BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Kompleksitas biologi muncul dari berbagai tingkat organisasi di Indonesia koordinasi

ruang waktu yang sangat teregulasi dari prosee yang melibatkan partisipasi dan diatur
interaksi DNA, RNA, dan protein antara satu sama lain dan lingkungan hidup. Sepenuhnya
pengertian proses biologis normal seperti sel diferensiasi, pengembangan dan penuaan, dan
kondisi patologis membutuhkan genomik terintegrasi, transkripsi, dan studi pratomik ( 1 –
3 ), yang menuntut isolasi simultan DNA, RNA, dan protein dari sampel yang sama.

Metode cepat dan andal itu melakukan ekstraksi simultas DNA, RNA, dan protein
dari satu sampel ideal untuk generasi sampel yang cocok yang dapat menghemat waktu dan
uang serta memungkinkan untuk efisien penggunaan biologis kecil dan berharga sampel.
Peneliti semakin meningkat berpaling dar RNA klasik dan tehnik ekstraksi protein, seperti
sebagai pemisahan fenol – kloroform ( 4 ) atau cesium klorida yang memakan waktu
sentrifugasi gradien, karena bahan kimia berbahaya yang digunakan dan itu metode
umumnya tidak cocok untuk penggunaan rutin di laboratorium. Berputar teknologi kolom
adalah sederhana dan pendekatan cepat untuk mengekstraksi nukleat asam dari sampel
biologi kecil. Selanjutnya sebagian besar berbasis kolom prosedur tidak memerlukan
jumlahnya bahan kimia berbahaya yang digunakan dalam ekstraksi asam nukleat tradisional
prosedur.

Baru – baru ini, Morse dan rekan kerja membahas ekstraksi gabungan RNA dan
protein menggunakan RNA teknologi berbasis spin kolom, dan Hummon menunjukkan
peningkatan motode isolasi dan pelarutan protein setelah ekstraksi TRI zol dari RNA dan
DNA dari sampel yang sama. Namun, tidak ada penulis yang melakukannya analisis lengkap
protein diperoleh pada level dua diensi ( 2- D ) elektroforesis untuk membandingkan profil
protein diperoleh dengan metode konvensional yang digunakan dalam proteomik studi. Di
sini kami menyajikan metodologi untuk secara bersamaan mengekstrak RNA / protein dan /
atau DNA, RNA, dan protein dari sampel yang sama menggunakan komersial tersedia asam
nukleat berbass kolomkit ekstraksi. Kami selanjutnya membandingkan profil protein
diperoleh dengan beberapa metode yang didedikasikan untuk mengekstraksi protein
menggunakan elektroforesis 2 – D, dan kami menunjukkan bahwa pilihan buffer sangat
penting di ekstraksi protein yang efisien dari kita untuk memungkinkan studi proteomik
1.2 Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan DNA dan RNA ?
2. Apa yang dimaksud dengan asam nukleat sebagai materi genetik?
3. Bagaimana ekstraksi gabungan RNA dan protein menggunakan RNA teknologi
berbasis spin kolom?

1.3 Tujuan Pembahasan

1. Untuk mengetahui apa itu DNA dan RNA
2. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan asam nukleat sebagai materi genetik
3. Untuk mengetahui ekstraksi gabungan RNA dan protein menggunakan RNA
teknologi berbasis spin kolom
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Pengertian DNA dan RNA

Molekul DNA merupakan sebuah polimer panjang yang terdiri dari rangkaian
( ratusan atau ribuan ) nukleotida yang dinamakan polinukleotida. Menurut Waston dan
Crick, gen - gen ( DNA ) terangkai membentuk kromosom seperti tangga tali terpilih ganda
( doble helix atau heliks ganda ). Ibu tangga terdiri atas deretan rantai gugusan gula
deoksiribosa dan gugusan fosfat. Anak tangga terdiri atas basa nitrogen ( N ) yang
dihubungkan oleh ikatan hidrogen ( atom H) yang lemah.

Pasangan basa nitrogen pada DNA selalu tetap, yaitu :

1) Adenin dengan timin ( A = T ) dihubungkan oleh 2 ikatan hidrogen.

2) Sitosin dengan guanin ( C = G ) dihubungkan oleh 3 ikatan hidrogen.

Replikasi DNA adalah kemampuan DNA membentuk menyintesis DNA yang persis
dirinya sendiri disebut berdifit autokatalisis.DNA juga mampu membentuk molekul kimia
lain, seperti menyintesis RNA dan protein, sehingga disebut heterokatalisis.

Tiga hipotesis Replikasi DNA :

a. Hipotesis konservatif, jika rantai polinukleotida induk tidak berpisah dan kedua
rantai polinukleotia yang dibentuk terdiri atas rantai polinukleotida
b. Hipotesis disperatif, jika rantai polinukleotida induk terputus – putus kemudian
memisah dan akhirnya membentuk rangkaian baru
c. Hipotesis semikonservatif, jika sepasang rantai polinukleotida memisah, kemudian
masing – masing membentuk rantai polinukleotida sebagai pasangannya yang baru.
Jadi setiap DNA yang baru terbentuk terdiri atas polinukleotida lama dan baru.

Seperti halnya DNA, RNA adalah suatu polimer asam nukleotida yang terdiri dari 4
ribonukleotida. Tiap ribonukleotida terdiri atas molekul gula D – ribosa, molekul gugus
fosfot, dan sebuah basa nitrogen. Berbeda dengan DNA, RNA tidak mempunyai basa timin
( T ), tetapi mempunyai bas urasil ( U ). Macam – macam RNA, yaitu :
 1. RNA Masengger (m RNA)

a. m RNA ( RNA duta ) berbentuk pita tunggal dan merupakan RNA yang terbesar atau
terpanjang
b. mRNA terdapat didalam nukleus dan dibuat ( dicetak ) oleh DNA
c. Setelah mRNA selesai dicetak ( setelah menerima informasi dari DNA ), m RNA
keluar dari nukleus menuju ke ribosom didalam sitoplasma. Di dalam ribosom, m
RNA berfungsi sebagai cetakan untuk membentuk protein.
d. Fungsi m RNA adalah sebagai pembawa kode – kode informasi genetik yang berasal
dari DNA, sehingga disebut sebagai kodon.1

2.2 Asam Nukleat Sebagai Materi Genetik

Setiap organisme hidup terdapat materi genetik. Asam nukleat merupakan salah satu
makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di
dalamnya tersimpat informasi genetik. Asan nukleat sering dinamakan juga polinukleotida
karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida ( basa N)

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic
acid ( DNA ) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid ( RNA ). Asam – asam nukleat
seperti asam dioksiribosa nukleat ( DNA )dan asam ribonukleat ( RNA ) memberikan dasar
kimia bagi semua sel. DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama
sebab antara unit –unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan
fosfodiester antara posisi 3 suatu mononukleotida dan posisi 5 pada mononukleotida lainnya.

Pada tahun 1953, James Watson and Francis Crick telah membuka wawasan baru
tentang penemuan model struktur DNA. Ada dua dasar yang digunakan dalam melakukan
deduksi terhadap model tersebut, yaitu :

a. Hasil analisis kimia yang dilakukan oleh E. Chargaff terhadap kandungan basa
nitrogen molekul DNA dari berbagai organisme selau menunjukkan bahawa
konsentrasi adenin sama dengan timin, sedangkan guanin sama dengan sitosin.
Dengan sendirinya, konsentrasi basa purin total menjadi sama dengan konsentrasi
basa pirimidin total. Akan tetapi, nisbah konsentrasi adenin + timin terhadap
konsentrasi guanin + sitosin sangat bervariasi dari spesies ke spesies.

1
Andriyani,Rika dkk, Buku Ajar Biologi Reproduksi dan Perkembangan, ( Yogyakarta : Deepublish,
2015 ), h. 240- 241.
 b. Pola difraksi yang diperoleh dari hasil pemotretan molekul DNA menggunakan sinar
X oleh M.H.F. Wilkins, R. Franklin, dan para koleganya menunjukkan bahwa basa –
basa nitrogen tersusun vertikal di sepanjang sumbu molekul dengan inerval 3,4 Å

Berdasarkan data kimia Chargaff serta difraksi sinar X Wilkina dan Franklin tersebut
Watson dan Crick mengusulkan model struktur DNA yang dikenal sebagai model tangga
berpilin / double helix. Menurut model ini kedua untai polinukleotida saling memilin di
sepanjang sumbu yang sama. Satu sama lain arahnya sejajar tetapi berlawanan ( antiparalel ).
Basa – basa nitrogen menghadap ke arah dalam sumbu, dan terjadi ikatan hidrogen antara
basa A pada satu untai dan basa T pada untai lainnya. Begitu pula, basa G pada satu untai
selalu berpasangan dengan basa C pada untai lainnya melalui iktan hidrogen. Oleh karena itu,
begitu urutan basa pada satu untai polinukleotida diketahui, maka urutan basa pada untai
lainnya dapat ditentukan pula. Adanya perpasangan yang khas di antara basa – basa nitrogen
itu menyebabkan kedua untai polinukleotida komplementer satu sama lain.

Setiap pasangan basa berjarak 3,4 Å dengan pasangan basa berikutnya. Di dalam satu
kali pilinan ( 3600 ) terdapat 10 pasangan basa. Antara basa A dan T yang berpasangan
terdapat ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan antara basa G dan C yang berpasangan
terdapat ikatan hidrogen rangkap tiga. Hal ini menyebabkan nisbah A + T terhadap G + C
mempengaruhi stabilitas molekul DNA. Makin tinggi nisbah tersebut, makin rendah stabilitas
molekul DNAnya, dan begitu pula sebaliknya.

Gugus fosfat dan gula terletak di sebelah luar sumbu. Seperti telah disebutkan di atas,
nukleotida – nukleotida yang berurutan dihubungkan oleh iktan fosfodiester. Ikatan ini
menghubungkan atom C nomor 3’ dengan atom C nomor 5’ pada gula deoksiribosa. Di salah
satu ujung untai polinukleotida, atom C nomor 3 ’ tidak lagi dihubungkan oleh iktan
fosfodiester dengan nukleotida berikutnya, tetapi akan mengikat gugus OH. Oleh karena itu
yang ini dinamakan ujung 3’ atau ujung OH. Di ujung lainnya atom C nomor 5 ’ akan
mengikat gugus fosfat sehingga ujung ini dinamakan ujung 5’ atau ujung P.

Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memilki perbedaan

dengan DNA, antara lain yaitu :

a. Kebanyakan bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa
rantai tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda. Saat ini telah terbukti
ada beberapa DNA yang berupa unting tunggal dan RNA dalam bentuk unting ganda
namun informasi ini tidak banyak dilaporkan. Misalnya pada beberapa virus tanaman,
RNA merupakan pita double namun tidak terpilin sebagai spiral.
b. Susunan kimia molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya
dengan DNA yaitu gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa.
Basa pirimidin yang menyusunnya bkan timin seperti DNA, tetapi urasil.
c. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak
mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil. Jumlah guanin dalam
 molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin, demikian pula jumlah adenin, tidak
perlu sama dengan urasil

DNA membawa informasi genetik di bagian DNA yang membawa ciri khas yang
diturunkan disebut gen. Perubahan yang terjadi pada gen akan menyebabkan terjadinya
perubahan pada produk gen tersebut. 2

2.3 Ekstraksi gabungan RNA dan protein menggunakan RNA teknologi berbasis spin
kolom

Asam nukleat diekstraksi dari Kit RNeasy dan DNA / RNA adalah diukur
menggunakan spektrofotometer NanoDrop, dan rasio 260 : 280 dihitung. Integritas asam
nukleat diperiksa menggunakan elektroforesis gel agarosa. RNA rasio ditunujukkan antara
1,8 dan 2,1 sedangkan rasio DNA antara 1,7 dan 2. Baik DNA dan RNA diekstraksi
menggunakan tehnik ini berkualitas tinggi, seperti yang diharapkan dari Kit yang dirancang
untuk mengekstrak asam nukleat ( data tidak ditampilkan ).

Seperti yang dijelaskan di atas, protein diekstraksi menggunakan kolom RNeasy tidak
dapat sepenuhnya diresuspensi dalam buffer RIPA. Namun, kami menunjukkan bahwa jika
pelet yang tersisa setelah resuspensi dalam buffer RIPA adalah selanjutnya diresuspensi
dalam buffer 2-D dan sampel ini dikumpulkan bersama, profil yang representatif dari
keseluruhan populasi potein dapat diamati. Profil ini lebih baik dari itu diamati pada protein
yang diekstraksi menggunakan satu buffer dan mengandung protein sangat berlimpah baik di
RIPA dan 2-D buffer.

Protein diperoleh dengan menggunakan kolom RNeasy, DNA /RNA kolom, dan
protein 2-D konvensional buffer ekstraksi. Studi awal kami pengamatan Morse dikonfirmasi
bahwa kolom RNeasy mampu mengekstraksi protein mengikuti beberapa langkah tambahan
sederhana. Namun, kami telah lebih jauh menunjukkan bahwa konvensional buffer ekstraksi
seperti RIPA adalah tidak kompatibel dengan tehnik ini. Di selain studi Morse, kami berharap
untuk menentukan apakah kit berbasis kolom lainnya mampu digabungkan asam nukleat dan
ekstraksi protein. Menggunakan buffer 2-D, yang kami tunjukkan sangat kompatibel dengan
ekstraksi berbasis kolom, kami menganalisis kapasitas kolom DNA/ RNA untuk
mengekstraksi DNA, RNA, dan protein dari sampel yang sama.

2
Elya Nusantari, Genetika, ( Yogyakarta : Deepublish, 2015 ), h19 – 22.
 Protein plasenta diekstraksi menggunakan metode konvensional dengan Buffer 2-D
( Gambar 2A, jalur 1). Metode kolom RNeasy ( Gambar 2A, jalur 3 ) dan kolom DNA /RNA
metode ( Gambar 2A, jalur 2). Menggunakan noda perak dan densitometri, kami
membandingkan profil protein pada level satu dimensi ( 1-D) ( Gambar 2, A dan B ).
Berbagai macam protein diamati, dan protein profil dapat dibandingkan antara semua tehnik
ekstraksi saat dianalisi dengan pewarnaan perak ( Gambar 2A) dan analisis densitometri
( Gambar 2B).

Dalam kasus kolom RNeasy, tidak diperlukan reagen tambahan untuk ditambahkan
presipitasi. Namun, kolom aliran DNA / RNA membutuhkan penambahan volume yang sama
etanol sebelum presipitasi karena keberadaan etanol dalam kadar rendah buffer
ekstraksi.Selanjutnya pellet protein dicuci tiga kali dalam aseton mengikuti metode Morse
sebelum mengeringkan pellet dan resuspending di buffer kami. Kami sangat
mereomendasikan tidak menggunakan trichloroacetic asam ( TCA ) untuk mengendapkan
protein, karena pembentukannya sangat reaktif senyawa saat menggabungkan guanidin garam
dan larutan asam.3

3
Talosa, M Jorge, “Metode Berbasis Kolom Untuk Secara Bersamaan Mengekstrak DNA, RNA, dan
protein Dari Sampel Yang Sama”, Jurnal Bioteknologi, ( 2007), Vol. 43, No. 6,h.799- 804.
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

 Molekul DNA merupakan sebuah polimer panjang yang terdiri dari rangkaian
( ratusan atau ribuan ) nukleotida yang dinamakan polinukleotida
 Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpat informasi genetik.
 Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic
acid ( DNA ) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid ( RNA ).

3.2 Saran

Penulis menyadari bahwa dalam penulisan makalah ini banyak terdapat kesalahan dan
jauh dari kata sempurna. Penulis akan memperbaiki makalah dengan berpedoman pada
banyak sumber yang dapat dipertanggung jawabkan, maka dari itu pemakalah mengharapkan
kritik dan saran yang membangun dari berbagai pihak. Agar makalah selanjutnya bisa lebih
baik lagi.
 DAFTAR PUSTAKA

Andriyani,Rika dkk. 2015. Buku Ajar Biologi Reproduksi dan Perkembangan.Yogyakarta :

Deepublish

Elya Nusantari. 2015. Genetika.Yogyakarta : Deepublish.

Talosa, M Jorge. 2007.“Metode Berbasis Kolom Untuk Secara Bersamaan Mengekstrak

DNA, RNA, dan protein Dari Sampel Yang Sama”. Jurnal Bioteknologi. Vol. 43.No.6.