasi utama yang berlangsung pada molekul-molekul

transkrip primer m RNA atau disebut juga prekursor m RNA yaitu :

- Penutupan ujung 5’ dengan gugus 7-metilguanosin trifosfat (5’ capping)

Berlangsung segera setelah proses transkripsi berjalan, yaitu pada saat
polimerisasi untai m RNA baru sudah berlangsung sepanjang 20-30
nukleotida. Gugus 7-metil guanosin trifosfat pada ujung 5’ ini bersifat
persisten dan ditemukan pada molekul m RNA fungsional. Proses 5’
capping ini berlangsung dengan katalisator enzzim fosfatase dan enzim
guanosil transferase. Penutupan ujung 5’ m RNA ini berfungsi untuk
melindungi ujung 5’ m RNA dari aktivitas enzim eksorinonuklease dan
untuk pengenalan oleh protein-protein tertentu pada inisiasi translasi.
- Pemberian poli-adenin pada ujung 3’ (3’ polyadenylation)
Juga berlangsung segera setelah transkripsi berjalan. Mula-mula segmen
yag berada di ujung 3’ dihidrolisis oleh sebuah kompleks enzim, lalu
kompleks enzim ini mensintesis poli-adenin pada ujung 3’ tersebut. Ekor
poli-A ini penting dalam proses eksport, translasi dan mempertahankan
stabilitas m RNA. Ekor poli-A ini akan memendek dari waktu ke waktu
dan ketika ekor ini sudah sangat pendek, secara otomatis molekul m RNA
akan didegradasi secara enzimatis.
- Pemotongan dan penautan kembali RNA (RNA splicing)
RNA splicing penting dilakukan karena prekursor m RNA eukariota
sangat banyak mengandung intron, yaitu bagian RNA yang bukan
merupakan kodon untuk sintesis protein. Dalam proses ini, sekuens-
sekuens intron dihidrolisis dan dibuang, lalu sekuens-sekuens ekson
kembali ditautkan satu sama lain membentuk satu molekul RNA utuh.
Reaksi RNA splicing dikatalis oleh komplek protein yang besar yang
disebut “spliceosome”, yang tersusun dari beberapa molekul protein dan
sn RNA (Sinaga, 2012).

b. Translasi

Merupakan proses penyalinan kode basa nitrogen pada RNA

menjadi asam amino yang akhirnya akan dirangkai menjadi protein.
Sekuens protein yang disintesisd ditentukan oleh informasi genetik yang
terdapat di dalam molekul m RNA. Informasi genetik yang terdapat di
dalam m RNA tersebut dinamakan kodon triplet, karena tersusun oleh tiga
buah nukleotida yang terletak bersisian. Kodon triplet dalam untai m RNA
dibaca dari ujung 5’ ke arah ujung 3’ dan polimerisasi asam amino
membentuk protein (polipeptida) berlangsung dari ujung N (amino) ke
ujung C (karbonil).

Translasi diawali dengan pembacaan kodon mulai atau kodon start

(AUG) yang terdapat di ujung ‘ untai m RNA dan diakhiri dengan kodon
terminasi atau kodon stop (UAG, UGA, UAA) yang terdapat di ujung 3’
untai m RNA.

Secara umum, proses translasi dapat dibagi dalam 3 tahap :

1. Inisiasi
Sistesis protein di dalam sel memerlukan kerja sama dari empat
komponen yang membentuk kompleks translasi, yaitu ribosom yang
mengkatalisis pembentukan ikatan peptida; protein-protein faktor
translasi yang membentu ribosom pada setiap tahap translasi; m RNA
yang membaa informasi genetik tentang protein yang disintesis ; dan
aminoasil-t RNA yang membawa asam-asam amino untuk membentuk
untai polipeptida atau ptotein yang disintesis.
Pada saat inisiasi tranlasi, keempat komponen ini bergabung
membentuk kompleks di posisi kodon start dalam untai m RNA.
 Pengenalan kodon start dilakukan oleh sub unit kecil dari ribosom
yang sudah berikatan dengan satu set faktor translasi yang disebut IF3.
Kompleks ribosom sub unit kecil – IF3 akan menyusuri untai m RNA
sampai menemukan kodon start (AUG). Ikatan antara kodon start
dengan sub unit kecil ribosom akan diikuti oleh terikatnya metionil-t
RNA, yaitu t RNA yang membawa residu asam asmino metionin
setelah sebelumnya berikatan dengan faktor translasi lainnya yang
disebut IF2, membentuk kompleks yang disebut “kompleks inisiasi
translasi”.

2. Elongasi
Setelah sub unit ribosom bergabung menjadi satu unit yang
lengkap, maka ribosom tersebut akan terbentuk 2 tempat pengikatan,
yaitu tempat pengikatan P (peptidil) dan A (aminoasil). T RNA yang
pertama akan menempati tempat pengikatan P, dan t RNA berikutnya
akan menempati tempat pengikatan A. Kemudian enzim peptidil
transferase menautkan kedua residu asam amino tersebut melalui
pembentukan ikatan amida, dan pada saat yang sama terjadi pemutusan
ikatan asam amino dengan t RNA yang membawanya. Kemudian, t
RNA yang terikat dengan oligopeptida secara otomatis akan berada di
lokasi pengikatan P, dan begitu seterusnya. Pada saat elongasi,
kompleks ini bergerak atau melakukan translokasi, sepanjang untai m
RNA dengan arah 5’ 3’.

3. Terminasi
Pada suatu saat ribosom akan sampai pada kodon stop
(UAA,UAG, atau UGA). Karena tidak ada t RNA yang memiliki
antikodon yang kompleman dengan kodon stop, maka tempat
pengikatan A akan kosong, dan ditempati oleh suatu protein khas yang
disebut RF (Release Factor). Ini menyebabkan translasi berhenti,
kompleks translasi akan terurai dan polipeptida yang dihasilkan akan
terlepas.
 Setelah polipeptida terlepas dari kompleks translasi, umumnya
polipeptida-polipeptida ini mengalami modifikasi yang disebut “modifikasi pasca
translasi” sebelum menjadi protein fungsional. Modifikasi ini bertujuan untuk
membentuk atau meningkatkan aktivitas biologis protein, untuk meningkatkan
stabilitas, untuk mengarahkan ke kompartemen subseluler tertentu atau untuk
mempersiapkan protein tersbut agar mudah dieksresikan keluar sel. Modifikasi
pasca translasi yang hampir selalu terjadi adalah pembuangan residu metionin
yang terdapat pada ujung N (Sinaga, 2012).

DAFTAR PUSTAKA

Sinaga, E. 2012. Biokimia Dasar. Jakarta : PT. ISFI Penerbitan.