ASAM NUKLEAT

Salah satu makromolekul penting dalam sel, karena disetiap sel yang memiliki
inti terdapat asam nukleat
berisi rangkaian molekul nukleotida terhubung satu sama lain ( ikatan
fosfodiester ) .
Polimer nukleotida
2 jenis asam nukleat:
• DNA (Deoxyribonucleic acid)
• RNA (Ribonucleic acid)

Linus Pauling

Pada awal tahun 190-an Bentuk protein seperti struktur sekunder alpha helix ,
terbentuk ikatan hidrogen antara gugs carboxil dengan gugus NH pada basa yang
menyerupai struktur alpha helix .
Untuk menjelaskan struktur ini, ia membangun model ball-and-stick

Rosalind Franklin

Mendifraksi DNA yang didapat dari sel , DNA di isolasi kemudian disinari
dengan sinar X rays hasil yang didapat yaitu , akan tampak gambaran seperti helix ,
Lebih dari satu strand ( untai ) ,Setiap putaran terdapat 10 basa yang didapat dengan
menggunakan rumus matematika .

Erwin Chargaff’s Experiment

→ pemasangan antara basa .
Mengekstraksi kromosom pada sel lalu didapat protein – dna terikat pada
protein , maka protein harus dihilangkan dengan penambahan garam konsentarasi
tinggi , detergent , alkali .Ditambahkan protease agar protein benar –benar hilang dan
didapat DNA . DNA dihidrolisis untuk memisahkan basa-basa yang dilakukan
dengan penambahan asam kuat . Lalu , dipisahkan dengan kromatografi yang
dimasukan didalam tabung reaksi, didapat 4 gambaran pita yang berbeda . Dihitung
dengan spectrophotometer didapat adenin sama dengan timin dan jumlah sitosin sama
dengan guanin .
Menafsirkan Data

Pengamatan yang meyakinkan adalah :

• Persen Adenin = Persen Timin

• Persen Sitosin = Persen Guanin

Pengamatan ini dikenal sebagai “Chargaff’s rule”

• Ini adalah bukti penting dari Watson dan Crick yang digunakan untuk menjelaskan
struktur DNA.

Watson dan Crick

• Eksperimen stick and ball untuk konformasi DNA

• Pertanyaan kritis adalah bagaimana keduanya (atau lebih helai) akan berinteraksi

• Sebuah hipotesis awal mengusulkan bahwa untaian berinteraksi melalui ikatan silang
fosfat-Mg ++
• Mereka kemudian membangun model dengan Tulang punggung gula-fosfat di luar.

• Bases memproyeksikan satu sama lain.

• Mereka pertama kali mempertimbangkan struktur dengan basis identik di untai

berlawanan mis., A ke A, T ke T, C ke C, dan G ke G

• Mereka kemudian menyadari bahwa ikatan hidrogen A dan T menyerupai antara C

dan G.

Watson dan Crick (1953)

Model struktur DNA : double helix

Memasang Base
• Ikatan hidrogen bukan ikatan kovalen.

• Stabilitas DNA ditentukan oleh pH, kadar garam, suhu, kadar pasangan basa G-C.

Struktur double helix merupakan polinukleotida antiparallel

Watson & Crick melakukan analisis gambaran difraksi sinar-X serat-serat DNA yang dibuat
oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins dan menetapkan satu model struktural yang
pada dasarnya terbukti benar. DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun
atas polimer nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks
ganda dan berpilin ke kanan. Basa pada molekul DNA membawa informasi genetik,
sedangkan gula dan gugus fosfat mempunyai peranan struktural. Gula dalam
deoksiribonukleotida merupakan deoksiribosa. Awalan deoksi menunjukkan bahwa gula ini
kekurangan satu atom oksigen yang ada pada ribosa, senyawa induknya. Basa nitrogen
merupakan derivat purin dan pirimidin.). Sebuah nukleosida terdiri dari basa dan purin atau
pirimidin yang berikatan Ciri-ciri penting model DNA mereka adalah:

1.Dua rantai heliks polinukleotida melingkar mengelilingi satu sumbu. Kedua rantai memiliki
arah yang berlawanan

2. Basa purin dan pirimidin terdapat di bagian dalam heliks, sedangkan unit-unit fosfat dan
deoksiribosa terdapat di bagian luar.

3. Diameter heliks adalah 20 A. Jarak antara basa yang bersebelahan ialah 3,4 A pada poros
heliks dengan sudut rotasi sebesar 36°. dengan demikian, putaran heliks berulang setelah 10
residu pada setiap rantai, yaitu pada interval 3,4 A.

4. Kedua rantai saling berhubungan melalui ikatan hidrogen antara pasangan-pasangan basa.
Adenin selalu berpasangan dengan timin; guanin selalu berpasangan dengan sitosin.

5. Urutan basa sepanjang rantai polinukleotida tidak dibatasi dengan cara apapun Bidang-
bidang gula hampir tegak lurus terhadap bidang basa

DNA mempunyai struktur jalin ganda (double helix ). Sifat-sifat spesifik dari basa N
pada DNA menentukan struktur rangkaian DNA. DNA membentuk jalin ganda heliks yang
berputar ke arah kanan pada porosnya dengan pola yang teratur berupa 2 periode uliran
(koil). Periode pertama uliran berjarak 0,34 nm, sedangkan uliran kedua berjarak 3,6 nm.
Adanya pola uliran tersebut menyebabkan terbentuknya struktur cekungan besar ( major
groove ) dan cekungan kecil (minor groove). Dua rangkaian DNA yang membentuk jalin
ganda tersebut mempunyai arah ikatan fosfodiester 5’, 3’ yang berlawanan (ant iparalel)
yakni 5’,3’ dan 3’,5’
 DNA membentuk antiparallel

DNA merupakan suatu polimer nukleotida ganda yang berpilin (double heliks). Setiap
nukleotida terdiri dari 1 gugus phospat, 1 basa nitrogen, dan 1 gula pentosa. Gula pentosa
yang menyusun DNA terdiri dari gula deoksiribosa yang kekurangan satu molekul oksigen.
Basa nitrogen yang menyusun DNA terdiri dari purin dan pirimidin. Purin terdiri dari adenin
dan guanin, sedangkan pirimidin terdiri dari sitosin dan timin. Nukleotida merupakan ikatan
antara basa nitrogen dengan gula pentosa. Menurut Watson dan Crick, susunan DNA adalah:

1. Setiap DNA terdiri dari 2 rantai polinukleotida yang berpilin (double heliks)

2. Setiap nukleotida terletak pada bidang datar yang tegak lurus seakan-akan
membentuk anak tangga, sedangkan phospat membentuk ibu tangganya

3. Antara 2 rantai polinukleotida dihubungkan oleh ikatan hidrogen pada masing masing
pasangan basa nitrogennya

4. Basa purin selalu berkaitan dengan basa pirimidin, dengan pasangan yang selalu
tetap.

Tiga jenis jalur alternative :

DNA dapat membentuk 3 struktur yang berbeda. DNA mempunyai struktur yang fleksibel
tergantung dari posisi ikatan fosfodiester yang menghubungkan gula dan fosfat. Ada tiga
struktur DNA, yaitu:

a. Bentuk A, mempunyai jarak uliran (koil) 0,23 m per pasangan basa, tersusun oleh 11
pasang basa, dan arah uliran ke kanan.

b..Bentuk B, merupakan struktur umum DNA, mempunyai jarak uliran 0,34 nm per pasangan
basa, tersusun oleh 10,5 pasang basa dan arah uliran ke kanan.

c. Bentuk Z, hanya dijumpai pada DNA yang berperan spesifik, jarak uliran 0,38 nm per
pasangan basa, tersusun 12 pasang basa dan anah ulinan ke kiri.

Tabel perbedaan konfigurasi dan ciri-ciri ketiga double helix DNA

CIRI-CIRI DNA-B DNA-A DNA-A

Tipe helix Berpilin ke kanan Berpilin ke kanan Berpilin ke kiri
Diameter helical (nm) 2,37 2,55 1,84
Jarak antara dua 0,34 0,29 0,37
pasangan basa (nm)
Jarak antara dua 3,4 3,2 4,5
pasangan basa dalam
satu pilinan (nm)
Jumlah pasangan basa 10 11 12
dalam satu pilinan
Topologi lekukan mayor Lebar, dalam Sempit, dalam Rata
Topologi lekukan minor Sempit, tidak dalam Dangkal, lebar Sempit, dalam

TRIPLE HELIX DNA

DEFINISI:

Asam nukleat tripleks. (A) Representasi skematis dari triplex intermolekul. Untai
ketiga (hitam) berada di alur utama asam nukleat dupleks, ikatan hidrogen dengan untaian
dupleks kaya purin. Perhatikan bahwa untai ketiga dapat menjadi bagian dari asam nukleat
yang lebih besar (ekstensi garis putus-putus). (B) Struktur kimia T * A: T dan C [+] * G: C
kembar tiga dasar dan orientasi untai hadir dalam tripleks motif pirimidin. (C) Struktur kimia
A * A: T, G * G: C, dan T * A: T triplet dasar dan orientasi untai hadir dalam tripleks motif
purin. Tanda bintang (*) menunjukkan ikatan hidrogen Hoogsteen antara basis
komplementer; tanda titik dua (:) menunjukkan ikatan hidrogen Watson – Crick antara basis
yang saling melengkapi. Panah menunjukkan 3 'ujung untai asam nukleat [48].

RNA DOUBLE STRANGE AND SINGLE STRANGE

 RNA untai plus mengandung satu atau dua molekul RNA untai tunggal, dan diyakini
bahwa kapsid berkumpul di sekitar RNA

 STRUKTUR MOLEKUL DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang tersusun
secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan
kepada keturunannya. Informasi genetik disusun dalam bentuk kodon yang berupa
tiga pasang basa nukelotida. Apabila kita ibaratkan suatu tubuh, maka DNA
diibaratkan sebagai otak yang dapat mengatur segala proses di dalam tubuh .

Levene “hipotesis tetranukleotida dengan asumsi A=T=G=C (tidak benar)”, Karena

terbukti bahwa DNA tidak mengandung molaritas yang sama dari 4 basa nitrogen, maka
hipotesis Levene lemah. Hipotesis Levene juga tidak sesuai dengan data berat.

Rosalin Franklin melakukan percobaan :

perlakuan sinar X terhadap molekul DNA sinar X akan menyebar sesuai dengan

struktur molekul; defraksi sinar X ini digunakan oleh Linus Pauling untuk membuat model
struktur molekul protein.

Strutur primer DNA terdiri dari :

1. Gula pentosa: Deoksi-ribosa

2. Gugus fosfat
3. Basa nitrogen

DNA memiliki satu, peran sentral dalam sel: untuk menyimpan kode informasi genetik.
Tiga jenis RNA ada di sel, dan masing-masing jenis memiliki struktur dan fungsi tertentu.
Messenger RNA (mRNA) dibuat ketika sel membutuhkan untuk memproduksi protein.
Selama proses yang disebut transkripsi, sinyal memicu untai DNA untuk unwind, dan mRNA
dibangun, nukleotida dengan nukleotida, sepanjang untai DNA tunggal. Untai tunggal mRNA
melakukan perjalanan ke ribosom. RNA ribosom, atau rRNA, membentuk bagian dari
ribosom, struktur dimana protein disintesis. RNA transfer, atau tRNA, membawa asam
amino (unit dasar yang membentuk protein) ke ribosom menjalin ikatan dengan untai
mRNA. Setiap tRNA memegang tunggal, asam amino tertentu. Protein dibangun sepanjang
rantai mRNA, satu asam amino pada suatu waktu. Setelah tRNA melepaskan asam amino, ia
pergi untuk mengambil dan kembali lagi ke lokasi sintesis protein.

A. Asam ribonukleat (RNA) merupakan polimer ribonukleotida purin dan pirimidin

yang disatukan oleh jembatan 3',5'fosfodiester, yang analog dengan jembatan
fosfodiester di DNA.
Meskipun memiliki banyak kesamaan dengan DNA, RNA memiliki beberapa perbedaan
spesifik:

1. Pada RNA, gugus gula tempat fosfat serta basa purin dan pirimidin melekat adalah
ribosa, bukannya 2'-deoksiribosa (seperti pada DNA).

2. Komponen pirimidin RNA berbeda dengan DNA. RNA tidak memiliki timin, kecuali
pada kasus-kasus jarang yang disebutkan kemudian. Sebagai pengganti timin, RNA
mengandung ribonukleotida urasil.

3. RNA terdapat dalam bentuk untai tunggal, sedangkan DNA berupa molekul heliks
untai-ganda. Namun, karena adanya sekuens basa komplementer dengan polaritas
berlawanan, untai tunggal RNA mampu melipat dirinya menyerupai jepitan rambut
(hairpin) sehingga memperlihatkan karakteristik untai-ganda.

4. Molekul RNA berbentuk untai tunggal yang komplementer dengan salah satu dari
kedua untai gen, kandungan guaninnya tidak selalu sama dengan kandungan sitosin,
demikian juga kandungan adenin tidak selalu sama dengan kandungan urasilnya.

5. RNA dapat dihidrolisis oleh alkali menjadi 2',3'' diester siklik (mononukleotida),
senyawa yang tidak dapat dibentuk dari DNA yang diberi basa karena tidak adanya
gugus 2'-hidroksil. Labilitas RNA terhadap alkali bermanfaat untuk kepentingan
diagnosis maupun analisis.

Informasi dalam untai tunggal RNA terkandung dalam Sekuens / Struktur primer terdiri atas
nukelotida purin dan pirimidin. Sekuen bersifat komplementer dengan pada gen tempat
sekuen di transkripsikan. Sekuens molekul RNA (kecuali U menggantikan T) sama seperti
sekuens pada untai pengode gen tersebut (Gambar 34-8).
RNA tersusun dalam beberapa kelas tersendiri :

 RNA messenger (mRNA) : perantara yang menyampaikan informasi dalam suatu gen
ke mesin pembentuk protein, dan cetakan untuk membentuk polimer asam amino
dengan sekuens spesifik sehingga membentuk molekul protein spesifik, yaitu produk
akhir suatu gen. Lebih stabil pada organisme eukariot, mRNA kurang stabil pada
prokariot.

 RNA transfer (tRNA) : adaptor untuk translasi informasi dalam sekuens nukleotida
mRNA menjadi asam-asam amino spesifik. Meskipun cukup stabil pada prokariot,
tRNA eukariot agak kurang stabil

 RNA ribosom (rRNA) : perakitan ribosomal dan tampaknya berperan kunci dalam
pengikatan mRNA pada ribosom dan translasinya. Komponen rRNA memiliki
aktivitas peptidil transferase sehingga digolongkan sebagai suatu enzim (ribozim).

Ribozim sebagai bagian dari RNA ribosom subunit besar untuk menghubungkan asam amino
selama sintesis protein

 RNA Kecil

a. Small Nuclear RNA (snRNA) : pemrosesan mRNA dan regulasi gen

b. RNA mikro (miRNA) dan Small Interfering RNA (siRNA) : menyebabkan

inhibisi ekspresi gen dengan mengurangi produksi protein

c. snoRNA : small nucleolar RNA, digunakan untuk memproses dan memodifikasi

rRNA secara kimiawi
d. scaRNA : small cajal RNA, digunakan untuk memodifikasi snoRNA dan snRNA

B. Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, DNA), merupakan dasar kimiawi

hereditas dan disusun menjadi gen, unit dasar informasi genetik.

DNA mengandung informasi genetik pertama kali dibuktikan pada tahun 1944 oleh
Avery, Macleod, dan McCarty. Konsentrasi nukleotida deoksiadenosin (A) setara dengan
nukleotida timidin (T) (A = T), sedangkan konsentrasi deoksiguanosin (G) setara dengan
deoksisitidin (C) (G = C) Watson, Crick, dan Wilkins terdorong untuk mengajukan (pada
awal tahun 1950-an) suatu model molekul DNA untai-ganda.
Tanda panah horizontal menunjukkan lebar heliks ganda (20 A).

Tanda panah vertikal menunjukkan jarak yang ditempuh oleh heliks ganda untuk mencapai
satu kali putaran sempurna (34 A). Triple Helix terlihat pada saat replikasi.

DNA disusun oleh molekul subunit yang disebut nukleotida.

Pengemasan DNA sel eukaryotik = sel prokariot

Mulanya dengan membuat molekul DNA terkondensasi yang menyusun rangkaian

melingkar seperti bola atau tasbih. Dimana dalam molekul DNA terdiri atas beberapa butiran
molekul yang membentuk suatu rantai molekul DNA yang terpilin atau biasa disebut
supercoiled. Pada sel eukaryote untuk mengikat molekul DNA digunakan protein histon
yang terdiri atas 5 macam yaitu H1, H2A, H2B, H3, dan H4. Histon digunakan untuk
mengikat molekul DNA akan tetapi pada khamir Sacccharomyces cerevisiae tidak terdapat
histon H1.

*Satu kompleks DNA dan protein histon dalam 1 rangkaian disebut nukleosom.*

Pembentukan struktur nukleosom menyebabkan terjadinya kondensasi/pengemasan

DNA 6 kali lebih kompak. Histon H3 dan H4 tersusun membentuk tetramer sedangkan 2
histon H2A terletak pada bagian tengah partikel nukleosom dan histon H2B terletak di
bagian bawah. Pada sel prokaryot, DNA yang tidak berikatan dengan histon disebut DNA
penghubung (Linker DNA) membentuk rangkaian nukleosom yang kompak dan membentuk
struktur menghasilkan sebuah kromatin. Kromatin inilah yang merupakan bahan penyusun
dari kromosom.
DNA + Histon -> Nukleosom -> Kromatin -> Kromosom

Langkah Terbentuknya Kromosom :

1. Molekul DNA akan berikatan dengan protein histon dan nonhiston membentuk
sejumlah nukleosom.

2. Unit-unit nukleosom bergabung memadat membentuk benang yang lebih padat dan
terpilin menjadi lipatan-lipatan solenoid.

3. Lipatan solenoid tersusun padat menjadi benang-benang kromatin.

4. Benang-benang kromatin akan tersusun memadat membentuk lengan kromatin.

5. Selanjutnya kromatin akan terkondensasi sehingga akhirnya akan membentuk

kromosom.
Struktur DNA adalah dua utas polinukleotida yang saling terhubung oleh ikatan hidrogen
yang lemah. Ikatan hidrogen tersebut terbentuk antara dua basa nitrogen, yaitu purin dan
pirimidin yang saling berpasangan.

Gen

Gen adalah suatu segmen DNA yang mengandung informasi/ instruksi untuk membuat
molekul protein.
Mekanisme Kerja Gen

Kromosom DNA terdiri dari ekson dan intron. Hanya bagian kromosom yang disebut ekson
yang akan diekspresikan menjadi protein. Oleh sebab itu, mRNA hanya akan mengandung
ekson-ekson yang telah digabungkan dari kromosom yang sebelumnya bagian intron dibuang
terlebih dahulu.

Translasi akan dimulai dari bagian yang dekat dengan promotor (ATG) atau ujung 5’ menuju
ujung 3’. Translasi akan berhenti pada kodon stop (UAG, UGA, UAA) atau yang ditambahi
ekor poli A.
Genom dari Escherichia coli :

 Genom Escherichia coli adalah lingkaran yang membentuk satu lingkaran tertutup.
 Warna kuning atau oranye menunjukkan gen penyandi protein
 Panah hijau menunjukkan gen yang hanya mengkode molekul RNA

Contoh organisasi genetik pada Vibrio cholerae :

Gambar A

a. Terdapat 2 kromosom sirkuler, masing-

masing mempunyai origin of replication
yang berbeda (oriC1 & oriC2)
b. Locus CTXφ  gen toxin kolera
c. VPI island  gen untuk kolonisasi di
intestin
Perbedaan struktur materi genetik pada bakteri patogen & non-patogen :
Gambar skematis dari beberapa jenis genom virus :

DNA Mitokondria Manusia :

 mengandung 2 gen rRNA (16S rRNA dan 12s rRNA)
 22 gen tRNA
 13 gen yang mengkode protein
DNA mitokondria rentan terhadap mutasi (lebih sering 5-10x), karena :
 Tidak ada mekanisme reparasi DNA yang efektif
 Tidak mempunyai proteksi nucleoprotein.
 Tingginya kadar radikal bebas yang terbentuk pada proses OXPHOS.

Perbedaan DNA dan mt-DNA

Plasmid

a. Definisi
Plasmid adalah molekul DNA sirkuler kecil dari suatu genome, yang dapat bereplikasi
secara independen
b. Modifikasi Plasmid
Digunakan secara luas sebagai vektor dalam metode kloning DNA. Plasmid untuk
metode kloning, biasanya mempunyai:
 Gen untuk resistensi terhadap antibiotik, misalnya amphicilin resistance gene
 Polylinker, berisi fragment berbagai macam situs restriksi untuk enzim
restriksi (yang unik untuk setiap plasmid)
 Replication of origin (ORI)

c. Ukuran
Bervariasi: 1.000 – 1.000.000 pb