pengemasan DNA pada sel kromosom

A. Kromosom

Gen yang menentukan sifat suatu makhluk hidup dibawa oleh struktur pembawa gen yang mirip
benang dan terdapat di dalam inti sel (nukleus). Kromosom hanya dapat diamati dengan mikroskop
pada saat sel sedang membelah secara mitosis atau meiosis. Di dalam inti terdapat benang-benang
halus yang dapat menyerap warna yang disebut kromatin (chroma = berwarna, tin = benang). Pada
tahap profase (fase awal ketika sel akan membelah diri), benang-benang kromatin memendek,
menebal, dan disebut kromosom (chroma = berwarna, soma = badan). Pada keadaan demikian,
kromosom lebih mudah menyerap zat warna, misalnya sudan III, hematoksilin, methylen blue, dan
kalium iodida.

Kromosom tersusun atas molekul DNA yang membawa keterangan genetik, oleh karena itu
kromosom mempunyai arti penting dalam genetika. Nama kromosom diberikan oleh Waldeyer pada
tahun 1888, sedang Morgan dalam tahun 1933 menemukan fungsi kromosom dalam pemindahan
materi-materi genetik. DNA merupakan persenyawaan kimia pembawa materi genetik. Di dalam
kromosom terdapat 35% DNA dari keseluruhan kromosom. DNA merupakan molekul hidup dan
dapat mengadakan replikasi (menggandakan diri). Karena mengandung molekul DNA, kromosom
pun dapat menggandakan diri. Selain itu, DNA merupakan tempat penyimpanan informasi genetika
yang akan diwariskan kepada keturunannya. Kromosom dikatakan sebagai benang pembawa sifat,
karena sifat-sifat makhluk hidup pada dasarnya tersimpan di dalam DNA yang terdapat di dalam
kromosom.

B. Proses Pengemasan DNA

Proses pengemasan DNA dan protein terjadi pada tahap profase. Proses yang terjadi adalah sebagai
berikut (Anonim, 2010):

1. Untai DNA dipintal dalam suatu protein histon. Protein histon ini mengikat DNA menjadi suatu
unit yang disebut nukleosom.

2. Nukleosom satu dengan lainnya bergabung membentuk benang yang lebih padat dan terpintal
menjadi lipatan lipatan yang disebut dengan solenoid.

3. Solenoid satu dengan yang lainnya bergabung dan lebih padat lagi membentuk benang yang
disebut kromatin.

4. Benang benang halus kromatin memadat membentuk lengan kromatid. Lengan kromatid
berpasangan membentuk kromosom.
C. Pengemasan DNA kromosom pada sel prokaryotik

Histon H1 letaknya di bagian tepi nukleosom adanya molekul H1 berukuran lebih besar 20 pb
disebut dengankromatosom. DNA nuklir dihubungkan dengan DNA-BINDING protein atau yang
disebut histones. Beberapa nuclease perlindungan chromatin (DNA-HISTONE kompleks)
mempertahankan struktur chromatin. Brown nuclease merupakan perlindungan mengadakan
percobaan yang kompleks yang diperlakukan dengan suatu enzim untuk memotong DNA dan
memposisikannya pada pasangannya. Ukuran DNA fragmen menandai adanya posisi dari protein
yang kompleks.

Pengemasan terjadi dengan cara pelilitan DNA di sekeliling sumbu nukleosom, Sumbu nukleosom
tersusun atas empat macam histon sumbu: H2A, H2B, H3, dan H4. Keempat macam histon ini berada
dalam bentuk oktamer (pada dua molekul) Protein histon sumbu bersifat basa/ bermuatan positif
(banyak arginin & lisin).

Setiap untai DNA sepanjang 146 pb mengelilingi satu sumbu nukleosom, sedangkan bagian-bagian
DNA lainnya menjadi penghubung (linker) antara satu sumbu nukleosom dan sumbu nukleosom
berikutnya. Pelilitan DNA di sekeliling sumbu nukleosom berlangsung dengan arah ke kiri atau terjadi
superkoiling negatif. Pelilitan terjadi demikian kuat karena DNA bermuatan negatif, sedangkan
histon sumbu bermuatan positif. Struktur ‘Beads-On-A-String’ yang ditunjukkan di atas
menghadirkan suatu pembongkaran format dari chromatin yang terjadi hanya di nucleus.
Terbentuknya rangkaian heliks nukleosom terlihat sebagai serabut dengan diameter 30 nm yang
dikenal sebagai serabut 30 nm. histon H1 berfungsi menstabilkan struktur serabut 30 nm.

D. Pengemasan DNA kromosom pada sel eukaryotik

Berbeda dengan DNA prokariot yang berbentuk sirkuler tertutup, DNA eukariot merupakan molekul
linier yang sangat panjang. Panjang DNA eukariot di dalam nukleus jauh melebihi ukuran nukleus itu
sendiri. Oleh karenanya, agar dapat dikemas di dalam nukleus, DNA harus dimampatkan dengan
suatu cara. Derajad pemampatan (kondensasi) DNA dinyatakan sebagai nisbah pengepakan (packing
ratio)-nya, yaitu panjang molekul DNA dibagi dengan panjang pengepakannya. Sebagai contoh,
kromosom manusia yang terpendek, yaitu kromosom nomor 21, berisi 4,6 x 107 pb DNA (sekitar 10
kali ukuran genom E. coli). Ukuran DNA kromosom ini setara dengan panjang 14.000 μm jika DNA
ditarik lurus. Pada kondisi yang paling mampat, yaitu selama mitosis, kromosom tersebut
panjangnya hanya sekitar 2 μm. Angka ini memberikan nisbah pengepakan sebesar 7.000 (14.000/2).

Untuk mencapai nisbah pengepakan totalnya, DNA tidak langsung dikemas ke dalam struktur
terakhirnya (kromatin). Pengemasan DNA dilakukan melalui sejumlah tingkatan organisasi
kromosom. Tingkatan yang pertama diperoleh ketika DNA melilit-lilit di sekeliling sumbu protein
sehingga menghasilkan struktur seperti manik-manik yang disebut nukleosom. Pada tingkatan ini
terdapat nisbah pengepakan sebesar 6. Tingkatan yang kedua adalah pemutaran sejumlah
nukleosom membentuk struktur heliks yang disebut serabut 30 nm. Struktur serabut 30 nm dijumpai
baik pada kromatin interfase maupun pada kromosom mitosis. Dengan struktur ini nisbah
pengepakan DNA meningkat menjadi sekitar 40. Pengemasan terakhir terjadi ketika serabut 30 nm
tersusun dalam sejumlah kala, struktur tangga, dan domain, yang memberikan nisbah pengepakan
tertinggi sebesar lebih kurang 1.000 pada kromatin interfase dan 10.000 pada kromosom mitosis.
Kromosom eukariot terdiri atas suatu kompleks DNA-protein yang tersusun sangat kompak sehingga
memungkinkan DNA yang ukurannya begitu panjang tersimpan di dalam nukleus. Istilah bagi
struktur dasar kromosom adalah kromatin, sedangkan satuan dasar kromatin adalah nukleosom.
Dengan demikian, kromatin merupakan satuan analisis kromosom yang menggambarkan struktur
umum kromosom.

E. Struktur DNA

Struktur DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk heliks
ganda (double helix). Seutas polinukleotida pada molekul DNA tersusun atas rangkaian nukleotida.
Setiap nukleotida tersusun atas (Rifai, Mien A. 1996) :

1. Gugusan gula deoksiribosa

2. Gugusan fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula

3. Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula.

Sesuai dengan namanya, DNA, Deoxyribose Nucleic Acid. Penyusun utama DNA adalah gula ribose
yang kehilangan satu atom oksigen (deoksiribose). Perhatikan gambar di atas, pada deoksiribose,
satu atom oksigen pada salah satu atom C ribose hilang. Tiap pita/rantai double helix terbuat dari
unit-unit berulang yang disebut nukleotida. Satu nukleotida terdiri dari tiga gugus fungsi; satu gula
ribose, triphosphate, dan satu basa nitrogen.

Ukuran molekul DNA bervariasi antara jasad yang satu dengan jasad yang lainnya. Pada jasad
prokaryot variasinya tidak sebesar pada virus bakteriofag. Bahan genetik pada proaryotik dan virus
pada umumnya berupa satu molekul tunggal DNA (kecuali virus tertentu yang bahan genetiknya
RNA). Sebaliknya, bahan genetik pada eukaryotik berupa beberapa molekul kromosom yang masing-
masing berupa molekul DNA berukuran besar. Ukuran DNA pada jasad eukaryotik, terutama
eukaryotik tingkat tinggi, belum diketahui secara pasti karena kompleksitasnya.

Pengertian DNA Prokariotik

DNA yang dibawa oleh prokariota disebut DNA prokariotik. DNA prokariotik ditemukan di sitoplasma
bakteri. Beberapa DNA prokariotik ditemukan sebagai plasmid melingkar, membawa informasi
tambahan. Itu berarti DNA prokariotik tidak mengandung membran inti. DNA prokariotik dikemas
menjadi satu kromosom melingkar. Ia berada di wilayah yang disebut nukleoid di sitoplasma. Protein
yang terkait nuklear terlibat dalam pengemasan kromosom prokariotik di nukleoid. Mereka
membantu DNA prokariotik untuk membentuk struktur melingkar.

Ukuran DNA prokariotik sekitar 160.000 hingga 12,2 juta pasangan basa, tergantung pada spesies.
DNA prokariotik mengandung sejumlah kecil gen. Gen-gen yang berhubungan secara fungsional
diatur menjadi operon. Karena DNA prokariotik kaya dengan gen, jumlah DNA nonfungsional lebih
sedikit. Replikasi DNA prokariotik relatif sederhana. Kromosom prokariotik mengandung asal
replikasi tunggal di mana inisiasi replikasi DNA terjadi. Kecepatan replikasi relatif tinggi pada
prokariot, 2000 nukleotida per detik.

DNA polimerase adalah enzim yang terlibat dalam replikasi DNA; ini mengandung tujuh keluarga
enzim yang berbeda. Dari tujuh keluarga polimerase DNA, baik prokariota dan eukariota berbagi tiga
keluarga polimerase DNA: DNA polimerase A, B dan Y. DNA polimerase C hanya terkandung oleh
prokariota. Pol III adalah replikasi DNA polimerase, yang termasuk dalam DNA polymerase C.

Pengertian DNA Eukariotik

DNA yang dikandung oleh eukariota disebut DNA eukariotik. DNA eukariotik ditemukan di nukleus
sel eukariotik. Beberapa DNA eukariotik ditemukan dalam organel seperti kloroplas dan mitokondria
juga. DNA eukariotik tertutup oleh membran inti. DNA eukariotik tersusun dalam beberapa
kromosom linier. Histon adalah protein, yang terlibat dalam pengemasan kromosom eukariotik di
dalam nukleus. Pengepakan ketat dan pengepakan padat adalah fitur pengemasan kromosom
eukariotik.

Eukariota terdiri dari sejumlah besar pasangan basa di kromosomnya. Sebagian besar DNA eukariotik
terdiri dari beberapa salinan genom. Ukuran genom manusia sekitar 2,9 miliar pasangan basa,
disusun menjadi 23 pasangan kromosom homolog. Gen eukariotik dikodekan untuk satu protein.
Beberapa protein dapat dicapai dengan splicing alternatif ekson selama modifikasi pasca transkripsi.
Kepadatan gen DNA eukariotik rendah. Oleh karena itu, jumlah DNA nonfungsional tinggi pada DNA
eukariotik. Replikasi DNA Eukariotik terjadi melalui beberapa asal-usul replikasi. Kecepatan replikasi
rendah pada eukariota, 100 nukleotida per detik.

Beberapa subunit protein terlibat dalam replikasi DNA eukariota. Keluarga polimerase DNA, X seperti
Pol Pol β, Pol σ, Pol λ, Pol μ dan transferase terminal dan RT seperti telomerase secara khusus
dikandung oleh eukariota.
Perbedaan Antara DNA Prokariotik dan Eukariotik

Lokasi

DNA Prokariotik: DNA prokariotik ditemukan di sitoplasma sel prokariotik serta plasmid melingkar.

DNA Eukariotik: DNA eukariotik ditemukan di nukleus sel, di dalam kloroplas dan mitokondria.

Organel DNA

DNA Prokariotik: DNA prokariotik tidak ditemukan di dalam organel.

DNA Eukariotik: Beberapa DNA eukariotik ditemukan di dalam kloroplas dan mitokondria juga.

Ukuran

DNA Prokariotik: Ukuran DNA kurang dari 0,1 pg dalam prokariota.

DNA Eukariotik: Ukuran DNA tinggi pada eukariota, biasanya lebih dari 1 pg.

GC / AT Konten

DNA Prokariotik : Konten GC lebih dari konten AT.

DNA Eukariotik: Konten AT lebih dari konten 4xGC.

Jumlah salinan

DNA Prokariotik: DNA prokariotik terdiri dari satu salinan genom.

DNA Eukariotik: DNA Eukariotik terdiri dari lebih dari satu salinan genom.

Jumlah Gen

DNA Prokariotik: DNA prokariotik mengandung sejumlah kecil gen.

DNA Eukariotik: DNA Eukariotik mengandung sejumlah besar gen.

Jumlah Kromosom

DNA Prokariotik: DNA Prokariotik tersusun menjadi satu kromosom.

DNA Eukariotik: DNA eukariotik tersusun ke banyak kromosom.

Histon

DNA Prokariotik: DNA prokariotik tidak dikemas dengan histon.

DNA Eukariotik: DNA eukariotik ditemukan di nukleus yang dikemas dengan histon.

Lingkaran / Linear

DNA Prokariotik: DNA prokariotik berbentuk lingkaran. Oleh karena itu, mereka tidak memiliki ujung.
DNA Eukariotik: DNA Eukariotik bersifat linier, mengandung dua ujung.

Intron

DNA Prokariotik: Intron tidak ada dalam DNA prokariotik.

DNA Eukariotik: DNA eukariotik terdiri dari intron, mengganggu urutan daerah pengkodean.

DNA non-fungsional

DNA Prokariotik: DNA prokariotik mengandung lebih sedikit DNA nonfungsional.

DNA Eukariotik: DNA Eukariotik mengandung jumlah DNA nonfungsional yang lebih tinggi.

Transposon

DNA Prokariotik: DNA prokariotik tidak memiliki transposon.

DNA Eukariotik: DNA eukariotik terdiri dari transposon.

Replikasi DNA

DNA Prokariotik: replikasi DNA prokariotik terjadi di sitoplasma.

DNA Eukariotik: replikasi DNA Eukariotik terjadi di nukleus.

Asal Replikasi

DNA Prokariotik: Kromosom prokariotik mengandung asal replikasi tunggal.

DNA Eukariotik: kromosom Eukariotik mengandung banyak asal-usul replikasi.

Efisiensi

DNA Prokariotik: replikasi DNA prokariotik cepat, 2000 nukleotida ditambahkan per detik.

DNA Eukariotik: replikasi DNA Eukariotik lambat, 100 nukleotida ditambahkan per detik.

Kesimpulan

Prokariotik dan eukariotik DNA adalah pembawa informasi genetik yang diperlukan untuk
pengembangan, fungsi dan reproduksi prokariota dan eukariota. Perbedaan utama antara DNA
prokariotik dan eukariotik adalah kuantitas, isi informasi, pengemasan dan replikasi. DNA prokariotik
dapat ditemukan di sitoplasma sedangkan DNA eukariotik ditemukan di nukleus, tertutup oleh
membran nuklir. DNA prokariotik tersusun ke dalam satu kromosom sirkular dan DNA eukariotik
yang disusun menjadi beberapa kromosom linear.

Jumlah DNA eukariotik lebih tinggi daripada DNA prokariotik. Beberapa salinan genom ditemukan
dalam DNA eukariotik juga. Replikasi dari kedua prokariotik dan eukariotik DNA terjadi dengan cara
yang sama, tetapi replikasi DNA prokariotik relatif sederhana. Baik prokariota dan eukariota
mengandung polimerase DNA, yang mampu mereplikasi dan memperbaiki DNA. Eukariota
mengandung telomerase dan transferase terminal juga.
Kromosom
Gen yang menentukan sifat suatu makhluk hidup dibawa oleh struktur pembawa gen yang mirip
benang dan terdapat di dalam inti sel (nukleus). Kromosom hanya dapat diamati dengan
mikroskop pada saat sel sedang membelah secara mitosis atau meiosis. Di dalam inti terdapat
benang-benang halus yang dapat menyerap warna yang disebut kromatin (chroma =
berwarna, tin = benang). Pada tahap profase (fase awal ketika sel akan membelah diri), benang-
benang kromatin memendek, menebal, dan disebut kromosom (chroma = berwarna, soma =
badan). Pada keadaan demikian, kromosom lebih mudah menyerap zat warna, misalnya sudan III,
hematoksilin, methylen blue, dan kalium iodida.
Kromosom tersusun atas molekul DNA yang membawa keterangan genetik, oleh karena itu
kromosom mempunyai arti penting dalam genetika. Nama kromosom diberikan
oleh Waldeyer pada tahun 1888, sedang Morgan dalam tahun 1933 menemukan fungsi
kromosom dalam pemindahan materi-materi genetik. DNA merupakan persenyawaan kimia
pembawa materi genetik. Di dalam kromosom terdapat 35% DNA dari keseluruhan kromosom.
DNA merupakan molekul hidup dan dapat mengadakan replikasi (menggandakan diri). Karena
mengandung molekul DNA, kromosom pun dapat menggandakan diri. Selain itu, DNA merupakan
tempat penyimpanan informasi genetika yang akan diwariskan kepada keturunannya. Kromosom
dikatakan sebagai benang pembawa sifat, karena sifat-sifat makhluk hidup pada dasarnya
tersimpan di dalam DNA yang terdapat di dalam kromosom.

Gb. Kromosom mengandung molekul DNA

Kromosom pada organisme prokariotik ada yang berupa RNA saja. Ini dapat dijumpai pada virus
mozaik (tembakau). Kromosom dapat pula berupa DNA saja misalnya pada virus T dan dapat pula
mengandung keduanya yaitu DNA dan RNA seperti pada bakteri Escherichia coli.
Cara penyusunan molekul DNA dan protein sebenarnya cukup rumit. Pengemasan DNA dalam
kromosom terjadi pada tahap profase. Secara ringkas pengemasan tersebut dapat dijelaskan
sebagai berikut. Untai DNA dipintal pada suatu set protein, yaitu histon yang menjadi suatu
bentukan yang disebut unit nukleosom. Unit-unit nukleosom tersusun padat membentuk benang
yang lebih padat dan terpintal menjadi lipatan-lipatan solenoid. Lipatan solenoid tersusun padat
menjadi benang kromatin. Benang-benang kromatin tersusun memadat menjadi
lengan kromatid. Lengan kromatid kembar disebut kromosom.
Gb. Kromosom pada organisme eukariotik dan prokariotik
Berikut akan diuraikan mengenai bagian-bagian dan bentuk kromosom, jumlah dan ukuran
kromosom, serta tipe kromosom.