MAKALAH BIOKIMIA

ASAM NUKLEAT

Dosen Pengampu :
Kelompok 1

NURUL BAETY KHASANAH (107122009)

AMELIYA HANUM (107122012)

IRPAN (107122015)

FIKA LULI JUSIFA (107122017)

DINDA LARASATI (107122031)

PROGRAM STUDI DIII FARMASI

FAKULTAS FARMASI, SAINS, DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS AL-IRSYAD CILACAP

2023/2024
DAFTAR ISI
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler
di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka,
kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh
inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim
pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap
inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan ”nuclein” sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein.
Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk
sel dan jaringan normal.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik.
Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun darisejumlah
molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang
terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).
Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau asam
deoksiribonukleat dan RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. DNA oleh
seorang dokter muda Friedrich Miescher yang mempercayai bahwarahasiakehidupan
dapat diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel. Sel yang dipilih oleh Friedrich
adalah sel yang terdapat pada nanah untuk dipelajarinya dan ia mendapatkan sel-sel
tersebut dari bekas pembalut luka yang diperolehnya dari dari ruang bedah
1.2 Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian asam nukleat.
2. Untuk memahami struktur dan fungsi asam nukleat dalam organisme hidup.
3. Untuk mengeksplorasi peran asam nukleat dalam proses genetik seperti replikasi
DNA, transkripsi, dan translasi.
 BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel.
Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida , disebut asam
deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri dari unit-unit ribonukleaotida disebut asam
ribonukleaotida (RNA).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak
nukleotida. Bila nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat yang terjadi adalah
RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis protein. Bila
nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi adalah DNA
(Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang merupakan bahan utama
pementukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda yaitu 2
purin dan 2 primidin. Baik dalam RNA maupun DNA purin selalu adenine dan guanine.
Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan
timin.
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu
gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari
jaringan-jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih
dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan
atau dipecah menjadi protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam
lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan
mengendapkan protein.
2.2 Jenis-jenis Asam Nukleat
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid ) atau
asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. Baik DNA
maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa.
Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein dan
asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti
protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleutida asam
nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa energy.
2.3 Struktur DNA dan RNA
Asam nukleat biasanya tersusun atas DNA dan RNA yang terdiri dari monomer
nukleotida, dimana nukleotida ini biasanya tersusun atas gugus fosfat, basa nitrogen,dan
gula pentosa serta kelompok basa purin dan piridin seperti:adenine, guanine, sitosin,
timin dan dan urasil. Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam
nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula
pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami
kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 1’-
deoksiribosa.
1. DNA (deoxyribonucleic acid)
Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul deoksiribonukleotida
yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai polinukleotida yang
panjang. Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C
nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan
gugus fosfat.
a. Struktur:
Ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Struktur-struktur DNA
tersebut adalah sebagai berikut:

1. Struktur primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida
terdiri dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula
pentosa berupa 2’-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul fosfat.
Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5’ bebas (tidak terikat
nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3’ hidroksil bebas atau dengan arah 5’
3’ (Darnell, et al., dalam T. Milanda, 1994).

2. Struktur sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya sebagai
pembawa informasi genetik adaal h komposisi basa penyusun. Pada
tahun 1949-1953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk
pemisahan dan analisis kuantitatif keempat basa DNA, yang diisolasi dari berbagai
organisme. Kesimpulan yang diambil dari data yang terkumpul adalah sebagai
berikut :
a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan
spesies yang lain.
b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies
yang sama mempunyai komposisi basa yang sama.
c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan
usia, keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan.
d. Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenin
yang sama dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah residu guanin yang sama
dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T, yang disebut aturan
Charrgaff.

e. DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungan

kekerabatan yang dekat mempunyai komposisi basa yang hampir sama.

Pada tahun 1953, James D. Watson dan Francis H.C. Crick berhasil
menguraikan struktur sekunder DNA yang berbentuk heliks ganda melalui analisis
pola difraksi sinar X dan membangun model strukturnya (Darnell, et al. dalam T.
Milanda, 1994). Heliks ganda tersebut tersusun dari dua untai polinukleotida secara
antiparalel (arah 5’3’ saling berlawanan), berputar ke kanan dan melingkari suatu
 sumbu. Unit gula fosfat berada di luar molekul DNA dengan basa-basa
komplementer yang berpasangan di dalam molekul. Ikatan hidrogen di antara
pasangan basa memegangi kedua untai heliks ganda tersebut (Willbraham and
Matta dalam T. Milanda, 1994). Kedua untai melingkar sedemikian rupa sehingga
keduanya tidak dapat dipisahkan kembali bila putaran masing-masing untai dibuka.

(a) (b)
Gambar 1 Struktur DNA (Prentis Steve, 1990)
Keterangan: a. Struktur primer DNA
b. Struktur sekunder DNA

Jarak di antara kedua untai hanya memungkinkan pemasangan basa purin

(lebih besar) dengan basa pirimidin (lebih kecil). Adenin berpasangan dengan

timin membentuk dua ikatan hidrogen sedangkan guanin berpasangan dengan

sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen.

Dua ikatan glikosidik yang mengikat pasangan basa pada cincin gula, tidak

persis berhadapan. Akibatnya, jarak antara unit-unit gula fosfat yang berhadapan

sepanjang heliks ganda tidak sama dan membentuk celah antara yang berbeda,

yaitu celah mayor dan celah minor (Marks, et al., 1996 ; Robert K. Murray,

et al., 2000).

3.Struktur tersier

Kebanyakan DNA virus dan DNA merupakan molekul lingkar.

Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur

tertutup yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari
bakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA

dapat berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

 b. Fungsi:
● Penyimpanan Informasi Genetik: DNA menyimpan instruksi
genetik untuk pengembangan, pertumbuhan, dan fungsi seluruh
organisme.
● Replikasi: Selama pembelahan sel, DNA mereplikasi dirinya
sendiri untuk memastikan setiap sel anak menerima salinan genetik
yang identik.
● Ekspresi Gen: DNA berperan dalam mengatur ekspresi gen melalui
sintesis RNA dan protein.
c. Tempat Penemuan:
● DNA terdapat di dalam inti sel (nukleus) pada eukariota, seperti
manusia dan hewan lainnya.
● Pada prokariota, seperti bakteri, DNA terdapat dalam sitoplasma
dalam bentuk lingkaran tunggal.
Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan
berpasangan spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan
sitosin (G±C),dan adenidan adenin berpasangan dengan timin (A - T),
sehingga jumlah guanin selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula
adenin dan timin.
2. RNA (Ribonukleat acid)
Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul-
molekul ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh
adanya ikatan antara atom C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada
molekul ribose dengan perantaraan gugus fosfat.
a. Struktur:
● Heliks Tunggal: RNA memiliki struktur heliks tunggal yang terdiri
dari satu untai polinukleotida.
● Nukleotida: Setiap nukleotida RNA terdiri dari gula ribosa, gugus
fosfat, dan salah satu dari empat basa nitrogen: adenin (A), urasil
(U), guanin (G), atau sitosin (C).
b. Fungsi:

● Transkripsi: RNA mentranskripsi informasi genetik dari DNA

selama sintesis RNA, dengan membawa instruksi genetik ke
ribosom.
 ● Translation: RNA, terutama mRNA, berperan sebagai cetakan
untuk sintesis protein (translation) di ribosom.
● Transportasi Asam Amino: tRNA membawa asam amino ke
ribosom selama sintesis protein.
c. Jenis-jenis RNA:

● mRNA (Messenger RNA): Mengandung informasi genetik yang

dihasilkan dari transkripsi DNA.
● tRNA (Transfer RNA): Mentransfer asam amino ke ribosom
selama sintesis protein.
● rRNA (Ribosomal RNA): Komponen struktural dari ribosom yang
berperan
dalam penyatuan mRNA dan tRNA selama sintesis protein.

2.4 Perbedaan DNA dan RNA

1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA
adalah deoksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA
bukan heliksganda, tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga
menyerupai rantaiganda.
3. RNA mengandung basa Adenin, Guanin dan Sitosin seperti DNA ,
tetapi tidak mengandung Timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung
Urasil. Dengan demikian bagian basa pirimidin RNA berbeda dengan
bagian basa pirimidin DNA.
4. Jumlah Guanin adalah molekul RNA tidak perlu sama dengan Sitosin,
demikian pula jumlah adenin tidak harus sama dengan Urasil

2.5 Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Beberapa sifat fisika kimia asam nukleat :
a. Stabilitas Asam Nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut
menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di
antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan
hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk
rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap
stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas
perpasangan basa. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada
 interaksi penempatan(stacking interactions) antara pasangan-pasangan
basa. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-
molekul air dikeluarkan dari sela-sela pemasangan basa sehingga
perpasangan tersebut menjadi kuat.
b. Pengaruh Asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan
suhu lebih dari 100°C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna
menjadi komponen 21 komponennya. Namun, di dalam asam mineral
yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja
yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.
c. Pengaruh Alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan
menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk
enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya,
perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen
sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal
yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA
jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena
adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
d. Denaturasi Kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi
asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif
tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya,
stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai
ganda mengalami denaturasi.
e. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat
mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk
tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku
sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena
sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi
fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak
melakukan isolasi DNA yang utuh.
f. Kerapatan Apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang
mengandung garam pekat dengan berat 22 molekul tinggi, misalnya
sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan
larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi
dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan
 bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu
juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai
dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang
dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau
sentrifugasi isopiknik.

2.6 Sekuens Asam Nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas
suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu
molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja.
Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5' di sebelah kiri atau ujung 3' di sebelah kanan. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5'-ATGACCTGAAAC-3' atau
suatu sekuens RNA dituliskan 5'- GGUCUGAAUG-3'. Jadi, spesifisitas suatu
asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah
pembacainnya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti
keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang
berlawanan (yang satu 5'-3', sedangkan yang lain 3'→ 5').
2.7 Bentuk Molekul Asam Nukleat
Asam nukleat adalah polinukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari basa
aromatik yang mengandung nitrogen yang terikat pada gula pentosa (lima
kabron), yang juga terikat pada gugus fosfat. Setiap asam nukleat
mengandung empat dari lima kemungkinan basa yang mengandung
nitrogen : adenin (A), guanin (G), sitosin (S), Timin (T) dan urasil (U). A dan G
dikategorikan sebagai purin,dan C, T dan U secara kolektif dikategorikan
sebagai pirimidin. Semua asam nukleat mengandung basa A, C, G dan T.
Kondisi ini hanya ditemukan dalam DNA. Sedangkan U ditemukan dalam
RNA. Gula pentosa dalam DNA berbeda dari gula dalam RNA, diama pada
RNA gulanya berupa ribosa dengan tidak adanya gugushidroksil (-OH) pada
karbon 2’ dari cincin gula.

Gambar 2. Bentuk Molekul Asam Nukleat

Gambar 3. Struktur Dasar DNA dan RNA
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
3.2 Saran