I.

Pengertian DNA

Apa itu DNA? Kami telah merangkum beberapa pengertian DNA dari berbagai
sumber:

 DNA adalah resep, skema, sistematika, manual, peta, cetak biru,

rancangan, dan informasi biologis yang unik dari makhluk hidup. Persis
seperti setiap bangunan gedung yang ada cetak birunya masing-masing
(sumber: imperiumindonesia.blogspot.com).
 DNA singkatan dari deoxyribonucleic acid, yaitu suatu molekul yang
terdapat dalam sel semua makhluk hidup. Setiap makhluk hidup mulai dari
bakteri sampai manusia memiliki DNA (sumber: untukku.com).
 Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:
deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong
biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme (sumber:
id.wikipedia.org).
 DNA, kepanjangan dari Deoxyribo Nucleic Acid, merupakan asam nukleat
yang menyimpan semua informasi tentang genetika. DNA inilah yang
menentukan jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia
(sumber: kesehatan707.blogspot.com).
 Asam deoksiribonukleat (DNA) adalah asam nukleat yang mengandung
instruksi genetik yang digunakan dalam pengembangan dan fungsi dari
semua organisme hidup dan beberapa virus (sumber: news-medical.net).

Jadi, kesimpulannya: DNA adalah suatu asam nukleat yang menyimpan

segala informasi biologis yang unik dari setiap makhluk hidup dan beberapa
virus.

DNA dapat mereplikasi yaitu membentuk salinan dirinya sendiri. Setiap untaian
DNA berisi sekuens basis tertentu. Setiap basis juga dihubungkan oleh molekul
gula dan fosfat. Bila basis membentuk anak tangga (horizontal), maka molekul
gula dan fosfat membentuk bagian vertikal dari tangga tersebut.

Molekul-molekul DNA di tubuh kita tersusun dalam paket-paket yang disebut

kromosom. Setiap manusia memiliki 23 pasang kromosom. Satu dari 23 pasang
kromosom itu, yang disebut kromosom seks, berbeda pada pria dan wanita.
Wanita memiliki dua kromosom X, laki-laki memiliki kromosom X dan Y. Setiap
organisme memiliki jumlah kromosom yang berbeda. Misalnya, simpanze
memiliki 24 pasang, pisang 11 pasang, dan lalat hanya 4 pasang.

Selanjutnya, kromosom tersusun dalam segmen-segmen pendek DNA yang

disebut gen. Bila DNA adalah buku resep, maka setiap gen adalah resepnya.
Resep ini memberitahu sel-sel bagaimana menjalankan fungsi dan
mengekspresikan sifat tertentu. Manusia memiliki sekitar 25.000 gen. Gen inilah
yang menentukan warna rambut, jenis rambut, warna kulit, warna mata, dll.
Misalnya, seseorang memiliki rambut hitam keriting karena gen-gen yang diwarisi
dari orangtuanya menginstruksikan sel-sel folikel rambut untuk membentuk
rambut hitam dan keriting.

1
DNA (Asam deoksiribonukleat)

Struktur molekul DNA. Atom karbon berwarna hitam, oksigen merah, nitrogen
biru, fosfor hijau, dan hidrogen putih.

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:

deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul
utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya
terletak di dalam inti sel.

Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik;
artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum
bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa
jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human
Immunodeficiency Virus).

2
II. Karakteristik Kimia DNA

Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenina dengan

timina dan guanina dengan sitosina) yang membentuk DNA beruntai ganda.

Struktur DNA

Ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Struktur-

struktur DNA

tersebut adalah sebagai berikut:

1. Struktur primer

DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap

nukleotida terdiri dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau

pirimidin, satu gula pentosa berupa 2’-deoksi-D-ribosa dalam bentuk

furanosa, dan satu molekul fosfat. Penulisan urutan basa dimulai dari

kiri yaitu ujung 5’ bebas (tidak terikat nukleotida lain) menuju ujung

dengan gugus 3’ hidroksil bebas atau dengan arah 5’3’ (Darnell, et

al., dalam T. Milanda, 1994).

2. Struktur sekunder

Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan

fungsinya sebagai pembawa informasi genetik adaal h komposisi

basa penyusun. Pada tahun 1949-1953, Edwin Chargaff

3
menggunakan metode kromatografi untuk pemisahan dan analisis

kuantitatif keempat basa DNA, yang diisolasi drari berbagai

organisme. Kesimpulan yang diambil dari data yang terkumpul

adalah sebagai berikut :

a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu

dengan spesies yang lain.

b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan

pada spesies yang sama mempunyai komposisi basa yang

sama.

c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh

perubahan usia, keadaan nutrisi maupun perubahan

lingkungan.

d. Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah

residu adenin yang sama dengan jumlah residu timin

(A=T), dan jumlah residu guanin yang sama dengan

jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G

= C+T, yang disebut aturan Charrgaff.

e. DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan

hubungan kekerabatan yang dekat mempunyai komposisi

basa yang hampir sama.

Pada tahun 1953, James D. Watson dan Francis H.C. Crick

berhasil menguraikan struktur sekunder DNA yang berbentuk heliks

ganda melalui analisis pola difraksi sinar X dan membangun model

strukturnya (Darnell, et al. dalam T. Milanda, 1994). Heliks ganda

4
tersebut tersusun dari dua untai polinukleotida secara antiparalel (arah

5’3’ saling berlawanan), berputar ke kanan dan melingkari suatu

sumbu. Unit gula fosfat berada di luar molekul DNA dengan basa-

basa komplementer yang berpasangan di dalam molekul. Ikatan hidrogen

di antara pasangan basa memegangi kedua untai heliks ganda tersebut

(Willbraham and Matta dalam T. Milanda, 1994). Kedua untai melingkar

sedemikian rupa sehingga keduanya tidak dapat dipisahkan kembali bila

putaran masing-masing untai dibuka.

(a)
(b) Gambar 1 Struktur DNA (Prentis
Steve, 1990)
Keterangan: a. Struktur primer DNA
b. Struktur sekunder DNA

Jarak di antara kedua untai hanya memungkinkan pemasangan

basa purin (lebih besar) dengan basa pirimidin (lebih kecil). Adenin

berpasangan dengan timin membentuk dua ikatan hidrogen sedangkan

guanin berpasangan dengan sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen.

Dua ikatan glikosidik yang mengikat pasangan basa pada cincin

gula, tidak persis berhadapan. Akibatnya, jarak antara unit-unit gula fosfat

5
 yang berhadapan sepanjang heliks ganda tidak sama dan membentuk

celah antara yang berbeda, yaitu celah mayor dan celah minor

(Marks, et al., 1996 ; Robert K. Murray, et al., 2000).

3. Struktur tersier

Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan

molekul lingkar. Konformasi ini terjadi karena kedua untai

polinukleotida membentuk struktur tertutup yang tidak berujung.

Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari bakteri, virus dan

mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA dapat

berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu:

 gugus fosfat
 gula deoksiribosa
 basa nitrogen, yang terdiri dari:
o Adenina (A)
o Guanina (G)
o Sitosina (C)
o Timina (T)

Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut
dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.

Rantai DNA memiliki lebar 22-24 Å, sementara panjang satu unit nukleotida 3,3
Å. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan
nukleotida yang terangkai seperti rantai.

Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling.
Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua
gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom
karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya.

6
DNA terdiri atas dua untai benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk
struktur heliks ganda. Seutas polinukleotida pada molekul DNA tersusun atas
rangkaian nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas:

1. Gugusan gula deoksiribosa (gula pentosa yang kehilangan satu atom

oksigen)
2. Gugusan asam fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula)
3. Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula

Ketiga gugus tersebut saling terkait dan membentuk “tulang punggung” yang
sangat panjang bagi heliks ganda. Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga,
dimana ibu tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya adalah
susunan basa nitrogen. Sedangkan fosfat menghubungkan gula pada satu
nukleotida ke gula pada nukleotida berikutnya untuk membentuk polinukleotida.

Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan guanin
(G), serta basa pirimidin yaitu sitosin atau cytosine (C) dan timin (T). Ikatan
antara gula pentosa dan basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa
nukleosida yaitu :

1. Ikatan A-gula disebut adenina atau adenosin deoksiribonukleosida

(deoksiadenosin)
2. Ikatan G-gula disebut guanina atau guanosin deoksiribonukleosida
(deoksiguanosin)
3. Ikatan C-gula disebut sitosina atau sitidin deoksiribonukleosida
(deoksisitidin)
4. Ikatan T-gula disebut timina atau timidin deoksiribonukleosida
(deoksiribotimidin)

Ikatan asam-gula-fosfat disebut sebagai deoksiribonukleotida atau sering disebut

nukleotida. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin
deoksiribonukleotida, timidin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida,
timidin deoksiribonukleotida. Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian
yang disebut polinukleotida. DNA terbentuk dari dua utas poinukleotida yang
saling berpilin. Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang
tetap dengan basa-basa nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan
timin dan guanin berpasangan dengan sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T
dihubungkan oleh dua atom hidrogen (A=T). Adapun pasangan basa nitrogen C
dan G dihubungkan oleh tiga atom hidrogen (C≡G). Dengan demikian, kedua
polinukleotida pada satu DNA saling komplemen.

7
 III. Sifat-sifat DNA

Dalam perkembangan lanjut, implikasi dari model DNA menurut

Watson dan Crick adalah sifat fisika DNA yang mudah membentuk dua rantai
tunggal DNA apabila ikatan hidrogen purin-pirimidin "melele".  Melalui
pemanasan, misalnya, ikatan ini melele dan kekentalan (viscocity) larutan
menurun. Dalam keadaan rantai tunggal, gugus amino dari purin dan
pirimidin tersingkap dan siap bereaksi dengan formaldehida membentuk
turunan hidroksimetil, yang dalam keadaan rantai ganda DNA gugus ini tidak
reaktif.  Akibat lanjut dari terbentuknya rantai tunggal DNA adalah serapan
radiasi ultraviolet pada riak-gelombang 260 mm oleh DNA dalam larutan
meningkat 40% (DNA memiliki serapan radiasi tertinggi pada riak-gelombang
260 mm).  Dengan pemanasan, serapan radiasi ultraviolet oleh DNA
meningkat secara drastis disaat suhu pemanasan melewati titik leleh (melting
point).
Terdapat beberapa protein/enzim penting yang berinteraksi dengan
DNA dan mempengaruhi sifat-sifat fisik DNA yaitu: (1) Deoksiribonuklease
(DNase), (2) Enzim-enzim spesifik penggunting DNA (Restriction enzyme
endonucleases), (3) DNA ligase, (4) Topoisomerase, (5) DNA Polimerase, (6)
DNA girase, (7) Primase, (8) Helikase, dan (9) DNA binding protein.
 
 

8
IV. Fungsi DNA

DNA berfungsi menyampaikan informasi genetika dari induk ke generasi

berikutnya dan mengatur perkembangan metabolisme tubuh. Dengan demikian,
dapat dikatakan bahwa DNA adalah gen itu sendiri. DNA dapat juga mengawasi
aktivitas-aktivitas sel dengan memerintahkan pembentukan semua macam protein
(enzim) di dalam sel. DNA berada di dalam inti sel dan pada umumnya
pembentukan protein terjadi pada ribosom, yaitu pada sitoplasma. Sehingga,
informasi yang ada pada DNA harus diterjemahkan dahulu oleh suatu senyawa
tertentu dan dibawa oleh senyawa tersebut dari
inti ke sitoplasma. DNA akan membentuk senyawa lain dalam menyampaikan
informasi genetik yang akan memerintahkan sintesis protein. Senyawasenyawa
yang dibentuk oleh DNA, yaitu RNA duta, RNA transfer, dan RNA ribosom.

Fungsi biologis

Replikasi

Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida
pada DNA yang digandakan.

Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan

ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri
harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi
genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa
DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan "konjugat" dari rantai

9
pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka
susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk.

Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA
ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-
masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal
merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai
pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang
diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk
membuat rantai pasangannya.

Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang
terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim
pembantu pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses
replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu
di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh enzim
helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu
membuka pilinan rantai DNA.

Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA
polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka
secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai
dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda.
Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA
polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar
terpisah.

Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses
sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya
kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme
inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Darnell J., Lodish H., and Batlimore D., 1990, Molecular Cell
nd
Biology, 2
edition, Scientific American Book Inc., New York, p. 99-76

Debbie S. Retnoningrum, 1998, Mekanisme dan Deteksi Molekul

Resistensi
Antibiotik pada Bakteri, Jurusan Farmasi-ITB, Bandung, h. 1-
5, 16-21

Jawetz E., J. L. Melnick dan E. A. Adelberg, 1996, Mikrobiologi

Kedokteran, Edisi 20, Penerbit Buku Kedokteran, EGC, Jakarta, h.
211-217, 249-251

Manges Amee R. and Riley Lee W., 2001, Widespread Distribution Of

Urinary Tract Infections Caused By A Multidrug-Resistant
Escherichia Coli Clonal Group, N Engl J Med., 345:1007-1013

Russell A.D. and I. Chopra, 1990. Understanding Antimicrobial

Action and
Resistance, Ellis Horword limited, England, p. 1-5, 25-35, 56-78

Wawan Kosasih dkk., 1992, Petunjuk praktikum kursus singkat rekayasa

genetika teknologi DNA rekombinan, PAU-Bioteknologi ITB,
Bandung, 5-10, 21-23

http://pustaka.unpad.ac.id/wp-
content/uploads/2011/09/pustaka_unpad_pcr.pdf

11