DNA

Sebelumnya Anda telah mengetahui bahwa kromosom mengandung banyak gen. Selain itu,
Anda juga mengetahui bahwa kromosom tersusun atas rantai DNA yang berpilin bersama protein
histon.
Perkembangan ilmu dan teknologi tentang sel telah membawa manusia pada pengetahuan baru.

Kemajuan dalam memahami sel berkembang sekitar tahun 1950-an. Pada saat itu, ames atson
dan Francis Crick dapat menjelaskan struktur DNA pada kromosom berdasarkan bukti-bukti
yang ada. Berdasarkan bukti difraksi sinar-X, mereka menyimpulkan bahwa struktur DNA
adalah seperti tangga terpilin atau double heli.

(a) Foto hasil difraksi sinar-X dari DNA dan, (b) model DNA double helix.

DNA tersusun atas rangkaian nukleotida. ukleotida adalah gabungan antara gugus fosfat, gula
pentosa, dan basa nitrogen. Adapun nukleosida adalah gabungan antara gula pentosa dan basa
nitrogen. Setiap nukleotida mengandung gugus gula deoksiribosa yang memiliki 5 atom karbon,
gugus fosfat dan basa nitrogen. Semua nukleotida dalam DNA mengandung gula dan gugus
fosfat yang sama sehingga disebut juga “tulang punggung DNA”. Adapun basa nitrogen DNA
selalu berpasangan antara kelompok purin dan pirimidin. Basa purin yakni adenine (A) dan
guanine (G), sedangkan basa pirimidin, yakni cytosine (C) dan thymine (T). Pada DNA, G
berpasangan dengan C dan A berpasangan dengan T.

Struktur kimia nukleotida dengan basa purin dan pirimidin.

DNA dengan pasangan basa nitrogen adalah bentuk nyata dari gen. Umumnya satu gen
mengandung puluhan hingga ratusan ribu pasangan basa. DNA tersebut mengatur kehidupan sel
dan tubuh suatu makhluk hidup melalui proses replikasi (penggandaan) dan transkripsi
(pencetakan). Replikasi berguna untuk pembelahan sel dan reproduksi, sedangkan transkripsi
berguna untuk sintesis protein. Melalui sintesis protein dibentuk berbagai zat dan organel yang
mengatur tubuh dan memengaruhi sifat makhluk hidup.

Fungsi DNA

Secara umum terdapat tiga fungsi dari DNA, yaitu:

Pembawa informasi genetis

DNA sebagai bentuk kimiawi gen merupakan pembawa informasi genetik makhluk hidup. DNA
membawa instruksi bagi pembentukan ciri dan sifat makhluk hidup.

Berperan dalam duplikasi diri dan pewarisan sifat

Oleh karena DNA mengandung semua informasi sifat makhluk hidup, ia juga harus memiliki
informasi bagi perbanyakan diri (replikasi). Replikasi DNA memberikan jalan bagi DNA untuk
diwariskan dari satu sel ke sel lainnya.

Ekspresi informasi genetik

Gen-gen membawa informasi untuk membentuk protein tertentu. Proses ini terjadi melalui
mekanisme sintesis protein. Proses pembentukan protein ini terjadi melalui proses transkripsi
DNA menjadi RNA dan translasi RNA membentuk rantai polipeptida.

Mekanisme Replikasi DNA

Kemampuan memperbanyak diri merupakan ciri penting makhluk hidup. Hal ini dapat diamati
hingga tingkat molekuler, yakni perbanyakan materi genetis melalui replikasi. Proses ini
memerlukan bahan baku deoksiribonukleotida, enzim, dan nukleotida. Proses replikasi DNA
akan menghasilkan rantai DNA baru yang sama. DNA juga dapat menghasilkan rantai RNA baru
melalui proses transkripsi.

Replikasi diawali dengan terbukanya pilinan dan pemisahan rantai oleh enzim helikase sehingga
terbentuk dua pita tunggal. Kedua pita tersebut berfungsi sebagai cetakan DNA baru dengan
bantuan enzim DNA polimerase.

Perlu Anda perhatikan bahwa terdapat satu sifat DNA double heli yang memengaruhi replikasi,
yakni kedua pita DNA bersifat antiparalel. Artinya, ikatan gula-fosfat kedua pita berlawanan
arah. Perhatikan Gambar berikut.

Dua pita DNA bersifat antiparalel.

Pada gambar terlihat bahwa lima karbon pada gula deoksiribosa diberi nomor 1 hingga 5.
Terdapat gugus fosfat yang berikatan pada karbon nomor 3' atau nomor 5'. Hasilnya terdapat dua
buah pita DNA dengan polaritas berbeda. DNA polimerase dapat mensintesis DNA baru dengan
arah 5'→3'. Oleh karena itu, dalam pembentukan DNA baru akan terdapat pembentukan pita
yang kontinu dan diskontinu. Pita D A kontinu terbentuk dari arah 5'→3' tanpa terputus. Pita D
A diskontinu akan terbentuk dari arah 3'→5' terputus-putus. Pembentukannya diawali
pembentukan RNA primer oleh enzim primase dan diteruskan oleh DNA polimerase membentuk
fragmen DNA yang disebut fragmen kazaki. RNA primer akan digantikan DNA bersamaan
dengan penyambungan fragmen Okazaki oleh enzim ligase. Akibatnya, terbentuk pita DNA baru
yang utuh. Perhatikan gambar berikut.

Terdapat tiga hipotesis mengenai proses replikasi DNA, yaitu konservatif, semikonservatif, dan
dispersif.

Tiga hipotesis replikasi DNA, yaitu (a) konservatif, (b) semi konservatif dan (c) dispersif.

Konservatif
Menurut model replikasi konservatif, semua pita DNA double heli berfungsi sebagai cetakan.
Proses tersebut menghasilkan sebuah pita DNA. gambar (a)

Semikonservatif

Model replikasi DNA ini diusulkan oleh atson dan Crick beberapa saat setelah mengajukan
model DNA double heli . Model ini menjelaskan, setelah pita terurai menjadi pita tunggal, setiap
pita berfungsi sebagai cetakan. Setiap pita tunggal membentuk pita pasangannya sehingga
terbentuk dua pita double heli double heli baru. gambar (b)

Dispersif

Berdasarkan model ini, pita spiral (double heli ) terputus-putus, kemudian potongan DNA
tersebut membentuk dua pita baru. Potongan DNA lama akan bersambungan dengan DNA baru
pada kedua pita double heli . baru tersebut

Dari ketiga hipotesis tersebut, hipotesis semikonservatif lebih banyak diterima oleh para
ilmuwan dalam menjelaskan replikasi DNA. Beberapa penelitian pun memperkuat hipotesis
semikonservatif sebagai mekanisme replikasi DNA.
Asam deoksiribonukleat
Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas

Jump to navigation Jump to search

Struktur heliks ganda DNA. Atom-atom pada struktur tersebut diwarnai sesuai dengan unsur kimianya
dan struktur detail dua pasangan basa ditunjukkan oleh gambar kanan bawah

Gambaran tiga dimensi DNA

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan singkatan DNA (bahasa Inggris:
deoxyribonucleic acid), adalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan menyandi instruksi-
instruksi genetika setiap organisme dan banyak jenis virus. Instruksi-instruksi genetika ini
berperan penting dalam pertumbuhan, perkembangan, dan fungsi organisme dan virus. DNA
merupakan asam nukleat; bersamaan dengan protein dan karbohidrat, asam nukleat adalah
makromolekul esensial bagi seluruh makhluk hidup yang diketahui. Kebanyakan molekul DNA
terdiri dari dua unting biopolimer yang berpilin satu sama lainnya membentuk heliks ganda. Dua
unting DNA ini dikenal sebagai polinukleotida karena keduanya terdiri dari satuan-satuan
molekul yang disebut nukleotida. Tiap-tiap nukleotida terdiri atas salah satu jenis basa nitrogen
(guanina (G), adenina (A), timina (T), atau sitosina (C)), gula monosakarida yang disebut
deoksiribosa, dan gugus fosfat. Nukleotida-nukelotida ini kemudian tersambung dalam satu
rantai ikatan kovalen antara gula satu nukleotida dengan fosfat nukelotida lainnya. Hasilnya
adalah rantai punggung gula-fosfat yang berselang-seling. Menurut kaidah pasangan basa (A
dengan T dan C dengan G), ikatan hidrogen mengikat basa-basa dari kedua unting polinukleotida
membentuk DNA unting ganda

Dua unting DNA bersifat anti-paralel, yang berarti bahwa keduanya berpasangan secara
berlawanan. Pada setiap gugus gula, terikat salah satu dari empat jenis nukleobasa. Urutan-
urutan empat nukleobasa di sepanjang rantai punggung DNA inilah yang menyimpan kode
informasi biologis. Melalui proses biokimia yang disebut transkripsi, unting DNA digunakan
sebagai templat untuk membuat unting RNA. Unting RNA ini kemudian ditranslasikan untuk
menentukan urutan asam amino protein yang dibangun.

Struktur kimia DNA yang ada membuatnya sangat cocok untuk menyimpan informasi biologis
setiap makhluk hidup. Rantai punggung DNA resisten terhadap pembelahan kimia, dan kedua-
dua unting dalam struktur unting ganda DNA menyimpan informasi biologis yang sama.
Karenanya, informasi biologis ini akan direplikasi ketika dua unting DNA dipisahkan. Sebagian
besar DNA (lebih dari 98% pada manusia) bersifat non-kode, yang berarti bagian ini tidak
berfungsi menyandikan protein.

Dalam sel, DNA tersusun dalam kromosom. Semasa pembelahan sel, kromosom-kromosom ini
diduplikasi dalam proses yang disebut replikasi DNA. Organisme eukariotik (hewan, tumbuhan,
fungi, dan protista) menyimpan kebanyakan DNA-nya dalam inti sel dan sebagian kecil sisanya
dalam organel seperti mitokondria ataupun kloroplas.[1] Sebaliknya organisme prokariotik
(bakteri dan arkaea) menyimpan DNA-nya hanya dalam sitoplasma. Dalam kromosom, protein
kromatin seperti histon berperan dalam penyusunan DNA menjadi struktur kompak. Struktur
kompak inilah yang kemudian berinteraksi antara DNA dengan protein lainnya, sehingga
membantu kontrol bagian-bagian DNA mana sajakah yang dapat ditranskripsikan.

Para ilmuwan menggunakan DNA sebagai alat molekuler untuk menyingkap teori-teori dan
hukum-hukum fisika, seperti misalnya teorema ergodik dan teori elastisitas. Sifat-sifat materi
DNA yang khas membuatnya sangat menarik untuk diteliti bagi ilmuwan dan insinyur yang
bekerja di bidang mikrofabrikasi dan nanofabrikasi material. Beberapa kemajuan di bidang
material ini misalnya origami DNA dan material hibrida berbasis DNA.[2]
Daftar isi

 1 Sifat-sifat DNA
o 1.1 Nukleobasa DNA
o 1.2 Alur DNA
o 1.3 Pemasangan basa
o 1.4 Sense dan antisense
o 1.5 Pemilinan kumparan (Supercoiling)
o 1.6 Struktur alternatif DNA
 2 Fungsi biologis
o 2.1 Replikasi
 3 Penggunaan DNA dalam teknologi
o 3.1 DNA dalam forensik
o 3.2 DNA dalam komputasi
 4 Sejarah
 5 Referensi

Sifat-sifat DNA

Struktur kimia DNA; ikatan hidrogen ditunjukkan oleh garis putus-putus

DNA merupakan sebuah polimer yang terdiri dari satuan-satuan berulang yang disebut
nukleotida.[3][4][5] Tiap-tiap nukleotida terdiri dari tiga komponen utama, yakni gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa nitrogen (nukleobasa)[6]. Pada DNA, nukleobasa yang ditemukan adalah
Adenina (A), Guanina (G), Sitosina (C) dan Timina (T). Nukleobasa yang terhubung dengan
sebuah gugus gula disebut sebagai nukleosida, dan nukleosida yang terhubung dengan satu atau
lebih gugus fosfat disebut sebagai nukleotida. Polimer yang terdiri dari nukleotida yang saling
terhubung menjadi satu rantai disebut sebagai polinukleotida.[7] Sehingga DNA termasuk pula ke
dalam polinukleotida.

Rantai punggung unting DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling.[8] Gula
pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula
terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu
gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Ikatan yang tidak simetris ini membuat DNA
memiliki arah atau orientasi tertentu. Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada
satu unting berlawanan dengan orientasi nukleotida unting lainnya. Hal ini disebut sebagai
antiparalel. Kedua ujung asimetris DNA disebut sebagai 5' (lima prima) dan 3' (tiga prima).
Ujung 5' memiliki gugus fosfat terminus, sedangkan ujung 3' memiliki gugus hidroksi terminus.
Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya, yakni gula 2-deoksiribosa
pada DNA digantikan gula ribosa pada RNA.[9]

Dalam organisme hidup, DNA biasanya ditemukan dalam bentuk berpasangan dan terikat
kuat.[9][10] Dua unting DNA saling berpilin membentuk heliks ganda. Heliks ganda ini
distabilisasi oleh dua gaya utama: ikatan hidrogen antar nukleotida dan interaksi tumpukan antar
nukleobasa aromatik.[11] Dalam lingkungan sel yang berair, ikatan π konjugasi antar basa
nukleotida tersusun tegak lurus terhadap sumbu pilinan DNA. Hal ini meminimalisasi interaksi
dengan cangkang solvasi, dan sehingganya menurunkan energi bebas Gibbs.

Struktur DNA semua jenis spesies terdiri dari dua rantai heliks yang berpilin dengan jarak antar
putaran heliks 34 Å (3,4 nanometer) dan jari-jari 10 Å (1.0 nanometer).[12] Menurut kajian
lainnya, ketika diukur menggunakan larutan tertentu, rantai DNA memiliki lebar 22-26 Å (2,2-
2,6 nanometer) sedangkan satu satuan nukleotida memiliki panjang 33 Å (0,33 nm).[13]
Walaupun satuan nukleotida ini sangatlah kecil, polimer DNA dapat memiliki jutaan nukleotida
yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom 1 yang merupakan kromosom terbesar pada
manusia mengandung sekitar 220 juta pasangan basa.[14]

Nukleobasa DNA

Nukleobasa diklasifikasikan ke dalam dua jenis: purina (A dan G) yang berupa fusi senyawa
heterolingkar beranggota lima dengan senyawa heterolingkar beranggota enam, dan pirimidina
(C dan T) yang berupa cincin beranggota enam.[9] Pirimidina lainnya, urasil (U), biasanya
menggantikan timina pada DNA. Perbedaan urasil dengan timina terletak pada ketiadaan gugus
metil pada cincin urasil. Selain kelima nukleobasa tersebut, terdapat pula sejumlah besar analog
asam nukleat buatan yang telah disintesis untuk mengkaji sifat-sifat asam nukleat dan digunakan
dalam bioteknologi.[15]

Urasil biasanya tidak ditemukan dalam DNA (ditemukan dalam sel hanya sebagai produk uraian
sitosina). Namun pada sejumlah bakteriofag– bakteriofag PBS1 dan PBS2 Bacillus subtilis dan
bakteriofag piR1-37 Yersinia– timina telah digantikan oleh urasil.[16] Fag lainnya - fag S6
Staphylococcus - juga telah diidentifikasi mempunyai urasil pada genomnya.[17]

Basa J (beta-d-glukopiranosiloksimetilurasil) yang merupakan bentuk modifikasi dari urasil juga

dapat ditemukan pada sejumlah organisme: flagellata Diplonema dan Euglena, dan seluruh
organisme marga kinetoplastid[18] Biosintesis basa J terjadi dalam dua tahap: pada tahap pertama,
basa timina spesifik pada DNA diubah menjadi hidroksimetildeoksiuridina (HOMedU); pada
tahap kedua HOMedU diglikosilasi menjadi basa J.[19] Protein-protein yang mengikat basa J ini
juga telah berhasil diidentifikasi.[20][21][22] Protein-protein ini tampaknya merupakan kerabat jauh
dari onkogen Tet1 yang terlibat dalam patogenesis leukimia myeloid akut.[23] Basa J tampaknya
bekerja sebagai sinyal terminasi untuk RNA polimerase II.[24][25]

Alur mayor dan minor DNA. Alur minor merupakan tapak pengikatan untuk Hoechst 33258.

Alur DNA

Pada struktur heliks ganda DNA, terdapat ruang antar unting DNA yang juga berbentuk alur
heliks. Ruang kosong ini bersebelahan dengan pasangan basa dan merupakan tapak ikatan yang
potensial. Dikarenakan kedua unting DNA tidak berposisi secara simetris satu sama lainnya, alur
yang dihasilkan jugalah tidak berukuran sama. Satu alur yang disebut alur mayor, memiliki lebar
22 Å, sedangkan alur lainnya yang disebut alur minor, memiliki lebar 12 Å.[26] Lebarnya alur
mayor berarti bahwa tepi-tepi basa nukleotida dapat lebih mudah diakses melalui alur mayor
daripada melalui alur minor. Akibatnya, protein-protein seperti faktor-faktor transkripsi yang
mengikat pada urutan basa tertentu biasanya melakukan kontak dengan basa melalui alur
mayor.[27] Situasi ini dapat bervariasi pada konformasi DNA yang tak lazim dalam sel, walaupun
alur mayor dan minor selalu dinamai demikian untuk menrefleksikan perbedaan ukuran yang
terlihat apabila DNA dipuntir balik menjadi bentuk lazim B.

Pemasangan basa

Info lebih lanjut: Pasangan basa

Pada heliks ganda DNA, tiap jenis nukleobasa pada satu unting DNA berikatan hanya dengan
satu jenis nukleobasa dari unting DNA lainnya. Hal ini disebut sebagai pemasangan basa
komplementer. Purina akan membentuk ikatan hidrogen dengan pirimidina; adenina berikatan
dengan timina dalam dua ikatan hidrogen, dan sitosina berikatan dengan guanina dalam tiga
ikatan hidrogen. Susunan dua nukleotida ini disebut sebagai satu pasangan basa. Karena ikatan
hidrogen tidak bersifat kovalen, ia dapat putuskan dan digabung kembali relatif mudah. Kedua
unting DNA dalam heliks ganda oleh karenanya dapat ditarik terbuka seperti zipper, baik melalui
gaya mekanika maupun temperatur tinggi.[28] Karena pasangan basa ini bersifat komplementer,
semua informasi pada urutan unting ganda heliks DNA terduplikasi pada tiap unting. Hal ini
sangat penting dalam replikasi DNA. Interaksi reversible dan spesifik antara pasangan basa
komplementer sangat kritikal terhadap keseluruhan fungsi DNA dalam makhluk hidup.[4]

Atas, pasangan basa GC dengan tiga ikatan hidrogen. Bawah, pasangan basa AT dengan dua ikatan
hidrogen. Ikatan hidrogen non-kovalen ditunjukkan oleh garis putus-putus.

Dua jenis pasangan basa mempunyai jumlah ikatan hidrogen yang berbeda. Pasangan AT
memiliki dua ikatan hidrogen, sedangkan pasangan GC memiliki tiga ikatan hidrogen. DNA
yang mengandung pasangan basa GC yang tinggi lebih stabil daripada DNA berpasangan basa
GC rendah.

Sebagaimana telah disebutkan di atas, kebanyakan molekul DNA ditemukan dalam keadaan
unting ganda yang berikatan secara non-kovalen dan berbentuk heliks. Struktur unting ganda ini
(dsDNA, double-stranded DNA) utamanya distabilkan oleh interaksi tumpukan basa intra-
unting. Interaksi yang terkuat ada pada tumpukan G dengan C. Kedua unting tersebut dapat
dipisahkan menjadi dua molekul DNA unting tunggal (ssDNA, single-stranded DNA) melalui
proses yang dinamakan peleburan DNA. Peleburan terjadi pada temperatur tinggi, kadar garam
yang reandah, dan nilai pH yang tinggi (DNA juga melebur pada nilai pH rendah, tetapi
dikarenakan DNA tidak stabil akibat depurinasi asam, peleburan pH rendah jarang digunakan).

Stabilitas dsDNA tidak hanya bergantung pada kandungan GC (% pasangan basa G,C) DNA,
namun juga tergantung pada urutan basa (tumpukan basa) dan panjang molekul DNA tersebut
(molekul yang lebih panjang lebih stabil). Oleh sebab itu, kekuatan ikatan antar dua unting DNA
ditentukan oleh persentase pasangan basa GC dan keseluruhan panjang heliks ganda DNA.
Heliks DNA yang panjang dengan kandungan GC yang tinggi memiliki interaksi antar-unting
yang lebih kuat; sebaliknya heliks DNA yang pendek dengan kandungan AT yang tinggi
memiliki interaksi antar-unting yang lebih lemah.[29] Dalam proses biologis, bagian heliks ganda
DNA yang perlu dipisahkan dengan mudah seperti kotak Pribnow TATAAT pada beberapa
promotor cenderung memiliki kandungan AT yang tinggi.[30]

Stabilitas DNA dapat diukur melalui berbagai cara; umumnya stabilitas DNA diukur berdasarkan
temperatur lebur DNA (disebut juga nilai Tm), yakni temperatur di mana 50% molekul DNA
unting ganda melebur menjadi molekul DNA unting tunggal. Temperatur lebur ini bergantung
pada kekuatan ionik dan konsentrasi DNA. Ketika seluruh pasangan basa dalam heliks ganda
DNA melebur, kedua unting DNA akan terpisah sebagai dua molekul yang independen. Unting-
unting tunggal DNA ini tidak memiliki bentuk tunggal yang sama, walaupun beberapa
konformasi lebih stabil daripada konformasi lainnya.[31]

Sense dan antisense

Info lebih lanjut: Sense

Sebuah urutan sekuens DNA disebut sebagai "sense" apabila urutan basa DNA-nya sama dengan
urutan kopi RNA duta yang ditranslasikan menjadi protein.[32] Urutan pada unting
komplementernya disebut sebagai urutan "antisense". Baik urutan sense dan antisense dapat
ditemukan pada berbagai bagian unting DNA yang sama (kedua unting DNA dapat mengandung
baik urutan sense maupun antisense). Pada prokariota dan eukariota, urutan RNA antisense juga
diproduksi, namun fungsi RNA antisense ini tidaklah diketahui dengan jelas.[33] RNA antisense
diajukan terlibat dalam regulasi ekspresi gen melalui pemasangan basa RNA-RNA.[34]

Pada sebagian kecil urutan DNA prokariota dan eukariota, dan sebagian besar urutan DNA
plasmid dan virus, perbedaan antara unting sense dan antisense menjadi kabur dikarenakan
terdapatnya gen yang tumpang tindih.[35] Dalam hal ini, beberapa urutan DNA memiliki tugas
ganda, yakni menyandikan protein pertama ketika dibaca melalui salah satu unting, dan
menyandikan protein kedua ketika dibaca dengan arah berlawanan melalui unting
komplementernya. Pada bakteri, ketumpangtindihan ini kemungkinan terlibat dalam regulasi
transkripsi gen.[36] Sedangkan pada virus, gen yang tumpang tindih ini meningkatkan jumlah
informasi yang dapat disandikan dalam genom virus yang berukuran kecil.[37]

Pemilinan kumparan (Supercoiling)

Info lebih lanjut: Kumparan terpilin DNA

DNA dapat dipuntir menjadi seperti tali melalui proses yang disebut pemilinan kumparan DNA.
Pada kondisi "relaksasi", unting DNA biasanya akan mengitari sumbu heliks ganda setiap 10,4
pasangan basa. Namun jika DNA dipuntir, unting-untingnya dapat tergulung menjadi lebih rapat
ataupun tergulung menjadi lebih longgar.[38] Jika DNA dipuntir searah putaran heliks, basa-basa
dalam unting DNA akan terikat lebih rapat. Hal ini dinamakan pemilinan kumparan positif.
Sebaliknya jika DNA dipuntir berlawanan putaran heliks, basa-basa dalam unting DNA akan
terlepas lebih mudah. Hal ini dinamakan pemilinan kumparan negatif. Secara alamiah,
kebanyakan DNA memiliki bentuk pemilinan kumparan negatif yang disebabkan oleh enzim
topoisomerase.[39] Enzim ini juga diperlukan untuk melepaskan tegangan puntiran yang dialami
DNA semasa proses transkripsi dan replikasi.[40]

Dari kiri ke kanan, struktur DNA A, DNA B, dan DNA Z

Struktur alternatif DNA

Terdapat banyak kemungkinan konformasi-konformasi DNA yang dapat kita temukan, di

antaranya A-DNA, B-DNA, dan Z-DNA, walaupun hanya B-DNA dan Z-DNA saja yang telah
diamati secara langsung pada organisme fungsional.[8] Konformasi-konformasi yang diadopsi
oleh DNA bergantung pada tingkat hidrasi DNA, urutan DNA, tingkat dan arah pilinan
kumparan DNA, modifikasi kimiawi pada basa DNA, jenis dan konsentrasi ion-ion logam,
maupun keberadaan poliamina dalam larutan.[41]

Fungsi biologis

Replikasi
Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang
digandakan.

Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan
membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan
replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya,
proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu
merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan
satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk.

Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi.
Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang
diperoleh pada akhir proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai
DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai
tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai "cetakan" untuk
membuat rantai pasangannya.

Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting dikenal
dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru
yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA
pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh
enzim helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu
membuka pilinan rantai DNA.
Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan
mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses
pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase
mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai
yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai
telah benar-benar terpisah.

Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai DNA
baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang
dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis
amatlah kecil.

Penggunaan DNA dalam teknologi

DNA dalam forensik

Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, sperma, kulit, liur atau
rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan
tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA
profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short
tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh
genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk
mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire,
Inggris.

Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah
contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu
investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh
DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak
dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling tepercaya untuk mengidentifikasi seorang
pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat
diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang.

DNA dalam komputasi

DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai
sebuah cara komputasi.

Riset dalam algoritme pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam
urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritme ini
digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam
aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritme sederhana untuk masalah ini biasanya
mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritme-algoritme ini untuk menunjukkan sifat
kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda.
Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk
menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut
database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan
dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan
pencarian homologi.

Sejarah

DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher
di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun,
penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan
dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul yang
paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut.

Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam
penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal men-
transform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen yang
dilakukan Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan pencari jejak
radioaktif (bahasa Inggris: radioactive tracers).

Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: "bagaimanakah struktur DNA sehingga ia
mampu bertugas sebagai materi genetik". Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan
koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar X pada DNA oleh Maurice Wilkins
dan Rosalind Franklin.

Pada tahun 1953, James Watson dan Francis Crick mendefinisikan DNA sebagai polimer yang
terdiri dari 4 basa dari asam nukleat, dua dari kelompok purina:adenina dan guanina; dan dua
lainnya dari kelompok pirimidina:sitosina dan timina. Keempat nukleobasa tersebut terhubung
dengan glukosa fosfat.[42]

Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin menemukan bahwa molekul DNA berbentuk heliks yang
berputar setiap 3,4 nm, sedangkan jarak antar molekul nukleobasa adalah 0,34 nm, hingga dapat
ditentukan bahwa terdapat 10 molekul nukleobasa pada setiap putaran DNA. Setelah diketahui
bahwa diameter heliks DNA sekitar 2 nm, baru diketahui bahwa DNA terdiri bukan dari 1 rantai,
melainkan 2 rantai heliks.

Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan
ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini.

Konfirmasi akhir mekanisme replikasi DNA dilakukan lewat percobaan Meselson-Stahl yang
dilakukan tahun 1958.