PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Kromoson tersusun atas protein (protein histon dan nonhiston) dan asam inti
atau asam deoksiribonukleat (DNA). Penelitian lebih lanjut menunjukkan bahwa
DNA merupakan molekul hidup yang mampu memperbanyak diri dan mencetak
asam ribonukleat (RNA) (Erlangga.2006).
1
Pemeriksaan biomolekuler dalam penentuan genotipe rubela dimulai sejak tahun
2009 dari sampel urin. Virus rubela dapat diidentifikasi dari cairan tubuh seperti
saliva, urin, dan hapus tenggorok.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
penyebaran dan genotipe virus rubela di Provinsi Jawa Timur pada tahun 2011–2013
(Jurnal Farmasi Klinik Indonesia.2015.Vol. 4 No.1).
B. Rumusan Masalah
C. Tujuan
2
D. Manfaat
1. Untuk mahasiswa
Mahasiswa dapat mengetahui pembahasan tentang struktur DNA & RNA, setra
replikasi DNA.
2. Untuk pembaca
Dapat memberikan pengetahuan mengenai DNA & RNA, setra replikasi DNA.
3
BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA
Sumber : Wikipedia.2017
RNA ( Ribbon nukleat acid ) merupakan hasil transkripsi dari fragmen
DNA , sehingga susunannya lebih pendek dari DNA. DNA dan RNA
bertanggung jawab terhadap proses sintesis protein. RNA terdapat dalam
4
jumlah banyak di sitoplasma dan ribosom serta hanya terdapat sedikit di
nucleus. Kadar RNA dalam sitoplasma dapat berubah-ubah. Hal ini
dipengaruhi oleh aktivitas sintesi protein(Budi Santoso, M.Pd.2010
DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin
membentuk heliks ganda (double helix). Model struktur DNA itu pertama kali
dikemukakan oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953 di Inggris.
Struktur tersebut mereka buat berdasarkan hasil analisis foto difraksi sinar X pada
DNA yang dibuat oleh Rosalind Franklin. Karena yang difoto itu tingkat
molekul, maka yang tampak hanyalah bayangan gelap dan terang saja.
5
Sumber : Wikipedia. 2017
6
Sumber : Biologi,Erlangga. 2016
7
2. Gugusan asam fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula)
3. Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula
Untaian benang DNA merupakan Pasangan benang DNA, namun bukan identik
tetapi berpasangan, dimana C berpasangan dengan G, sedangkan A dengan T. Kedua
benang DNA berpasangan secara antiparallel. Urutan basa ditulis dari ujung yang
memiliki fosfat bebas di atom C no 5' dari gugus deoksiribosanya ke arah ujung yang
memiliki hidroksil bebas di atom C no 3' dari gugus deoksiribosanya. Struktur ini
sangat sesuai untuk penyimpanan dan transfer informasi.
Ketiga gugus tersebut saling terkait dan membentuk “tulang punggung” yang
sangat panjang bagi heliks ganda. Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga,
dimana ibu tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya adalah susunan
8
basa nitrogen. Sedangkan fosfat menghubungkan gula pada satu nukleotida ke gula
pada nukleotida berikutnya untuk membentuk polinukleotida.
Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan
guanin (G), serta basa pirimidin yaitu sitosin atau cytosine (C) dan timin (T). Ikatan
antara gula pentosa dan basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa
nukleosida yaitu :
9
Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang tetap dengan
basa-basa nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan timin dan guanin
berpasangan dengan sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan oleh dua
atom hidrogen (A=T). Adapun pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan oleh
tiga atom hidrogen (C≡G). Dengan demikian, kedua polinukleotida pada satu DNA
saling komplemen. Pada gambar dibawah ini Pasangan basa C-G (merah) dan A-T
(biru) merupakan pasangan isosterik (bentuk dan ukurannya sama), sehingga
memungkinkan pengisian ruang antar lilitan yang tidak dipengaruhi oleh urutan basa
penyusunnya.
Sumber : Wikipedia.2017
Pada tahun 1947, sebelum ditemukannya struktur molekul DNA, seorang ahli
biokimia bernama Erwin Chargaff menganalisis komposisi basa DNA sejumlah
organisme yang berbeda. Hasil analisisnya adalah tiap spesies organisme memiliki
komposisi DNA yang berbeda-beda. Banyaknya keempat basa nitrogen pada tiap
spesies tidak sama, tetapi memiliki perbandingan yang khas. Artinya, tiap spesies
memiliki jumlah basa yang khas.
10
berbeda. Dengan 4 macam basa dan DNA yang panjang, akan terbentuk berbagai
kemungkinan urutan basa. Karena gen tersusun dari urutan basa tertentu, maka
jumlah gen pada DNA juga sangat banyak kemungkinannya. Jadi, hanya dengan 4
macam basa akan terbentuk banyak gen yang menentukan sifat individu.
Sumber : Wikipedia.2017
Struktur molekul DNA terdiri dari atom karbon berwarna hitam, oksigen
merah, nitrogen biru, fosfor hijau dan hydrogen putih. Asam dekoksiribonukleat yang
lebih dikenal dengan DNA adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul
utama penyusun berat kering stiap organism. Di dalam sel, DNA umumnya terletak
11
dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA bagi sebuah sel adalah sebagai materi
genetik, artinya DNA menyimpan seluruh cetak biru segala aktivitas sel. Ini berlaku
bagi seluruh jenis sel (diantara beberapa perkecualian yang menonjol adalah beberapa
jenis virus (dan vius tidak termasuk ke dalam suatu organisme) seperti HIV ( Human
Immunodeficiency Virus).
Secara garis besar mengenai DNA:
a) Persenyawaan kimia yang membawa informasi genetik dari satu generasi ke
generasi berikutnya.
b) Komponen kimia utama kromosom, merupakan bahan penyusun gen,
sehingga secara kimia dapat dikatakan bahwa gen adalah DNA
c) Pada prokariotik, DNA tersebar didalam nukleoid.
d) Pada eukariot, DNA berada di dalam nucleus sel
e) Informasi genetik terdapat pada urutan basa nitrogen yang dibawa oleh DNA.
f) Segmen polipeptida dari DNA disebut gen, biasanya merupakan molekul
RNA
a) Asam Nukleat
Sumber : Wikipedia.2017
12
b) Struktur Asam Nukleat
13
b. Renaturasi (Menempel)
c. Tergores (Aus)
2. Kimia
a. Replikasi, sintesis
b. Pemotongan
c. Deaminasi
d. Depurinasi
e. Crosslinking
f. Alkilasi
g. Oksidasi
e) Denaturasi DNA
a. Untaian benang DNA dapat dipisahkan (didenaturasi) oleh
peningkatan suhu, oleh karenanya disebut pelelehan DNA.
b. Proses ini dapat diikuti dengan mengamati serapan sinar
ultraviolet oleh DNA.
c. Basa DNA yang berikatan dengan pasangannya menyerap
sinar uv lebih sedikit daripada DNA yang terlepas; hal ini
disebut hypochromism.
14
2.6 Percobaan Pelelehan DNA
15
Denaturasi DNA bersifat dapat balik (reversible). Pembentukan DNA
double heliks dari DNA yang mengalami denaturasi disebut annealing
(penempelan). Penurunan suhu hingga di bawah Tm (perubahan pH, kekuatan
ion, dll.) mengakibatkan annealing.
16
C. Macam – macam RNA :
1. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA , yaitu sebagai
pembawa keterangan genetik . RNA genetik hanya di temukan pada makhluk
hidup tertentu yang tidak memiliki DNA , misalnya virus . dalam ini fungsi
RNA menjadi sama dengan DNA , baik sebagai materi genetik maupun dalam
mengatur aktivitas sel .
2. RNA non genetik
RNA non genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik
sehingga RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga
memilki DNA . berdasar kan letak dan fungsinya RNA non genetik di
bedakan menjadi mRNA,Tran, dan Rrna
1. mRNA atau ARN Duta
Merupakan RNA yang urutan basanya dengan salah satu urutan basa
rantai DNA. mRNA berfungsi sebagai cetakan untuk biosintesis polipetida
atau protein. Fungsi utamanya adalah pembawa kode – kode genetik dari
DNA menuju ke ribosom di sitoplasma.
2. tRNA
Merupakan untai tunggal ukuran paling kecil diantara RNA yang lain.
Berfungsi sebagai penginterpretasi antara asam nukleat dan basa protein.
Fungsi lain tRNA yaitu membawa asam amino ke ribosom untuk di
polimerisasi membentuk rantai polipeptida.
3. rRNA
Merupakan komponen sturktural dari ribosom. Berfungsi sebagai mesin
perakit ytang bergerak ke satu arah sepanjang mrna dalam sintesis protein.
17
1. BDNA
Bentuk yang umunya diamati pada kromoson. BDNA adalah helix tangan
kanan denga 10 pasangan basa perputaran. BDNA dapat terdenaturasi yang
berarti ikatan hidrogen yang dihilangkan. Ini pada dasarnya dalah langkah
pertama dalam replikasi DNA dalam sel.
2. ADNA
Disebut juga helix tangan kanan. Ada 11 pasangan basa perputaran. Selain
struktur yang lebih kompak ADNA mirip dengan BDNA.
3. ZDNA
Jenis DNA ynag merupakan helix tangan kiri. Juga dikenal secara biologis
aktif dalam formasi zig zag. ZDNA memiliki 12 pasangan basa perputraran
yang berperan dalam transkripsi DNA yang merupakan proses sintesis
protein untuk menciptakan MRNA dari untai DNA.
4. CDNA
Jenis DNA ynag digunakan untuk menggambarkan pustaka informasi genetik
yang digunakan dalam pegujian untuk obat – obatan dan penelitian penyakit.
Rekayasa genetika juga menggunakan pustaka DNA ini untuk membuat versi
modifikasi dari informasi genomik.
D. Replikasi DNA
1) Bagian Replikasi DNA
18
Keterangan :
1. Lagging Strand
2. Leading Strand
3. DNA Polymerase
4. DNA Ligase
5. RNA Primer
6. DNA Primase
7. Fragmen Okazaki
8. DNA Polymerase
9. Helikase
10. Protein Pengikat Tunggal
11. Topoisomerase
19
g. Enzim helikase berfungsi sebagai pengurai DNA menjadi dua untaian
tunggal dengan bantuan topoisomerase.
h. Topoisomerase berfungsi sebagai enzim pendukung pengurai untaian
DNA menjadi dua untaian tunggal.
a. Model Konservatif :
b. Model Semikonservatif
20
DNA induk menjadi dua buah rantai masing – masing rantai
membentuk DNA baru
c. Model Dispersif
21
untai baru dan salah satu DNA lama. Oleh karena itu proses replikasi
DNA disebut sebagai semi-konservatif.
Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah dijelaskan
di bawah ini.
1. Inisiasi
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang
memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA.
Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan
protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka
resleting) heliks dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
22
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk
menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
2. Sintesis Primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan
membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang
merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan
untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai,
DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
23
Sumber : Biologi, Erlangga. 2016
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari
untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja. Tapi
untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada satu
untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal (leading
strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung,
nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai
baru.
24
Sumber : Biologi, Erlangga. 2016
Sintesis lagging Strand
Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai
terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan
nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk
sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu
bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA lain.
Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui
proses replikasi.
5. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim
DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA
melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan
deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA.
25
Sumber : Biologi, Erlangga.2016
Menghilangkan primer DNA
6. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan
menyumbat celah tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5
‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.
7. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi
jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan
untai tunggal protein pengikat terdekat.
Sumber : Biologi,Erlangga.2016
Pemutusan
26
E. Perbedaan DNA dan RNA
27
BAB 3
PENUTUP
A. Simpulan
B. Saran
Materi tentang DNA dan RNA ini masih perlu dilengkapi, didalamnya masih banyak
terdapat kekurangan disebabkan keterbatasan yang dimiliki oleh penyusun. Kepada
dosen mata kuliah yang bersangkutan serta semua pihak yang membaca makalah ini
agar memberi masukan sehingga makalah ini dapat lebih bermanfat serta mudah
dimengerti.
28
DAFTAR PUSTAKA
Yusa dan Manickam Bala Subra Maniam. 2015. Buku Siswa Aktif Dan Kreatif
Belajar Biologi 3 Untuk Kelas XII SMA/MA (Peminatan Matematika Dan Ilmu-Ilmu
Alam). Jakarta : Grafindo Media Pratama.
29