( MK BI OKI MI A I )

DR. HENI YOHANDINI

ASAM NUKLEAT
( MK BI OKI MI A I )
DR. HENI YOHANDINI
DNA dan RNA
Suatu rantai polimer, dimana unit-unit monomernya
dihubungkan dengan ikatan kovalen
Masing-masing monomer mengandung gula 5-
karbon ribosa pada RNA dan 2-deoksiribosa pada
DNA
Atom karbon ditandai dengan aksen (1, 2, dst)
untuk membedakannya dari atom-atom pada basa
Unit monomer dihubungkan oleh residu fosfat yang
terikat pada hidroksil karbon 5 dari unit yang satu
dan hidroksil 3 dari unit selanjutnya ikatan
fosfodiester
Suatu rantai polimer, dimana unit-unit monomernya
dihubungkan dengan ikatan kovalen
Masing-masing monomer mengandung gula 5-
karbon ribosa pada RNA dan 2-deoksiribosa pada
DNA
Atom karbon ditandai dengan aksen (1, 2, dst)
untuk membedakannya dari atom-atom pada basa
Unit monomer dihubungkan oleh residu fosfat yang
terikat pada hidroksil karbon 5 dari unit yang satu
dan hidroksil 3 dari unit selanjutnya ikatan
fosfodiester
Struktur unit monomer RNA.
Pada DNA, gugus OH pada karbon
2 (warna merah) diganti dengan H.
Penomoran pada induk senyawa dari basa purin dan
pirimidin pada nukleotida dan asam nukleat
Basa-basa utama purin dan pirimidin dari asam nukleat.
Konformasi ribosa dalam larutan
Bentuk rantai lurus(aldehida) dan cincin (-furanose) dari
ribosa bebas berada dalam kesetimbangan.
DNA dan RNA hanya mengandung bentuk cincin
Basa purin dan pirimidin terikat pada gula ribosa
atau deoksiribosa pada karbon 1.
Untuk purin, pengikatan terjadi pada nitogen-9 dan
pirimidin pada nitrogen-1
Ikatan antara karbon 1 dari gula dan basa nitrogen
dirujuk sebagai ikatan glikosidik
Turunan dari adduct gula-basa (nukleosida) yang
termonofosforilasi 5 disebut nukleotida (nukleosida
5-monofosfat)
Basa purin dan pirimidin terikat pada gula ribosa
atau deoksiribosa pada karbon 1.
Untuk purin, pengikatan terjadi pada nitogen-9 dan
pirimidin pada nitrogen-1
Ikatan antara karbon 1 dari gula dan basa nitrogen
dirujuk sebagai ikatan glikosidik
Turunan dari adduct gula-basa (nukleosida) yang
termonofosforilasi 5 disebut nukleotida (nukleosida
5-monofosfat)
Ikatan fosfodiester
pada backbone kovalen
DNA dan RNA.
Residu gula dihubungkan
dengan ikatan
fosfodiester yang sangat
polar membentuk
backbone dari molekul
DNA dan RNA
Ikatan fosfodiester
pada backbone kovalen
DNA dan RNA.
Residu gula dihubungkan
dengan ikatan
fosfodiester yang sangat
polar membentuk
backbone dari molekul
DNA dan RNA
Sifat-sifat Nukleotida
Pirimidin dan purin bebas adalah basa lemah
Pirimidin dan purin pada DNA dan RNA merupakan
molekul terkonyugasi mengabsorpsi cahaya UV
pada dekat 260 nm
Basa pirimidin dan purin bersifat hidrofobik dan
sedikit larut dalam air pada pH sekitar netral, pada
pH asam atau basa menjadi bermuatan dan
kelarutan meningkat.
Interaksi penumpukan (stacking) hidrofobik paralel
bidang cincin melibatkan interaksi Van der Waals
dan dipol-dipol di antara basa.
Pirimidin dan purin bebas adalah basa lemah
Pirimidin dan purin pada DNA dan RNA merupakan
molekul terkonyugasi mengabsorpsi cahaya UV
pada dekat 260 nm
Basa pirimidin dan purin bersifat hidrofobik dan
sedikit larut dalam air pada pH sekitar netral, pada
pH asam atau basa menjadi bermuatan dan
kelarutan meningkat.
Interaksi penumpukan (stacking) hidrofobik paralel
bidang cincin melibatkan interaksi Van der Waals
dan dipol-dipol di antara basa.
Sifat-sifat Nukleotida
Penumpukan basa membantu meminimalkan
kontak basa dengan air, dan interaksi ini membantu
menstabilkan struktur 3 dimensi asam nukleat.
Gugus-gugus fungsi terpenting pada pirimidin dan
purin adalah nitrogen cincin, karbonil, dan amino
eksosiklik.
Ikatan hidrogen yang melibatkan gugus amino dan
karbonil merupakan mode interaksi penting kedua
di antara basa-basa. Ikatan hidrogen antar basa
menyebabkan hubungan komplementer pada 2 untai
rantai polipeptida.
Penumpukan basa membantu meminimalkan
kontak basa dengan air, dan interaksi ini membantu
menstabilkan struktur 3 dimensi asam nukleat.
Gugus-gugus fungsi terpenting pada pirimidin dan
purin adalah nitrogen cincin, karbonil, dan amino
eksosiklik.
Ikatan hidrogen yang melibatkan gugus amino dan
karbonil merupakan mode interaksi penting kedua
di antara basa-basa. Ikatan hidrogen antar basa
menyebabkan hubungan komplementer pada 2 untai
rantai polipeptida.
Spektrum absorpsi dari nukleotida.
Pola ikatan hidrogen pada basa yang diusulkan oleh
Watson and Crick.
Ikatan hidrogen ditunjukkan oleh tiga garis biru
Hidrolisis RNA pada kondisi basa
OH-2 bertindak
sebagai nukleofil
pada displacement
intramolekul
Struktur Primer Asam Nukleat
Rantai polinukleotida memiliki sense atau punya
arah: ujung fosfat 5 dan ujung OH 3
Sifat individu rantai polinukleotida ditentukan oleh
urutan basa-basanya, yaitu urutan nukleotida.
Urutan ini disebut struktur primer dari asam nukleat
Informasi genetik disimpan dalam struktur primer
DNA.
Konvensi penulisan urutan rantai nukleotida: ujung
5 di sebelah kiri dan ujung 3 di kanan.
Rantai polinukleotida memiliki sense atau punya
arah: ujung fosfat 5 dan ujung OH 3
Sifat individu rantai polinukleotida ditentukan oleh
urutan basa-basanya, yaitu urutan nukleotida.
Urutan ini disebut struktur primer dari asam nukleat
Informasi genetik disimpan dalam struktur primer
DNA.
Konvensi penulisan urutan rantai nukleotida: ujung
5 di sebelah kiri dan ujung 3 di kanan.
Struktur primer DNA dan RNA
Penulisan lebih singkat: ACGTA
Kepentingan utama struktur primer/urutan: informasi genetik
dismpan dalam struktur primer DNA
Struktur Sekunder dan Tersier Asam Nukleat
Watson & Crick:
Difraksi sinar-X: DNA dalam bentuk serat
menunjukkan pola menyilang yang khas dari
struktur heliks, 10 residu per putaran.
Data densitas serat: ada 2 pita DNA untuk setiap
molekul heliks.
Kedua pita heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen
antara basa-basa pada pita yang berlawanan,
pasangan A-T dan G-C
Backbone fosfat-deoksiribosa heliks berada di bagian
luar.
Watson & Crick:
Difraksi sinar-X: DNA dalam bentuk serat
menunjukkan pola menyilang yang khas dari
struktur heliks, 10 residu per putaran.
Data densitas serat: ada 2 pita DNA untuk setiap
molekul heliks.
Kedua pita heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen
antara basa-basa pada pita yang berlawanan,
pasangan A-T dan G-C
Backbone fosfat-deoksiribosa heliks berada di bagian
luar.
Model Watson-Crick untuk struktur DNA
Pita komplemen
pada DNA untai
ganda (DNA double
helix).
Pita DNA anti paralel
yang komplemen
mengikuti aturan
pemasangan yang
diusulkan oleh Watson
dan Crick.
Pita komplemen
pada DNA untai
ganda (DNA double
helix).
Pita DNA anti paralel
yang komplemen
mengikuti aturan
pemasangan yang
diusulkan oleh Watson
dan Crick.
Replikasi DNA yang
disarankan oleh Watson
and Crick.
Untai induk menjadi
terpisah dan masing-
masing menjadi template
(cetakan) untuk
biosintesis untai anak
yang komplemen (warna
merah)
Replikasi DNA yang
disarankan oleh Watson
and Crick.
Untai induk menjadi
terpisah dan masing-
masing menjadi template
(cetakan) untuk
biosintesis untai anak
yang komplemen (warna
merah)
Variasi struktural pada DNA.
Struktur Sekunder DNA yang Tidak Biasa
Z-DNA: struktur tangan kiri akibat adanya
perbedaan orientasi basa-basa (dibandingkan
dengan bentuk A dan B)
Hairpin dan Cruciform (double hairpin)
Struktur cruciform dapat dibentuk pada DNA
dengan urutan palindromik (dibaca dari depan atau
dari belakang adalah sama)
Z-DNA: struktur tangan kiri akibat adanya
perbedaan orientasi basa-basa (dibandingkan
dengan bentuk A dan B)
Hairpin dan Cruciform (double hairpin)
Struktur cruciform dapat dibentuk pada DNA
dengan urutan palindromik (dibaca dari depan atau
dari belakang adalah sama)
Struktur alternatif asam
nukleat: perbandingan bentuk
A, B, dan Z DNA.
Perbandingan bentuk A, B,
dan Z DNA.
Palindrome dan mirror repeat.
Urutan DNA (atau RNA) Palindromik:
Hairpin dan cruciform
Ketika hanya untai
tunggal DNA (atau
RNA) terbelit, struktur
seperti ini disebut
hairpin.
Ketika hanya untai
tunggal DNA (atau
RNA) terbelit, struktur
seperti ini disebut
hairpin.
Ketika kedua untai DNA
dupleks terbelit, ini disebut
cruciform.
Shading biru menandai
urutan asimetri yang dapat
berpasangan dengan
urutan komplemen pada
untai yang sama atau pada
untai komplemennya.
Ketika kedua untai DNA
dupleks terbelit, ini disebut
cruciform.
Shading biru menandai
urutan asimetri yang dapat
berpasangan dengan
urutan komplemen pada
untai yang sama atau pada
untai komplemennya.
H-DNA.
Struktur Sekunder dan Fungsi RNA
Dalam ekspresi gen, RNA berperan sebagai
perantara dengan menggunakan informasi
yang dikode dalam DNA (yang terdapat di
nukleus pada eukaryot) menjadi urutan
asam amino tertentu pada protein (yang
disintesis di ribosom)
Dalam ekspresi gen, RNA berperan sebagai
perantara dengan menggunakan informasi
yang dikode dalam DNA (yang terdapat di
nukleus pada eukaryot) menjadi urutan
asam amino tertentu pada protein (yang
disintesis di ribosom)
3 jenis RNA hasil transkripsi:
mRNA mengkode urutan asam amino
dari polipeptida
tRNA molekul adapter dalam sintesis
protein: membaca informasi yang dikode
mRNA dan mentransfer asam amino yang
sesuai pada rantai polipeptida yang sedang
tumbuh selama sintesis protein
rRNA bagian dari ribosom
3 jenis RNA hasil transkripsi:
mRNA mengkode urutan asam amino
dari polipeptida
tRNA molekul adapter dalam sintesis
protein: membaca informasi yang dikode
mRNA dan mentransfer asam amino yang
sesuai pada rantai polipeptida yang sedang
tumbuh selama sintesis protein
rRNA bagian dari ribosom
Pada prokaryot, molekul mRNA tunggal dapat
mengkode untuk satu atau beberapa rantai
polipeptida.
Monosistronik hanya membawa kode untuk
satu polipeptida
Polisistronik mengkode untuk dua atau lebih
polipeptida berbeda.
Pada prokaryot, molekul mRNA tunggal dapat
mengkode untuk satu atau beberapa rantai
polipeptida.
Monosistronik hanya membawa kode untuk
satu polipeptida
Polisistronik mengkode untuk dua atau lebih
polipeptida berbeda.
Produk transkripsi DNA selalu
berupa RNA untai tunggal.
Untai tunggal cenderung
mengambil konformasi heliks
tangan kanan yang didominasi
oleh interaksi tumpukan basa.
Pada gambar: Basa-basa
ditunjukkan dengan warna
abu-abu, atom fosfat berwarna
kuning, oksigen ribosa dan
fosfat warna hijau.
Produk transkripsi DNA selalu
berupa RNA untai tunggal.
Untai tunggal cenderung
mengambil konformasi heliks
tangan kanan yang didominasi
oleh interaksi tumpukan basa.
Pada gambar: Basa-basa
ditunjukkan dengan warna
abu-abu, atom fosfat berwarna
kuning, oksigen ribosa dan
fosfat warna hijau.
Struktur Sekunder RNA
Molekul RNA dapat membentuk pasangan basa
komplemen pada untai nya sendiri dalam bentuk loop.
Dengan demikian, RNA akan memiliki daerah untai
ganda.
Daerah yang berpasangan memiliki bentuk-A
heliks tangan-kanan, seperti yang ditunjukkan
untuk hairpin
Urutan self-complementary dalam molekul RNA
menghasilkan struktur yang lebih kompleks.
RNA dapat membentuk pasangan dengan bagian
yang komplemen pada RNA ataupun DNA
Pemasangan basa mengikuti pola untuk DNA: G
berpasangan dengan C dan A berpasangan dengan
U
Untai yang berpasangan pada RNA atau dupleks
RNA-DNA adalah antiparallel, seperti pada DNA.
Urutan self-complementary dalam molekul RNA
menghasilkan struktur yang lebih kompleks.
RNA dapat membentuk pasangan dengan bagian
yang komplemen pada RNA ataupun DNA
Pemasangan basa mengikuti pola untuk DNA: G
berpasangan dengan C dan A berpasangan dengan
U
Untai yang berpasangan pada RNA atau dupleks
RNA-DNA adalah antiparallel, seperti pada DNA.
Struktur
pasangan-basa
pada RNA
Pada RNA biasa
ditemukan pasangan
basa antara G dengan
U (yang tidak biasa
pada DNA)
Pada RNA biasa
ditemukan pasangan
basa antara G dengan
U (yang tidak biasa
pada DNA)
Struktur 3-dimensi
beberapa RNA,
seperti pada protein,
adalah kompleks dan
unik.
Fenilalanin tRNA
Struktur 3-dimensi
beberapa RNA,
seperti pada protein,
adalah kompleks dan
unik.
Beberapa pola
pasangan basa tidak
lazim yang ditemukan
pada tRNA
Denaturasi dan annealing (renaturasi) reversibel pada DNA
Kurva Denaturasi
DNA karena panas
dari dua spesimen
DNA
Temperatur pada titik
tengah transisi (tm)
adalah titik leleh; ia
bergantung pada pH
dan kekuatan ion,
serta komposisi basa
DNA.
Kurva Denaturasi
DNA karena panas
dari dua spesimen
DNA
Temperatur pada titik
tengah transisi (tm)
adalah titik leleh; ia
bergantung pada pH
dan kekuatan ion,
serta komposisi basa
DNA.
Hubungan antara tm dan kandungan GC pada DNA
DNA yang terdenaturasi secara parsial.
Transformasi non enzimatik pada nukleotida
Purin dan pirimidin, sebagai bagian dari
nukleotida, mengalami sejumlah perubahan
spontan pada struktur kovalennya.
Laju reaksi ini biasanya sangat lambat, tetapi
signifikan secara fisiologis karena sel sangat
rendah toleransinya terhadap perubahan dalam
informasi genetiknya
Perubahan pada struktur DNA yang menghasilkan
perubahan permanen pada informasi genetik yang
dikodenya disebut sebagai mutasi
Purin dan pirimidin, sebagai bagian dari
nukleotida, mengalami sejumlah perubahan
spontan pada struktur kovalennya.
Laju reaksi ini biasanya sangat lambat, tetapi
signifikan secara fisiologis karena sel sangat
rendah toleransinya terhadap perubahan dalam
informasi genetiknya
Perubahan pada struktur DNA yang menghasilkan
perubahan permanen pada informasi genetik yang
dikodenya disebut sebagai mutasi
Reaksi non enzimatik
nukleotida yang
terkarakterisasi dengan baik.
Pembentukan dimer pirimidin yang diinduksi sinar UV
Sinar UV menginduksi
kondensasi dua gugus
etilen membentuk cincin
siklobutana.
Pembentukan
dimer pirimidin
siklobutana
menjadi tekukan
atau kekakuan
(kink) di dalam
DNA
Pembentukan
dimer pirimidin
siklobutana
menjadi tekukan
atau kekakuan
(kink) di dalam
DNA
Zat kimia yang
menyebabkan
kerusakan DNA.
(a) Prekursor asam
nitrat, yang
promotes reaksi
deaminasi.
(b) Alkylating
agents.
Zat kimia yang
menyebabkan
kerusakan DNA.
(a) Prekursor asam
nitrat, yang
promotes reaksi
deaminasi.
(b) Alkylating
agents.
Sekuensing DNA dengan metode Sanger.
Strategy for automating DNA
sequencing reactions.
Strategy for automating DNA
sequencing reactions.
Sintesis DNA Secara Kimia
Fungsi Lain nukleotida
Pembawa energi kimia pada sel
Kofaktor
Molekul peregulasi (second messenger)
Pembawa energi kimia pada sel
Kofaktor
Nukleotida regulatory