Nama : Rahmat Rusdy Febriyanto

Kelas : D3 RK
NIM : 20031004

Buat mekanisme replikasi DNA transkripsi dan transiasi, proses

terjadi, tahap prosesnya, dan gambar.

REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

(SINTESIS PROTEIN)

1. Pengertian DNA
DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya
dalam bentuk heliks ganda yang mengandung instruksi genetik
yang menentukan perkembangan biologis dari seluruh bentuk
kehidupan sel. DNA berbentuk polimer panjang nukleotida,
mengkode barisan residu asam amino dalam protein dengan
menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet.

DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia

bertanggung jawab untuk penurunan sifat genetika dari
kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini
misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit.
Selama pembelahan sel, DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke
keturunan selama reproduksi.

DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah

sepasang molekul yang digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA
tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di
antara mereka. Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?
batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari empat tipe:
Adenine (A), Cytosine (C), Guanine (G) dan Thymine (T). DNA
mengandung informasi genetika yang diwariskan oleh keturunan
dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan
pasangan basa. Sebuah untai DNA mengandung gen, sebagai ?
cetak biru? organisme. DNA membuat genom organisme.
Struktur DNA
DNA adalah polimer, lebih tepatnya, suatu himpunan dua polimer
yang terbelit. Tiap-tiap monomer yang menyusun polimer ini
adalah nukleotida yang terdiri dari tiga elemen: fosfat, gula dan
basa. Gula dan fosfat dari seluruh nukleotida seluruhnya sama,
tetapi nukleotida dapat dibedakan dengan meninjau komponen
basanya menjadi empat tipe, termasuk dua kategori, purin:
Adenine (A) dan Guanine (G) yang memiliki dua siklus organik
dan pirimidin: Cytosine (C) dan Thymine (T), yang memiliki satu
siklus organik. Satu pengamatan penting yang menuntun Watson
dan Crick ke penemuan terkenal dari struktur heliks ganda DNA
adalah, basa cenderung berpasangan melalui ikatan hidrogen, dan
pasangan yang terbentuk oleh purin dan pirimidin memiliki ukuran
yang hampir sama, sehingga pasangan-pasangan demikian
membentuk struktur dua rantai nukleotida berikatan hidrogen yang
sangat teratur. Untuk memahami mengapa dua rantai nukleotida
terkait membentuk heliks ganda, maka harus ditinjau interaksi
antara grup penyusun nukleotida.

Gambar Struktur DNA

Terdapat dua kelas interaksi dasar yang menstabilkan struktur heliks

ganda :
 Ikatan hidrogen antara basa-basa komplementer;
 Interaksi tumpukan (stacking interaction) dari plateu pasangan
basa. Barisan pasangan basa dalam DNA mengkode informasi
untuk mensintesa protein, adalah polimer yang terdiri dari 20 asam
amino berbeda. Dalam kaitan dengan gen, DNA mengandung
daerah tak terkode yang peranannya belum sepenuhnya dipahami.
 Selama replikasi DNA, yang terjadi selama pembelahan sel,
misalnya, molekul dikopi dengan cara membukanya seperti
ritsleting. Transkripsi DNA adalah pembacaan gen tunggal untuk
mensintesa protein.

Model DNA
DNA adalah entitas yang sangat dinamis dan srtukturnya tidak
beku. Pernapasan (breathing), DNA terkandung dalam pembukaan
temporer pasangan-pasangan basa. Dalam pemodelan gerak
fungsional DNA, dianalogikan dengan gerak mekanis. Terdapat
banyak variasi model yang mendeskripsikan gerak DNA: kontinyu
dan diskrit, spiral dan tak spiral, gerak tiruan dari setiap atau
hampir setiap atom, model homogen dan model-model yang
memasukkan keberadaan barisan basa.

Gambar DNA

Model batang elastis dicirikan oleh tiga tipe gerak internal: gerak
longitudinal, gerak rotasi atau berpilin, dan gerak transversal.
Model DNA tingkat kedua memasukkan perhitungan bahwa
molekul DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida, dapat
dimodelkan dengan dua batang elastis yang berinteraksi lemah di
antara mereka serta tergulung ke dalam spiral ganda. Analogi
diskrit dari model demikian mewakili dua rantai dari cakram yang
terkait oleh pegas longitudinal dan transversal serta kekakuan
pegas longitudinal yang jauh lebih kuat ketimbang pegas
transversal.
Model DNA tingkat ketiga memperhitungkan tiap-tiap rantai
terdiri dari tiga subunit: gula, fosfat dan basa. Model DNA tingkat
keempat diwakili oleh model kisi DNA dan mendeskripsikan gerak
atom yang menyusun sel kisi. Solusi tipe model DNA tingkat
keempat ini dapat diselesaikan dengan aproksimasi (harmonik)
linier. Model DNA tingkat kelima mensimulasi struktur dan gerak
DNA dengan akurasi maksimum dalam model dinamika
molekuler.

Untuk mendeskripsikan gerak internal DNA, digunakan model

aproksimasi berbeda. Model yang paling sederhana dari DNA,
katakanlah, model batang elastis dan versi diskritnya. Untuk
mendeskripsikan dinamika internal dari batang elastis, cukup
dengan menuliskan tiga pasang persamaan diferensial: satu
persamaan untuk gerak longitudinal, satu persamaan untuk gerak
puntiran (torsional) dan satu persamaan untuk gerak transversal.
Untuk mendeskripsikan versi diskrit diperlukan 3N persamaan.

Model yang lebih kompleks, dengan meninjau molekul DNA yang

terdiri dari dua rantai polinukleotida. Model pertama terdiri dari
dua batang elastis yang secara lemah berinteraksi dan melilit satu
sama lain untuk menghasilkan heliks ganda. Model kedua adalah
versi diskritnya. Untuk mendeskripsikan model yang terdiri dari
dua batang elastis yang berinteraksi lemah (dengan mengabaikan
helisitas struktur DNA), diperlukan enam persamaan diferensial
tergandeng: dua persamaan untuk gerak longitudinal, dua
persamaan untuk gerak torsional dan dua persamaan untuk gerak
transversal dalam kedua batang. Deskripsi model untuk versi
diskritnya terdiri dari 6N persamaan tergandeng

Model berikutnya dengan memasukkan dalam perhitungan bahwa

masing-masing rantai polinukleotida terdiri dari tiga tipe grup
atom (basa, gula dan fosfat). Dalam model-model DNA tersebut di
atas, grup berbeda ditunjukkan dengan bentuk geometri yang
berbeda, dan untuk penyederhanaan helisitas struktur DNA
diabaikan.

Pembentukan keadaan terbuka DNA dihubungkan dengan deviasi

sudut basa dari keadaan kesetimbangan. Proses ini dideskripsikan
dengan menggunakan formalisme Hamiltonian.
 Dalam skema penguraian DNA, dua rantai gula-fosfat
digambarkan oleh dua garis panjang, sementara basa ditandai
dengan banyak garis pendek. Kusutan (kink) berhubungan dengan
daerah lokal dengan pasangan basa yang terbuka. Solusi tipe kink
mendeskripsikan deformasi lokal (pembukaan pasangan-pasangan
basa) bergerak sepanjang molekul DNA.

Sintesis Protein

2. Replikasi
 Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik (genom : DNA
dan RNA).
 Proses yang mengawali pertumbuhan sel.
 Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yang
membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi.
 Komposisi bahan genetik sel anakan sangat identik dengan
komposisi genetik sel induk. Fungsi replikasi ini merupakan
fungsi genotipik.
 Kesalahan dalam replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan
perubahan pada sifat sel-sel anakan.
 Perbedaan struktural molekul bahan genetik (DNA)
menyebabkan
 Perbedaan mekanisme replikasi pada prokariot dan eukariot
 Replikasi pada prokariot dimulai dari satu situs awal replikasi
(ORI) dan berlangsung ke dua arah menuju daerah terminasi
Replikasi pada eukariot dimulai dari banyak ORI, bergerak ke
dua arah

Gambar Replikasi DNA

Ada 3 hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu semikonservatif,
konservatif dan dispersive :
1. Hipotesis semikonservatif : setiap molekul untai ganda DNA
anakan terdiri atas satu untai-tunggal DNA induk dan satu untai
tunggal DNA hasil sintesis baru.
2. Konservatif : DNA untai ganda induk tetap bergabung
sedangkan kedua untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil
sintesis baru.
3. Dispersif : molekul DNA induk mengalami fragmentasi
sehingga DNA anakan terdiri atas campuran molekul lama
(induk) dan molekul hasil sintesis baru.

Diantara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya

cara semikonservatif yang dapat dibuktikan kebenarannya melalui
percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi seimbang dalam
tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient centrifugation.

Model replikasi semikonservatif memberikan gambaran bahwa

untaian DNA induk berperan sbg cetakan (template) bagi
pembentukan untaian DNA baru . Dengan demikian, salah satu
bagian yang sangat penting dlm proses replikasi DNA adalah
denaturasi awal untaian DNA yang merupakan proses
enzimatis. Denaturasi awal terjadi pada bagian DNA yang disebut
ORI. Untaian DNA membuka membentuk struktur yang disebut
garpu replikasi (replication fork).
Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk
membuka secara bertahap . Masing-masing untaian DNA yang
sudah terpisah, berfungsi sebagai cetakan untuk penempelan
nukleotida-nukleotida yang akan menyusun molekul DNA
baru. Sekuens basa nitrogen DNA baru sesuai dengan sekuens basa
cetakan DNA komplementernya.

Replikasi DNA berlangsung dalam tahapan : 1) denaturasi

(pemisahan) untaian DNA induk; 2). pengawalan (inisiasi) sintesis
DNA; 3). Pemanjangan untaian DNA; 4). Ligasi fragmen DNA; 5)
pengakhiran (terminasi) sintesis DNA.

Sintesis untaian DNA yang baru akan dimulai segera setelah ke

dua untaian DNA induk terpisah membentuk garpu replikasi.
 Pemisahan dilakukan oleh enzim DNA helikase.
 Kedua untaian DNA induk menjadi cetakan dlm orientasi 5’-P
ke arah 3’-OH.
 Jadi, ada dua untaian DNA cetakan yang orientasinya
berlawanan
 Garpu replikasi akan membuka secara bertahap.
 Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan
garpu replikasi akan dapat dilakukan tanpa terputus (kontinyu) :
untaian DNA awal (leading strand).
 Sebaliknya, tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA
lambat (lagging strand).
 Mekanisme replikasi DNA berlangsung secara semidiskontinyu
karena ada perbedaan mekanisme dlm proses sintesis kedua
untaian DNA .
 Fragmen-fragmen DNA hasil replikasi diskontinyu (fragmen
Okazaki) akan disambung (ligasi) dengan enzim DNA ligase .

Polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika tersedia molekul

primer : molekul yang digunakan untuk mengawali proses
polimerisasi untai DNA.
 Primer : molekul DNA, RNA atau protein spesifik.
 Pada transkripsi : tidak diperlukan primer.
 Dalam replikasi DNA in vivo, primer berupa molekul RNA
berukuran 10-12 nukleotida.
 In vitro, misal pada Polymerase Chain Reaction (PCR) :
diperlukan DNA sebagai molekul primer.
 Fungsi primer : menyediakan ujung 3’-OH yang akan
digunakan untuk menempelkan molekul DNA pertama dalam
proses polimerisasi.
 Sintesis RNA primer dilakukan oleh kompleks protein yang
disebut primosom (primase+bbrp protein lain).
 Diperlukan lebih dari 1 primer untuk proses sintesis pada
untaian DNA lambat (lagging strand).
 Pada prokariot, polimerisasi dikatalisis DNA polimerase III
 Dissosiasi enzim ini dari DNA cetakan terjadi saat bertemu
dengan ujung 5’-P RNA primer yang menempel pada bagian
lain.

RNA primer pada fragmen Okazaki, didegradasi oleh aktivitas

eksonuklease yang ada pada enzim DNA polimerase I.

 Bagian RNA yang terdegradasi, di isi oleh molekul DNA,

meskipun antar fragmen masih ada celah (takik = nick).
 Celah terbentuk karena belum ada ikatan fosfodiester antara
ujung 3’-OH pada nukleotida terakhir yang disintesis oleh DNA
polimerase I dengan ujung 5’-P fragmen DNA yang ada
didekatnya.
 Takik ini akan disambung oleh DNA ligase dengan
menggunakan NAD atau ATP sebagai sumber energi.
 Pada untai DNA awal (leading strand) : hanya diperlukan satu
molekul primer pada titik awal replikasi.
 Untaian DNA baru disintesis dengan aktivitas DNA polimerase
III secara kontinyu.
  Replikasi dapat berlangsung ke dua arah yang berlawanan :
replikasi dua arah (bidirectional replication).
 Replikasi 2 arah terjadi pada prokariot maupun eukariot
Replikasi pada plasmid colE1 : satu arah.
 Proses pemisahan untaian DNA dilakukan oleh enzim DNA
helicase.
 Selain helikase, enzim lain yang berperan dlm pemisahan
untaian DNA adalah enzim DNA girase.
DNA girase adalah salah satu enzim topoisomerase : suatu enzim
yang dapat mengubah topologi molekul DNA yakni dengan
memutus ikatan hydrogen.
 Protein SSb menjaga agar bagian DNA yang sudah terpisah
tidak berikatan lagi sehingga dapat digunakan sebagai cetakan.
 Protein ini mempunyai sifat kooperatif, artinya pengikatan satu
molekul protein pada untai tunggal DNA akan meningkatkan
kekuatan ikat (affinity) molekul yang lain beberapa ribu kali.

3. Transkripsi
Transkripsi : proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
urutan DNA menjadi molekul RNA. Merupakan proses yang
mengawali ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya muncul
sebagai fenotip. RNA: selalu “single stranded” . Pada proses
transkripsi hanya 1 untai DNA yang disalin DNA ® RNA.
Sintesis RNA : 5’ ® 3’.
 Gambar Transkripsi DNA

Inisiasi Transkripsi
Pembentukan kompleks promoter tertutup. Pembentukan kompleks
promoter terbuka. Penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar
10 nukeotida). Perubahan konformasi RNA polimerase karena
subunit/faktor σ dilepaskan dari kompleks holoenzim.
 Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai
mekanisme pada prokariot
 Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan
faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase
pada daerah promoter
 Berbeda dg prokariot, RNA polimerase eukariot tidak
menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter,
melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yang
disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF) .
 TF dibedakan 2, yaitu : 1) TF umum dan 2) TF yang khusus
untuk suatu gen n TF umum dlm mengarahkan RNA polimerase
II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF,
TFIIH, TFIIJ

Produk Transkripsi
mRNA (messenger RNA) : salinan kode genetik pada DNA’ yang
pada proses translasi akan diterjemahkan menjadi urutan asam amino
yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu. tRNA
(transfer RNA) : berperanan membawa asam amino spesifik yang
akan digabung pada proses translasi (sintesis protein). rRNA
(ribosomal RNA) : digunakan untuk menyusun ribosom sebagai
tempat sintesis protein .

Faktor transkripsi
Diperlukan untuk sintesis semua mRNA
Mengenali urutan promoter basal spesifik
Menentukan situs inisiasi transkripsi
Menginstruksikan RNA polimerase II ke tempat tersebut
Bersama-sama dengan RNA polimerase dan promoter basal
membentuk Kompleks inisiasi Transkripsi
Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir
secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan,
translasi sudah dapat dimulai . Pada eukariot, transkripsi berlangsung
di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dalam
sitoplasma (ribosom).

Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi,

yang disebut sebagai fase pasca-transkripsi
Pada fase ini, terjadi proses :
1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);
2). Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA);
3). Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA.
4). Penyuntingan mRNA

4. Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke
dalam urutan asam amino. Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti
pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua
tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA,
tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi
rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini
disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang
mirip dengan ATP.
 Gambar Langkah-langkahTranslasi

Inisiasi
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA,
sebuah tRNA yang memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan
dua sub unit ribosom.
mRNA yang keluar dari nukleus menuju sitoplasma didatangi oleh
ribosom, kemudian mRNA masuk ke dalam “celah” ribosom.
Ketika mRNA masuk ke ribosom, ribosom “membaca” kodon yang
masuk. Pembacaan dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga
selesai seluruhnya. Sebagai catatan ribosom yang datang untuk
mebaca kodon biasanya tidak hanya satu, melainkan beberapa
ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk rangkaian mirip
tusuk satu, di mana tusuknya adalah “mRNA” dan daging adalah
“ribosomnya”. Dengan demikian, proses pembacaan kodon dapat
berlangsung secara berurutan. Ketika kodon I terbaca ribosom (misal
kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon UAC dan asam
amino metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom.
Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan perlekatan yang
spesifik antara antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis
protein. Sub unit ribosom dibangun oleh protein-protein dan molekul-
molekul RNA ribosomal.

Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino
ditambahkan satu per satu pada asam amino pertama (metionin).
Ribosom terus bergeser agar mRNA lebih masuk, guna membaca
kodon II. Misalnya kodon II UCA, yang segera diterjemahkan oleh
tRNA berarti kodon AGU sambil membawa asam amino serine. Di
dalam ribosom, metionin yang pertama kali masuk dirangkaikan
dengan serine membentuk dipeptida.

Ribosom terus bergeser, membaca kodon III. Misalkan kodon III

GAG, segera diterjemahkan oleh antikodon CUC sambil membawa
asam amino glisin. tRNA tersebut masuk ke ribosom. Asam amino
glisin dirangkaikan dengan dipeptida yang telah terbentuk sehingga
membentuk tripeptida. Demikian seterusnya proses pembacaan kode
genetika itu berlangsung di dalam ribobom, yang diterjemahkan ke
dalam bentuk asam amino guna dirangkai menjadi polipeptida.

Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan

antikodon molekul tRNA yang baru masuk yang membawa asam
amino yang tepat. Molekul mRNA yang telah melepaskan asam
amino akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi kembali
pengangkutan asam amino. Molekul rRNA dari sub unit ribosom
besar berfungsi sebagai enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan
ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida yang memanjang ke
asam amino yang baru tiba.

Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga
kodon stop mencapai ribosom. Triplet basa kodon stop adalah UAA,
UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino
melainkan bertindak sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida
yang dibentuk kemudian “diproses” menjadi protein.

Referensi :
 Wikipedia Encyclopedia, http://en.wikipedia.org/wiki/Dna, 2006.
 Michel Peyrard, Nonlinear Dynamics and Statistical Physics of
DNA, 2004
 Riznichenko Galina Yur?evna, Mathematical Models in
Biophysics, http://www.biophysics.org/education/galina.pdf, May
22, 2006.
 Ludmila V. Yakushevich, Is DNA a Nonlinear Dynamical System
where Solitary Conformational Waves are Possible?, J. Biosci.,
Vol.26, No.3, September 2001, 305-313, Indian Academy of
Sciences.
 Korespondensi dengan Ika Nurlaila, tidak dipublikasikan.
 Substansi Genetika, http://desybio.wordpress.com/tag/2-translasi/.
 Translasi Genetik, Wikipedia
Encyclopedia, http://id.wikipedia.org/wiki/Translasi_(genetik)