BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

A. Struktur Kimia DNA

Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson dan Francis
Crick pada tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan Crick membuat model struktur DNA yang
disebut untai-ganda ‘double helix’ (Yuwono, 2010: 51). Deretan gula deoksiribosa dan
fosfat menyusun pita spiral dan merupakan tulang punggung (back-bone) dari molekul
DNA. Basa nitrogen berhubungan dengan gula berdasarkan model DNA dari Watson dan
Crick, maka satu spiral penuh (360o) mengandung sepuluh basa. Jarak satu basa dengan
basa lainnya adalah 3,4 Å (1 Å = 0,0001 mikron). Jadi, sebuah pita spiral dalam double
helix membuat satu spiral penuh setiap 34 Å. Lebar molekul DNA sepanjang double helix
adalah tetap, yaitu 20 Å (Suryo, 2011:31).

Gambar 1. Pasangan Basa dan Ikatan Hidrogen

Sumber: (Solomon, 2008: 267)
 Dua rantai DNA mempunyai orientasi yang berlawanan (antiparalel). Rantai yang
satu mempunyai orientasi 5'→3', sedangkan rantai yang lain berorientasi 3'→5' (Yuwono,
2010:51). Kedua untai helix pada DNA bergabung satu sama lain melalui ikatan
nonkovalen yang menghubungkan basa-basa penyusun nukleotidanya. Ada empat basa
yang ikut menyusun nukleotida. Dua di antaranya termasuk basa purin yaitu Adenin (A)
dan Guanin (G), sedangkan dua lainnya termasuk basa pirimidin yaitu Citosin (C) dan
Timin (T). Adenin akan selalu berpasangan dengan Timin melalui dua jembatan hidrogen
(A=T), sedangkan Guanin akan selalu berpasangan dengan Citosin melalui tiga jembatan
hidrogen (G≡C). Dengan adanya ikatan antara dua untai polinukleotida semacam ini, tiap
untai DNA adalah komplementer dengan untai DNA lainnya (Salam dan Sofro, 1994:18).
Setiap molekul DNA terdiri atas sub unit deoksiribosanukleotida monofosfat. Setiap
unit tersebut tersusun atas kelompok fosfat yang berikatan dengan gula pada atom karbon
nomor 5 dengan karbon nomor 3 dari gula berikutnya, disebut ikatan fosfodiester (Wolf,
1993).

Gambar 2. Sub Unit Nukleotida DNA

Sumber: Solomon, 2008: 264
 Dari penjelasan di atas, DNA tersusun dari banyak molekul nukleotida membentuk
polinukleotida. Struktur kimia DNA meliputi:
1. Gula, molekul gula yang menyusun DNA adalah sebuah pentosa, yaitu deoksiribosa.
2. Fosfat, berupa PO4-
3. Basa, basa nitrogen pirimidin (Citosin dan Timin) dan purin (Adenin dan Guanin)
(Suryo, 2011: 30-31).

B. Fungsi Utama Komponen DNA

C. Replikasi DNA

Menurut Suryo (2011:38), ada beberapa hipotesa mengenai replikasi DNA, yaitu :

1. Semikonservatif. “Double helix” dari molukel DNA yang lama membuka dengan
perantaraan enzim, kemudian disamping tiap pita yang lama di bentuk pita DNA baru.
Cara ini sesuai dengan pendapat Watson dan Crick.
2. Konservatif. Molekul DNA yang lama tetap, artinya “Double helix” tidak membuka.
Di samping molekul DNA yang lama dibentuk molekul DNA baru.
3. Dispersif. Molekul DNA putus menjadi menjadi beberapa bagian dan untuk
potongan-potongan itu di bentuk DNA baru.

Gambar 3. Hipotesa Replikasi DNA

Sumber : Solomon, 2008:268
1) Komponen- komponen Penting dalam Replikasi
Menurut Yuwono (2010: 98), replikasi bahan genetik di tentukan oleh beberapa
komponen utama yaitu :
a. DNA cetakan, yaitu molekul DNA yang akan di replikasi
b. Molekul deoksi ribonukleotida yang terdiri dari tiga komponen yaitu basa purin
atau pirimidin, gula 5-karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.
c. Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalis proses polimerasi
nukleotida menjadi untaian DNA.
d. Enzim Primase, yaitu enzim yang mengkatalis sisntesis primer untuk memulai
replikasi DNA.
e. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain
yang membantu proses tersebut yaitu enzim girase.
f. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu
protein SSB (Single strand binding protein).
g. Enzim DNA Ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA.

2) Mekanisme Replikasi DNA

Menurut Yuwono (2010: 98-100), replikasi DNA berlangsung dalam beberapa
tahap yaitu:
a. Denaturasi (pemisahan) rantai DNA induk
b. Inisiasi (Pengawalan sintesis DNA)
c. Elongasi (Pemanjangan untaian DNA)
d. Ligasi fragmen-fragmen DNA
e. Terminasi (Pengakhiran sintesis DNA)
Sintesis untaian DNA yang baru akan dimulai segera setelah kedua untaian DNA
induk terpisah membentuk garpu replikasi. Pemisahan kedua untaian DNA induk
yang akan direplikasi dilakukan oleh enzim DNA helikase. Kedua untaian DNA induk
digunakan sebagai cetakan untuk menyintesis DNA baru.
Sintesis DNA berlangsung dengan orientasi 5’P → 3’OH. Oleh karena ada dua
untaian DNA cetakan yang orientasinya berlawananan, maka sintesis kedua untaian
DNA baru juga berlangsung dengan arah geometris yang berlawanan namun tetap
dengan orientasi 5’→ 3’. Dalam proses replikasi, garpu replikasi akan membuka
secara bertahap dimulai dari titik awal replikasi (ori) dan akan bergerak sepanjang
DNA cetakan sampai semua molekul DNA induk tereplikasi.
Salah satu untaian DNA di sintesis dengan arah geometris yang searah dengan
pembukaan garpu replikasi. Untaian DNA baru yang terbentuk ini akan dapat
dilakukan tanpa terputus (Sintesis secara kontinu) dan dapat disebut sebagai untaian
DNA awal (Leading Strand). Sedangkan untaian DNA yang lain disintesis dengan
arah geometris yang tidak searah dengan pembukaan garpu replikasi. Untaian DNA
baru ini terbentuk secara tahap demi tahap (Sintesis secara diskontinu) dan dapat
disebut sebagai untaian DNA lambat (Lagging Strand).
Pada Lagging Strand, polimerasi DNA dilakukan fragmen demi fragmen.
Fragmen-fragmen DNA pendek tersebut pada akhirnya disambung (ligasi) dengan
enzim DNA ligase sehingga menjadi unit yang utuh. Fragmen-fragmen tersebut
disebut sebagai Fragmen Okazaki.
 BAB I

PENDAHULUAN

Asam nuklead adalah makromolekul biokimia yang kompleks dan tersusun atas rantai
nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah
DNA dan RNA. Asam nukleat merupakan biopolimer yang penyusunnya adalah nukleotida.
Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu basa nitrogen heterosiklik (purin atau
pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat.

Deoxyribosa Nucleic Acide (DNA) merupakan materi yang memiliki struktur dan
fungsi yang akan membawa informasi genetik. Informasi tidak hanya mencakup bentuk,
tetepi juga pola perilaku jaringan-jaringan, sel-sel pada manusia bereaksi terhadap perubahan
kimiwi maupun fisik lingkungan sekitarnya sebagai jawaban atas perintah inti sel.

Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali pertumbuhan
sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan hasil gabungandari banyak proses yang
saling berkaitan satu sama lain. Sel memiliki mekanisme replikasi bahan genetik yang
dilengkapi bahan penyuntingan yang sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan
kepada sel anakan mempunyai komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahan
genetik sel induknya. Replikasi bahan genetik diikuti dengan pembentukan sel-sel anakan
yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi. Oleh karena itu kesalahan dalam
proses replikasi genetik dapat mengakibatkan perubahan sifat sel anakan.Mekanisme
replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein yang masing-masing
mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat dalam proses replikasi bahan
genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat dalam bahan itu sendiri. Oleh karena itu terdapat
kaitan fungsional. Secara umum, replikasi merupakan proses pengkopian rangkaian molekul
bahan genetik (DNA)