LAPORAN PRAKTIKUM

DASAR DASAR GENETIKA IKAN

MODEL DNA

NAMA : HAURA AINUN SULAEMAN

NIM : L22116517
KELOMPOK : IV (EMPAT)
HARI, TANGGAL : RABU, 20 SEPTEMBER 2017
ASISTEN : ANDI N RENITA RELATAMI, S.Pi., M.Si.
AMRIANA, S.Pi
ANDI SYARI RAMDHANI
NURUL ISMAH IDRIS
NUKHE GHINA ELSYIFA

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

DEPATEMEN PERIKANAN
FAKULTAS ILMU KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2017
 1 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Genetika merupakan ilmu yang mempelajari bagaimana sifat-sifat suatu

makhluk hidup diturunkan dari induk kepada keturunannya. Sebagian besar dari
sifat yang dimiliki oleh suatu makhluk hidup dikendalikan oleh gen-gen yang
berada di dalam inti sel, dan pola penurunannya dipelajari dalam Genetika Mendel
(Mendelian Genetiks). Prinsip dasar dari pola penurunan Mendel adalah bahwa
suatu sifat yang diturunkan kepada keturunannya sebagian (50%) berasal dari
induk jantan dan sebagian (50%) berasal dari induk betina. Namun demikian,
adapula sifat-sifat makhluk hidup yang dikendalikan oleh DNA yang berada di
luar inti (mitokondria, kloroplas), yang pola penurunannya tidak mengikuti pola
Mendel, sehingga sering disebut sebagai Genetika non-Mendel (Non-Mendelian
Genetiks). Pada pola ini, sifat yang dimiliki keturunan secara keseluruhan berasal
dari induk betina, sehingga pola penurunannya sering disebut dengan maternally
inherited. Dengan berkembangnya teknologi molekuler, maka berkembang pula
teknik-teknik untuk memanipulasi gen sehingga, muncul teknik yang disebut
teknik rekayasa genetik (genetik engineering) (Sutarno 2016).
Asam nukleat dan protein merupakan senyawa polimer utama yang terdapat
pada sel. Asam nukleat berfungsi menyimpan dan mentransmisikan informasi
genetik dalam sel. Sel mempunyai dua jenis molekul asam nukleat yaitu DNA
(asam deoksiribonukleat) dan RNA (asam ribonukleat). DNA menyimpan
informasi genetik yang spesifik untuk setiap individu dan spesies tertentu, yang
akan diwariskan ke generasi berikutnya. Semua sel menggunakan sistem, dimana
informasi yang terdapat dalam DNA di-copy menjadi RNA dan kemudian diubah
menjadi protein oleh mesin molekul yang disebut ribosom. Pada tingkat molekul,
sel-sel memiliki lebih banyak kesamaan daripada perbedaan (Gaffar 2007).
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan makromolekul berupa benang
sangat panjang yang terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida, yang
masing-masing tersusun dari satu basa, satu gula dan satu gugus fosfat. Unit
penyusun DNA disebut nukleotida. DNA merupakan sumber informasi genetik
yang potensial dan akurat. DNA ditemukan dalam hampir semua sel semua
organisme, baik pada jaringan hidup maupun yang mati (Zulfahmi 2013).
Berdasarkan penjelasan di atas, dapat diketahui bahwa DNA memiliki
peranan penting dalam kerja tubuh, sehingga perlu dipahami segala aspek kerja
DNA dalam tubuh, termasuk struktur dan fungsi DNA dan lain sebagainya.

Tujuan

Tujuan dari percobaan ini adalah mengenalkan bagaimana struktur DNA

dan menentukan jenis asam amino yang dibentuk berdasarkan kode-kode dari
basa nitrogen.
 2 TINJAUAN PUSTAKA

DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan makromolekul berupa benang

sangat panjang yang terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida yang
masing-masing tersusun dari satu basa, satu gula dan satu gugus fosfat. Apabila
kita ibaratkan suatu tubuh, maka DNA diibaratkan sebagai otak yang dapat
mengatur segala proses di dalam tubuh. Di samping itu, DNA juga mempunyai
peran penting dalam pewarisan sifat. DNA merupakan suatu senyawa kimia yang
penting pada makhluk hidup. Tugas utamanya membawa materi genetik dari suatu
generasi ke generasi berikutnya. DNA juga merupakan senyawa polinukleotida
yang membawa sifat-sifat keturunan yang khas pada kromosom (Rosana 2012).
Polimer nukleotida pada DNA memberikan dasar kimiawi untuk
karakteristik yang dapat diwariskan dari semua organisme seluler. Informasi
genetik dalam DNA didefinisikan oleh urutan basis individu, yaitu pirimidin,
sitosin dan timin, dan purin, guanin dan adenin. Ikatan hidrogen terbentuk antara
donor dan akseptor yang diposisikan dengan tepat pada basis masing-masing
untai, sehingga A berpasangan dengan T dan G berpasangan dengan C. Di dalam
sel, DNA biasanya mengadopsi bentuk heliks beruntai ganda, dengan pasangan
dasar komplementer memegang kedua helai tersebut bersama (Bowater 2014).
Penemuan struktur B-DNA yang merupakan temuan Watson dan Crick,
adalah salah satu peristiwa terpenting dalam ilmu pengetahuan alam selama abad
terakhir. Namun, pengetahuan tentang sekuens dan struktur DNA telah
menghasilkan temuan menarik dari berbagai bentuk DNA yang berbeda dari
heliks ganda Watson-Crick. Struktur DNA yang tidak biasa ini memainkan peran
penting dalam pengaturan fungsi biologis yang sangat mendasar dan merupakan
bagian integral dari sistem peraturan kompleks makhluk hidup. Supercoiling
negatif DNA atau putaran DNA yang berlawanan arah dengan arah putaran DNA
normal, dapat menyebabkan perubahan konformasi bergantung urutan yang
menghasilkan struktur DNA lokal dan konformasi DNA alternatif seperti A-DNA,
DNA kidal (Z-DNA), tripleks, DNA empat untai dan lainnya (Brazda et al. 2014).

Fungsi DNA

Fungsi DNA yang sering diabaikan dalam nukleus sel atau nukleoid bakteri
adalah dapat bertindak sebagai tempat menyimpan energi untuk memudahkan
transit polimerase DNA dan RNA. Properti yang muncul ini merupakan
konsekuensi langsung dari karakter heliks ganda dari molekul. Sifat fisik-kimia
yang diberikan oleh rangkaian DNA berkorelasi kuat dengan organisasi genetik
kromosom eukariotik dan bakteri. Aspek penting lebih lanjut dari fungsi DNA
adalah sifat dinamis dari transisi struktural yang diamati selama replikasi dan
transkripsi. Transisi ini melibatkan penyimpangan dari heliks ganda dan juga
transformasi topologi dari lintasan heliks ganda yang akan memfasilitasi
pengemasan dan regulasi (Travers dan Georgi 2015).
DNA juga berfungsi sebagai pembawa informasi genetika, dimana DNA
membuat kopian yang tepat pada proses replikasi atau duplikasi dan meneruskan
kode-kode informasi genetik yang dimiliki ke mRNA (messenger RNA) pada
proses transkripsi, dan kelaknya diterjemahkan informasi-informasi tersebut
dalam proses translasi (Soedigdo 1973).

Struktur DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model
molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih
dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick. DNA merupakan makromolekul
polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang-ulang,
tersusun rangkap, membentuk DNA heliks ganda dan berpilin ke kanan. Setiap
nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu gula 5 karbon (2-deoksiribosa), gugus
fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin yaitu adenin (A) dan
guanin (G), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (C) dan timin (T). Ikatan antara
basa purin dengan basa pirimidin adalah ikatan hidrogen, dimana ikatan A-T
termasuk ikatan lemah (weak bond), sedangkan ikatan G-C termasuk ikatan kuat
(strong bond). Basa pada molekul DNA membawa informasi genetik, sedangkan
gula deoksiribosa dan gugus fosfat mempunyai peranan struktural. Awalan deoksi
pada gula deoksiribosa menunjukkan bahwa gula ini kekurangan satu atom
oksigen yang ada pada ribosa, senyawa induknya (Karmana 2009).
Sebuah nukleotida terdiri dari basa purin dan pirimidin yang berikatan
dengan gula. Keempat unit nukletida dalam DNA disebut deoksiadenosin,
deoksiguanosin, deoksitimidin, dan deoksitidin. Suatu nukleotida merupakan
sebuah ester fosfat yang tempat esterifikasi yang paling umum dalam nukleotida,
yang terdapat di alam secara alamiah adalah gugus hidroksil C-5 pada gula.
Senyawa seperti itu disebut nukleotida 5-fosfat atau 5-nukleotida. Misalnya,
deoksiadenosin 5-trifosfat (dATP) merupakan prekursor yang diaktifkan pada
sintesis DNA, dimana nukleotida itu diaktifkan kalau ada dua ikatan
fosfoanhidrida dalam unit trifosfatnya (Rosana 2012).

Gambar 1. Struktur kimia nukleotida (Pray 2008)

Salah satu cara yang telah dielaborasi para ilmuwan mengenai model
Watson dan Crick adalah melalui identifikasi tiga konformasi berbeda dari heliks
ganda DNA. Dengan kata lain, geometri dan dimensi heliks ganda yang tepat
dapat bervariasi. Konformasi yang paling umum di sebagian besar sel hidup (yang
digambarkan dalam kebanyakan diagram heliks ganda, dan yang diusulkan oleh
Watson and Crick) dikenal sebagai B-DNA. Adapula A-DNA, bentuk yang lebih
pendek dan lebih lebar yang telah ditemukan pada sampel DNA yang mengalami
dehidrasi dan jarang berada dalam keadaan fisiologis normal dan terakhir adalah
Z-DNA, konformasi kidal yang hanya kadang-kadang ada dalam menanggapi
beberapa jenis aktivitas biologis, tetapi Z-DNA memainkan peran biologis penting
dalam perlindungan terhadap penyakit virus (Pray 2008).

Gambar 2. Pasangan basa nitrogen dalam DNA (Pray 2008)

Replikasi DNA

Replikasi yaitu memperbanyak atau menggandakan diri. Dengan kata lain,

DNA mampu membentuk DNA baru yang sama persis dengan DNA awal.
Replika adalah segmen DNA yang duplikasinya bergantung pada adanya
replikator (urutan DNA) dan aktivator (protein) yang fungsinya mengenali
replikator, dan untuk memudahkan perekrutan mesin replikasi ke situs ini,
sehingga sintesis DNA dapat dimulai. Pada kebanyakan organisme sederhana,
seperti bakteri dan virus, genom mereka dibentuk oleh replika tunggal. Interaksi
antara replikator dan aktivator ini menentukan spesifisitas spesies dari langkah
inisiasi, dan duplikasi genom secara keseluruhan. Oleh karena itu, tidak
mengherankan bahwa dalam sistem biologis yang paling sederhana, seperti genom
virus, dengan menyediakan hanya dua elemen ini dan dengan membajak protein
induk yang dibutuhkan untuk sintesis DNA, RNA, dan sintesis protein, dapat
dipastikan propagasi spesifiknya (Valenzuela dan Chakradhari 2015).
Sintesis DNA pada masing-masing replika dimulai pada asal replikasi.
Dalam semua eukariota, ada beberapa peristiwa biokimia yang harus terjadi
sebelum inisiasi dapat terjadi hingga denaturasi awal heliks ganda untuk
membentuk 'gelembung' replikasi. Setelah itu, enzim dapat memulai replikasi,
sehingga primase dan DNA polimerase- dapat memiliki akses ke template. Di
banyak sel, rangkaian kejadian kompleks ini hanya terjadi satu kali dalam satu
siklus sel, sehingga dipastikan bahwa DNA tidak direplikasi ulang dalam satu
siklus. Namun, replikasi DNA yang diatur dalam satu siklus sel (DNA
endoreduplication) relatif umum terjadi pada tanaman, menunjukkan bahwa
kontrol sekali persiklus dapat diganti (Bryant et al. 2001).
Replikasi DNA berlangsung pada sel muda saat interface (mitosis), yaitu
saat sel melakukan pembelahan. Replikasi DNA menggunakan
deoksiribonukleotida trifosfat (dCTP) yang akan membentuk DNA baru dan
membawa kelompok fosfat ekstra dan kaya energi. Replikasi diawali dengan
membuka pilinan salah satu ujung DNA karena kerja enzim. Pilinan memisah
karena ikatan hidrogen menjadi lemah. Kedua untaian heliks ganda ini membuka
dan masing-masing menentukan untaian anak yang baru, dengan memasangkan
basanya. Sementara pilinan benang tersebut terurai, nekleotida baru terpasang
berjajar sepanjang tiap untaian, dengan digabungkan satu persatu, dengan cara
saling melengkapi secara tepat, adenin berseberangan dengan timin dan guanin
berseberangan dengan sitosin (Sumardjo 2008).

Sintesis Protein

Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Pada proses
transkripsi informasi DNA ke mRNA, untai ganda DNA yang saling
berkomplementer akan terbuka. Untai sense akan terpisah dari untai antisense.
Untai DNA antisense dengan arah 3-5 selanjutnya berperan menjadi cetakan
untuk membentuk mRNA dengan arah 5-3, suatu proses yang dikenal dengan
transkripsi. Kemudian mRNA bermigrasi ke sitoplasma, dimana kompleks
ribosom dapat menerjemahkan informasi yang dibawa oleh mRNA menjadi
bentuk polipeptida atau protein tertentu (Laksmitawati dan Ani 2005).
Transkripsi DNA genom yang akurat ke dalam RNA sangat penting untuk
melakukan proses seluler, karena transkrip RNA diterjemahkan ke dalam protein
fungsional atau berfungsi secara langsung. Namun, pada manusia, kloroplas dan
mitokondria, serta virus tertentu, ada beberapa kasus transkrip RNA yang berbeda
dari DNA yang ditranskripsi pada posisi tertentu. Misalnya, pada manusia,
deaminase adenosin yang bekerja pada RNA (ADARs) menggantikan adenosin
tertentu dengan inosin, yang kemudian bertindak sebagai guanosin selama
translasi. Selanjutnya, protein APOBEC1 menyebabkan sejumlah kecil perubahan
CU. Banyak dari pengeditan RNA ini menghasilkan protein alternatif yang
berguna bagi organisme, dan perubahan frekuensi pada pengeditan RNA tertentu
dapat mempengaruhi fungsi organisme secara negatif (Schrider et al. 2011).
Pada tahap dimana mRNA berproses dalam ribosom, proses tersebut dikenal
dengan proses translasi. Proses inisiasi sebagai tahap yang mengawali sintesis
polipeptida dari kodon AUG yang ditranslasi sebagai asam amino methionine.
Langkah selanjutnya, elongasi polipeptida sesuai dengan urutan kodon yang
dibawa oleh mRNA. Tahap ini diakhiri dengan proses terminasi yang dilakukan
oleh rho-protein. Polipeptida akan diproses sebagai molekul protein yang
fungsional setelah melalui proses post translation di retikulum endoplasmik
hingga tingkat jaringan (Fatchiyah dan Estri 2006).
 3 METODOLOGI PRAKTIKUM

Waktu dan Tempat

Praktikum membuat model DNA ini dilakukan pada hari Rabu, 20

September 2017 di Aula FIKP, Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan, Universitas
Hasanuddin, Makassar.

Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan dalam praktikum ini berupa pisau cutter dan
gunting. Adapun bahan yang digunakan dalam praktikum ini berupa lem, kertas
karton, kertas manila, sterofoam, pembungkus buku, pipet kecil, pipet tebal, papan
serbuk kayu, pulpen, spidol dan double tip.
Prosedur Kerja

Tahap pertama pada prosedur kerja dalam pembuatan model DNA yaitu
menyiapkan semua alat dan bahan yang akan digunakan. Setelah itu, menggulung
papan serbuk kayu hingga menyerupai tiang dan memberi 21 lubang pada papan
serbuk kayu yang telah digulung tersebut. Kemudian, membuat penanda kode
basa nitrogen dengan menggunakan kertas karton, dimana kertas karton tersebut
dibentuk sesuai dengan bentuk basa nitrogennya dan menggunakan kertas sesuai
warna yang telah ditentukan. Selanjutnya, menulis simbol kode basa nitrogen
menggunakan spidol. Setelah itu, melekatkan penanda kode basa nitrogen tersebut
pada pipet tebal dengan menggunakan double tip. Selanjutnya, memasukkan pipet
kecil ke dalam lubang pada papan serbuk kayu, hingga pipet tersebut berada pada
kedua sisi papan serbuk kayu. Kemudian, memasang pipet dengan penanda basa
nitrogen pada kedua sisi pipet kecil berdasarkan pasangan basa nitrogennya.
Selanjutnya, pada akhir dari pembuatan model DNA, menggunakan sterofoam
yang telah dibungkus dengan pembungkus buku sebagai penahan papan serbuk
kayu.
 4 HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Adapun hasil pembuatan model DNA yang telah diperoleh pada praktikum
Model DNA ini adalah sebagai berikut.

Gambar 3. Replikasi struktur DNA (Duni 2017)

Struktur DNA di atas berbentuk heliks ganda. Molekul DNA tersusun atas
rangkaian nukleotida, dimana setiap nukleotida tersusun atas gugus asam fosfat,
gugusan gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Gugusan gula deoksiribosa
memiliki lima unsur C yang mengikat gula pentosa pada atom C nomor 5, dan
juga mengikat basa nitrogen pada atom C nomor 1. Pada struktur DNA di atas,
terdapat basa nitrogen (adenin, timin, sitosin, dan guanin) yang menyusun
rangkaian nukleotida yang dihubungkan oleh ikatan hidrogen.

Pembahasan

Pada praktikum ini, model DNA memiliki struktur double helix yang
memiliki 3 komponen. Pertama, gula deoksiribosa, yang memiliki 5 unsur karbon.
Kedua adalah gugus fosfat yang merupakan backbone dari DNA. Komponen
ketiga adalah basa nitrogen yang melengkapi komponen DNA. Basa nitrogen ini
terbagi dua, yaitu purin dan pirimidin. Purin merupakan basa adenin dan basa
guanin yang memiliki struktur dua cincin. Sedangkan pirimidin merupakan basa
timin dan sitosin yang memiliki struktur satu cincin. Lain halnya dalam RNA,
sitosin tidak digunakan dalam basa nitrogen pirimidin, melainkan digunakan
urasil yang juga merupakan basa nitrogen dengan struktur satu cincin yang
membuatnya merupakan sebuah pirimidin (Karmana 2009).
Sintesis protein merupakan proses pembentukan protein yang memiliki
tahap transkripsi dan translasi dalam prosesnya. Pertama, tahap transkripsi adalah
proses penerjemahan informasi yang terdapat pada DNA menjadi RNA. Proses
transkripsi diawali dengan membuka rantai ganda DNA dengan bantuan dari
enzim yang disebut RNA polimerase untuk membentuk mRNA. Proses transkripsi
dibagi menjadi 3 langkah yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Tahap kedua
yaitu tahap translasi yang merupakan sintesis protein dari RNA. Proses translasi
terjadi pada sitoplasma dalam ribosom. Ribosom adalah subunit kecil dan besar
yang mengelilingi mRNA. Dalam proses translasi, mRNA diterjemahkan untuk
menghasilkan polipeptida tertentu dengan bantuan asam amino. Proses translasi
memiliki langkah yang sama dengan tahap transkripsi yaitu langkah inisiasi,
elongasi, dan terminasi (Fatchiyah dan Estri 2006).
Perbedaan antara DNA dan RNA terletak pada struktur dan komponennya.
DNA memiliki struktur double helix dengan komponen gula yaitu gula
deoksiribosa. Basa nitrogen DNA terdiri dari adenin, guanin, sitosin, dan timin,
dimana adenin dan guanin adalah purin dan sitosin dan timin adalah pirimidin.
Sedangkan pada RNA, struktur yang dimilikinya yaitu single helix dengan
komponen gula yaitu gula ribose. Basa nitrogen RNA berjumlah sama dengan
DNA, pirinnya juga terdiri dari adenin dan guanin, tetapi pirimidin pada basa
nitrogen RNA terdiri dari timin dan urasil.

5 KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

DNA merupakan molekul kompleks pada semua organisme yang berperan

dalam pengaturan segala proses di dalam tubuh dan juga berperan penting dalam
hal pewarisan sifat. Struktur DNA berbentuk double helix dengan komponen yaitu
gula deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Informasi genetik dalam DNA
didefinisikan oleh urutan basis individu, yaitu pirimidin, sitosin dan timin dan
purin, guanin dan adenin. Ikatan hidrogen terbentuk antara donor dan akseptor
yang diposisikan dengan tepat pada basis masing-masing untai, sehingga A
berpasangan dengan T dan G berpasangan dengan C.

Saran
Sebaiknya laboratorium menyediakan fasilitas yang digunakan dalam
praktikum. Laboratorium yang digunakan praktikan sebaiknya mencakup sarana
dan prasarana laboratorium. Sebaiknya asisten memberi kejelasan dan informasi
yang mutlak dalam aturan penulisan laporan agar tidak menghambat proses
pengerjaan laporan praktikan.

DAFTAR PUSTAKA

Bowater RP. 2014. DNA structure. Norwich (UK).

Brazda V, Lucia H, Jack CCL, Miroslav F. 2014. DNA and RNA quadruplex-
binding proteins. International Journal of Molecular Sciences. 15:
17493-17517. doi:10.3390/ijms151017493.
Bryant J, Karen M, Stephen JA. 2001. Origins and complexes: the initiation of
DNA replication. Journal of Experimental Botany. 52(355): 193-
202.
Duni RI. 2017. Model DNA (dokumentasi pribadi). Makassar (ID): Universitas
Hasanuddin.
Fatchiyah, Estri LA. 2006. Kromosom, gen, DNA, synthesis protein dan regulasi.
Malang (ID): Universitas Brawijaya.
Gaffar S. 2007. Buku ajar bioteknologi molekul. Bandung (ID): Universitas
Padjadjaran.
Karmana W. 2009. Kajian evolusi berbasis urutan nukleotida. Gane C Swara.
3(3).
Laskmitawati DR, Ani RP. 2005. Penghambatan ekspresi gen dengan Antisense
Oligonukleotida sebagai upaya pengobatan penyakit. Jurnal Ilmu
Kefarmasian Indonesia. 3(2): 92-98.
Pray L. 2008. Discovery of DNA structure and function: Watson and Crick.
Nature Education. 1(1): 100.
Rosana D. 2012. Struktur dan fungsi DNA. Yogyakarta (ID): Universitas Negeri
Yogyakarta.
Schrider D, Gout JF, Hahn MW. 2011. Very few RNA and DNA sequence
differences in the human transcriptome. Plos One Tenth
Anniversary. 6(10).
Sumardjo D. 2008. Pengantar kimia: buku panduan kuliah mahasiswa kedokteran
dan program strata I fakultas bioeksakta. Jakarta (ID): EGC.
Sutarno. 2016. Rekayasa genetik dan perkembangan bioteknologi di bidang
peternakan. Proceeding Biology Education Conference. 13(1): 23-
27.
Soedigdo P. 1973. Tinjauan ulang mengenai biokimia DNA dan RNA serta
biosintesa protein. Proceeding ITB. 7(2).
Travers A, Georgi M. 2015. DNA structures and function. The FEBS Journal.
Valenzuela MS, Chakradhari S. 2015. Arrest of viral proliferation by ectopic
copies of its cognate replication origin. Genes Journal. 6: 436-450.
doi:10.3390/genes6020436.
Zulfahmi. 2013. Penanda DNA untuk analisis genetik tanaman. Jurnal
Agroteknologi. 3(2): 41-52.